Methodenartikel

Kwantitatieve polymerasekettingreactie (qPCR)-gebaseerde snelle diagnose van Helicobacter pylori-infectie en antibioticaresistentie

5.5K weergaven

⸱

DOI:

10.3791/65689

⸱

28 juli 2023

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Laboratory Medicine, Guangdong Provincial People’s Hospital (Guangdong Academy of Medical Sciences), Southern Medical University, 2Division of Microbiology and Immunology, School of Biomedical Sciences, The University of Western Australia, 3Center for Precision Health, School of Medical and Health Sciences, Edith Cowan University, 4Medical Technology School of Xuzhou Medical University, 5Marshall Laboratory of Biomedical Engineering, School of Medicine, Shenzhen University, 6The Marshall Centre for Infectious Diseases Research and Training, The University of Western Australia, 7Marshall International Digestive Diseases Hospital, Zhengzhou University, 8Marshall Medical Research Center, Fifth Affiliated Hospital of Zhengzhou University

* These authors contributed equally

In dit artikel

Samenvatting

Het protocol presenteert een niet-invasieve methode voor de snelle diagnose van Helicobacter pylori-maaginfecties door middel van de stringtest en bepaalt de antibioticaresistentie tegen claritromycine en levofloxacine met behulp van kwantitatieve polymerasekettingreactie (qPCR).

Samenvatting

Helicobacter pylori is een belangrijke menselijke ziekteverwekker die ongeveer de helft van de wereldbevolking infecteert en een ernstige bedreiging voor de gezondheid wordt vanwege de toenemende antibioticaresistentie. Het is de veroorzaker van chronische actieve gastritis, maagzweren en maagkanker en is geclassificeerd als een groep I carcinogeen door het Internationaal Agentschap voor Kankeronderzoek. Daarom zijn de snelle en nauwkeurige diagnose van H. pylori en de bepaling van de antibioticaresistentie belangrijk voor de efficiënte uitroeiing van deze bacteriële ziekteverwekker. Momenteel omvatten de diagnosemethoden van H. pylori voornamelijk de ureumademtest (UBT), de antigeentest, de serumantilichaamtest, gastroscopie, de snelle ureasetest (RUT) en bacteriecultuur. Onder hen zijn de eerste drie detectiemethoden niet-invasief, wat betekent dat het eenvoudige tests zijn om uit te voeren. Bacteriën kunnen echter niet via deze technieken worden opgehaald; Het testen van resistentie tegen geneesmiddelen kan dus niet worden uitgevoerd. De laatste drie zijn invasieve onderzoeken, maar ze zijn duur, vereisen hoge vaardigheden en hebben het potentieel om schade aan patiënten te veroorzaken. Daarom is een niet-invasieve, snelle en gelijktijdige methode voor H. pylori-detectie en medicijnresistentietests erg belangrijk voor het efficiënt uitroeien van H. pylori in de klinische praktijk. Dit protocol heeft tot doel een specifieke procedure te presenteren met de stringtest in combinatie met kwantitatieve polymerasekettingreactie (qPCR) voor de snelle detectie van H. pylori-infectie en antibioticaresistentie. In tegenstelling tot bacterieculturen zorgt deze methode voor een eenvoudige, snelle, niet-invasieve diagnose van de H. pylori-infectiestatus en medicijnresistentie. Specifiek gebruikten we qPCR om rea te detecteren voor H. pylori-infectie en mutaties in de 23S-rRNA- en gyrA-genen , die coderen voor resistentie tegen respectievelijk claritromycine en levofloxacine. In vergelijking met routinematig gebruikte kweektechnieken biedt dit protocol een niet-invasieve, goedkope en tijdbesparende techniek om H. pylori-infectie te detecteren en de antibioticaresistentie te bepalen met behulp van qPCR.

