이 콘텐츠를 보려면 JoVE 구독이 필요합니다. 로그인하거나 오늘 무료 평가판을 시작하세요.

방법 논문

네트워크 약리학 및 단백질체학을 통한 죽상경화증 예방 산제통마이 포뮬러 메커니즘 탐구

198 조회수

⸱

DOI:

10.3791/70080

⸱

2026년 4월 17일

 ,  ,  ,  ,  , 

이 논문에서

요약

이 연구는 산제통마이 포뮬러가 Hsd11b1 매개 글루코코르티코이드 대사를 조절하여 ApoE-/- 마우스의 죽상동맥경화를 완화시켜 지질 이상증과 혈관 염증을 개선함을 입증합니다. 통합 네트워크 약리학, 단백질체학, 분자 도킹 분석을 통해 항죽상동맥경화 효과의 다성분, 다중 표적 시너지 메커니즘이 드러납니다.

초록

이 연구는 심혈관 이환율의 주요 원인인 죽상동맥경화증(AS)에 대한 산제통마이 포뮬러(SJTMF)의 기전을 밝히는 것을 목표로 했습니다. ApoE-/- 마우스 모델을 사용하여 SJTMF가 AS 플라크 진행을 유의미하게 억제함을 입증했습니다. 통합 네트워크 약리학 및 단백질체학 전략을 통해 다섯 가지 핵심 생리활성 성분이 확인되었습니다: 베타-시토스테롤, 나린게닌, 루테올린, 이소람네틴, 그리고 3베타-하이드록시-24-메틸렌-8-라노스틴-21-오산. 동시에 단백질체학 연구에서는 129개의 AS 관련 단백질이 차별적으로 발현된 것으로 밝혀졌습니다. 분자 결합 결과, 이들 성분과 주요 표적 Hsd11b1 간의 결합 상호작용이 모두 -5 kcal/mol 미만임을 확인했습니다. 기전 연구를 통해 SJTMF가 Hsd11b1 매개 글루코코르티코이드 대사를 조절할 수 있음이 밝혀졌습니다. 이 조절은 지질이상증과 혈관 염증 모두를 유의미하게 완화하여 AS 발생을 억제합니다. 이 연구는 전통 중의학 공식이 Hsd11b1 표적의 다성분 시너지 조절을 통해 항AS 효과를 발휘하는 혁신적인 메커니즘을 처음으로 입증하여 치료 개입에 대한 새로운 통찰을 제공합니다.

서론

동맥경화증(AS)은 전신 혈관에 영향을 미치는 만성 염증성 질환으로, 심혈관 및 뇌혈관 사건의 주요 병리학적 기초를 구성합니다1. 그 병인기전은 유전적, 환경적, 심리사회적, 다요인 병리학적 요인 간의 복잡한 상호작용을 포함하며, 다단계 및 다유전자적 특성을 보입니다. 현재 치료 전략, 특히 스타틴과 프로프로테인 전환효소 서브틸리신/케신 타입 9(PCSK9) 억제제와 같은 지질 저하제가 저밀도 지단백 콜레스테롤(LDL-C) 수치를 효과적으로 낮추긴 하지만, 재발성 심혈관 사건을 유발하는 잔류 염증 위험을 완전히 해결하지는 못합니다2. 더불어, 치료 관련 부작용(예: 신발 당뇨병, 근독성, 간신 기능 장애)은 지질 저하 치료의 장기 사용과 강화를 제한합니다 3,4. 이러한 한계는 혈관 염증을 직접 표적으로 삼는 보완적 접근법, 특히 항염증 치료가 필요함을 강조하며, 지질 저하 단순 완화 이상의 심혈관 위험을 더욱 줄이려 합니다.

전통 중의학(TCM)에서 AS는 '흉비'(흉비)와 '혈관 축적'(마이지) 범주에 속하며, '가래-정체'(탄유후제)가 핵심 병인으로 인식됩니다. "정지 변형 수치료"(윈넝화수이) 원리에 따라 우리 연구팀은 살비아 밀티오리자(단셴)와 휘트마니아 피그라 휘트만(수이즈) 등 14가지 약초로 구성된 "산제통마이 공식(SJTMF)"을 개발하여 가래-탁도를 해소하고 정체를 해소하며 이뇨를 촉진하는 시너지 효과를 발휘했습니다. 예비 임상 연구에서는 SJTMF가 경동맥 AS5 고령 환자에서 지질 프로필을 유의미하게 개선하고 동맥경화성 플라크를 안정화/되돌리는 데 효과가 있음을 입증하였습니다. 실험 연구를 통해 대식세포 분극과 자가포식 경로를 조절하여 AS 진행을 억제할 수 있는 능력이 추가로 밝혀졌습니다 6,7. 그럼에도 불구하고, TCM 공식의 다중 성분, 다중 표적, 다중 경로 특성은 기존의 환원주의적 접근법을 사용하여 통합 조절 메커니즘을 체계적으로 규명하는 데 도전 과제를 제시합니다.

