Name: זיהוי של חיידקים פתוגנים נדירים לפי 16S rRNA גין סידור MALDI-TOF MS (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-07-11T13:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 34 s
Description: למדו לזהות חיידקים פתוגנים נדירים באמצעות MALDI-TOF MS וריצוף גן 16S rRNA. שיטה זו מאפשרת אבחון מהיר ומדויק במיקרוביולוגיה קלינית, כולל זיהוי של Myroides odoratimimus.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

המחברים מבקשים להודות לפרופ' אנו ג'ייקובס על תמיכתו המתמשכת.

המחברים מצהירים שאין להם אינטרסים פיננסיים מתחרים.

שניהם MALDI-TOF MS וסדר הגן 16S rRNA להציע את האפשרות לזהות מספר רב של חיידקים שונים. MALDI-TOF MS היא שיטה מהירה וזולה, אשר קל להתמודד ומסדי נתונים גדולים של ספקטרה ההמונית חיידקים זמינים. מסיבה זו, MALDI-TOF MS היא שיטה מהירה, עלות אפקטיבית אמינה לערוך מחקרי הקרנה התמקדו חיידקים פתוגנים נדיר 17,20,39,51. במחקר פרוספקטיבי השוואת MALDI-TOF MS עם שיטות זיהוי פנוטיפי אחרות, Seng et al. עלות יעילה הפגינה ומהירות MALDI-TOF MS 59 וטאן et al. דיוו...

זיהוי מאובטח של פתוגנים נדירים אבחון שיגרתי הקשה על ידי העובדה כי שיטות תרבותיות ביוכימיים קלסית הם מסורבלות לפעמים בספק. יתר על כן, מעבדה למיקרוביולוגיה אבחון יש לעבד מספר רב של פתוגנים, הנעים בין כמה מאות לכמה אלפי, יומי, אשר מחייב שימוש במערכות אוטומטיות. בנוסף לניהול של תפוקה יומית גבוהה, זיהוי המדויק של מינים של חיידקים הוא זקוק. זה הוא מוצדק שכן הם נבדלים דפוס הרגישות מיקרוביאלית שלהם ולכן זיהוי נכון מספק למטפל עם מידע חיוני לבחור אנטיביוטיקה מתאימה (למשל, אנטרוקוקוס spp., Acinetobacter spp.) 12,43. מערכות זיהוי חיידקים אוטומטיים (Amis) להחיל ערכות סטנדרטיות של תגובות אנזימטיות לאפיין את התכונות מטבוליות של בידודים חיידקי <sup&gt; 13,15,16,26,27. למרות המחסניות בשימוש במערכות האלה לנצל מספר רב של תגובות ביוכימיות שונות, למשל, 47 בכרטיס GN של איימיס השתמש במחקר זה 52, זיהוי מאובטח היתרי אסטרטגיה זו רק עבור מספר מוגבל של חיידקים. יתר על כן, מאגר המידע, מערכת מומחה מתקדמת, מתמקד בבירור על זיהוי של חיידקים רלוונטיים מאוד רלוונטיים של חשיבות רפואית 13,15,16,36. שתי מערכות נוספות, בשימוש נרחב במעבדות, גם ליישם גישה ביוכימית זו לזיהוי חיידקים. מחקרים שנעשו לאחרונה מדגימים דיוק זיהוי להשוות בין איימיס השתמשו במחקר זה ואחד המתחרים (93.7% ו 93.0% בהתאמה), בעוד ש -3 rd איימיס יש דיוק הזיהוי של 82.4% בלבד על מינים לרמה 35. פערים אלה עשויים להיות מוסברים על ידי איכות אזכור נתוני זיהוי הבסיסי, הגירסות של ערכות ותוכנה, הבדלי METABOlism ומיומנות של כוח אדם טכני 35,36. שתי מערכות MALDI-TOF MS אוטומטית (MALDI-TOF חיידקי מערכת זיהוי, mMIS) משמשות בעיקר. מערכות אלו מאפשרות זיהוי של מספר רב של מינים של חיידקים מבוססים על ספקטרה המונית טביעת אצבע החלבון שלהם. לדוגמה, מסד הנתונים של mMIS המשמש מכיל 6,000 ספקטרה התייחסות. מערכות זיהוי המבוססות על ספקטרומטריית מסה להציע זיהוי מהיר ואמין של מגוון גדול של מיקרואורגניזמים כולל 11,48,51 פתוגנים נדירים. עד כה רק כמה השוואות ישירות זמינות בין mMIS השתמש במחקר זה והמתחרה שלה 19,33. לדברי Daek et al. שתי המערכות לספק שיעור גבוה דומה של דיוק זיהוי, אבל mMIS השתמשו במחקר זה נראה אמין יותר להציג תעודה מזהה עם מינים 19. באופן דומה, בטכניקות מולקולריות פונות נשמרות היטב, אלא גם גנים נפרדים ( <em&gt; למשל, 16S rDNA או rpoB) להתיר זיהוי מינים ברור 3,22,61. בין אלה, rDNA 16S הוא גן המשק הנפוץ ביותר בגלל נוכחותה כל החיידקים 34. תפקידה נשאר ללא שינוי ולבסוף, עם בערך 1,500 נ&quot;ב, זה מספיק זמן כדי להיות מתאים-אינפורמטיקה ביו 14,34. חוקרים רבים רואים בניתוח גנטי 16S rRNA בתור &quot;תקן הזהב&quot; לזיהוי חיידקים 21. זאת בשל העובדה כי כמה מעבדות להשתמש בטכניקות כלת DNA-DNA עד כה לזיהוי החיידקים נדירים או חדשים 14,34. בנוסף, יותר ויותר מסדי נתונים זמינים אשר ניתן להשתמש בהם לצורך ניתוח גנטי 16S rRNA 50. עם זאת, יש לקחת בחשבון כי 16S rDNA מבוסס מערכות גילוי יש רגישות מוגבלת לעומת פרוטוקולי PCR סטנדרטיים. יתר על כן, הגישה המולקולרית היא מתוחכמת, זמן רב ודורשת צוות מקצועי מהשורה הראשונה, כמו גםמתקני מעבדה ייעודיים, אם כן, לא מיושמים בקלות לתוך אבחון שגרתי 55. יתר על כן, הוכיח כי השילוב של לפחות שתי שיטות שונות של זיהוי חיידקי מוביל זיהוי זן מאוד מדויק. השילוב של MALDI-TOF MS ו 16S rDNA רצף מאפשר זיהוי של מספרים גדולים של מיני חיידקים שונים ברמת דיוק גבוהה. לאחרונה השילוב של MALDI-TOF MS ו 16S rRNA בניתוח גנטי הוצג לזיהוי חיידקים לומדים שאלות אפידמיולוגיים ופתוגנים נדירים 56.

