Methodenartikel

Antibiotica-Dereplicatie met behulp van het antibioticumresistentie platform

DOI:

10.3791/60536

⸱

17 oktober 2019

 ,  , 
1Department of Biochemistry and Biomedical Sciences, M.G. DeGroote Institute for Infectious Disease Research, McMaster University, 2Department of Molecular and Cellular Biology, University of Guelph

In dit artikel

Samenvatting

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

We beschrijven een platform dat gebruik maakt van een bibliotheek van isogene antibiotica resistente Escherichia coli voor de dereplicatie van antibiotica. De identiteit van een antibioticum dat door bacteriën of schimmels wordt geproduceerd, kan worden afgeleid uit de groei van E. coli , waarin het respectieve resistentie-gen wordt uitgesproken. Dit platform is economisch effectief en tijd efficiënt.

Samenvatting

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Een van de belangrijkste uitdagingen bij het zoeken naar nieuwe antibiotica uit natuurlijke product extracten is de herontdekking van gemeenschappelijke verbindingen. Om deze uitdaging aan te pakken, wordt dereplication, dat is het proces van het identificeren van bekende verbindingen, uitgevoerd op monsters van belang. Methoden voor dereplicatie zoals analytische scheiding gevolgd door massaspectrometrie zijn tijdrovend en resource-intensieve. Om het dereplicatie proces te verbeteren hebben we het antibioticum Resistance platform (ARP) ontwikkeld. De ARP is een bibliotheek met ongeveer 100 antibioticaresistentiegenen die individueel zijn gekloond tot Escherichia coli. Deze stam collectie heeft vele toepassingen, met inbegrip van een kosteneffectieve en facile methode voor antibioticum dereplication. Het proces omvat de fermentatie van antibiotica-producerende microben op het oppervlak van rechthoekige Petri schalen die een vast medium bevatten, waardoor de afscheiding en verspreiding van secundaire metabolieten via het medium mogelijk wordt. Na een fermentatie periode van 6 dagen wordt de microbiële biomassa verwijderd en wordt een dunne agar-overlay aan de Petri schaal toegevoegd om een glad oppervlak te creëren en de groei van de E. coli -indicator stammen mogelijk te maken. Onze verzameling van ARP-stammen wordt vervolgens vastgemaakt aan het oppervlak van de antibioticum bevattende Petri schaal. De plaat wordt vervolgens 's nachts geïnineerd om E. coli groei op het oppervlak van de overlay mogelijk te maken. Alleen stammen die resistentie tegen een specifiek antibioticum (of klasse) bevatten, groeien op dit oppervlak waardoor de geproduceerde stof snel geïdentificeerd wordt. Deze methode is met succes gebruikt voor de identificatie van producenten van bekende antibiotica en als middel om te identificeren die nieuwe verbindingen produceren.

Inleiding

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Sinds de ontdekking van penicillaire in 1928, natuurlijke producten afgeleid van milieu-micro-organismen hebben bewezen een rijke bron van antimicrobiële verbindingen1. Ongeveer 80% van de antibiotica van het natuurlijke product zijn afgeleid van bacteriën van het geslacht Streptomyces en andere Actinomyceten, terwijl de resterende 20% wordt geproduceerd door schimmelsoorten1. Enkele van de meest voorkomende antibiotica-steigers die in de kliniek worden gebruikt, zoals de β-lactams, tetracyclines, rifamycinen en aminoglycosiden, werden oorspronkelijk geïsoleerd van microben2. Vanwege de opkomst van multiresistente (MDR) bacteriën is ons huidige panel van antibiotica echter minder effectief geworden in de behandeling van3,4. Deze omvatten de "eskape" pathogenen (d.w.z. vancomycine-resistente enterokokken en β-lactam-resistente Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, en Enterobacter SP.), een subset van bacteriën die geacht worden geassocieerd te worden met het hoogste risico door een aantal grote volksgezondheidsinstanties zoals de Wereldgezondheidsorganisatie3,4,5. De opkomst en wereldwijde verspreiding van deze MDR-pathogenen resulteert in een constante behoefte aan nieuwe antibiotica3,4,5. Helaas hebben de voorbije twintig jaar aangetoond dat de ontdekking van nieuwe antibiotica uit microbiële bronnen steeds moeilijker wordt6. Huidige benaderingen van Drug Discovery omvatten de hoge doorvoer screening van bioactieve verbindingen, met inbegrip van natuurlijke product extract Bibliotheken, waardoor duizenden extracten worden getest op een gegeven moment2. Echter, zodra antimicrobiële activiteit wordt gedetecteerd, de volgende stap is het analyseren van de inhoud van het ruwe extract om de actieve component te identificeren en elimineren die met bekende of redundante verbindingen7,8. Dit proces, "dereplication" genoemd, is van vitaal belang om de tijd die aan de herontdekking van bekende antibiotica7,9wordt besteed, te voorkomen en/of aanzienlijk te verkorten. Hoewel een noodzakelijke stap in het opsporen van natuurlijke geneesmiddelen, dereplication is berukker bewerkelijk en resource-intensieve10.

