Organoïden van de twaalfvingerige darm en jejunale rat werden gegenereerd met behulp van het protocol dat in sectie 2 wordt beschreven. Het is erg belangrijk tijdens de stappen van de crypte-isolatie dat villi efficiënt worden uitgeput uit de PBS. Als er te veel villi in de EME worden geplateerd met crypten, kan dit leiden tot de dood van de hele cultuur en het niet tot stand brengen van een organoïdelijn. Daarom is het nuttig om crypten te isoleren onder een ontleedbereik, waardoor visuele bevestiging van uitputting van villar mogelijk is. Figuur 1 toont representatieve villarfragmenten en crypten (Figuur 1A). Let op de aanzienlijk kleinere omvang van crypten in vergelijking met villi (Figuur 1B). Na het plateren zullen de crypten de komende dagen uitzetten tot sferoïden en zullen ze op dag 4-7 beginnen te ontluiken en te differentiëren (Figuur 2). Zodra de organoïden een uitgebreid ontluikend stadium hebben bereikt, moeten ze worden gepasseerd. Tijdens het passeren is het belangrijk om de organoïden voldoende te verstoren om de crypteknoppen uit elkaar te splijten, zodat het aantal organoïden kan worden uitgebreid (Figuur 3B).
Het succesvol terugwinnen van organoïden na het invriezen is sterk afhankelijk van de staat waarin ze zijn ingevroren. Organoïden in een zeer proliferatieve ongedifferentieerde toestand herstellen met de hoogste efficiëntie. Daarom raden we aan om ze bolvormig en cystisch te maken in plaats van ontluikt en gedifferentieerd. Om dit te bereiken, kan Wnt hypergeactiveerd worden door de hoeveelheid van het Wnt-ligand R-spondine in de media te verhogen en door nicotinamide in de media op te nemen, waarvan is aangetoond dat het de vorming van organoïden en de overleving van cellen in verschillende kweeksystemenondersteunt30,31. Figuur 3A toont een gezonde organoïdenkweek slechts 2 dagen na ontdooiing. Het opnemen van BSA in de media tijdens het ontdooien heeft ook geholpen bij de overleving van darmorganoïdeculturen van ratten, die kwetsbaarder zijn gebleken dan darmorganoïden van muizen.
Hoewel 3D-organoïdekweek vaak de voorkeur heeft omdat het een deel van de normale darmarchitectuur recapituleert, maakt het andere benaderingen, waaronder live beeldvorming, transfecties en lentivirale transducties, technisch uitdagender. Het gebruik van 2D-monolagen gegenereerd uit 3D-organoïden32 (Figuur 4) maakt een efficiëntere introductie van de plasmiden mogelijk. Terwijl 3D-darmorganoïden traditioneel resistent zijn tegen voorbijgaande transfecties, kunnen plasmiden die coderen voor EGFP met succes worden geïntroduceerd met behulp van op lipiden gebaseerde transfectiemethoden. De meest kosteneffectieve aanpak met behulp van PEI wordt beschreven in stap 6.1 (figuur 5), maar elektroporatie en in de handel verkrijgbare transfectiereagentia hebben ook vergelijkbare resultaten opgeleverd (gegevens niet weergegeven). Toekomstige studies zullen zich richten op de vraag of deze benaderingen kunnen worden gebruikt voor het introduceren van CRISPR-constructen in monolagen.
Het was belangrijk om 3D-organoïden na transfectie te kunnen hervormen uit 2D-monolagen, zodat ze konden worden gehandhaafd als een doorneembare lijn met 3D-architecturale componenten van crypten. Interessant is dat 2D-monolagen die op de EME waren geplateerd, gemakkelijk werden omgevormd tot kleine sferoïden wanneer EME weer aan de bovenkant van de cellen werd toegevoegd, terwijl een collageen I-substraat niet voldoende was voor de hervorming van 3D-structuren (Figuur 6).
Hoewel voorbijgaande transfecties nuttig zijn voor veel onderzoeken, is de vorming van stabiele lijnen vaak nuttiger, waardoor lentivirus in de cellen moet worden geïntroduceerd. Darmorganoïden van ratten werden geïnfecteerd met lentivirus door eerder gepubliceerde protocollen aan te passen (Figuur 7). Een belangrijke stap in het protocol is de verstoring van organoïden in kleine aggregaten of celclusters. Als culturen niet efficiënt worden verstoord en organoïden intact blijven, komen de lentivirale deeltjes niet in de cellen. Na infectie moeten organoïden herstellen en opnieuw groeien. Het hier geschetste protocol maakt de opname van virale deeltjes door 10%-48% (gemiddeld: 19,4% ± 6,5%) van de cellen vóór selectie mogelijk.
Het kleuren van organoïden op de hele berg kan moeilijk zijn vanwege onvolledige verwijdering van EME-residu of onvolledige penetrantie van antilichamen. Het hier geschetste protocol maakt het mogelijk om organoïden robuust te kleuren. De visualisatie van organoïden op een confocale microscoop kan ook moeilijk zijn als ze te ver van het dekglaasje verwijderd zijn. Door VALAP te gebruiken, wordt een putje met enige hoogte gecreëerd, zodat organoïden niet worden verpletterd door het dekglaasje, maar toch dicht bij het dekglaasje kunnen bezinken om het beeldvormingsgemak te vergemakkelijken. Representatieve kleuring tegen de apicale anionkanaal, cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) en falloidine om F-actine te labelen, wordt weergegeven in figuur 8.
