Name: 물 샘플 및 조직에서 규조류 DNA 추출 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2023-11-10T13:10:00.000+00:00
Duration: 4 min 20 s
Description: 배우세요 규조류 DNA 추출 방법을 물 샘플과 폐 조직에서 익사 사건의 법의학적 판단을 위해 사용하는 기술입니다. 이 프로토콜은 익사 원인 및 장소 판별에 활용됩니다.

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이 연구는 중국 국립 자연 과학 재단 (82060341,81560304)과 하이난성 학술 혁신 플랫폼 과학 연구 프로젝트 (YSPTZX202134)의 지원을 받았습니다.

이 연구는 하이난 의과 대학 윤리위원회의 승인을 받았습니다. 이 연구에 사용된 조직 샘플은 인간 피험자와 관련된 연구로 간주되지 않습니다. 이 표본은 법의학 병리학적 진단을 위해 얻었고 나머지는 이 실험에서 규조류 DNA 추출에 사용되었습니다. 연구자는 관련 이해 관계자로부터 정보에 입각한 동의를 얻기 위해 개인을 쉽게 식별할 수 없습니다.
참고: 이 실험에서 보고된 연구 방법의 일반적인 적용 가능성을 보장하기 위해 이 실험은 기본적으로 사용된 키트의 작동 지침을 따랐으며 일부 단계만 수정되었습니다. 이 실험에 사용된 물 샘플은 실험실 근처의 연못에서 무작위로 채취되었습니다(보충 그림 1A). 이 실험에서는 익사한 시신의 폐 조직을 추출 프로토콜을 입증하기 위한 연구 조직으로 확인하였다(보충 그림 1B). 법의학 실습에서는 규조류 DNA를 추출하기 위해 익사한 시체의 다른 장기 및 조직(예: 간, 비장, 신장, 골수 등)을 사용해야 하는 경우도 있으며, 이는 실험의 해당 섹션에서 설명할 이 실험 방법에 대한 약간의 개선이 필요합니다. 이 실험에 사용된 폐 조직 샘플은 법의학 사례에서 익사한 것이 분명한 시체에서 나왔다. 폐 조직에 규조류가 포함되어 있음을 증명하기 위해 형태학적 검사가 수행되었습니다(보충 그림 2).
1. 샘플의 전처리
<ol><li>물 샘플의 전처리<ol><li>10mL의 물 샘플을 원심분리기 튜브에 넣고 13,400 x g 에서 5분 동안 원심분리합니다. 피펫 건으로 9.8mL의 상층액을 조심스럽게 버리고 바닥에 남아 있는 약 200μL의 농축 규조수 샘플을 2mL 원심분리 튜브로 옮깁니다. 참고: 사전 실험을 먼저 수행할 수 있으며 10mL의 물 샘플이 농축에 충분하지 않은 경우 초기 양을 늘릴 수 있습니다.</li>
	</ol></li>
	<li>조직 샘플의 전처리<ol><li>익사한 몸에서 폐 가장자리 조직 0.5g을 채취하여 폐 조직이 진흙탕이 될 때까지 완전히 자르거나 갈아줍니다. 외인성 규조류의 오염을 방지하는 것이 이 단계의 핵심입니다. 가위를 사용하여 티슈를 반복적으로 조각으로 자릅니다.</li>
	</ol></li>
</ol>2. DNA 추출
알림: 모든 원심분리 단계는 실온에서 완료됩니다. 원심력이 14,500 x g인 데스크탑 원심분리기를 사용하는 단계; 실험을 시작하기 전에 70°C로 예열된 수조(또는 금속 수조)를 준비해야 합니다. 모든 단계는 무균 작동 원칙을 엄격히 따라야 합니다.
<ol><li>물 샘플 및 조직 조립 참고: 물 샘플과 조직 규조류 DNA 추출 방법은 동일합니다.<ol><li>전처리된 물 샘플이 들어 있는 2mL 원심분리기 튜브에 유리 구슬을 추가합니다. 10x-15x를 뒤집어 잘 섞습니다. 첨가된 유리구슬은 크고 작은 유리구슬이 1:1의 질량비로 혼합되어 구성된다. 큰 유리 구슬의 직경은 1.5-2.0mm이고 작은 유리 구슬의 직경은 0.4-0.6mm입니다.</li>
		<li>잘게 썬 조직 0.5g을 위에서 설명한 대로 조직이 들어 있는 2mL 원심분리 튜브에 유리 구슬을 추가합니다. 10x-15x를 뒤집어 혼합합니다.</li>
	</ol></li>
	<li>40μL의 proteinase K(20mg/mL)를 튜브에 추가합니다. 실온에서 15분 동안 두었다가 이 기간 동안 뒤집어서 3분마다 10번 섞습니다. 참고: 조직이 완전히 소화되지 않으면 용액이 맑아질 때까지 proteinase K의 양을 적절하게 늘릴 수 있습니다.</li>
	<li>원심분리기 튜브에 결합 완충액 200μL를 추가하고 즉시 와류를 발생시키고 4분 동안 혼합합니다(진동 혼합 주파수: 3000rpm). 알림: 이 단계에서는 충분한 혼합 강도와 시간을 보장하기 위해 흔들림 강도와 시간을 엄격하게 제어해야 합니다.</li>
