Een abonnement op JoVE is vereist om deze inhoud te bekijken. Log in of start vandaag met uw gratis proefperiode.

Methodenartikel

Het mechanisme van de San Jie Tong Mai-formule tegen atherosclerose verkennen via netwerkfarmacologie en proteomica

198 weergaven

⸱

DOI:

10.3791/70080

⸱

17 april 2026

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Cardiology, the Third Affiliated Clinical Hospital of Changchun University of Chinese Medicine, 2Department of Respiratory, The Affiliated Hospital of Changchun University of Chinese Medicine, 3The Affiliated Hospital of Changchun University of Chinese Medicine

In dit artikel

Samenvatting

Deze studie toont aan dat de San Jie Tong Mai-formule atherosclerose bij ApoE-/muizen vermindert door het door Hsd11b1 gemedieerde glucocorticoïde metabolisme te reguleren, waardoor dyslipidemie en vasculaire ontsteking worden verbeterd. Geïntegreerde netwerkfarmacologie, proteomics en moleculaire dockinganalyses onthullen een multicomponent, multi-target synergetisch mechanisme dat ten grondslag ligt aan de anti-atherosclerotische effecten.

Samenvatting

Deze studie had als doel het mechanisme van de San Jie Tong Mai-formule (SJTMF) tegen atherosclerose (AS), een belangrijke oorzaak van cardiovasculaire morbiditeit, te verduidelijken. Met behulp van ApoE-/- muismodellen toonden we aan dat SJTMF de progressie van AS-plaque significant remt. Door een geïntegreerde netwerk van farmacologie en proteomica werden vijf kern bioactieve componenten geïdentificeerd: beta-sitosterol, naringenine, luteoline, isorhamnetine en 3beta-hydroxy-24-methyleen-8-lanosteen-21-oïnezuur. Tegelijkertijd onthulde proteomics 129 AS-gerelateerde eiwitten die verschillend tot expressie kwamen. Moleculaire koppeling bevestigde interacties met hoge affiniteit tussen deze componenten en het belangrijkste doelwit Hsd11b1, waarbij hun bindingsenergieën allemaal onder -5 kcal/mol lagen. Mechanistische onderzoeken toonden verder aan dat SJTMF mogelijk het door Hsd11b1 gemedieerde glucocorticoïde metabolisme reguleert. Deze regulatie draagt bij aan een significante verbetering van zowel dyslipidemie als vasculaire ontsteking, waardoor de ontwikkeling van AS wordt onderdrukt. Gezamenlijk toont dit werk voor het eerst het innovatieve mechanisme aan waarmee een traditionele Chinese medicijnformule anti-AS-effecten uitoefent door meercomponentige synergetische regulatie van het Hsd11b1-doel , wat nieuwe inzichten biedt voor therapeutische interventie.

Inleiding

Atherosclerose (AS), een chronische ontstekingsziekte die de systemische vasculatuur aantast, vormt de primaire pathologische basis voor cardiovasculaire en cerebrovasculaire gebeurtenissen1. De pathogenese omvat complexe interacties tussen genetische, omgevings-, psychosociale en multifactoriële pathologische factoren, met meerfasige en polygene kenmerken. Hoewel huidige therapeutische strategieën – met name lipidenverlagende middelen zoals statines en Proprotein Convertase Subtilisine/Kexin Type 9 (PCSK9) remmers – effectief het laagdichtheids lipoproteïnecholesterol (LDL-C) verlagen, pakken ze het resterende ontstekingsrisico dat terugkerende cardiovasculairegebeurtenissen veroorzaakt niet volledig aan 2. Bovendien beperken therapiegerelateerde bijwerkingen (bijv. nieuw beginnende diabetes, myotoxiciteit, hepatorenale inkorting) het langdurige gebruik en de intensivering van lipidenverlagende therapie 3,4. Deze beperkingen benadrukken de noodzaak van complementaire benaderingen die direct gericht zijn op vasculaire ontstekingen, waaronder ontstekingsremmende therapieën, om het cardiovaculaire risico verder te verlagen dan alleen het verlagen van lipiden.

