$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1: Osmotische vermijden test.
- Ongeveer 16-24 uur voor de test, pick L4 larvestadium dieren van elk genotype om een nieuwe plaat met NGM OP50 E. coli andincubate het bij 20 ° C. Volgende dag beginnen het experiment met jonge volwassenen.
- Het is aanbevolen om het uitvoeren van de assay "blind". De platen met elke stam te worden getest moet worden geëtiketteerd door een tweede experimentator, het uitvoeren van de test met behulp van het opnieuw geëtiketteerde platen die zouden worden ontmaskerd als het experiment is voltooid.
- De dag van de test, bereiden een 4M voorraad oplossing van fructose met 1% Congo Red oplossing en lossen volledig op kamertemperatuur. Wij raden u aan de oplossing voor elke test, omdat de kleurstof kan neerslag met de tijd.
- Ringvormige ring (1 cm diameter) op NGM plaat is beschreven op het midden van het vast medium, met 15 ul van de rode 4M fructose-oplossing. Laat de fructose oplossing dringen in de agar, dit duurt meestal tussen de 2 en 5 minuten.
- Plaats individuele jonge volwassen dieren van elke stam binnen de ring en volgt in de komende 10 minuten om de reactie op de osmotische barrière te bepalen. Dieren het vermijden van de ring meer dan zes keer op rij worden geclassificeerd als normaal, die het verlaten van de ring in minder dan zes pogingen worden als ondeugdelijk beschouwd in osmotische gevoeligheid.
Opmerking: De controle stam moet worden gebruikt in elke test. N2 jonge volwassen dieren worden gebruikt als positieve controles als ze resoluut voorkomen dat de ring barrière. Dieren die eerder zijn uitgehongerd, gepasseerd Dauer larven of afkomstig zijn uit platen die te droog mag niet worden gebruikt. In het begin moet controle dieren worden geëvalueerd in tweevoud, te bevestigen dat de assay platen en de oplossing correct zijn.
2: Het genereren van knock-down wormen door RNAi voeden.
- RNAi platen: NGM RNAi voeden platen bevat per liter: 17 g agar-agar, 2,5 g pepton, NaCl 3,0 g, 1 ml van 5 mg ml-1 cholesterol, vul de kolf met 1 liter met H 2 O en autoclaaf. Na agar afkoelt tot ongeveer 65 ° C, voeg 25 ml van 1 M KPO 4, pH 6,0, 1 ml van 1 M CaCl 2, 1 ml 1M MgSO 4, 0,5 ml carbenicilline (50 mg ml -1) en een ml 1M IPTG. Als je begint met voorbereide solide NGM, smelt vast medium door de magnetron en vervolgens vloeibaar NGM plaats op de bank afkoelen en voeg KPO 4, pH 6,0, CaCl 2, MgSO 4, carbenicilline en IPTG zoals eerder aangegeven.
Voeg 10 ml van NGM in elke 60 mm petrischaal. Laat afkoelen en keer platen handhaven ervan bij RT 's nachts voor gebruik. Platen kunnen worden opgeslagen in een plastic zakje bij 4 ° C gedurende ongeveer 4-5 dagen. - Bacteriële voorbereiding en inductie: Isoleer kolonies van E.coli HT115 (DE3) stam, getransformeerd met L4440 vector die een fragment dat overeenkomt met het target-gen, op Luria-Bertani (LB) agar platen (17 g agar, 10 g trypton, 5 g gistextract, en 10 g NaCl per liter) met ampicilline (50 ug / ml) en tetracycline (15 ug / ml).
Kies een kolonie van bacteriën en in de LB met 50 ug / ml ampicilline enten, en geteeld voor 6 8 uur met schudden bij 37 ° C; zaad een daling van deze cultuur op de voorbereide NGM platen en grondig de platen voordat ze incubatie 's nachts droog ( 12 24 uur) bij kamertemperatuur, zodat de bacteriën om te groeien en om inductie te beginnen. De incubatie werd in het donker, omdat tetracycline is lichtgevoelig en kan invloed hebben op de variabiliteit van de RNAi-testen onder de borden.
