Microbiëel classificatiesysteem

Classificatie is het proces waarbij organismen worden georganiseerd in hiërarchisch ingedeelde groepen op basis van hun fenotypische overeenkomsten of evolutionaire verwantschappen. Een soort bestaat uit één of meer stammen, en nauw verwante soorten worden gegroepeerd in geslachten. Geslachten worden verder geclassificeerd in families, families in orden, orden in klassen, enzovoort, tot op het niveau van het domein, de hoogste taxonomische rang is en is gebaseerd op zowel fenotypische als genotypische gegevens

De nomenclatuur van organismen volgt het binomiale systeem dat werd ontwikkeld door Carl Linnaeus, waarbij elk organisme een geslachtsnaam en een soortaanduiding krijgt, geschreven in cursief. De naamgeving van nieuwe microbiële taxa wordt gereguleerd door het Internationaal Comité voor de Systematiek van Prokaryoten (ICSP), dat toezicht houdt op de Internationale Code voor de Nomenclatuur van Bacteriën (ook bekend als de Bacteriologische Code). Deze code beschrijft de formele procedures die nodig zijn voor validatie. Een nieuwe soortnaam moet vergezeld gaan van een gedetailleerde beschrijving van de onderscheidende kenmerken en het deponeren van levensvatbare culturen in ten minste twee internationale collecties. Wanneer organismennog niet gekweekt of niet in zuivere vorm beschikbaar zijn, wordt een voorlopige naam toegekend met het voorvoegsel "Candidatus." Bijvoorbeeld: Candidatus Pelagibacter ubique (dit is een wijdverspreide bacteriesoort die zeer moeilijk in een laboratorium te kweken is), Candidatus Heliomonas lunata (een bacteriesoort die niet als zuivere cultuur in een laboratorium kan worden gekweekt). Bijgewerkte en gevalideerde lijsten van bacteriën en archaea zijn te vinden in de Lijst met prokaryotische namen met status in de nomenclatuur (http://www.bacterio.net) en Prokaryotische nomenclatuur up-to-date (http://www.dsmz.de).

Het meest erkende classificatiesysteem voor bacteriën en archaea is Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Sinds de oprichting in 1923 is dit een essentiële bron voor microbiologen, met gedetailleerde informatie zoals systematische tabellen, figuren en identificatie-instrumenten. Een andere belangrijke bron is The Prokaryotes, dat uitgebreide inzichten biedt in de fysiologie, ecologie, fylogenie en kweek van prokaryote organismen.

Nationale microbiële cultuurcollecties zoals de American Type Culture Collection, de Belgische GeCoördineerde Collectie van Micro-organismen, de Collectie van het Institut Pasteur en vele andere spelen een cruciale rol in de microbiële systematiek. Deze verzamelingen bewaren levensvatbare culturen onder omstandigheden die hun genetische integriteit waarborgen, en zorgen zo voor toegankelijkheid voor onderzoek en het behoud van biodiversiteit. In tegenstelling tot traditionele museumexemplaren worden deze culturen in levende staat bewaard, wat voortdurende studie en karakterisering mogelijk maakt. Dergelijke collecties bewaren ook typestrains, die dienen als referentiepunten voor toekomstige taxonomische vergelijkingen.