Inleiding

H. pylori is een spiraalvormige, zeer beweeglijke, gramnegatieve bacterie die voornamelijk in het pylorusgebied van de maagleeft 1. Het is een veel voorkomende ziekteverwekker die bijna 50% van de wereldbevolking infecteert2. De meeste mensen met H. pylori-infectie hebben geen klinische manifestaties en de meeste ontwikkelen verschillende ziekten na enkele jaren van infectie, waaronder chronische gastritis, maagzweren, maagzweren en maagkanker3. In verschillende studies op basis van verschillende populaties is de werkzaamheid van het elimineren van H. pylori voor het voorkomen van maagkanker en precancereuze laesies aangetoond 4,5. Daarom heeft het Internationaal Agentschap voor Kankeronderzoek van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) H. pylori-uitroeiing geadviseerd als een preventieve maatregel6.

Het gebruik van niet-invasieve methoden om H. pylori-infectie te identificeren is een belangrijk onderdeel van de behandeling voor de meeste personen met asymptomatische dyspepsie. De ureumademtest (UBT), H. pylori fecale antigeentest (SAT) en serologische testen zijn populaire niet-invasieve technieken. Onder deze is de UBT de minst indringende en meest nauwkeurige procedure die beschikbaar is. UBT gebruikt urease, overvloedig aanwezig in H. pylori, om isotopisch gelabeld ureum te hydrolyseren tot ammoniak en koolstofdioxide (13C of 14C). De immunochromatografische test (ICA)7 is daarentegen handig, eenvoudig en niet-invasief voor bemonstering. De nauwkeurigheid van de test wordt echter beïnvloed door verschillende factoren, zoals de kwaliteit van het ontlastingsmonster, de temperatuur en het interval tussen het verzamelen van monsters en het testen. Een andere test op basis van de immuunrespons is de serum H. pylori-antilichaamtest , die antilichamen in het serum van een patiënt detecteert. Deze test is echter niet geschikt voor analyse na de behandeling, omdat de antilichamen lang blijven nadat de bacteriën zijn opgeruimd8. Een ander groot nadeel is dat deze methoden alleen H. pylori-infectie diagnosticeren en geen medicijnresistentietests toestaan om op gevoeligheid gebaseerde behandeling te begeleiden.

Voor invasieve testmethoden moet maagbiopsieweefsel worden genomen door endoscopie en vervolgens worden onderworpen aan histologie, de urease-sneltest en bacteriecultuur. Deze testmethoden zijn ook zeer beperkt vanwege verschillende factoren. Momenteel zijn deze technieken beperkt tot oudere patiënten, patiënten met een hoog risico op precancereuze of kwaadaardige ziekte en patiënten die hebben gefaald in de eerstelijnstherapie voor gastro-oesofageale refluxziekte of H. pylori-infectie 9. Ten tweede, vanwege de unieke groeikenmerken van H. pylori, bereikt het slagingspercentage van bacteriecultuur slechts 50% 10. Moleculaire detectiemethoden bieden dus nieuwe hoop om de hoge eisen van invasieve detectiemethoden te overwinnen en op gevoeligheid gebaseerde behandeling te begeleiden. Onder moleculaire detectiemethoden is kwantitatieve PCR de afgelopen jaren enorm geëvolueerd. qPCR vereist, in tegenstelling tot traditionele PCR, geen gel-elektroforese en kwantificeert DNA / RNA in monsters nauwkeurig door primers en sondes toe te voegen in de gloeifase. qPCR-kits voor de detectie van H. pylori-infectie en medicijnresistentie zijn nu in de handel verkrijgbaar. Toch heeft elke methode zijn beperkingen; Daarom moeten de klinische diagnose en behandeling van een patiënt worden overwogen in combinatie met hun symptomen, tekenen, geschiedenis, andere laboratoriumtests en respons op de behandeling.

Momenteel is de primaire methode voor de behandeling van H.pylori-infecties het nemen van antibiotica, maar de laatste tijd wordt het steeds moeilijker om deze infecties te behandelen vanwege de toename van antibioticaresistentie. Vervolgens is wereldwijd een significante afname van de werkzaamheid van de behandeling met H. pylori waargenomen, waardoor de uitroeiing van H. pylori een belangrijk probleem voor de volksgezondheid isgeworden 11.

