Celcultuur en transfectie
Humaan schildkliercarcinoom (TC) cellijnen TPC-1 en K1 werden gekweekt in Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) met 4,5 g/L glucose, aangevuld met 10% foetaal runderserum en 100 μg/ml penicilline-streptomycine. De cellen werden in een bevochtigde incubator op 37 °C gehouden met 5% CO2 . Voor de behandeling van hypoxie werden 1 x 105 cellen overgebracht naar een afgesloten hypoxische kamer die gedurende 24 uur in evenwicht was met 1% O2, 5% CO2 en 94% N2 bij 37 °C, tenzij anders aangegeven. Stabiele overexpressie van lncPVT1 (lncPVT1 OE) en de bijbehorende negatieve controle (NC) werden gegenereerd in TPC-1- en K1-cellen met behulp van een lentiviraal expressiesysteem, volgens de instructies van de fabrikant.
Evaluatie van glucosespiegels
Om de glucoseconsumptie te beoordelen, werden schildkliercarcinoomcellijnen gekweekt onder normoxische omstandigheden (21% O2) en hypoxische omstandigheden (1% O2) gedurende 24 uur. Glucoseconcentraties in het kweekmedium werden gemeten met behulp van een glucosetestkit volgens het protocol van de fabrikant. In het kort werd 2 μL geconditioneerd medium gemengd met vers bereid glucosereagens en gedurende 10 minuten bij 37 °C geïncubeerd. De extinctie werd gemeten bij 530 nm met behulp van een microplaatlezer om de glucosespiegels te kwantificeren.
Evaluatie van lactaatspiegels
Schildkliercarcinoomcellijnen TPC-1 en K1 (2 x 104 cellen/putje) werden gekweekt onder normoxische omstandigheden (21% O2, 5% CO2, 37 °C) en hypoxische omstandigheden (1% O2, 5% CO2, 37 °C) gedurende 24 uur. Na de incubatie werden de kweekplaten gedurende 5 minuten bij kamertemperatuur bij 300 x g gecentrifugeerd tot pelletcellen en puin. Vervolgens werd 2 μL van het geklaarde supernatans uit elke put verzameld en gemengd met 200 μL lactaattestatiereagens in een plaat met 96 putjes. Het reactiemengsel werd gedurende 10 minuten bij 37 °C geïncubeerd, waarna een stopoplossing werd toegevoegd om de reactie te beëindigen. De extinctie werd gemeten bij 530 nm met behulp van een microplaatlezer. Lactaatconcentraties werden bepaald door de extinctiewaarden te vergelijken met een standaardcurve die werd gegenereerd op basis van bekende lactaatstandaarden (meestal variërend van 0 tot 20 nmol). Alle metingen werden in drievoud uitgevoerd.
Test op celproliferatie
Schildkliercarcinoomcellen werden gezaaid in platen met 96 putjes met een dichtheid van 3 x 103 cellen per putje in 100 μL kweekmedium. De cellen werden vervolgens geïncubeerd onder normoxische (21% O2, 5% CO2, 37 °C) of hypoxische (1% O2, 5% CO2, 37 °C) omstandigheden gedurende 0 uur, 24 uur of 48 uur. Op elk tijdstip werd 10 μL celproliferatiereagens toegevoegd aan elk putje van een plaat met 96 putjes. De plaat werd vervolgens gedurende 40 minuten bij 37 °C geïncubeerd. Na incubatie werd de optische dichtheid bij 450 nm (OD450) gemeten met behulp van een microplaatlezer om de celproliferatie te kwantificeren. Alle metingen werden uitgevoerd in ten minste drie technische replicaten.
qRT-PCR-analyse
Totaal RNA werd geëxtraheerd uit 1 x 106 schildkliercarcinoomcellen onder normoxische omstandigheden (21% O2, 5% CO2, 37 °C) en hypoxische omstandigheden (1% O2, 5% CO2, 37 °C) met behulp van een guanidiniumthiocyanaat-fenol-chloroform extractiereagens volgens het protocol van de fabrikant. De zuiverheid en concentratie van RNA werden spectrofotometrisch beoordeeld door extinctieverhoudingen te meten bij 260/280 nm. Voor complementaire DNA-synthese (cDNA) werd 500 ng totaal RNA omgekeerd getranscribeerd in een reactievolume van 20 μl dat reverse transcriptase, willekeurige hexamerprimers, dNTP's, RNaseremmers en reactiebuffer bevatte. De reverse transcriptie werd uitgevoerd bij 25 °C gedurende 10 minuten, gevolgd door 42 °C gedurende 50 minuten en beëindigd met verhitting bij 70 °C gedurende 15 minuten.
