Name: 생성 고품질 기계 판독 가능한 생물 진학을위한 웹 도구 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-02-08T12:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 1 s
Description: 학습하세요 PathWhiz를 이용한 생화학 경로 생성 및 편집 방법을. 이 웹 기반 도구를 사용하면 연구자와 교육자가 약 15분 만에 고품질의 기계 판독 가능한 생물학적 경로를 시각적으로 정확하게 제작할 수 있습니다.

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저자는 금융 지원, 건강 연구 (CIHR)와 게놈 앨버타, 게놈 캐나다의 한 부문의 캐나다 연구소 감사하고 싶습니다.

<ol><li>Michal, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On+representation+of+metabolic+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Biosystems%22%5BJournal%5D)">On representation of metabolic pathways.</a> Biosystems. 47 (1-2), 1-7 (1998).</li>
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</ol>

저자는 공개 아무것도 없어.

간단한 대사 경로 (TCA 사이클)를 생성하기위한 여기에 설명 된 프로토콜은 종 머신 판독 생물학적 복잡한 경로를 다양하게 생성하도록 구성 될 수있다. 또한,이 프로토콜은 하나의 복제 또는 다른 사용자가 만든 기존의 경로를 전파 할 수있는 방법에 대해 설명합니다. 이러한 도구를 사용하여 경로를 구성하는 요소를 중첩하여 연결되어, 각각의 반응, 상호 작용, 반송 프로세스, 서브 경로의 반복 단계별 첨가를 필요로한다. 이 모든 퍼팅 함께 하나가 상당한 생물학적 상세하고 유용한 생물학적 컨텍스트를 제공 다채로운 시각적으로 기쁘게 경로 다이어그램을 만들 수 있습니다. 이 프로토콜에서 설명하는 단계는 상대적으로 간단하며, 그것은 경로도를 작성하는 데 걸리는 시간은 통로의 크기 및 복잡성에 따라 달라진다. 실제의 비트와 함께, 대부분의 개인들은 15-20 반응 이루어지는 고품질 경로도를 렌더링하거나을 처리 할약 15 분에 라 여러 세포 성분. 브랜드의 새로운 사용자는 유사한 크기와 복잡성의 경로를 생성하는 데 30 ~ 40 분까지 걸릴 수 있습니다. 통로를 생성하는 데 필요한 시간은 반응 / 렌더링해야 할 프로세스의 수와 거의 선형 적이다. 이 웹 기반 도구를 통해 높은 품질의 경로를 만드는 것은 품질과 세부 사항 소스 재료 (도서, 온라인 데이터베이스, 실험 데이터, 손으로 그린 ​​스케치에서 경로)와 경로 &quot;아티스트&quot;의 까다 로움에 따라 달라집니다. 이 섹션은 반응 요소 (반응물 / 제품, 효소, 가장자리, 이미지, 줌 박스, 라벨의 작성 및 편집을 설명하기 때문에 높은 품질의 경로 다이어그램, 섹션 1.11, 1.15 및 프로토콜의 1.20에 특히주의를 기울여야한다 생성하고자하는 사람들, 그리고 막). 최상의 경로 다이어그램 지능적 B 검색된 포함한 가능한 통로만큼 기존 정보를 표현한다 아말감ooks, 포스터, 신문, 온라인 데이터베이스. 높은 품질의 경로를 생성하는 또 다른 핵심은 신중하게 (섹션 프로토콜의 1.11를 통해) 반응을 작성하기 전에 반응의 정확성을 확인하는 중입니다. 각 종족에 대한 올바른 (이미 PathWhiz의 큰 데이터베이스에있는 많은의) 참여 시간과 반응물, 제품을 보장하기 위해 노력하고, 효소되어가는 것은 매우 중요하다. 이 반응의 셀룰러 위치 인식하고 올바른 생체 컨텍스트를 제공하기 위하여 주요 세포 또는 세포 내 성분을 포함하는 것이 중요하다. 이는 검사 및 UniProt 등의 온라인 데이터베이스를 통해 반응을 확증하여 수행 할 수 있습니다. 크게 오류를 줄일 생성되는 경로의 거친 손으로 그린 ​​스케치와 드로잉 또는 렌더링에 소요되는 전체 시간과 함께 손에 필요한 모든 정보를 가졌어요. 예상 할 수 있듯이, 더 크고 더 복잡한 경로는 partic을 렌더링하는 데 시간이 더 걸릴 것입니다ularly 원하는 요소와 프로세스는 PathWhiz 데이터베이스에없는 경우. 더 큰 경로로 작업하면 작업 사이의 긴 지연을 방지하기 위해, 세이브 설명서에 자동 저장 모드로 전환하는 것이 현명하다. 