Name: 표적 농축 워크플로우를 사용하여 임상 샘플에서 전체 박테리아 게놈 생성 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-15T13:20:00.000+00:00
Duration: 10 min 44 s
Description: 학습하세요 임상 샘플에서 표적 농축 워크플로우를 사용하여 전체 박테리아 게놈을 생성하는 방법을. Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae 등 주요 병원체의 유전체 감시 및 분자 역학 연구에 활용할 수 있습니다.

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<ol><li>Lefterova, M. I., Suarez, C. J., Banaei, N., Pinsky, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-generation+sequencing+for+infectious+disease+diagnosis+and+management%3A+a+report+of+the+Association+for+Molecular+Pathology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">Next-generation sequencing for infectious disease diagnosis and management: a report of the Association for Molecular Pathology.</a> J Mol Diagn. 17 (6), 623-634 (2015).</li>
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<li>Büttner, K. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chlamydia+trachomatis+genomes+from+rectal+samples%3A+description+of+a+new+clade+comprising+ompA-genotype+L4+from+Argentina%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Genom%22%5BJournal%5D)">Chlamydia trachomatis genomes from rectal samples: description of a new clade comprising ompA-genotype L4 from Argentina.</a> Microb Genom. 11 (2), 001350(2025).</li>
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</ol>