Claritromycine en levofloxacine zijn de twee breedspectrumantibiotica die worden gebruikt om infecties veroorzaakt door H.pylori te behandelen, maar verschillende studies hebben wijdverspreide resistentie tegen deze twee geneesmiddelen in H.pylori-isolaten gemeld. A2143G, A2142G en A2142C zijn drie van de talrijke puntmutaties in het 2,9 kb 23S rRNA-gen die resulteren in claritromycineresistentie door te voorkomen dat het macrolide bindt. Tegelijkertijd bevinden de mutatieloci van het levofloxacineresistentiegen zich voornamelijk in de zes mutatieplaatsen (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) van het gyrA-gen 12. De ontdekking van deze resistentiemechanismen op basis van genetische mutaties heeft geleid tot een geleidelijke verschuiving in de detectie van H. pylori door middel van culturele studies naar moleculair testen.

Over het algemeen is er een dringende klinische behoefte aan een niet-invasieve, effectieve en gelijktijdige diagnostische methode voor de detectie van H. pylori-infecties en medicijnresistentie. We hebben een gecombineerde stringtest en qPCR-methode aangenomen om de moeilijkheden van bemonstering te overwinnen en het doel van de gelijktijdige detectie van H. pylori-infectie en medicijnresistentie te bereiken met behulp van verschillende primer-sondes.

Protocol

De huidige studie werd uitgevoerd in overeenstemming met ethische overwegingen die zijn vastgesteld door de ethische commissie van het Guangdong Provincial People's Hospital, Southern Medical University, Guangzhou, China (goedkeuringsnummer: KY-Q-2022-384-02). Patiënten in de leeftijdscategorie van 18-60 jaar oud werden geïncludeerd in deze studie. Patiënten die antibiotica, antibacteriële Chinese geneesmiddelen, geneesmiddelen zoals protonpompremmers (PPI) of H 2-receptorantagonisten, enz., Binnen2 weken voorafgaand aan het testen gebruikten, werden niet in deze studie opgenomen. De patiënten die in de afgelopen 3 maanden een behandeling tegen H.pylori hadden gekregen, werden ook uitgesloten van deze studie. Degenen met ernstige hart-, lever-, nierproblemen, ernstige neuropathie of psychische aandoeningen mochten ook niet deelnemen aan deze studie. Er waren geen zwangere vrouwen en zogende moeders opgenomen in deze studie. Details van de benodigdheden (reagentia, chemicaliën, apparatuur en software) die in dit onderzoek worden gebruikt, worden gegeven in de Materiaaltabel.

1. Stringtest voor maagvloeistofbemonstering

  1. Vraag de patiënt om 's nachts te vasten voor de monsterverzameling.
  2. Open de volgende dag de stringtestkit, neem de capsule en houd de lus aan het einde van de string vast.
  3. Plak het touwtje op de wang van de patiënt en vraag hen om de capsule op hun tong te plaatsen in de buurt van de achterkant van de keel en het door te slikken met een slok water.
  4. Laat de capsule oplossen in de maag van de patiënt, waardoor de sliert in de capsule wordt blootgesteld om maagslijm te absorberen.
  5. Vraag een getrainde assistent om het touwtje voorzichtig uit te trekken 1 uur nadat de patiënt de capsule heeft ingeslikt.
  6. Snijd het onderste uiteinde van de in het maagvocht gedrenkte streng (40 cm) af, plaats het in de TSE-monsterconserveringsoplossing (Tris/zoutoplossing/EDTA) en stuur het vervolgens bij kamertemperatuur (RT) naar het klinisch laboratorium voor de daaropvolgende detectie van H. pylori en de bepaling van de antibioticaresistentieprofielen met behulp van qPCR.

2. DNA-extractie

  1. Plaats de monsterdragende opvangbuizen op een reageerbuisrek, correct gelabeld, en draai ze gedurende 10 s.
  2. Draai de 32-well plaat (nucleïnezuurextractie of zuiveringskit) meerdere keren ondersteboven om de magnetische kralen te resuspenderen. Na een korte vortex gedurende 10 s, verwijdert u voorzichtig de aluminiumfolieafdichting van de plaat.
  3. Breng 200 μL maagvloeistof van elk monster en H. pylori DNA als positieve controle over in de afzonderlijke putten.
  4. Plaats de 32-putplaat in de overeenkomstige monstersleuf van de nucleïnezuurextractormachine voor automatische DNA-extractie.
  5. Na DNA-extractie en bevestiging, start de antibioticaresistentie testen voor claritromycine en levofloxacine via qPCR op de positieve monsters.
  6. Plaats de overtollige maagvloeistof en geëxtraheerde DNA-monsters bij −20 °C voor langdurige opslag en toekomstig gebruik.
  7. Voer al deze stappen uit in een bioveiligheidskast om besmetting te voorkomen.