In de traditionele Chinese geneeskunde (TCM) valt AS onder de categorieën "borstbelemmering" (Xiong Bi) en "vatenopbouw" (Mai Ji), waarbij "slijmstasisverstrengeling" (Tanyu Hujie) wordt erkend als de kernpathogenese. Geleid door het principe van "stasis-transformerende hydrotherapie" (Yuneng Huashui) ontwikkelde onze onderzoeksgroep de "San Jie Tong Mai Formula (SJTMF)", bestaande uit 14 kruiden, waaronder Salvia miltiorrhiza (Danshen) en Whitmania pigra Whitman (Shuizhi), om slijmtroebelheid synergetisch op te lossen, stasis te dissolueren en diurese te bevorderen. Voorlopige klinische studies toonden de effectiviteit van SJTMF aan bij het significant verbeteren van lipidenprofielen en het stabiliseren/omkeren van atherosclerotische plaques bij oudere patiënten met carotis AS5. Experimentele onderzoeken toonden verder aan dat het in staat is om AS-progressie te remmen door macrofagenpolarisatie en autofagierouteste moduleren 6,7. Desalniettemin vormen de multicomponent-, multi-target en multi-pathway kenmerken van TCM-formules uitdagingen bij het systematisch verduidelijken van hun geïntegreerde regulerende mechanismen met conventionele reductionistische benaderingen.

Om de moleculaire mechanismen die de anti-atherosclerotische effecten van SJTMF bemiddelen te onderzoeken en de uitdagingen aan te pakken, gebruikte deze studie een geïntegreerde multidisciplinaire strategie. Netwerkfarmacologie, bedacht door Hopkins 8,9, werd gebruikt om een multidimensionaal netwerk van een "kruidencomponent-doel-ziektepathway" te consolideren. Deze aanpak faciliteerde de voorspelling van de primaire actieve verbindingen van SJTMF en potentiële therapeutische doelen voor AS-interventie, in overeenstemming met de holistische regulerende kenmerken van TCM. Als aanvulling hierop monitorde proteomics-technologie, die gebruikmaakt van high-throughput en hoogprecisie kwalitatieve en kwantitatieve eiwitanalyse10, dynamisch veranderingen in het AS-geassocieerde eiwitexpressieprofiel na SJTMF-interventie in diermodellen. Dit maakte de identificatie van belangrijke effectormoleculen en signaalgebeurtenissen mogelijk, waarmee experimenteel bewijs werd geleverd voor mechanistische verkenning. Vervolgens werden hoogprecisie moleculaire dockingsimulaties uitgevoerd om de bindingsmodi en bindingsenergieën tussen de kerndoelen voorspeld door netwerkfarmacologie en de belangrijkste bioactieve componenten te evalueren, wat een theoretische basis biedt voor potentiële component-doel-interacties11. In vergelijking met alternatieve benaderingen, zoals uitsluitend vertrouwen op netwerkfarmacologische voorspellingen (gevoelig voor hoge vals-positieve percentages en gebrek aan experimentele validatie)12 of het combineren van alleen proteomics met moleculaire koppeling (die mogelijk niet in staat is om systeemniveau-interacties te vangen die door netwerkanalyse worden voorspeld), pakt deze geïntegreerde strategie deze inherente beperkingen synergetischaan.

Door multidimensionale technieken te integreren, is deze studie bedoeld om systematisch de belangrijkste farmacodynamische materiaalbasis, het kerndoelnetwerk en de multi-pathway synergistische mechanismen van SJTMF te verduidelijken. Zo wordt mechanisme-gedreven theoretische ondersteuning geboden voor de modernisering van TCM en de ontwikkeling van innovatieve geneesmiddelen.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Protocol

Alle dierprocedures werden uitgevoerd met goedkeuring van de Proefdiercommissie van de Changchun Universiteit voor Chinese Geneeskunde (Ethische Goedkeuring nr. 2023521). Specifieke pathogenevrije (SPF) mannelijke C57BL/6J- en ApoE⁻/⁻ -muizen (5 weken oud, 18-22 g) werden in de studie opgenomen (Laboratory Animal Use License nrs. SCXK (JI) 2023-002 en SCXK (SU) 2021-0013). Informatie over reagentia en instrumentatie wordt verstrekt in de Materiaaltabel.

1. Netwerkfarmacologie

  1. Voorspelling van actieve componenten en doelen van SJTMF
    1. Screenen de actieve bestanddelen van Salvia miltiorrhiza, Panax notoginseng, Artemisia scoparia, Poria cocos, Alisma plantago-aquatica L, Amomum villosum, Santalum albumL, Citrus aurantium en Citrus reticulata schil met behulp van orale biobeschikbaarheid (OB) ≥ 30% en medicijngelijkheid (DL) ≥ 0,18 als criteria.
    2. Screen de actieve componenten van Whitmania pigra Whitman, Bombyx batryticatus, Periostracum cicadae, Caulis bambusae in Taeniam en Ophicalcitum medicinale stoffen door Lipinski's Vijfregel toe te passen, met de volgende parameters: miLogP ≤ 5, nOHNH ≤ 5 en nOH ≤ 10.
    3. Combineer de gescreende verbindingen met hun SMILES-codes om samengestelde doelen te voorspellen.
      OPMERKING: Voor details over de twee hierboven genoemde databases, zie de Tabel van Materiaal.
  2. Voorspelling van AS-gerelateerde doelen en de opbouw van een "geneesmiddelcomponent-doel" netwerk.
    1. Gebruik de GeneCards-database om AS-gerelateerde ziektedoelen op te halen met gestandaardiseerde ziekteterminologie.
    2. Gebruik Venny 2.1-software om de kruisende doelen tussen SJTMF en AS te identificeren als potentiële therapeutische doelen van SJTMF voor AS.
    3. Gebruik Cytoscape 3.9.1 om een "geneesmiddel-component-doel" netwerkdiagram te construeren.
      OPMERKING: Voor details over de hierboven genoemde databases, zie Materiaaltabel.

