Transcriptomic Analyse van de Mens Retina Chirurgische Specimens gebruiken Journal

Summary

We gebruikten het netvlies monsters uit retinectomy voor een transcriptoom analyse netvliesloslating. We ontwikkelden een procedure die RNA conservering tussen de chirurgische blokken en het laboratorium maakt. We een gestandaardiseerd protocol voor RNA zuivering door cesiumchloride ultracentrifugatie te verzekeren dat de gezuiverde RNA's zijn geschikt voor microarray analyse.

Abstract

Netvliesloslating (RD) beschrijft een scheiding van de neurosensorische netvlies van de retinale pigment epitheel (RPE). De RPE is essentieel voor normale functie van de lichtgevoelige neuronen, fotoreceptoren. Loslating van het netvlies van het RPE leidt tot een fysieke spleet die is gevuld met de extracellulaire vloeistof. RD initieert cellulaire en moleculaire bijwerkingen die zowel de neurosensorische netvlies en de RPE sinds de fysiologische uitwisseling van ionen en metabolieten is ernstig verstoord beïnvloeden. De gevolgen voor visie van de duur van de onthechting omdat een snelle reapposition van de twee weefsels leidt tot het herstel van het gezichtsvermogen ^1. De behandeling van RD is uitsluitend chirurgische. Verwijdering van glasvocht (vitrectomie) wordt gevolgd door de verwijdering niet essentiële deel van het netvlies in het vrijstaande gebied netvliesloslating begunstigen. De verwijderde retinale exemplaren zijn res nullius (niets) en dus normaal weggegooid.Om RNA te herstellen van deze chirurgische specimens, wij de procedure Journal dat RNA behoud mogelijk maakt tijdens de overdracht van de chirurgische blok naar het laboratorium ontwikkeld. Ook een gestandaardiseerd protocol voor RNA zuivering door cesiumchloride ultracentrifugatie te verzekeren dat de gezuiverde RNA's zijn geschikt voor globale genexpressie analyse. De kwaliteit van RNA werd gevalideerd door zowel RT-PCR en microarray-analyse. Analyse van de gegevens blijkt een gelijktijdige betrokkenheid van ontsteking en fotoreceptor degeneratie tijdens RD.

Introduction

Het belangrijkste therapeutische doel in netvliesloslating (RD) is een manier om fotoreceptorcel retinale schade en ontsteking als gevolg van de scheiding van de fotoreceptoren van de retinale gepigmenteerde epitheelcellen beperkt zijn. Tijdens RD, zijn RPE cellen geactiveerd, migreren, differentiëren, en vermenigvuldigen op het oppervlak van de vrijstaande netvlies, het uitoefenen van contractiele krachten die leiden tot complicaties. Transcriptomics analyse van RD is een manier om doel genen te identificeren met gewijzigde expressie na RD en dus toekomstige therapeutische moleculen die uiteindelijke visuele resultaat in combinatie met chirurgie zou kunnen verbetere....

Protocol

1. Dagboek: Procedure voor de Monsters herstellen van de Surgical Block

In het laboratorium

1. Krijgen een invoer contract van uitdrukkelijke rederij.
2. Vul 10 (of 25) scheepvaart vormen met het postadres van het laboratorium met vermelding van de contactpersoon in het laboratorium (telefoonnummer en e-mailadres).
3. Bereid 10 (of 25) monsters vormen genummerd 1 tot 10 (of 25). Deze vormen zijn toegewijde ruimten te informeren over a) anonieme identificatie van de patiënt, b) de datum van de operatie en c) eventuele aanvullende opmerkingen van de chirurg zou willen toevoegen. Bereid 10 (of 25) gewatteerde enveloppen (1....

Results

De procedure Journal (figuur 1) biedt ons specimens van retina herstellen van de chirurgische blok gezuiverd RNA, en het transcriptoom van netvliesloslating analyseren. Netvliesloslating resulteert in de verhoogde expressie van de monocyt chemotactische MCP1 gen CCL2, en de afname in expressie van de staaf fotoreceptor transduceren gen GNAT1, korte golf kegel opsin OPN1SW en de homeogene CRX (figuur 2). De inductie van CCL2 resulteert een ont.......

Discussion

De ontwikkeling van een procedure voor weefsel herstel van de chirurgische blok essentieel voor het transcriptoom van netvliesloslating geweest. Men moet opmerken dat dit type van chirurgie wordt beoefend in nood en dat de oogartsen operationele hebben weinig tijd om deel te nemen in een biologisch onderzoeksprogramma wanneer zij opereren. Dit retinectomy wordt ook stochastisch uitgevoerd in elke dienst, zodat het eenvoudiger manier om statistische cijfers te bereiken is om te werken met een netwerk. In dergelijk netwer.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Centrifuge	Beckman Coulter	Aventi J-E
Rotor	Beckman Coulter	JS-5.3
Ultracentrifuge	Beckman Coulter	LE 80K
Rotor	Beckman Coulter	SW41
Power supply	Biorad	Pac 3000
PolytronTM	Kinematica	PT 2100	Supplied with PT-DA 2105:2
Agarose gel electrophoresis device	Biorad	MiniGel Cell GT
Imaging System	Biorad	GelDoc-It Imager
5 ml sterile polyethylene tube	Greiner	115261
Sterile polyallomer centrifuge tube	Beckman Coulter	331372
Chemical reagents	Sigma		Molecular biology grade (RNase and DNase free products)
Cleaning Solution	VWR	RBS
Microarray chip	Affymetrix	Human U133 plus 2 array