3. qPCR voor de detectie van H. pylori en resistentie tegen antibiotica (claritromycine en levofloxacine)

  1. Voer qPCR uit voor de detectie van H. pylori en de vermoedelijke antibioticaresistentiemutaties in zijn genoom.
    1. Ontdooi het qPCR-reactiemengsel (H. pylori-nucleïnezuurdetectiekit) op ijs en meng het door te vegen en te draaien om verlies van reagens te voorkomen.
    2. Meng voor elk monster op een plaat met 32 putten 20 μL PCR-reactiemengsel (genotyperingsreactiepremix [met het Taq-enzym, desoxyribonucleosidetrifosfaat, reactiebuffer en magnesiumchloride], met ureA-voorwaartse en omgekeerde primers en een ureA-sonde ) en 5 μL van het geëxtraheerde DNA.
    3. Voer de qPCR-plaat met 32 putten uit op de qPCR-machine. Programmeer de thermische cycler: het reactiemengsel wordt eerst sequentieel gereageerd bij 42 °C en 95 °C (beide gedurende één cyclus) gedurende elk 2 minuten; vervolgens 40 cycli bij 95 °C, denaturatie gedurende 10 s en gloeien en verlengen bij 58 °C gedurende 45 s.
    4. Stel de fluorescentiesignaalacquisitie in op FAM (H. pylori) en de gegevensverzameling op de versterkingsverlengingsperiode. Nadat de reactie is voltooid, slaat u de gegevens op voor toekomstige resultatenanalyse.
    5. Analyseer de gegevens met behulp van specifieke software voor qPCR, omdat het instrument automatisch basislijndrempels selecteert.
    6. Als het testresultaat voor H. pylori positief is, zal de machine automatisch beginnen met het testen van de resistentie van geneesmiddelen op het monster. Vervang de reagenskit door detectiereagentia voor 23S rRNA-gen en gyrA-genmutaties in de H. Pylori (qPCR)-kit.
      OPMERKING: De reagenskit (detectiereagentia voor 23S rRNA-gen en gyrA-genmutaties in Helicobacter pylori [qPCR]) bevat het PCR-reactiemengsel (genotyperingsreactiepremix [met het Taq-enzym, desoxyribonucleosidetrifosfaat, reactiebuffer, magnesiumchloride], primers en sondes). Alle negatieve kwaliteitscontroleproducten zijn steriel, gezuiverd water. Het positieve kwaliteitscontroleproduct in de H. pylori nucleïnezuurdetectiekit is geïnactiveerde H. pylori-standaardkralen (ATCC 43504). De sterke H. pylori-positieve en zwak positieve kwaliteitscontroleproducten in de kit (detectiereagentia voor het 23S-rRNA-gen en gyrA-genmutaties in H. pylori) zijn het DNA van de geïnactiveerde H. pylori-stam die het doelgen en het mutante gen bevat. Evenzo, op basis van de werkelijke situatie, zijn alle diagnostische normen, inclusief de aanwezigheid van H. pylori-infectie of medicijnresistentie, ingesteld op CT ≤ 35 en hebben ze een typische S-vormige curve. De concentratie van de zwakke kwaliteitscontrole is 1,0 x 103 kopieën / ml, terwijl de concentratie van de sterke kwaliteitscontrole 1,0 x 108 kopieën / ml is.

