인간 유전체학 및 모델 유기체 유전학 정보를 통합하는 웹 기반 도구인 MARRVEL 탐색

MARRVEL.org 주로 희귀 유전 질환에 초점을 맞추고, 인간 유전자의 질병 관련성의 개요를 제공 할 수있는 정보를 집계합니다. 또한 모델 유기체 데이터베이스에서 생물학적 정보를 수집합니다. MARRVEL은 많은 시간과 노력을 절약 할 수 있습니다.

이 도구가 없으면 사용자는 여러 데이터베이스를 검색하여 MARRVEL이 몇 초 만에 얻을 수 있는 정보를 수집하는 데 몇 시간을 할애합니다. MARRVEL은 전 세계의 의사와 과학자들에 의해 적극적으로 사용됩니다. 그것은 진단을 용이하게하고 치료 연구에 대한 자세한 정보를 탐구하기위한 출발점이 될 수 있습니다.

대부분의 사용자는 인간의 유전학 배경을 가지고 있지만, 우리는 모델 유기체 연구원을 포함하여 생물 의학 분야의 넓은 범위에서 사용자의 수가 증가하고있다. 인간 유전자 및 변이체 기반 검색을 위해 MARRVEL 홈 페이지를 엽니다. 검색은 유전자 정보만으로 수행될 수 있으며, 변형 정보만 또는 유전자 및 변이체 정보 모두를 수행할 수 있다.

후보 유전자 이름이 각 문자 항목이 있는 입력 상자 아래에 나열되어 있는지 확인합니다. 검색이 다시 부정적인 경우 HGNC 웹 사이트를 사용하여 사용된 유전자 기호가 최신 상태인지 확인합니다. 다음으로, 엑소메 집계 컨소시엄 및 게놈 집계 데이터베이스에 변이체가 표시되는 방식에 대한 인간 변이체 정보를 입력하거나 인간 게놈 변형 학회 지침에 따라 성적증명서 기반 명명법을 사용합니다.

게놈 위치 명명의 경우 호모 사피엔스 게놈 어셈블리(19)에 따라 좌표를 사용하십시오. MARRVEL에 대한 관심있는 인간 유전자에 상대적인 모델 유기체 데이터에 액세스하려면, 유전자 기능 테이블을 사용하여 8개의 모델 유기체에 대한 다음각각을 얻습니다. 각 유전자 이름은 각각의 모형 유기체 데이터베이스에 있는 유전자 페이지에 하이퍼링크되기 때문에, 각 모형 유기체에 유효한 phenotypic 정보 및 자원에 관하여 더 많은 것을 찾아내기 위하여 링크를 클릭합니다.

예를 들어 FlyBase에는 생성된 모든 모든 진상대 목록, 각각의 표현형 및 공용 주식 센터에서 각 항문의 가용성이 있습니다. 유전자 기능 테이블에서 PubMed 링크를 클릭하여 각 유기체에 대한 관심 유전자와 관련된 간행물 목록으로 이동합니다. 모델 유기체 유전자가 관심 있는 인간 유전자의 직교될 가능성이 높다는 신뢰 수준을 보려면, DIOPT 컬럼을 확인하여 모델 유기체 유전자가 관심 있는 인간 유전자의 직교될 가능성이 있는 직교 예측 알고리즘의 수의 척도를 얻도록 한다.

일반적으로 각 모델 유기체에서 반드시 직교하지 않는 파라로고유전자와 상동성 유전자를 포함하는 모든 후보를 표시하기 위해 최고의 DIOPT 점수 유전자 상자를 선택 취소하십시오. 관심 있는 유전자 또는 단백질의 발현을 결정하기 위하여는, 관심 있는 유전자 또는 단백질이 인간 또는 모형 유기체 데이터베이스에서 발현되는 것으로 보고된 조직의 명부에 대한 발현 컬럼을 확인합니다. 인간 전사체 데이터는 유전자형 조직 발현, 또는 GTEx로부터 얻어지며, 인간 단백질 발현 데이터는 인간 단백질 아틀라스로부터 이다.

발현 열에서, 일부 데이터는 열지도를 사용하여 유전자 또는 단백질 발현 패턴을 표시하는 인간 및 비행 데이터와 같은 팝업 링크가 있는 버튼이 있습니다. 다른 데이터는 추가 탐색을 위해 해당 모델 유기체 데이터베이스 페이지에 하이퍼링크됩니다. 유전자 종양학 용어에 액세스하려면 분자 기능, 세포 구성 요소 및 생물학적 공정 컬럼을 확인하십시오.

이러한 데이터는 실험적인 증거 코드에 의해 필터링되고 각 모형 유기체에 있는 직접적인 실험적인 증거를 기반으로 하는 유전자 온톨로지 용어를 표시합니다. 군주 이니셔티브를 사용하여 특정 인간 유전자에 대한 페노그리드 페이지로 이동합니다. 알려진 인간 질환과 표현성 중첩이 있는 모델 유기체 돌연변이체에 대한 관심 유전자와 관련된 표현형 간의 빠른 비교를 제공하는 차트가 나타납니다.

마우스 유전자에 국제 마우스 Phenotyping 컨소시엄에 의해 만든 또는 계획 녹아웃 마우스가있는 경우, IMPC를 클릭하면 녹아웃 마우스의 표현형과 공공 주식 센터에서의 가용성을 자세히 설명 페이지로 연결됩니다. 관심 있는 인간 단백질의 예측 된 단백질 도메인에 대 한 정보를 얻으려면, 인간의 유전자 단백질 도메인 상자를 클릭. 데이터는 단백질 패밀리와 보존 도메인 데이터베이스를 사용하는 DIOPT에서 파생됩니다.

