Name: 대량 연안 해수 샘플 (20L +) 여과 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: 배우세요 대량 해수 여과법으로 0.22μm~2.7μm 미생물 바이오매스를 수집하는 방법을. 해양 미생물 다양성 연구에 활용할 수 있는 효과적인 실험 기술입니다.

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우리는 해안과 열린 바다 바닷물의 낮은 산소 지역에 지속적인 연구를 지원하기위한 혁신, 브리티시 컬럼비아 기술 개발 기금과 국립 과학 및 캐나다의 공학 연구 협의회 (NSERC)에 대한 캐나다 재단 감사드립니다. 도스는 NSERC, 킬람와 툴라 기초 미생물 다양성과 진화에 대한 투자 센터에서 장학금으로 지원했다.

<ol><li> 여과 장치의 설정 <ol><li> 여과 장치를 설정하려면, prefilter 주택 단위로 등급 GF / D 필터를 배치 핀셋을 사용합니다. 대충 손으로 주택을 조입니다. 엄지의 규칙으로, 오버 강화하지 않거나 장치의 펌핑 시작되면 누출됩니다. </li><li> 조심스럽게 그것을 만지지 않고 상자 속에 든 대형 유리병에 내부 튜브를 삽입하여 autoclaved 뚜껑과 연결된 튜브로 상자 속에 든 대형 유리병 뚜껑을 교체합니다. 필요한 경우, 상자 속에 든 대형 유리병에 튜브를 안내 핀셋을 사용합니다. </li><li> 연동 펌프를 통해 외부 튜빙을 전달합니다. </li><li> 모두 외부 튜브 (상자 속에 든 대형 유리병 당 즉 2 대)의 끝 부분에 prefilter 주택 장치를 연결합니다. 펜치와 연결을 조인다. </li></ol></li><li> 해수 여과 <ol><li> 해수를 필터링 시작하려면 펌프의 전원을 켜고 1 흐름 속도를 설정할 수 있습니다. 물이가 올바른 방향으로 나오지되도록보세요. </li><li> 물 500 ML은 prefilter 단위 통해 1 L의 비커에 자유롭게 흘러 수 있습니다. </li><li> 펌프를 끄고, 그리고 prefilter 설정의 자유로운 끝에 남자 luer 피팅에 Sterivex 필터를 첨부합니다. 손으로 prefilter 주택 snugly를 조이십시오. </li><li> prefilter 주택에서와 prefilter 주택 상자 속에 든 대형 유리병에 이르게 튜브 사이의 연결에서 살펴보십시오. 누수가 발생하면 펌프를 끄고 느슨하게하고 그에 따라 prefilter 주택을 retighten. 뒷면에있는 펌프를 켭니다. </li><li> 4 L의 flasks에 여과물를 수집합니다. 일단 그들은 깨끗한 상자 속에 든 대형 유리병에 flasks가 비어 가득 찼습니다. 각 필터를 통해 전달되는 볼륨을 참고하시기 바랍니다. 수집 여과액는 바이러스에 대한 여과 등 추가로 처리할 수 있습니다. </li><li> 물도이 carboys 달았어 때까지 계속 필터링. 4-5 H / 20 L의 상자 속에 든 대형 유리병 사이의 일반적인 여과 시간 범위는 있지만, 이것은 물 내에서 바이오 매스의 양을에 크게 의존합니다. </li><li> 여과가 완료되면 펌프를 끄고 Sterivex 필터를 분리합니다. </li></ol></li><li> 필터 저장 <ol><li> 필터를 저장하려면 먼저 30-60 ML의 주사기와 함께 남아있는 물을 추방. </li><li> 피펫을 사용하여 시약의 저장뿐만 아니라를 위해 필터의 공간 ~ 200 UL을 유지, 필터 1.8ml 용해 버퍼를 추가합니다. </li><li> Parafilm의 작은 조각으로 Sterivex 필터의 하단과 상단을 밀봉하고, 날짜와 샘플 식별과 필터를 라벨. </li><li> -80에서 미리 표시 50 ML 팔콘 튜브에 필터를 저장 ° C </li><li> 주택 단위에서 필터를 제거하고 용해 버퍼 2 ML를 포함하는 표시 50 ML 팰컨 튜브에 그들을 놓으십시오. -80에서 이들을 보관 ° C.를 </li></ol></li><li> 대청소 <ol><li> 최종 정리, 0.1 M HCL을 포함하는 플라스크에 상자 속에 든 대형 유리병 안에 튜브를 삽입 </li><li> 원래 상자 속에 든 대형 유리병에 4L 술병으로 이어질 튜빙을 직접. </li><li> 펌프 스위치를 원래의 상자 속에 든 대형 유리병에서 실행을 통해 흐름을 수집, 3 실행합니다. </li><li> 마지막으로, autoclaved 물을 튜빙을 씻어. </li></ol></li></ol> 대표 결과 : 최종 결과 두 Sterivix 필터 0.22μm와 2.7μm의 크기 범위에서 약 10 L의 해수에서 미생물 바이오 매스를 포함하는 각각 구성되어 있습니다. 이것은 용해 버퍼에 저장된 및 DNA 추출을위한 준비가되었습니다. 또한,이 절차를 수집하고 GF / D prefilters에, 2.7 μm의보다 큰 바이오 매스를 집중하고 있습니다. 이것은 또한 용해 버퍼에 저장된 및 DNA 추출을위한 준비가되었습니다. 추가 처리 단계를 촬영하는 경우, 흐름을 통해 0.22 μm의는뿐만 아니라 바이러스 분수를 수집 아래로 집중하실 수 있습니다.

