Name: 아이스 바인딩 단백질 수사 LabVIEW 운영하는 소설 Nanoliter의 Osmometer (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-02-04T09:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 32 s
Description: 학습하세요 아이스 바인딩 단백질의 열적 히스테리스를 측정하는 나노리터 삼투압계 방법을 활용하여. 이 기법은 정밀한 온도 제어와 비디오 현미경 분석을 통해 얼음 성장 및 용융 거동을 연구하여 저온 보존 기술 발전에 기여합니다.

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이 연구는 ISF, NSF, 그리고 ERC에 의해 지원되었다. 우리는 랜디 밀포드, 마이클 코렌, 덕 Shafer, 그리고 제레미 데니슨의 온도 단계에 대한 기술적 인 도움을 인정하고 싶습니다. 소프트웨어 개발 지원은 또는 첸, 디 슈, Rajesh Sannareddy, 그리고 Sumit Bhattachary에 의해 제공되었다. 우리는 MP IBP의 단백질과 도움이 토론을 보려면 공동 교수 피터 L. 데이비스 박사 로리 A. 그라함 감사드립니다. 우리는 또한 감사 실험실 구성원 박사 마야 바 - Dolev, Yangzhong 진 박사 Yeliz Celik, 닥터 나탈리아 Pertaya, Ortal Mizrahy, 그들의 사용자 의견 Shlomit 사람.주세요

0. 예비 절차 <ol><li> 유리는 솔루션 주입을위한 모세관. 모세 풀러을 (Narishige, 도쿄, 일본)를 사용, 유리 모세관 마이크로 튜브 (브랜드 GMBH, Wertheim, 독일)에서 좋은 시작과 함께 날카로운 피펫을 준비합니다. 개방의 크기는 깨끗한 물에서 고급 버블 링을 얻기 위해 모세관을 통해 공기를 전달하여 확인해야합니다. 모세가 닫혀 있다면, 하나는 가장자리를 위반하여 열 수 있습니다. 이것은 튜브 벽을 포함하는 물에 대해 누르거나 부드럽게를 긁적에 의해 수행 될 수있다. 개방 거의 차단되어 있지만 충분히 하위 mm 거품의 형성을 허용하도록 열어되어있는 모세관 등을 준비합니다. </li><li> 구리 디스크 청소. 더블 증류수로 씻어 후, 0.1 % 마이크로-90 비누 (콜 - Parmer, 버논 힐스, 일리노이, 미국)의 10 분의 구리 디스크를 Sonicate. 이소프로판올 (기술) 솔루션으로 디스크를 소개하고 10 분에 다시 sonicate. 지느러미동맹국, 필터링 공기를 사용하여 디스크를 건조. 이 청소 단계는 실험 사이의 IBP 오염을 방지하는 것이 중요합니다. </li><li> 더블 레이어 coverglass 조립. coverglass 조립은 커버 유리 표면에 수분을 응축하지 않고 샘플 관찰을 할 수 있도록 준비되었습니다. 이것은 다음 뜨거운 아교 총 접착 두개가 coverslips 사이 Drierite (WA 해먼드 Drierite, 크세 니아, 오하이오, 미국) 입자 (직경 2mm)를 배치에 의해 달성되었다. 이 구성 예제는 낮은 온도로 냉각하고 관찰 창에 건조 공기를 날려 할 필요가 제거되었을 때 시야를 가리지 수 결로하지 못했습니다. </li></ol> 1. 냉각 단계 설정 <ol><li> 4mm 내경 Tygon 튜브 (생 Gobain, 파리, 프랑스)로 냉각 단계의 물 흐름 입구와 출구를 연결하고, 워터 펌프로 물 흐름 입구 관을 연결합니다. </li><li> 냉각 단계 t의 입구에 4mm 내경 Tygon 튜브를 연결건조한 공기를 제공 O. 공기가 인라인 Drierite 열을 사용하여 건조되었습니다. </li><li> 공기와 물 펌프를 운영하고 있습니다. 냉각 요소가 히트 싱크없이 실행하지 말아야합니다. </li><li> 온도 컨트롤러, 카메라, LabVIEW 루틴을 사용합니다. </li></ol> 2. 