Name: Denaturing 그라디언트 젤 전기 영동 (DGGE) (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-02-25T00:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: 배우세요 DGGE를 이용한 미생물 바이오필름 내 세균 군집 프로파일링 방법입니다. 16S rRNA 서열 변화를 시간과 공간에 따라 분석하여 생태학적 역동성을 이해할 수 있습니다.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

저자들은 공개할 사항이 없습니다.

denaturing 그라디언트 젤 전기 영동 (dgge)

Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

Denaturing 그라디언트 젤 전기 영동 (DGGE)

안녕하세요, 제 이름은 Celeste Peterson이며 하버드 대학교에서 미생물 바이오필름 커뮤니티를 연구하는 펠로우입니다. 저는 16S rRNA 서열을 분석하여 박테리아 커뮤니티의 특성을 파악하고, 이 서열이 시간과 공간에 따라 어떻게 변화하는지 연구하고 있습니다. 이를 위해 저는 DGGE를 사용하고 있습니다.이것은 일반적인 웰의 아크릴이 아니며, 구동 시 60°C로 유지해야 하고 완충액을 지속적으로 펌핑해야 합니다. 따라서 완충액이 60°C에 도달할 때까지 약 1시간 동안 예열한 후, 타월을 구동할 수 있습니다. 이제 희석된 uc 용액으로 이 플레이트를 세척하여 불순물을 제거하고, 그것을 조명하겠습니다.그러한 모든 요소가 불규칙성을 유발할 수 있습니다. 모든 물기를 닦아내는 것이 중요합니다. 따라서 겔을 조립할 때, 해당 칩을 겔의 외측에 배치하겠습니다.따라서 겔은 이 두 개의 유리판 사이에 위치하게 되며, 칩은 바깥쪽에 놓여 사이에 있는 겔에 영향을 주지 않습니다. 이제 이 클램프들에 겔을 조립한 다음, 함께 눌러주고 오른쪽으로 돌려 조여줍니다. 다른 모든 겔 작업과 마찬가지로, 바닥 부분이 평평하게 밀착되었는지 확인하는 것이 중요합니다.누설을 방지하기 위해, 이제 젤의 방향을 돌려 가스켓으로 밀봉될 수 있도록 여기에 넣습니다. 이때 젤 플레이트가 여기 가스켓과 정확히 일치하도록 정렬하는 것이 중요합니다. 그런 다음 측면의 노브를 끼우고 아래로 눌러 밀봉합니다.이것은 30 mL 주사기입니다. 이 부분과 이 부분은 bio red 키트에 포함되어 있으며, 다음과 같이 장착합니다. 이는 튜브 내의 과잉수를 제거하기 위한 것입니다.이제 겔을 로딩하기 위해 튜브를 겔 위에 배치합니다. 먼저 어댑터를 튜브에 끼운 다음, 작은 어댑터가 달린 바늘을 사용하여 겔의 정중앙, 즉 하단 유리의 약간 아래쪽에 위치시킵니다. 그다음 와이어 어댑터를 긴 튜브에 연결하며, 이는 고밀도 및 저밀도 용액이 들어 있는 두 개의 시린지와 연결됩니다.여기 미리 준비된 용액들이 있습니다. 파란색 용액에는 이 용액이 가장 강한 변성 용액임을 나타내는 염료를 첨가했으며, 나머지 하나는 변성 정도가 가장 낮은 저밀도 용액입니다. 이 용액들에는 필요한 모든 성분이 포함되어 있습니다.