DNA-magnetische deeltjes analyse door dynamische en elektroforetische lichtverstrooiing bindend

Samenvatting

Dit protocol beschrijft de synthese van magnetische deeltjes en evaluatie van hun DNA-bindende eigenschappen via dynamische en elektroforetische lichtverstrooiing. Deze methode richt zich op het volgen van veranderingen in de grootte van de deeltjes, hun polydispersiteit en zeta potentieel van deeltje oppervlak die spelen belangrijke rol bij het binden van materialen zoals DNA.

Samenvatting

Isolatie van DNA met behulp van magnetische deeltjes is een gebied van groot belang in de biotechnologie en moleculaire biologie onderzoek. Dit protocol beschrijft de beoordeling van DNA-magnetische deeltjes bindend via Dynamische lichtverstrooiing (DLS) en elektroforetische lichtverstrooiing (ELS). Analyse door DLS biedt waardevolle informatie over de fysisch-chemische eigenschappen van deeltjes met inbegrip van deeltjesgrootte, polydispersiteit en zeta potentiële. De laatstgenoemde beschrijft de oppervlakte lading van de deeltjes die hoofdrol in elektrostatische binding van materialen zoals DNA speelt. Hier is een vergelijkende analyse exploiteert drie chemische wijzigingen van nanodeeltjes en microdeeltjes en hun effecten op DNA-bindende en elutie. Chemische wijzigingen door vertakt polyethylenimine, tetraethyl orthosilicate en (3-aminopropyl) triethoxysilane worden onderzocht. Aangezien DNA een negatieve lading vertoont, verwacht wordt dat de zeta potentieel van deeltje oppervlak op binding van DNA zal afnemen. Vorming van clusters, moet dit ook invloed op de deeltjesgrootte. Om te onderzoeken de efficiëntie van deze deeltjes in isolatie en de elutie van DNA, worden de deeltjes vermengd met DNA in lage pH (~ 6), hoge Ionische sterkte en uitdroging milieu. Deeltjes worden gewassen op magneet en DNA wordt dan uitgewassen door Tris-HCl buffer (pH = 8). DNA exemplaaraantal is geschat aan de hand van kwantitatieve polymerase-kettingreactie (PCR). Zeta potentieel, deeltjesgrootte, polydispersiteit en kwantitatieve PCR-gegevens zijn geëvalueerd en vergeleken. DLS is een inzichtelijke en ondersteuning van de analysemethode waarmee u een nieuw perspectief aan het proces van screening van deeltjes voor DNA isolatie toevoegt.

Inleiding

DNA isolatie is een van de meest essentiële stappen in moleculaire biologie. De ontwikkeling van nucleïnezuur extractiemethoden heeft grote impact op het opkomende gebied van de genomica, metagenomics en epigenetica transcriptomics. Er is een breed scala van biotechnologische toepassingen voor DNA isolatie met inbegrip van medische (forensische/diagnose tools en prognostische biomarkers) en milieu-toepassingen (metagenomic biodiversiteit, pathogen prevalentie en toezicht). Er is toenemende vraag om te zuiveren en isoleren van DNA van verschillende materialen en in verschillende schalen zoals bloed, urine, bodem, hout en andere soorten monsters. ^{1 , 2 , 3 , 4}

Nano - en micro-gerangschikte deeltjes zijn geschikt voor DNA isolatie vanwege hun hoge oppervlakte en in het bijzonder wanneer ze door een magnetisch veld kunnen worden geïmmobiliseerd. Fysisch-chemische eigenschappen van deeltjes, zoals het formaat of de lading, kunnen hun vermogen om te binden doel biomoleculen sterk beïnvloeden. ⁵ ter verdere versterking van de binding van biomoleculen en deeltjes stabiel te houden, kunnen er verschillende chemische wijzigingen (oppervlaktecoatings) worden gebruikt. De vele verschillende strategieën voor bindende worden ingedeeld covalent en niet-covalente interacties. ⁶ de grootte van de deeltjes rechtstreeks van invloed is op hun magnetisatie-eigenschappen, overwegende dat deeltje samenstelling kan worden aangepast door opneming van metalen, aluminium of andere materialen die invloed op de dichtheid, porositeit en oppervlak uitoefenen kunnen. ⁷ is er geen betrouwbare manier om te meten oppervlak last van kleine deeltjes. In plaats daarvan, de elektrische potentiaal op het desbetreffende vliegtuig (enige afstand van nanoparticle oppervlak) kan worden gemeten. ⁸ deze waarde heet zeta potentiële en het is een krachtig instrument dat gewoonlijk wordt gebruikt voor de evaluatie van nano- en microparticle stabiliteit via DLS. ⁹ omdat de waarde ervan sterk afhankelijk zijn niet alleen van de pH en de Ionische sterkte van de verspreide omgeving, maar ook over de oppervlakte kenmerken van de deeltjes is, het kan ook blijken de veranderingen in dit oppervlak veroorzaakt door de interactie tussen de deeltjes en molecule van belang. ¹⁰