샘플 준비 <ol><li> 디스크를 통해 교련 500 μm 구멍을 갖는 7mm 직경의 구리 디스크의 뒷면에 집중 기름 B (Cargille 실험실, 삼나무 로브, 뉴저지, 미국)의 3-4 μl 소적를 놓습니다. </li><li> 아래로 향한 집중 오일 측과 냉각 무대에서 구리 디스크를 배치합니다. </li><li> 2 ML 유리 주사기 (Poulten-그라프, Wertheim, 독일)의 다른 쪽 끝에서 연결 0.7 mm 내경 Tygon 튜브에 모세관 튜브를 (무딘 가장자리)에 연결합니다. </li><li> 이전 모세관 튜브를 사용하기 시작합니다 (예비 절차를 참조) 적절한 크기인지 확인하기 위해 모세관의 작은 구멍을 확인합니다. </li><li> 천천히 gla를 삽입SS은 준비된 IBP 단백질 샘플 튜브 (산도 8시 20 밀리미터에서 2.4 μM MP IBP-GFP CaCl 2, 25 MM 트리스 - HCL, 준비 대한 자세한 내용은 참조 10 참조)으로 모세관과 모세관 유리가 0.1이 포함되어 때까지 유리 주사기를 당겨 단백질 솔루션 μl. </li><li> LabVIEW 소프트웨어를 통해 비디오 녹화를 시작합니다. </li><li> 냉각 무대에서 구리 디스크에있는 구멍 중 하나에 모세관 유리 (단백질 솔루션을 포함)의 날카로운 가장자리를 삽입합니다. </li><li> (올림푸스, 도쿄, 일본, 10X 목적) 현미경으로 관찰하는 동안주의 깊게 유리 모세관 팁과 집중 기름 층을 관통하고, 단백질의 소량 (~ 10 NL)를 제공하기 위해 유리 주사기를 (아주 섬세) 키를 눌러 200 μm의 비말을 만드는 솔루션입니다. </li><li> 더블 레이어 coverglass 조립체 (예비 절차 참조) 냉각 단계에서 구멍을 다룹니다. </li></ol> 3. TH 활동 측정 <ol><li> 사전ss가 냉각 버튼을 -40로 온도를 설정 ° C. </li><li> 처음에는 솔루션 비말가 명확하게됩니다. 낮은 온도에서 일반적으로 범위 -30 ° C -35에 대한 해결책이 고정되었음을 나타내는 ° C, 비말의 색상이 변경됩니다. 대량 얼음이 녹기 시작할 때까지 샘플 얼려 후 즉시 천천히 온도를 높일 수 있습니다. 온도의 점진적인 증가는 샘플의 전체 녹는 될 수있는 온도의 오버 슈팅을 방지 할 필요가 있습니다. </li><li> 50x 목표로 전환하여 온도를 조절하여 얼음을 녹기 시작합니다. 이 조정은 대화 형이며, 마지막 단계는 일반적으로 0.002 ° C.의 작은 온도 단계를 사용하여 수행됩니다 하나의 크리스탈이 남아 때까지 녹기를 계속합니다. 크리스탈의 마지막 크기는 10 μm 주변에 있어야합니다. 용해가 중단 한되는 최고 온도는 융점로 결정되며 나중에 비디오 분석 단계에서 정확하게 결정됩니다. </li> &lt;리&gt; 크리스탈의 녹는 점 아래 섭씨 학위를 몇 hundredths로 온도를 설정하고 10 분 지연 온도 램프를 시작합니다. 원하는대로 ramping 속도를 조정합니다. 이 기간 동안 크리스탈은 IBPs에 노출 될 것입니다. </li><li> 10 분 노출 시간이 완료되면, 온도는 LabVIEW 루틴의 제어하에 자동으로 줄어 듭니다. </li><li> 온도 감소로 결정 모양을 관찰합니다. 어떤 시점에서, 얼음 크리스탈의 갑작스러운 폭발이 관찰 될 수 있습니다. 이 문제가 발생되는 온도는 크리스탈 버스트 온도로 기록됩니다. </li><li> 정확한 녹는 점과 버스트 온도를 결정하기 위해 비디오 분석을 사용합니다. 첫째, 비디오 분석을 사용하여, 정확한 녹는 점을 찾으십시오. 용해가 중단 한되는 최고 온도가 녹는 점으로 결정됩니다 연상케합니다. 스프레드 시트 프로그램에서이 녹는 점을 문서화. 그런 다음 정확한 크리스탈 버스트 온도를 결정하고,이 값을 문서화뿐만 아니라. 녹는 점과 어는점, 또는 크리스탈 버스트 온도, 사이의 차이점은 IBP 솔루션의 열 이력의 활동입니다. </li></ol> 4. 시간에 따라 달라 TH 활동의 측정 <ol><li> 얼음의 단일 크리스탈을 준비하는 제 3.1-3.3에 설명 된 프로토콜을 따르십시오. </li><li> 크리스탈 형성 한 후, 원하는대로 진입로를의 지연 시간을 설정하고, 램프를 켜십시오. </li><li> 온도가 자동으로 한 번 램프 지연 시간이 경과 (사업자의 요구에 따라) 고정 비율로 감소합니다. </li><li> 크리스탈 버스트가 발생되는 온도를 문서화. 노출 시간 (크리스탈 형성과 크리스탈 버스트 사이의 시간) 계산합니다. </li><li> 다양한 지연 시간에 대한 실험을 반복하고 TH 활동의 시간 의존도를 평가하는 노출 시간의 함수로 TH 활동을 하겠나. </li></ol>