SJTMF의 항동맥경화제 효과를 매개하는 분자 메커니즘을 탐구하고 과제를 해결하기 위해 본 연구는 통합된 다학제 전략을 적용하였습니다. Hopkins 8,9에서 개념화된 네트워크 약리학은 다차원적인 "한방 성분-표적-질병 경로" 네트워크를 구축하는 데 활용되었습니다. 이 접근법은 중의학의 전체론적 조절 특성과 일치하여, SJTMF의 주요 활성 화합물과 AS 중재의 잠재적 치료 표적을 예측하는 데 기여했습니다. 이에 더해, 단백질체학 기술은 고처리량과 고정밀도의 정성적·정량적 단백질 분석을 활용하여 SJTMF 개입 후 동물 모델에서 AS 관련 단백질 발현 프로필의 변화를 동적으로 모니터링했습니다. 이를 통해 주요 효과자 분자와 신호 전달 사건을 식별할 수 있었고, 기전 탐구를 위한 실험적 증거를 제공했습니다. 이후 네트워크 약리학에서 예측되는 핵심 표적과 주요 생활성 성분 간의 결합 모드와 결합 에너지를 평가하기 위해 고정밀 분자 도킹 시뮬레이션이 수행되었으며, 이는 잠재적 성분-표적 상호작용의 이론적 기반을 제공했습니다11. 네트워크 약리학 예측에만 의존하는 대안적 접근법(높은 위양성률 및 실험적 검증 부족)12, 분자 도킹과 단백질체학만 결합하는 것(네트워크 분석으로 예측되는 시스템 수준의 상호작용을 포착하지 못할 수 있음)과 비교할 때, 이 통합 전략은 이러한 내재된 한계를 시너지 효과로 해결합니다.

다차원 기법을 통합함으로써 본 연구는 SJTMF의 핵심 약리학적 재료 기초, 핵심 표적 네트워크, 다중 경로 시너지 메커니즘을 체계적으로 밝히는 것을 목표로 합니다. 이로써 한의학의 현대화와 혁신 약물 개발을 위한 메커니즘 기반 이론적 지원을 제공합니다.

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

프로토콜

모든 동물 시술은 창춘중의대학 실험동물위원회(윤리 승인 번호 2023521호)의 승인을 받아 수행되었습니다. 특정 병원체가 없는(SPF) 수컷 C57BL/6J와 ApoE⁻/⁻ 마우스(5주, 18-22g)가 연구에 포함되었습니다(실험동물 사용 허가 번호 SCXK (JI) 2023-002 및 SCXK (SU) 2021-0013). 시약 및 계측에 관한 정보는 재료표에 제공되어 있습니다.

1. 네트워크 약리학

  1. SJTMF의 활성 성분 및 표적 예측
    1. 살비아 밀티오리자, 파낙스 노토긴삼, 아르테미시아 스코파리아, 포리아 코코스, 알리스마 플랜타고-아쿠아티카 L, 아모뭄 빌로숨, 산탈룸 앨플L, 감귤 아우란티움, 감귤 레티쿨라타 필링의 활성 성분을 경구 생체이용률(OB) 30%와 약물유사성(DL) 0.18≥≥ 기준으로 선별합니다.
    2. 휘트마니아 피그라 휘트먼, 밤빅스 배트리티카투스, 페리오스트라쿰 매미, 타에니암의 콜리스 밤부사에, 그리고 오피칼시툼의 약용 성분을 다음 매개변수를 적용하여 선별합니다: miLogP ≤ 5, nOHNH ≤ 5, nOH ≤ 10.
    3. 선별된 화합물과 그 SMILES 코드를 결합하여 화합물 표적을 예측합니다.
      참고: 위에서 언급한 두 데이터베이스에 대한 자세한 내용은 재료표를 참조하십시오.
  2. AS 관련 표적 예측 및 "약물-성분-표적" 네트워크 구축.
    1. GeneCards 데이터베이스를 사용하여 표준화된 질병 용어를 사용하여 AS 관련 질병 표적을 검색하세요.
    2. Venny 2.1 소프트웨어를 사용하여 SJTMF와 AS 사이의 교차 표적을 AS에 대한 잠재적 치료 표적으로 식별합니다.
    3. Cytoscape 3.9.1을 사용해 "약물-성분-표적" 네트워크 다이어그램을 작성하세요.
      참고: 위에서 언급한 데이터베이스에 대한 자세한 내용은 자료표를 참조하십시오.

2. 적응

  1. 모든 쥐는 SPF 시설(24 °C; 습도 50-60%; 12시간 밝고 어두운 주기)에 보관하세요. 자유롭게 표준 식사와 물을 제공하세요. 실험 전에 적응을 위해 7일을 두세요.