2. Acclimatisatie

  1. Plaats alle muizen in SPF-faciliteiten (24 °C; 50-60% luchtvochtigheid; 12 uur licht/donker cyclus). Bied ad libitum standaard voedsel en water. Reken 7 dagen in voor acclimatisatie voordat je experimenten doet.

3. Voorbereiding van SJTMF

  1. Bereid de 14-kruidenformulering voor: Salvia miltiorrhiza (Dan Shen) 30 g, Artemisia scoparia (Yin Chen) 10 g, Panax notoginseng (San Qi) 10 g, Poria cocos (Fu Ling) 10 g, Amomum villosum (Sha Ren) 10 g, Alisma plantago-aquatica L (Ze Xie) 30 g, Santalum albumL (Tan Xiang) 10 g, Citrus reticulata schil (Chen Pi) 10 g, Citrus aurantium (Zhi Qiao) 10 g, Whitmania pigra Whitman (Shui Zhi) 10 g, Periostracum cicadae (Chan Tui) 10 g, Bombyx batryticatus (Jiang Can) 10 g, Caulis bambusae in Taeniam (Zhu Ru) 10 g, en Ophicalcitum (Hua Rui Shi) 30 g.
  2. Gedecocte kruidenmaterialen (1.800 g totaal) 3× met 8 volumes gedestilleerd water (1,5 uur per extractie).
  3. Filter door gaas en nylon van 100 mesh.
  4. Concentrateer filtraat bij 60 °C (dichtheid: 1,23-1,27). Droog concentraat onder verminderde druk bij 70 °C.
  5. Verpulver gedroogd extract met een zeef van 80 maas (opbrengst: 20,6%).
    OPMERKING: Na een eerder gepubliceerd rapport7 kregen de muizen 3,56 g∙kg⁻¹∙day⁻¹ SJTMF-extract (genormaliseerd op basis van lichaamsoppervlak).

4. Modeloprichting

  1. Induceer AS bij ApoE-/- muizen met een 12 weken vetrijk dieet (HFD; 20% vet, 1,25% cholesterol). Meet het lichaamsgewicht om de 7 dagen voor metabole monitoring.
  2. Wijs C57BL/6J-muizen toe aan de controlegroep (controle, normaal dieet + zoutoplossing). Verdeel succesvol gemodelleerde muizen willekeurig in vier groepen: modelgroep, Atorvastatine-groep (0,0026 mg/g atorvastatine), SJTMF-L-groep (lage dosis SJTMF, 3,56 g∙kg-1∙dag-1), SJTMF-H groep (hoge dosis SJTMF, 7,12 g∙kg-1∙dag-1)7. Geef alle interventies 's ochtends 4 weken lang gestandaardiseerde 0,4 mL gavage.
    OPMERKING: De voorraadoplossingen van SJTMF zijn voorbereid volgens ons vastgestelde protocol7. Experimentele interventies begonnen in week 9, waarbij de ochtenddosering het klinische temporele ritme handhaafde. Muizen werden als succesvol gemodelleerd gedefinieerd toen duidelijke atherosclerotische plaques in de aorta werden waargenomen door grove Oil Red O-kleuring7.

5. Monsterverzameling, aorta-oogst en behoud

OPMERKING: Na 4 weken intragastrische toediening vasten alle muizen 12 uur (water ad libitum). Meet het uiteindelijke lichaamsgewicht en offer het vervolgens op via een cervicale ontwrichting onder narcose.