Sinds Beutler et al. eerst bedacht de term "dereplication", uitgebreide inspanningen zijn gedaan om innovatieve strategieën voor de snelle identificatie van bekende antibiotica te ontwikkelen11,12. Vandaag de dag zijn de meest gebruikte instrumenten voor dereplicatie analytische chromatografische systemen zoals krachtige vloeistofchromatografie, massaspectrometrie en op nucleaire magnetische resonantie gebaseerde detectiemethoden11,13. Helaas vereist elk van deze methoden het gebruik van dure analytische apparatuur en geavanceerde gegevens interpretatie.

In een poging om een dereplication methode te ontwikkelen die snel kan worden uitgevoerd zonder gespecialiseerde apparatuur, hebben we het antibioticum Resistance platform (ARP)10opgericht. De ARP kan worden gebruikt voor de ontdekking van antibiotica-adjuvantia, de profilering van nieuwe antibiotica verbindingen tegen bekende resistentiemechanismen en de dereplicatie van bekende antibiotica in extracten afkomstig van actinobacteriën en andere microben. Hier, we richten ons op de toepassing ervan in antibioticum dereplication. De ARP gebruikt een bibliotheek van isogene Escherichia coli stammen die individuele resistentiegenen uitdrukken die effectief zijn tegen de meest in het algemeen opnieuw ontdekte antibiotica14,15. Wanneer de E. coli bibliotheek wordt geteeld in aanwezigheid van een secundaire metaboliet-producerende organisme, de identiteit van de compound kan worden afgeleid door de groei van e. coli stammen die de bijbehorende weerstand gen10uitdrukken. Toen de ARP voor het eerst werd gerapporteerd, bestond de bibliotheek uit > 40 genen die resistentie tegen 16 antibiotica klassen verlenen. De oorspronkelijke dereplication template is ontworpen om een subset van resistentiegenen per antibiotica klasse te omvatten om informatie te verstrekken over antibiotica subklasse tijdens het dereplication proces. Tegenwoordig bestaat de ARP uit > 90 genen die resistentie verlenen aan 18 antibiotica klassen. Met behulp van onze uitgebreide collectie van resistentiegenen is een secundair dereplication template ontwikkeld en staat bekend als het minimale antibiotica Resistance platform (MARP). Deze sjabloon is gemaakt om te elimineren van Gene redundantie en eenvoudig informatie te verstrekken over de algemene antibiotica klasse die een dereplicated metaboliet is gerelateerd aan. Daarnaast bezit het MARP-template zowel wild type als een hyperpermeabele/effluxdeficiënte stam van e. coli BW25113 (E. coli BW25113 δBAMBδtolc), vergeleken met de oorspronkelijke incarnatie van de ARP, die alleen maakt gebruik van de hyperpermeabele stam. Dit unieke aspect creëert extra fenotypes tijdens dereplicatie, wat duidt op een verbindingen vermogen om het buitenste membraan van gram-negatieve bacteriën over te steken. Hier beschrijven we een robuust protocol dat moet worden gevolgd bij het derepliceren met ofwel de ARP en/of MARP, Markeer de meest kritieke stappen die moeten worden gevolgd, en bespreek de verschillende mogelijke uitkomsten.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. bereiding van E. coli bibliotheek glycerol voorraden (van agar slants)

  1. Streak de ARP/MARP E. coli stammen van lysogeny Bouillon (lb) agar op de Petri schaaltjes met lb agar en de geschikte markeerstift (tabel 1).
  2. Bereid culturen voor elk van de E. coli stammen door het inoculeren van 3 ml lb met de juiste selecteerbare marker met een enkele kolonie. Groei 's nachts bij 37 °C met beluchting (250 rpm).
  3. Combineer 800 μL cultuur en 200 μL steriele 80% glycerol in een 1,8 mL cryovial. Meng door de buizen 3 − 4 keer te inverteren en op-80 °C te bewaren.