<ol><li>DeVries, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Glycoproteins+as+biological+antifreeze+agents+in+antarctic+fishes%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Glycoproteins as biological antifreeze agents in antarctic fishes.</a> Science. 172, 1152-1155 (1971).</li>
<li>Worrall, D., Elias, L., Ashford, D., Smallwood, M., Sidebottom, C., Lillford, P., Telford, J., Holt, C., Bowles, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+carrot+leucine-rich-repeat+protein+that+inhibits+ice+recrystallization%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">A carrot leucine-rich-repeat protein that inhibits ice recrystallization.</a> Science. 282, 115-117 (1998).</li>
<li>Raymond, J. A., Knight, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ice+binding%2C+recrystallization+inhibition%2C+and+cryoprotective+properties+of+ice-active+substances+associated+with+Antarctic+sea+ice+diatoms%5BTitle%5D)+AND+%22Cryobiology%22%5BJournal%5D)">Ice binding, recrystallization inhibition, and cryoprotective properties of ice-active substances associated with Antarctic sea ice diatoms.</a> Cryobiology. 46, 174-181 (2003).</li>
<li>Tomchaney, A. P., Morris, J. P., Kang, S. H., Duman, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Purification%2C+composition%2C+and+physical+properties+of+a+thermal+hysteresis+%22antifreeze%22+protein+from+larvae+of+the+beetle%2C+Tenebrio+molitor%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Purification, composition, and physical properties of a thermal hysteresis "antifreeze" protein from larvae of the beetle, Tenebrio molitor.</a> Biochemistry. 21, 716-721 (1982).</li>
<li>Kiko, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Acquisition+of+freeze+protection+in+a+sea-ice+crustacean+through+horizontal+gene+transfer%5BTitle%5D)+AND+%22Polar+Biology%22%5BJournal%5D)">Acquisition of freeze protection in a sea-ice crustacean through horizontal gene transfer.</a> Polar Biology. 33, 543-556 (2010).</li>
<li>Robinson, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cold+adaptation+in+Arctic+and+Antarctic+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22New+Phytol%22%5BJournal%5D)">Cold adaptation in Arctic and Antarctic fungi.</a> New Phytol. 151, 341-353 (2001).</li>
<li>Gilbert, J. A., Hill, P. J., Dodd, C. E., Laybourn-Parry, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Demonstration+of+antifreeze+protein+activity+in+Antarctic+lake+bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Demonstration of antifreeze protein activity in Antarctic lake bacteria.</a> Microbiology. 150, 171-180 (2004).</li>
<li>Raymond, J. A., DeVries, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adsorption+inhibition+as+a+mechanism+of+freezing+resistance+in+polar+fishes%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Adsorption inhibition as a mechanism of freezing resistance in polar fishes.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 74, 2589-2593 (1977).</li>
<li>Pertaya, N., Marshall, C. B., DiPrinzio, C. L., Wilen, L., Thomson, E. S., Wettlaufer, J. S., Davies, P. L., Braslavsky, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+microscopy+evidence+for+quasi-permanent+attachment+of+antifreeze+proteins+to+ice+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">Fluorescence microscopy evidence for quasi-permanent attachment of antifreeze proteins to ice surfaces.</a> Biophys. J. 92, 3663-3673 (2007).</li>
<li>Celik, Y., Graham, L. A., Mok, Y. F., Bar, M., Davies, P. L., Braslavsky, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Superheating+of+ice+crystals+in+antifreeze+protein+solutions%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Superheating of ice crystals in antifreeze protein solutions.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107, 5423-5428 (2010).</li>
<li>Gilbard, J. P., Farris, R. L., Santamaria, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Osmolarity+of+tear+microvolumes+in+keratoconjunctivitis+sicca%5BTitle%5D)+AND+%22Arch.+Ophthalmol%22%5BJournal%5D)">Osmolarity of tear microvolumes in keratoconjunctivitis sicca.</a> Arch. Ophthalmol. 96, 677-681 (1978).</li>
<li>Gilbert, J. A., Davies, P. L., Laybourn-Parry, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+hyperactive%2C+Ca2%2B-dependent+antifreeze+protein+in+an+Antarctic+bacterium%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol.+Lett%22%5BJournal%5D)">A hyperactive, Ca2+-dependent antifreeze protein in an Antarctic bacterium.</a> FEMS Microbiol. Lett. 245, 67-72 (2005).</li>
<li>Soriano, J., Braslavsky, I., Xu, D., Krichevsky, O., Stavans, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Universality+of+persistence+exponents+in+two-dimensional+ostwald+ripening%5BTitle%5D)+AND+%22Phys.+Rev.+Lett%22%5BJournal%5D)">Universality of persistence exponents in two-dimensional ostwald ripening.</a> Phys. Rev. Lett. 103, (2009).</li>
<li>Tomczak, M. M., Marshall, C. B., Gilbert, J. A., Davies, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+facile+method+for+determining+ice+recrystallization+inhibition+by+antifreeze+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Bioph.+Res.+Co%22%5BJournal%5D)">A facile method for determining ice recrystallization inhibition by antifreeze proteins.</a> Biochem. Bioph. Res. Co. 311, 1041-1046 (2003).</li>
<li>Knight, C. A., Hallett, J., Devries, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solute+Effects+on+Ice+Recrystallization+-+an+Assessment+Technique%5BTitle%5D)+AND+%22Cryobiology%22%5BJournal%5D)">Solute Effects on Ice Recrystallization - an Assessment Technique.</a> Cryobiology. 25, 55-60 (1988).</li>
<li>Celik, Y., Drori, R., Pertaya-Braun, N., Altan, A., Barton, T., Bar-Dolev, M., Groisman, A., Davies, P. L., Braslavsky, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microfluidic+experiments+reveal+that+antifreeze+proteins+bound+to+ice+crystals+suffice+to+prevent+their+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Microfluidic experiments reveal that antifreeze proteins bound to ice crystals suffice to prevent their growth.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110, 1309-1314 (2013).</li>
<li>Middleton, A. J., Marshall, C. B., Faucher, F., Bar-Dolev, M., Braslavsky, I., Campbell, R. L., Walker, V. K., Davies, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Antifreeze+protein+from+freeze-tolerant+grass+has+a+beta-roll+fold+with+an+irregularly+structured+ice-binding+site%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Antifreeze protein from freeze-tolerant grass has a beta-roll fold with an irregularly structured ice-binding site.</a> J. Mol. Biol. 416, 713-724 (2012).</li>
</ol>