  1. Incèreer de muizenbuik tot aan het uitsteeksel van de xiphoïde.
  2. Isoleer de aorta van de aortawortel naar de gezamenlijke bifurcatie van de iliacale arterie.
  3. Verwijder het overtollige vetweefsel en snijd de aorta ongeveer 1 cm distaal van de aortaboog.
  4. Fixeer de aorta in paraformaldehyde of vries deze in vloeibare stikstof.
    OPMERKING: Verzamel het serum en bewaar het aortaweefsel bij -80 °C voor toekomstige analyse.
  5. HE-vlekken
    1. Plaats secties in xyleen in volgorde gedurende 20 minuten per stuk, twee keer in totaal; Daarna overzetten naar absolute ethanol voor elk 10 minuten, twee keer in totaal. Hydrateer secties door een dalende gegradeerde ethanolreeks (95%, 90%, 80%, 70%), 5 minuten per concentratie te passeren.
    2. Kleur in volgorde met 0,4% hematoxyline gedurende 3-8 minuten, daarna met 0,5% eosineoplossing gedurende 1-3 minuten.
      OPMERKING: Spoel goed af met gedestilleerd water tussen de stappen door.
    3. Dehydrateer secties via een oplopende ethanolreeks (95% tot absolute ethanol), 5 minuten per concentratie. Maak secties 5 minuten schoon in xyleen, in totaal twee keer. Laat het volledig aan de lucht drogen en monteer dan met neutrale hars.
    4. Observeer onder een microscoop en maak beelden.

6. Totale eiwitvoorbereiding uit aortaweefselmonsters

OPMERKING: Eiwitten werden geïsoleerd uit de aortaweefsels van elk van de drie experimentele groepen (controlegroep, modelgroep, SJTMF-H groep).

  1. Homogeniseer aortaweefsel in een lysisbuffer (1,5% SDS/100 mM Tris-HCl, pH 8,5) en incubeer vervolgens 15 minuten bij 95 °C om eiwitdenaturatie te bereiken.
  2. Koel de monsters af, centrifugeer ze vervolgens op 12.000 × g en 4 °C gedurende 5 minuten en verzamel het supernatant. Laat de eiwitten in het supernatant neerslaan met behulp van de acetonprecipitatiemethode.
  3. Los het eiwitprecipitaat opnieuw op (8 M ureum/100 mM Tris-HCl, pH 8,5), bereid vervolgens de BCA-assaykit voor volgens de instructies van de fabrikant en bepaal de totale eiwitconcentratie, zie Tabel van Materiaal.
    OPMERKING: Met dezelfde hoeveelheid eiwit tussen verschillende monsters werd de opgeloste oplossing gebruikt om alle monsters tot hetzelfde volume te vullen.
  4. Voer eiwitreductie en alkylering uit met TCEP en CAA bij 37 °C gedurende 1 uur.
  5. Voeg trypsine (1:50) toe aan het eiwitmonster en incubeer bij 37 °C gedurende 24 uur (zie Materiaaltabel).
  6. Gebruik TFA om de pH naar 6,0 te stellen om de spijsvertering te beëindigen. Centrifugeer het monster op 12.000 × g gedurende 15 minuten, en zuiver vervolgens de peptiden van het supernatant met een zelfgemaakte SDB-RPS ontzoutingskolom (zie Materiaaltabel).
    OPMERKING: Het peptide-eluaat werd vacuümgedroogd en opgeslagen bij -20 °C voor later gebruik.

7. Vloeistofchromatografie - tandem massaspectrometrie (LC - MS/MS)

  1. Injecteer 200 ng van peptidedigest met een injectievolume van 1 μL op een C18-trapkolom (75 μm × 2 cm, 3 μm, 100 Å). Peptiden werden vervolgens gescheiden op een omgekeerd-fase C18 analytische kolom (75 μm × 15 cm, 1,7 μm, 100 Å) met een debiet van 0,3 μL/min.
  2. Gebruik water met 0,1% mierenzuur (FA) als mobiele fase A en acetonitril (ACN) met 0,1% FA als mobiele fase B (zie Materiaaltabel). Breng een lineaire gradiënt toe van 12% naar 30% B over 0-12 minuten, gevolgd door een toename van 30% naar 80% B over 12-15 minuten, en houd 80% B aan van 15-18 minuten voor kolomwassen. Stel de debiet in op 0,300 μL/min van 0-15 min, en verhoog het daarna naar 0,400 μL/min van 16-18 minuten. Stel de capillaire spanning in op 1500 V.
  3. Verzamel MS- en MS/MS-spectra over het bereik van 100 tot 1700 m/z.
  4. Scan de ionmobiliteit over het bereik van 0,6 tot 1,6 Vs/cm². Stel de accumulatietijd en opbouwtijd in op 50 ms.

8. Analyse van eiwitfuncties

OPMERKING: Differentieel expressieve eiwitten (DEP's) uit proteomica werden gekruist met belangrijke doelwitten uit netwerkfarmacologie, en de overlappende doeleiwitten werden geselecteerd voor Gene Ontology (GO) functionele annotatie en Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) routeverrijkingsanalyse. Functionele categorieën en paden met P < 0,05 werden als significant beschouwd.

