예쁜꼬마선충 공급을 위한 RNAi 도금: 대장균에서 표적 dsRNA 발현을 유도하는 기술

0 조회수3:24 • April 30th, 2023

- 예쁜꼬마선충(C. elegans)에서 RNAi는 재조합 DNA 플라스미드에서 이중 가닥 RNA 또는 dsRNA를 발현하는 벌레 박테리아를 공급하여 유도할 수 있습니다.

먼저 테트라사이클린 내성 HT115 E. coli를 L4440 플라스미드로 하룻밤 사이에 transfection하여 테트라사이클린과 암피실린 또는 그 기능성 아날로그 카르베니실린을 함유한 선택적 LB 한천 플레이트에서 배양합니다. 표적 DNA 외에도 플라스미드에는 암피실린 내성 유전자가 포함되어 있습니다. 플라스미드를 유전하는 박테리아 군집만이 이러한 항생제가 있는 곳에서 자랄 수 있습니다.

다음으로, 박테리아 군체를 수확하고 액체 LB 배지에서 원하는 농도로 확장합니다. dsRNA 발현을 유도하기 위해 박테리아 용액을 IPTG를 함유한 준비된 선충 성장 배지 또는 NGM 한천 플레이트에 전달합니다.

이 발현 시스템에서 IPTG는 lactose를 모방하여 lac repressor를 비활성화하여 T7 RNA 중합효소의 발현을 가능하게 합니다. 플라스미드에서 타겟 DNA 발현은 두 개의 수렴 T7 프로모터에 의해 조절됩니다. 결과적으로, 감각 및 반감각 염기서열(sense and anti-sense sequence)이 전사되어 dsRNA의 발현으로 이어집니다.

마지막으로, 웜은 수집된 dsRNA의 염기서열 정보를 사용하여 상보적 염기서열로 내인성 mRNA를 하향 조절합니다. 이 실험에서는 쁜꼬마선충 먹이를 위해 형질전환 대장이 있는 RNAi 플레이트를 준비할 것입니다.

- RNAi 플레이트의 경우 IPTG와 카르베니실린이 포함된 NGM 한천으로 6cm 플레이트를 로드합니다. 어두운 곳에서 실온에서 24-48시간 동안 건조시킵니다. 그런 다음 최대 14일 동안 섭씨 4도까지 옮깁니다.

다음으로, 카르베니실린과 테트라사이클린을 포함하는 선택적 플레이트를 lin-53 유전자를 운반하는 L4440 플라스미드와 RNAi 박테리아 클론으로 만듭니다. 3상 줄무늬 패턴을 사용하고 빈 벡터 컨트롤을 플레이팅해야 합니다. 그런 다음 섭씨 37도에서 밤새 접시를 성장시킵니다.

다음 날, 최소 3개의 단일 콜로니를 선택하고 각 콜로니를 별도의 배양 튜브에 2ml의 LB에 카르베니실린이 보충되었지만 테트라사이클린은 보충되지 않았습니다. 상태당 세 가지 건강한 배양을 계획하십시오.

다음으로, 섭씨 37도에서 600나노미터의 광학 밀도가 0.6에서 0.8에 도달할 때까지 하룻밤 동안 배양물을 성장시킵니다. 그런 다음 각 박테리아 배양액 500마이크로리터를 6cm NGM 한천 RNAi 플레이트에 추가합니다. 어두운 곳에서 실온에서 밤새 플레이트를 배양하십시오.

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마지막 업데이트: 29 8월 2026