Name: 방사선 민감성 및 방사선 저항성 유전자 공개를 위한 게놈 와이드 CRISPR 스크리닝 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-05-23T13:25:00.000+00:00
Duration: 8 min 32 s
Description: 학습하세요 CRISPR/Cas9 스크리닝을 활용한 폐암 세포의 방사선 민감성 및 저항성 유전자 식별 방법을. 이 프로토콜은 방사선 치료 저항 메커니즘 이해와 정밀 유전자 편집 기술 최적화에 기여합니다.

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<ol><li>Barrangou, R., Marraffini, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR-Cas+systems%3A+Prokaryotes+upgrade+to+adaptive+immunity%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">CRISPR-Cas systems: Prokaryotes upgrade to adaptive immunity.</a> Mol Cell. 54 (2), 234-244 (2014).</li>
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<li>Razavi, Z., Soltani, M., Souri, M., Van Wijnen, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR+innovations+in+tissue+engineering+and+gene+editing%5BTitle%5D)+AND+%22Life+Sci%22%5BJournal%5D)">CRISPR innovations in tissue engineering and gene editing.</a> Life Sci. 358, 123120(2024).</li>
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<li>Xu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Engineered+miniature+CRISPR-Cas+system+for+mammalian+genome+regulation+and+editing%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Engineered miniature CRISPR-Cas system for mammalian genome regulation and editing.</a> Mol Cell. 81 (20), 4333-4345 (2021).</li>
<li>Huang, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FACS-based+genome-wide+CRISPR+screens+define+key+regulators+of+DNA+damage+signaling+pathways%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">FACS-based genome-wide CRISPR screens define key regulators of DNA damage signaling pathways.</a> Mol Cell. 83 (15), 2810-2828 (2023).</li>
<li>Feng, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+CRISPR+screen+identifies+synthetic+lethality+between+DOCK1+inhibition+and+metformin+in+liver+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">Genome-wide CRISPR screen identifies synthetic lethality between DOCK1 inhibition and metformin in liver cancer.</a> Protein Cell. 13 (11), 825-841 (2022).</li>
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<li>Du, Y., Liu, Y., Hu, J., Peng, X., Liu, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR%2FCas9+systems%3A+Delivery+technologies+and+biomedical+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Asian+J+Pharm+Sci%22%5BJournal%5D)">CRISPR/Cas9 systems: Delivery technologies and biomedical applications.</a> Asian J Pharm Sci. 18 (6), 100854(2023).</li>
<li>Shi, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+genome-wide+CRISPR+screen+identifies+WDFY3+as+a+regulator+of+macrophage+efferocytosis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A genome-wide CRISPR screen identifies WDFY3 as a regulator of macrophage efferocytosis.</a> Nat Commun. 13 (1), 7929(2022).</li>
<li>Liu, N., Olson, E. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR+modeling+and+correction+of+cardiovascular+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Circ+Res%22%5BJournal%5D)">CRISPR modeling and correction of cardiovascular disease.</a> Circ Res. 130, (2022).</li>
<li>Feng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+CRISPR+screens+using+isogenic+cells+reveal+vulnerabilities+conferred+by+loss+of+tumor+suppressors%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Genome-wide CRISPR screens using isogenic cells reveal vulnerabilities conferred by loss of tumor suppressors.</a> Sci Adv. 8 (19), 6638(2022).</li>
<li>Ghaemi, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR-Cas9+genome+editing+delivery+systems+for+targeted+cancer+therapy%5BTitle%5D)+AND+%22Life+Sci%22%5BJournal%5D)">CRISPR-Cas9 genome editing delivery systems for targeted cancer therapy.</a> Life Sci. 267, 118969(2021).</li>
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<li>Sharma, G., Sharma, A. R., Bhattacharya, M., Lee, S. S., Chakraborty, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CRISPR-Cas9%3A+A+preclinical+and+clinical+perspective+for+the+treatment+of+human+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ther%22%5BJournal%5D)">CRISPR-Cas9: A preclinical and clinical perspective for the treatment of human diseases.</a> Mol Ther. 29 (2), 571-586 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>150mm 세포 및 조직 배양 접시</td><td>Wuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.</td><td>715011</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>35mm 세포 및 조직 배양 접시</td><td>Wuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.</td><td>706011</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>A549 세포주</td><td>ATCC</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>세포 계수 키트-8</td><td>Shanghai Beyotime Biotech Inc</td><td>C0041</td><td>세포 생존율 분석용</td></tr><tr><td>CO2 독립 배지</td><td>PHCbi</td><td>MCO-50AIC</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>Countess 3 FL 자동 세포 계수기</td><td>Themo Scientific</td><td>AMQAF2001</td><td>세포 계수용</td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Gibco</td><td>25200056</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>소 태아 혈청</td><td>Gibco</td><td>10099141</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>형광 현미경</td><td>LEICA</td><td>ebq 100-04</td><td>형광 현미경용</td></tr><tr><td>게놈 전체 CRISPR 렌티바이러스 라이브러리</td><td>Shanghai OBiO Technology Co., Ltd.</td><td>H5070</td><td>렌티바이러스 감염용</td></tr><tr><td>MiniAmp 플러스 PCR</td><td>Themo Scientific</td><td>C37835</td><td>PCR 증폭용</td></tr><tr><td>NEST 세포 배양 플레이트, 12웰</td><td>Wuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.</td><td>712002</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>NEST 세포 배양 플레이트, 6웰</td><td>Wuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.</td><td>703002</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>NEST 세포 배양 플레이트, 96웰</td><td>Wuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.</td><td>701001</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>PBS</td><td>Gibco</td><td>C10010500BT</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>PCR 포워드 프라이머(AATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCG)</td><td>Beijing AuGCT Biotech Co., Ltd.</td><td>-</td><td>PCR 증폭용</td></tr><tr><td>PCR 역프라이머(GATGTGCGCTCTGCCCACTGACGGGCA)Beijing</td> <td>AuGCT Biotech Co., Ltd.</td><td>-</td><td>PCR 증폭용</td></tr><tr><td>Polybrene</td><td>Shanghai Beyotime Biotech Inc</td><td>C0351</td><td>렌티바이러스 감염용</td></tr><tr><td>Puromycin</td><td>MCE</td><td>HY-K1057</td><td>렌티바이러스 감염 후 분리용</td></tr><tr><td>RPMI 1640 세포 배양 배지</td><td>Gibco</td><td>23400-021</td><td>세포 배양</td></tr><tr><td>TIANGENamp 게놈 DNA 키트</td><td>Beijing TIANGEN Biotech Co.,Ltd.</td><td>DP304</td><td>게놈 DNA 추출 X</td></tr><tr><td>선 분말 회절계</td><td>PerkinElmer</td><td></td> 방<td>사선 치료용</td></tr></tbody></table>