<table><tbody><tr><td>8채널 피펫 0.5-10 & 마이크로; L</td><td>에펜도르프</td><td>3125000010</td><td>에펜도르프 리서치&nbsp; 플러스, 8채널, 0.5-10 및 마이크로; L, 미디엄 그레이, 가변 볼륨.</td></tr><tr><td>8채널 피펫 10-100 & 마이크로; L</td><td>에펜도르프</td><td>3125000036</td><td>에펜도르프 리서치&nbsp; 플러스, 8채널, 10-100 및 마이크로; L, 노란색, 가변 볼륨.</td></tr><tr><td>MBC 태그 라이브러리용 어댑터 올리고 믹스</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>ILM(Pre PCR)용 SureSelect XT HS2 라이브러리 준비 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>바이러스/병원체 DNA 추출 키트를 이용한 자동 핵산 추출 시스템</td><td>키아겐</td><td>937036 (키트) / 9001297 (악기)</td><td>자동 DNA 추출을 위해 QIAamp DSP 바이러스/병원체 키트와 함께 사용되는 QIAsymphony SP/AS 기기.</td></tr><tr><td>바인딩 버퍼</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5190-9687</td><td>SureSelect 표적 농축 키트 ILM Hyb 모듈 박스 1(PCR 후 )의 일부입니다.</td></tr><tr><td>DNA 추출 키트 및 자동화 기기</td><td>자이모 리서치 코퍼레이션</td><td>D3024/D3025</td><td>임상 검체에서 전체 DNA 추출에 사용되는 Quick-DNA Miniprep 키트. 수동 또는 자동 워크플로우 호환.</td></tr><tr><td>엔드 리페어 - 테일링 효소 믹스</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>ILM(Pre PCR)용 SureSelect XT HS2 라이브러리 준비 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>엔드 리페어 테일링 버퍼</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>ILM(Pre PCR)용 SureSelect XT HS2 라이브러리 준비 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>에탄올</td><td>VWR 화학 BDH</td><td>20816.298</td><td>에탄올 절대 &ge; 99.5% Ph. Eur., USP</td></tr><tr><td>고감도 dsDNA 분석이 가능한 형광계 / DNA 정량화를 위한 형광 기반 방법</td><td>Thermo Fisher Scientific(Invitrogen)</td><td>Q33238, Q33231</td><td>Qubit 4 형광계(1X dsDNA 고감도(HS) 분석 키트가 포함됨.</td></tr><tr><td>단편화 버퍼</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5191-4080</td><td>''5X Fragmentation Buffer''라는 이름의 SureSelect 효소 단편화 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>단편화 효소</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5191-4080</td><td>SureSelect 효소 단편화 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>충실도가 높은 DNA 중합효소 완충액</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>''Herculase II Buffer''라는 이름의 ILM(Pre PCR)용 SureSelect XT HS2 라이브러리 준비 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>dNTP를 사용한 고충실도 DNA 중합효소 완충액 (5X)</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5190-9687</td><td>SureSelect 표적 농축 키트 ILM Hyb 모듈 박스 1(Post PCR)의 일부로, 이름은 'Herculase II Buffer'입니다.</td></tr><tr><td>PCR 증폭을 위한 고충실도 융합 효소</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5191-5688</td><td>SureSelect 표적 농축 키트 ILM Hyb 모듈 박스 1(Post PCR)의 일부로, '헤르큘라제 II'라는 이름입니다.</td></tr><tr><td>고온 세척 완충액</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5190-9687</td><td>SureSelect 표적 농축 키트 ILM Hyb 모듈 박스 1(사후 PCR)의 일부로, ''세척 완충액 2''라는 이름입니다.</td></tr><tr><td>혼성화 완충액&nbsp;</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>ILM(Pre PCR)용 SureSelect XT HS2 라이브러리 준비 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>인덱스 시퀀싱 프라이머</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>ILM(Pre PCR)용 SureSelect XT HS2 인덱스 프라이머 쌍 1-96의 일부입니다.</td></tr><tr><td>사내 멀티플렉스 실시간 PCR 분석</td><td>팁 몰비올</td><td>해당 사항 없음</td><td>STI 검출을 위한 Lightmix 키트를 기반으로 자체 개발 및 공인 분석</td></tr><tr><td>결찰 완충액</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>ILM(Pre PCR)용 SureSelect XT HS2 라이브러리 준비 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>청소용 마그네틱 비드</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5191-5740</td><td>SureSelect DNA AMPure XP 비드.</td></tr><tr><td>마그네틱 스탠드</td><td>Permagen 실험기구</td><td>MSRLV08</td><td>0.2mL PCR 8 스트립 마그네틱 분리기 5 및 마이크로; L ~0.2mL 용량.</td></tr><tr><td>차세대 염기서열 분석(NGS): 고처리량 단판독 염기서열 분석 시스템&nbsp;</td><td>일루미나, Inc.</td><td>해당 사항 없음</td><td>Illumina NextSeq1000 및 MiSeq 플랫폼에서 수행된 쌍단 150bp 시퀀싱(PE150).</td></tr><tr><td>뉴클레아제가 없는 물</td><td>바이오컨셉</td><td>3-07F04-H</td><td>분자 생물학용 물, DNA/DNAse/RNase 프리, 멸균, PCR 억제제 프리.</td></tr><tr><td>올리고뉴클레오티드 차단제 믹스&nbsp;</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>ILM(Pre PCR)용 SureSelect XT HS2 라이브러리 준비 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>PCR 튜브 스트립</td><td>VWR&nbsp에서 제공하는 avantor; &nbsp;</td><td>732-3608</td><td>플랫 캡이 부착된 PCR 튜브 스트립.</td></tr><tr><td>포스트 캡처 프라이머 믹스</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5190-9687</td><td>SureSelect 표적 농축 키트 ILM Hyb 모듈 박스 1(PCR 후 )의 일부입니다.</td></tr><tr><td>RNA 프로브</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5191-6916&nbsp;</td><td>SureSelect Custom Tier4 6Mb-11.9Mb 프로브, 예: 설계 ID S3465164).</td></tr><tr><td>RNase 차단제</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>ILM(Pre PCR)용 SureSelect XT HS2 라이브러리 준비 키트의 일부입니다.</td></tr><tr><td>실온 세척 완충액</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5190-9687</td><td>SureSelect 표적 농축 키트 ILM Hyb 모듈 상자 1(Post PCR)은 ''Wash buffer 1''이라는 이름입니다.</td></tr><tr><td>스트렙타비딘 비즈</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5191-5742</td><td>Sure스트렙타비딘 비드를 선택하십시오.</td></tr><tr><td>T4 DNA 리가아제</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>5500-0147</td><td>ILM용 SureSelect XT HS2 라이브러리 준비 키트(Pre PCR)의 일부입니다.</td></tr><tr><td>표적 농축법 / DNA 포획법</td><td>애질런트 테크놀로지스</td><td>G9983-90000</td><td>SureSelect XT HS2 DNA 키트는 라이브러리 준비, Fast-Hyb 표적 농축 및 캡처 후 풀링 워크플로우를 제공합니다. 프로토콜 버전 F0, 2023년 5월. Illumina 플랫폼 NGS용</td></tr><tr><td>C. trachomatis, N. 임질, T. pallidum 및 M. genitalium</em에 대한 표적 농축 프로브 세트></td><td>애질런트 테크놀로지스/농축 미생물학 연구소(IMM, UZH)</td><td>디자인 ID S3465164</td><td>4가지 STI 병원체의 다중 포획을 위한 맞춤형 프로브 세트(~242,000개 프로브). 다중 참조 게놈을 기반으로 설계합니다.</td></tr><tr><td>열 순환기</td><td>써모피셔</td><td>4375305</td><td>Veriti 96웰 열 순환기.</td></tr></tbody></table>