Aan de andere kant, voorkomende DNA-structuur in gedehydrateerde voorwaarden (A-DNA formulier) exposities gecomprimeerde conformaties die haar neerslag (aggregatie vergemakkelijken) in vergelijking tot vaak B-DNA formulier. Elektrostatische (Ionische en H-binding) zijn de grote krachten die beheersing van de binding van DNA met andere materialen als gevolg van hun sterically toegankelijk fosfaat en stikstof (met name guanine) baseert. ^{7 , 10}

In dit werk, drie representatieve chemische wijzigingen van magnetische nanodeeltjes en microdeeltjes worden geanalyseerd (figuur 1A). De methode van synthese en chemische modificatie van nanodeeltjes en microdeeltjes wordt beschreven. Een bindoplossing, die akkoorden aan de theoretische principes van DNA neerslag (pH, Ionische sterkte en uitdroging), wordt gebruikt ter beoordeling van DNA-bindende en elutie. Kwantitatieve PCR wordt gebruikt ter beoordeling van de efficiëntie van de elutie van DNA van de representatieve nanodeeltjes en microdeeltjes (figuur 1B). Deeltjesgrootte, polydispersiteit index en zeta potentiële zijn belangrijke parameters die worden gebruikt voor het visualiseren van de fysisch-chemische veranderingen die op deeltje oppervlak (Figuur 1 c optreden). Het is belangrijk om te benadrukken op de chemische karakterisatie van magnetische deeltjes oppervlak. Hoewel deze stap buiten het bestek van dit protocol was, kunnen verschillende moderne technieken worden toegepast om na te gaan van de efficiëntie van chemische wijzigingen. ^{11 , 12 , 13 , 14} Fourier transform infrarood spectroscopie (FTIR) kan worden gebruikt voor het infraroodspectrum van deeltje oppervlak te evalueren en te vergelijken met het spectrum van gratis chemische modifiers. X-Ray photoelectron spectroscopy (XPS) is een andere techniek die kan worden gebruikt voor het identificeren van de elementaire samenstelling van materiële oppervlak. Andere elektrochemische, microscopische en spectroscopische methoden kunnen worden gebruikt de licht werpen op de kwaliteit van deeltje synthese. Dit werk markeert een nieuw perspectief te analyseren DNA-magnetische deeltjes interacties via DLS.

