Alle procedures die in het volgende protocol zijn beschreven, werden goedgekeurd door het Inspectie Comité voor de Diervoeding en -gebruik (IACUC) bij het University of Tennessee Health Science Center (UTHSC) en volgden de ARVO-verklaringen voor het gebruik voor gebruik in de visie- en oogheelkunde (ARVO) Van dieren in oogheelkunde en visie onderzoek, naast de richtlijnen voor laboratoriumdierproeven (Instituut voor Laboratorium Diervoeder, Volksgezondheidszorgbeleid inzake Humane Verzorging en Gebruik van Laboratoriumdieren).
1. Voorbereiding van instrumenten, oplossingen en media
Opmerking: Alle informatie over materialen, reagentia, gereedschappen en instrumenten die in het protocol zijn vermeld, worden vermeld in de Tabel .
- Autoclaaf alle dissectie-instrumenten en sla ze op in een steriel gebied. Gebruik de volgende instrumenten: 4 standaardpincen (2 lange en 2 korte) en 2 scharen,Evenals 2 tang (1 lang en 1 kort) en 1 schaar voor de dissectie; Houd een extra set als back-up.
- Bereid 100 ml steriele PBS / 1% FBS oplossing voor gebruik tijdens wasingen, immunolabeling procedures en celsorteringsstappen. Houd de oplossing bij 4 ° C gekoeld.
Opmerking: Voeg geen natriumazide (NaN 3 ) toe aan de oplossing, omdat het giftig is voor levende cellen. - Bereid 100 ml PBS / 1% FBS op met 99 ml PBS en 1 ml FBS.
- Bereid 100 ml steriele neurale celmedium aangevuld met 3% FBS (zie de Tabel van Materialen ) voor gebruik als verzamel- en cultuurmedium. Houd celcultuurmedium steriel bij 4 ° C. Verwarm het voor kamertemperatuur (RT) alleen voor gebruik.
- Bereid 100 ml neuraal celmedium aangevuld met 3% FBS aan met gebruik van 97 ml neurale celmedium en 3 ml FBS.
- Pre-chill collectie buizen (15 ml buizen) vooraf bedekt met 5 ml verzamelmedium door t te plaatsenZoom in een ijsemmer. Gebruik alleen polypropyleenbuizen om te voorkomen dat de cellen aan het buisoppervlak vastkomen.
- Plaats 40 mm schotels, 70 μm nylon snippers, spuiten, pestles voor de celsilinder en steriele polypropyleen buizen in de biosafety kast. Steriliseer alle items vóór de procedures en houd ze op een steriele manier door de procedures.
Opmerking: Alle stappen na de verzameling van de retinae worden uitgevoerd in de biosafety-kast.
2. Enucleatie
Opmerking: In dit experiment werden 10 jonge (5-7 weken oude) C57BL / 6J muizen gebruikt om 1,0 x 106 RGC's te isoleren met het fenotype CD90.2 + CD48 neg CD15 neg CD57 neg .
- Euthanize de muizen met behulp van CO 2 inhalatie gevolgd door cervicale dislocatie. Gebruik altijd een secundaire euthanasiemethode om ervoor te zorgen dat het gezochte dier dood is.
Opmerking: Isofluoraan kan als alternatief voor CO 2 worden gebruikt. Ketamine wordt niet aanbevolen, aangezien het geassocieerd wordt met een toename van de intraoculaire druk (IOP) wanneer deze gebruikt wordt als inducer van verdoving 24 , 25 . - Steek pincet onder de bol van het oog, grijp de optische zenuw en trek het op; De globe wordt geucleateerd, met de optische zenuw intact. Plaats de verzamelde ogen in een injectieflacon met PBS en houd de injectieflacon op ijs tot de volgende stap.
Opmerking: Iedere medewerker kan deze stap uitvoeren na ontvangst van de passende training van de Laboratorium voor dierenarts (LACU).
3. Bereiding van de retinale cel suspensie
- Plaats het verzamelde oog op de basisplaat van een dissectiemicroscoop om de hoornvliesdissectie te beginnen. Dissect elk oog individueel.