  1. Analyseer de ruwe data van DIA in bibliotheekvrije modus.
  2. Zoek de spectrabestanden in de database van de eiwitsequentiegegevens van de muis.
  3. Stel de belangrijkste zoekparameters in.
    1. Schakel opties voor het genereren van voorloperionen in voor in silico-voorspelde spectrale bibliotheekgeneratie in.
    2. Specificeer het enzym met maximaal 2 toegestane gemiste splijtingen (zie Materiaaltabel).
    3. Stel carbamidomethylering van cysteïne (C) in als een vaste aanpassing.
    4. Stel oxidatie van methionine (M) en eiwit N-terminale acetylatie in als variabele aanpassingen.
    5. Stel de precursor massanauwkeurigheid en MS1 massanauwkeurigheid in op 15 ppm.
    6. Schakel de match tussen runs en heuristische eiwitinferentie in.
    7. Stel de Precursor False Discovery Rate (FDR) drempel in op 1% voor betrouwbare identificatie.
  4. Voer de DIA-NN (1.8.2 beta 11) analyse uit.
    OPMERKING: Voer eiwitniveau-kwantificatie uit met DIA-NN, en voer bio-informatische analyses en visualisaties uit met R. Significant werden DEP's bepaald door de P-waarde van de t-test van de student en de vouwveranderingsdrempels.

9. Moleculaire koppeling

  1. Download de driedimensionale kristalstructuur van het doeleiwit uit de RCSB PDB-database en sla deze op in PDB-formaat; Download ondertussen de moleculaire structuur van het kernactieve component van SJTMF uit de PubChem-database en sla deze op in SDF-formaat.
  2. Gebruik PyMOL 2.6.0 om waterverwijdering en hydrogenering uit te voeren op de doeleiwitstructuur, verwijder irrelevante endogene liganden en bewaar de verwerkte eiwitstructuur in PDB-formaat; verkrijg de dockingpocketparameters via de Getbox Plugin van PyMOL, met de grid box-parameters als volgt ingesteld: center_x = -7,2, center_y = 53,4, center_z = 30,6, size_x = 73,7, size_y = 85,9, size_z = 67,2, en het aantal dockingconformaties num_modes = 10.
  3. Importeer het verwerkte doel-eiwitbestand en het bestand van het kern-compoundbestand van SJTMF afzonderlijk in AutoDock Tools 1.5.6 om beide bestanden om te zetten naar PDBQT-formaat, en voer vervolgens moleculaire docking uit met AutoDock Vina 1.1.2 op basis van de hierboven gedefinieerde gridbox-parameters.
  4. Visualiseer de moleculaire koppelingsresultaten met PyMOL.

10. Statistieken

  1. Voer statistische analyses uit.
  2. Uitdruk de resultaten als gemiddelde ± standaarddeviatie (SD).
  3. Specificeer het gebruik van Tukey's Honest Significant Difference (HSD)-test voor post hoc-analyse na eenrichtings-ANOVA wanneer de data voldoen aan normaliteit en homogeniteit van varianties; pas de Games-Howell-test toe op heteroscedastische data. Beschouw een p < 0,05 statistisch significant.
  4. Visualiseer de data met GraphPad Prism8.0.2.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Resultaten

SJTMF onderdrukt de vorming van atherosclerotische plaque bij ApoE-/- muizen
Om het remmende effect van SJTMF op AS te onderzoeken, werd het ApoE-/muismodel gebruikt om lichaamsgewichtsveranderingen te monitoren en histopathologische veranderingen in de aorta te observeren. In vergelijking met de modelgroep verminderde de SJTMF-interventie de gewichtstoename bij met HFD gevoede ApoE-/- muizen (

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Discussie

Hoewel eerdere studies hebben aangetoond dat SJTMF ontstekingsremmende effecten heeft en macrofagepolarisatie induceert in ApoE⁻/⁻ muismodellen 6,7, blijven de specifieke moleculaire mechanismen achter de anti-atherosclerotische activiteit onduidelijk. Het principe van "dezelfde behandeling voor verschillende ziekten" in de traditionele Chinese geneeskunde ko...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Openbaarmakingen

De auteurs hoeven geen belangenconflicten aan te geven.

