극저온 전자 단층 촬영 데이터 수집 최적화를 위한 전략

극저온 전자 단층 촬영에서 대규모 데이터 수집에 대한 수요가 증가함에 따라 처리량이 높은 이미지 수집 루틴이 필요합니다. 여기에 설명된 프로토콜은 지형 데이터 수집의 시간 효율성과 처리량을 최대화하기 위한 고급 인수 전략의 최근 개발을 구현하는 프로토콜입니다.

대규모 데이터 수집 세션의 설정은 틸트 시리즈 수집에 사용할 수 있는 남은 현미경 시간을 상당히 줄일 수 있는 시간이 많이 소요되는 절차입니다. 이 방법을 사용하면 대규모 자동화 단층 촬영 데이터 수집을 빠르게 설정하여 수집 대상을 신중하게 선택해야 하는 단층 촬영 실험의 시간 효율성을 극대화할 수 있습니다. 먼저 더미 직렬EM 인스턴스를 열수 있습니다.

첫 번째 그리드 사각형이 매핑되면 시리얼EM 네비게이터 메뉴 옵션 병합을 사용하여 더미 시리얼EM 인스턴스에서 몽타주를 볼 수 있습니다. 네비게이터 창을 두 번 클릭하여 그리드 사각형 맵을 엽니다. 맵을 검색하고 더미 시리얼EM 네비게이터 옵션을 사용하여 포인트를 추가하여 관심 대상에 이미지 획득 지점을 추가합니다.

새 사각형을 매핑한 후 네비게이터 파일을 저장하고 네비게이터를 다시 병합합니다. 모든 그리드 사각형이 매핑될 때까지 계속합니다. 다시 말하지만, 더미 직렬EM 인스턴스와 네비게이터 파일을 병합합니다.

더미 직렬 EM 메뉴에서 Pi EM 가상 지도 스크립트를 실행합니다. 도구를 선택하고 가상 앵커 맵을 선택합니다. 이는 그리드 사각형 맵의 크기와 양뿐만 아니라 뷰 및 미리 보기 맵의 비닝에 따라 다소 시간이 걸릴 수 있습니다.

적절한 현미경 성능을 보장하려면 다음 순서로 데이터 수집에 대해 동일한 배율 및 빔 크기 설정을 사용합니다. CTF. 삽입하여 시리얼EM 혼수 상태에 관계없이 정렬을 실행하고 객관적인 조리개를 중심으로 합니다.

CTF 및 GIF 빠른 조정에 의해 직렬EM 올바른 난시를 실행합니다. SerialEM에서 새 네비게이터 파일을 엽니다. 모든 A 점을 선택 해제합니다.

첫 번째 보기 맵을 선택합니다. 축소를 선택합니다. A를 두 번 클릭하고 축소를 취소합니다.

첫 번째 보기 맵 위치를 선택합니다. 시프트 T를 누릅니다. 대화 상자를 열려면 파일 속성에서 단일 프레임 이미지를 선택합니다.

다음 파일 속성 대화 상자에서 이미징 요구 사항 및 계측기 설정에 따라 원하는 매개 변수를 선택합니다. 메시지가 표시되면 번호가 있는 이름을 지정하고 저장을 클릭합니다. 첫 번째 TS 위치에 대한 틸트 시리즈 컨트롤러를 설정합니다.

완료되면 확인을 클릭하여 이 획득 항목 후 모든 TILT 계열에 대한 매개 변수를 설정합니다. 이제 모든 미리 보기 맵이 번호가 매겨진 파일 이름이 있는 TS로 선택됩니다. 필요한 경우 각 대상에 대한 포커스/트랙 거리를 설정합니다.

뷰 맵을 두 번 클릭하여 로드합니다. 네비게이터 목록에서 미리 보기 맵을 선택합니다. 그런 다음 네비게이터 창에서 포커스 편집을 선택합니다.

저용량 제어판에서 영역 간 축을 회전하여 시험 위치를 지정하고 스테이지 틸트 축을 따라 초점을 맞춥니다. 로드된 뷰 맵에서 원하는 영역을 클릭하여 이 기울기 계열의 포커스 평가판 위치를 설정하고 탐색기 항목에 TSP 세트가 있는지 확인합니다. 모든 항목에 대한 절차를 반복합니다.

각 기울기 시리즈 전에 실행되는 스크립트 PreTomo의 초점 범위를 편집합니다. SerialEM 틸트 시리즈 메뉴에서 TS에서 스크립트를 실행하고 각 기울기 동안 RunTomo 스크립트의 스크립트 번호를 선택합니다. 질소 탱크 레벨과 자동 로더 터보 오프가 선택되었는지 확인합니다.

데이터 저장 여유 공간을 확인합니다. SerialEM 파일 메뉴에서 로그 파일에 대한 연속 저장을 선택 해제합니다. 각 틸트 계열은 자체 로그 파일을 가져옵니다.

탐색 메뉴의 항목에서 획득을 클릭한 후 PreTomo 스크립트를 실행합니다. 기본 작업은 틸트 시리즈를 획득한 다음 PostTomo 후에 실행 스크립트를 선택합니다. 끝에 닫기 열 밸브를 선택하고 끝에 이메일을 보낸 다음 이동을 클릭합니다.

71개의 적합한 사각형이 그리드 맵에서 낮은 배율로 선택되었다. 미디엄 배율 맵은 관심 있는 시료의 직접 시각화 및 식별을 허용하는 설정으로 획득되었으며, 이 경우 코로나바이러스. 취득 시간은 평방 당 3 분, 총 3 시간 45 분이었습니다.

첫 번째 사각형 맵이 생성되면 사각형 맵을 시각화하고 틸트 시리즈 수집에 적합한 대상에 점을 추가하기 위해 별도의 컴퓨터에서 더미 직렬EM 인스턴스가 열렸습니다. SerialEM 저용량이 설정되고 참조 보기 및 미리 보기 이미지가 촬영되어 맵으로 저장되었습니다. 그런 다음 후자의 맵을 더미 직렬EM 인스턴스에서 즉시 사용하여 해당 정사각형 맵 이미지에서 가상 보기 및 가상 미리 보기를 생성할 수 있습니다.

가상 뷰 맵은 대상의 초기 중심에 사용되었으며 가상 미리 보기 맵을 사용하여 실제 틸트 계열 획득 배율에서 최종 중심이 수행되었습니다. 사용자는 샘플 환경을 탐색할 수 있는 충분한 시간을 허용해야 합니다. 지도를 검색한 후, 좋은 품질의 영역에서 데이터를 수집할 수 있는 더 나은 느낌을 개발합니다.