통로를 복제 할 때 발생 될 수있는 경로가 경로 내의 요소의 수에 따라 달라, 시간은 사용자가 기다리는 것이다. 대부분의 경로는 약 1 ~ 2 분에 복제 할 수 있습니다. 통로를 전파 할 때 PathWhiz은 BLAST (17) 순서가 종 사이의 동종 효소를 검색 하시나요 사용하기 때문에, 새로 전파 경로의 성공적인 렌더링, 두 종류가 얼마나 비슷한에 따라 달라집니다. BLAST는 효소의 더 많은 수에서 실행해야하므로 더 큰 경로는 전파 속도가 느려집니다. 크게 서로 다른 종 사이의 경로를 전파 (효모와 인간 사이에 말을)하려고하면 경로가 알려지지 않은 단백질의 숫자로 렌더링되는 발생합니다. 이 &quot;먼&quot;페이지ropagated 경로는 일반적으로 추가적인 수동 편집이 필요합니다. 때문에 경로 다이어그램과 통로에 가져 할 수있는 세부의 시각적 특성으로는 (&gt; 이십인치 또는&gt; 50cm) 합리적으로 대형 스크린이있는 컴퓨터와 좋은 인터넷 연결을 작동하는 것이 좋습니다 항상 (&gt; 5 Mbps의). 렌더링 또는 스크린 리프레쉬의 문제가 발생하는 경우, 사용자는 문제의 소량을 수행 할 수있다. 크고 복잡한 경로를 업데이트하는 데 시간이 너무 오래 걸리는 경우, 사용자는 페이지를 새로 고침 할 수 있습니다. 예상대로 경로가 전파되지 않는 경우, 사용자는 모든 요소가 제대로 표시되어 있는지 확인하기 위해 몇 가지 수동 편집을 수행 할 수 있습니다. 반응의 요소가 표시되지 않은 경우 또한,보다 구체적인 예를 들어, 사용자는 모든 요소 또는 효소가 적절하게 선택되고 가장자리가 숨겨지지 않습니다 있는지 확인 할 수 있습니다. 문제가 발생했을 경우 메인 헤더의 &#39;도움말&#39;링크가 유용 할 수있다. 튜토리얼입니다은 &quot;자습서&quot;탭 및 사용자 설명서에 따라 사용할 수는 &quot;사용 설명서&quot;탭에서 사용할 수 있습니다. 모두 자세히 도구의 많은 기능을 설명합니다. 가이드 나중에 같은 사용자가 경로를 고정 할 때 같은 특정 기능에 대한 잠재적 인 제한을 해결하거나 설명하는 데 사용 될 수 있으며, 사용자가 편집하고자하는. 이 프로토콜을 통해 첨부 된 도면에 제공된 예를 통해 강조된 바와 같이,이 도구는 모든 (또는 대부분의) 다른 경로 그리기 도구 (표 1 참조)에서 찾을 수없는 독특한 기능을 제공한다. 첫째, 완전히 웹 기반 완전히 플랫폼 독립적이다. 둘째, 또한 기계 판독 형식 (BioPAX, SBGN-ML (18), SBML 19 일 (PWM1)에 14)로 변환 할 수있는 여러 가지 빛깔, 생물학적으로 복잡한 시각적으로 기쁘게, 완전히 하이퍼 링크 경로 다이어그램의 렌더링 및 손쉬운 생성을 지원합니다. 셋째, 경로 다이어그램 장군이 도구에 의해 테드는, 검색, 열람을 선택하고 쉽게 온라인 데이터베이스 사용하기 쉬운 및보기 인터페이스를 통해 탐험 할 수 있습니다. 넷째, 웹 도구는 새로운 경로와 새 경로 요소의 공유와 발전을 장려 &quot;경로 크라우드 소싱 &#39;을 허용, 지역 사회 통로 기여를 지원하도록 설계되었습니다. 이 웹 기반 도구에 의해 생성 된 경로는 다양한 애플리케이션에 사용할 수 있습니다. 풍부한 상세한, 완전히 하이퍼 링크 경로는 쉽게 단백질 체학, 대사 체학 또는 시스템 생물학 응용 ​​프로그램에 대한 유기체 특정 데이터베이스에 통합 할 수 있습니다. 웹 기반 이미지를 통해 사용할 수있는 세부 사항은 종종 정적 이미지를 통해 또는 단일 교과서 또는 저널 페이지를 표시 할 수있는 것보다 훨씬 더 큰만큼 인터넷 접근 경로는, 교육 및 훈련 목적에 특히 유용합니다. 이 웹 기반 도구는 인쇄 및 게시에 대한 더 적합 경로 표현의 생성을 지원합니다.그 결과,이 웹 기반 도구에 의해 생성 된 많은 이미지 논문, 포스터, 슬라이드 프리젠 테이션에 표시됩니다. 이 웹 서버를 사용하여 생성 된 경로는 시스템 생물학 또는 대사 모델링 애플리케이션을위한 전산 분석에 직접 사용할 수에 대한 (예 : BioPAX 및 SBML 등) 텍스트 기반 데이터 교환 파일 형식으로 내보내기 경로가 있습니다. 추론을 종 사이의 경로를 허용 전파 특히 최근에 순서가 된 그 종 중, 생물학적 과정에 대해서 설명한다. 모든 기존 경로가 현재 PathWhiz에 존재하지만, 공공 경로 데이터베이스는 새로운 크라우드 소싱 경로 컬렉션의 출현을 선도, 성장을 계속하고 있습니다. 이 컬렉션은 그들이 희망을 갖고 자신의 고유 한 생물학 및 생화학의 깊은 이해로 이어질 것입니다, 새로운 종으로 쉽게 확장 할 수 없습니다.