표적 농축 워크플로우를 사용하여 임상 샘플에서 전체 박테리아 게놈 생성

Generating Whole Bacterial Genomes from Clinical Samples using a Target Enrichment Workflow

아르헨티나 부에노스아이레스에서 발생한 C. trachomatis LGV 발병에 대한 연구에서는 샘플에서 몇 가지 새로운 특징, 즉 ompA-유전자형 L1과 비교하여 ompA 유전자의 10개 뉴클레오티드 치환과 특이한 MLST(Multi-Locus Sequence Typing) 서열 유형 2 17,18,19. 우리는 이러한 임상 샘플의 게놈을 조사하여 글로벌 데이터의 맥락에 배치하는 것을 목표로 했습니다. 이를 달성하기 위해 우리는 낮은 박테리아 부하와 풍부한 인간 및 미생물 DNA로 인한 문제를 극복하기 위해 임상 샘플에서 박테리아 STI의 WGS에 대한 직접 메타게놈 시퀀싱과 표적 농축 접근법의 성능을 비교했습니다.
사용된 DNA는 2017년에서 2023년 사이에 아르헨티나 부에노스아이레스에서 수집된 직장 면봉 샘플에서 2% 송아지 태아 혈청(FCS)과 항생제(겐타마이신 25μg/mL, 반코마이신 0.5mg/mL 및 암포테리신 B 2.5μg/mL)가 보충된 2-SP 배지(자당-인산염 배지)에 배치되거나 -80°C에서 보관되거나 풀링된 요도, 항문직장, 취리히 대학 병원(USZ)에서 NAAT(Nucleic Acid Amplification Tests) 완충액으로 수집한 인두 면봉. 부에노스아이레스 샘플의 DNA는 실리카 기반 수동 추출 키트를 사용하여 추출되었고, USZ 샘플의 DNA는 자동화된 마그네틱 비드 기반 시스템을 사용하여 추출되었습니다.
이 연구에 포함된 모든 임상 샘플은 다음과 같은 범위의 qPCR 주기 역치(Ct) 값을 가진 자체 개발된 다중 실시간 PCR 분석(재료 표 참조)에 의해 양성으로 확인되었습니다: C. trachomatis: 17-34, N. gonorrhoeae: 24-31, T. pallidum: 27-36 및 M. genitalium: 30-37. DNA 농도는 임상 샘플의 입력 물질을 특성화하기 위해 시퀀싱 전에 고감도 형광 분석을 사용하여 정량화되었습니다( 재료 표 참조).
직접 메타게놈 시퀀싱을 표적 농축과 비교하기 위해 32개의 샘플을 사용했으며, 그 중 29개는 C. trachomatis, 9개는 N. 임질, 5개는 T. pallidum, 3개는 M. genitalium에 대해 양성이었습니다. 직접 메타게놈 시퀀싱은 완전한 게놈을 생성하지 못했으며 실제로 음성 샘플에서 볼 수 있는 기준선 이상의 목표 데이터를 거의 달성하지 못했습니다. 65°C에서 혼성화를 통한 표적 농축은 각 병원체에 대해 훨씬 더 나은 결과를 가져왔고, 이 방법을 통해 많은 경우 성공적인 게놈을 얻었습니다 (그림 1). 
표적 농축을 위한 최적의 샘플 선택을 평가하기 위해 우리는 표적 판독 비율(%OTR)으로 측정한 진단 qPCR Ct 값과 게놈 회수 효율성 사이의 관계를 평가했습니다. 이 지표는 표적 유기체의 게놈에 매핑되는 시퀀싱 판독의 비율을 반영하며 일반적으로 농축 성능을 평가하는 데 사용됩니다. C. trachomatis의 병원체 부하와 시퀀싱 성공 사이에 유의미한 상관관계가 발견되었으며, Ct30 주후의 성공에 대한 Ct 컷오프가 있었습니다. 다른 표적 병원체에 대한 데이터는 제한적이었지만 게놈 시퀀싱 성공이 주로 병원체 부하가 Ct30 미만인 샘플에서 발생한 유사한 추세가 관찰되었습니다 (그림 2).
65°C의 혼성화 온도를 사용한 이 실험은 Ct 값이 30 미만인 샘플을 기반으로 C . trachomatis, N. gonorrhoeae 및 T. pallidum에 대해 75%-80%의 표적 농축으로 게놈 시퀀싱 성공률을 제공했습니다. 3개의 M. genitalium 양성 샘플은 Ct 값이 30-37이었고 더 낮은 게놈 범위와 평균 판독 깊이를 달성했습니다. 이러한 결과를 개선하기 위해 우리는 M. genitalium 게놈의 낮은 %G+C 함량으로 인해 혼성화를 개선하는 혼성화 온도를 낮추는 실험을 했습니다. 현재 권장되는 온도인 62.5°C와 같은 더 낮은 혼성화 온도를 사용하면 다른 게놈의 회수를 손상시키지 않으면서 M. genitalium 게놈의 회수를 향상시킬 수 있습니다 (그림 3). 이러한 결과는 표적 농축이 임상 샘플에서 귀중한 게놈 정보를 얻기 위한 효과적인 접근 방식이며 패널 기반 설계 전반에 걸쳐 광범위한 게놈에 적용될 수 있음을 보여줍니다.
성공적으로 농축된 C. trachomatis 게놈의 계통 발생 분석은 부에노스아이레스의 샘플 대부분이 ompA 유전자형 L2b 계통 내에 모여 있는 것으로 나타났으며, 이는 전 세계 순환을 통한 성공적인 계통을 시사합니다. 분석 결과 아르헨티나에는 LGV를 유발하는 새롭고 뚜렷한 계통이 존재하는 것도 밝혀졌습니다. 이 계통의 샘플은 다른 LGV 계통과 약 600 SNP가 다르며, 이 계통은 ompA-유전자형 L4로 제안됩니다 (그림 4). 그림 1, 그림 2 및 그림 4에 사용된 샘플에 대한 자세한 설명은 보충 표 1에 나와 있습니다.
