Name: 인간 대변 샘플을 위한 DNA 바이러스 크기 분율 메타게놈학 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-03-24T13:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 15 s
Description: 배우세요 인간 대변에서 DNA 바이러스 크기 분율을 농축하고 추출하는 유연한 메타게놈학 프로토콜. 여과, 초원심분리, DNase 처리를 통해 고품질 바이롬 DNA를 생성하여 정확한 바이러스 군집 분석을 가능하게 합니다.

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<ol><li>Breitbart, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+Analyses+of+an+Uncultured+Viral+Community+from+Human+Feces%5BTitle%5D)+AND+%22J+Bacteriol%22%5BJournal%5D)">Metagenomic Analyses of an Uncultured Viral Community from Human Feces.</a> J Bacteriol. 185 (20), 6220-6223 (2003).</li>
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<li>Garmaeva, S., Sinha, T., Kurilshikov, A., Fu, J., Wijmenga, C., Zhernakova, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Studying+the+gut+virome+in+the+metagenomic+era%3A+challenges+and+perspectives%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biol%22%5BJournal%5D)">Studying the gut virome in the metagenomic era: challenges and perspectives.</a> BMC Biol. 17 (1), 84(2019).</li>
<li>Lewandowska, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+and+validation+of+sample+preparation+for+metagenomic+sequencing+of+viruses+in+clinical+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Optimization and validation of sample preparation for metagenomic sequencing of viruses in clinical samples.</a> Microbiome. 5 (1), 94(2017).</li>
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<li>Palermo, C. N., Shea, D. W., Short, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+Different+Size+Fractions+Provides+a+More+Complete+Perspective+of+Viral+Diversity+in+a+Freshwater+Embayment%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Analysis of Different Size Fractions Provides a More Complete Perspective of Viral Diversity in a Freshwater Embayment.</a> Appl Environ Microbiol. 87 (11), e00197-e00221 (2021).</li>
<li>Kleiner, M., Hooper, L. V., Duerkop, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+methods+to+purify+virus-like+particles+for+metagenomic+sequencing+of+intestinal+viromes%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Evaluation of methods to purify virus-like particles for metagenomic sequencing of intestinal viromes.</a> BMC Genomics. 16 (1), 7(2015).</li>
<li>Fudyma, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Exploring+viral+particle%2C+soil%2C+and+extraction+buffer+physicochemical+characteristics+and+their+impacts+on+extractable+viral+communities%5BTitle%5D)+AND+%22Soil+Biol+Biochem%22%5BJournal%5D)">Exploring viral particle, soil, and extraction buffer physicochemical characteristics and their impacts on extractable viral communities.</a> Soil Biol Biochem. 194, 109419(2024).</li>
<li>Zhai, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+impact+of+storage+buffer+and+storage+conditions+on+fecal+samples+for+bacteriophage+infectivity+and+metavirome+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">The impact of storage buffer and storage conditions on fecal samples for bacteriophage infectivity and metavirome analyses.</a> Microbiome. 11 (1), 193(2023).</li>
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<li>Kim, K. H., Bae, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Amplification+methods+bias+metagenomic+libraries+of+uncultured+single-stranded+and+double-stranded+DNA+viruses%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Amplification methods bias metagenomic libraries of uncultured single-stranded and double-stranded DNA viruses.</a> Appl Environ Microbiol. 77 (21), 7668(2011).</li>
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<li>Santos-Medellín, C., Estera-Molina, K., Yuan, M., Pett-Ridge, J., Firestone, M. K., Emerson, J. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+turnover+of+soil+viral+populations+and+genotypes+overlain+by+cohesive+responses+to+moisture+in+grasslands%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Spatial turnover of soil viral populations and genotypes overlain by cohesive responses to moisture in grasslands.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 119 (45), e2209132119(2022).</li>