	<li>원심분리기 튜브를 70°C 수조에 10분 동안 넣으면 용액이 투명해집니다.</li>
	<li>100μL의 이소프로판올을 원심분리기 튜브에 넣고 소용돌이 및 15초 동안 혼합하면 이때 응집성 침전이 나타날 수 있습니다. 알림: 위의 작업 단계에서 적절한 강도로 잘 혼합하는 것이 매우 중요하지만 DNA 전단을 방지하기 위해 격렬한 흔들림은 피해야 합니다.</li>
	<li>이전 단계에서 얻은 용액을 응집성 침전물과 함께 흡착 컬럼에 넣습니다(흡착 컬럼은 수집 튜브에 배치됨). 흡착 컬럼 길이는 3.0cm, 직경은 1.0cm, 흡착 매트릭스는 실리콘 매트릭스 멤브레인입니다.</li>
	<li>8,000 x g 에서 30초 동안 원심분리기를 사용하여 수집 튜브의 폐액을 버리고 흡착 컬럼을 수집 튜브에 다시 넣습니다.</li>
	<li>500μL의 억제제 제거 완충액을 흡착 컬럼에 추가합니다. 13,400 x g 에서 30초 동안 원심분리하고 수집 튜브에 있는 폐액을 버립니다.</li>
	<li>700μL의 세척 버퍼를 흡착 컬럼에 추가합니다. 13,400 x g 에서 30초 동안 원심분리하고 수집 튜브에 있는 폐액을 버립니다. 알림: 처음 사용하기 전에 세척 버퍼 병에 지정된 양의 절대 에탄올을 추가하십시오.</li>
	<li>500μL의 세척 완충액을 흡착 컬럼에 추가합니다. 13,400 x g 에서 30초 동안 원심분리하고 수집 튜브에 있는 폐액을 버립니다.</li>
	<li>흡착 컬럼을 빈 수집 튜브에 다시 넣습니다. 14,500 x g 에서 2분 동안 원심분리하고 세척 완충액을 최대한 제거하여 세척 완충액의 잔류 에탄올이 다운스트림 반응을 억제하지 않도록 합니다.</li>
	<li>흡착 컬럼을 꺼내 깨끗한 원심분리기 튜브에 넣습니다. 100μL의 용출 완충액을 흡착막의 중간 부분에 추가합니다.</li>
	<li>흡착 컬럼을 실온에 3-5분 동안 놓고 13,400 x g 에서 1분 동안 원심분리합니다.</li>
	<li>이전 단계에서 얻은 용액을 원심 흡착 컬럼에 다시 추가합니다. 원심 흡착 컬럼을 실온에서 2분 동안 놓고 13,400 x g 에서 1분 동안 원심분리합니다. 알림: 용출 버퍼는 70°C 수조에서 약 10분 동안 예열해야 합니다. 용출량은 50μL 이상이어야 합니다. 그렇지 않으면 DNA 수율이 감소합니다.</li>
	<li>추출된 규조류 DNA를 나중에 사용할 수 있도록 2-8°C에서 보관합니다. DNA 용액을 장기간 보관해야 하는 경우 -20°C에서 보관하십시오.</li>
</ol>3. PCR 검사
참고: 법의학 샘플의 규조류 함량이 낮은 경우가 많기 때문에 익사한 시신의 조직 샘플 추출물에는 자체 DNA가 있는 다양한 정도의 조직과 장기(예: 이 실험의 폐)가 포함될 수도 있습니다. 따라서 DNA 추출물에서 전체 DNA를 직접 검출하는 것은 규조류 DNA 추출의 상황을 반영하지 않습니다. 이 실험에서는 규조류 특이적 프라이머를 선택하고 PCR 산물을 사용하여 추출물에서 규조류 DNA 추출을 평가했습니다. 제품은 아가로스 겔 전기영동으로 관찰 및 분석할 수 있으며 감도가 더 높은 실시간 형광 정량 PCR 용융 곡선으로도 분석할 수 있습니다.
<ol><li>물 샘플과 조직에서 추출한 DNA 2μL를 템플릿으로 추가합니다. 다음 두 가지 검사 방법 중 하나를 선택합니다.</li>
	<li>기존 PCR 검사<ol><li>규조류 18S rDNA 단편을 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머22 를 사용합니다. 자세한 내용은 표 1을 참조하십시오.</li>
		<li>프라이머의 특성에 따라 PCR 반응 시스템 및 증폭 조건을 설정합니다. 자세한 내용은 표 2를 참조하십시오.</li>
		<li>PCR 증폭 산물을 2% 아가로스 겔에서 실행합니다. 겔 이미저로 이미징을 관찰하고 분석합니다.</li>
	</ol></li>
	<li>형광 정량 PCR 검사<ol><li>규조류 18S rDNA 단편을 특이적으로 증폭할 수 있는 위의 프라이머를 사용하여 실시간 형광 정량 PCR 반응 시스템을 준비합니다. 자세한 내용은 표 3을 참조하십시오.</li>
		<li>PCR 증폭을 수행하고, 얻어진 증폭 곡선 및 Ct 값을 분석한다. 동시에 프로그램을 설정하고 형광 정량 PCR 용융 곡선 기술을 통해 증폭된 제품의 이중 가닥을 점차적으로 단일 가닥으로 녹인 다음 얻은 용융 곡선을 분석합니다.</li>
	</ol></li>
</ol>