관심 없음 충돌이 선언 없습니다.

이 작품은 특별한 온도 제어 TH 활동의 정확한 측정을 가능하게하는 컴퓨터 제어 nanoliter의 osmometer의 작동을 보여줍니다. 어떤 온도에 민감한 시스템에서 원치 않는 온도 기울기는 피해야합니다. 여기에 제시된 장치에서 온도 기울기를 방지하려면 테스트 솔루션 물방울이 구리 디스크 냉각 단계 (단계 2.7)의 구멍의 중심에 위치해야합니다. 또한, 단일 크리스탈은 비말의 중심에보다는 가장자리 근처에 있어야합니다 (대부분의 경우에이 저절로 발생합니다.) 설명 시간 의존성은 냉각 속도가 TH의 판독에 영향을 미칠 수 있음을 나타냅니다. 따라서, 우리는 결정을 냉각하기 전에 솔루션에 노출 된 기간 동안 시간에 대한 보고서뿐만 아니라, 냉각 속도 등의하시기 바랍니다. 우리는 일반적으로 0.01에서 온도를 내려 ramping하기 전에 10 분을 기다렸 ° C 각 4 초 단계를 반복합니다. LabVIEW 제어 공동oling 단계는 마이크로 유체 장치는 열 조작 할 수있는 역 현미경으로 사용하기 위해 적응되었다. 이 시스템은 eGFP 9, 10, 16로 태그가 얼음 결정과 IBPs를 포함하는 솔루션 교환 실험의 성능을 용이하게한다. LabVIEW 제어 시스템은 지정된 적응 전기 회로를 통해 3040 온도 컨트롤러를 연결하여 클리프톤 단계에 적용 할 수 있습니다. 이러한 시스템은 데이비스 연구소 17에 운영하고 있습니다. LabVIEW 소프트웨어와 클리프 튼 단계에 대한 지정 적응 전기 회로 설계는 요청시 이용 가능합니다. 결론적으로, 우리는 중요한 제어 및 조작 온도 및 실시간 분석을위한 LabVIEW 루틴을 통해 비디오 인터페이스를 조정 온도 증가와 감소의 속도 (0.002 ° C 감도 포함), 촉진 nanoliter의 osmometer을 설명합니다. 이 시스템은 importan 아르 재현 속도 제어 실험을 수행 할 수 있습니다얼음과 IBP 상호 작용의 동역학을 조사에 대한 t. 이러한 실험 IBPs의 행동의 메커니즘을 둘러싼 여러 장기 논쟁 문제를 해결 할 수 있습니다.

<table border="1"><tbody><tr><td> 이름 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 / 모델 </td><td> 코멘트 </td></tr><tr><td> 집중 오일 타입 B </td><td> Cargille 연구소 </td><td> 16,484 </td><td></td></tr><tr><td> Drierite </td><td> WA 해먼드 Drierite </td><td> 043,063 2,270g </td><td></td></tr><tr><td> 마이크로 90 청소 솔루션 </td><td> 콜 - Parmer </td><td> <a href="http://www.coleparmer.com/Product/Cole_Parmer_small_sup_reg_sup_small_Micro_90_small_sup_reg_sup_small_cleaning_solution_case_of_four_4_Liter_bottles/EW-18100-11" target="_blank">EW-18100-11</a> </td><td></td></tr><tr><td> 풀러을 모세관 </td><td> Narishige </td><td> PB-7 </td><td></td></tr><tr><td> 유리 모세관 튜브 </td><td> 브랜드 GNBH </td><td> 7493 21 </td><td> 길이 75mm, 직경 1.15 </td></tr><tr><td> 온도제어 장치 </td><td> 뉴 포트, 어빈, 캘리포니아, 미국 </td><td> 모델 3040 </td><td> 모델 3040 </td></tr><tr><td> 빛 현미경 </td><td> 하늘 </td><td> 모델 BH2 </td><td></td></tr><tr><td> 10X 목표 </td><td> 하늘 </td><td></td><td> S 계획 10, 0.3, 160/0.17 </td></tr><tr><td> 50x 목적 </td><td> 니콘 </td><td></td><td> CF 계획, 50X/0.55 에피 ELWD </td></tr><tr><td> CCD 카메라 </td><td> Provideo </td><td> CVC-140 </td><td></td></tr><tr><td> Tygon 튜브 </td><td> 생 Gobain, 파리, 프랑스 </td><td></td><td> Tygon 제제 S-50-HL 관 </td></tr><tr><td> 유리 주사기 (2 ML) </td><td> Poulten - 그라프, Wertheim, 독일 </td><td> 7 10,227 </td><td></td></tr><tr><td> GPIB-PCI 카드 </td><td> 내쇼날 인스트루먼트, 오스틴, 텍사스, 미국 </td><td> 778032-01 </td><td></td></tr><tr><td> 비디오 프레임 GRAbber IMAQ-PCI-1407 </td><td> 내쇼날 인스트루먼트, 오스틴, 텍사스, 미국 </td><td> 322156B-01 </td><td></td></tr><tr><td> LabVIEW 시스템 디자인 소프트웨어 </td><td> 내쇼날 인스트루먼트, 오스틴, 텍사스, 미국 </td><td> 버전 8 </td><td></td></tr><tr><td> DiVx 저자 소프트웨어 </td><td> DiVx LLC, 샌디에고, CA, USA </td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

아이스 바인딩 단백질 수사 labview 운영하는 소설 nanoliter의 osmometer

LabVIEW-operated Novel Nanoliter Osmometer for Ice Binding Protein Investigations