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<li>Gregory, A. C., Zablocki, O., Zayed, A. A., Howell, A., Bolduc, B., Sullivan, M. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Gut+Virome+Database+Reveals+Age-Dependent+Patterns+of+Virome+Diversity+in+the+Human+Gut%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Host+Microbe%22%5BJournal%5D)">The Gut Virome Database Reveals Age-Dependent Patterns of Virome Diversity in the Human Gut.</a> Cell Host Microbe. 28 (5), 724-740 (2020).</li>
<li>Yilmaz, S., Allgaier, M., Hugenholtz, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiple+displacement+amplification+compromises+quantitative+analysis+of+metagenomes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Multiple displacement amplification compromises quantitative analysis of metagenomes.</a> Nat Methods. 7 (12), 943-944 (2010).</li>
<li>Kosmopoulos, J. C., Klier, K. M., Langwig, M. V., Tran, P. Q., Anantharaman, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Viromes+vs.+mixed+community+metagenomes%3A+choice+of+method+dictates+interpretation+of+viral+community+ecology%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">Viromes vs. mixed community metagenomes: choice of method dictates interpretation of viral community ecology.</a> Microbiome. 12 (1), 195(2024).</li>
<li>Zhai, X., Gobbi, A., Kot, W., Krych, L., Nielsen, D. S., Deng, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+single-stranded+based+library+preparation+method+for+virome+characterization%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiome%22%5BJournal%5D)">A single-stranded based library preparation method for virome characterization.</a> Microbiome. 12 (1), 219(2024).</li>
<li>Hillary, L. S., Adriaenssens, E. M., Jones, D. L., McDonald, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-viromics+reveals+diverse+communities+of+soil+RNA+viruses+with+the+potential+to+affect+grassland+ecosystems+across+multiple+trophic+levels%5BTitle%5D)+AND+%22ISME+Commun%22%5BJournal%5D)">RNA-viromics reveals diverse communities of soil RNA viruses with the potential to affect grassland ecosystems across multiple trophic levels.</a> ISME Commun. 2, 34(2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>소 혈청 알부민(BSA) DNase 및 프로테아제 없는 분말</td><td>피셔 바이오리시약</td><td>BP9706100</td><td>PPBS 레시피 (Step 1.1)</td></tr><tr><td>DNeasy PowerSoil Pro 키트</td><td>치아겐</td><td>47016</td><td>DNA 추출 키트 (4.1단계)</td></tr><tr><td>KAPA DNA HyperPrep 라이브러리 키트</td><td>로슈</td><td>해당 없음</td><td>이 키트로 생성된 라이브러리는 Illumina NovaSeq 6000 플랫폼(2 x 150 bp)을 사용하여 시퀀싱되었습니다.</td></tr><tr><td>황산마그네슘(MgSO4), 무수성, 그리고 99.5%</td><td>시그마-올드리치</td><td>M7506</td><td>PPBS 레시피 (Step 1.1)</td></tr><tr><td>인산염 완충식염수(PBS), 10배, pH 7.4, RNase 무첨가</td><td>인비트로젠</td><td>AM9624</td><td>PPBS 레시피 (Step 1.1)</td></tr><tr><td>폴리에테르설폰(PES) 막 주사기 필터, 멸균, 28 mm, 0.2 & mu; m</td><td>코닝</td><td>431229</td><td>주사기 여과용 (2.9단계)</td></tr><tr><td>폴리프로필렌 원뿔 원심분리관, 멸균, 50 mL</td><td>올림푸스 플라스틱스</td><td>28-108</td><td></td></tr><tr><td>시트산칼륨 모노하이드레이트 (결정성/인증)</td><td>피셔 케미컬</td><td>P222</td><td>PPBS 레시피 (Step 1.1)</td></tr><tr><td>Qubit&nbsp; 분석관</td><td>인비트로젠</td><td>Q32856</td><td>DNA 정량화(5.1단계)</td></tr><tr><td>큐비트 4 형광도계</td><td>인비트로젠</td><td>Q33238</td><td>DNA 정량화(5.1단계)</td></tr><tr><td>큐비트 dsDNA 정량 분석 키트</td><td>인비트로젠</td><td>Q32850</td><td>DNA 정량화(5.1단계)</td></tr><tr><td>RQ1 RNase-Free DNase</td><td>프로메가</td><td>PR-M6101</td><td>반응 버퍼, DNase, 차단액 포함</td></tr><tr><td>Supor 친수성 폴리에테르설폰(PES) 멤브레인 주사기 필터, 멸균, 32mm, 5.00 및 마이크로; m&nbsp;</td><td>시티바 (이전 명칭: 팔 랩)</td><td>28150-956</td><td>주사기 여과용 (2.9단계)</td></tr><tr><td>초원심분리기 로터: 50.2 Ti 고정각 로터, 50,000 rpm, 302,000 x g, 12 x 39 m</td><td>벡먼 쿨터</td><td>337901</td><td>또한 벡맨 쿨터 타입 70 Ti 고정 각도 티타늄 로터(카테고리 337922)도 사용합니다. 70 Ti를 사용할 경우 3시간 동안 원심분리기를 사용하세요.</td></tr><tr><td>초원심분리관: 26.3 mL 폴리카보네이트 병 캡 조립체, 25 x 89mm</td><td>벡먼 쿨터</td><td>355618</td><td>Type 50.2 Ti (Cat. 337901) 및 Type 70 Ti (Cat. 337922) 벡만 쿨터 로터와 호환</td></tr><tr><td>초원심분리기: 벡만 인스트루먼트 옵티마 LE-80K 바닥 초원심분리기</td><td>벡먼 쿨터</td><td>365668</td><td>또한 Beckman Coulter L8-70M 냉장 초심심분리기(Cat. 344196)도 사용합니다</td></tr></tbody></table>