3. SJTMF 준비

  1. 14가지 허브 제형을 준비하세요: 살비아 밀티오리자 (Dan Shen) 30g, 아르테미시아 스코파리아 (Yin Chen) 10g, Panax notoginseng (산기) 10g, 포리아 코코스 (Fu Ling) 10g, 아모뭄 빌로숨 (Sha Ren) 10g, Alisma plantago-aquatica L (Ze Xie) 30g, 산탈룸 앨범L (Tan Xiang) 10g, 감 귤 리티큘라타 껍질 (Chen Pi) 10g, 시트러스 아우란티움 (Zhi Qiao) 10g, 휘 트마니아 피그라 휘트먼 (Shui Zhi) 10g, 페리오스트라쿰 매미 (Chan Tui) 10g, Bombyx batryticatus (Jiang Can) 10g, Caulis Bambusae in Taeniam (Zhu Ru) 10g, 오피칼시툼 (Hua Rui Shi) 30g.
  2. 약 3× 8부피의 증류수(추출당 1.5시간)를 사용해 허브 재료 1,800g을 추출합니다.
  3. 거즈와 100메시 나일론으로 필터링하세요.
  4. 여과액을 60 °C(밀도: 1.23-1.27)로 농축합니다. 70°C의 저압 건조 농축물.
  5. 건조 추출물을 80메쉬 체로 분쇄합니다(수율: 20.6%).
    참고: 이전에 발표된 보고서7에 따라, 마우스들은 3.56 g∙kg⁻¹∙일⁻¹의 SJTMF 추출물(체면적에 따라 정규화됨)을 받았습니다.

4. 모델 설립

  1. 12주 고지방 식단(HFD; 지방 20%, 콜레스테롤 1.25%)을 사용하여 ApoE-/- 마우스에서 AS를 유도합니다. 대사 모니터링을 위해 7일 간격으로 체중을 측정하세요.
  2. C57BL/6J 마우스를 대조군(대조군, 정상 식이 + 식염수)에 할당합니다. 성공적으로 모델링된 쥐를 무작위로 네 그룹으로 배정한다: 모델군, 아토르바스타틴 그룹(0.0026 mg/g 아토르바스타틴), SJTMF-L 그룹(저용량 SJTMF, 3.56 g∙kg-1∙day-1), SJTMF-H 그룹(고용량 SJTMF, 7.12 g∙kg-1∙day-1)7. 모든 중재는 4주 동안 아침에 표준화된 0.4 mL 개비지를 통해 시행합니다.
    참고: SJTMF의 기본 용액은 저희가 정립한 프로토콜7에 따라 준비되었습니다. 실험적 개입은 9주 차부터 시작되었으며, 아침 투여가 임상적 시간 리듬을 유지하였습니다. 생쥐는 대동맥에서 명백한 죽상동맥경화성 플라크가 관찰되었을 때 Oil Red O 염색으로 성공적으로 모델링된 것으로 정의되었습니다.

5. 샘플 채취, 대동맥 채취 및 보존

참고: 위내 투여 4주 후 모든 쥐를 12시간 동안 단식하세요(자유롭게 물을 마시세요). 최종 체중을 측정한 후, 마취 하에 경추 탈구로 희생하세요.

  1. 쥐의 배를 상골 돌기까지 절개하세요.
  2. 대동맥을 대동맥근에서 총장골동맥 분기점까지 분리하세요.
  3. 과도한 지방 조직을 제거하고 대동맥궁에서 약 1cm 떨어진 대동맥을 횡단합니다.
  4. 대동맥을 파라포름알데히드로 고정하거나 액체 질소에 급속히 냉동하세요.
    참고: 혈청을 채취하여 대동맥 조직을 -80°C에 보관하여 향후 분석을 위해 보관하십시오.
  5. HE 착색
    1. 각 섹션을 20분씩 연속적으로 자일렌에 넣어 총 두 번 넣습니다; 그 후 각각 10분씩 절대 에탄올로 옮겨 총 두 번씩 사용하세요. 수화물 단면은 하강 단계별 에탄올 시리즈(95%, 90%, 80%, 70%)를 5분씩 통과시킵니다.
    2. 0.4% 헤마톡실린으로 3-8분간 순차적으로 염색한 뒤, 0.5% 에오신 용액으로 1-3분간 염색합니다.
      참고: 단계 사이에 증류수로 잘 헹군 것입니다.
    3. 탈수 구간은 에탄올 농도가 상승하는 순서(95%에서 절대 에탄올까지), 농도당 5분씩 진행됩니다. 자일렌에 각각 5분씩 두 번씩 절개를 제거하세요. 완전히 자연 건조한 후 중성 수지로 장착하세요.
    4. 현미경으로 관찰하고 이미지를 포착하세요.

6. 대동맥 조직 샘플에서 추출한 총 단백질 제제

참고: 단백질은 세 실험군(대조군, 모델군, SJTMF-H군) 각각의 대동맥 조직에서 분리되었습니다.

