IR-TEx: 말라리아 벡터 아노펠레스 감비아를 위해 설계된 빅 데이터 전사학을 위한 오픈 소스 데이터 통합 도구

이 프로토콜은 Anopheles 감비아 모기의 전사 데이터가 한 곳에서 자유롭고 쉽게 접근 할 수 있게 된 것은 처음이기 때문에 중요합니다. 이 기술은 모든 연구원, 생물 정보학에 있는 배경이 없는 그들조차 그들의 마음에 드는 유전자및 살충제 저항하는 모기에 표현 데이터에 자유롭게 쉽게 접근할 수 있게 합니다. 먼저 LSTM IR-TEx 프로젝트 페이지 하단의 링크를 따라 웹 브라우저에서 IR-Tex 웹 응용 프로그램을 실행합니다.

웹 페이지가 초기화되면 페이지 상단의 응용 프로그램 단추를 클릭하여 응용 프로그램 및 관련 출력을 표시합니다. 성적증명서 ID 상자의 기본 항목과 관련된 각 출력을 읽어보십시오. 피레스로이드 살충제에 노출되거나 0.98보다 큰 상관계수를 가진 살충제 클래스 및 관련 성적증명서에 노출되지 않은 조건 및 Anopheles Coluzzii 데이터 세트를 선택합니다.

관심 있는 성적증명서의 표현을 탐구하려면 먼저 성적증명서를 선택합니다. 그런 다음 성적증명서 ID를 성적증명서 ID 상자에 입력하여 동소형에 따라 성적증명서가 RX로 종료된다는 것을 기억합니다. 노출 상태, 관심 종 및 살충제 클래스를 포함하여 국가에 대한 관련 상자를 사용하여 심문할 데이터 세트를 선택합니다.

이러한 기준이 포함된 데이터 집합보다 큰 결과를 초래하도록 합니다. 선택 메뉴 하단의 업데이트 보기를 클릭하거나 현재 절대 상관 관계 값을 무시하고 반환을 누릅니다. 응용 프로그램에 업데이트 할 시간을 제공합니다.

첫 번째 그래프는 저항하는 인구 간의 Log2 Fold 변경과 선택한 기준을 충족하는 각 데이터 집합에 걸쳐 관심 있는 성적증명서의 모기 집단에 취약한 실험실이 있어야 합니다. 그래프 아래정보를 그래프 아래에 있는 정보는 연관된 조정된 P 값 외에 각 관련 데이터 집합에 대한 내성 모기와 취약한 모기 간의 접이식 변경으로 읽습니다. 각 행은 마이크로 어레이의 개별 프로브를 나타냅니다.

관심 있는 성적증명서가 중요한 실험 의 수와 선택한 기준과 일치하는 총 실험 횟수로 아래 추가 표를 읽어보십시오. 탭 분리 된 형식으로 데이터를 다운로드하려면 두 테이블 아래의 다운로드 버튼을 클릭합니다. 이를 통해 사용자는 Excel과 같은 프로그램을 사용하여 데이터를 보다 쉽게 탐색할 수 있습니다.

맵의 각 지점은 관심 있는 성적증명서가 차별화된 각 데이터 집합에 있는 저항하는 모기의 대략적인 수집 사이트를 나타냅니다. 색상은 앱에 설명된 신호등 시스템을 따릅니다. 오른쪽 클릭, 이미지 A 저장을 클릭하고 적절한 폴더를 선택하여 그래픽 출력을 저장합니다.

응용 프로그램에 의한 출력 오류의 경우 입력된 기준과 일치하는 데이터 집합이 없을 수 있습니다. 여러 데이터 집합에 걸쳐 성적증명서의 발현 패턴의 상관 관계를 사용하여 성적증명서 기능을 예측하고 동일한 경로에서 공동 규제된 성적증명서를 잠재적으로 해명할 수 있습니다. 보기 업데이트(Update View)를 클릭하기 전에 절대 상관 관계 값 슬라이더를 0.85로 이동하고 보기 업데이트 또는 반환을 누릅니다.

상관 관계 테이블을 검사하여 현재 표시되고 입력된 성적증명서와 상관관계가 있는 여러 전사체를 찾습니다. 각 성적증명서에 대한 상관 관계 값이 포함된 그래픽 출력 아래표를 읽어보십시오. 탭 분리 형식으로 데이터를 다운로드하려면 다운로드 버튼을 클릭합니다.