Resultaten

Detectie van H. pylori-infectie en antibioticaresistentie in maagvocht door qPCR
We voerden qPCR uit voor de detectie van H. pylori-infectie door het ureA-gen te amplificeren en bepaalden het antibioticaresistentieprofiel door zich te richten op puntmutaties in het 23S-rRNA-gen en gyrA-gen (tabel 1). De CT-waarden voor kwaliteitscontrole in alle drie de groepen van de qPCR-experimenten lagen binnen het aanbevolen bereik, wat aangeeft dat de monsters zich allemaal in een normale toestand bevonden op het moment van het experiment en dat de testresultaten betrouwbaar waren. In deze studie werden vijf monsters met verschillende testresultaten (S1-S5) geselecteerd om de betrouwbaarheid van het experimentele protocol te karakteriseren. S1 vertegenwoordigt een representatieve stam van H. pylori zonder infectie, terwijl de S2-S5-monsters die zijn geïnfecteerd met H. pylori met verschillende resistentieresultaten (figuur 1). We hebben het systeem ingesteld om geen verdere resistentietests uit te voeren met de monsters die niet zijn geïnfecteerd met H. pylori, dus het S1-monster ging niet mee naar de weerstandstest nadat de systeemtest een negatief resultaat voor H. pylori liet zien. In termen van de monsters die positief waren voor H. pylori-infectie, lagen de S2 CT-waarden allemaal binnen het detectiebereik, wat aangeeft dat het monster H. pylori-positief was en dubbele resistentie vertoonde tegen claritromycine en levofloxacine, en clinici werden aanbevolen om andere methoden voor behandeling naar eigen goeddunken te kiezen. De CT-waarden van S3 lagen binnen het detectiebereik voor H. pylori-infectie en de levofloxacineresistentietest, terwijl er geen CT-waarden werden gedetecteerd in de claritromycineresistentietest, wat aangeeft dat het S3-monster afkomstig was van een levofloxacine-resistente patiënt. Evenzo lag de CT-waarde van het S4-monster binnen het detectiebereik voor H. pylori-infectie en claritromycineresistentie, terwijl er geen CT-waarde werd gedetecteerd voor levofloxacineresistentie, wat aangeeft dat deze patiënt resistent was tegen claritromycine, en het werd aanbevolen dat ze levofloxacine namen voor behandeling. Ten slotte toonde de S5-monstertest CT-waarden binnen het detectiebereik alleen voor de detectie van H. pylori-infectie, wat aangeeft dat deze patiënt gevoelig was voor beide antibiotica en kon worden behandeld met een van de twee geneesmiddelen. In vergelijking met de bacteriële kweekmethode, die ook H. pylori-infectie en medicijnresistentie detecteert, is deze methode veilig en effectief in het detecteren van H. pylori-infectie en medicijnresistentie zonder schade aan de patiënt te veroorzaken en kan deze worden gebruikt om de arts te begeleiden bij het formuleren van een geschikt behandelplan.

figure-results-1
Figuur 1: Detectie van H. pylori en zijn antibioticaresistentie in maagvocht door qPCR.
(A) Kwantitatieve PCR-amplificatie van H. pylori-infectie , (B) detectie van claritromycineresistentie en (C) detectie van levofloxacineresistentie. "S" staat voor sample. "S1" is een monster dat negatief terugkwam voor H. pylori-infectie en werd ook getest op antibioticaresistentie; "S2" is een met H. pylori geïnfecteerd monster met resistentie tegen zowel claritromycine als levofloxacine; "S3" is ook een H. pylori-positief monster, maar is claritromycine-gevoelig en levofloxacine-resistent; "S4" is ook een H. pylori-positief monster, maar is claritromycine-resistent en levofloxacine-gevoelig; "S5" is een H. pylori-positief monster, maar is gevoelig voor zowel claritromycine als levofloxacine. De concentratie van de zwakke kwaliteitscontrole is 1,0 x 103 kopieën / ml, terwijl de concentratie van de sterke kwaliteitscontrole 1,0 x 108 kopieën / ml is. Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

MonsterH. PyloriClaritromycineLevofloxacine
+/-CT+/-CT+/-CT
S1-U-U-U
S2+22.61+22.77+23
S3+28.32-U+30.18
S4+28.76+27.67-U
S5+31.59-U-U

Tabel 1: Tabel met de qPCR-resultaten van de detectie van H. pylori-infectie en resistentie tegen claritromycine en levofloxacine. Deze tabel presenteert de kwalitatieve resultaten voor H. pylori-infectie , de detectie van 23S-rRNA-genmutaties die aantonen dat het isolaat resistent is tegen claritromycine en de detectie van gyrA-genmutaties die aantonen dat het isolaat resistent is tegen levofloxacine. +/−, kwalitatief resultaat; +, positief resultaat; −, negatief resultaat.

