An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

Christopher Terranova; Ming Tang; Elias Orouji; Mayinuer Maitituoheti; Ayush Raman; Samirkumar Amin; Zhiyi Liu; Kunal Rai

doi:10.3791/56972

종양 조직에 높은 처리량 칩 시퀀스를 사용 하 여 Chromatin의 게놈 넓은 매핑 위한 통합된 플랫폼

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Cancer Research

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An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

종양 조직에 높은 처리량 칩 시퀀스를 사용 하 여 Chromatin의 게놈 넓은 매핑 위한 통합된 플랫폼

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10:41 min

April 5, 2018

DOI: 10.3791/56972-v

Christopher Terranova¹, Ming Tang¹, Elias Orouji¹, Mayinuer Maitituoheti¹, Ayush Raman¹, Samirkumar Amin², Zhiyi Liu¹, Kunal Rai¹

¹Department of Genomic Medicine,University of Texas MD Anderson Cancer Center, ²The Jackson Laboratory for Genomic Medicine

Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

여기, 우리는 최적화 된 높은 처리량 칩 시퀀싱 프로토콜 및 냉동된 종양 조직 및 세포에서 게놈 넓은 chromatin 상태 패턴의 결정에 대 한 전산 분석 파이프라인을 설명합니다.

이 프로토콜의 전반적인 목표는 종양 조직 및 암 세포주에서 조합 염색질 상태 패턴을 편견 없이 식별하는 것입니다. 이 방법은 불모의 히스톤 변형 상태가 종양 발생에 어떻게 기여할 수 있는지와 같은 암 후성유전학 분야의 주요 질문에 답하는 데 도움이 될 수 있습니다. 이 기술의 주요 장점은 여러 히스톤 변형과 여러 샘플을 동시에 동시에 효율적으로 처리 할 수 있다는 것입니다.

먼저, 멸균 면도날을 사용하여 흑색종 조직 50mg을 수동으로 해리하고 Hank's Balanced Salt Solution(HBSS) 2mL를 해리합니다. 멸균 조직 배양 접시에서 약 5분 동안 조직을 3mm 또는 4mm 조각으로 다집니다. 조직 용액을 해리기 튜브로 옮기고 HBSS의 8밀리리터를 더 첨가합니다.

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