<table><tbody><tr><td>CHROMASOLV, מים בדרגת HPLC, 1 ליטר</td><td>Sigma-Aldrich Chemie, M&uuml; nchen, גרמניה</td><td>270733</td><td></td></tr><tr><td>Tissue Lyser LT</td><td>Qiagen , הילדן, גרמניה</td><td>85600</td><td>הומוגנייזר מתנודד</td></tr><tr><td>חרוזי זכוכית 1.0 mm</td><td>VWR International, דרמשטאדט, גרמניה</td><td>412-2917</td><td></td></tr><tr><td>Thermomixer 5436</td><td>Eppendorf , המבורג, גרמניה</td><td>2050-100-05</td><td></td></tr><tr><td>QIAamp DNA Mini Kit (250)</td> <td>Qiagen , הילדן, גרמניה</td><td>51306</td><td></td></tr><tr><td>ערכת ליבת Taq PCR (1,000 U)</td><td>Qiagen, הילדן, גרמניה</td><td>201225</td><td></td></tr><tr><td>פריימר קדימה TPU1 (5&אקוטי;-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3')</td><td>biomers.net, אולם, גרמניה&nbsp;</td><td>-</td><td></td></tr><tr><td>פריימר הפוך RTU4 (5&acute;-TAC CAG GGT ATC TAA TCC TGT T-3&acute;)</td><td>biomers.net, אולם, גרמניה&nbsp;</td><td>-</td><td></td></tr><tr><td>מאסטרסייקלר &nbsp;</td><td>אפנדורף, המבורג, גרמניה</td><td>-&nbsp;</td><td>תרמוצילסר</td></tr><tr><td>צינור תגובה 1.5 מ"ל</td><td>SARSTEDT, N&uuml; mbrecht, גרמניה</td><td>72,692</td><td></td></tr><tr><td>שפופרת תגובה 2 מ"ל</td><td>SARSTEDT, N&uuml; mbrecht, גרמניה</td><td>72,693,005</td><td></td></tr><tr><td>PCR 8er-CapStrips</td><td>Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, גרמניה</td><td>711040X</td><td></td></tr><tr><td>PCR 8er-SoftStrips</td><td>Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, גרמניה</td><td>711030X</td><td></td></tr><tr><td>Sharp R-ZV11&nbsp;</td><td>Sharp Electronics, המבורג,</td> <td>גרמניה-Microwave</td><td></td></tr> <tr><td>Titriplex III (EDTA Na2-salt dehydrate; 1 ק"ג)</td><td>Merck, דרמשטדט, גרמניה</td><td></td> 1084211000-SeaKem <td></td></tr><tr><td>LE Agarose</td><td>Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, גרמניה</td><td>849006-SmartLadder</td><td></td></tr><tr><td>SF - 100 עד 1,000 bp</td><td>Eurogentec, L&uuml; ttich, בלגיה</td><td>MW-1800-04</td><td></td></tr><tr><td>ברומופנול כחול (25 גרם)</td><td>Sigma-Aldrich Chemie, M&uuml; nchen, גרמניה</td><td>B0126</td><td></td></tr><tr><td>קסילן ציאנול FF (10 גרם)</td><td>Sigma-Aldrich Chemie, M&uuml; nchen, גרמניה</td><td>X4126</td><td></td></tr><tr><td>ComPhor L Maxi&nbsp;</td><td>Biozym, Hessisch Oldendorf,</td> <td>גרמניה-תמיסת</td><td></td></tr> <tr><td>אתידיום ברומיד 1% (10 מ"ל)</td><td>קרל רוט, קרלסרוהה, גרמניה</td><td>2218.1</td><td></td></tr><tr><td>Gel Doc 2000</td><td>Bio-Rad Laboratories, M&uuml; nchen,</td> <td>גרמניה-מערכת</td> <td>תיעוד ג'ל&nbsp;</td></tr><tr><td>ExoSAP-IT (500 תגובות)</td><td>Affymetrix UK, Wooburn Green, High Wycombe, בריטניה</td><td>78201</td><td></td></tr><tr><td>מאגר (פי 10) עם EDTA&nbsp;</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>402824</td><td></td></tr><tr><td>BigDye