Ten slotte zijn organoïden bruikbaar in functionele tests. Van patiënten afgeleide organoïden van patiënten met cystische fibrose zijn gebruikt om de CFTR-functie te screenen, aangezien behandeling met de cAMP-agonist forskoline robuuste CFTR-gemedieerde vloeistofsecretie induceert, waardoor zwelling van organoïden 29,33-37 ontstaat. Een van de doelen van dit werk was het identificeren en ontwikkelen van een organoïdemodel dat parallel aan in vivo preklinische studies kan worden gebruikt. Daarom wilden we bepalen of darmorganoïden van ratten forskoline-geïnduceerde zwelling ondergaan. Inderdaad, binnen 30 minuten na behandeling met forskolin zwollen de organoïden van ratten op, met een maximaal effect waargenomen na 120 minuten (Figuur 9).

Figuur 1: Villar-fragmenten en crypten tijdens epitheliale isolatie . (A) Representatief beeld van villar-fragmenten in EDTA-oplossing tijdens het crypte-isolatieprotocol. Gele pijlpunten markeren villar-fragmenten. Rode pijlen tonen crypten die aan een fragment van een villar zijn bevestigd. Let op het verschil in relatieve grootte. (B) Afbeelding met een hogere vergroting van een enkele crypte (rode pijl) zodat de morfologie kan worden gevisualiseerd. Schaalbalken: 100 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 2: Progressie van de darmorganoïde van ratten. Rattenjejunumcrypten werden onmiddellijk na isolatie in EME geplateerd (A,B). Binnen 2 dagen werden de crypten sferoïden (C,D). Op dag 5 begonnen ze crypteknoppen (E,F) te initiëren, die zich op dag 7 (G) ontwikkelden en groeiden. Schaalbalken: 100 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 3: Organoïden na ontdooien en passeren. (A) Organoïden van ratten werden ontdooid volgens de geschetste protocollen na cryopreservatie. Let op de aanwezigheid van zowel sferoïden als ontluikende organoïden slechts 2 dagen na het ontdooien. (B) Dezelfde organoïdelijn afgebeeld in A onmiddellijk na het passeren volgens het geschetste protocol. Let op het relatieve verschil in grootte tussen structuren in A en B en de aanwezigheid van enkele crypte-achtige domeinen in B. Schaalbalken: 100 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 4: 2D monolayer vorming uit 3D organoïden. (A-C) 2D monolayer progressie op EME. (D-F) 2D monolayer progressie op collageen I. Op dag 5 leverde elke voorwaarde ~80% samenvloeiing op. Schaalbalken: 100 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 5: Transiënte transfectie van een 2D monolaag. Representatief beeld van een 2D-monolaag gekweekt op EME, tijdelijk getransfecteerd met pLJM1-EGFP-plasmide met behulp van PEI. (A) Helderveld, (B) fluorescentie (GFP), (C) overlay. De rode stippellijn markeert de grens van de monolaag. Schaalbalken: 100 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 6: Reformatie van 3D-organoïden uit 2D-monolagen op EME. (A) Vorming van 3D-organoïden uit 2D-monolagen gekweekt op EME. Organoïden efficiënt gevormd door 5 dagen na toevoeging van EME aan het apicale oppervlak van de monolaag. Let op de overvloed aan dode cellen rond de kleine 3D-sferoïden. (B) Persistentie van 2D-monolagen 5 dagen nadat collageen I werd toegevoegd aan het apicale oppervlak van 2D-monolagen gekweekt op collageen I. Schaalbalken: 100 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 7: Lentivirale infectie van 3D-organoïden. Organoïden van rattenjejunum werden geïnfecteerd met nucleaire GFP-lentivirale deeltjes met behulp van het geschetste protocol. Na herstel en groei gedurende 5 dagen werden organoïden gefixeerd en gekleurd met DAPI. (A) DAPI: grijs; nucleairGFP: groen. (B) nucleairGFP:groen. De rode stippellijn markeert de grens van de organoïde. Schaalbalken: 50 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 8: Immunofluorescentie van de darmorganoïden van ratten. (A) CFTR, (B) falloidine en (C) samengevoegde immunofluorescentie van jejunale organoïden van ratten. Let op de apicale verrijking van CFTR-kleuring in organoïden (grijs in A, magenta in C). Phalloidine markeert F-actine en labelt prominent de apicale penseelrand (grijs in B, cyaan in C). Schaalbalken: 25 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

Figuur 9: Darmorganoïden van ratten zwellen op bij forskolinestimulatie. Representatief tijdsverloop van zwelling van de darmorganoïde van de rat na toevoeging van de cAMP-agonist forskoline. De tijd van 0 min vertegenwoordigt het tijdstip onmiddellijk voorafgaand aan de toevoeging van 10 μM forskoline. Afbeeldingen tonen dezelfde organoïde met tussenpozen van 30 minuten. Maximale zwelling werd waargenomen na 120 minuten na toevoeging van forskolin. De rode stippellijn schetst de organoïde grens. Het donkere materiaal in het midden van het organoïde lumen bestaat uit dode cellen. Schaalbalken: 100 μm. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.
Tabel 1: AdDMEM+ recept. Ingrediënten om de standaard AdDMEM+ media te maken, wat de basismedia is voor de hier getoonde methoden. Klik hier om deze tabel te downloaden.
Tabel 2: Recept voor intestinale organoïde media (rIOM) bij ratten. Gedetailleerd recept van de standaard darmorganoïde media van ratten, inclusief oplosmiddel en bewaarcondities voor recombinante eiwitten. Klik hier om deze tabel te downloaden.
Tabel 3: Oplossingen. Recepten en instructies om andere oplossingen te maken die in het hele protocol worden gebruikt. Klik hier om deze tabel te downloaden.
Tabel 4. Rat-darmorganoïdemedium voor 2D-monolaagcultuur (rIOM2D). Aangepast recept van organoïde kweekmedia geoptimaliseerd voor de 2D-groei van monolagen. Klik hier om deze tabel te downloaden.