Protocol

1. magnetische nanodeeltjes synthese

1. synthese van magnetische nanodeeltjes gestabiliseerd met citraat (MNPs)
   1. toevoegen 20 mmol van FeCl ₃ ∙ 6 H ₂ O (5.406 g) en 10 mmol van FeCl ₂ ∙ 4 H ₂ O (1.988 g) in 20 mL gedeoxygeneerd dubbel gedestilleerd water (ddd water). Roer verkregen oplossing krachtig in het bekerglas onder N ₂ sfeer met behulp van een mechanische schudinrichting totdat een transparante oplossing wordt verkregen.
   2. Toevoegen onder snelle mechanische roeren, 150 mL 1 M NH ₄ OH, druppel voor druppel met trechter (Neem 1 h of meer indien nodig). Breng de oplossing kwantitatief in een schroefbare schip nadat alle NH ₄ OH is toegevoegd. Schroef de vaartuig en warmte oplossing bij 75 ° C gedurende 30 min.
      Let op: NH ₄ OH is ingedeeld als bijtend en voor milieu gevaarlijke.
      Opmerking: Bereid NH ₄ OH oplossing van hoge rang 28% NH ₄ OH in water met behulp van gedeoxygeneerd water.
   3. Verzamelen de zwarte neerslag met magneet en wassen met 100 mL water ddd. Herhaal dit 3 keer. Voeg 50 mL 0,5 M tri-natrium citraat (dihydraat) p.a. neerslaan. Schroef de schip.
      Opmerking: Gebruik gedeoxygeneerd oplossing van tri-natrium citraat dihydraat.
   4. Opnieuw verspreiden de neerslag via ultrasoonapparaat (35 kHz, amplitude van 100%) en warmte vaartuig bij 80 ° C gedurende 1 h.
      Opmerking: Een ultrasoonapparaat van voldoende energie nodig is.
   5. Laat de oplossing afkoelen tot kamertemperatuur. Verzamelen van neerslag met behulp van een magneet en bovendrijvende vloeistof verwijderen. Opnieuw verspreiden zwarte modder in ddd water ultrasoonapparaat (35 kHz, amplitude van 100%) met 50 mL.
   6. Pipetteer aliquots (~ 25 mL) in 50 mL centrifuge buizen en Voeg 20 mL aceton. Centrifugeer bij 2400 x g gedurende 10 minuten en verwijder supernatant.
   7. Opnieuw verspreiden neerslag en dialyze oplossing tegen water laag molecuulgewicht cut-off dialyse apparaat (500-1000 Da) van geschikt volume gebruikt voor 24 h.
      Opmerking: Bereiden de dialyse apparaat volgens fabrikant ' s eisen.
2. Synthese van magnetische nanodeeltjes bewerkt met vertakte polyethylenimine (MNPs_PEI)
   1. , voeg 2 mL van de verkregen MNPs-oplossing (~0.1 g/mL) in een bekerglas van glas. Voeg 38 mL ddd water toe en bewerk ultrasone trillingen ten (35 kHz, amplitude van 100%) de schorsing (10 min).
   2. Onder snelle mechanische roeren, voeg toe 10 mL 10% vertakt polyethylenimine (gemiddelde 25 kDa). Roer de oplossing voor latere 3 h.
   3. Collect precipiteren met behulp van magneet en bovendrijvende vloeistof verwijderen. Opnieuw verspreiden neerslag in 20 mL ddd water. Herhaal dit 5 keer dan bewerk ultrasone trillingen ten de definitieve opschorting (35 kHz, amplitude van 100%).
3. Synthese van magnetische nanodeeltjes deeltjes bewerkt met siliciumdioxide (MNPs_TEOS)
   1. Voeg 10 mL van de verkregen MNPs-oplossing (~0.1 g/mL) in een bekerglas van glas. Voeg 60 mL water en 130 mL ethanol. Bewerk ultrasone trillingen ten oplossing en voeg 28% NH ₄ OH 6 mL.
   2. Onder snelle mechanische roeren, voeg 1 mL tetraethyl orthosilicate. Roer de oplossing voor de daaropvolgende 12 h.
   3. Zwarte neerslag met magneet verzamelen en wassen met behulp van 50 mL ethanol (3 keer) en 50 mL water (3 keer). Opnieuw verspreiden deeltjes in 10 mL voor ddd water en bewerk ultrasone trillingen ten de schorsing (35 kHz, amplitude van 100%).
4. Synthese van magnetische nanodeeltjes bewerkt met amino groepen (MNPs_APTES)
   1. Voeg 5 mL van de verkregen oplossing van de MNPs_TEOS (~0.1 g/mL) in een bekerglas van glas. 45 mL water en 50 mL ethanol toevoegen. Bewerk ultrasone trillingen ten oplossing (35 kHz, amplitude van 100%).
   2. Onder snelle mechanische roeren, Voeg 0,5 mL (3-aminopropyl) triethoxysilane. Roer de oplossing voor latere 3 h.
   3. Zwarte neerslag met magneet verzamelen en wassen met behulp van 50 mL ethanol (3 keer) en 50 mL water (3 keer). Opnieuw verspreiden deeltjes in ddd 5 mL water en bewerk ultrasone trillingen ten de schorsing (35 kHz, amplitude van 100%).