Terminator Kit v1.1</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>4337450</td><td></td></tr><tr><td>Hi-Di formamide (25 מ"ל)</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>4311320</td><td></td></tr><tr><td>DyeEx 2.0 Spin Kit (250)</td><td>Qiagen, הילדן, גרמניה</td><td>63206</td><td></td></tr><tr><td>3130 Genetic Analyzer</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>-</td><td>Sequencer</td></tr><tr><td>MicroAmp צלחת תגובה אופטית 96 בארות עם ברקוד</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>4306737</td><td></td></tr><tr><td>3130 מנתח גנטי, בסיס צלחת 96 באר</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>4317237</td><td></td></tr><tr><td>3130 מנתח גנטי, מחזיק צלחות 96 בארות</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>4317241</td><td></td></tr><tr><td>3130 מנתח גנטי, באר מחיצת צלחת</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>4315933</td><td></td></tr><tr><td>3130 מנתח גנטי, פולימר POP-7, 7 מ"ל</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>4352759</td><td></td></tr><tr><td>3130 מנתח גנטי, מערך 4-נימי, 50 ס"מ</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>תוכנת</td> ניתוח ריצוף 4333466 <td></td></tr><tr><td>5.4</td><td>Life Technologies, דרמשטדט, גרמניה</td><td>-</td><td></td></tr><tr><td>מיקרופלקס</td><td>Bruker Daltonik, ברמן,</td><td></td> <td>גרמניה-ה-mMIS</td></tr><tr><td>VITEK MS</td><td>bioM&eacute; rieux, N&uuml; rtingen, גרמניה&nbsp;</td><td></td><td>2nd mMIS</td></tr><tr><td>flexControl 3.4</td><td>Bruker Daltonik, ברמן, גרמניה-תוכנת</td><td></td> <td>בקרת מכשירים</td></tr><tr><td>Biotyper סיווג בזמן אמת 3.1 (RTC)</td><td>Bruker Daltonik, ברמן, גרמניה-תוכנת</td><td></td> <td>אנליזה</td></tr><tr><td>&-ציאנו-4-חומצה הידרוקסיצינמית, HCCA, 1&nbsp; g</td><td>Bruker Daltonik , ברמן, גרמניה</td><td>201344</td><td></td></tr><tr><td>Peptide Calibration Standard II</td><td>Bruker Daltonik, ברמן, גרמניה</td><td>222570</td><td></td></tr><tr><td>MSP 96 יעד פלדה מלוטשת</td><td>Bruker Daltonik, ברמן, גרמניה</td><td>8224989</td><td></td></tr><tr><td>peqGREEN</td><td>peqlab&nbsp;</td><td>37-5010</td><td></td></tr><tr><td>מאלדי ביוטיפר גלקסי&nbsp;</td><td>ברוקר דלטוניק, ברמן, גרמניה</td><td>חלק מס' 1836007&nbsp;</td><td>מערכת הכנת דוגמאות אוטומטית</td></tr><tr><td>ויטק 2&nbsp;</td><td>bioM&eacute; rieux, N&uuml; rtingen, גרמניה&nbsp;</td><td></td><td>aMIS MicroScan שלנו</td></tr><tr><td>&nbsp;</td><td>בקמן קולטר, קרפלד, גרמניה</td><td></td><td>2nd aMIS</td></tr><tr><td>BD Phoenix&trade; מערכת מיקרוביולוגיה אוטומטית</td><td>BD, היידלברג, גרמניה</td><td></td><td>3rd aMIS</td></tr><tr><td>Staphylococcus aureus&nbsp;subsp.&nbsp; אוראוס&nbsp; רוזנבך (ATCC&reg; &nbsp; 25923&סחר;)</td><td>אוסף תרבות הסוג האמריקאי (ATCC), תקני LGC, מולסהיים, צרפת</td><td></td><td>בקרה חיובית ל-PCR&nbsp;</td></tr></tbody></table>