인간 대변 샘플을 위한 dna 바이러스 크기 분율 메타게놈학

DNA Viral Size Fraction Metagenomics for Human Stool Samples

인간 대변 샘플을 위한 DNA 바이러스 크기 분율 메타게놈학

Understanding the healthy human virosphere (the viral component of the microbiome) requires accurate measurements of viral community composition across a ...

dna-viral-size-fraction-metagenomics-for-human-stool-samples

Research

연구

JoVE Journal

Biology

생물학

primers와 열린 독서 프레임 1 (ORF1) ORF2 접합 영역입니다 노로 바이러스의 게놈 중 가장 보존 지역에 대한 구체적인 TaqMan 프로브를 이용하여 아이들의 stools에서 탐지 및 노로 바이러스의 분리의 genogroup 식별을위한 원 - 스텝 RT-PCR 분석 설명했다. 비상업적인 비용 효율적인 RNA 추출 방법을 자세히 설명하고 있습니다.

Taqman함으로써 어린이 Stools에서 Noroviruses의 감지 및 Genogrouping 한 단계 RT-PCR

단일 바이러스 게놈 (SVG)는 단일 virons의 게놈을 분리하고 증폭하는 방법이다. 혼합 조립의 바이러스 현탁액하여 virion의 캡처 및 다운 스트림 처리하는 동안 게놈 전단을 줄이고, 아가로 오스를 포함하는 개별 우물 현미경 슬라이드에 유동 세포 계측법을 사용하여 정렬됩니다. 전체 게놈 증폭 시퀀싱에 적합한 유전 물질의 결과로 여러 변위 증폭 (MDA)를 사용하여 수행됩니다.

&#39;단일 바이러스 게놈&#39;을 사용하여 단일 비리의 분리 및 유전체 분석

이 비디오는 결장 종양 보유 마우스의 대변 샘플에서 DNA 분리 프로토콜에 대해 설명합니다. 추출된 DNA는 PCR을 사용하여 증폭되고 생성물은 마그네틱 비드 기반 접근법을 사용하여 추가로 세척됩니다. 이 방법은 대장 미생물총(microbiota) 및 동물 폐사율에 대한 환경 풍부화의 영향을 결정하는 데 사용할 수 있습니다.