Kwantitatieve PCR werd uitgevoerd met behulp van een op SYBR Green gebaseerd detectiesysteem in een totaal reactievolume van 20 μL met cDNA-sjabloon (1:5 tot 1:20 verdunning van de oorspronkelijke cDNA-synthese), SYBR Green PCR-mastermix, voorwaartse en achterwaartse primers (elk bij 0,2 μM) en nucleasevrij water. PCR-amplificatie werd uitgevoerd op een thermocycler met de volgende cyclusomstandigheden: initiële denaturatie bij 95 °C gedurende 3 minuten; 40 cycli denaturatie bij 95 °C gedurende 15 s, gloeien bij 60 °C gedurende 30 s en rek bij 72 °C gedurende 30 s; gevolgd door een analyse van de smeltcurve om de specificiteit van de versterking te verifiëren.
Primersequenties voor GLUT1, HK1, HK2, PGK1 en GAPDH (Tabel 1) werden ontworpen op basis van gepubliceerde sequenties18 en commercieel gesynthetiseerd. Expressieniveaus van doelgenen werden genormaliseerd naar GAPDH en berekend met behulp van de 2-ΔΔCt-methode 19.
Westerse vlek
Na de behandeling werden schildkliercarcinoomcellen 2x gewassen met koude fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS) en gelyseerd met behulp van radioimmunoprecipitatietest (RIPA)-buffer aangevuld met een proteaseremmercocktail. Cellysaten werden gedurende 30 minuten op ijs geïncubeerd met intermitterende menging en vervolgens gedurende 15 minuten gecentrifugeerd bij 12.000 x g bij 4 °C om onoplosbaar puin te verwijderen. De eiwitconcentratie van het bovenstaande werd bepaald met behulp van een bicinchoninezuur (BCA)-test volgens de instructies van de fabrikant. Gelijke hoeveelheden eiwit (30 μg per monster) werden gemengd met 5x laadbuffer, gekookt op 95 °C gedurende 5 minuten en geladen op 10% SDS-polyacrylamidegels voor elektroforetische scheiding. Eiwitten werden gescheiden door elektroforese bij 120 V gedurende ongeveer 90 minuten en vervolgens overgebracht op polyvinylideenfluoride (PVDF)-membranen met behulp van een nat overdrachtssysteem bij 100 V gedurende 90 minuten bij 4 °C. Membranen werden geblokkeerd met 5% magere melk in Tris-gebufferde zoutoplossing met 0,1% Tween-20 (TBST) gedurende 1 uur bij kamertemperatuur om niet-specifieke binding te voorkomen. Vervolgens werden de membranen 's nachts bij 4 °C geïncubeerd met primaire antilichamen verdund in een blokkerende buffer: anti-HIF-1α-antilichaam (1:3.000) en anti-bèta-actine-antilichaam (1:8.000). Na 3x wassen met TBST (elk gedurende 10 minuten), werden de membranen geïncubeerd met geschikte mierikswortelperoxidase-geconjugeerde secundaire antilichamen verdund 1:5.000 in blokkeerbuffer gedurende 1 uur bij kamertemperatuur. Na drie extra TBST-wasbeurten werden eiwitbanden gevisualiseerd met behulp van een verbeterd chemiluminescentie (ECL) detectiesysteem en in beeld gebracht met een geldocumentatiesysteem.
Dubbele luciferase-test
Om de transcriptieregulatie van glycolyse-gerelateerde genen door lncPVT1 te onderzoeken, werden TPC-1-cellen gezaaid in platen met 24 putjes met een dichtheid van 1 x 105 cellen per putje en gekweekt in DMEM met 4,5 g/L glucose, aangevuld met 10% foetaal runderserum en 100 μg/ml penicilline-streptomycine gedurende de nacht. De cellen werden co-getransfecteerd met 500 ng van een hypoxie-responselement (HRE)-gedreven firefly luciferase reporter plasmide en 50 ng Renilla luciferase controleplasmide met behulp van een op lipiden gebaseerd transfectiereagens bij een uiteindelijke concentratie van 2 μL per putje, volgens de instructies van de fabrikant. De efficiëntie van de transfectie werd bevestigd door een parallelle transfectie op te nemen met een GFP-tot expressie brengend plasmide en GFP-expressie te beoordelen onder een fluorescentiemicroscoop 24 uur na transfectie. Na incubatie van 24 uur onder normoxische (21% O2) of hypoxische (1% O2) omstandigheden werden luciferase-activiteiten gemeten met behulp van een dual-luciferase reporter-assaysysteem. De luciferase-activiteit van vuurvliegjes werd genormaliseerd naar Renilla-luciferase-activiteit en de verhouding werd gebruikt voor vergelijkende analyse van monsters.
Gegevensanalyse
Alle gegevens werden gepresenteerd als gemiddelde ± SD. Statistische evaluaties werden uitgevoerd in statistische analysesoftware. Vergelijkingen tussen groepen werden uitgevoerd met behulp van onafhankelijke t-tests en statistische significantie werd bepaald op basis van een p-waardedrempel van minder dan 0,05.