Het is noodzakelijk om een positieve en een negatieve controle voor RNAi voeren experimenten gebruiken. De positieve controle is E.coli HT115 cel getransformeerd met de L4440 vector die het unc-22 gensequentie. De knock-down van de UNC-22 gen produceert een "trillen fenotype". De negatieve controle is E.coli HT115 cel getransformeerd met lege L4440 vector. - Worm handling en scoren: De eerste dag, plaats L4 stadium wormen uit een NGM plaat bezaaid met OP50 op NGM platen zonder bacteriën en incubeer bij 20 ° C gedurende 12 uur (vasten).
De volgende dag, transfer jonge vastte volwassen hermafrodieten op een bord seedded met de bacteriën de uiting van de specifieke target-gen RNAi. Laat 40 tot 48 uur bij 20 ° C tot F1 nakomelingen te genereren.
Plaats dan een paar F1 volwassen wormen op een ander bord bezaaid met dezelfde bacterie. Na 24-48 uur, selecteren en isoleren van de F2 nakomelingen, jong volwassenen (volledig gevormd uitstekende vulva met weinig eieren) en de score voor fenotypes.
Let op: de RNAi inductie in neuronen hebben een aantal beperkingen als gevolg van de vuurvaste eigenschappen van de C elegans zenuwstelsel aan RNAi.. Het overwinnen van de problemen van deze inefficiëntie in neuron is het aanbevolen om de SRF-3 stam, een overgevoelig achtergrond om de effecten van RNAi in neuronen 10 te gebruiken. In onze experimenten geen differences werden gevonden tussen Bristol N2 en RRF-3 stammen voor de genen en het fenotype geanalyseerd.
3: Stammen gebruikt.
De C. elegans stammen die in dit werk zijn weergegeven in Tabel 1. Mutante stammen waren uit-gekruist tegen N2 wild - type minstens vier keer om ongewenste willekeurige mutaties die hadden kunnen worden gegenereerd tijdens de mutagenese protocol te verwijderen.
. OP50 E coli-stam werd suppliied door Caenorhabditis Genetic Center, University of Minnesota, USA E.coli HT115 (DE3) met het plasmide pL4440 die NRX-1 (JA: C29A12.5). En nlg-1 (JA: C40C9.5 )-gen fragmenten werden verzorgd door dr. Peter Askjaer, Centro Andaluz de biologia del Desarrollo (CABD), CSIC Universidad Pablo Olavide, Sevilla, Spanje.
4: Representatieve resultaten.
Illustratief resultaten zijn weergegeven in de figuren 1 en 2. Tien dieren van elke stam en een minimum van drie replica experimenten werden uitgevoerd.

Figuur 1. Experimenten van de osmotische vermijdingsgedrag.
Controle stammen en NRX-1 (ok1649 en tm1961) V deficiënt mutantworms reageren door het omkeren van achteruit wanneer ze in een osmotische barrière (4M fructose). Nlg-1 (ok259 en tm474) X mutanten niet om deze barrière op te sporen. Dubbele mutanten deficiënt in nlg-1 en NRX-1, stammen CRR21 (ok1649; ok259) VX en CRR23 (tm1961; ok259) VX herstelde het wild type fenotype. De * geeft significante verschillen (P ≤ 0.001) door t-student test, in de reactie van elke stam aan de Bristol N2 wild-type door t-student-test

Figuur 2. Experimenten met knockdown wormen door RNAi voeden.
E.coli HT115 (DE3) getransformeerd met lege pL4440 vector of met een fragment dat overeenkomt met het doel genen NRX-1 of NLG-1 werden gebruikt om gevoed verschillende worm stammen. De * geeft significante verschillen (P ≤ 0.001) door t-student test, in de reactie van de N2 stam bacteriën gevoed met het dragen van de pL4440 vector met een fragment gericht op de nlg-1-gen in vergelijking met de N2 stam gevoed met lege pL4440 vector .