생물학적 경로 다이어그램은 생명 과학자에 대한 청사진과 같다. 그들은 아마도 생물학적 과정과 유전자, 단백질 및 대사 산물의 문맥 연결을 묘사 가장 간결하고 유익한 노선이다. 이미지가 더욱 효율적으로 처리 종종 훨씬 더 용이 한 텍스트보다 인간이 이해되기 때문이다. 경로 다이어그램의 품질, 세부 사항, 및 콘텐츠는 상당히 다를 수 있습니다. 이러한 차이는 종종 경로의 의도 된 목적과 경로 아티스트의 능력에 따라 달라집니다. 이러한 벽 차트 또는 교과서 같은 교육 목적을 위해 생성 된 경로는 종종 전문 예술가들에 의해 만들어집니다. 결과적으로, 이러한 경로 다이어그램 더 시각적으로 만족스러운이며 대사 구조 전체 묘사, 세포 내 성분, 셀 구조, 조직 및 기관에 훨씬 더 생물학적 세부를 제공한다. 이러한 &quot;교과서&quot;표현은 종종 세부 사항을 포함논평. 한편, 인터넷 어플리케이션을 위해 설계된 경로 다이어그램은 종종 단순 기계 판독 &quot;배선&quot;도에 찬성 예술성과 시각적 풍요 로움을 희생해야합니다. 이 와이어 프레임도 더 쉽게 이미지 매핑 및 하이퍼 링크입니다. 단순화 된 경로 다이어그램은 KEGG 2, MetaCyc 3, Wikipathways 4, Reactome 5와 같은 인기있는 온라인 경로 데이터베이스에 대한 기초입니다. 컴퓨터 호환 경로 데이터베이스의 출현은 또한 컴퓨터 호환 통로 그리기 도구의 출현하게되었다. 즉, 하나는 전문 아티스트 또는 가능한 경로 다이어그램을 생성하는 전문 프로그래머가 될 필요는 없다. 예를 들어, BioCyc의 통로 도구 6 Wikipathway의 PathVisio 소프트웨어는 7 사용자가 자유롭게 생성하고 BioPAX 8 주 기계 판독 가능한 경로 수차 / 또는 HTML 형식입니다. 또한, 다른 독립 프리웨어 패키지의 수뿐만 아니라, 상업용 패키지 11 PathCase 같은 Cytoscape 9 GenMAPP (10)와 같은 다양한 기계 - 판독 와이어 프레임 경로의 생성을 지원하고, VisANT (12)가있다. 인터넷 통로 도면의 간소화는 주로 다수의 웹 브라우저와 웹 기반 렌더링 도구 검색된 과거의 한계에서 자랐다. 그러나, 웹 기술의 현저한 발전은 최근 몇 년 동안 이루어졌다. 다만 심미적으로 만족하고 교과서에서 볼 수있는만큼 생물학적으로 완전한 마찬가지로 화려 상호 작용, 인터넷 호환 경로 다이어그램을 생성 할 수있을 수 있다고 제안했다. 이 작품은 PathWhiz의 개발을 주도. PathWhiz 레일에 루비 (http://rubyonrails.org, 버전 4.2.0) 웹 framewor를 사용하여 구현 하였다개체 관계, 외부 참조, 설명 시각화 사양과 화학 구조를 포함하는 경로 데이터를 모두 관리 할 MySQL을 관계형 데이터베이스 (https://www.mysql.com 버전 5.1.50)을 포함 케이. 프런트 엔드 웹 클라이언트는 에디터의 프런트 엔드 웹 프레임 워크로 Backbone.js (http://backbonejs.org, 버전 1.0.0)과 함께 레일에 루비에 의해 제어된다. 