  1. 대동맥 조직을 용해 완충제(1.5% SDS/100 mM Tris-HCl, pH 8.5)에서 균질화한 후 95 °C에서 15분간 배양하여 단백질 변성을 달성합니다.
  2. 샘플을 냉각한 후 12,000 × g , 4 °C에서 5분간 원심분리하여 상상원액을 수집합니다. 아세톤 침전법을 사용해 상청액 내 단백질을 침전시킵니다.
  3. 단백질 침전물을 재용해(8 M Urea/100 mM Tris-HCl, pH 8.5), 제조사 지침에 따라 BCA 분석 키트를 준비하고 총 단백질 농도를 측정합니다( 재료표 참조).
    참고: 서로 다른 샘플 간에 같은 양의 단백질을 사용할 때, 재용해된 용액을 사용해 모든 샘플을 같은 부피로 채웠습니다.
  4. 37°C에서 TCEP와 CAA로 단백질 환원 및 알킬화를 1시간 동안 수행하세요.
  5. 단백질 샘플에 트립신(1:50)을 첨가하고 37°C에서 24시간 배큐합니다(재료표 참조).
  6. TFA를 사용해 pH를 6.0으로 조절해 소화를 종료하세요. 샘플을 12,000 × g에서 15분간 원심분리한 후, 자체 제작한 SDB-RPS 탈鹽 컬럼 (재료표 참조)을 사용해 상청액에서 펩타이드를 정제합니다.
    참고: 펩타이드 용출액은 진공 건조되어 -20 °C에서 보관되어 나중에 사용되었습니다.

7. 액체 크로마토그래피 - 탠덤 질량분석법 (LC - MS/MS)

  1. 1 μL 주입 용량의 펩타이드 분해물 200 ng를 C18 트랩 컬럼(75 μm × 2 cm, 3 μm, 100 Å)에 주입합니다. 펩타이드는 반상 C18 분석 컬럼(75 μm × 15 cm, 1.7 μm, 100 Å)에서 0.3 μL/min의 유량으로 분리되었습니다.
  2. 0.1% 개미산(FA)을 이동상 A로, 아세토니트릴(ACN)을 0.1% FA를 함유한 이동상 B를 사용하세요(재료 표 참조). 0-12분 동안 12%에서 30% B까지 선형 구배를 적용한 후 12-15분 동안 30%에서 80% B로 증가시키고, 컬럼 세척 시 15-18분 동안 80% B를 유지하세요. 유량을 0-15분에서 0.300 μL/min로 설정한 후 16-18분에서 0.400 μL/min으로 증가시킵니다. 모세관 전압을 1500V로 설정하세요.
  3. 100에서 1700 m/z 범위의 MS 및 MS/MS 스펙트럼을 획득합니다.
  4. 0.6에서 1.6 Vs/cm² 범위의 이온 이동도를 스캔합니다. 누적 시간과 램프 시간을 50ms로 설정하세요.

8. 단백질 기능 분석

참고: 단백질체학에서 발생하는 차별발현 단백질(DEPs)이 네트워크 약리학의 주요 표적과 교차되었으며, 겹치는 표적 단백질은 유전자 온톨로지(GO) 기능 주석 및 교토 유전자 및 유전체 백과사전(KEGG) 경로 풍부화 분석에 사용되었습니다. 기능 범주와 경로 중 P 가 0.05< 유의한 것으로 간주되었습니다.

  1. 라이브러리 없는 모드에서 DIA 원시 데이터를 분석하세요.
  2. 마우스 단백질 서열 데이터베이스와 대조하여 스펙트럼 파일을 검색하세요.
  3. 주요 검색 조건을 설정하세요.
    1. 실리코 예측 스펙트럼 라이브러리 생성을 위한 전구체 이온 생성 옵션을 활성화합니다.
    2. 효소를 지정하여 최대 2개의 누락 절단을 허용합니다(재료표 참조).
    3. 시스테인(C)의 카르바미도메틸화를 고정 수변으로 설정하세요.
    4. 메티오닌(M)과 단백질의 N-말단 아세틸화 산화를 가변 변형으로 설정하였습니다.
    5. 전구체 질량 정확도와 MS1 질량 정확도를 15 ppm으로 설정하세요.
    6. 실행 간 매칭과 휴리스틱 단백질 추론 활성화.
    7. 신뢰할 수 있는 식별을 위해 전구체 오발견률(FDR) 임계값을 1%로 설정하세요.
  4. DIA-NN (1.8.2 베타 11) 분석을 실행하세요.
    참고: DIA-NN을 사용하여 단백질 수준 정량을 수행하고, 생물정보학적 분석 및 시각화는 R을 사용하여 수행하십시오. 유의미하게 DEP는 학생의 t-검정 및 접힘 변화 임계값의 P 값에 의해 결정되었습니다.

