Generatie van rd29A: DREB1A-expressievector (Figuur 1)
Het DREB1A open leesraam over de volledige lengte (ORF, 651 bp) werd geamplificeerd uit Arabidopsis thaliana L. cDNA met behulp van genspecifieke primers met BamHI- en EcoRI-restrictieplaatsen: voorwaarts 5/-GGCGGATCCATGAACTCATTTTCTGCT-3/ en omgekeerd 5/-GGCGAATTCTTAATAACTCCATAACGA-3/. Op dezelfde manier werd de rd29A-promotor (499 bp) geamplificeerd uit Arabidopsis genomisch DNA met behulp van primers die KpnI- en BamHI-plaatsen bevatten: voorwaartse 5/-GCGGGTACCCCTATTAGAACGATTAAGGAG-3/ en omgekeerde 5/-GGCGGATCCGGTGGTTCCTCTGTTTGATCC-3/. PCR-reacties werden uitgevoerd in een volume van 25 μl met 2,5 μl 10x PCR-buffer, 1,5 mM MgCl2, 0,2 mM van elke dNTP, 0,4 μM van elke primer, 1 U Taq DNA-polymerase en 1 μl DNA-sjabloon (ongeveer 100 ng voor genomisch DNA of 50 ng voor cDNA), met nucleasevrij water toegevoegd aan het uiteindelijke volume. De amplificatiecondities voor zowel DREB1A - als rd29A-promotorfragmenten waren als volgt: initiële denaturatie bij 95 °C gedurende 3 minuten; 35 cycli van denaturatie bij 95 °C gedurende 30 s, gloeien bij 58 °C gedurende 30 s en verlenging bij 72 °C gedurende 1 min; gevolgd door een laatste verlenging bij 72 °C gedurende 7 minuten. Versterkte producten werden opgelost op een 0,7% agarosegel en gelgezuiverd met behulp van een gelextractiekit volgens het protocol van de fabrikant.
De geamplificeerde DREB1A- en rd29A-promotor-PCR-producten werden gekloond in de kloonvector, pTZ57R/T, met behulp van TA-klonen, en de producten werden ter bevestiging onderworpen aan Sanger-sequencing. De DREB1A-sequentie (toetredingsnr. AM992886) werd ingediend bij GenBank (rd29A-promotor werd ingevoegd in de KpnI- en BamHI-sites, en de DREB1A-coderingssequentie werd stroomafwaarts ingevoegd in de BamHI- en EcoRI-sites, waardoor de oorspronkelijke 2x35S-promotor werd vervangen en DREB1A onder de controle van rd29A werd geplaatst. De uiteindelijke cassette (rd29A::DREB1A::CamV) werd weggesneden met behulp van KpnIen EcoRV en gekloond in het T-DNA-gebied van de binaire vector pGA482 om het construct te genereren dat wordt gebruikt voor planttransformatie (Figuur 1). Na de eerste Sanger-sequencing om de gekloonde producten te valideren, werd er geen verdere sequencing-verificatie uitgevoerd.
Analyse van gensequentie
Met behulp van de bio-informaticatool waarnaar wordt verwezen, werd een fylogenetische analyse van de eiwitsequenties van AtDREB1A en DREB1 van 13 verschillende tweezaadlobbige en eenzaadlobbige soorten uitgevoerd en vergeleken via de neighbor-joining-methode. De aminozuursequenties werden verkregen uit Phytozome (http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html) en GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Er werd een analyse van de meervoudige sequentie-uitlijning uitgevoerd met behulp van het online programma Clustal Omega. Zodra de essentiële sequenties zijn verkregen uit Phytozome en GenBank, is het niet meer nodig om de sequentie op te halen.
Bereiding van explantaten en callus inductiepistool20,34
De suikerrietcultivar werd geteeld in het experimentele veld bij NIBGE, Faisalabad. Na 6 maanden werd het bovenste gedeelte van de gezonde stok weggesneden om het apicale gebied terug te halen, dat werd bijgesneden tot aan de eindknop. Onder steriele omstandigheden werden de bladrollen gepeld in cilindrische segmenten van ~5 mm en het oppervlak gesteriliseerd met 70% ethanol. Uit het gebied direct boven het apicale meristeem werden ongeveer 10-15 apicale schijven (~3 mm groot) per stok gemaakt. De schijven werden gekweekt op het Callus Induction Medium (CIM) zoals eerder beschreven 1,20,34. Na 4-6 weken werden de resulterende embryogene Calli subgekweekt op verse CIM voor verdere proliferatie. OPMERKING: Het gebruik van 70% ethanol voor oppervlaktedesinfectie werd voldoende bevonden en er waren geen extra sterilisatiestappen nodig.
Genetische transformatie van rd29A: DREB1A in suikerriet door Gene Gun20,34
De geprolifereerde embryogene callus was gerangschikt in het midden van de petriplaat die CIM bevatte. Na 3 dagen werden de calli gebombardeerd met een met goud beklede, plant-expressibele binaire vector, pGA482, die rd29A: DREB1A bevatte, met behulp van een PDS-1000/He Biolistic-pistool zoals beschreven in detail34. Na het bombardement werden kleine porties calli gedurende 3 dagen op CIM gekweekt en bij 26 ± 2 °C in het donker geplaatst. Vervolgens werden de calli gekweekt op callusselectiemedium (CSM) met 60 mg/L geneticine, elke 10 dagen subgekweekt op CSM en in het donker geplaatst bij 26 ± 2 °C.