2. Magnetische deeltjes synthese

1. synthese van magnetische deeltjes gestabiliseerd met citraat (MMP)
   1. Voeg toe 25 mL 2 M KNO ₃, 12,5 mL 1 M KOH en 205.875 mL van ddd water in een schroefbare vaartuig. Voeg 6.675 mL 1 M FeSO ₄ tijdens het magnetische schudden. Onmiddellijk overdracht schip een voorverwarmde waterbad (90 ° C) voor 2 h.
      Opmerking: Bereiden KNO ₃ en KOH oplossingen in ddd water.
   2. Laat de oplossing afkoelen tot kamertemperatuur. Verzamelen van zwarte neerslag met magneet en wassen met behulp van 50 mL ddd water (5 keer). Voeg 50 mL 0,5 M tri-natrium citraat (dihydraat) p.a. neerslaan. Schroef de schip.
   3. Redisperse van de neerslag via ultrasoonapparaat (35 kHz, amplitude van 100%) en warmte vaartuig bij 80 ° C gedurende 1 h. verzamelen zwarte neerslag met magneet en wassen met behulp van 50 mL ddd water (10 keer).
   4. Wijzigen MMP met vertakte polyethylenimine (MMPs_PEI), siliciumdioxide (MMPs_TEOS) en de amino groepen (MMPs_APTES) vergelijkbaar met MNPs-protocol. Verwijzen naar secties 2.2, 2.3 en 2.4, respectievelijk voor meer details.
2. Synthese van magnetische deeltjes bewerkt met vertakte polyethylenimine (MMPs_PEI)
   1. Voeg 5 mL van MMP oplossing (~0.1 g/mL) in een bekerglas van glas. Voeg 38 mL ddd water toe en bewerk ultrasone trillingen ten de oplossing (35 kHz, amplitude van 100%, 10 min). Voeg toe 10 mL 10% vertakt polyethylenimine (gemiddelde 25 kDa) onder snelle mechanische roeren. Roer de oplossing voor latere 3 h.
   2. Verzamelen neerslag met behulp van een magneet en bovendrijvende vloeistof verwijderen. Redisperse neerslag in 20 mL dubbel gedestilleerd water. Herhaal dit 5 keer dan bewerk ultrasone trillingen ten de eindoplossing (35 kHz, amplitude van 100%).
3. Synthese van magnetische deeltjes bewerkt met siliciumdioxide (MMPs_TEOS)
   1. Voeg 5 mL van MMP oplossing (~0.1 g/mL) in een bekerglas van glas. Voeg 60 mL water en 130 mL ethanol. Bewerk ultrasone trillingen ten schorsing (35 kHz, amplitude van 100%) en voeg 28% NH ₄ OH 6 mL.
   2. Onder snelle mechanische roeren, voeg 1 mL tetraethyl orthosilicate. Roer de oplossing voor de daaropvolgende 12 h.
   3. Zwarte neerslag met behulp van een magneet verzamelen en wassen met behulp van 50 mL ethanol (3 keer) en 50 mL water (3 keer). Redisperse van deeltjes in 5 mL water voor ddd en bewerk ultrasone trillingen ten de schorsing (35 kHz, amplitude van 100%).
4. Synthese van magnetische deeltjes bewerkt met amino groepen (MMPs_APTES)
   1. Voeg 3 mL MMPs_TEOS oplossing (~0.1 g/mL) in een bekerglas van glas. 45 mL water en 50 mL ethanol toevoegen. Bewerk ultrasone trillingen ten de schorsing (35 kHz, amplitude van 100%).
   2. Onder snelle mechanische roeren, Voeg 0,5 mL (3-Aminopropyl) triethoxysilane. Roer de oplossing voor latere 3 h.
   3. Zwarte neerslag met magneet verzamelen en wassen met behulp van 50 mL ethanol (3 keer) en 50 mL water (3 keer). Redisperse van deeltjes in 3 mL ddd water en bewerk ultrasone trillingen ten de schorsing (35 kHz, amplitude van 100%).

