Selecteren van meerdere Biomarker Subsets met ook effectieve binaire indeling optredens

Xin Feng; Shaofei Wang; Quewang Liu; Han Li; Jiamei Liu; Cheng Xu; Weifeng Yang; Yayun Shu; Weiwei Zheng; Bingxin Yu; Mingran Qi; Wenyang Zhou; Fengfeng Zhou

doi:10.3791/57738

Method Article

Selecteren van meerdere Biomarker Subsets met ook effectieve binaire indeling optredens

DOI:

10.3791/57738

⸱

October 11th, 2018

Xin Feng¹ , Shaofei Wang¹ , Quewang Liu¹ , Han Li² , Jiamei Liu² , Cheng Xu² , Weifeng Yang² , Yayun Shu² , Weiwei Zheng¹ , Bingxin Yu³ , Mingran Qi⁴ , Wenyang Zhou¹ , Fengfeng Zhou¹

¹College of Computer Science and Technology, and Key Laboratory of Symbolic Computation and Knowledge Engineering of Ministry of Education, Jilin University, ²College of Software, Jilin University, ³Ultrasonography Department, China-Japan Union Hospital of Jilin University, ⁴Department of Pathogenobiology, College of Basic Medical Science, Jilin University

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bestaande algoritmen genereren een oplossing voor een biomarker detectie dataset. Dit protocol blijkt van het bestaan van meerdere ook doeltreffende oplossingen en presenteert een gebruikersvriendelijke software om te helpen biomedische onderzoekers onderzoeken hun datasets voor de voorgestelde challenge. Computerwetenschappers kunnen deze functie in hun biomerker ook detectie algoritmen.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Biomerker detectie is een van de meer belangrijke biomedische vragen voor high-throughput 'omics' onderzoekers, en bijna alle bestaande biomerker detectie algoritmen genereren een biomarker subset met de geoptimaliseerde prestatiemeting voor een gegeven dataset . Een recente studie blijkt echter het bestaan van meerdere biomerker deelverzamelingen met ook doeltreffend of zelfs identieke indeling optredens. Dit protocol biedt een eenvoudige en ongecompliceerde methode voor het opsporen van biomerker deelverzamelingen met binaire indeling optredens, beter dan een door de gebruiker gedefinieerde cutoff. Het protocol bestaat uit gegevensvoorbereiding en laden, basislijn informatie Samenvattingsstructuur parameter tuning, biomerker screening, resultaat visualisatie en interpretatie, biomerker gene aantekeningen en resultaat en visualisatie uitvoer op kwaliteit van de publicatie. De voorgestelde biomerker screening strategie is intuïtief en toont een algemene regel voor het ontwikkelen van biomerker detectie algoritmen. Een gebruiksvriendelijke grafische user interface (GUI) werd ontwikkeld met behulp van de programmeertaal Python, waardoor biomedische onderzoekers directe toegang hebben tot hun resultaten. De broncode en de handleiding van kSolutionVis kunnen worden gedownload van http://www.healthinformaticslab.org/supp/resources.php.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Binaire indeling, een van de meest algemeen onderzocht en uitdagende data mining problemen op het gebied van biomedische, worden gebruikt voor het bouwen van een model van de classificatie getraind op twee groepen van monsters met de meest nauwkeurige discriminatie macht¹^, ² ^, ³ ^, ⁴ ^, ⁵ ^, ⁶ ^, ⁷. de grote gegevens gegenereerd op het gebied van biomedische heeft echter de inherente "grote p kleine n" paradigma, met het aantal functies meest....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Opmerking: Het volgende protocol beschrijft de details van de analytische procedure van informatica en pseudo-codes van de belangrijkste modules. De automatische analyse-systeem werd ontwikkeld met behulp van Python versie 3.6.0 en de Python modules Panda's, abc, numpy, scipy, sklearn, sys, PyQt5, sys, mRMR, wiskunde en matplotlib. De materialen die worden gebruikt in deze studie staan in de Tabel van materialen.

1. Prepareer de Data Matrix en klasse van etiketten

Bereid het gegevensbestand van de matrix als een door tabs of komma-gescheiden matrix-bestand, zoals wordt geïllustreerd in figuur ....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Het doel van deze workflow (Figuur 6) is te detecteren van meerdere biomerker deelverzamelingen met soortgelijke efficiency voor een binaire indeling dataset. Het hele proces wordt geïllustreerd door twee voorbeeld datasets ALL1 en ALL2 geëxtraheerd uit een onlangs gepubliceerd biomerker detectie bestuderen van¹²^,⁴⁸. Een gebruiker kan het installeren van kSolutionVis door de instructies te volgen in d.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Deze studie geeft een gemakkelijk-aan-volg multi oplossing biomerker detectie en karakterisering van het protocol voor een gebruiker opgegeven binaire indeling dataset. De software legt de nadruk op gebruiksvriendelijkheid en flexibele import/export interfaces voor verschillende bestandsindelingen, zodat een biomedisch onderzoeker te onderzoeken hun dataset gemakkelijk met behulp van de GUI van de software. Deze studie belicht eveneens de noodzaak van het genereren van meer dan één oplossing met eveneens effectief modell.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

We hebben geen conflicten van belang aan dit verslag gerelateerde.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Dit werk werd gesteund door de strategische prioriteit onderzoeksprogramma van de Chinese Academie van Wetenschappen (XDB13040400) en de subsidie van het opstarten van Universiteit Jilin. Anoniem reviewers en biomedische testen gebruikers werden gewaardeerd voor hun constructieve opmerkingen over de verbetering van de bruikbaarheid en de functionaliteit van kSolutionVis.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
Name	Company	Catalog Number	Comments
Hardware
laptop	Lenovo	X1 carbon	Any computer works. Recommended minimum configuration: 1GB extra hard disk space, 1 GB memory, 2.0MHz CPU
Name	Company	Catalog Number	Comments
Software
Python 3.0	WingWare	Wing Personal	Any python programming and running environments support Python version 3.0 or above

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Heckerman, D., et al. Genetic variants associated with physical performance and anthropometry in old age: a genome-wide association study in the ilSIRENTE cohort. Scientific Reports. 7, 15879(2017).
Li, Z., et al.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Selecteren van meerdere Biomarker Subsets met ook effectieve binaire indeling optredens

In This Article

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Results

Discussion

Disclosures

Acknowledgements

Materials

References

Reprints and Permissions

Tags

Related Articles