이러한 발견은 병원체 다양성 연구에서 표적 농축의 가치를 강조하고 임상 샘플에서 높은 수준의 게놈 시퀀싱 성공을 보여줍니다.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68506/68506fig1.jpg"> 
그림 1: 직접 메타게놈 시퀀싱과 비교한 표적 농축을 사용한 게놈 농축. 표적 유기체의 게놈에 매핑되는 시퀀싱 판독의 백분율로 정의되는 표적 판독 비율(%OTR)은 표적 농축으로 달성된 농축 정도를 보여줍니다. 선은 모든 데이터 포인트의 중앙값을 나타내고 상자는 50% 사분위수 범위(IQR)를 나타냅니다. 데이터 포인트 색상은 샘플 원본에 해당합니다(아르헨티나의 경우 옅은 파란색, 스위스의 경우 빨간색). 적용 범위&gt;95% 및 평균 판독 깊이 &gt;10으로 정의되는 게놈 시퀀싱 성공은 큰 점으로 표시되고 실패는 작은 점으로 표시됩니다. y축의 다른 눈금을 확인합니다. 약어: CT = C. trachomatis, NG = N. 임질, TP = T. pallidum, MG = M. genitalium. 이 수치는10에서 수정되었습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68506/68506fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68506/68506fig2.jpg"> 
그림 2: 표적 농축의 %OTR과 진단용 qPCR Ct 값의 상관관계. 데이터 포인트 색상은 샘플 소스를 나타냅니다(아르헨티나의 경우 옅은 파란색, 스위스의 경우 빨간색). 적용 범위&gt;95% 및 평균 판독 깊이&gt;10으로 정의되는 게놈 시퀀싱 성공은 큰 점으로 표시되고 실패는 작은 점으로 표시됩니다. y축의 다른 눈금을 확인합니다. 약어: CT = C. trachomatis, NG = N. 임질, TP = T. pallidum, MG = M. genitalium. 이 수치는10에서 수정되었습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68506/68506fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68506/68506fig3.jpg"> 
그림 3: 10개 샘플의 모든 STI 박테리아 병원체에 대한 전체 게놈 회복에 대한 혼성화 온도의 영향. 임상 샘플의 범위 내의 인간 DNA는 알려진 농도의 표적 박테리아 DNA를 개별적으로(단일) 스파이크하여 여러 감염이 있는 샘플을 나타내기 위해(풀링됨) 또한 모두 스파이크되었습니다. 각각 5가지 병원체/조합을 사용한 두 가지 실험을 수행했습니다: 샘플의 전체 DNA에 대한 각 미생물의 DNA의 대략적인 백분율을 나타내기 위해 0.01% 및 0.03%(나머지 DNA는 인간 DNA에 해당함). M. genitalium 의 회복은 더 낮은 온도에서 향상됩니다. C. 트라코마티스 DNA는 낮은 농도로 스파이크되었습니다. 추가 실험은 온도가 C. trachomatis 게놈의 회복에 영향을 미치지 않았음을 보여줍니다(데이터는 표시되지 않음). 약어: CT = C. trachomatis, MG = M. genitalium, NG = N. 임질, TP = T. pallidum. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68506/68506fig3large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/68506/68506fig4.jpg"> 
그림 4: 아르헨티나의 LGV 균주의 재조합 조정 계통 발생. 분석에는 공개된 데이터와 함께 사용 가능한 모든 LGV 게놈이 포함됩니다. 계통 발생 오른쪽에 표시되는 메타데이터에는 중복 환자 샘플, 인구 구조의 베이지안 분석(BAPS; 클러스터 = 계통군, 다계통 BAPS 클러스터 6은 인구의 유전적 다양성을 나타내며), 게놈 시퀀싱 방법(이 연구의 데이터), ompA 유전자형, 국가 및 연도가 포함됩니다. 누락된 데이터는 흰색으로 표시됩니다. 이 연구의 게놈 이름은 아르헨티나의 경우 연한 파란색으로, 핀란드의 경우 진한 파란색으로 강조 표시되어 있습니다(표적 농축으로 얻지 않음). 이러한 색상은 이 연구에서 생성된 게놈을 구별하는 데만 사용됩니다. 1000개의 초고속 부트스트랩의 부트스트랩 값은 주요 분기에 백분율로 표시됩니다. 이 수치는13에서 수정되었습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68506/68506fig4large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>
보충 표 1: 연구에 사용된 재료, 시약, 기기 및 장비에 대한 설명. 이 표에는 DNA 추출, 라이브러리 준비, 표적 농축 및 시퀀싱에 사용되는 구성 요소의 상업적 이름, 제조업체 및 카탈로그 번호에 대한 자세한 정보가 포함되어 있습니다. 또한 사내 qPCR 분석 및 일반 분자 생물학 절차에 사용되는 항목도 포함됩니다. 별표(*)로 표시된 항목에는 동등한 대안을 사용할 수 있습니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/68506/Supplementary_Table_1_RE.xlsx" target="_blank">이 표를 다운로드하려면 여기를 클릭하십시오.</a>