זיהוי של חיידקים פתוגנים נדירים לפי 16s rrna ג&#39;ין סידור maldi-tof ms

Identification of Rare Bacterial Pathogens by 16S rRNA Gene Sequencing and MALDI-TOF MS

ישנם מספר ונדיר, ולכן, מספיק תיאר חיידקים פתוגנים אשר דיווחו לגרום זיהומים קשים במיוחד בחולים מדוכאי חיסון. ברוב המקרים רק כמה נתונים, בעיקר כפי שפורסם דיווחי מקרים, זמינים אשר לחקור את תפקיד פתוגנים כגון סוכן זיהומיות. לכן, על מנת להבהיר את אופי פתוגניים של מיקרואורגניזמים כאלה, יש צורך לערוך מחקרים אפידמיולוגיים הכוללים מספר רב של חיידקים אלה. השיטות ששימשו במחקר מעקב כזה צריך לעמוד בקריטריונים הבאים: זיהוי של זנים יש לדייק על פי המינוח תקף, הם צריכים להיות קל לטפל (חוסנו), חסכוני אבחון שגרתי והם צריכים ליצור השוואה תוצאות בין מעבדות שונות. באופן כללי, ישנם שלוש אסטרטגיות לזיהוי זני חיידקים בסביבה שיגרתית: 1) זיהוי פנוטיפי המאפיין את biochemical ומטבוליות המאפיינים של חיידקים, 2) בטכניקות מולקולריות כגון רצף הגן 16S rRNA ו -3) ספקטרומטריית מסה כגישה מבוססת proteome הרומן. מאז ספקטרומטריית מסה גישות מולקולריות הם הכלים המבטיחים ביותר לזיהוי מגוון גדול של מינים של חיידקים, שתי השיטות המתוארות. מקדמות, מגבלות ובעיות פוטנציאליות בעת שימוש בטכניקות אלה נדונים.

MALDI-TOF MS הוא רומן, שיטה מהירה וזולה לאבחון שגרתי מיקרוביולוגית. זיהוי מיני חיידקים ידי MALDI-TOF MS מייצר ספקטרום המורכב בעיקר של חלבונים ריבוזומלי אלא גם &quot;חלבונים נשמרים מאוד עם פונקציות-שמירה על הבית המושפע במידה מועטת על ידי תנאים סביבתיים&quot; אחרים 17 מסד .the של mMIS זה מכיל קבוצה גדולה של ספקטרה ההתייחסות ואפילו חיידקים אשר שנדיר למצוא מבודד קליני ניתן לזהות באופן מאובטח 7,56,57. ערכי ציון להראות את האמינות של...