절대 상관 관계 값 슬라이더를 조작하고 하단 대부분의 그래프 및 테이블의 변경 내용을 관찰합니다. 상관 관계 값의 낮은 문자열은 더 많은 성적 증명서를 표시하지만 더 많은 소음을 소개합니다. IR-TEx가 설치되면 RStudio 보충 코딩 File1을 열고 각 줄을 실행하여 IR-TEx용 시스템을 설정합니다.

모든 패키지가 필요에 따라 성공적으로 설치되고 업데이트되면 파일 열기로 이동합니다. IR_TEx 찾습니다. r, 강조 표시 및 열립니다.

이제 RStudio의 상단 창에 표시됩니다. 앱을 실행하려면 창 오른쪽 상단에 있는 앱 실행 버튼을 누릅니다. 앱이 로드되는 두 번째 창이 나타납니다.

로딩이 완료되면 전체 기능을 위해 로드된 창의 오른쪽 상단에 있는 브라우저에서 열기를 클릭합니다. 사용자는 TEx 프로토콜에 설명된 대로 Anopheles Gambiae 15k Agilent 배열을 사용하여 생성된 IR-TEx에 새로운 저항 데이터 세트를 추가할 수 있습니다. 추가 파일2.txt 열기.

이 RNA 찾기 파일은 새 데이터를 기반으로 하는 템플릿을 나타냅니다. 열 A는 식별자이고 열 B는 원시 접이식 변경이고 열 C는 P 값을 조정합니다. R 코드를 실행하여 식별자를 플랫폼 간에 단일 탭 구분 파일로 일치한 다음 데이터를 구성하고 정규화합니다.

지침에는 파일 내에 설명이 포함되어 있습니다. 모든 파일 경로는 Mac OS의 전방 슬래시 또는 Windows용 이중 앞으로 슬래시로 구분됩니다. 원본 파일을 백업합니다.

보충 코팅 File2의 끝에 생성 된 파일을 다음 단계에서 사용하기위해 선택한 위치로 출력합니다. 보충 코딩 File2는 새로운 Fold_Changes 출력합니다. txt 파일.

보충 코딩 File3에 포함된 코드를 실행합니다. FC_DistribPlot 명명된 출력 파일을 찾습니다. 파일 경로로 지정된 폴더의 png입니다.

Log2 Fold 변경 분포를 확인하여 Log2 폴드 변경 분포가 데이터 집합 간에 거의 동일한지 확인합니다. 여기에 표시된 GS TMS1 및 AGAP 009110 RA의 mRNA 발현은 코트 디부아르와 부르키나파소의 두 다중 내성 아노페레스 콜루지 인구에서 각각 이다. 실험실에 비해 취약 Anopheles Coluzzii N-Guzo는 이 녹취록이 2개의 개별적인 다중 저항인구에서 현저하게 위로 통제된다는 것을 밝혔습니다.

RNA-I 유도 노크 다운 LSTM 실험실 T-오실라식민지에서 모기에 수행 되었다. 이 식민지는 코트 디부아르에서 유래하고, 공중 보건에 사용되는 살충제의 모든 주요 클래스에 저항한다. GS TMS1의 발현의 감쇠는 혈중 저항에 있는 이 성적증명서의 중요성을 보여주는 GFP 주입 통제에 비해 델타 마테란 노출 후에, 사망률에 있는 중요한 증가 귀착되었습니다.

반대로, AGAP 009110 RA 노크는 노출 후 사망률에 큰 변화가 발생하지 않았다. GST MS1은 이러한 종에 사용할 수 있는 21개의 마이크로 어레이 데이터 세트 중 20개에서 현저히 초과되었다. 각 위치에서 접이식 변화는 취약한 인구에 비해 저항성이 현저히 높았습니다.

모든 데이터 세트는 수년 동안 서로 다른 실험에서 발생하며 깨끗한 미세 분석 기반 접근 방식을 위해 설계되지 않았기 때문에 정상적인 P 값 문자열을 낮출 필요가 있을 수 있습니다. 추가 Phenotypic 노크 평가는 다른 살충제와 함께 수행 될 수있다, 생활 역사 특성. 결과가 충분히 잘 보이면 다운스트림 기생화가 단백질의 역할을 결정할 수 있습니다.

이 기술은 Anopheles 감비아 종 복합체의 살충제 저항에 전사 데이터를 통합하고이 분야의 모든 연구자에게 사용할 수 있도록하는 첫 번째 응용 프로그램입니다.