2. ARP/MARP bevroren voorraad bibliotheek plaat voorbereiding

  1. Streak de ARP/MARP stammen uit de glycerol-voorraden bereid in sectie 1 op een nieuwe set van Petri schalen met LB agar en de juiste selecteerbare marker. Groei 's nachts bij 37 °C.
  2. Pipetteer met behulp van aseptische techniek 500 μL kationen aangepast Mueller Hinton Bouillon (MHB) van een steriel reservoir in elke put van een steriele 96 diepe put.
  3. Met de platen bereid in stap 2,1, gebruik een applicator stok te beënten de 96 diepe goed plaat in overeenstemming met de ARP/MARP kaart (aanvullende figuur 1 en aanvullende figuur 2). Zorg ervoor dat de juiste selecteerbare marker aan elke put wordt toegevoegd. Plaats een ademend afdichtings membraan over het oppervlak van de diepe goed plaat en incuberen 's nachts bij 37 °C (250 rpm).
  4. Zorg ervoor dat er geen vervuilde putten zijn door te verwijzen naar de ARP/MARP-kaart. Herhaal dit indien verontreinigd. Gebruik een meerkanaals pipettor om 100 μL van elke put van de Deep well plate over te brengen naar een steriele 96-well ronde bodemplaat. Herhaal deze stap om meerdere bevroren voorraad bibliotheek platen te maken.
    Opmerking: Het is het beste om ten minste 5 bibliotheek platen op een tijdstip voor te bereiden om te voorkomen dat stappen 2.1 − 2.4 worden herhaald in geval van verontreiniging van de voorraad bibliotheek plaat.
  5. Eindig met het maken van de ARP/MARP-voorraad bibliotheek platen door Pipetteer 100 μL van steriele 50% glycerol in elke put en meng door zachtjes op en neer te pipetteren.
  6. Bedek de platen met steriele Aluminium afdichtingen en zorg ervoor dat elk goed afzonderlijk wordt verzegeld.
  7. Nummer de platen en wijden slechts één bevroren voorraad bibliotheek plaat voor het inoculeren van nieuwe templates op een bepaald moment. Houd de rest als back-ups in het geval van bevroren voorraad bibliotheekplaat verontreiniging.
  8. Plaats de plaat deksel bovenop de aluminium afdichting en bewaar bij-80 °C.

3. zaad cultuur en voorbereiding van de Dereplicatie plaat

  1. Gebruik een applicator stok, inoculeren 3 mL Streptomyces antibioticum medium (SAM) (of een ander geschikt medium voor het organisme dat wordt getest) in een reageerbuis met één steriele glazen kraal (om het mycelium te breken) met de producerende stam die moet worden dereplicated. Voor Streptomyces, schraagt de sporen voorzichtig van het oppervlak van een kolonie.
  2. Met behulp van dezelfde houten applicator stok, streak een steriliteit controle op een Petri schaaltje met Bennet's agar.
  3. Inbroed de zaad kweek bij 30 °C met beluchting gedurende 6 dagen (250 rpm) en inincubatie van de Steriliteits controleplaat bij 30 °C gedurende 6 dagen.
    Opmerking: Zie tabel 2 voor de media recepten van Sam en Bennett. De bovenstaande instructies zijn geschikt voor de meeste Actinomyceten. Verander de groeimedia indien nodig voor andere bacteriën en schimmels.
  4. Bereid de dereplicatie platen voor door 23 mL warme Bennett-agar in een serologische pipet te zuigen en 20 mL gelijkmatig over het oppervlak van een rechthoekige Petri schaal te verdelen (tabel met materialen), waardoor de rest van het medium in de pipet wordt voorkomen dat vorming van luchtbellen.
    Opmerking: Zorg ervoor dat het oppervlak dat wordt gebruikt om platen te gieten niveau is en deze stap uitvoert voordat de agar te veel heeft afgekoeld; een plat oppervlak is noodzakelijk voor het vastzetten van de bibliotheek in de volgende fasen.
  5. Draai de plaat voorzichtig totdat het medium alle delen van de plaat bedekt en niet verstoort totdat de agar volledig is ingesteld.
  6. Bereid nitrocellulose membraan vellen (Inhoudsopgave) met behulp van een rechthoekige Petri schaal deksel als een overtrek sjabloon zodat de vellen passen het oppervlak van de dereplication plaat. Snijd de vellen en autoclaaf ze in een steriel zakje.
    Opmerking: Dit membraan maakt het mogelijk voor organismen om te sporuleren op het oppervlak, terwijl secundaire metabolieten kunnen worden uitgescheiden in het medium hieronder. Eenmaal gegroeid, wordt het membraan verwijderd om een schoon oppervlak voor dereplicatie te bieden. Hoe dichter de pasvorm dat het membraan papier op het oppervlak van de Bennet's agar, de schoner het dereplication resultaat.
  7. Controleer de Steriliteits controle plaat om er zeker van te zijn dat er na 6 dagen incubatie geen verontreinigingen aanwezig zijn. Als het vuilvrij is, verwijder dan de deksel van het rechthoekige Petri schaaltje en Pipetteer 200 μL zaad cultuur op het oppervlak van de Bennet's agar.
  8. Verdeel de kweek gelijkmatig over het oppervlak van de hele plaat met een steriel wattenstaafje.
  9. Plaats de nitrocellulose membraan bereid in stap 3,6 over de top van de cultuur op het oppervlak van de Petri schaal. Begin met het uitlijnen van de onderrand van het membraan op de onderrand van de Petri schaal en breng het membraan langzaam van de onderrand naar de bovenrand van de plaat.
  10. Gebruik een steriel wattenstaafje om eventuele luchtbelletjes die zich tussen de membraan-agar-interface hebben gevormd, glad te strijken, zodat het membraan naar de agar wordt gespoeld.
  11. Zet de deksel terug op de rechthoekige Petri schaal en plaats hem ondersteboven in een verzegelde plastic zak. Incuberen bij 30 °C gedurende 6 dagen.