זמן ספיגה/יינון לייזר בסיוע מטריקס של ספקטרומטריית מסה של טיסה (MALDI-TOF MS) וטכניקות מולקולריות (ריצוף גנים 16S rRNA) מאפשרות זיהוי של פתוגנים חיידקיים נדירים באבחון שגרתי. מטרת פרוטוקול זה טמונה בשילוב של שתי הטכניקות מה שמוביל לנתונים מדויקים ואמינים יותר.

זיהוי של חיידקים פתוגנים נדירים לפי 16S rRNA ג&#39;ין סידור MALDI-TOF MS

There are a number of rare and, therefore, insufficiently described bacterial pathogens which are reported to cause severe infections especially in ...

המטרה הכוללת של פרוטוקול ספקטרומטריית מסות MALDI-TOF זה היא לשפר את הסיווג של פתוגנים נדירים באמצעות הליך מהיר וחסכוני. שיטה זו יכולה לסייע במתן תשובות לשאלות מפתח בתחום המיקרוביולוגיה האבחנתית, והיא מאפשרת זיהוי מהיר של פתוגנים חיידקיים נדירים. היום, נרצה לדון ב-odoratimimus ובחיידקים מסוג Myroides.כדי להדגים את השיטה ולדון בפרשנות של התוצאות. באופן כללי, אנשים שאינם בקיאים בשיטה זו עשויים למצוא אותה מאתגרת, כיוון שהעברת חיידקים, כיסוי בשכבות ג'ל ופרשנות של התוצאות דורשים מיומנויות טכניות ומומחיות במיקרוביולוגיה. הרעיון להשתמש ב-MALD-TOF MS לסריקה של חיידקים נדירים עלה לנו לראשונה כאשר טופל בבית החולים שלנו מטופל שסבל מזיהום בכף הרגל כתוצאה מסוכרת, שנגרם על ידי *Myroides odoratissimus*.התחילו פרוטוקול זה במיצוי DNA חיידקי, PCR של DNA ריבוזומלי 16S וריצוף סנגר (Sanger sequencing) כפי שמתואר בפרוטוקול הטקסטואלי. השתמשו בקיסם שיניים מעץ כדי להעביר מושבה חיידקית אחת לבאר של מטרת פלדה בעלת 96 בארות. טפטפו מיקרוליטר אחד של 70% formic acid על גבי האורגניזם המייבש באוויר שעל מטרת הפלדה, והשאירו לייבוש למשך שתי עד שלוש דקות בערך.כסו את הנקודה במיקרוליטר אחד של תמיסת מטריצה המכילה 50 mg/ml של CHCA בממס אורגני המורכב מ-50% acetonitrile, 2.5 trifluoroacetic acid ו-47.5% water. הניחו למריחה ולמטריצה המכסה להתייבש באוויר במשך כחמש דקות בתוך מנדף. כדי להחדיר את הדגימות, אווררו את פתח טעינת הדגימה של ספקטרומטר המסות על ידי לחיצה על כפתור ה-in/out של המכשיר.פתח את פתח ההטענה והכנס את לוחית המטרה של ה-MALDI-TOF MS עם מריחת החיידקים המיובשת בתוספת המטריקס. סגור את הפתח ובצע שאיבה חוזרת. עקוב אחר הוואקום, וכאשר הוא מגיע ל-4.5 מיליון millibar, התחל במדידה.פתחו את תוכנת הניתוח MMIS ולחצו על תפריט הקבצים (file). בחרו ב-"New Classification" וחלון חדש בשם "MALDI Biotyper Real Time Classification Wizard" אמור להיפתח. הקלידו את שם הפרויקט בשדה "Project Name" ולחצו על New; בתיבת הדו-שיח החדשה שנקראת "New Project", בדקו את שם הפרויקט והמשיכו על ידי לחיצה על כפתור "Okay".בתוך אשף הסיווג בזמן אמת של ה-MALDI Biotyper, התבוננו בחלון מיקום האנליטים (Analyte placement). בחרו את המיקומים הרצויים, לחצו לחיצה ימנית על מיקום נבחר ובחרו ב-Add samples. בתצוגת הטבלה שנפתחה באופן אוטומטי, הזינו את שם הדגימה, את מזהה הדגימה (sample ID), ובמידת הצורך, הערה.לחצו על כפתור "Next" כדי להמשיך. לאחר מכן, צפו בחלון בחירת שיטות MALDI Biotyper. בחרו ב-"Bruker Taxonomy" תחת MSPs from Taxonomy Trees ולחצו על "Next" כדי להמשיך.לאחר מכן, עקבו אחר חלון סיכום הפרויקט. בדקו את הרשומות שהוזנו לעיל עבור פרויקט הסיווג בפועל. התחילו את הרצת הסיווג על ידי לחיצה על כפתור ה-"Finish".המדידות מתחילות באופן אוטומטי כאשר מושג הוואקום המתאים. עקבו אחר הרצת הסיווג עד להשלמה מוצלחת של המדידה. ברגע שהמדידה הסתיימה, פתחו את התפריט "View" ולחצו על "Results" כדי לצפות בטבלת התוצאות ב-MALDI Biotyper Real Time Classification Project One.צפו בתוצאות הסיווג של ה-Bruker-Daltonik MALDI Biotyper כקובץ html בדפדפן ברירת המחדל. הדפיסו ושמרו את התוצאות. מוצגים כאן ספקטרומים שהתקבלו באמצעות MALDI-TOF MS שנמדדו וסווגו בזמן אמת.לספקטרומים משויכים שם של מין וערך ניקוד המשקף את איכות המדידה. ניקוד מעל 2.300 מייצג זיהוי מין בעל סבירות גבוהה. ניקוד שבין 2.000 ל-2.300 מעיד על זיהוי מין ודאי.ציון הנמוך מ-1.700 ו-2.000 מעיד על זיהוי מינים סביר. וציון הנמוך מ-1.700 אינו מהימן. זיהוי של פתוגנים חיידקיים שגודלו בתרבית טהורה על מצע מוצק אורך שתי עד שלוש דקות.חשוב לזכור כי ניתן למצוא פתוגנים חיידקיים נדירים באמצעות MALDI-TOF MS רק כאשר המכשירים מכילים באופן מהימן את הספקטרום המתאים. אחרת, יש להשלים זאת על ידי שילוב ספקטרום MaSDA מזנים מאוכלסים של בידודים מאופיינים שלהם. במקרים שבהם תוצאות הניקוד אינן מובילות לזיהוי חד-משמעי של הזן, ניתן להשתמש בשיטות נוספות, כגון פרופיל ביוכימי או ריצוף 16S rDNA.למרות ששיטה זו יכולה לספק תובנות לגבי זיהוי חיידקים, ניתן להחיל אותה גם על מיקרואורגניזמים אחרים כגון פטריות או אנאירובים. יתרה מכך, ניתן למדוד עמידות של חיידקים. אין לשכוח כי העבודה היא עם מטריצה המהווה חומר מסוכן, לכן יש ללבוש כפפות, משקפי מגן ולעבוד תחת מ(('מטריה') מנדף מעבדה.בנוסף, הכרחי לייבש את המטריצה ואת המריחה ביסודיות כדי למנוע התזות בתא הניתוח.