원래 인간의 전용 작은 분자 통로 데이터베이스 (SMPDB) (13)의 큐 레이션을 위해 개발, PathWhiz (14)는 이후 다른 많은 생물에 대한 경로 생성을 지원하고 일반적인 경로 이미지와 지식 데이터베이스 역할을 확장되었습니다. 특히,이 웹 도구는 신진 대사, 단백질 상호 작용, 분자 신호, 생리 학적, 약물 / 질병 경로를 포함하는 생화학 적 / 생물학적 경로의 전체 범위를 만들 수 있습니다. 이 경로 그리기 도구는 대부분의 다른 다릅니다세 가지 주요 경로 생성 도구 : 1)이 아니라 독립형 설치 가능한 소프트웨어 패키지보다 웹 서버이고; 2)의 용이 한 생성 및 화학 물질, 단백질, 핵산, 세포막, 세포 내 구조, 조직 및 기관의 인터랙티브 시각화를 지원; 3) 그것은 사용자가 쉽게 빌릴하여 &quot;크라우드 소싱&quot;경로 생성을 가능하게 만들거나 다른 사용자의 작업을 개선 할 수 있습니다. 웹 서버로서, 다운로드 할 수있는, 특정 플랫폼 소프트웨어 툴에 비해 여러 가지 장점을 갖는다. 특히, 임의의 플랫폼, 운영 체제 및 최신 웹 브라우저와 호환된다. 또한, (사용자가 자유롭게 추적하고 자신이 만든 경로의 접근을 제어하기 위해 &quot;개인 계정&quot;을 만들 수 있지만) 통로 작성을 시작하기 위해 등록하는 사용자가 필요하지 않습니다. 아마도 이것은 공구의 가장 매력적인 기능에 쉽게 추가 할 수있는 생물학 및 생화학의 상세 정도이며미리 렌더링 된 이미지의 팔레트와 단백질과 생화학 데이터의 광범위한 데이터베이스를 통해 어떤 경로. 이것은 모두 &quot;비 예술가&quot;와 &quot;비 프로그래머가&quot;쉽게 웹 호환 완전히 기계가 읽을 수있는, 화려한 심미적으로 만족하고 풍부한 상세한 경로를 만들 수 있습니다. PathWhiz 다른 경로 그리기 도구 사이의보다 상세한 비교가 표 1에 제공된다. 인기 생명 과학 데이터베이스의 수는 이미 온라인, 상호 작용하는 경로 다이어그램을 데이터베이스 특정 만들려면이 경로 그리기 도구를 사용하고 있습니다. 예를 들어, 대장균 대사 체 데이터베이스 (ECMDB) (15)는 최근 웹 기반 도구를 사용하여 그린 이상 1,650 경로와 그 경로 라이브러리를 업데이트했습니다. ECMDB의 각 경로는 현재 세부 대사 산물과 단백질 구조 묘사와 풍부한 컬러, 완전히 하이퍼 링크 이미지 맵뿐만 아니라 단순화 된 검은 색과 흰색 KEGG-1로 표시됩니다이케 와이어도. 이는 대규모 통로 업데이트 이전에 다른 대장균 대사 데이터베이스에 포함되지 않은 다수의 중간 대사 물질의 발견을 이끌었다. 예를 들면 인간의 대사 체 데이터베이스 (HMDB) (15)와 같은 다른 데이터베이스,뿐만 아니라 묘사와 대사 및 신호 전달 경로를 설명하는 PathWhiz 경로에 의존뿐만 아니라, 암과 같은 질병에 관련된 대사 변화를 묘사. HMDB 현재이 웹 도구를 통해 생성 (101) 대사 경로, 376 약물의 작용 경로, (233) 질병 관련 경로 16 신호 전달 경로 모두를 포함한다. 다음 프로토콜 PathWhiz 쉽게 복제 생성하고, 목적 및 애플리케이션의 다양한 생화학 적 경로를 전파하는 방법을 상세하게 설명한다.