Discussie

H. pylori-detectie kan worden uitgevoerd met behulp van zowel invasieve als niet-invasieve methoden13. Veelgebruikte invasieve technieken zoals histopathologie, de snelle ureasetest, polymerasekettingreactie (PCR) en bacteriële kweek vereisen endoscopie en biopsie. Serologische tests, ureumademtests en enzymgebonden immunosorbenttests (ELISA) worden aanbevolen onder de niet-invasieve procedures14. Hoewel niet-invasieve methoden gemakkelijk uit te voeren, economisch en comfortabeler zijn voor patiënten, vereisen de isolatie en kweek van H. pylori om aanvullende testen uit te voeren, zoals stamidentificatie en antibioticagevoeligheidstests, invasieve tests. Met de huidige toename van antibioticaresistentie worden eerder gebruikte antibiotica ineffectief en slagen ze er dus niet in om infecties te behandelen die worden veroorzaakt door medicijnresistente H. pylori-isolaten. In dit geval kan het ophalen van H. pylori om antibioticagevoeligheidstests uit te voeren nodig zijn om de antibiotica te selecteren die hoogstwaarschijnlijk met succes de resistente bacteriën zullen elimineren.

Routinematig uitgevoerde op cultuur gebaseerde gevoeligheidstests zoals de agarverdunningsmethode en epsilometertest (E-test) hebben verschillende beperkingen: ze zijn tijdrovend, omdat H. pylori een langzaam groeiende bacterie is, duur, op vaardigheden gebaseerd en invasieve technieken vereist. Afwisselend verschillende moleculaire technieken, zoals fluorescentie in situ hybridisatie (FISH) technieken en qPCR, kunnen worden gebruikt om verschillende mutaties te identificeren, zoals in het 23S rRNA-gen, dat codeert voor resistentie tegen claritromycine15,16. Driepuntsmutatieplaatsen (A2142G, A2143G, A2142C) van het 23S rRNA-resistentiegen van H. pylori en zespuntsmutatieplaatsen (A260T, C261A, T261G, G271A, G271T, A272G) van het gyrA-resistentiegen van chinolonantibiotica werden geselecteerd voor het ontwerpen van primers en sondes om resistentie tegen respectievelijk claritromycine en levofloxacine te bepalen.

De stringtest, die afkomstig is van de ENTEO-TEST, maakt gebruik van een capsule bevestigd aan een zeer absorberende nylon string, die wordt ingeslikt om maagsecreties te verzamelen17. Momenteel zijn stringtests gebruikt om tuberculose18 te diagnosticeren, om zeer virulente Klebsiella pneumoniae (hvKp) te onderscheiden van traditionele Klebsiella pneumoniae19, om Gram-positieve en Gram-negatieve bacteriën en gist te identificeren en om H. pylori te diagnosticeren uit maagvloeistof20. In deze studie combineerden we de stringtest, een minimaal invasieve techniek, met qPCR voor de identificatie van H. pylori-infecties in een klinische opstelling en voerden we gevoeligheidstests uit door ons te richten op eerder gemelde resistentie-coderende mutaties in het H. pylori-genoom. We kozen voor het ureA-gen omdat het een huishoudingsgen is dat uniek is voor H. pylori zonder potentieel risico op kruisreactie met andere organismen. Alle H. pylori-isolaten moeten het ureA-gen hebben om in de menselijke maag te overleven, en knock-outexperimenten hebben aangetoond dat H. pylori zonder het ureA-gen niet het vermogen heeft om in de maag te koloniseren.