4. dereplication Plate MHB overlay en ARP/MARP Library Plate voorbereiding

  1. Verwijder na 6 dagen de dereplicatie plaat uit de incubator van 30 °C. Gebruik steriel pincet (autoclaved of grondig besproeid met 70% ethanol) en verwijder voorzichtig het nitrocellulose membraan van het oppervlak van de Benlo's agar.
    Opmerking: Deze stap zal de hydrofobe sporen verwijderen en mycelia geteeld op het oppervlak van het membraan om een schoon oppervlak voor dereplicatie te bieden, waardoor stap 4,2 wordt vergemakkelijkt.
  2. Zoals beschreven voor stap 3,4, zorg ervoor dat het werkoppervlak is niveau en gebruik een serologische pipet te aspireren 23 mL warme kation aangepast MHB agar. Maak een overlay door 20 mL gelijkmatig over het oppervlak van de dereplicatie plaat te doseren, waardoor de rest van het medium in de pipet overblijft om de vorming van luchtbellen te voorkomen.
  3. Draai de plaat voorzichtig totdat het medium alle gebieden bedekt en niet verstoort totdat de agar volledig is ingesteld. Eenmaal gekoeld en gestijgd, retourneer de dereplicatie plaat naar de verzegelde plastic zak en bewaar deze op de kop bij 4 °C 's nachts.
    Opmerking: Deze stap maakt het mogelijk om secundaire metabolieten uit het medium van de gefermenteerde Bennett te diffusie in de MHB agar-overlay. Als het nitrocellulose membraan niet goed is voorbereid, zal er een Spore groei zijn rond de randen van de plaat, die hydrofobische eigenschappen hebben die de MHB agar afstoten. Giet de overlay niet bovenop deze sporen omdat het kan resulteren in contaminatie van de overlay.
  4. Op dezelfde dag dat de overlay wordt gegoten, wordt een vers ARP/MARP-sjabloon inoculeren door pipetteren van 100 μL kationen aangepast MHB in elke put van een 96-well plaat.
    Opmerking: Om de kans op verspreiding van verontreiniging tijdens de dereplicatie te verkleinen, gebruikt u een enkele ARP/MARP-bibliotheek plaat om alleen de 2 − 3-dereplicatie platen te verdrijven. Daarom, inoculeren genoeg 96-well ARP/MARP platen op basis van het aantal stammen die zal worden dereplicated.
  5. Neem de bevroren voorraad ARP/MARP-bibliotheek plaat uit de vriezer-80 °C. Verwijder de aluminium afdichting voordat condensatie aan de onderzijde begint te vormen, waardoor de kans op besmetting van naburige putten in de bibliotheek plaat afneemt.
  6. Met behulp van steriele 96-well-vastmaken gereedschappen (of andere vormen van inoculatie apparatuur), voorzichtig pin van de bevroren voorraad ARP/MARP bibliotheek plaat en inoculeren de verse MHB-bevattende 96-well platen. Om besmetting tijdens de dereplicatie tot een minimum te beperken, bereidt u zoveel ARP-of MARP-bibliotheek platen voor dat ze slechts 2 − 3-dereplicatie platen per bibliotheek plaat hoeven te ontkrullen. Steriliseren vastmaken gereedschappen tussen het inoculeren van elke plaat.
  7. Zet een nieuwe steriele aluminium afdichting op de bevroren sjabloon zodra deze is voltooid en breng deze terug naar de vriezer-80 °C. Plaats de geënt 96-put-platen in een verzegelde plastic zak en incuberen bij 37 °C met beluchting (250 rpm) gedurende 18 uur.
    Opmerking: Nieuwe bevroren voorraad bibliotheek platen kunnen worden bereid uit deze stap na ervoor te zorgen dat er geen besmetting aanwezig is. Voeg glycerol toe aan de plaat vóór opslag bij-80 °C, zoals beschreven in stap 2,5.