Obtaining complete genomes of bacterial sexually transmitted infections (STIs) directly from clinical samples is challenging due to the presence of human ...

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Research

연구

JoVE Journal

Bioengineering

생명공학

우리는 화학 돌연변이 및 전체 게놈 시퀀싱에 따라 클라미디아의 유전자 분석을 수행하는 방법을 설명합니다. 또한, 감염된 세포 내에서 DNA 교환을위한 시스템은 유전자 매핑에 사용할 수있는 설명합니다. 이 방법은 변환 시스템 및 분자 유전 학적 도구가 부족한 미생물 시스템에 광범위하게 적용 할 수있다.

앞으로 유전 접근<em&gt; 클라미디아의 trachomatis</em

NGS 염기서열분석을 위한 gDNA 농축은 체질적 돌연변이 연구를 위한 쉽고 강력한 도구입니다. 이 기사에서는 DNA 손상 복구에 관여하는 11개 유전자의 전체 염기서열을 간단히 분석하는 절차를 제시합니다.

의 전체 순서의 NGS 분석을위한 Transposase 기반 기술에 의해 gDNA를 농축 BRCA1 BRCA2, 9 유전자

종양학 검체의 차세대 표적 염기서열분석을 위한 통합 시스템에 대해 설명합니다. 이 크로스 플랫폼 시스템은 저품질 및 소량 종양 생검에 최적화되어 있고, 낮은 DNA 입력을 수용하며, 잘 특성화된 다중 변이 대조군을 포함하고, 정량적 사전 분석 품질 관리 측정에 의해 정보를 얻은 새로운 변이 호출자를 특징으로 합니다.

낮은 품질과 낮은 수량 종양 생검의 습식 및 건식 벤치 프로세스의 통합을 대상으로 최적화하여 차세대 시퀀싱

우리는 16S rRNA의 유전자의 증폭 시퀀싱을 사용하여 세균 지역 사회의 특성에 대한 면봉에서 핵산을 추출하기위한 효율적이고 강력하고 비용 효과적인 방법을 설명합니다. 이 방법은 여러 종류의 시료에 대한 일반적인 처리 방법을 허용하고 하류 공정 분석들을 수용한다.