부동 단백질(antifreeze proteins), 얼음 구조화 단백질(ice structuring proteins), 열 이력 단백질(thermal hysteresis proteins) 및 얼음 재결정 억제 단백질(ice recrystallization inhibition proteins)을 포함하는 얼음 결합 단백질(IBPs)은 저온 적응 생물에서 발견되며, 얼음 결정과 상호작용함으로써 생물을 동결 손상으로부터 보호합니다. IBP는 어류1, 식물2, 3, 절지동물4, 5, 균류6 및 박테리아7를 포함한 다양한 생물에서 발견됩니다. IBP는 얼음 결정 표면에 흡착되어 IBP 흡착 부위에서 물 분자가 얼음 격자에 결합하는 것을 방지합니다. 흡착된 IBP 사이의 결정 표면에서 성장하는 얼음은 높은 곡률을 형성하며, 이는 얼음 결정이 성장하는 온도를 낮추는데, 이러한 현상을 깁스-톰슨 효과(Gibbs-Thomson effect)라고 합니다. 이러한 강하는 융점과 비평형 응고점 사이에 간격(열 이력, TH)을 생성하며, 이 범위 내에서 얼음 성장이 중단됩니다8-10, 그림 1 참조. IBP 연구에 사용되는 주요 도구 중 하나는 나노리터 삼투압계(nanoliter osmometer)로, 이는 IBP 용액의 TH 활성 측정을 용이하게 합니다. Clifton 기기(Clifton Technical Physics, Hartford, NY) 및 Otago 기기(Otago Osmometers, Dunedin, New Zealand)와 같은 나노리터 삼투압계는 나노리터 부피 방울의 융점 강하를 측정하여 용액의 삼투압을 측정하도록 설계되었습니다. 이러한 장치들은 눈물11과 같은 생물학적 샘플의 삼투압을 측정하는 데 사용되었으며, IBP 연구에서도 유용함이 입증되었습니다. 그러나 이러한 나노리터 삼투압계의 수동 제어 방식은 실험적 가능성을 제한했습니다. 온도 변화율을 안정적으로 제어할 수 없었으며, Clifton 기기의 온도 범위는 4,000 mOsmol(약 -7.5 °C)로 제한되었고, 시간에 따른 온도 기록 기능을 사용할 수 없었습니다.
본 연구진은 LabVIEW 플랫폼(National Instruments)을 사용하여 컴퓨터 제어식 맞춤형 나노리터 삼투압 측정 시스템을 설계했습니다. 이전에 설명된9, 10 콜드 스테이지는 물이 순환하는 금속 블록을 포함하고 있어 방열판 역할을 하며, 이는 그림 2에 나와 있습니다. 이 블록에는 LabVIEW 모듈을 통해 제어 가능한 상용 온도 컨트롤러로 구동되는 열전 냉각기가 부착되어 있습니다(그림 3 참조). 자세한 내용은 아래에 제공됩니다. 이 시스템의 주요 장점은 정밀한 온도 제어가 가능하다는 점입니다(그림 4 참조). 자동 온도 제어를 통해 고정된 온도 램프와 추가적인 실험 세부 정보가 포함된 비디오 현미경 출력을 동기화할 수 있습니다.
TH 활성의 시간 의존성을 연구하기 위해, 남극 박테리아 Marinomonas primoryensis (MpIBP) 유래의 58 kDa 고활성 IBP를 테스트하였습니다12. 이 단백질은 Peter Davies 그룹(Queens University)에서 개발한 컨스트럭트를 통해 강화 녹색 형광 단백질(eGFP)이 태깅되었습니다10. 우리는 온도 변화 프로파일이 TH 활성에 영향을 미친다는 것을 보여주었습니다. 이러한 실험에서 온도 프로파일을 정밀하게 제어함으로써 TH 측정 결과가 크게 개선되었습니다. 또한 나노리터 삼투압계를 사용하여 IBP의 재결정 억제 능력을 테스트하였습니다5, 13. 일반적으로 재결정은 작은 결정이 소모되면서 큰 결정이 더 크게 성장하는 현상입니다. IBP는 낮은 농도에서도 재결정을 효율적으로 억제합니다14, 15. 우리는 LabVIEW로 제어되는 삼투압계를 사용하여 얼음의 재결정을 정량적으로 추적하였으며, 이미지의 실시간 비디오 분석과 시료 챔버의 온도 피드백을 동시에 이용하여 일정한 얼음 분율을 유지하도록 하였습니다13. 실시간 계산을 통해 실험 과정 중에 추가적인 제어 옵션을 제공할 수 있습니다. 온도 제어 마이크로유체 장치를 수용하기 위한 도립 현미경용 스테이지가 개발되었으며, 이에 대해서는 다른 문헌에서 기술될 예정입니다16.
저온 스테이지 시스템
냉각 스테이지 어셈블리(그림 2)는 구리판을 냉각시키는 일련의 열전 냉각기로 구성됩니다. 열전 냉각기 아래의 밀폐된 구획을 통해 냉수를 흘려보내 스테이지에서 열을 제거합니다. 구리판 중앙의 직경 4 mm 구멍은 관찰창 역할을 합니다. 서미스터를 장착하기 위해 직경 1 mm의 인플레인(in-plane) 구멍을 뚫었습니다. 여러 개의 구멍(직경 500 μm)이 있는 맞춤 제작된 구리 디스크(직경 7 mm)를 구리판 위에 놓고 관찰창과 정렬시켰습니다. 공기를 35 ml/sec의 유량으로 펌핑하고 Drierite(W.A. Hammond)를 사용하여 건조시켰습니다. 건조 공기는 냉각 스테이지에서 건조한 환경을 유지하기 위해 사용되었습니다. 스테이지는 9핀 연결 단자를 통해 온도 컨트롤러(모델 3040 또는 3150, Newport Corporation, Irvine, California, US)에 연결되었습니다. 온도 컨트롤러는 케이블을 통해 컴퓨터의 GPIB-PCI 카드(National instruments, Austin, Texas, USA)에 연결되었습니다.