<table><tbody><tr><td>컬러 스크린이 있는 컴퓨터</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>&nbsp; >20인치 또는 >50cm</td></tr><tr><td>인터넷 연결&nbsp;</td><td>해당 없음</td><td>N/A</td><td>>5mbps</td></tr><tr><td>최신 웹 브라우저&nbsp;</td><td>해당 사항</td><td>없음</td><td>Google Chrome(v. 31 이상), Internet Explorer(v. 9 이상), Safari(v. 7 이상), Opera(v. 15 이상) 및 Firefox(v. 23 이상)</td></tr></tbody></table>

생성 고품질 기계 판독 가능한 생물 진학을위한 웹 도구

A Web Tool for Generating High Quality Machine-readable Biological Pathways

PathWhiz 생물학적 정보를 풍부 화려한, 상호 작용, 시각적으로 기쁘게 경로 다이어그램의 작성을 용이하게하기 위해 내장 된 웹 서버입니다. 이 온라인 응용 프로그램에 의해 생성 된 경로는 기계 판독과 본질적으로 모든 웹 브라우저와 컴퓨터 운영 시스템과 완벽하게 호환됩니다. 그것은 반응, 상호 작용, 운송 프로세스와 결합 이벤트를 묘사하는 선택 및 사전 그린 생물 학적 또는 생화학 적 실체의 다른 조합의 배치를 허용하는 특별히 개발, 웹 기반 경로 드로잉 인터페이스를 사용합니다. 엔티티이 팔레트는 화학 물질, 단백질, 핵산, 세포막, 세포 내 구조, 조직 및 기관 구성된다. 거기에 시각적 요소의 모든 상호 작용을 조정하고 사용자 정의 할 수 있습니다. 이 도구는 웹 서버이기 때문에 또한, 모든 경로 및 경로 요소들은 공개적으로 액세스 할 수있다. 경로의이 종류는 &quot;크라우드 소싱은&quot;그 PathWhiz을 의미이미 이전에 그려진 경로 및 경로 요소의 빠른 속도로 큰 성장 컬렉션이 포함되어 있습니다. 여기에서 우리는 새로운 경로의 빠르고 쉽게 생성 및 기존 경로의 변경을위한 프로토콜을 설명합니다. 또한 경로 편집 및 생성을 용이하게하기 위해, 도구는 복제 및 전파 기능이 포함되어 있습니다. 복제 기능은 기존의 경로를 만들거나 새로운 경로를 편집 할 수있는 템플릿으로 사용할 수 있습니다. 전파 기능은 하나의 기존 경로을 자동으로 다른 종에 걸쳐 그것을 전파 할 수 있습니다. 이 도구를 사용하여 만든 진학 할 수 있습니다 &quot;다시 스타일&quot;다른 형식 (KEGG 형 또는 텍스트 책 등) BioPAX, SBGN-ML, SBML, 또는 (PWM1)에 데이터 교환 형식으로 내 보낸 다른 배경, 색깔, 및로 다운로드로 PNG 또는 SVG 이미지. 경로 쉽게 프레 젠 테이션, 포스터 또는 간행물에 통합, 온라인 데이터베이스에 통합, 또는 온라인 시각화 및 탐색에만 사용 할 수 있습니다. 이 홍보otocol이 성공적으로 지금 HMDB, DrugBank, SMPDB 및 ECMDB 등 많은 온라인 데이터베이스에서 발견되는 2,000 경로 다이어그램을 생성하기 위해 적용되었습니다.