- Houd de klok voorzichtig vast op de optische zenuwbasis met behulp van tang. Voor deze stap, gebruik een lonG, en een korte standaardpincet.
- Gebruik een 30-gauge (30G) scherpe naald om de hoornvlies te punkeren om de waterige humor te laten evacueren vanuit het oog, waardoor het makkelijker wordt om het oog vast te houden met de tang.
- Houd de hoornvlies met de tang en gebruik een schaar om een kleine incisie in de hoornvlies te maken. Schud de hoornvlies en sclera voorzichtig met behulp van de tang. Wanneer de bol half wordt geschild, rol dan de retina en lens uit met behulp van de tang. Gooi de hoornvlies, sclera en lens weg.
Opmerking: deze methode zorgt ervoor dat het netvlies volledig loskomt van de rest van het oog. - Plaats het netvlies in een kleine 40 mm Petri-schotel met PBS / 1% FBS.
Opmerking: Als alternatief voor de Petri-schotel kan een celcultuurschotel gebruikt worden. Zorg ervoor dat de retinae altijd vochtig blijft, zoals bij fysiologische omstandigheden. - Was elk retina driemaal met verse steriele PBS / 1% FBS in de biosafety-kast.
- Plaats maximaal 12 retinae aanEen steriel 70 μm nylon straal bevochtigd met PBS / 1% FBS. Gebruik het achterkant van een 10 ml spuit, maak de retinae voorzichtig met behulp van een cirkelvormige beweging om de cellen los te maken.
- Als alternatief gebruik je een stamper voor de maceratie van de celstraal of gebruik enzymatische vertering met een combinatie van 15 IE / ml papain, 5 mM L-cysteïne en 200 U / ml DNase I gedurende 15 minuten bij 37 ° C, gevolgd door inactivering met PBS / 10% FBS.
Opmerking: Er werden geen veranderingen in het percentage teruggekomen cellen waargenomen wanneer enzymatische spijsvertering werd vergeleken met maceratie met het achterkant van de injectiespuit of de stamper.
- Om de geïsoleerde cellen over te brengen, plaats de steriele 70 μm nylon filter over de polypropyleen collectie buis. Pass de verzamelde cellen door de filter met een P1000 pipet. Spoel de zeef ( stap 3.6 ) met PBS / 1% FBS om eventuele resterende cellen vrij te geven en over te brengen naar de verzamelbuis.
- Voeg PBS / 1% FBS toe aan achEen eindvolume van 1 ml per netvlies. Centrifugeer de cel suspensie gedurende 7 minuten bij 200 xg en RT.
Opmerking: Afhankelijk van het aantal gesmolten retinae (<6 retinae), kan de celpelletje te klein zijn om zichtbaar te zijn. - Verwijder de cel supernatant en resuspendeer de celpellet in PBS / 1% FBS met een verhouding van 1 ml per 5 retinae.
- Tel de cellen met behulp van een hemocytometer.
- Maak een glazen hemocytometer en deklaag met 70% alcohol schoon. Wissel de buis die de cellen bevat zorgvuldig om om ervoor te zorgen dat de retina cel suspensie gelijkmatig verdeeld is. Plaats 20 μL 0,4% trypan blauw in een microcentrifugebuis en meng met 20 μl van de celsuspensie.
- Meng zachtjes en voeg 10 μL van de 0,4% trypanblauw / cel suspensie mix toe aan de hemocytometer, vul beide kamers; Capillaire werking trekt de 0,4% trypan blauw / cel suspensie mix onder de deklaag. Met behulp van een microscoop tellen alle trypan-blauw-negatieve cellen; thiHet getal vertegenwoordigt de levende cellen.
- Bepaal de levensvatbaarheid van de cel met behulp van de volgende formule: aantal levende cellen / totale celtelling =% levensvatbaarheid.
Opmerking: Als de levensvatbaarheid van de cellen kleiner is dan 95%, is het gebruik van fluorescerende kleurstof voor discriminatie van celliviteit vereist tijdens FACS.