방사선 민감성 및 방사선 저항성 유전자 공개를 위한 게놈 와이드 crispr 스크리닝

Genome-Wide CRISPR Screen for Unveiling Radiosensitive and Radioresistant Genes

사망률이 가장 높은 폐암은 매우 공격적이고 널리 퍼져 있는 의학적 질병입니다. 폐암 세포주 A549를 예로 들어 방사선을 스크리닝 조건으로 하여 게놈 전체 CRISPR 스크리닝을 수행하는 데 개략적인 워크플로우를 그림 1에 보여주었습니다. 먼저, 클론 형성 및 CCK8 실험을 통해 다양한 방사선 선량에 대한 A549 세포의 민감도를 조사합니다(그림 2). 클론 생성 분석에서 콜로니 수는 2 Gy에서 140 ± 5.35 대 0 Gy에서 303 ± 31.63이었던 반면, CCK-8 분석에서 광학 밀도(OD) 값은 2 Gy에서 0.65 ± 0.05 대 0 Gy에서 1.35 ± 0.08이었습니다. 방사선 민감도 및 방사선 저항에 대한 후보 유전자를 조사하려면 후속 방사선 선량으로 2 Gy(IC50)를 선택합니다. A549 세포는 다른 용량의 푸로마이신으로 처리되고 72시간 후에 계수되었습니다. A549 세포에 대한 퓨로마이신의 최...

방사선 민감성 및 방사선 저항성 유전자 공개를 위한 게놈 와이드 CRISPR 스크리닝

The CRISPR-Cas9 system has been harnessed and repurposed into a powerful genome editing tool. By leveraging this technology, researchers can precisely ...

genome-wide-crispr-screen-for-unveiling-radiosensitive-radioresistant

Research

연구

JoVE Journal

Cancer Research

암 연구

이 동영상은 CRISPR-Cas9을 사용하여 게놈이 변형된 형질전환 초파리 파리를 식별하는 스크리닝 방법을 설명합니다. CRISPR-Cas9은 과학자들이 유기체의 게놈을 조작하는 방식에 혁명을 일으킨 강력한 게놈 편집 도구입니다. 예제 프로토콜에서는 CRISPR 생성 돌연변이를 식별하는 방법을 확인할 수 있으며, 여기서 transactivation sequence의 삽입은 branchless(bnl) 유전자의 첫 번째 엑손을 대체하여 bnl 유전자 특이적 드라이버 라인인 bnl-LexA를 생성합니다.