Na 30 dagen werden gezonde calli gekweekt op een regeneratieselectiemedium (RSM) met 60 mg/L antibioticum om scheuten te krijgen. De platen werden gedurende 4 weken in een kweekruimte geplaatst bij een gecontroleerde temperatuur (26 ± 2 °C), 16 uur/8 uur licht/donker fotoperiode, 500 μmol m-2 s-1 lichtintensiteit en gecontroleerde vochtigheid35. De geregenereerde gezondheidsscheuten werden gekweekt op bewortelingsselectiemedium (RtSM) met 60 mg/L antibioticum in glazen potten en onder de bovengenoemde omstandigheden in de groeikamer geplaatst. Na 4-6 weken werden vermeende transformatoren overgebracht in kleine plastic potten met gesteriliseerde zandgrond en onder de bovengenoemde omstandigheden in de groeikamer geplaatst. Er is geen subkweek meer nodig op callus selectiemedium (CSM) na 10 dagen.
Moleculaire bevestiging van transgene suikerrietplanten
Zoals eerder beschreven, werd genomisch DNA geïsoleerd uit de jonge bladeren van vermeende transgene suikerrietplantjes met behulp van de CTAB-extractiemethode36. De DNA-kwaliteit en -concentratie werden beoordeeld met behulp van een NanoDrop-spectrofotometer en agarosegelelektroforese. PCR-amplificatie van het selecteerbare markergen nptII (750 bp) en transgen DREB1A (651 bp) werd uitgevoerd met behulp van genspecifieke primers vermeld in tabel 1. Elke PCR-reactie van 25 μL bevatte 1x PCR-buffer, 2,5 mM MgCl₂, 0,2 mM dNTP's elk, 0,4 μM van elke primer, 1 U Taq DNA-polymerase, ~100 ng genomisch DNA en gedeïoniseerd water tot volume. De reacties werden uitgevoerd in een thermocycler onder de volgende omstandigheden: eerste denaturatie bij 95 °C gedurende 3 minuten; 35 cycli van 94 °C gedurende 30 s, 58 °C gedurende 30 s, 72 °C gedurende 45 s; gevolgd door een laatste verlenging bij 72 °C gedurende 5 minuten. PCR-producten werden opgelost op een 1% agarosegel en gevisualiseerd onder UV-licht om de amplificatie te bevestigen. PCR-positieve (T0) transgene plantjes werden vervolgens overgebracht naar grote aarden potten en gehard in een gecontroleerde kasomgeving tot volwassenheid. Na rijping werden rietsegmenten van vijf willekeurig geselecteerde PCR-bevestigde T₁-gebeurtenissen geplant en gedurende 12 maanden in microplots gepropageerd om voldoende klonale sets te genereren voor het droogtestressexperiment. OPMERKING: Zodra de genen nptII en DREB1A zijn bevestigd, werden er geen aanvullende PCR-amplificaties uitgevoerd.
DREB1A expressie studie
De relatieve expressie van DREB1A in gestreste bladeren van transgene en niet-transgene suikerrietplanten werd gekwantificeerd met behulp van real-time PCR (qPCR). Totaal RNA werd geïsoleerd uit ~100 mg bladweefsel met behulp van het extractiereagens volgens het protocol van de fabrikant. De RNA-kwaliteit werd geverifieerd door middel van agarosegelelektroforese en gekwantificeerd met behulp van een spectrofotometer. Voor elk monster werd 2 μg RNA omgekeerd getranscribeerd met behulp van de cDNA-synthesekit volgens de instructies van de leverancier, met oligo(dT)-primers.
Het resulterende cDNA werd gebruikt als een sjabloon om een 188 bp DREB1A te amplificeren met behulp van genspecifieke primers: voorwaarts 5'-ACAGAGGAGTTCGTCGGAGA-3' en omgekeerd 5'-GAGTCTCCAAGCCGAGTCAG-3'. Elke qPCR-reactie van 25 μl bevatte 12,5 μl 2x SYBR Green qPCR Master Mix, 0,4 μM van elke primer, 2 μl verdund cDNA (~100 ng template) en nucleasevrij water om het volume op 25 μl te brengen. De reacties werden in drievoud uitgevoerd op een thermische cycler met behulp van het volgende programma: initiële denaturatie bij 95 °C gedurende 5 minuten, gevolgd door 40 cycli van 95 °C gedurende 30 s, 56 °C gedurende 30 s en 72 °C gedurende 30 s, met een uiteindelijke verlenging bij 72 °C gedurende 10 min.