TH 시간 의존성 측정 LabVIEW 운영하는 nanoliter의 osmometer 정확한 TH 활동 측정의 성능을 용이하게한다. 일정한 온도 감소 속도는 TH 시간 의존성의 측정을 사용할 수 있습니다. nanoliter의 osmometer으로 활성화 정확한 온도 제어는 이러한 실험에 대한 중요한했습니다. 솔루션에 IBPs에 얼음 결정의 노출 시간은 크리스탈 (크리스탈 버스트) 주변 얼음의 갑작스런 성장 때까지 크리스탈의 형성에서 기간 (녹는 과정의 끝)로 정의됩니다. 우리는 IBPs에 얼음 결정의 노출 시간이 결정적인 TH 활동에 영향을 것으로 나타났습니다. IBP 노출 (몇 초)의 짧은 기간은 MP IBP-GFP 솔루션 (2.4 μM) (그림 5)에서 낮은 TH 활동을 생산. 그 4 분 IBP 노출의 고원에 도달 할 때까지 TH 활동은 IBP 노출 시간 증가했다. 높은 IBP 농도에서, 판AU는 짧은 시간에 도달했습니다. <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/4189/4189fig1.jpg" /> 그림 1. 도식 다이어그램 도시 IBPs은 얼음으로 adsorbed. 10 일부터 허가를 채택했다. <img alt="그림 2" fo:src="/files/ftp_upload/4189/4189fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/4189/4189fig2.jpg" /> 그림 2. 냉각 무대. A) 현미경에 튜브로 연결되어 있습니다. B) 위의 리드없이. C) 도식 다이어그램. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/4189/4189fig2large.jpg" target="_blank"> </a><img alt="그림 3" src="/files/ftp_upload/4189/4189fig3.jpg" /> 그림 3. LabVIEW 인터페이스의 스크린 샷. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/4189/4189fig3large.jpg" target="_blank">망할 CIA</a>큰 그림을 보려면 여기를 ick. <img alt="그림 4" fo:src="/files/ftp_upload/4189/4189fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/4189/4189fig4.jpg" /> 그림 4. 온도 안정성 그래프. 온도 컨트롤러는 온도 0.01 ° C 매 15 초를 내려하도록 설정되었습니다. <img alt="그림 5" fo:src="/files/ftp_upload/4189/4189fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/4189/4189fig5.jpg" /> 그림 5. IBPs에 얼음 크리스탈 노출 시간의 함수로 MP IBP의 TH 활동. 때마다 포인트 3-6 실험의 평균입니다.

또한 부동액 단백질로 알려진 아이스 바인딩 단백질 (IBPs)는, 얼음의 성장을 억제하고 조직의 cryopreservation에서 사용할 수있는 유망 첨가제입니다. IBPs을 조사하는 데 사용되는 주요 도구는 nanoliter의 osmometer입니다. 우리는 광학 현미경에 장착 홈 디자인 냉각 단계를 개발하고 맞춤형 LabVIEW 루틴을 사용하여 제어. nanoliter의 osmometer는 매우 민감한 방식으로 샘플 온도를 조작 여기에 설명했다.

아이스 바인딩 단백질 수사 LabVIEW 운영하는 소설 Nanoliter의 Osmometer

부동 단백질(antifreeze proteins), 얼음 구조화 단백질(ice structuring proteins), 열 이력 단백질(thermal hysteresis proteins), 그리고 얼음 재결정 억제 단백질(ice recrystallization inhibition proteins)을 포함하는 얼음 결합 단백질(IBPs)은...