- Gebruik een fluorescerende levensvatbaarheid kleurstof die niet-permeant is voor levende cellen. Was de cellen met PBS om elke sporen van serum te verwijderen. Voeg 1 μL fluorescerende kleurstof toe voor discriminatie op cellevendigheid per 5,0 x 106 cellen in een 100 μl eindvolume. Incubeer bij kamertemperatuur gedurende 15 minuten, beschermd tegen licht. Voeg 10x het volume PBS / 1% FBS toe. Centrifugeer gedurende 5 minuten bij 200 xg en RT.
- Incubeer de celsuspensie overnacht bij 4 ° C, indien nodig. Als dit gedaan is, vul de cel suspensie buis met neurale cel medium in plaats van PBS / 1% FBS. Plaats de buis horizontaal en houd deze bij 4 ° C.
4. Immunolabeling van de ReTinale cellen
- Gebruik de volgende omzetting om het volume van antilichaam per celnummer te bepalen: 2 μl antilichaam per 5,0 x 106 cellen in een volume van 100 μl.
- Was de cellen en houd ze in PBS / 1% FBS. Neem een kleine aliquot van cellen (5,0 x 10 6 cellen) om als negatieve controle (ongemerkt) te gebruiken op het moment van de sorteringsinstelling.
Opmerking: Deze negatieve controle is van cruciaal belang voor de juiste kalibratie van de celsoort. - Om de niet-specifieke binding van antilichamen tegen de cellen die de Fcγ-receptoren II en III uitdrukken te minimaliseren, voeg 1 μl van een anti-muis CD16 / 32-antilichaam per 1,0 x 106 cellen toe in een 50 μl eindvolume onder gebruikmaking van PBS / 1% FBS. Incubeer gedurende 10 minuten bij RT.
- Voeg de antilichaamcocktail toe aan het monster en meng zachtjes door pipettering. Incubeer gedurende 30 minuten in een ijsemmer. Zorg ervoor dat het ijsemmer is bedekt, omdat licht het experiment kan veroorzaken door het fotobakken van de gemarkeerde fluorphores.
- Bereid de antilichaamcocktail aan met behulp van de volgende fluorescente gelabelde anti-muis antilichamen: CD90.2 AF-700, CD48 PE-Cyanine7, CD15 PE en niet-gelabelde CD57.
Opmerking: Voor elk antilichaam gebruik de volgende concentraties per 5,0 x 106 cellen: CD90.2 AF700, 1 μg; CD48 PE-Cyanine7, 0,4 μg; CD15 PE, 0,02 μg; En ongecodeerde CD57, 0,4 μg. - Gebruik de volumes volgens de volgende berekeningen (gebaseerd op de in de tabel van materialen verkrijgbare antilichamen): totaal van 5,0 x 107 cellen die gemerkt moeten worden; 2 μL per 5,0 x 106 cellen = 20 μl van elk antilichaam; 4 verschillende antilichamen = 80 μl antilichaamcocktail; Eindvolume = [(5,0 x 10 7 totale cellen) / 5,0 x 10 6 cellen] x 100 = 1000 μL; 80 μl Abs + 50 μl anti-muis CD16 / 32 + 870 μl PBS / 1% FBS = 1.000 μl.
Opmerking: deze combinatie gaf deOptimale combinatie van fluorochromen voor de instrumentconfiguratie. De volgende parameters samenvatten de emissie en excitatie: AF-700, emissie van 719 nm wanneer opgewonden met een rode diode laser van 638 nm; PE-Cyanine7, emissie van 767 nm wanneer opgewonden met een 488 nm blauwe diode laser; En PE, emissie van 575 nm wanneer opgewonden met een 488 nm blauwe diode laser.
- Na de 30 minuten incubatie breng het volume tot 5 ml met PBS / 1% FBS. Was de monsters door ze gedurende 7 minuten bij 200 xg en RT te centrifugeren. Herhaal de procedure eenmalig om alle ongebonden antilichamen te verwijderen.
- Voeg 2 μL secundair antilichaam (0,1 μg) toe, dat de CD57 van 5,0 x 106 cellen bindt. Incubeer gedurende 30 minuten in een ijsbak, zoals in stap 4.4 . Was de cellen tweemaal, zoals in stap 4.5 .