Dankbetuigingen

Deze studie werd ondersteund door de Natural Science Foundation van de provincie Jilin (nr. YDZJ202401644ZYTS).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel
NaamBedrijfCatalogusnummerOpmerkingen
2-Chloroacetamide (CAA)Sigma-AldrichC0627-100G
4% Paraformaldehyde Fix SolutionSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.80096618
0.5–10 µL Micropipetteeppendorf4924000029
10 – 100 µL Micropipetteeppendorf4924000053
20 – 200 µL Micropipetteeppendorf4924000061
100 – 1,000 µL Micropipetteeppendorf4924000088
1000 µL Pipette TipsNEST Life Science Co., Ltd.303216
10 µL Pipette TipsNEST Life Science Co., Ltd.301016
20 µL Pipette TipsNEST Life Science Co., Ltd.302106
15 mL Centrifuge TubeNEST Life Science Co., Ltd.601052
1.5 mL Centrifuge TubeNEST Life Science Co., Ltd.615601
A high - throughput experiment - and reference - guided database of traditional Chinese medicine(HERB)/http://herb.ac.cn/v2
Acetonitrile (LC-MS)Thermo Fisher ScientificA955-4
Acetonyl acetoneSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10000418
Ammonia WaterSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10011028
AutoclaveShanghai Sanshen Medical Devices Co., Ltd.YM75
Acclaim PepMap (75µm*2cm, C18, 3µm, 100Å)Thermo164535
AURORA ULTIMATE (75µm*25cm, 1.6µm, 100Å)AURORAAUR3-25075C18-CSI
BCA Protein Assay KitSangon Biotech (Shanghai) Co., Ltd.C503021-0500
Benchtop High - Speed Refrigerated CentrifugeHunan Kecheng Instrument Equipment Co., Ltd.H1 - 16KR
Bromophenol BlueSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.71008060
Block HeaterHangzhou Miu InstrumentsDKT-100
ChloroformSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10006818
Chemiluminescence Imaging SystemHangzhou Shenhua Technology Co., Ltd.SH - 523
Clean BenchSuzhou Jinghua Equipment Co., Ltd.SW-CJ-2D
Cover GlassJiangsu Shitai Experimental Equipment Co., Ltd.10212450C
Cytoscape v3.9.1//
DIA-NN (V1.8.1)The Francis Crick Institutegithub.com/vdemichev/DiaNN
Digital Display Constant Temperature Water BathChangzhou Jinnan Instrument Manufacturing Co., Ltd.HH - W600
Destaining ShakerWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.TSY-B
Dewatering machineWuhan Junjie Electronics Co., Ltd.JT-12J
EosinWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.E8090
Embedding ParaffinSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.69019361
Ethanol AbsoluteSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10009218
Embedding MachineWuhan Junjie Electronics Co., Ltd.JB-P5
GraphPad Prism/8.0.2
Glacial Acetic AcidSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10000218
GeneCards/https://www.genecards.org/
GlycerolSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10010618
GlycineBiofroxx1275GR500
Gene Ontology (GO)/geneontology.org
HematoxylinWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.G1140
Horizontal ShakerHaimen Qilinbeier Instrument Manufacturing Co., Ltd., JiangsuTS - 1
Hydrophobic Barrier PenServicebioWG1066-1
HCIXinyang Chemical Reagent FactoryGB622-89
High-performance liquid chromatographyAgilent1200
IsopropanoSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.80109218
Image-Pro PlusMedia CyberneticsVersion 6.0
Imaging SystemNikonDS-Fi3
IRIS-Fine Micro Dissecting ScissorsRWD Life Science Co., Ltd.S12004-09
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)/www.genome.jp/kegg/
Microscope SlideNantong Mevid Life Science Co., Ltd.PC2-301
Microwave OvenGalanz Microwave Oven Electrical Appliances Co., Ltd.P70D20TL-P4
Mini CentrifugeDragon LabD1008E
Neutral ResinWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.G8590
NaClSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.10019318
NCBI/www.ncbi.nlm.nih.gov
Non-contact ultrasonic cell pulverizerSCIENTZ08-III
n-ButanolSinopharm Chemical Reagent Co., Ltd.100052190
OvenShanghai Huitai Instrument Manufacturing Co., Ltd.DHG-9140A
PubChem/https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
PBS Phosphate Buffer PowderWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.P1010
Pathological MicrotomeLeica Instruments Co., Ltd.(Shanghai)RM2016
Portable CentrifugeWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd.D1008
R 4.5.1//
RIPA Lysis Buffer (1.5 ML)MeilunbioMA0151