이제 제작하겠습니다. 실제로는 일주일에 두 번 정도 진행합니다. 적정 온도에 도달하면, 콜라겐이 중합되기 전까지 약 5~7분 이내에 젤을 채워야 합니다. 이제 주사기에 용액을 채웁니다.약 15µL의 용액을 채우겠습니다. 그런 다음 기포를 제거하기 위해, 상단의 기포가 사라질 때까지 조심스럽게 누르면서 거꾸로 뒤집습니다. 이제 이 작은 나사를 이 홈에 끼우겠습니다.이 어댑터는 여기 있는 클램프와 일직선으로 정렬되며, C-클램프로 매우 단단히 고정됩니다. 그런 다음 이 튜브를 시린지에 연결합니다. 고밀도 매트릭스가 있는 반대편에서도 전달 준비가 되면 동일한 과정을 수행합니다.이제 휠을 일정한 시계 방향으로 회전시키겠습니다. 가장 농도가 높은 파란색 용액이 먼저 나오고 겔의 바닥 부분을 형성하게 됩니다. 그러고 나서 잠시 후 투명한 용액이 겔을 채우기 시작하면서 구배(Gradient)가 형성될 것입니다.잠시 동안 비스듬히 기울인 상태를 유지하십시오. 젤을 다 붓자마자 튜브를 즉시 세척해야 합니다. 그렇지 않으면 튜브 안에서 중합 반응이 일어나기 때문입니다. 이제 그 그룹으로 이동하여 아래로 누르십시오. 이 작은 부분과 반대편에도 동일하게 작업을 수행하겠습니다. 좋습니다.안녕하세요, 제 이름은 Celeste Peterson이며 하버드 대학교에서 미생물 생물 군집을 연구하는 펠로우입니다. 저는 16S rRNA 서열을 분석하여 세균 군집의 특성을 파악하고, 시간과 공간에 따라 서열이 어떻게 변화하는지 연구하고 있습니다. 이를 위해 저는 DGGE를 사용하고 있습니다.DGE는 변성 젤 전기영동(Denaturing Gel Electrophoresis)을 의미합니다. 기본 원리는 구배(gradient)가 형성되어 있어 DNA가 구배를 따라 이동하면서 변성되는 것입니다. 이에 따라 서로 다른 16가지 종이 구배를 따라 서로 다른 지점에서 멈추게 됩니다.따라서 이는 커뮤니티 내 다양한 세시노스(sexiness) 종들의 지문과 같은 역할을 하게 됩니다. 그러므로 제 실험의 목표는 커뮤니티에 어떤 종들이 존재하는지, 그리고 그것이 시간과 공간에 따라 어떻게 변화하는지 확인하는 것입니다. 세시노스 DDD 겔을 전기영동한 후, 밴드를 절단하여 각 커뮤니티에 존재하는 종들을 식별할 수 있습니다.DDG 겔을 제작할 때 가장 큰 문제 중 하나는 최적의 구배(gradient)를 결정하는 것입니다. 따라서 특정 군집에 어떤 유형의 구배가 적합한지는 직접 여러 번 시도하며 찾아내야 합니다. 오늘 제가 사용하고 있는 것은 35에서 55% urea 구배입니다.이 기술에서 발생할 수 있는 주요 문제 중 하나는 레인에 스미어(smear) 현상이 나타나는 것입니다. 저는 어떤 이유에서인지 젤을 아주 오랫동안 전기영동하면 스미어 현상이 사라진다는 점을 발견했습니다. 오늘은 일반적인 박테리아 군집에 사용하고 있지만, 이 방법은 특정 박테리아 과(family)가 시간에 따라 어떻게 변화하는지 확인하는 데에도 사용할 수 있으며, 이 경우 젤 결과가 매우 깨끗하게 나오는 경향이 있습니다.DDGE를 사용하여 단일 유전자의 돌연변이를 확인할 수도 있습니다.