Modified Kit를 사용한 경제적인 규조류 DNA 추출

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<li>Frisoni, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Forensic+diagnosis+of+freshwater+or+saltwater+drowning+using+the+marker+aquaporin+5%3A+An+immunohistochemical+study%5BTitle%5D)+AND+%22Medicina+%28Kaunas%29%22%5BJournal%5D)">Forensic diagnosis of freshwater or saltwater drowning using the marker aquaporin 5: An immunohistochemical study.</a> Medicina (Kaunas). 58 (10), 1458(2022).</li>
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<li>Kakizaki, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detection+of+diverse+aquatic+microbes+in+blood+and+organs+of+drowning+victims%3A+first+metagenomic+approach+using+high-throughput+454-pyrosequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Forensic+Sci+Int%22%5BJournal%5D)">Detection of diverse aquatic microbes in blood and organs of drowning victims: first metagenomic approach using high-throughput 454-pyrosequencing.</a> Forensic Sci Int. 220 (1-3), 135-146 (2012).</li>
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<li>Mizushima, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+novel+heart-specific+RING+finger+protein+207+is+involved+in+energy+metabolism+in+cardiomyocytes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Cell+Cardiol%22%5BJournal%5D)">The novel heart-specific RING finger protein 207 is involved in energy metabolism in cardiomyocytes.</a> J Mol Cell Cardiol. 100, 43-53 (2016).</li>
<li>Zimmermann, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Taxonomic+reference+libraries+for+environmental+barcoding%3A+a+best+practice+example+from+diatom+research%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Taxonomic reference libraries for environmental barcoding: a best practice example from diatom research.</a> PLoS One. 9 (9), 108793(2014).</li>
</ol>

저자는 경쟁하는 재정적 이익이 없다고 선언합니다.