Voor qPCR zijn kwaliteitscontrolenormen uiterst belangrijk. In de qPCR-detectie van H. pylori zijn de vereisten van de kwaliteitscontrolenormen als volgt: een negatief kwaliteitscontroleproduct (geen toename van het fluorescentiesignaal in de FAM-detectieroute, geen typische S-type versterkingscurve, CT-waarde > 35,00 of geen duidelijk signaal); een positief kwaliteitscontroleproduct (fluorescentiesignaalgroeicurve van de FAM-detectieroute met een S-vormige curve, CT-waarde ≤ 35,00) en aan de bovenstaande eisen moet tegelijkertijd worden voldaan; anders wordt de test als ongeldig beschouwd en moet deze opnieuw worden uitgevoerd. Bovendien zijn voor de qPCR-detectie van H. pylori-resistentie tegen antibiotica (claritromycine en levofloxacine), met uitzondering van de CT-waarde die onderscheid maakt tussen positieve en negatieve resultaten, die verandert in 30,00 voor resistentiedetectie, de andere vereisten dezelfde als hierboven. Met name de sequentie-informatie over de primers en probes is niet beschikbaar in dit artikel omdat het commerciële eigendomsrechten betreft.

Om efficiëntere antibiotica voor elke patiënt te selecteren, is het van cruciaal belang om de lokale prevalentie van H. pylori en zijn antibioticaresistentieprofiel te onderzoeken vanwege de toegenomen antimicrobiële resistentie wereldwijd en bovendien vanwege de variatie in resistentiepatronen tussen verschillende geografische gebieden. De belangrijkste beperking van onze studie is dat de steekproefomvang erg klein was en geen betrekking had op verschillende geografische regio's in China om de prevalentie van H. pylori-infectie en het volledige antibioticaresistentieprofiel aan te tonen, maar de stringtesttechniek is goed ontwikkeld en door deze te combineren met qPCR, bereikten we een gelijktijdige diagnose van H. pylori detectie van infecties en resistentie tegen geneesmiddelen. Deze resultaten suggereren dat deze aanpak op grotere schaal kan worden gebruikt in verschillende regio's van de wereld.

Dankbetuigingen

Dit werk werd ondersteund door het Sanming Project of Medicine in Shenzhen (Grant No. SZSM201510050) en de Guangdong Basic and Applied Basic Research Foundation (Grant No. 2022A1515220023). Research Foundation for Advanced Talents van Guandong Provincial People's Hospital (Nr. KJ012021097) en de National Natural Science Foundation of China (81871734, 82072380, 82272423). De financiers hadden geen rol in het studieontwerp, de gegevensverzameling en -analyse, de beslissing om te publiceren of de voorbereiding van het manuscript.

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel
NaamBedrijfCatalogusnummerOpmerkingen
23S rRNA en gyrA-genpuntmutaties detectiekit (PCR-fluorescentieproberen)Hongmed InfagenDetectie van Helicobacter pylori-resistentie tegen claritromycine en levofloxacine
ABI 7500-fluorescentie kwantitatieve PCR-machineThermo Fisher ScientificSEDA 20163220767Fluorescentie kwantitatieve PCR-amplificatie
ABI 7500 softwareThermo Fisher ScientificGegevensanalyse
BSC-1500IIA2-XBIOBASESEDA 20143222263Bioveiligheidskabinet
DNA-extractiekitDaan Gene 
E-CentrifugeWEALTECCentrifugeer het restvocht van de buiswand.
H. Pylori DNA-detectiekit (PCR-fluorescentieproberen) Hongmed InfagenTesten op H. pylori-infectie
Stream SP96 geautomatiseerde nucleïnezuur extractorDaan GeneSEDA 20140104Voor DNA-extractie 
String testkitHongmed InfagenHet bevat een capsule die aan een touw is bevestigd, een schaar, wattenstaafje en een monsterbewaarbuis 
Ultra-lage temperatuurvriezer (DW-YL450) MELINGSEDA 20172220091-20 °C voor het opslaan van reagentia 
Vortex-5Kylin-bellVoor het mengen van reagentia 