3. Magnetische deeltjes grootte analyse met behulp van DLS

1. grootte van de deeltjes in water
   1. gebruik een DLS-instrument waarvoor een terug verstrooiing detector hoek (173 °) en een bundel golflengte van 633 nm.
      Opmerking: Achterwaarts-verstrooiing DLS is geschikt voor geconcentreerde monsters waar meerdere verstrooiing kan worden vermeden. Kant verstrooiing (detector hoek 90°) en forward-verstrooiing (detector hoek 15°) DLS zijn geschikt voor kleinere deeltjes en deeltjes, respectievelijk gemengd.
   2. Voorafgaande aan meten in water, bewerk ultrasone trillingen ten deeltjes voor 3 min.
      Opmerking: Gebruik verdunde oplossing van de deeltjes. Voor dit doel, meng u 9,6 µL van deeltjes met 96 µL van water.
   3. Zorgvuldig Pipeteer 50 µL van deeltje oplossing in polystyreen latex cuvettes en de vorming van luchtbellen vermijden.
      Opmerking: Voor elk monster, gebruikt wegwerp cuvette (zie tabel van materialen).
   4. Merk op de duidelijkheid van de meetcel en de richting van de lichtbundel. De cel ingevoegd in de monsterhouder en sluiten de kamer.
   5. De volgende parameters gebruiken voor het meten: temperatuur: 25 ° C; refractive index van dispersief fase (ijzer): 2.344; refractive index van dispersief milieu (water): 1,333
      Opmerking: Uitvoeren van meting van het gebruik van een refractometer voor meer accurate resultaten, met name bij het ontwikkelen van nieuwe of hybride materialen brekingsindex.

4. Voorbereiding van DNA Stock, magnetische deeltjes en bindende Buffer

1. DNA voorraad
   1. gebruik 10 mM Tris-HCL buffer (pH = 8) voor verdunning en opslag van DNA. Gebruik een standaardmonster van DNA die kan worden versterkt, specifiek met een directe PCR protocol in het laboratorium (verwijs naar punt 5.2 voor reactie instellingen en omstandigheden). Om te vullen 498 basenpaar (bp) van het gen xis van bacteriofaag lambda controle, gebruikt u de volgende inleidingen. Toekomen primer: 5 ' - CCTGCTCTGCCGCTTCACGC - 3Ɔ Omgekeerde primer: 5 ' - TCCGGATAAAAACGTCGATGACATTTGC - 3 '
   2. zuiveren PCR product met behulp van commerciële DNA zuivering kit.
      Opmerking: Commerciële kits met behulp van silica kolom gebaseerde procedure opbrengst > 100 ng/µL gezuiverd DNA.
   3. Maatregel concentratie van DNA spectrofotometrische methode (absorptie bij 260 nm). Verdun de DNA-voorraad van 10 ¹¹ kopieën/µL zoals hierboven geïnstrueerde tot werkende oplossingen van 10 ¹⁰, 10 ⁹, 10, ⁸ en 10 ⁷ kopieën/µL.
      Opmerking: Het aantal exemplaren van het PCR-product kan worden berekend volgens de volgende vergelijking, ervan uitgaande dat gemiddeld molecuulgewicht 650 Da voor elke bp:
      DNA-kopieën/µL = (aantal in ng/µL * 6.022x10 ²³ kopieën/mol) / (498 bp * 650 g/mol van bp * 1 x 10 ⁹ ng/g)
2. magnetische deeltjes
   1. toestaan deeltjes sediment zonder de magneet en de bovendrijvende vloeistof verwijderen. Mix 1:20 v/v-verhouding van magnetische deeltjes met ddd water (deeltjes: water).
      Opmerking: Volume gebaseerde benadering is gebruikt om te beschrijven van hoeveelheden van magnetische deeltjes aangezien gelijke massa's MNPs en MMP gemakkelijk moeilijk waren te vergelijken.
3. Bindend buffer
   1. voor snelle bereiding van 0,75 M natrium acetaat-HCL-oplossing (pH = 6), meng 1 mL 3 M Natriumacetaat met 1 mM HCL 3 mL.
      Opmerking: Alle oplossingen in bindende gebruikt kunnen worden achtergelaten bij 4 ° C. opmerking dat lage temperatuur binden met name in het geval van ethanol oplossing aanzienlijk verhoogt. Zorgvuldig controleren van de temperatuur van oplossingen voor betere reproduceerbaarheid en nauwkeurigheid van screening.