5. derepliceren met behulp van de ARP/MARP

  1. Verwijder het ARP/MARP-sjabloon uit de incubator en zorg ervoor dat er geen verontreinigingen aanwezig zijn. Altijd dereplicate met behulp van een sjabloon die vers is bereid en niet rechtstreeks uit de bevroren voorraad.
  2. Verwijder de dereplicatie platen van 4 °C en laat deze op kamertemperatuur komen. Als er condensatie is, open de deksels en laat drogen in een steriele omgeving.
  3. Met behulp van steriele pinnen (of andere inoculatie apparatuur), PIN van de ARP/MARP bibliotheek plaat op het oppervlak van de MHB agar overlay van de dereplication platen. Wees voorzichtig om de agar niet door te boren. Steriliseren vastmaken gereedschappen tussen het inoculeren van elke dereplication plaat.
  4. Na het vastzetten van de sjabloon op het oppervlak van de dereplication platen, laat de sjabloon entmateriaal drogen voor 3 − 5 min. plaats de geënt dereplication platen ondersteboven in een verzegelde plastic zak en incueren 's nachts bij 37 °c.
  5. Analyseer dereplication resultaten de volgende dag door de groei op de dereplicatie plaat te vergelijken met putten die corresponderen met de ARP/MARP-kaart (tabel 3 en tabel 4).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Resultaten

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De volgende resultaten werden verkregen wanneer een verzameling van belang zijnde antibiotica-producerende stammen werd gederepliceerd met behulp van de ARP en/of MARP.

Een diagram van de ARP/MARP-dereplication-workflow wordt afgebeeld in afbeelding 1en de kaarten van de bibliotheekplaat worden weergegeven in aanvullend figuur 1 en aanvullend figuur 2. Figuur 2 toont een positief dereplication resulta...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Discussie

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Het hierboven beschreven protocol kan worden toegepast op zowel de ontdekking van nieuwe antimicrobiële stoffen als adjuvantia die kunnen worden gebruikt in combinatie met bestaande antibiotica om hun activiteit te redden. Het platform maakt gebruik van de hoge substraat specificiteit van resistentiemechanismen en hun verwant antibiotica, tot dereplicate verbindingen binnen ruwe natuurlijke product extracten. Hoewel de tijd die nodig is voor de voorbereiding van de dereplicatie platen lang is (~ 2 weken), is het dereplic...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Openbaarmakingen

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

De auteurs hebben niets te onthullen.

