Atherosclerose is een ziekte van de grote slagaders en een belangrijke onderliggende oorzaak van hartinfarct en beroerte. Er zijn verschillende muismodellen ontwikkeld om het onderzoek naar de moleculaire en cellulaire pathofysiologie van deze ziekte te vergemakkelijken. In dit manuscript beschrijven we specifieke technieken voor de kwantificering en karakterisering van atherosclerotische laesies in de muis aorta sinus en opgaande aorta. Het voordeel van deze procedure is dat het een nauwkeurige meting van de dwarsdoorsnede en het totale volume van de laesie biedt, die kan worden gebruikt om atherosclerotische progressie tussen verschillende behandelingsgroepen te vergelijken. Dit is mogelijk door gebruik te maken van de klepblaadjes als een anatomisch herkenningspunt, samen met een zorgvuldige aanpassing van de snijshoek. We beschrijven ook basiskleuringsmethoden die kunnen worden gebruikt om atherosclerotische progressie te beginnen te karakteriseren. Deze kunnen verder worden aangepast om antigenen van specifiek belang voor de onderzoeker te onderzoeken. De beschreven technieken zijn over het algemeen toepasbaar op een breed scala van bestaande en nieuw gecreëerde voedings- en genetisch-geïnduceerde modellen van atherogenese.