identification-rare-bacterial-pathogens-16s-rrna-gene-sequencing

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

היישום של desorption זמן בסיוע מטריקס לייזר / יינון של טיסה (MALDI-TOF) ספקטרומטריית מסה (MS) ישירות למרק תרבות דם מזרז את זיהוי של חיידקים. השיטה שהוצגה היא שיטה מהירה ואמינה לזיהוי של חיידקים גראם שליליים ישירות ממרק תרבות דם.

זיהוי מהיר של חיידקים גראם שליליים מהדם תרבות מרק שימוש MALDI-TOF המוני ספקטרומטריית

עבודה זו מפרטת נהלים לזיהוי מהיר של חיידקים באמצעות MALDI-TOF MS. הליכי הזיהוי כוללים רכישת ספקטרום, בניית מסד נתונים וניתוחי מעקב. מוצגות שתי שיטות זיהוי, מבוססות מקדם דמיון ושיטות מבוססות סמנים ביולוגיים.

השימוש בMALDI-TOF המוני ספקטרומטריית ומסד נתונים מותאמים אישית לאפיון חיידקים ילידים למערת סביבה ייחודית (Kartchner מערות, AZ, ארה&quot;ב)

Phyloproteomics Mass מבוסס ספקטרומטריית (MSPP) שמש להקליד אוסף של SSP jejuni קמפילובקטר. Doylei מבודד ברמת הזן בהשוואת הקלדת רצף multilocus (MLST).