5. Testen van de efficiëntie van DNA isolatie met behulp van kwantitatieve PCR

1. DNA isolatie door gewijzigde MMP of MNPs
   1. gebruiken een 96-wells-plaat en een magneet aangepast voor 96-wells-plaat voor klein volume experimenten.
   2. Gebruik het volgende bindende oplossing mengsel: 8 µL bewerkt MMP of MNPs, 10 µL natrium acetaat-HCl (0,75 M, pH = 6), 60 µL van 85% ethanol, 10 µL DNA (10 ¹⁰ exemplaren-oplossing).
   3. Mix goed door pipetteren en laat de plaat op de magneet voor 3 min. Terwijl de plaat op de magneet, verwijderen van de oplossing en voeg 100 µL van 85% ethanol voor wassen.
   4. Verwijderen ethanol.
      Opmerking: Laat de ethanol te drogen voor een paar seconden maar laat niet de deeltjes te drogen of Toon van scheuren. Als de deeltjes te drogen ze zullen moeilijk te ontbinden met elutie oplossing.
   5. Verwijderen de plaat uit de magneet en voeg 40 µL van elutie oplossing. Meng goed door pipetteren. Plaats de plaat terug op de magneet en verzamelen geëlueerd DNA (~ 37 µL). Eluens bij-20 ° C bewaren tot nadere analyse.
2. Kwantitatieve PCR
   1. gebruiken de inleidingen die werden gebruikt voor het bereiden van voorraad DNA in stap 4.1.1 te kwantificeren van kopieën van het gen xis, volgens het protocol door Haddad et al.. ¹⁰
   2. master mix oplossing volgens de hoeveelheid monsters moeten worden getest voor te bereiden, dan het mengsel over PCR buizen of een witte achtergrond 96-wells-plaat verdelen.
   3. De volgende hoeveelheden gebruiken voor een volledig volume van 20 µL PCR mengsel: 10 µL polymerase / intercalating kleurstof mengsel (zie tabel van materialen), 2 µL DNA-monster, 2 µL voorste primer (10 µM), 2 µL omgekeerde primer (10 µM)
   4. Instellen de thermocycler volgens het volgende programma: 95 ° C gedurende 120 s, 40 cycli (95 ° C gedurende 15 s, 64 ° C gedurende 15 s, 68 ° C gedurende 45 s), 68 ° C gedurende 5 min.
   5. Using triplicates voor normen en monsters, de drempel van de cyclus berekenen en construeren van een standaard curve voor het inschatten van het aantal kopieën van het DNA in elk monster opgehaald. Het instrument hier dit automatisch uitgevoerd.
   6. Hier, het aantal kopieën van het DNA wordt geschat voor totale elutievolume (~ 40 µL). Percentage van DNA ontvangen overeenkomt met het oorspronkelijke bedrag toegevoegd aan de oplossing (totaal 10 ¹¹ exemplaren) bindend kan variëren buiten het interval van 0 tot 100.

6. DNA-magnetische deeltjes bindende analyse met behulp van DLS

1. Binding van DNA
   1. voor grote volume experimenten (in 1,5 mL tube), gebruik de volgende bindende oplossing mengsel: 96 µL bewerkt MMP of MNPs, 120 µL natrium acetaat-HCl (0,75 M, pH = 6), 720 µL van 85% ethanol, 120 µL DNA (10 ¹⁰ exemplaren oplossing) of 120 µL Tris-HCL buffer (10 mM, pH = 8) voor besturingselement.
2. Zeta onderzoek naar de potentiële
   1. voorbereiden twee bindoplossingen, één met DNA en een ander met Tris-HCL buffer voor controle volgens de instructies in stap 6.1.1. Voorkom de vorming van luchtbellen, zorgvuldig Pipetteer 800 µL van het mengsel van bindende in een wegwerp cel.
      Opmerking: Gebruik wegwerp cuvette voor meting van oppervlakte zeta potentiële (zie tabel van materialen).
3. De volgende parameters gebruiken bij de meting op DLS instrument: Smoluchowski model met een F(ka) van 1,5, temperatuur: 25 ° C, brekingsindex van dispersief fase (ijzer): 2.344, brekingsindex van dispersief milieu (Water): 1,333.
   Opmerking: Het aantal DNA-magnetische deeltjes interactie is direct invloed op de meting van replicaat-organismen. Een enkele meting door het instrument neemt 60-70 s. Hier, werd het instrument opgedragen te nemen 10 metingen met 1 min vertraging intervallen. Voor de eenvoud, de resultaten worden getoond op moment 0, 2, 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16 en 18 min uit de eerste lezing =.