- Benoem de cellen met secundair antilichaam als een un-tagged primair antilichaam werd gebruikt in stap 4.4 .
Opmerking: de tweedeAry antilichaam van de keuze voor deze configuratie is vermeld in de Tabel van Materialen ; Het heeft een emissie golflengte van 421 nm. Gebruik het met een bandpassfilter van 450/50 nm wanneer u op 405 nm opgewekt bent met de violette diode laser. - Gebruik volumes volgens de volgende berekeningen (gebaseerd op het in de tabel van materialen verkrijgbare antilichaam): 2 μL per 5,0 x 106 cellen = 20 μL secundair antilichaam; Eindvolume = [(5,0 x 10 7 totale cellen) / 5,0 x 106 cellen] x 50 = 500 μl; 20 μl Abs + 480 μl PBS / 1% FBS = 500 μl.
- Houd de gelabelde cellen in PBS / 1% FBS. Tel de cellen met behulp van een hemocytometer; Gebruik een definitieve retinale celconcentratie van 3,0 - 4,0 x 107 cellen / ml.
Opmerking: Gebruik geen celcultuurmedium om de cellen te verdunnen, omdat het fenolrode de autofluorescentie kan verhogen, waardoor de resolutie tussen de negatIve en positieve cellen. De uiteindelijke celconcentratie per volume hangt sterk af van de volumestroom van de instrumentconfiguratie. - Gebruik een-kleurcontroles tijdens het instellen om de fluorescentie te voorkomen.
Opmerking: Deze stap, ook wel compensatie genoemd, wordt toegepast om het geluid dat is gecreëerd door de combinatie van fluoroforen te corrigeren. Polystyreenmicrobolletjes in PBS / 0,1% BSA / 2 mM NaN3 met de capaciteit om fluorescent gemerkte immunoglobuline (Ig) isotypen van meerdere soorten te binden, bieden positieve controles om de compensatie in te stellen. - Plaats 3 druppels polystyreenmicrobolletjes in steriele FACS-buizen, waarbij één per fluorofoor wordt toegewezen. Voeg 1 μg van de respectieve fluorofoor aan elke buis toe. Incubeer gedurende 15 minuten bij RT, beschermd tegen licht. Voeg 3 ml PBS / 1% FBS toe aan de monsterbuizen. Centrifugeer gedurende 5 minuten bij 200 xg en RT. Verwijder het supernatant zorgvuldig en resuspendeer in 250 μl PBS / 1% FBS.
- Om de negatieve contr. Op te zettenOls, gebruik polystyreen microbolletjes die niet binden aan Ig. Voer deze stap de dag ervoor uit, indien nodig.
5. Cell Sortering Strategie
Opmerking: Specifieke instructies voor instrumentopstelling voor FACS met 355 nm, UV; 405 nm, violet; 488 nm, blauw; En 640 nm, rode lasers met respectievelijk 2, 2, 5 en 3 fluorescentie kanaalverdeling. De operating software was DIVA versie 8.0.1. Cellsortering werd uitgevoerd met een 70 μm spuitmond, 70 psi schede druk, 87,5 frequentie, 48,6 amplitude met eerste druppelafbreking bij 333, gapverdeling van 6, soort precisie ingesteld op vierwegzuiverheid met standaard (32) zuiverheidsmasker en druppel Vertraging aangepast aan 42,98 met behulp van kralen.
- Gebruik 15-ml conische buizen van polypropyleen als verzamelbak. Voeg 5 ml van het verzamelmedium (celcultuurmedium) toe aan elke buis en draai de buis om de muren te bekleden.
Opmerking: deze stap voorkomt dat de cellen aan de zijkant van t vallenHij verzamelbuis. Als alternatief kan de buis worden bekleed met onverdunde FBS. - Houd rekening met de efficiëntie van de cel sorteren om de uiteindelijke opbrengst van cellen te schatten.