PathWhiz는 생화학 적 및 생물학적 경로를 생성하기위한 포괄적 인 온라인 경로 그리기 도구입니다. 그것은 사전으로 그린 ​​경로의 구성 요소로 이루어진 공개적으로 액세스 할 수있는 데이터베이스와 쉽게 확장 팔레트를 사용합니다. 쉽게 새로운 경로를 구축 복제 및 기존 경로를 편집하고, 다른 생물로 이전에 그려진 경로를 전파하는 방법이 프로토콜은 설명합니다.

PathWhiz is a web server built to facilitate the creation of colorful, interactive, visually pleasing pathway diagrams that are rich in biological ...

이 프로토콜의 전반적인 목표는 PathWhiz와 인터넷을 사용하여 다양한 목적과 응용 프로그램을 위한 생화학적 경로를 쉽게 생성, 복제 및 전파하는 것입니다. 이 도구를 사용하면 과학자, 교육자 및 학생이 높은 수준의 생물학적 세부 사항과 복잡성을 지닌 시각적으로 즐겁고 정확한 생화학 경로를 만들 수 있습니다. PathWhiz는 수천 개의 경로 및 경로 구성 요소가 있는 무료 공개 갤러리로, 기본적으로 모든 운영 체제와 호환되며 모든 사용자가 액세스하고 확장할 수 있습니다.최신 웹 브라우저에서 PathWhiz 페이지를 로드하고 Draw 메뉴를 클릭하여 시작합니다. 새 경로 버튼을 클릭하여 새 경로를 시작하고 그릴 경로의 이름을 입력합니다. 드롭다운 목록에서 경로 유형을 선택합니다.그런 다음 자동 완성 상자에 유기체의 학명을 입력하여 관심 있는 유기체를 검색한 다음 종의 학명과 일반 이름을 검색합니다. 드롭다운 목록에서 종 분류를 Eucaryote 또는 Procaryote로 선택하고 NCBI 분류에서 분류 ID를 입력합니다. Create Species(종 생성)를 클릭하고 경로에 대한 포괄적인 설명을 입력합니다.참조 추가를 클릭하여 경로에 외부 참조를 적절하게 추가합니다. 그런 다음 경로 만들기를 클릭합니다. 흰색 격자 캔버스가 회색 메뉴 모음과 함께 나타납니다.프로세스 추가 링크를 클릭하고 반응 추가를 선택하여 첫 번째 프로세스 시각화를 추가합니다. Auto Complete Box에 관심 있는 반응물, 생성물 또는 효소를 입력하여 기존 반응을 검색합니다. 그런 다음 기존 반응을 스크롤합니다.원하는 반응이 발견되면 선택합니다. 그런 다음 자동 완성 상자에 해당 요소 이름을 입력하여 적절한 화학량론과 요소 유형을 선택합니다. 반응의 왼쪽에 있는 모든 Element를 추가한 후 드롭다운 목록에서 경로의 방향을 선택하고 Add Right Element를 클릭하여 제품을 추가합니다.방금 설명한 것처럼 반응의 오른쪽에 있는 모든 요소에 대해 화학량론과 요소 유형을 선택합니다. 그런 다음 Add Enzyme(효소 추가)을 클릭하여 반응에 효소를 추가합니다. 자동 완성 상자에 효소 이름을 입력하고 적절한 효소를 선택합니다.반응의 모든 요소가 추가되면 반응 생성 버튼을 클릭하여 새 반응을 저장하고 드롭다운 목록에서 반응의 초기 렌더링에 원하는 방향을 선택합니다. 그런 다음 반응 만들기 버튼을 다시 클릭합니다. 새로 생성된 반응이 드로잉 캔버스에 표시됩니다.반응을 적절하게 편집하려면 캔버스에서 반응 요소를 드래그하여 원하는 대로 위치를 변경합니다. 그런 다음 각 요소를 한 번 클릭하여 현재 선택 항목에 추가합니다. 모든 요소를 선택했으면 캔버스의 해당 영역으로 드래그하고 요소를 다시 클릭하여 선택을 취소합니다.팝업 편집 사이드바에 액세스하려면 화학물질을 두 번 클릭하고 템플릿, 생물학적 상태, Z-인덱스 및 반응의 전체 반응 세부 정보를 적절하게 편집합니다. 