대변 미생물 DNA 분리: 쥐 종양 모델의 미생물 군집 다양성에 대한 환경 풍부화의 영향 연구

일례로서 낭포 성 섬유증을기도하여, 원고는 동물 시료에서 관련 미생물 및 바이러스를 특성화하기 위해 커뮤니티 metagenomic metatranscriptomic 및 방법의 조합을 포함하는 포괄적 인 흐름을 나타낸다.

불순한 정화 : 연속 Metagenomes 및 Metatranscriptomes을 복잡한 동물 관련 샘플에서

여기에서는 외딴 해양 환경에서 유기 및 무기 영양소 가용성과 미생물 및 바이러스 군집의 풍부함 및 구조를 평가하기 위한 포괄적인 프로토콜을 제시합니다.

물 화학 및 해양 미생물에 필드 가이드 - 바다에서 보이지 않는 선수를 해명

여기에서는 추정되는 파지 유전자의 기능적 특성화를 위한 표현형 접근법을 제시합니다. 기술에는 숙주 동화 대사를 모니터링할 수 있는 개발된 분석법, 다중 표현형 분석 플레이트(MAP), 이화 대사에 대한 효과를 측정할 수 있는 확립된 대사체학 방법 등이 포함됩니다.

파지 Phenomics : 생리 학적 접근 방법은 소설 바이러스 성 단백질의 특성을

우리는 16S rRNA의 유전자의 증폭 시퀀싱을 사용하여 세균 지역 사회의 특성에 대한 면봉에서 핵산을 추출하기위한 효율적이고 강력하고 비용 효과적인 방법을 설명합니다. 이 방법은 여러 종류의 시료에 대한 일반적인 처리 방법을 허용하고 하류 공정 분석들을 수용한다.

세균 커뮤니티 특성화에 대한 효율적인 핵산 추출 및 16S rRNA의 유전자 시퀀싱

이 원고는 높은 처리량 16S rRNA amplicon 시퀀싱의 상세한 표준화 된 프로토콜을 설명합니다. 프로토콜은 데이터 분석을 통해 배설물 샘플 컬렉션에서 시작 하는 통합, 제복 및 가능한, 저렴 한 프로토콜을 소개 합니다. 이 프로토콜에는 많은 수의 엄격한 표준 샘플의 분석 및 여러 가지 컨트롤 수 있습니다.

16S rRNA Amplicon 시퀀싱에 의해 배설물 미생물 특성화에 대 한 가이드 프로토콜

이 프로토콜은 동물 및 인간 피험자의 분변 샘플에서 고품질 총 RNA를 분리합니다. 상용 miRNA 분리 키트는 최적화된 양과 품질로 순수 RNA를 분리하기 위해 상당한 적응과 함께 사용됩니다. RNA 분리는 시퀀싱, 마이크로 어레이 및 RT-PCR과 같은 대부분의 다운스트림 RNA 분석에 적합합니다.

분변(마이크로) RNA 분리

아데노 관련 바이러스(AAV) 벡터 게놈 복제의 정확한 정량화는 매우 중요하지만 표준화된 프로토콜은 아직 확립되지 않았습니다. 이 프로토콜은 바이러스 게놈 역가를 신뢰성 있게 정량화하기 위해 정제된 AAV 샘플을 준비하고 디지털 액적 중합효소 연쇄 반응(dd_PCR)을 수행하기 위한 검증된 방법을 설명합니다.

Digital Droplet Polymerase Chain Reaction에 의한 정제된 벡터 샘플의 Adeno-Associated Viral Genomes 정량화

배우세요 인간 대변에서 DNA 바이러스 크기 분율을 농축하고 추출하는 유연한 메타게놈학 프로토콜. 여과, 초원심분리, DNase 처리를 통해 고품질 바이롬 DNA를 생성하여 정확한 바이러스 군집 분석을 가능하게 합니다.

인간 대변 샘플을 위한 DNA 바이러스 크기 분율 메타게놈학

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