규조류 세포는 단단한 규산질 세포벽(17)에 의해 보호되며, 규조류 DNA를 추출하기 위해서는 이 구조를 파괴해야 한다. 일반 키트는 규조류의 규산 껍질을 쉽게 파괴하지 않습니다. 따라서 규조류 DNA21을 성공적으로 추출하는 것은 어렵다. 우리 연구실은 규조류 추출 과정에서 직경과 질량비가 다른 유리 구슬을 추가하여 가장 일반적으로 사용되는 혈액 DNA 추출 키트를 개선했습니다. 와류 진동이 동시에 수행되어 규조류 껍질을 완전히 깨고 규조류 DNA 추출 효과를 향상시킬 수 있습니다. 이전 보고서(21)에서 볼 수 있듯이 유리 구슬의 직경, 진동 강도 및 시간은 DNA 추출의 품질에 직접적인 영향을 미칩니다. 와류 진동 시간은 너무 길지 않아야 합니다(10분 이하). 시간이 너무 길면 과도한 진동으로 인해 DNA가 파손됩니다. 동시에 시간이 너무 짧아서는 안됩니다. 시간이 너무 짧으면(2분 이상) 규조...

법의학에서는 물속에서 발견된 시체가 익사했는지 아니면 사망 후 물에 던져졌는지를 판단하는 것이 사건의 적절한 해결을 위해 필수적이다1. 또한 법의학 실무에서 시급히 해결해야 할 어려운 문제 중 하나입니다2. 규조류는 자연 환경(특히 물)에 풍부합니다.3,4. 익사 과정에서 저산소증과 스트레스 반응으로 인해 사람들은 격렬한 호흡 움직임을 보이고 많은 양의 익사 액체를 흡입합니다. 따라서 물 속의 규조류는 익사액과 함께 폐로 들어가고 일부 규조류는 폐포-모세혈관 장벽을 통해 혈액 순환에 들어가 혈류와 함께 내부 장기로 퍼질 수 있습니다 5,6. 폐, 간, 골수와 같은 내부 조직과 장기에서 규조류가 검출되는 것은 사망 전 익사의 강력한 증거입니다 7,8. 현재 법의학 규조류 검사는 주로 형태학적 검사 방법을 기반으로 합니다. 조직의 일련의 사전 소화 후, 소화되지 않은 규조류의 형태학적 정성적 및 정량적 추정이 현미경 하에서 수행됩니다. 이 기간 동안 질산과 같은 위험하고 환경 친화적이지 않은 시약을 사용해야 합니다. 이 프로세스는 시간이 많이 걸리며 연구자는 확실한 분류학 전문 지식과 광범위한 경험을 필요로 합니다. 이 모든 것은 법의학 직원에게 특정 문제를 야기합니다9. 규조류 DNA 검사 기술은 최근 몇 년 동안 개발된 규조류 검사의 새로운 기술입니다 10,11,12. 이 기술은 규조류13,14의 특정 DNA 서열 조성을 분석하여 규조류의 종 식별을 실현합니다. PCR 기술과 시퀀싱 기술은 일반적으로 사용되는 기술적 방법이지만 그 기본은 규조류에서 DNA를 성공적으로 추출하는 것입니다. 그러나 규조류는 다른 유기체와 다른 특별한 구조를 가지고 있어 DNA 추출 기술도 다릅니다.
규조류의 세포벽은 규화도가 높으며 주성분은 이산화규소15,16,17입니다. 규산질 세포벽은 매우 단단하며 DNA를 추출하기 전에 파괴해야 합니다. 통상의 DNA 추출 키트는 규조류18의 규산질 껍질을 파괴할 수 없기 때문에 규조류 DNA의 추출에 직접 사용하기 어려운 경우가 많다. 따라서 규조류의 규산 껍질을 파괴하는 것은 규조류 DNA를 추출할 때 해결해야 할 주요 기술 문제 중 하나입니다.
동시에 법의학 연구 샘플에 포함된 규조류의 수는 물 샘플이든 익사한 시체의 장기 및 조직이든 종종 제한되어 있기 때문에 규조류를 농축할 필요가 있습니다. 농축의 본질은 물질의 분리입니다. 규조류를 함께 모으려고 할 때 다른 재료 구성 요소(간섭 구성 요소)의 함량을 최소화합니다. 법의학 작업에서, 실험실은 규조류 세포를 분리하기 위해 종종 원심분리 또는 막 여과 농축 방법을 사용한다19. 그러나 진공 펌핑 장비가 널리 사용되지 않기 때문에 멤브레인 농축 방법은 일반 1차 법의학 실험실에서 자주 사용되지 않습니다. 따라서, 원심분리 방법은 여전히 법의학 실험실(20)에서 규조류 농축이다.
규조류에서 DNA를 추출하는 것은 현재 법의학 분야에서 주로 사용되며 그 적용에는 상당한 한계가 있습니다. 현재 시중에 법의학에 사용되는 규조류 DNA 추출 키트는 거의 없으며 일반적으로 고가입니다21. 이 기사는 규조류 DNA 추출을 간단하고 편리하며 비용 효율적으로 만드는 개선된 규조류 DNA 추출 방법을 제공합니다. 이는 규조류의 후속 분자 생물학 테스트의 적용을 증가시키고 규조류 테스트를 통해 법의학에서 익사와 관련된 문제를 더 잘 해결할 수 있습니다. 이 방법은 유리 구슬을 첨가하고 소용돌이에 적절한 시간을 설정하여 규조류의 규산 세포벽을 파괴합니다. 이러한 방식으로 단백질 분해 효소 K와 결합 용액은 세포를 빠르게 용해시키고 세포 내의 다양한 효소를 비활성화합니다. 게놈 DNA는 흡착 컬럼의 매트릭스 막에 흡수되고 최종적으로 용출 완충액에 의해 용출됩니다. 이러한 개선된 전혈 유전자 추출 키트는 법의학 검사 재료에서 혈액 키트의 규조류 DNA 추출 효과를 향상시키고, 법의학 실무에서 규조류 DNA 추출 비용을 절감하며, 풀뿌리 법의학 연구에 더 잘 적용될 수 있습니다.