Dankbetuigingen

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Het onderzoek in het Wright Lab met betrekking tot de ARP/MARP werd ondersteund door het Ontario Research Fund en Canadian Institutes of Health Research Grant (FRN-148463). We willen Sommer Chou graag erkennen voor het ondersteunen van de uitbreiding en organisatie van de ARP-bibliotheek.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel
NaamBedrijfCatalogusnummerOpmerkingen
AgarBio ShopAGR003.5
AlumaSeal CS Films for cold storageSigma-AldrichZ722642-50EA
Ampicillin Sodium SaltBio ShopAMP201.100
BBL Mueller Hinton II Broth (Cation-Adjusted)Becton Dickinson212322
BBL Phytone Peptone (Soytone)Becton Dickinson211906
Calcium CarbonateBio ShopCAR303.500
Casamino acidBio Basic3060
Cotton-Tipped ApplicatorsFisher Scientific23-400-101
CryoPure Tube 1.8 mL mix.colourSarstedt72.379.992
D-glucoseBio ShopGLU501.5
Disposable Culture Tube, 16 mm x 100 mmFisher Scientific14-961-29
Ethyl Alcohol AnhydrousCommercial AlcoholsP016EAAN
Glass Beads, SolidFisher Scientific11-312C
GlycerolBio ShopGLY001.4
Hydrochloric AcidFisher ScientificA144-212
Instant sealing sterilization pouchFisher Scientific01-812-54
Iron (II) Sulfate HeptahydrateSigma-AldrichF7002-250G
Kanamycin SulfateBio ShopKAN201.50
LB Broth LennoxBio ShopLBL405.500
Magnesium Sulfate HeptahydrateFisher ScientificM63-500
MF-Millipore Membrane Filter, 0.45 µm pore sizeMillipore-SigmaHAWP0001010 FT roll, hydrophillic, white, plain
Microtest Plate 96 well, round baseSarstedt82.1582.001
New Brunswick Innova 44EppendorfM1282-0000
Nunc OmniTray Single-Well PlateThermo Fisher Scientific264728with lid, sterile, non treated
Petri dish 92 mm x 16 mm with camsSarstedt82.1473.001
Pinning toolsETH Zurich-Custom order
Potassium ChlorideFisher ScientificP217-500
Potato starchBulk Barn279
Sodium ChlorideFisher ScientificBP358-10
Sodium NitrateFisher ScientificS343-500
Wood ApplicatorsDukal Corporation9000
Yeast ExtractFisher ScientificBP1422-2

Referenties

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Lo Grasso, L., Chillura Martino, D., Alduina, R. Production of Antibacterial Compounds from Actinomycetes. actinobacteria. Basics and Biotechnological Applications. Dhanasekaran, D., Jiang, Y. , IntechOpen. (2016).
  2. Thaker, M. N., et al. Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. Nature Biotechnology. 31, 922-927 (2013).
  3. Gajdács, M. The Concept of an Ideal Antibiotic: Implications for Drug Design. Molecules. 24, 892(2019).
  4. Boucher, H. W., et al. Bad bugs, no drugs: no ESKAPE! An update from the Infectious Diseases Society of America. Clinical Infectious Diseases. 48, 1-12 (2009).
  5. Gajdács, M. The Continuing Threat of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus. Antibiotics. 8, 52(2019).
  6. Gaudêncio, S. P., Pereira, F. Dereplication: Racing to speed up the natural products discovery process. Natural Product Reports. 32, 779-810 (2015).
  7. Ito, T., Masubuchi, M. Dereplication of microbial extracts and related analytical technologies. The Journal of Antibiotics (Tokyo). 67, 353-360 (2014).
  8. Van Middlesworth, F., Cannell, R. J. Dereplication and Partial Identification of Natural Products. Methods in Biotechnology. , 279-327 (2008).
  9. Tawfike, A. F., Viegelmann, C., Edrada-Ebel, R. Metabolomics and Dereplication Strategies in Natural Products. Metabolomics Tools for Natural Product Discovery: Methods and Protocols. Roessner, U., Dias, D. A. , Humana Press. Totowa, NJ. 227-244 (2013).
  10. Cox, G., et al. A Common Platform for Antibiotic Dereplication and Adjuvant Discovery. Cell Chemical Biology. 24, 98-109 (2017).
  11. Hubert, J., Nuzillard, J. M., Renault, J. H. Dereplication strategies in natural product research: How many tools and methodologies behind the same concept. Phytochemistry Reviews. 16, 55-95 (2017).
  12. Beutler, J. Dereplication of phorbol bioactives: Lyngbya majuscula and Croton cuneatus. Journal of Natural Products. 53, 867-874 (1990).
  13. Mohimani, H., et al. Dereplication of microbial metabolites through database search of mass spectra. Nature Communications. 9, 1-12 (2018).
  14. Baltz, R. H. Marcel Faber Roundtable: Is our antibiotic pipeline unproductive because of starvation, constipation or lack of inspiration. Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. 33, 507-513 (2006).
  15. Baltz, R. H. Antibiotic discovery from actinomycetes: Will a renaissance follow the decline and fall. Archives of Microbiology. 55, 186-196 (2005).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Herprints en machtigingen

Toestemming aanvragen om de tekst of afbeeldingen van dit JoVE-artikel te hergebruiken

Toestemming aanvragen

Trefwoorden

Escherichia coli stammendiffusie van secundaire metabolietennitrocellulosemembraan overlayinoculatie van deep wellplatenidentificatie van chloramphenicol producentenaanpassing van MARP bibliotheekaseptisch techniekprotocolscreening van secundaire metabolieten

Gerelateerde artikelen