תת-סוגים של<em&gt; Jejuni קמפילובקטר</em&gt; SSP.<em&gt; doylei</em&gt; המבודד באמצעות ספקטרומטריית מסה מבוססת PhyloProteomics (MSPP)

כתב יד זה מתאר פרוטוקול מתוקננת מפורט של תפוקה גבוהה מטוסי אף-16 rRNA-אמפליקון רצף. הפרוטוקול מציג פרוטוקול משולב, לובשי מדים, ריאלי וזולה החל באיסוף הנתונים ניתוחים דגימת צואה. פרוטוקול זה מאפשר ניתוח של מספר רב של דוגמאות עם סטנדרטים קפדניים מספר פקדים.

פרוטוקול מודרך לקבלת צואה אפיון חיידקים על ידי מטוסי אף-16 rRNA-אמפליקון רצף

IDBac הוא מקור פתוח המסה ספקטרומוטוריקה מבוססי צינור ביואינפורמטיקה המשלבת נתונים מחלבונים שלמים, ספקטרום מטבוליזם מיוחדים, שנאסף על החומר הנייד מגורד ממושבות חיידקי. צינור מאפשר לחוקרים לארגן במהירות מאות אלפי מושבות חיידקי לתוך קבוצות מטקמיים ועוד להבדיל אותם מבוסס על ייצור מטבוליזם המקצועית.

באמצעות מקור פתוח MALDI תוף-MS IDBac הניתוח של חלבון מיקרוביאלית ונתונים מיוחדים מטבוליט

מתוארים כאן הוא הליך סטנדרטי הפעלה פשוטה עבור הפרופיל microbiome באמצעות רצף מטאגנמית של 16S וניתוח באמצעות כלים זמינים בחופשיות. פרוטוקול זה יסייע לחוקרים החדשים לשדה microbiome, כמו גם אלה הדורשים עדכונים על שיטות להשיג פרופיל חיידקי ברזולוציה גבוהה יותר.

אנליזה microbiota באמצעות שני שלבים PCR ו-הדור הבא של 16 rRNA גן רצף

כאן אנו מציגים פרוטוקול לזיהוי מהיר של חלבונים המיוצרים על ידי חיידקים פתוגניים ברצף גנומי באמצעות ספקטרומטריית מסה יחד MALDI-TOF-TOF וניתוח פרוטאומי מלמעלה למטה עם תוכנה שפותחה בתוך הבית. שבר יונים חלבון Metastable בגלל אפקט חומצה אספרטית וספציפיות זו מנוצל לזיהוי חלבון.

זיהוי חלבוני חסינות אנטיבקטריאליים ב- Escherichia coli באמצעות MALDI-TOF-TOF-MS/MS וניתוח פרוטאומי מלמעלה למטה

פרוטוקול זה מאפשר הערכה מהירה וחסכונית של הרכב החיידקים במוצרי חלב על ידי שילוב קולטורומיקה עם MALDI-TOF MS. הוא מספק תוצאות טקסונומיה דומות לריצוף 16S rRNA עם זמן אספקה קצר יותר משיטות תרבית מסורתיות.

הערכת בטיחות מיקרוביאלית של מחלבות באמצעות פרופיל פרוטאומי חיידקי באמצעות גישת MALDI

שיטה פשוטה לזיהוי חיידקים פתוגנים העדיפות היא להשתמש phage כתב מהונדסים גנטית. אלה phage הכתב, אשר הן ספציפיות למין מסוים המארח שלהם, הם מסוגלים במהירות transducing תגובה אות bioluminescent לתאי המארח. בזאת, אנו מתארים את השימוש phage הכתב לצורך זיהוי...

&quot;Bioluminescent&quot; כתב phage לצורך זיהוי של קטגוריה פתוגנים חיידקיים

עוברי דג הזברה שקוף הוכיחו המארחים מודל שימושי כדי לחזות אינטראקציות למידה תפקודית בין תאים חיסוניים מולדים פתוגנים חיידקיים תאיים,...

זיהום של עוברים דג הזברה עם פתוגנים חיידקיים תאיים

למדו לזהות חיידקים פתוגנים נדירים באמצעות MALDI-TOF MS וריצוף גן 16S rRNA. שיטה זו מאפשרת אבחון מהיר ומדויק במיקרוביולוגיה קלינית, כולל זיהוי של Myroides odoratimimus.

זיהוי של חיידקים פתוגנים נדירים לפי 16S rRNA ג'ין סידור MALDI-TOF MS

גלה סרטונים נוספים