9. 분자 도킹

  1. RCSB PDB 데이터베이스에서 표적 단백질의 3차원 결정 구조를 다운로드하여 PDB 형식으로 저장하세요; 한편, PubChem 데이터베이스에서 SJTMF의 핵심 활성 성분의 분자 구조를 다운로드하여 SDF 형식으로 저장하세요.
  2. PyMOL 2.6.0을 사용하여 표적 단백질 구조에 수분 제거 및 수소 첨가를 수행하고, 관련 없는 내인성 리간드를 제거하며, 가공된 단백질 구조를 PDB 형식으로 저장합니다; PyMOL의 Getbox 플러그인을 통해 도킹 포켓 매개변수를 얻으며, 그리드 박스 매개변수는 다음과 같이 설정됩니다: center_x = -7.2, center_y = 53.4, center_z = 30.6, size_x = 73.7, size_y = 85.9, size_z = 67.2, 도킹 구성의 num_modes = 10.
  3. 처리된 타겟 단백질 파일과 SJTMF의 핵심 화합물 파일을 따로 AutoDock Tools 1.5.6에 불러와 두 파일을 PDBQT 형식으로 변환한 후, 위에서 정의한 그리드 박스 매개변수를 기반으로 AutoDock Vina 1.1.2로 분자 도킹을 수행합니다.
  4. PyMOL로 분자 도킹 결과를 시각화하세요.

10. 통계

  1. 통계 분석을 수행하세요.
  2. 결과를 표준편차(SD)± 평균 단위로 표현합니다.
  3. 데이터가 정규성과 분산의 동질성을 충족할 때 일방향 ANOVA 후 사후 분석에 대해 Tukey의 정직 유의차이(HSD) 검정을 명시합니다; 이질분방선 데이터에 대해 Games-Howell 검정을 적용합니다. p < 0.05를 통계적으로 유의하다고 생각하세요.
  4. GraphPad Prism8.0.2를 사용해 데이터를 시각화하세요.

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

결과

SJTMF는 ApoE-/- 마우스에서 동맥경화성 플라크 형성을 억제합니다
SJTMF가 AS에 미치는 억제 효과를 조사하기 위해 ApoE-- 마우스 모델을 사용하여 체중 변화를 모니터링하고 대동맥의 조직병리학적 변화를 관찰하였다. 모델 그룹과 비교하면, SJTMF 개입은 HFD 섭취 ApoE-- -마우스에서 체중 증가를 완화시켰다(그림 1A). 특히, 다양한 용량의 SJTMF는 투여 2주차부터 체중 감소 경향을 보였습니다. 4주차에 이르러 SJTMF-H 그룹과 아토르바스타틴 그룹의 쥐 체중은 모델 그룹보다 유의하게 낮았다(P < 0.05).

헤마톡실린-에오신(HE) 염색(

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

토론

이전 연구들은 SJTMF가 ApoE⁻/⁻ 마우스 모델에서 항염증 효과와 대식세포 분극을 유도한다는 것을 입증했으나, 그 항동맥경화 작용의 구체적인 분자 기전은 여전히 명확하지 않습니다. 전통 중의학에서 '동일한 질병에 동일한 치료' 원칙은 다성분, 다중 표적, 다중 경로 조절의 시너지 효과에서 비롯됩니다. 네트워크 약리학은 전체론적이고 체계적이며 포괄적인 특성을 지니고 있어 이 치료 원칙과 높은 일관성을 보이며 전통 중의학의 기전을 밝히는 새로운 전략을 제공합니다15,16. 이를 해결하기 위해 통합 네트워크 약리학 및 단백질체 분석을 ...

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

공개 사항

저자들은 이해 상충을 선언할 필요가 없습니다.

감사의 글

이 연구는 길림성 자연과학재단(Nos. YDZJ202401644ZYTS)의 지원을 받았습니다.