본 절차의 목적은 얼음 결합 단백질 및 얼음 성장에 영향을 주는 기타 물질의 열 이력 현상을 측정하는 것입니다. 이는 먼저 좁은 개구부를 가진 모세관을 제작하고 단백질 용액 방울을 흡입함으로써 수행됩니다. 그 후 샘플이 담긴 모세관을 온도 조절 스테이지 위에 배치합니다.두 번째 단계는 드롭 내에 얼음을 형성시키기 위해 용액을 저온으로 냉각하여 동결시키는 것입니다. 다음으로, 드롭 내에 단결정을 유지하기 위해 드롭을 가온하여 얼음의 대부분을 녹입니다.마지막 단계는 얼음이 다시 빠르게 성장하기 시작할 때까지 냉각하는 것입니다. 최종적으로, 비디오 현미경 분석을 통해 융점과 빙점을 비교하여 열 이력(thermal hysteresis)을 결정하고, 얼음 결정의 형태를 확인하며 얼음 성장 속도를 측정합니다. 우리가 개발한 랩 컨트롤 Nanoliter SM의 기존 방법 대비 주요 장점은 매우 길거나 빠른 측정을 정확하고 반복적으로 수행할 수 있다는 점입니다.이 방법은 빙결 결합 단백질 분야의 핵심 질문, 예를 들어 열역학적 시간 의존성과 같은 문제에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 먼저, 용액 주입을 위한 유리 모세관을 준비하십시오. 모세관 인출기를 사용하여 유리 모세관 마이크로 튜브로부터 개구부가 미세하고 끝이 날카로운 피펫을 제작하십시오.모세관을 통해 공기를 통과시켜 미세한 기포가 발생하는지 확인하여 개구부의 크기를 검증해야 합니다. 개구부가 거의 막혀 있되, 서브 밀리미터(sub-millimeter) 크기의 기포가 형성될 수 있을 정도로 충분히 열려 있도록 모세관을 준비하십시오. 만약 모세관이 막혀 있다면, 물이 담긴 튜브 벽면에 대고 부드럽게 누르거나 긁어 가장자리를 깨뜨림으로써 개구부를 여십시오.두 개의 커버 슬립 사이에 건조제 입자를 배치하여 이중층 커버 글라스 어셈블리를 제작합니다. 글루건을 사용하여 커버 슬립을 서로 접착합니다. 이중층 커버 글라스를 사용하면 커버 글라스 표면에 습기가 응결되지 않고 샘플을 관찰할 수 있습니다.냉각 스테이지를 준비하려면, 냉각 스테이지의 냉각수 유입구와 유출구를 직경 4 mm의 Gon 튜브로 연결하십시오. 냉각수 유입 튜브를 워터 펌프에 연결합니다. 건조된 건조 공기를 공급하기 위해 직경 4 mm의 tigon 튜브를 냉각 스테이지의 유입구에 연결하십시오.인라인 드라이아이스 컬럼을 사용하여 공기 및 워터 펌프를 작동시키십시오. 냉각 소자는 히트싱크 없이 작동시켜서는 안 된다는 점에 유의하십시오. 온도 조절기, 카메라 및 LabVIEW 루틴을 켭니다.시료 준비를 시작하려면, 500 µm 크기의 구멍이 뚫린 직경 7 mm 구리 디스크의 뒷면에 immersion oil B를 3~4 µL 떨어뜨립니다. immersion oil이 도포된 면이 아래로 향하도록 구리 디스크를 냉각 스테이지 위에 배치합니다. 모세관의 뭉툭한 끝부분을 직경 0.7 mm의 tigon 튜브에 연결합니다.반대쪽 끝을 2 mL 유리 주사기에 연결합니다. 준비된 ice binding protein 또는 IBP 시료 튜브에 유리 모세관을 천천히 삽입하고, 유리 모세관에 단백질 용액 0.1 µL가 담길 때까지 유리 주사기를 당깁니다. LabVIEW 소프트웨어를 통해 비디오 녹화를 시작합니다.충전된 유리 모세관의 날카로운 끝부분을 냉각 스테이지 위 구리 디스크의 구멍 중 하나에 삽입합니다. 현미경으로 관찰하면서 유리 모세관 팁으로 침전유 층을 매우 조심스럽게 관통합니다. 유리 시린지를 눌러 단백질 용액을 소량 분사하여 200 micron 크기의 액적을 형성합니다.냉각 스테이지의 구멍을 이중층 커버 글라스 어셈블리로 덮습니다. 냉각 버튼을 누르고 온도를 -40 °C로 설정합니다. 초기에는 저온, 일반적으로 -30 °C에서 -35 °C 범위의 온도에서 용액 방울이 투명한 상태를 유지합니다.샘플이 동결된 직후 액적의 색이 변하며 용액이 얼었음을 나타냅니다. 벌크 얼음이 녹기 시작할 때까지 온도를 천천히 올리십시오. 온도를 점진적으로 올려야 온도가 과하게 상승하여 샘플이 완전히 녹아버리는 것을 방지할 수 있습니다. 50배 대물렌즈로 전환한 후 온도를 조절하여 얼음을 녹이기 시작하십시오.이 조정 과정은 상호작용적이며, 마지막 단계에서는 일반적으로 0.002 °C의 미세한 온도 단계로 조절하며 단일 결정만 남을 때까지 계속 녹입니다. 결정의 최종 크기는 약 10 µm가 되어야 합니다. 용융이 멈춘 가장 높은 온도를 녹는점으로 정의하며, 이는 이후의 비디오 분석 단계에서 정확하게 결정됩니다.다음으로, 온도를 결정의 녹는점보다 섭씨 0.01도 낮게 설정하고 10분의 지연 시간을 둔 후 온도 램핑(temperature ramp)을 시작하며, 램핑 속도는 원하는 대로 조정합니다. 이 시간 동안 결정은 ips에 노출되며, 10분의 노출 시간이 완료되면 lab view 루틴의 제어 하에 온도가 자동으로 감소합니다. 온도가 낮아짐에 따라 결정의 모양을 관찰합니다.어느 시점에서 얼음 결정의 갑작스러운 분출이 관찰될 수 있습니다. 이 현상이 발생하는 온도를 결정 분출 온도로 기록합니다. 비디오 분석을 사용하여 정확한 녹는점과 분출 온도를 결정하십시오.먼저, 비디오 분석을 통해 정확한 융점을 찾습니다. 융점은 용융이 멈춘 시점의 가장 높은 온도로 정의된다는 점을 기억하십시오. 이 융점을 스프레드시트 프로그램에 기록합니다.그 다음으로 정확한 결정 파열 온도를 결정하고 이를 기록하십시오. 융점과 빙점 또는 결정 파열 온도 사이의 차이가 바로 IBP 용액의 열 이력 활동성입니다. 시간 의존적 TH 활동성 측정을 시작하려면, 결정 형성 후 이전 단계에서 수행한 것과 같이 단일 결정만 남을 때까지 얼음을 녹이십시오.램프의 지연 시간을 원하는 대로 설정하고 램프를 켭니다. 여기서는 예를 들어, 지연 시간을 1분으로 설정했습니다. 온도는 자동으로 일정 비율로 감소합니다. 램프 지연 시간이 지나면, 결정 파열(crystal burst)이 발생하는 온도를 기록하십시오.결정 형성부터 결정 파열까지의 시간인 노출 시간을 계산하십시오. 다양한 지연 시간에 대해 실험을 반복하고, 노출 시간에 따른 TH 활성도를 그래프로 그리십시오. TH 활성도의 시간 의존성을 평가하기 위해 시간을 측정합니다.나노리터 OSM 모니터를 통한 정밀한 온도 조절은 TH 활성과 시간 의존성을 정확하게 측정하는 데 매우 중요했습니다. 용액 내 IPS에 대한 얼음 결정의 노출 시간은 결정 형성 시점부터 결정 주변으로 얼음이 급격히 성장할 때까지의 시간 기간으로 정의됩니다. ICE 결정의 IPS 노출 시간은 TH 활성에 결정적인 영향을 미쳤습니다.짧은 시간의 IBP 노출은 MP I-B-P-G-F-P 용액에서 낮은 TH 활성을 나타냈습니다. TH 활성은 IBP 노출 시간에 따라 증가하여, 고농도의 IBP에서는 노출 4분 후에 정체기에 도달했습니다. 낮은 농도에서는 더 짧은 시간 내에 정체기에 도달했습니다. 유사한 love view 제어 스테이지를 사용하는 미세유체 소자와 형광 현미경을 결합하여 얼음 결정 표면에 얼음 결합 단백질이 축적되는 것과 같은 추가적인 질문에 대한 답을 얻을 수 있습니다.이 영상을 시청한 후, 얼음 결합 단백질의 활성을 평가하는 열적 STERIS 측정을 수행하는 방법에 대해 충분히 이해하게 될 것입니다.

labview-operated-novel-nanoliter-osmometer-for-ice-binding-protein

Research

연구

JoVE Journal

Chemistry

화학

우리 실험실에서 생산되는 형광등 nanoparticles는 그러한 생리적 항상성 동안 신호 및 중간 유체 동안 세포와 같은 생물 학적 시스템에서 영상 이온 농도와 이온 fluxes에 사용됩니다.