Opmerking: De efficiëntie van het soort is afhankelijk van de gebruikte flowcytometer. RGC's met het CD90.2 + CD48 neg CD15 neg CD57 neg fenotype omvatten ongeveer 1% van alle retinale cellen. - Laat de celsortering uitvoeren door een opgeleide operator (meestal in een kernfaciliteit). Zorg ervoor dat het instrument voorafgaand aan de aankoop van het monster wordt gereinigd en gesteriliseerd met 70% ethanol. Veeg de buitenkant van de collectiebuisjes met 70% ethanol ook voorzichtig af.
- Als de cellen zijn opgelost of geaggregeerd, pipetteer de cellen omhoog en omlaag en filter de suspensie door een steriele 40-nm nylon zeef voorafgaand aan de overname. Zorg ervoor dat u de temperatuur controleert en het bij 4 ° C houdt terwijl de celsortering wordt uitgevoerd; Als u dit niet doet, zal de cel verminderenIk geef.
- Bespreek de details van het soort met de cel sorteringsoperator voorafgaand aan het uitvoeren van de experimenten.
Opmerking: op het moment van het experiment heeft de cel sorteringsoperator een reeks knoppen geklikt van de werkbalk werkbalk van de acquisitie software voor de cytometer. Dit zijn de Browser- , Cytometer- , Inspector- , Worksheet- en Acquisition Dashboard . De strategie die hier gebruikt wordt, is bekend als een 2-weg sorteren. Er worden twee populaties verzameld: de verrijkte RGC's en alle andere celtypen. Als er extra populaties worden verzameld, kunnen maximaal twee extra populaties worden geïsoleerd als een 4-weg sorteren. Als er extra populaties worden verzameld, vereist de cel sorteren verschillende verzamelbuizen en opstelling. - Compensatie uitvoeren om te corrigeren voor spectrale overlap van de fluorophoren.
Opmerking: dit proces kan handmatig worden gedaan door aan te passenElke instelling, of het kan automatisch worden gedaan als onderdeel van de software die in gebruik is. De meeste software voor celsorteringsapparatuur heeft de mogelijkheid tot automatische compensatie. Het wordt beschouwd als de gouden standaard en het meest nauwkeurige type compensatie. Het negatieve (geen fluorofoor) monster en de enkele controles die zijn bereid met polysterenmikrobolletjes (Compensatiekralen) die specifiek zijn vervaardigd om alle relevante monoklonale antilichamen die in het experiment werden gebruikt, zullen in deze stap worden gebruikt. - Selecteer Experiment> Compensatieinstellingen> Compensatiecontroles maken . Voeg de fluorofoor-specifieke controles toe van de lijst die op het scherm wordt weergegeven. Klik op OK .
Opmerking: een compensatiebuis voor elk van de bedieningselementen wordt weergegeven. - Gebruik een niet-gemarkeerde controle (geen fluorofoor, stap 4.2 ) om het voorgestrooide licht (FSC), het zijdestrooide licht (SSC) te controleren en de initiële populatie (P1) te verzekeren.
- Installeer de negatieve controlebuis op de cytometer en klik op Load. Controleer of de populatie van interesse wordt weergegeven en selecteer het. Dit is populatie 1 (P1). Klik met de rechtermuisknop op de P1-poort en kies Apply to All Compensation Controls . Klik op Record Data . Zodra de opname is gedaan, klik op Unload en verwijder de buis.
- Installeer de volgende buis op de cytometer, zoals weergegeven op het scherm. Herhaal stap 5.6.2 totdat alle gegevens van de bedieningselementen zijn opgenomen.
- Selecteer Experiment> Compensatieinstelling> Compensatie berekenen . Sla de setup op en noem het experiment. Klik op Koppeling en opslaan .
Opmerking: Compensatie is een noodzakelijke stap, omdat het de overlapping van het spectrum tussen de detectors verwijdert. - Als handmatige compensatie nodig is, doe dit door de middelen van de positieve signalen aan te passen, zodat ze de negatieven voor eac gelijkenH van de gebruikte fluorochromen.
Opmerking: deze stap wordt gedaan door de cel sorteringsoperatie en kan 30 minuten duren.
- Gatingstrategie ( Figuur 3A ).
