0 조회수 • 3:24 분 • April 30th, 2023
- 예쁜꼬마선충(C. elegans)에서 RNAi는 재조합 DNA 플라스미드에서 이중 가닥 RNA 또는 dsRNA를 발현하는 벌레 박테리아를 공급하여 유도할 수 있습니다.
먼저 테트라사이클린 내성 HT115 E. coli를 L4440 플라스미드로 하룻밤 사이에 transfection하여 테트라사이클린과 암피실린 또는 그 기능성 아날로그 카르베니실린을 함유한 선택적 LB 한천 플레이트에서 배양합니다. 표적 DNA 외에도 플라스미드에는 암피실린 내성 유전자가 포함되어 있습니다. 플라스미드를 유전하는 박테리아 군집만이 이러한 항생제가 있는 곳에서 자랄 수 있습니다.
다음으로, 박테리아 군체를 수확하고 액체 LB 배지에서 원하는 농도로 확장합니다. dsRNA 발현을 유도하기 위해 박테리아 용액을 IPTG를 함유한 준비된 선충 성장 배지 또는 NGM 한천 플레이트에 전달합니다.
이 발현 시스템에서 IPTG는 lactose를 모방하여 lac repressor를 비활성화하여 T7 RNA 중합효소의 발현을 가능하게 합니다. 플라스미드에서 타겟 DNA 발현은 두 개의 수렴 T7 프로모터에 의해 조절됩니다. 결과적으로, 감각 및 반감각 염기서열(sense and anti-sense sequence)이 전사되어 dsRNA의 발현으로 이어집니다.
마지막으로, 웜은 수집된 dsRNA의 염기서열 정보를 사용하여 상보적 염기서열로 내인성 mRNA를 하향 조절합니다. 이 실험에서는 예쁜꼬마선충 먹이를 위해 형질전환 대장균이 있는 RNAi 플레이트를 준비할 것입니다.
- RNAi 플레이트의 경우 IPTG와 카르베니실린이 포함된 NGM 한천으로 6cm 플레이트를 로드합니다. 어두운 곳에서 실온에서 24-48시간 동안 건조시킵니다. 그런 다음 최대 14일 동안 섭씨 4도까지 옮깁니다.
다음으로, 카르베니실린과 테트라사이클린을 포함하는 선택적 플레이트를 lin-53 유전자를 운반하는 L4440 플라스미드와 RNAi 박테리아 클론으로 만듭니다. 3상 줄무늬 패턴을 사용하고 빈 벡터 컨트롤을 플레이팅해야 합니다. 그런 다음 섭씨 37도에서 밤새 접시를 성장시킵니다.
다음 날, 최소 3개의 단일 콜로니를 선택하고 각 콜로니를 별도의 배양 튜브에 2ml의 LB에 카르베니실린이 보충되었지만 테트라사이클린은 보충되지 않았습니다. 상태당 세 가지 건강한 배양을 계획하십시오.
다음으로, 섭씨 37도에서 600나노미터의 광학 밀도가 0.6에서 0.8에 도달할 때까지 하룻밤 동안 배양물을 성장시킵니다. 그런 다음 각 박테리아 배양액 500마이크로리터를 6cm NGM 한천 RNAi 플레이트에 추가합니다. 어두운 곳에서 실온에서 밤새 플레이트를 배양하십시오.
본 논문은 이중 가닥 RNA(dsRNA)를 발현하는 박테리아를 이용하여 C. elegans에서 RNA 간섭(RNAi)을 유도하는 방법을 설명합니다. 해당 프로토콜은 형질전환된 E. coli로 RNAi 플레이트를 준비하고 이를 벌레에게 먹여 표적 mRNA의 발현을 하향 조절하는 과정을 포함합니다.
엔지니어링된 E. coli를 이용한 C. elegans RNAi 피딩은 기능 유전체학 및 초기 발굴 단계의 타겟 검증을 위해 신속하고 확장 가능한 유전자 넉다운을 가능하게 합니다. 이 접근 방식은 전신 유기체 환경에서 유전자 기능을 직접 조사함으로써 기전적 리스크 제거(de-risking)를 지원합니다. 본 방법은 타겟 검증과 어세이 개발의 접점에 위치하며, 후속 스크리닝 및 중개 연구를 위한 예측적 신뢰도를 제공합니다.
이 RNAi 먹이 공급 방법은 초기 표적 검증부터 분석법 개발 및 전임상 모델링에 이르는 발견 연속체에 통합됩니다.
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마지막 업데이트: 22 8월 2026