저자들은 공개할 이해관계가 없습니다.

그것은 달리 장비를 부식 것이다 소금물의 느린 흔적을 제거하는 데 사용 후 젖은 수건으로 벤치와 펌프를 닦아 필수적입니다. 절차는 간단하지만, 시간 요구 사항이 필터링되는 예제에서 바이오 매스이나 먼지의 농도에 따라 광범위한 수 있습니다.

<table><tbody><tr><td>연동 펌프</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFL 튜빙</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>여과 장치용</td></tr><tr><td>호스 클램프</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>여과 장치용</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; 파이프 어댑터</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>여과 장치용</td></tr><tr><td>폴리프로필렌 프리필터 하우징</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>여과 장치용</td></tr><tr><td>금속 루어 피팅 (호스 끝단-수루어 록)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>여과 장치용</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; 자석</td><td></td><td></td><td>여과 장치용</td><td></td></tr><tr><td>3포트 카보이 캡</td><td></td><td></td><td></td><td>여과 장치용</td></tr><tr><td>GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX 필터</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>직경 47 mm, 2.7 &amp;mu;m GF/D 필터</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>용해 버퍼</td><td>시약</td><td></td><td></td><td>0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td>시약</td><td></td><td></td><td>여과 후 헹굼용</td></tr><tr><td>멸균 증류수</td><td>시약</td><td></td><td></td><td>여과 후 헹굼용</td></tr></tbody></table>

대량 연안 해수 샘플 (20l +) 여과

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

흐름은 하류 미생물 커뮤니티 해안 해양 물, 영양 및 추적 가스 분석의 수집과 함께 시작됩니다. 이 방법의 경우, 샘플은 사니치​​ 후미에 HMS 존 스트 리클 랜드 운영의 갑판에서 수집되었다. 물 칼럼에서 0.22μm와 직경 2.7μm 사이의 범위 미생물 바이오 매스의이 동영상은 문서 대형 볼륨 (≥ 20 L) 여과,. 두 20L 샘플은 네 머리 회전을 갖춘 단일 펌프 장치를 사용하여 동시에 필터링할 수 있습니다. 여과 연장 여행 분야에서 일을하거나, 즉시 당일 여행 돌아오면됩니다. 각 sterivex 필터 유닛 통과 물의 양을 기록하는 것이 중요합니다. 샘플링 여행 사이의 biofilm 형성을 방지하기 위해, 모든 여과 장비는 희석 HCL 및 탈이온수로 씻어서 바로 사용 후 autoclaved해야합니다. 이 절차는 약 5 시간 플러스 치우기 추가 시간이 소요됩니다.