Referenties

  1. Mensah, G. A., Roth, G. A., Fuster, V. The global burden of cardiovascular diseases and risk factors: 2020 and beyond. J Am Coll Cardiol. 74 (20), 2529-2532 (2019).
  2. Sampson, U. K., Fazio, S., Linton, M. F. Residual cardiovascular risk despite optimal LDL cholesterol reduction with statins: The evidence, etiology, and therapeutic challenges. Curr Atheroscler Rep. 14 (1), 1-10 (2012).
  3. Katzmann, J. L., Packard, C. J., Chapman, M. J., Katzmann, I., Laufs, U. Targeting rna with antisense oligonucleotides and small interfering RNA: JACC state-of-the-art review. J Am Coll Cardiol. 76 (5), 563-579 (2020).
  4. Ward, N. C., Watts, G. F., Eckel, R. H. Statin toxicity. Circ Res. 124 (2), 328-350 (2019).
  5. Xie, T., Guo, J. The effect of the San Jie Tong Mai formula on elderly patients with carotid arteriosclerosis. Chinese Journal of Gerontology. 38 (22), in Chinese 5395-5397 (2018).
  6. Li, P., et al. San Jie Tong Mai Fang protects against atherosclerosis progression by regulating macroautophagy through the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway. J Cardiovasc Pharmacol. 82 (4), 333-343 (2023).
  7. Han, H., et al. Mechanism of san jie tong mai fang in atherosclerosis attenuation by JAK/STAT-mediated inhibition of macrophage M1 polarization. J Vis Exp. (221), e68546(2025).
  8. Hopkins, A. L. Network pharmacology. Nat Biotechnol. 25 (10), 1110-1111 (2007).
  9. Hopkins, A. L. Network pharmacology: The next paradigm in drug discovery. Nat Chem Biol. 4 (11), 682-690 (2008).
  10. Vogel, C., Marcotte, E. M. Insights into the regulation of protein abundance from proteomic and transcriptomic analyses. Nat Rev Genet. 13 (4), 227-232 (2012).
  11. Pinzi, L., Rastelli, G. Molecular docking: Shifting paradigms in drug discovery. Int J Mol Sci. 20 (18), (2019).
  12. Huang, T., et al. Approaches in studying the pharmacology of Chinese medicine formulas: Bottom-up, top-down-and meeting in the middle. Chin Med. 13, 15(2018).
  13. Zhao, P., et al. Integration of transcriptomics, proteomics, metabolomics, and systems pharmacology data to reveal the therapeutic mechanism underlying the Chinese herbal BuFei Yishen formula for the treatment of chronic obstructive pulmonary disease. Mol Med Rep. 17 (4), 5247-5257 (2018).
  14. Geng, X., et al. Determining the mechanism of action of the qishan formula against lung adenocarcinoma by integration of network pharmacology, molecular docking, and proteomics. Medicine (Baltimore). 102 (13), e33384(2023).
  15. Ru, J., et al. TCMSP: A database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines. J Cheminform. 6, 13(2014).
  16. Li, H., et al. A network pharmacology approach to determine active compounds and action mechanisms of ge-gen-qin-lian decoction for treatment of type 2 diabetes. Evid Based Complement Alternat Med. 2014, 495840(2014).
  17. El Omari, N., et al. Unveiling the molecular mechanisms: Dietary phytosterols as guardians against cardiovascular diseases. Nat Prod Bioprospect. 14 (1), 27(2024).
  18. Feng, S., et al. Intake of stigmasterol and β-sitosterol alters lipid metabolism and alleviates NAFLD in mice fed a high-fat western-style diet. Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids. 1863 (10), 1274-1284 (2018).
  19. Bodet, C., La, V. D., Epifano, F., Grenier, D. Naringenin has anti-inflammatory properties in macrophage and ex vivo human whole-blood models. J Periodontal Res. 43 (4), 400-407 (2008).
  20. Chtourou, Y., Slima, A. B., Makni, M., Gdoura, R., Fetoui, H. Naringenin protects cardiac hypercholesterolemia-induced oxidative stress and subsequent necroptosis in rats. Pharmacol Rep. 67 (6), 1090-1097 (2015).
  21. Luo, Y., Shang, P., Li, D. Luteolin: A flavonoid that has multiple cardio-protective effects and its molecular mechanisms. Front Pharmacol. 8, 692(2017).
  22. Luo, Y., et al. Isorhamnetin attenuates atherosclerosis by inhibiting macrophage apoptosis via PI3K/Akt activation and HO-1 induction. PLoS One. 10 (3), e0120259(2015).
  23. Xu, S., et al. Exploring the mechanisms of guizhifuling pills in the treatment of coronary spastic angina based on network pharmacology combined with molecular docking. Medicine (Baltimore). 103 (29), e39014(2024).