<table><tbody><tr><td>결합 완충액</td><td>BioTeke</td><td>B010006022</td><td>세포</td></tr><tr><td>ChemoHS qPCR Mix</td><td>Monad</td><td>00007547-120506</td><td>qPCR Mix</td></tr><tr><td>D2000 DNA ladder</td><td>Real-Times(Beijing) 생명공학</td><td>RTM415</td><td>전기영동 밴드의 위치 측정</td></tr><tr><td>D512</td><td>Taihe 생명공학</td><td>TW21109196</td><td>forword 프라이머</td></tr><tr><td>D978</td><td>Taihe 생명공학</td><td>TW21109197</td><td>리버스 프라이머</td></tr><tr><td>용출 완충액</td><td>BioTeke</td><td>B010006022</td><td>저염 용출 완충액이 DNA 유리 구슬을 씻어냅니다</td></tr>. <tr><td></td><td>Yingxu Chemical Machinery(Shanghai)&nbsp;</td><td>70181000</td><td>분산 및 분쇄용 특수 유리 구슬</td></tr><tr><td>수입 흡착 컬럼</td><td>BioTeke</td><td>B2008006022</td><td>실리카 매트릭스 멤브레인이 있는 흡착 컬럼</td></tr><tr><td>억제제 제거 완충액</td> DNA <td>추출 시 억제제</td><td>BioTeke</td><td>B010006022</td> 제거</tr><tr><td>이소프로판올</td><td>BioTeke</td><td>B010006022</td><td>DNA 침전 또는 분리</td></tr><tr><td>MIX-30S 미니 믹서</td><td>Miulab</td><td>MUC881206</td><td>진동 작용</td></tr><tr><td>Proteina K</td><td>BioTeke</td><td>B010006022</td><td>세포 내 뉴클레아제 및 기타 단백질의 불활성화</td></tr><tr><td>Rotor-Gene Q 5plex HRM</td><td>Qiagen</td><td>R1116175</td><td>실시간 형광 정량화 PCR</td></tr><tr><td>Speed Micro-Centrifuge</td><td>Scilogex</td><td>9013001121</td><td>원심분리기</td></tr><tr><td>Tanon 3500R Gel Imager</td><td>Tanon</td><td>16T5553R-455</td><td>겔 이미징</td></tr><tr><td>Taq Mix Pro</td><td>Monad</td><td>00007808-140534</td><td>PCR Mix</td></tr><tr><td>Thermo Cycler</td><td>Zhuhai Hema</td><td>VRB020A</td><td>일반 PCR</td></tr><tr><td>세척 버퍼</td><td>BioTeke</td><td>B010006022</td><td>세포 대사 산물과 같은 불순물 제거</td></tr></tbody></table>