생물 학적 시스템에서 이온 농도의 측정을위한 형광 Nanoparticles

이 동영상에서는 리간드와 표적 분석물 간의 분자간 상호 작용을 실시간으로 검출하는 BLI(Biolayer Interferometry) 기술을 시연합니다. BLI는 용액 내 분석물과 상호 작용할 때 바이오센서 표면의 고정된 리간드 층에서 반사된 백색광의 간섭 패턴 변화를 측정합니다.

리간드와 분석물 간의 상호 작용을 감지하기 위한 Biolayer Interferometry 기술

이 동영상은 T7 파지 표시 펩타이드 라이브러리의 QCM 바이오센서 기반 바이오패닝을 사용하여 단백질-약물 상호작용을 연구하는 방법을 보여줍니다. QCM 바이오센서에 특정 펩타이드를 표시하는 파지의 바이오패닝을 통해 친화성이 높은 펩타이드를 특이적으로 분리한 다음 아미노산 염기서열분석을 수행하여 표적 단백질의 특정 상호 작용 부위를 식별할 수 있습니다.

Quartz-Crystal Microbalance 바이오센서 기반 바이오패닝으로 단백질-약물 상호작용 연구

항생제에 취득한 저항은 중요한 공중 보건 문제이며 현재 인간의 삶에 가장 큰 위협의 하나로서 WHO에 의해 평가된다. 여기에 우리가 내성 박테리아를 약제에 대한 소설과 강력한 대리인의 발견에 중요한 항균 저항을 정량화하는 캔틸레버 기술의 사용을 설명합니다.

약물 타겟 상호 작용 및 항균 저항 검출 Nanomechanics

광학적 바이오 센서 기술은 살아있는 세포에서 세포막 근처 질량의 변화를 감지 한 개별 세포와 세포 집단 모두에서 세포 반응을 수행 할 수있다. 이 프로토콜은 이러한 접근법을 사용하여 그대로 세포에서 G-단백질 결합 수용체에 의해 칼륨 채널의 변조의 검출에 대해서 설명한다.

G-단백질 결합 수용체에 의해 칼륨 채널의 변조를 감지하기 위해 라벨이없는 광 바이오 센서의 사용

여기에 프로토콜은 바이오 층 간섭과 단백질 - 단백질 상호 작용의 운동 분석을 설명합니다. 셀룰러 에너지 대사에 관여 F 형 ATP 합성 효소는, 세균에서의 ε 서브 유닛에 의해 억제 될 수있다. 우리는 ε의 억제 C-말단 도메인과 촉매 복합체의 상호 작용을 연구하는 바이오 층 간섭을 채택했다.

단백질 - 단백질 상호 작용 및 알로 스테 릭 리간드 효과의 속도론을 측정하는 바이오 층 간섭

우리는 용액에서 단일 분자를 감지할 수 있는 FLOWER(Frequency Locking Optical Whispering Evanescent Resonator)로 알려진 광학 공진기 기술을 기반으로 하는 무표지 바이오센싱 시스템을 개발했습니다. 여기에서는 이 작업의 이면에 있는 절차를 설명하고 제시합니다.

Microtoroid 광 공진기를 사용하여 라벨이없는 단일 분자 검출

우리는 여기에 설명 친화력 네 일반적으로 사용되는 바이오 센서 플랫폼을 사용하여 반응 속도를 결합 항체 - 항원의 측정을위한 프로토콜.

네 개의 바이오 센서 플랫폼을 사용하여 높은 친 화성 항체 - 항원 결합 속도론의 결정

본 프로토콜은 HA, S 당단백질, 관련 하이브리드형 글리칸 및 고만노스 올리고당에 대한 CV-N 결합을 검사하기 위한 SPR 결합 분석을 위한 새로운 도구를 설명합니다. SPR은 이량체 또는 단량체 CV-N을 이들 글리칸에 결합시키기 위한KD 를 결정하기 위해 사용된다.

표면 플라즈몬 공명을 통한 항바이러스제 엔지니어링

여기서는 유비퀴틴 리가아제, Von Hippel-Lindau E3 리가아제(VHL) 및 세레블론(CRBN)을 포함하는 단백질 분해 표적 키메라(PROTACS)에 의해 유도된 삼원 복합체 형성의 생물물리학적 특성 분석을 위한 프로토콜을 설명합니다.  본원에 예시된 생물물리학적 방법에는 표면 플라즈몬 공명(SPR), 생체층 간섭계(BLI) 및 등온 적정 열량측정법(ITC)이 포함된다.

단백질 분해 표적 키메라(PROTACS)에 의해 유도된 삼원 복합체 형성을 평가하기 위한 생물물리학 분석법의 개발 및 적용

학습하세요 아이스 바인딩 단백질의 열적 히스테리스를 측정하는 나노리터 삼투압계 방법을 활용하여. 이 기법은 정밀한 온도 제어와 비디오 현미경 분석을 통해 얼음 성장 및 용융 거동을 연구하여 저온 보존 기술 발전에 기여합니다.

아이스 바인딩 단백질 수사 LabVIEW 운영하는 소설 Nanoliter의 Osmometer

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