denaturing-gradient-gel-electrophoresis-dgge

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

Denaturing 요소의 polyacrylamide 젤 전기 영동은 단일 좌초 DNA를 분리 또는 500 세포핵의 한계까지 RNA하는 데 사용됩니다. 열 denatures 샘플 및 구조화되지 않은 단일 가닥와 함께 요소는 분자량에 따라 겔 매트릭스 내에서 마이 그 레이션.

Denaturing 요소의 Polyacrylamide 젤 전기 영동 (우레아 페이지)

아가로 오스 겔 전기 영동을 이용한 DNA 조각의 분리를위한 기본적인 프로토콜이 설명되어 있습니다.

의 DNA 조각의 분리를위한 아가로 오스 젤 전기 영동

이 비디오는 아밀로이드 섬유의 2차원 반변성 세제 아가로스 젤 전기영동 기반 분리를 보여줍니다. 이 기술은 이질적인 크기에 따라 다형성 아밀로이드 응집체를 분리합니다.

2차원 반변성 아가로스 겔 전기영동: 크기 이질성에 따라 다형성 아밀로이드 섬유를 분리하는 기술

이 비디오에서는 인간 비기능성 뇌하수체 선종(NFPA)의 종양 조직에서 얻은 복잡한 단백질 혼합물에서 개별 단백질을 분리하는 2차원 겔 전기영동 방법을 보여줍니다. 단백질은 1차원에서 전하를 기준으로 분리되고 2차원에서 분자량에 따라 추가로 분리됩니다.

2차원 폴리아크릴아미드 겔 전기영동: 전하와 분자량에 근거를 둔 복잡한 단백질 혼합물에 있는 단백질의 분석을 위한 별거 기술

게놈 규모에서 RNA 편집 이벤트의 신속한 탐지와 신뢰할 수 있는 정량화는 여전히 어려운 과제이며 현재 직접 RNA 시퀀싱 방법에 의존하고 있습니다. 여기에 설명 된 프로토콜은 RNA 편집을 감지하는 간단하고 빠르며 휴대용 방법으로 미세 온도 구배 겔 전기 영동 (μTGGE)을 사용합니다.

RNA 편집의 신속한 검출을 위한 비시퀀싱 접근법

이 동영상은 체외의 angiogenesis 분석에의 프로토콜을 보여줍니다 angiogenesis의 recapitulates 여러 단계의 것을. 시간 저속 돋아의 이미지, 루멘 형성, 분기 및 문합 - angiogenesis의 주요 기능은 - 표시됩니다.

Angiogenesis 연구에 최적화된 섬유소 젤 비드 분석

우리는 잘 정의된 microenvironment의 공간 및 시간적 그라디언트를 생성할 수있는 그라디언트 생성 microfluidic 장치의 microfabrication을위한 프로토콜을 설명합니다. 이 방법에서는, 그라디언트 생성 microfluidic 장치가 감독 셀 마이 그 레이션, embryogenesis, 상처 치유, 및 암 전이를 공부하는 데 사용할 수 있습니다.

세포 생물학을위한 그라디언트 생성 Microfluidic 장치

우리는 표피 성장 인자 수용체 (EGFR)의 이상의 표현은 소설 아가로 오스 겔 기반 microfluidic 장치를 사용 신경 줄기 세포 (NSCs)의 운동성 향상 것을 보여줍니다. 이 기술은 인간의 신경 줄기 세포와 같은 세포 소스가 없어서 다른 포유 동물 세포 시스템에 쉽게 적응할 수 있으며, 시간을 주변의 차례가 중요합니다.

아가로 오스 겔 기반 Microfluidic 장치를 사용 신경 줄기 세포의 운동성 평가

SDD - 나이가 세포에서 고분자와 같은 아밀로이드의 감지 및 특성화를위한 유용한 기법입니다. 여기 우리는 대규모 응용 프로그램에이 기술을 의무하게 적응을 보여줍니다.

세미 Denaturing 세제 - 아가로 오스 젤 전기 영동에 의해 아밀로이드 집계에 대한 심사

우리는 정화를 위해 세슘 염화물 밀도 기울기 원심 분리 다음 0.22 μm의 Sterivex 필터에 집중 planktonic의 바이오 매스에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출을위한 방법을 설명합니다.

0.22 μm의 Sterivex 필터 및 세슘 클로라이드 밀​​도 기울기 원심 분리 장치에서 DNA 추출

배우세요 DGGE를 이용한 미생물 바이오필름 내 세균 군집 프로파일링 방법입니다. 16S rRNA 서열 변화를 시간과 공간에 따라 분석하여 생태학적 역동성을 이해할 수 있습니다.

Denaturing 그라디언트 젤 전기 영동 (DGGE)

더 많은 동영상 탐색