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

재료

이 논문에 사용된 재료 목록
이름회사카탈로그 번호댓글
2-클로로아세트아마이드 (CAA)시그마-올드리치C0627-100G
4% 파라포름알데히드 고정 용액시노팜 화학 시약 주식회사80096618
0.5– 10 & 마이크로; L 마이크로피펫에펜도르프4924000029
10 & ndash; 100 & 마이크로; L 마이크로피펫에펜도르프4924000053
20 & ndash; 200 & 마이크로; L 마이크로피펫에펜도르프4924000061
100 & ndash; 1,000 & 마이크로; L 마이크로피펫에펜도르프4924000088
1000 & 마이크로; L 피펫 팁NEST 생명과학 주식회사303216
10 & 마이크로; L 피펫 팁NEST 생명과학 주식회사301016
20 & 마이크로; L 피펫 팁NEST 생명과학 주식회사302106
15 mL 원심분리관NEST 생명과학 주식회사601052
1.5 mL 원심분리관NEST 생명과학 주식회사615601
고처리량 실험 및 참고 중심 전통 중의학(HERB) 데이터베이스/http://herb.ac.cn/v2
아세토니트릴 (LC-MS)써모피셔 사이언티브A955-4
아세토닐 아세톤시노팜 화학 시약 주식회사10000418
암모니아 워터시노팜 화학 시약 주식회사10011028
오토클레이브상하이 산셴 의료기기 유한회사.YM75
Acclaim PepMap (75µ m*2cm, C18, 3µ m, 100Å)열학164535
오로라 얼티밋 (75µ m*25cm, 1.6cm µ m, 100Å)오로라AUR3-25075C18-CSI
BCA 단백질 분석 키트상곤 바이오텍(상하이) 유한회사.C503021-0500
벤치탑 고속 - 냉장 원심분리기후난커청 기기 유한회사.H1 - 16KR
브로모페놀 블루시노팜 화학 시약 주식회사71008060
블록 히터항저우 미우 인스트루먼츠DKT-100
클로로포름시노팜 화학 시약 주식회사10006818
화학발광 영상 시스템항저우 선화기술유한회사.SH - 523
클린 벤치쑤저우징화 장비 유한회사.SW-CJ-2D
커버 글라스장쑤 스타이 실험장비유한회사.10212450C
사이토스케이프 v3.9.1//
DIA-NN (V1.8.1)프랜시스 크릭 연구소github.com/vdemichev/DiaNN
디지털 디스플레이 일정 온도 수욕창저우 진난 기기 제조 유한회사.HH - W600
디스테인잉 셰이커우한 링시 생명공학 유한회사.TSY-B
탈수 기계우한 준제전자 유한회사JT-12J
이오신우한 링시 생명공학 유한회사.E8090
파라핀 삽입시노팜 화학 시약 주식회사69019361
에탄올 앱솔루트시노팜 화학 시약 주식회사10009218
임베딩 머신우한 준제전자 유한회사JB-P5
그래프패드 프리즘/8.0.2
빙하 아세트산시노팜 화학 시약 주식회사10000218
유전자 카드/https://www.genecards.org/
글리세롤시노팜 화학 시약 주식회사10010618
글리신바이오프록스1275GR500
유전자 온톨로지 (GO)/geneontology.org
헤마톡실린우한 링시 생명공학 유한회사.G1140
수평 셰이커하이먼 칠린베이어 기기 제조 유한회사, 장쑤TS - 1
소수성 장벽 펜서비스바이오WG1066-1
HCI신양 화학 시약 공장GB622-89
고성능 액체 크로마토그래피애질런트1200
이소프로파노시노팜 화학 시약 주식회사80109218
이미지-프로 플러스미디어 사이버네틱스버전 6.0
영상 시스템니콘DS-Fi3
IRIS-미세 해부 가위RWD 라이프 사이언스 주식회사S12004-09
교토 유전자 및 유전체 백과사전 (KEGG)/www.genome.jp/kegg/
현미경 슬라이드난통 메비드 생명과학 주식회사PC2-301
전자레인지갈란츠 전자레인지 전기 가전회사P70D20TL-P4
미니 원심분리기드래곤 랩D1008E
중성 수지우한 링시 생명공학 유한회사.G8590
나클시노팜 화학 시약 주식회사10019318
NCBI/www.ncbi.nlm.nih.gov
비접촉 초음파 셀 분쇄기시엔츠08-III
n-부타놀시노팜 화학 시약 주식회사100052190
오븐상하이 회이타이 기기 제조 유한회사.DHG-9140A
퍼블켐/https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
PBS 인산염 완충 분말우한 링시 생명공학 유한회사.P1010
병리학적 미세절기라이카 인스트루먼츠 주식회사 (상하이)RM2016
휴대용 원심분리기우한 링시 생명공학 유한회사.D1008
R 4.5.1//
RIPA 용해 버퍼 (1.5 ML)메이룬비오MA0151
도데실 황산나트륨 (SDS)시그마-올드리치L3771-500G
스피드백젬미CV200
SPSS 소프트웨어IBM SPSS 통계버전 22
봉합사 겸자 묶기RWD 라이프 사이언스 주식회사FC11001R-11
스테레오 해부 현미경RWD 라이프 사이언스 주식회사77001
스핀 컬럼 RMCWBIOCW0597S
timsTOF Pro 질량분석기브루커 달토닉스팀스토프 프로
전통 중의학 시스템 약리학 데이터베이스 및 분석 플랫폼(TCMSP)/https://tcmspw.com/tcmsp.php
열믹서항저우 미우 인스트루먼츠MTC-100
트리플루오로아세트산 (TFA)시그마-올드리치299537-500G
트리스(2-카복시에틸) 포스핀 하이드로클로라이드 (TCEP)시그마-올드리치C4706-10G
트립신시그마-올드리치T575-31N-10
조직 균질기항저우 미우 인스트루먼츠MT-30K
트리스(하이드록시메틸) 아미노메탄 (트리스 염기)시그마-올드리치T1503-1KG
UltiMate 3000 RSLCnano 시스템써모 사이언티픽얼티메이트 3000 RSLCnano
유니프로트 (2023-01-03)프랜시스 크릭 연구소github.com/vdemichev/DiaNN
요소시그마-올드리치51456-500G
베니2.1/https://www.bioinformatics.com.cn/static/others/jvenn/example.html
보텍스 믹서카일린-벨보텍스-5
바나스 스프링 장착 가위RWD 라이프 사이언스 주식회사S11001-08
수(LC-MS)써모피셔 사이언티브W6-4
자일렌시노팜 화학 시약 주식회사10023418