  24. Khalaf, K., et al. Cellular aspects of immunity involved in the development of atherosclerosis. Front Immunol. 16, 1461535(2025).
  25. Kadowaki, T. Insights into insulin resistance and type 2 diabetes from knockout mouse models. J Clin Invest. 106 (4), 459-465 (2000).
  26. Ginsberg, H. N. Insulin resistance and cardiovascular disease. J Clin Invest. 106 (4), 453-458 (2000).
  27. Taskinen, M. R. Diabetic dyslipidaemia: From basic research to clinical practice. Diabetologia. 46 (6), 733-749 (2003).
  28. Kamagate, A., et al. Foxo1 mediates insulin-dependent regulation of hepatic VLDL production in mice. J Clin Invest. 118 (6), 2347-2364 (2008).
  29. Mulvihill, E. E., et al. Nobiletin attenuates VLDL overproduction, dyslipidemia, and atherosclerosis in mice with diet-induced insulin resistance. Diabetes. 60 (5), 1446-1457 (2011).
  30. Rask-Madsen, C., King, G. L. Mechanisms of disease: Endothelial dysfunction in insulin resistance and diabetes. Nat Clin Pract Endocrinol Metab. 3 (1), 46-56 (2007).
  31. Han, S., et al. Macrophage insulin receptor deficiency increases ER stress-induced apoptosis and necrotic core formation in advanced atherosclerotic lesions. Cell Metab. 3 (4), 257-266 (2006).
  32. Rask-Madsen, C., et al. Loss of insulin signaling in vascular endothelial cells accelerates atherosclerosis in apolipoprotein E null mice. Cell Metab. 11 (5), 379-389 (2010).
  33. Braverman, J., Stanley, S. A. Nitric oxide modulates macrophage responses to mycobacterium tuberculosis infection through activation of hif-1α and repression of nf-κb. J Immunol. 199 (5), 1805-1816 (2017).
  34. Cao, C., et al. Ikkε knockout prevents high-fat diet-induced arterial atherosclerosis and NF-κB signaling in mice. PLoS One. 8 (5), e64930(2013).
  35. Gliozzi, M., et al. Modulation of nitric oxide synthases by oxidized LDLs: Role in vascular inflammation and atherosclerosis development. Int J Mol Sci. 20 (13), (2019).
  36. Chantong, B., Kratschmar, D. V., Nashev, L. G., Balazs, Z., Odermatt, A. Mineralocorticoid and glucocorticoid receptors differentially regulate NF-κB activity and pro-inflammatory cytokine production in murine BV-2 microglial cells. J Neuroinflammation. 9, 260(2012).
  37. Rask, E., et al. Tissue-specific dysregulation of cortisol metabolism in human obesity. J Clin Endocrinol Metab. 86 (3), 1418-1421 (2001).
  38. Livingstone, D. E., et al. Understanding the role of glucocorticoids in obesity: Tissue-specific alterations of corticosterone metabolism in obese Zucker rats. Endocrinology. 141 (2), 560-563 (2000).
  39. Kipari, T., et al. 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 deficiency in bone marrow-derived cells reduces atherosclerosis. Faseb J. 27 (4), 1519-1531 (2013).
  40. Charo, I. F., Taubman, M. B. Chemokines in the pathogenesis of vascular disease. Circ Res. 95 (9), 858-866 (2004).
  41. Hadoke, P. W., Kipari, T., Seckl, J. R., Chapman, K. E. Modulation of 11β-hydroxysteroid dehydrogenase as a strategy to reduce vascular inflammation. Curr Atheroscler Rep. 15 (5), 320(2013).
  42. Allerheiligen, S. R. Next-generation model-based drug discovery and development: Quantitative and systems pharmacology. Clin Pharmacol Ther. 88 (1), 135-137 (2010).
  43. Fleisher, B., Brown, A. N., Ait-Oudhia, S. Application of pharmacometrics and quantitative systems pharmacology to cancer therapy: The example of luminal a breast cancer. Pharmacol Res. 124, 20-33 (2017).
  44. Leil, T. A., Ermakov, S. Editorial: The emerging discipline of quantitative systems pharmacology. Front Pharmacol. 6, 129(2015).
  45. Zha, X., Ji, R., Li, Y., Cao, R., Zhou, S. Network pharmacology, molecular docking, and molecular dynamics simulation analysis reveal the molecular mechanism of halociline against gastric cancer. Mol Divers. 29 (5), 4693-4703 (2025).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Herprints en machtigingen

Meer artikelen verkennen

Mechanisme van atheroscleroseproteomanalyseApoE-knockoutmuizenbioactieve componentenmoleculaire dockingglucocorticoidmetabolismevasculaire inflammatieHsd11b1-target
Neem contact met ons op
Aanbevelen aan de bibliotheek

Privacy

Gebruiksvoorwaarden

Beleidsoverzicht

Copyright © 2026 MyJoVE Corporation. Alle rechten voorbehouden.