세균 커뮤니티 특성화에 대한 효율적인 핵산 추출 및 16S rRNA의 유전자 시퀀싱

여기서 우리는 프로토콜이 메틸 바인딩 DNA 캡처 시퀀싱 (MBDCap-서열 또는 MBD-SEQ) 기술과 이후의 생물 정보학 분석 파이프 라인을 사용하여 대규모 임상 환자 스크리닝 연구에서 게놈 전체 DNA 메틸화를 조사하기 위해 제시한다.

환자 조직에 대한 메틸 결합 DNA 캡처 시퀀싱

이 프로토콜은 복구 하 고 비 대상 배경 셀 혼합물에서 희소 한 대상 셀 단일 세포 수준에서 분자 유전 특성에 대 한 준비입니다. DNA 품질은 단일 세포 치료 비 고 (두 심사 기반 및 분석 대상) 단일 셀 응용 프로그램 허용 합니다.

단일 셀 다운스트림 특성화에 대 한 대상 셀 사전 농축 및 전체 게놈 증폭

이 원고는 높은 처리량 16S rRNA amplicon 시퀀싱의 상세한 표준화 된 프로토콜을 설명합니다. 프로토콜은 데이터 분석을 통해 배설물 샘플 컬렉션에서 시작 하는 통합, 제복 및 가능한, 저렴 한 프로토콜을 소개 합니다. 이 프로토콜에는 많은 수의 엄격한 표준 샘플의 분석 및 여러 가지 컨트롤 수 있습니다.

16S rRNA Amplicon 시퀀싱에 의해 배설물 미생물 특성화에 대 한 가이드 프로토콜

이 프로토콜은 오줌 박테리아의 배양, 시퀀싱 및 드 노보 하이브리드 게놈 조립에 대한 포괄적 인 접근 방식을 자세히 설명합니다. 그것은 오줌 식민지, 병기 발생 및 항균 저항 보급에 기여하는 염색체 및 외염색체 유전 요소 둘 다 공부에 유용한 완전하고 원형 게놈 서열의 생성을 위한 재현 가능한 절차를 제공합니다.

짧고 긴 읽기 시퀀싱 기술을 사용하여 요로나박테리아의 완전한 게놈 생성을 위한 하이브리드 드 노보 게놈 조립

벤치탑 기기를 사용한 전체 게놈 시퀀싱(WGS) 전략의 실현 가능성은 실험실 환경에서 공중 보건과 관련된 모든 미생물의 게놈 조사를 단순화했습니다. 박테리아 WGS에 대한 워크 플로우의 방법 론적 적응이 설명되고 분석을위한 생물 정보학 파이프 라인도 제시됩니다.

전체 게놈 시퀀싱을 사용하는 Oreochromis spp. 농장에서 파생된 병원성 대장균 균주의 특성 분석

임상 메타단백질체학(Clinical metaproteomics)은 인간 마이크로바이옴과 질병에 대한 기여에 대한 통찰력을 제공합니다. 당사는 Galaxy 플랫폼의 컴퓨팅 파워를 활용하여 복잡한 질량 분석 기반 메타단백질체 분석 및 질병 연구와 관련된 다양한 임상 샘플 유형의 특성화를 용이하게 하는 모듈식 생물정보학 워크플로우를 개발했습니다.

인간 질병의 기저에 있는 숙주-마이크로바이옴 상호작용을 분석하기 위해 Galaxy Bioinformatics 플랫폼 내에서 구현된 임상 메타단백질체학 워크플로우

본 연구는 염색체 서열이 이미 알려져 있거나 관심 없는 플라스미드의 나노포어 시퀀싱 워크플로우를 설명합니다. 초기 플라스미드 DNA 풍부화 단계는 최적의 플라스미드 서열 깊이를 보장하고 플로우 셀당 시퀀싱 가능한 샘플 수를 극대화합니다.

나노포어 시퀀싱 기반 워크플로우를 이용한 롱리드 플라스미드 시퀀싱 및 조립

학습하세요 임상 샘플에서 표적 농축 워크플로우를 사용하여 전체 박테리아 게놈을 생성하는 방법을. Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae 등 주요 병원체의 유전체 감시 및 분자 역학 연구에 활용할 수 있습니다.

표적 농축 워크플로우를 사용하여 임상 샘플에서 전체 박테리아 게놈 생성

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