참고문헌

  1. Mensah, G. A., Roth, G. A., Fuster, V. The global burden of cardiovascular diseases and risk factors: 2020 and beyond. J Am Coll Cardiol. 74 (20), 2529-2532 (2019).
  2. Sampson, U. K., Fazio, S., Linton, M. F. Residual cardiovascular risk despite optimal LDL cholesterol reduction with statins: The evidence, etiology, and therapeutic challenges. Curr Atheroscler Rep. 14 (1), 1-10 (2012).
  3. Katzmann, J. L., Packard, C. J., Chapman, M. J., Katzmann, I., Laufs, U. Targeting rna with antisense oligonucleotides and small interfering RNA: JACC state-of-the-art review. J Am Coll Cardiol. 76 (5), 563-579 (2020).
  4. Ward, N. C., Watts, G. F., Eckel, R. H. Statin toxicity. Circ Res. 124 (2), 328-350 (2019).
  5. Xie, T., Guo, J. The effect of the San Jie Tong Mai formula on elderly patients with carotid arteriosclerosis. Chinese Journal of Gerontology. 38 (22), in Chinese 5395-5397 (2018).
  6. Li, P., et al. San Jie Tong Mai Fang protects against atherosclerosis progression by regulating macroautophagy through the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway. J Cardiovasc Pharmacol. 82 (4), 333-343 (2023).
  7. Han, H., et al. Mechanism of san jie tong mai fang in atherosclerosis attenuation by JAK/STAT-mediated inhibition of macrophage M1 polarization. J Vis Exp. (221), e68546(2025).
  8. Hopkins, A. L. Network pharmacology. Nat Biotechnol. 25 (10), 1110-1111 (2007).
  9. Hopkins, A. L. Network pharmacology: The next paradigm in drug discovery. Nat Chem Biol. 4 (11), 682-690 (2008).
  10. Vogel, C., Marcotte, E. M. Insights into the regulation of protein abundance from proteomic and transcriptomic analyses. Nat Rev Genet. 13 (4), 227-232 (2012).
  11. Pinzi, L., Rastelli, G. Molecular docking: Shifting paradigms in drug discovery. Int J Mol Sci. 20 (18), (2019).
  12. Huang, T., et al. Approaches in studying the pharmacology of Chinese medicine formulas: Bottom-up, top-down-and meeting in the middle. Chin Med. 13, 15(2018).
  13. Zhao, P., et al. Integration of transcriptomics, proteomics, metabolomics, and systems pharmacology data to reveal the therapeutic mechanism underlying the Chinese herbal BuFei Yishen formula for the treatment of chronic obstructive pulmonary disease. Mol Med Rep. 17 (4), 5247-5257 (2018).
  14. Geng, X., et al. Determining the mechanism of action of the qishan formula against lung adenocarcinoma by integration of network pharmacology, molecular docking, and proteomics. Medicine (Baltimore). 102 (13), e33384(2023).
  15. Ru, J., et al. TCMSP: A database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines. J Cheminform. 6, 13(2014).
  16. Li, H., et al. A network pharmacology approach to determine active compounds and action mechanisms of ge-gen-qin-lian decoction for treatment of type 2 diabetes. Evid Based Complement Alternat Med. 2014, 495840(2014).
  17. El Omari, N., et al. Unveiling the molecular mechanisms: Dietary phytosterols as guardians against cardiovascular diseases. Nat Prod Bioprospect. 14 (1), 27(2024).
  18. Feng, S., et al. Intake of stigmasterol and β-sitosterol alters lipid metabolism and alleviates NAFLD in mice fed a high-fat western-style diet. Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids. 1863 (10), 1274-1284 (2018).
  19. Bodet, C., La, V. D., Epifano, F., Grenier, D. Naringenin has anti-inflammatory properties in macrophage and ex vivo human whole-blood models. J Periodontal Res. 43 (4), 400-407 (2008).
  20. Chtourou, Y., Slima, A. B., Makni, M., Gdoura, R., Fetoui, H. Naringenin protects cardiac hypercholesterolemia-induced oxidative stress and subsequent necroptosis in rats. Pharmacol Rep. 67 (6), 1090-1097 (2015).
  21. Luo, Y., Shang, P., Li, D. Luteolin: A flavonoid that has multiple cardio-protective effects and its molecular mechanisms. Front Pharmacol. 8, 692(2017).
  22. Luo, Y., et al. Isorhamnetin attenuates atherosclerosis by inhibiting macrophage apoptosis via PI3K/Akt activation and HO-1 induction. PLoS One. 10 (3), e0120259(2015).