전체 프로세스에 대한 정보를 편집하려면 해당 요소 중 하나를 두 번 클릭합니다. 회색 보조 메뉴 표시줄 아래에서 Edit Selected 링크를 클릭하고 필요에 따라 Edit Element 또는 Edit Process를 선택합니다.캔버스의 요소를 원하는 위치로 재배치합니다. 관심 있는 반응 가장자리를 선택하고 반응 화합물 및 단백질에 대해 방금 설명한 대로 편집합니다. 첫 번째 반응이 원하는 대로 그려졌으면 반응의 제품을 클릭하여 선택합니다.그런 다음 프로세스 추가 탭에서 반응 추가를 선택합니다. 경로가 완료되면 경로 링크를 클릭하고 내보내기 및 보기를 선택합니다. 이미지의 배경색 옵션을 선택하여 이미지의 배경색으로 파란색 또는 흰색을 선택하고 단순화된 버전도 생성 옵션에 대해 예 또는 아니오를 선택합니다.그런 다음 이미지 파일 생성을 클릭합니다. 이미지가 생성되면 Show in Viewer(뷰어에 표시)를 클릭하여 브라우저에서 완전히 하이퍼링크된 고해상도 경로 이미지를 생성합니다. 기존 경로를 복제하려면 경로 메뉴를 클릭하고 검색 창에 관심 있는 경로의 이름을 입력합니다.복제할 경로를 찾고 Replicate(복제)를 클릭합니다. 경로의 이름을 편집하고 경로에 대한 새 설명을 적절하게 입력합니다. 그런 다음 경로 만들기를 클릭하여 중복 경로를 생성합니다.경로를 보거나 다운로드하려면 Pathways(경로) 메뉴로 들어가 방금 설명한 대로 관심 경로를 찾은 다음 Show(표시)를 클릭합니다. 그런 다음 Show in Viewer(뷰어에 표시) 레이블 옆에 있는 원하는 PathWhiz ID가 있는 버튼을 클릭하고 Downloads(다운로드) 탭을 엽니다. 그런 다음 하이퍼링크를 클릭하여 다양한 파일 형식으로 경로를 다운로드합니다.PathWhiz는 다양한 콘텐츠 유형 및 스타일로 경로를 생성하는 데 사용할 수 있습니다. 전통적인 대사 경로, 질병 및 약물 경로를 포함하여 부작용 및 약물 반응, 단백질 신호 전달 경로를 설명합니다. 경로는 상당한 생물학적 세부 사항으로 풍부하게 채색되거나 단순한 흑백 표현으로 변환될 수 있습니다.완료되면 이러한 경로는 대화형 경로 뷰어에서 보거나, 이미지로 다운로드하거나, 추가 분석을 위해 여러 가지 다른 기계 판독 가능한 데이터 교환 형식으로 내보낼 수 있습니다. 마스터하면 약 15분 안에 표준 인터넷 지원 경로를 생성할 수 있습니다. 그러나 더 복잡한 경로는 완료하는 데 더 오래 걸릴 수 있습니다.이 절차를 시도하는 동안 각 개별 반응에 대해 선택한 종이 항상 경로 종과 일치한다는 점을 기억하고 반응 화살표의 방향이 올바른지 확인하는 것이 중요합니다. 이 절차에 따라 대사 분석과 같은 다른 방법을 수행하여 관심 있는 대사 산물의 역학 또는 정량화에 대한 추가 질문에 답할 수 있습니다. 개발 후 이 기술은 대사체학 및 생물학 분야의 연구자들이 광범위한 인간, 동부 및 대장균 생화학을 보여주는 수천 개의 인터넷 지원 경로를 만들 수 있는 길을 열었습니다.이 비디오를 시청한 후에는 새로운 경로를 구축하고, 기존 경로를 복제 및 편집하고, 이전에 그려진 경로를 다른 유기체로 전파하는 방법을 잘 이해하게 될 것입니다. 경로를 잠그면 편집할 수 없게 된다는 것을 잊지 마십시오. 또한 기본 설정에 따라 공개 또는 비공개 경로를 만들도록 선택할 수 있습니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

여기에서 우리는 뉴클레오티드 또는 아미노산 서열 데이터 세트에서 안정적인 계통 발생을 생성하기위한 단계별 파이프 라인을 설명합니다. 이 가이드는 연구자 또는 계통 발생 학적 분석에 새로운 학생 서비스를 제공하는 것을 목표로하고있다.