Om de efficiëntie en lineariteit van de qPCR-reacties te bevestigen, werd aanvankelijk een standaardcurve gegenereerd met behulp van 10-voudige seriële verdunningen van plasmide-DNA dat het gekloonde DREB1A-fragment bevat. Voor expressieanalyse werd echter relatieve kwantificering uitgevoerd met behulp van de 2−ΔΔCt-methode 37. Het actine-gen diende als endogene referentie en het expressieniveau van DREB1A in elke transgene lijn werd genormaliseerd naar dat van de wildtype-controle. AlleCt-waarden werden verzameld met behulp van automatische basislijn- en drempelinstellingen die worden aanbevolen door de instrumentsoftware. Alleen smeltcurves met enkele, scherpe pieken werden geaccepteerd, wat de specificiteit bevestigt. Hoogwaardig, niet-gedegradeerd RNA was essentieel voor nauwkeurige kwantificering. Onzuivere of gedegradeerde RNA-monsters werden uitgesloten om te voorkomen dat de betrouwbaarheid van cDNA-synthese en downstream genexpressie-analyse in gevaar komt.
Studie van DREB1A-gemedieerde veranderingen in suikerriet: waterstressexperiment20,34
Na 1 jaar werden drie replicaten van vijf rietsegmenten (twee knopen/segment) van transgene en niet-transgene (wildtype) planten gezaaid op 5 cm diepte in aarden potten met 18 kg aarde (ECe 1.34; SAR 2.72; pH 7,8). Er werden drie waterstressregimes toegepast: 100, 80 en 60% FC (tabel 2). De fotosynthetische activiteit van suikerriet (PN, E en gs) en de waterrelaties van planten (Ψw, Ψs en RWC) werden na 12 maanden bestudeerd. Verander de vastgestelde waterregimes niet, omdat dit de consistentie van de behandelingen zal beïnvloeden.
Bepaling van de fotosynthetische activiteit
Na 180 dagen waterstress werden de gasuitwisselingsparameters - fotosynthesesnelheid (PN), transpiratiesnelheid (E) en stomatale geleiding (GS) - gemeten in zowel transgene als wildtype suikerrietplanten met behulp van een draagbaar handheld fotosynthesesysteem. Tussen 09:00 en 11:00 uur werden metingen gedaan met behulp van het derde volledig uitgevouwen blad vanaf de top van elke plant. De geselecteerde vleugel werd voorzichtig in de ingebouwde transparante vleugelkamer (3 cm2 klemgebied) gestoken, waardoor volledig contact zonder kreukels of obstructie werd gegarandeerd. De omgevingsomstandigheden werden in real-time door het systeem geregistreerd, terwijl de lichtintensiteit onder natuurlijk zonlicht op ongeveer 1.000 μmol m-2 s-1 werd gehouden. Het apparaat mocht 30-60 s in evenwicht blijven totdat steady-state metingen werden verkregen voor CO2 -assimilatie en waterdampuitwisseling. De interne sensoren van het instrument registreerden automatisch de bladtemperatuur, relatieve vochtigheid en CO2 -concentratie in de omgeving. Voor elk genotype en elke behandeling werden metingen gerepliceerd op ten minste drie biologisch onafhankelijke planten, en gegevens werden intern opgeslagen en later geëxporteerd voor analyse. Er werd zorg besteed aan het handhaven van consistente omgevingsomstandigheden in alle replica's om de betrouwbaarheid van de gegevens te waarborgen.
Bepaling van de bladwaterpotentiaal en de osmotische potentiaal
De waterpotentiaal (Ψw) van het derde volledig uitgevouwen blad vanaf de top van de planten werd bepaald met behulp van de drukkamer van het type Scholander. De bladeren werden vervolgens ingevroren bij -20 °C in buisjes van 1,5 ml, en het celsap dat uit de bevroren bladeren werd verkregen, werd gebruikt om het osmotisch potentieel (Ψs) te analyseren met behulp van de osmometer.
Bepaling van het relatieve watergehalte van de bladeren
Het watergehalte van de bladeren van de transgene en wildtype planten werd in detail onderzocht. Het verse gewicht van de bladeren werd gemeten en de bladeren werden een nacht ondergedompeld in gedestilleerd water. Vervolgens werd het gezwollen gewicht van de bladeren geregistreerd, terwijl het drooggewicht werd bepaald door de bladeren gedurende 72 uur bij 70 °C te incuberen. Leaf RWC werd berekend met behulp van de volgende formule:

OPMERKING: Om het osmotisch potentieel nauwkeurig te analyseren met behulp van een osmometer, moeten bladeren worden ingevroren bij -20 °C zodra het waterpotentiaal is bepaald.
Rendementskenmerken
Opbrengstkenmerken van suikerriet werden gemeten in de oogstfase, zoals de hoogte van het riet (cm), de diameter, het aantal freesbare stokken, de brix (%) en de biomassa van scheuten en wortels.
Statistische analyses
Veldexperimenten (bestuurd met behulp van een hek) werden uitgevoerd met behulp van een Randomized Complete Block Design-lay-out met drie replicaten per behandeling (vijf planten per replicaat; n = 15). Er werd een tweerichtingsanalyse van variantie uitgevoerd om de veranderingen in verschillende agronomische en fysiologische eigenschappen te analyseren op een significantieniveau van P ≤ 0,05.