물 샘플 및 조직에서 규조류 dna 추출

Extraction of Diatom DNA from Water Samples and Tissues

규조류 검사는 법의학 실무에서 시체가 물에 빠졌는지 여부를 결정하고 익사 위치를 추론하는 데 필수적인 보조 수단입니다. 규조류 검사는 환경과 플랑크톤 분야에서도 중요한 연구 내용입니다. 규조류 DNA를 주요 연구 대상으로 하는 규조류 분자 생물학 검사 기술은 규조류 검사의 새로운 방법입니다. 규조류 DNA 추출은 규조류 분자 검사의 기초입니다. 현재 규조류 DNA 추출에 일반적으로 사용되는 키트는 고가이므로 관련 연구 수행 비용이 증가합니다. 우리 연구실은 일반 전혈 유전체 DNA 신속 추출 키트를 개선하여 만족스러운 규조류 DNA 추출 효과를 얻어 관련 연구를 위한 글라스 비드 기반의 경제적이고 저렴한 대안 DNA 추출 솔루션을 제공합니다. 이 프로토콜을 사용하여 추출된 규조류 DNA는 PCR 및 염기서열분석과 같은 많은 다운스트림 응용 분야를 만족시킬 수 있습니다.

현재 사용되는 DNA 추출 방법에 의해 추출된 DNA 용액은 샘플의 다른 출처에서 추출된 모든 DNA 성분을 포함하기 때문에 이 프로토콜에 의해 얻어진 DNA도 예외는 아니었습니다. 따라서 DNA 용액은 규조류 게놈 DNA의 단순한 용액이 아니었습니다. 규조류 18S rDNA 단편을 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머는 문헌 22,23,24를 참조하여 선택하였다. 프라이머는 NCBI-Blast Primer로 검증되었으며, 그 결과 18S rDNA의 정방향 프라이머 D512와 리버스 프라이머 D978이 조류 특이적 프라이머이며 많은 규조류 종을 포괄하는 것으로 나타났습니다. 증폭 결과, 인간 유전자는 발견되지 않았다. 규조류 검사에 신뢰할 수 있는 DNA 바이오마커로 사용되었기 때문에 이 실험 결과의 검증을 위해 선택되었습니다. 추출된 DNA를 규조류 특이적 PCR...

이 글에서는 수정된 일반 DNA 추출 키트를 사용한 규조류 DNA 추출 프로토콜에 대해 설명합니다.

물 샘플 및 조직에서 규조류 DNA 추출

Diatom testing is an essential auxiliary means in forensic practice to determine whether the corpse drowned in water and to infer the drowning location. ...

우리의 연구는 주로 익사에 초점을 맞추고 있습니다. 우리는 물속에서 발견된 시신이 익사로 죽었는지에 대한 질문에 답하고 싶었고, 사람이 물에 빠진 또 다른 질문에 답하고 싶었습니다. 그것은 익사의 위치를 아는 것을 의미합니다.다른 기술과 비교하여 당사는 법의학 연구, 특히 기본 법의학 실무에서 더 잘 사용할 수 있는 간단하고 편리하며 경제적인 규조류 DNA 추출 프로토콜을 제공합니다. 우리 연구실은 사망 원인, 사후 간격 등과 같은 물 속의 패턴을 기반으로 익사 관련 문제에 더 중점을 둘 것입니다. 또한 법곤충학과 열대 법의학의 몇 가지 특별한 현상을 통해 연구를 계속하고 있습니다.

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Research

연구

JoVE Journal

Medicine

의학

우리는 정화를 위해 세슘 염화물 밀도 기울기 원심 분리 다음 0.22 μm의 Sterivex 필터에 집중 planktonic의 바이오 매스에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출을위한 방법을 설명합니다.

0.22 μm의 Sterivex 필터 및 세슘 클로라이드 밀​​도 기울기 원심 분리 장치에서 DNA 추출

토양 미생물 커뮤니티의 높은 분자량과 높은 품질의 게놈 DNA를 분리하는 방법이 설명되어 있습니다.