비전문가를위한 계통 발생에 대한 실용 가이드

이 프로토콜에서 zebrafish 태아, 애벌레, 전체 transcriptome 분석에 대 한 접근을 제공 하거나 셀을 정렬 합니다. 우리는 RNA의 격리, RNASeq 데이터의 통로 분석 및 유전자 표정 변화의 qRT-PCR 기반 유효성 검사를 포함합니다.

샘플 준비 및 제 브라에서 RNASeq 기반 유전자 표현 데이터의 분석

이 문서에서는 식별 및 Levadura에 애기 Tóxicos (ATL) E3 유비퀴틴 ligases 제품군에 적용 하는 소문에 유전자 가족의 특성에 대 한 절차를 설명 합니다.

게놈 넓은 식별 및 소문의 ATL E3 유비퀴틴 리가 유전자 가족의 식 메타 분석을 위한 포괄적인 워크플로

경로 협회 연구 도구 (과거)를 실행 하 여, 빛나는 응용 프로그램을 통해 또는 R 콘솔을 통해, 연구원은 그들의 게놈 전체 협회 연구의 생물학적 의미의 깊은 이해를 얻을 수 있습니다 (GWAS) 관련 된 신진 대사 경로 조사 하 여 결과.

신진 대사 경로 정보의 GWAS 분석을 위한 통로 협회 연구 도구

이 프로토콜의 목적은 RNA 염기서열 분석 데이터를 사용하여 후보 유전자의 진화 와 발현을 조사하는 것이다.

RNA-seq를 사용하여 분자 진화 및 유전자 발현을 조사하기 위한 생물정보학 파이프라인

여기에 설명 된 프로토콜은 사용자 친화적 인 UCSC 게놈 브라우저에서 PhyloCSF를 사용하여 마이크로 단백질 코딩 잠재력에 대한 게놈 영역을 분석하는 방법에 대한 자세한 지침을 제공합니다. 또한, 그들의 추정 기능에 대한 통찰력을 얻기 위해 확인 된 마이크로 단백질의 서열 특성을 더 조사하기 위해 몇 가지 도구와 자원이 권장됩니다.

마이크로단백질 동정 및 서열 분석을 위한 통합 접근법

생물 의학 보고서에 설명된 대로 미토콘드리아 단백질 및 심혈관 질환과의 연관성을 조사하기 위한 계산 프로토콜인 CaseOLAP LIFT 및 사용 사례가 제시됩니다. 이 프로토콜은 사용자가 선택한 세포 구성 요소 및 질병을 연구하는 데 쉽게 적용할 수 있습니다.

생물의학 보고서를 통해 질병에서 세포 소기관 경로의 역할을 밝히기 위한 지식 그래프 접근 방식

이 프로토콜은 암의 중요한 분자 변화를 식별하는 데 유용한 도구를 설명하고 식도 편평 세포 암종에 대한 새로운 진단 및 치료 접근법의 개발로 이어집니다.

식도 편평 세포 암종에 대한 개요서 개발

이 프로토콜은 사용자가 CUT&amp;RUN 염기서열분석 데이터의 초기 분석 및 검증을 완료할 수 있도록 하는 입문용 CUT&amp;RUN 분석 파이프라인을 통해 생물정보학 초보자를 안내합니다. 여기에 설명된 분석 단계를 다운스트림 피크 주석과 함께 완료하면 사용자는 크로마틴 조절에 대한 기계론적 통찰력을 얻을 수 있습니다.

CUT&#38;RUN 염기서열분석 데이터의 입문 분석 및 검증

이 문서는 소설 프로토콜 및 시약 높은 컨텐츠 분석을 사용하여 뉴런과 astrocytes의 공동 문화 화합물과 치료의 neurotoxic 효과 민감한 측정을위한 설정에 대해 설명합니다. 결과는 높은 컨텐츠 분석 neurotoxicity 평가에 대한 흥미 진진한 소설 기술을 대표하는 것을 보여줍니다.

Neurotoxicity 높은 컨텐츠 분석의 연결 및 Astrocyte 공동 문화 분석

학습하세요 PathWhiz를 이용한 생화학 경로 생성 및 편집 방법을. 이 웹 기반 도구를 사용하면 연구자와 교육자가 약 15분 만에 고품질의 기계 판독 가능한 생물학적 경로를 시각적으로 정확하게 제작할 수 있습니다.

생성 고품질 기계 판독 가능한 생물 진학을위한 웹 도구

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