Referenties

  1. Proença-Modena, J. L., Acrani, G. O., Brocchi, M. Helicobacter pylori: Phenotypes, genotypes and virulence genes. Future Microbiology. 4 (2), 223-240 (2009).
  2. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Association between alcohol consumption, cigarette smoking, and Helicobacter pylori infection in Iraqi patients submitted to gastrointestinal endoscopy. Journal of Emergency Medicine, Trauma and Acute Care. 2022 (6), 12(2022).
  3. Reshetnyak, V. I., Burmistrov, A. I., Maev, I. V. Helicobacter pylori: Commensal, symbiont or pathogen. World Journal of Gastroenterology. 27 (7), 545-560 (2021).
  4. Thrift, A. P., Wenker, T. N., El-Serag, H. B. Global burden of gastric cancer: Epidemiological trends, risk factors, screening and prevention. Nature Reviews Clinical Oncology. 20 (5), 338-349 (2023).
  5. Liou, J. M., et al. Screening and eradication of Helicobacter pylori for gastric cancer prevention: The Taipei global consensus. Gut. 69 (12), 2093-2112 (2020).
  6. IARC Helicobacter pylori Working Group. Helicobacter Pylori Eradication as A Strategy for Preventing Gastric Cancer. , International Agency for Research on Cancer. Lyon, France. (2014).
  7. Vaira, D., et al. The stool antigen test for detection of Helicobacter pylori after eradication therapy. Annals of Internal Medicine. 136 (4), 280-287 (2002).
  8. Laheij, R. J. F., Straatman, H., Jansen, J. B. M. J., Verbeek, A. L. M. Evaluation of commercially available Helicobacter pylori serology kits: A review. Journal of Clinical Microbiology. 36 (10), 2803-2809 (1998).
  9. Malfertheiner, P., et al. Management of Helicobacter pylori infection - The Maastricht IV/ Florence consensus report. Gut. 61 (5), 646-664 (2012).
  10. Peng, X., et al. Gastric juice-based real-time PCR for tailored Helicobacter Pylori treatment: A practical approach. International Journal of Medical Sciences. 14 (6), 595-601 (2017).
  11. Thung, I., et al. Review article: The global emergence of Helicobacter pylori antibiotic resistance. Alimentary Pharmacology and Therapeutics. 43 (4), 514-533 (2016).
  12. Zhang, Y., et al. Mutations in the antibiotic target genes related to clarithromycin, metronidazole and levofloxacin resistance in Helicobacter pylori strains from children in China. Infection and Drug Resistance. 13, 311-322 (2020).
  13. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of Helicobacter pylori infection by invasive and noninvasive techniques in patients with gastrointestinal diseases from Iraq: A validation study. PLoS One. 16 (8), e0256393(2021).
  14. Chen, Q., et al. Advanced sensing strategies based on different types of biomarkers toward early diagnosis of H. pylori. Critical Reviews in Analytical Chemistry. , (2023).
  15. Hussein, R. A., Al-Ouqaili, M. T. S., Majeed, Y. H. Detection of clarithromycin resistance and 23SrRNA point mutations in clinical isolates of Helicobacter pylori isolates: Phenotypic and molecular methods. Saudi Journal of Biological Sciences. 29 (1), 513-520 (2022).
  16. Xuan, S. H., Wu, L. P., Zhou, Y. G., Xiao, M. B. Detection of clarithromycin-resistant Helicobacter pylori in clinical specimens by molecular methods: A review. Journal of Global Antimicrobial Resistance. 4, 35-41 (2016).
  17. Perez-Trallero, E., Montes, M., Alcorta, M., Zubillaga, P., Telleria, E. Non-endoscopic method to obtain Helicobacter pylori for culture. Lancet. 345 (8950), 622-623 (1995).
  18. DiNardo, A. R., et al. Use of string test and stool specimens to diagnose pulmonary tuberculosis. International Journal of Infectious Diseases. 41, 50-52 (2015).
  19. Li, G., et al. Identification of hypervirulent Klebsiella pneumoniae isolates using the string test in combination with Galleria mellonella infectivity. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 39 (9), 1673-1679 (2020).
  20. Agbonlahor, D. E., Odugbemi, T. O., Udofia, P. O. Differentiation of gram-positive and gram-negative bacteria and yeasts using a modification of the "string" test. The American Journal of Medical Technology. 49 (3), 177-178 (1983).

Herprints en machtigingen

Toestemming aanvragen om de tekst of afbeeldingen van dit JoVE-artikel te hergebruiken

Toestemming aanvragen

Trefwoorden

qPCR diagnoseString testmaagkankerniet invasieve detectieDNA extractieclaritromycineresistentielevofloxacineresistentie23S rRNA mutatie

Gerelateerde artikelen