두 소스에 추가된 도메인의 일부 중복으로 인해 단일 잔류물이 두 번 이상 추가될 수 있습니다. 그런 다음 다중 단백질 정렬 상자를 사용하여 각 단백질에 대해 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열에 대한 다중 정렬 프로그램을 사용하는 DIOPT에 의해 생성된 아미노산 다중 정렬을 얻습니다. 관심있는 아미노산을 강조하려면 상자 의 바닥으로 스크롤하여 관심있는 아미노산 번호를 입력하십시오.

모형 유기체 유전자에 근거를 둔 MARRVEL에서 검색을 시작하려면, 모형 유기체 검색을 클릭하고 선택의 모형 유기체를 선택합니다. 모델 유기체 유전자 기호를 입력하고, 이름이 자동으로 완성될 때 유전자 기호를 클릭하고 검색을 클릭합니다. 검색 결과가 음수인 경우 모델 유기체 데이터베이스에 사용되는 공식 유전자 기호를 확인하십시오.

검색 결과가 여전히 음수인 경우 DIOPT 및 Orthology 예측 검색 데이터베이스에 액세스하여 관심 유전자에 대한 예측 된 기질 교정이 없는지 평가합니다. 검색이 양성인 경우, 인간 유전자에서 인간 유전자의 선택을 위한 모델 유기체 컬럼에 대한 DIOPT 점수 및 최상의 점수를 확인한다. 유전자가 3개 이상의 DIOPT 점수를 가지고 있고 인간 유전자에서 모델 유기체에 대한 최고의 점수가 예로 표시되면, 관심있는 모델 유기체 유전자에 정형교정되는 하나 이상의 유전자가 있을 가능성이 높다.

연결한 MARRVEL을 클릭하여 각 사용자 정형 교정 후보에 대한 검색 결과를 표시합니다. 이 경우 후보자가 하나뿐입니다. 이해의 유전자와 이체에 대한 MARRVEL 인간 유전학 출력을 해석하려면, 남자에서 온라인 멘델리안 상속을 클릭, 또는 OMIM.

인간 유전자 설명 상자를 사용하여 유전자 및 유전자 제품에 대해 알려진 내용의 간략한 요약을 얻습니다. 유전자-광형 관계 상자를 사용하여 관심 유전자가 멘델리안 질환을 유발하는 유전자로 알려져 있는지 확인합니다. 이 상자는 관심의 유전자와 수동으로 선별 알려진 질병 및 기타 표현형 협회를 제공합니다.

OMIM 상자에서 보고된 알레임은 이해의 변이체가 오미엠에서 병원성으로 선별되었는지 확인하기 위해 이 데이터베이스에 의해 큐레이터된 병원성 변이체 목록을 얻는 데 사용될 수 있다. 이 예에서, 인간 TBX2에 대한 검색은 골격, 심장 및 면역 계통을 수반하는 희소한 질병을 가진 작은 가족에서 분리하는 것을 발견한 유전자에 있는 이 유전자의 알려진 생물학적 기능 및 특정 오센스 변이체의 잠재적인 기능적 충격을 평가하기 위하여 수행되었다. 여기서TBX2 검색의 출력을 볼 수 있습니다.

MARRVEL에 표시된 모델 유기체 정보에 기초하여, 이 관심 유전자가 C.elegans 및 Drosophila에서 인간에게 보존되고 관심있는 아미노산인 아르기닌(20)도 진화 전반에 걸쳐 높게 보존된다는 것을 신속하게 판단되었다. 쥐 TBX2는 정렬에 사용되는 성적 증명서로 인해 이 지역에서 잘 정렬되지 않습니다. 다른 종 내의 TBX2 교정기의 유전자 종양학 용어를 살펴보면 TBX2가 마우스와 제브라피시의 심장 형태 발생 및 기타 생물학적 과정에 연루된 전사 인자를 인코딩하는 것을 관찰할 수 있습니다.

인간 TBX2가 심장 기반 의 유전자형 조직 발현 및 단백질 아틀라스및 TBX2 변종 환자를 가진 환자가 심장 결함을 나타내므로, 이 변종은 실험적으로 탐구하기에 좋은 후보라는 결론을 내릴 수 있다. 유전자 이름은 시간이 지남에 따라 변경될 수 있으므로 인간 또는 모델 유기체 데이터베이스에 기반한 최신 공식 유전자 기호를 사용하고 있는지 확인하는 것이 중요합니다. Drosophila를 사용하여 질병 관련 희귀 인간 변종의 생체 내 기능 연구라는 제목의 우리의 동반 JoVE 비디오 기사를 시청하시기 바랍니다"수행 할 수있는 추가 실험 연구에 대한.

MARRVEL은 질병 진단 및 기계학 연구를 촉진하는 임상의와 연구원을 지원하고 있습니다. 앞으로 도래하면서 프로그램에 새로운 기능을 추가하여 앞으로도 계속 할 것입니다. MARRVEL은 지속적으로 업그레이드되고 있으므로 사용자가 새로운 기능의 최신 정보를 참조하여 도입된 새로운 기능에 대해 최신 상태로 유지하는 것이 좋습니다.