- Stel P1 op door FSC versus SSC te plotten; De FSC is indicatief voor de grootte en het SSC geeft de interne complexiteit van de cellen aan. Zie figuur 3A .
- Teken een pseudocolor plot van SSC-H (hoogte) versus SSC-W (breedte) met de geselecteerde populatie in stap 5.7.1 (P1); Het pseudocolor plot zorgt voor de visuele weergave van de dichtheid van cellen ten opzichte van elkaar.
Opmerking: een lagere celdichtheid wordt weergegeven door blauw en groen, terwijl rode en oranje gebieden hoge celdichtheid vertegenwoordigen. - Voer deze stap uit om alleen enkele cellen te verzamelen; De enkele celpoort heet P2. Zie figuur 3A .
- Herhaal stap 5.7.2 totPlot FSC-H versus FSC-W met P2. Zorg ervoor dat de selectie van enkele cellen als "doublets" of cell clumps zowel een positieve als een negatieve markering bevat, waardoor valse positiviteit wordt gegeven.
- Teken een pseudocolour plot van CD90.2 versus CD48. Selecteer alle CD90.2 + CD48 negcellen om monocyten uit de RGC-verrijking te elimineren; Bel deze poort CD90.2 + CD48 neg , of P3. Zie figuur 3A .
- Gebruik de geselecteerde CD90.2 + CD48 neg populatie of P3 poort, teken een pseudocolor plot van CD57 versus CD15 om amacriene celverontreinigingen uit de RGC verrijking te elimineren. Poort de CD15 neg CD57 neg populatie. Zie figuur 3A .
- Definieer de populaties die voor het monster moeten worden verzameld in het venster 'Sorteren layout' en ga verder met de celsortering; Het monster dat u verzamelt is CD90.2 + CD48 neg CD15 neg CD57 neg p>.
Opmerking: de te sorteren populatie is geselecteerd in het vervolgkeuzemenu Toevoegen in het sorteervenster. Na het toevoegen van de populatie zal het vragen om doelgebeurtenissen of hoeveel gebeurtenissen moeten worden verzameld. Op elk gewenst moment kan de soort layout worden bewerkt door te klikken op het sorteerveld met de populatie. 0,9% ± 0,3 van RGC's met het fenotype CD90.2 + CD48 neg CD15 neg CD57 neg worden verkregen bij jonge (5-7 weken oud) en 0,5% ± 0,3 en oude (> 12 maanden oude) C57BL / 6J muizen 23 . - Gebruik 25.000 cellen, voer een zuiverheidscontrole uit 23 . Zie figuur 3B -E.
Opmerking: de zuiverheidscontrole is het proces om de gesorteerde cellen opnieuw te analyseren om de nauwkeurigheid van de celsoort te verifiëren. Een kleine aliquot van gesorteerde cellen zal op de cytometer geladen worden om de effectiviteit van het soort te verifiëren.
_title "> 6. Bevestiging op RGC Intracellulaire Markers - Intracellulaire etikettering.
- Fixeer gesorteerde cellen gedurende 1 uur en permeabiliseer bij 4 ° C om de cellen metabolisch inactief te maken en de penetratie van intracellulaire antilichamen mogelijk te maken.
- Verdun de volgende antilichamen in de permeabiliseringsoplossing: anti-RNA bindend eiwit met meerdere splitsing (RBPMS) bij een verdunning van 1: 100 in een 100 μg / ml voorraad; Anti-synucleine gamma (SNCG), 1: 100 in een 1 mg / ml voorraad; Hersenspecifieke homeobox / POU domein eiwit 3A (BRN3A), 1: 100 in een 200 μg / ml voorraad; En anti-neuron-specifieke klasse III bèta tubuline (TUJ1), 1: 100 in een 1 mg / ml voorraad. Incubeer de cellen en antilichaamoplossingen gedurende 1 uur in een overdekte ijsemmer.
- Was de monsters tweemaal met PBS / 1% FBS.
- Resuspendeer de cellen in een geschikt AF488-getagd secundair antilichaam bij een 1: 200 verdunning gedurende 30 minuten in een ijsemmer.