소일스 및 세디먼츠에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출

이 동영상은 포르말린 고정 파라핀 - - 임베디드 물질로부터 DNA 추출을위한 프로토콜을 보여줍니다. 이것은 조직 섹션 크실렌과 deparaffinized하는 멀티 일 절차, 에탄올과 rehydrated 이후 유전자의 특정 또는 게놈 차원의 분석을 위해 DNA를 정화하고 분리 proteinase K로 처리됩니다.

유전과 Epigenetic 분석을위한 파라핀 임베디드 재료에서 DNA 추출

우리는 hypersaline 미생물 매트에서 높은 분자량의 DNA를 추출하기위한 개선된 프로토콜을 제공합니다. 미생물 세포는 DNA 추출 및 정화하기 전에 매트 매트릭스에서 분리됩니다. 이것은 농도, 품질 및 DNA의 크기를 향상시킵니다. 프로토콜은 다른 내화물 샘플에 사용할 수 있습니다.

미생물 매트에서 높은 분자량의 DNA의 추출

실시간 PCR을 통해 해안 퇴적물의 박테리아 16S rRNA 유전자 및 전사체를 정량화하는 프로토콜이 제공됩니다. 이 방법론에는 DNA와 RNA의 공동 추출이 포함됩니다. DNA가 없는 RNA의 제조; 및 표준 곡선 구조를 포함한 RT-q-PCR을 통한 16S rRNA 유전자 및 전사체 정량화.

실시간 PCR에 의한 연안 퇴적물 및 정량 16S의 rRNA의 유전자 및 성적 증명서에서 동시 DNA-RNA 추출

빙권은 과거 환경 조건에서 유지 보존 생물에 대한 액세스를 제공합니다. 프로토콜은 수집하고 토양과 얼음의 영구 동토층 코어 오염을 제거하기 위해 제공됩니다. 외인성 DNA와 콜로니의 부재가 검출 된 미생물 또는 드릴링 처리에서 재료보다는 오염을 나타낸다는 것을 시사한다.

고대 생물 커뮤니티 숨겨 내부를 조사하기 위해 냉동 코어의 바깥 부분에서 외인성 물질의 제거

필터 카트리지로 물을 여과하고 필터를 제거하기 위해 하우징을 절단하지 않고도 환경 DNA(eDNA)를 추출하는 프로토콜을 설명합니다. 이 프로토콜은 어류의 eDNA를 메타바코딩하기 위해 개발되었지만 다른 유기체의 eDNA에도 적용할 수 있습니다.

여과 물 샘플 및 환경 DNA의 추출을위한 필터 카트리지의 사용

Macroinvertebrates의 가장 일반적인 직감 콘텐츠 분석은 시각. 먹이 생물의 형태학 상 다양성에 대 한 강렬한 지식을 요구, 그들은 부드러운 바디 먹이 놓치지 고, 때문에 먹이의 강한 분쇄, amphipods를 포함 한 어떤 유기 체에 대 한 거의 불가능 하다. 우리는 macroinvertebrate에 대 한 자세한, 소설 유전 접근 먹이 amphipods의 식단에 식별을 제공 합니다.

Macroinvertebrates 사용 하 여 그룹별 수생 rDNA 뇌관의 유전 직감 콘텐츠 분석을 위한 실험실 프로토콜

이 프로토콜은 남부 텍사스 해안 습지에서 주요 메탄 순환 유전자를 검출하고 공간 분포를 시각화하여 이러한 역동적인 생태계에서 메탄 조절과 메탄 조절이 환경에 미치는 영향에 대한 이해를 높입니다.

해안 습지에서 메탄 순환 미생물 역학 시각화

신뢰할 수 있고 정확한 현장 배치 가능한 DNA 분석은 많은 산업에서 매우 중요합니다. 본 논문은 현장에서 환경 미생물 분석을 위한 두 가지 방법을 제시합니다: 1) 생물학적 추출 필드 키트를 이용한 환경 샘플에서 미생물 DNA를 분리하는 방법, 2) 현장 qPCR 유닛을 통한 DNA 분석.

생물학적 추출 필드 키트와 현장 qPCR 유닛을 이용한 현장 내 미생물 DNA 분석

배우세요 규조류 DNA 추출 방법을 물 샘플과 폐 조직에서 익사 사건의 법의학적 판단을 위해 사용하는 기술입니다. 이 프로토콜은 익사 원인 및 장소 판별에 활용됩니다.

물 샘플 및 조직에서 규조류 DNA 추출

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