물 칼럼에서 0.22μm와 직경 2.7μm 사이의 범위 미생물 바이오 매스의이 동영상은 문서 대형 볼륨 (≥ 20 L) 여과,.

대량 연안 해수 샘플 (20L +) 여과

워크플로우는 후속 미생물 군집, 영양염 및 미량 가스 분석을 위한 연안 해수의 채집으로 시작됩니다. 본 방법의 경우, ...

안녕하세요, 브리지 컬럼비아 대학교 미생물 면역학과의 Steven Hallam 연구실 소속 David Walsh입니다. 오늘은 미생물 바이오매스 분석을 위해 대량의 해수를 여과하는 절차를 보여드리겠습니다. 저희 연구실에서는 해양 환경의 미생물 다양성을 연구하기 위해 이 절차를 사용하고 있습니다.그럼 시작하겠습니다. 여과 장치를 설정하려면, 핀셋을 사용하여 GFD 등급 필터를 프리필터 하우징 유닛에 넣으십시오. 하우징을 손으로 가볍게 조여 줍니다.일반적으로, 너무 세게 조이면 장치에서 누출이 발생할 수 있으므로 주의하십시오. 펌핑이 시작되면 카보이 캡을 오토클레이브 캡으로 교체하고, 내부 튜브가 벽면에 닿지 않도록 조심스럽게 삽입하여 튜브를 연결하십시오. 필요한 경우, 핀셋을 사용하여 튜브를 내부로 안내하십시오.그런 다음 캡을 조이고, 외부 튜브를 연동 펌프에 통과시킵니다. 두 외부 튜브의 끝에 프리필터 하우징 유닛을 부착합니다. 플라이어로 연결 부위를 조여 해수 여과를 시작합니다.펌프를 켜고 유속을 1로 설정하여 물이 올바른 방향으로 펌핑되는지 확인합니다. 500 milliliters의 물이 프리필터 유닛을 통해 1 liter 비커로 자유롭게 흐르게 합니다. 펌프를 끄고 프리필터 장치 끝단의 수컷 루어 피팅에 Stax 필터를 부착합니다.프리필터 하우징을 손으로 단단히 조입니다. 프리필터 하우징과 프리필터 하우징 및 차량으로 이어지는 튜브 사이의 연결 부위에서 누수가 발생하는지 확인하십시오. 누수가 발생하면 펌프 전원을 끄고 프리필터 하우징을 풀었다가 다시 적절히 조인 후, 펌프 전원을 다시 켭니다.여과액을 4L 플라스크에 수집하십시오. 플라스크가 가득 차면 깨끗한 카보이(carboy)에 쏟아붓습니다. 각 필터를 통해 통과하여 수집된 부피를 반드시 기록하십시오.여과액은 바이러스 제거를 위한 여과와 같이 추가 공정을 거칠 수 있습니다. 카보이에 물이 남지 않을 때까지 여과를 계속하십시오. 일반적인 여과 시간은 20L 카보이당 4~5시간 정도 소요됩니다.하지만 이는 물속의 바이오매스 양에 따라 크게 달라집니다. 여과가 완료되면 펌프 전원을 끄고 Stax 필터를 분리하십시오. 필터를 보관하려면.먼저 30~60 mL 시린지를 사용하여 남아 있는 물을 모두 배출합니다. 피펫을 사용하여 필터에 1.8 mL의 lysis buffer를 추가하며, 필터 내에 약 200 µL의 공간을 남겨둡니다. 나중에 시약을 추가하기 위해, s

large-volume-20l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

이 동영상은 문서 해안 해양 물 샘플을 수집 및 바이오 매스 농도, 핵산 정화, 세포 풍부, 영양 및 추적 가스 분석 등 다양한 어플 리케이션을위한 스트림을 처리하는 방법을.

해수 샘플링 및 수집

이 동영상은 문서 소량 (~ 1 L) 물 기둥에서 미생물 바이오 매스의 여과.

연안 해수 샘플을 소량 (1 - 3L)은 여과

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