- Was de monsters zoals in stap 6.1.3. Houd de cellen inPBS / 1% FBS (250 μL) tot klaar om te analyseren.
7. Validatie van de cel Sorteer op qPCR Analyse
Opmerking: zie figuur 4 .
- RNA-extractie 23 .
- Extracteer het RNA van 5,0 x 10 5 gesorteerd cellen door cellysis en homogenisatie gevolgd door de toevoeging van chloroform.
- Breng de bovenste kleurloze fase over naar een schone microtube voor alcoholafzetting, gevolgd door extractconcentratie in een spin kolom. Doe DNA-spijsvertering op de kolom.
- Was de kolom met RNase-vrij water voor RNA-elutie.
- Bepaal de RNA-concentratie door spectrofotometrie.
- CDNA synthese en pre-amplificatie.
- Gebruik 100 ng RNA materiaal en meng met een oplossing die reverse transcriptase enzym bevat, recombinante ribonuclease remmers (om RNA afbraak te voorkomen), magnesiumchloride (MgCL2) en deoxynucleotiden.
- Meng de buisinhoud en incubeer gedurende 10 minuten bij 25 ° C gevolgd door 60 minuten bij 42 ° C. Beëindig de reactie met een 5 minuten incubatie bij 85 ° C. Bewaar het resulterende cDNA bij -20 ° C tot klaar om te gebruiken.
Opmerking: cDNA-materiaal kan maximaal een maand bij -20 ° C worden opgeslagen als de pre-amplificatie stap niet onmiddellijk kan worden uitgevoerd.
- Pre-amplificatie van cDNA.
- Pre-amplificeren cDNA materiaal met behulp van een reeks primers die specifiek zijn voor meerdere retinale cel typen, waaronder: retinale ganglioncellen, amacrine cellen, astrocyten, Müller, bipolaire, horizontale, fotoreceptoren en epitheelcellen van retinale pigmenten, zoals gedetailleerd in Referentie 23 en in de tabel Van materialen .
Opmerking: De pre-amplificatiereactie is bereid om de gevoeligheid van detectie voor kwantificering te verhogen. De pre-amplificatiereactie bevat een mengsel van de primerMengt uit de tabel van materialen ; 2,5 μl cDNA, dat begon bij 100 ng RNA; Reverse transcriptase enzym; En nuclease-vrij water in een eindvolume van 10 μl. - Voer de enzymactiveringsstap bij 95 ° C gedurende 10 minuten uit, gevolgd door 14 cycli bij 95 ° C gedurende 15 s, gevolgd door 60 ° C gedurende 4 minuten. Verdun het voorversterkte materiaal 1:10 in Tris EDTA-buffer en hou het bij -20 ° C tot het klaar is voor gebruik.
- 7.4 qPCR reactie.
- Bereid alle qPCR reacties op in een eindvolume van 10 μL met behulp van de verdunde, voorversterkte cDNA (2,5 μL), primers (vermeld in de Tabel van Materialen ), nuclease-vrij water en een concentraat met DNA-polymerase en deoxynucleotiden.
- Gebruik de volgende instrumentomstandigheden om de qPCR te laten draaien: een vasthoudstap van 50 ° C gedurende 2 minuten, gevolgd door 95 ° C gedurende 10 minuten. Loop in totaal 40 cycli bij 95 ° C gedurende 15 s gevolgd door 60 ° C gedurende 1 minuut. Voer alle maten uitEmenten in replicaten van drie.
- Bereken relatieve kwantificering met behulp van de vergelijkende drempel (C T ) na het bepalen van de waarden van C T voor het huishoudingsgen en de doelgenen in elk monster. Bereken de relatieve vouwverandering (R q ) aan de hand van de volgende vergelijking: R q = 2 T- AC , waar ΔC T = C T doelgenen - C T referentie gen 23 .
Opmerking: De CT wordt gedefinieerd als de PCR cyclus waarbij het fluorescerende signaal van de reporter kleurstof een willekeurig geplaatste drempel 26 overschrijdt. De C T is omgekeerd gerelateerd aan de hoeveelheid amplicon (PCR-product) in de reactie.