Resultaten

Met behulp van het protocol beschreven hier voor chemische synthese en wijziging van magnetische deeltjes, werden zes magnetische deeltjes gesynthetiseerd en geanalyseerd voor het DNA binden. Een samenvatting van de analyse wordt weergegeven in tabel 1. Door vergelijking van de grootte van de deeltjes in water en in bindoplossing, is het duidelijk dat alle deeltjes in oplossing bindend door 2-22 plooien samengevoegd. Sommige deeltjes verder samengevoegd tot meer plooien i...

Discussie

In dit protocol werden de theoretische principes die DNA binding met magnetische deeltjes via zeta potentiële verklaren onder vraag. Het protocol beschrijft de synthese en de wijziging van magnetische nanodeeltjes en microdeeltjes. Methode voor de bereiding van DNA controle en bindende oplossing worden ook beschreven. Twee strategieën worden hier weergegeven voor screening van DNA-deeltjes interacties: kwantitatieve PCR en DLS benadert. DLS biedt drie indicatoren van fysisch-chemische veranderingen in deeltjes: deeltjesg...

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel

Naam	Bedrijf	Catalogusnummer	Opmerkingen
Iron(III) chloride hexahydrate	Sigma-Aldrich	207926	Magneetdeeltjessynthese
Iron(II) chloride tetrahydrate	Sigma-Aldrich	380024	Magneetdeeltjessynthese
Iron(II) sulfate heptahydrate	Sigma-Aldrich	F8263	Magneetdeeltjessynthese
Acetone	Penta	10060-11000	Magneetdeeltjessynthese
Sodium citrate dihydrate	Sigma-Aldrich	W302600	Magneetdeeltjessynthese
Tetraethyl orthosilicate	Sigma-Aldrich	131903	Magneetdeeltjessynthese
(3-Aminopropyl)triethoxysilane	Sigma-Aldrich	440140	Magneetdeeltjessynthese
Polyethylenimine, branched, average Mw ~25,000	Sigma-Aldrich	408727	Magneetdeeltjessynthese
Ammonium hydroxide solution	Sigma-Aldrich	221228-M	Magneetdeeltjessynthese
Ethanol	Penta	71250-11000	Magneetdeeltjessynthese
Potassium nitrate	Sigma-Aldrich	P6083	Magneetdeeltjessynthese
Potassium hydroxide	Sigma-Aldrich	1.05012	Magneetdeeltjessynthese
Low-molecular-weight cut-off membrane (Mw=1 kDa)	Spectrum labs	G235063	Magneetdeeltjessynthese
Overhead Stirrer	witeg Labortechnik GmbH	DH.WOS01035	Magneetdeeltjessynthese
Waterbath	Memmert GmbH + Co.	84198998	Magneetdeeltjessynthese
Sonicator	Bandelin	795	Magneetdeeltjessynthese
BRAND UV cuvette micro	Sigma-Aldrich	BR759200-100EA	Cuvet voor groottemeting
BRAND cap voor UV-cuvet micro	Sigma-Aldrich	BR759240-100EA	Cuvetdeksels voor groottemeting
Folded Capillary Zeta Cell	Malvern	DTS1070	Cuvet voor zeta potentiaal meting
Zetasizer Nano ZS	Malvern	ZEN3600	Apparaat voor meting van grootte en zeta potentiaal
Infinite 200 PRO NanoQuant instrument	Tecan	396 227 V1.0, 04-2010	Apparaat voor meting van DNA concentratie
SYBR Green Quantitative RT-PCR Kit	Sigma-Aldrich	QR0100	PCR kit
Mastercycler pro S instrument	Eppendorf	6325 000.013	Thermocycler
MinElute kit	Qiagen	28004	DNA zuiveringskit
Sodium acetate	Sigma-Aldrich	S7670	DNA binding