Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

Veronica Ibarra-Lopez; Sangeeta Jayakar; Yeqing Angela Yang; Ciara Martin; Zora Modrusan; Sandra Rost

doi:10.3791/62651

Journal

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암 연구학

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조직에서 단백질 및 RNA 발현의 공간 프로파일링: 가상 미세 해부를 미세 조정하는 접근 방식

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

JoVE 신문
암 연구학

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JoVE 신문 암 연구학

Spatial Profiling of Protein and RNA Expression in Tissue: An Approach to Fine-Tune Virtual Microdissection

조직에서 단백질 및 RNA 발현의 공간 프로파일링: 가상 미세 해부를 미세 조정하는 접근 방식

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4,867 Views

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09:19 min

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July 06, 2022

DOI:

10.3791/62651-v

DOI:

10.3791/62651-v

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09:19 min

July 06, 2022

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Veronica Ibarra-Lopez¹, Sangeeta Jayakar¹, Yeqing Angela Yang², Ciara Martin³, Zora Modrusan², Sandra Rost¹

¹Department of Pathology,Genentech ²Department of Microchemistry, Proteomics, Lipidomics & Next Generation Sequencing (MPL-NGS),Genentech ³NanoString Technologies

Summary

여기에서는 종양 미세 환경을 더 잘 특성화하고 특정 세포 집단을 식별하기 위해 Spatial Omics 기술의 관심 영역(ROI)을 미세 조정하는 프로토콜을 설명합니다. 단백질체학 분석의 경우 자동화된 맞춤형 프로토콜이 ROI 선택을 안내할 수 있는 반면, 전사체학 분석은 50μm의 작은 ROI를 활용하여 미세 조정할 수 있습니다.