  23. Xu, S., et al. Exploring the mechanisms of guizhifuling pills in the treatment of coronary spastic angina based on network pharmacology combined with molecular docking. Medicine (Baltimore). 103 (29), e39014(2024).
  24. Khalaf, K., et al. Cellular aspects of immunity involved in the development of atherosclerosis. Front Immunol. 16, 1461535(2025).
  25. Kadowaki, T. Insights into insulin resistance and type 2 diabetes from knockout mouse models. J Clin Invest. 106 (4), 459-465 (2000).
  26. Ginsberg, H. N. Insulin resistance and cardiovascular disease. J Clin Invest. 106 (4), 453-458 (2000).
  27. Taskinen, M. R. Diabetic dyslipidaemia: From basic research to clinical practice. Diabetologia. 46 (6), 733-749 (2003).
  28. Kamagate, A., et al. Foxo1 mediates insulin-dependent regulation of hepatic VLDL production in mice. J Clin Invest. 118 (6), 2347-2364 (2008).
  29. Mulvihill, E. E., et al. Nobiletin attenuates VLDL overproduction, dyslipidemia, and atherosclerosis in mice with diet-induced insulin resistance. Diabetes. 60 (5), 1446-1457 (2011).
  30. Rask-Madsen, C., King, G. L. Mechanisms of disease: Endothelial dysfunction in insulin resistance and diabetes. Nat Clin Pract Endocrinol Metab. 3 (1), 46-56 (2007).
  31. Han, S., et al. Macrophage insulin receptor deficiency increases ER stress-induced apoptosis and necrotic core formation in advanced atherosclerotic lesions. Cell Metab. 3 (4), 257-266 (2006).
  32. Rask-Madsen, C., et al. Loss of insulin signaling in vascular endothelial cells accelerates atherosclerosis in apolipoprotein E null mice. Cell Metab. 11 (5), 379-389 (2010).
  33. Braverman, J., Stanley, S. A. Nitric oxide modulates macrophage responses to mycobacterium tuberculosis infection through activation of hif-1α and repression of nf-κb. J Immunol. 199 (5), 1805-1816 (2017).
  34. Cao, C., et al. Ikkε knockout prevents high-fat diet-induced arterial atherosclerosis and NF-κB signaling in mice. PLoS One. 8 (5), e64930(2013).
  35. Gliozzi, M., et al. Modulation of nitric oxide synthases by oxidized LDLs: Role in vascular inflammation and atherosclerosis development. Int J Mol Sci. 20 (13), (2019).
  36. Chantong, B., Kratschmar, D. V., Nashev, L. G., Balazs, Z., Odermatt, A. Mineralocorticoid and glucocorticoid receptors differentially regulate NF-κB activity and pro-inflammatory cytokine production in murine BV-2 microglial cells. J Neuroinflammation. 9, 260(2012).
  37. Rask, E., et al. Tissue-specific dysregulation of cortisol metabolism in human obesity. J Clin Endocrinol Metab. 86 (3), 1418-1421 (2001).
  38. Livingstone, D. E., et al. Understanding the role of glucocorticoids in obesity: Tissue-specific alterations of corticosterone metabolism in obese Zucker rats. Endocrinology. 141 (2), 560-563 (2000).
  39. Kipari, T., et al. 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 deficiency in bone marrow-derived cells reduces atherosclerosis. Faseb J. 27 (4), 1519-1531 (2013).
  40. Charo, I. F., Taubman, M. B. Chemokines in the pathogenesis of vascular disease. Circ Res. 95 (9), 858-866 (2004).
  41. Hadoke, P. W., Kipari, T., Seckl, J. R., Chapman, K. E. Modulation of 11β-hydroxysteroid dehydrogenase as a strategy to reduce vascular inflammation. Curr Atheroscler Rep. 15 (5), 320(2013).
  42. Allerheiligen, S. R. Next-generation model-based drug discovery and development: Quantitative and systems pharmacology. Clin Pharmacol Ther. 88 (1), 135-137 (2010).
  43. Fleisher, B., Brown, A. N., Ait-Oudhia, S. Application of pharmacometrics and quantitative systems pharmacology to cancer therapy: The example of luminal a breast cancer. Pharmacol Res. 124, 20-33 (2017).
  44. Leil, T. A., Ermakov, S. Editorial: The emerging discipline of quantitative systems pharmacology. Front Pharmacol. 6, 129(2015).
  45. Zha, X., Ji, R., Li, Y., Cao, R., Zhou, S. Network pharmacology, molecular docking, and molecular dynamics simulation analysis reveal the molecular mechanism of halociline against gastric cancer. Mol Divers. 29 (5), 4693-4703 (2025).

액세스가 제한되었습니다. 이 콘텐츠를 보려면 로그인하거나 체험판을 시작하세요.

재인쇄 및 허가

더 많은 논문 탐색

죽상경화증 기전단백질체 분석ApoE 결핍 생쥐생성물분자 도킹글루코코르티코이드 대사혈관 염증Hsd11b1 표적