유전체 변형 스크리닝: 초파리에서 CRISPR 생성 돌연변이를 식별하는 방법

형광 중합 효소 연쇄 반응 (PCR)은 겔 전기 영동, 모세관에 결합 여기에 설명 된 기술 유전자형은 뉴 클레아 제 매개 녹아웃 클론의 높은 처리량 유전자형을 허용한다. 그것은 다른 유전자형 기술에 의해 직면 한 한계를 우회하고 시퀀싱 방법보다 더 비용 효과적입니다.

CRISPR을 유전자형하기 위해 형광 PCR-모세관 젤 전기 영동 기술을 사용 / 높은 처리량 형식으로 녹아웃 돌연변이를 Cas9 매개

체세포를 유 전적으로 조작하는 능력의 최근 진보는 기본 및 응용 연구에 큰 가능성을 안겨줍니다. 여기, 우리는 선택 마커의 사용 여부에 관계없이 포유류 세포주에서 CRISP / Cas9 생성 녹아웃 생산 및 스크리닝을위한 두 가지 접근법을 제시한다.

포유류 세포에서 CRISPR / Cas9 매개 유전자 knockouts의 선택 의존 및 독립적 생성

CRISPR/sgRNA 라이브러리 질의 단백질 코딩 유전자에 적용 되었습니다. 그러나, 유전자 규칙에서 CTCF 경계의 기능을 밝히기 위해 sgRNA 라이브러리의 미개척 남아 있습니다. 여기, 우리는 HOX loci 특정 sgRNA 라이브러리 CTCF 경계 HOX loci의 기능을 명료 하 게 설명 합니다.

HOX Loci Focused CRISPR/sgRNA 라이브러리 심사 식별 중요 CTCF 경계

CRISPR-Cas9 기술은 모든 세포 유형에서 포유류 게놈을 정밀하게 편집하는 효율적인 방법을 제공하며 게놈 전체의 유전 적 스크린을 수행하는 새로운 수단을 나타냅니다. 풀링된 게놈 전체 CRISPR-Cas9 스크린의 성공적인 성능을 위해 필요한 단계를 논의하는 상세한 프로토콜이 여기에 제공됩니다.

포유류 세포에 있는 풀린 CRISPR 기지를 둔 유전 스크린

이 원고는 세포외 수용체-리간드 상호 작용을 확인하기 위해 게놈 규모의 세포 기반 스크리닝 접근법을 기술한다.

게놈 규모 CRISPR/Cas9 유전 스크린을 이용한 세포 표면 수용체 식별

여기서 우리는 면역 능력 마우스의 피부와 구강에 있는 몇몇 유전자의 기능을 동시에 평가하기 위하여 자궁 배아 렌즈바이러스 주사에서 초음파 유도를 사용하여 생체 내 CRISPR/Cas9 검열 방법론을 기술합니다.

마우스 피부와 구강의 유전자 기능을 동시에 평가하기 위한 Vivo CRISPR/Cas9 스크리닝

CRISPR과 같은 기술의 주요 장벽은 중요한 유전자를 파괴할 수 있는 off-target 이벤트입니다. 'Circularization for In Vitro Reporting of Cleavage Effects by Sequencing'(CIRCLE-seq)은 의도하지 않은 절단 부위를 식별하기 위해 고안된 기술입니다. 이 방법은 CRISPR-Cas9의 게놈 전체 활성을 높은 감도로 편향 없이 매핑합니다.

off-target 유전자 편집에 대한 조사를 위한 CIRCLE-Seq

이 논문은 건강한 기증자 키메라 항원 수용체 T 세포에서 게놈 전체 CRISPR 녹아웃 스크리닝을 완료하기 위해 고갈에 대한 체외 모델을 적용하는 프로토콜에 대해 설명합니다.

키메라 항원 수용체 T 세포에서 체외 게놈 와이드 CRISPR 녹아웃 스크리닝 수행

여기에서는 CRISPR/Cas9 기술과 Cell Counting Kit-8(CCK-8) 분석을 통합하여 조혈 줄기 세포 및 전구 세포의 비정상적인 증식 능력에 중요한 후보 유전자를 식별하는 프로토콜을 제시합니다.

CRISPR/Cas9 기술과 세포 계수를 결합한 조혈 줄기 및 전구 세포의 비정상 성장 관련 유전자 평가

학습하세요 CRISPR/Cas9 스크리닝을 활용한 폐암 세포의 방사선 민감성 및 저항성 유전자 식별 방법을. 이 프로토콜은 방사선 치료 저항 메커니즘 이해와 정밀 유전자 편집 기술 최적화에 기여합니다.

방사선 민감성 및 방사선 저항성 유전자 공개를 위한 게놈 와이드 CRISPR 스크리닝

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