Een abonnement op JoVE is vereist om deze inhoud te bekijken. Log in of start vandaag met uw gratis proefperiode.

Methodenartikel

Kolonisatie met Murine pks+ Escherichia coli onder niet-inflammatoire omstandigheden

353 weergaven

⸱

DOI:

10.3791/70204

⸱

10 maart 2026

 , 
1Nutrition and Microbiome Laboratory, Institut du Cancer de Montréal, Centre de recherche du Centre hospitalier de l’Université de Montréal (CRCHUM), 2Department of Medicine, Faculty of Medicine, Université de Montréal

In dit artikel

Samenvatting

Dit protocol beschrijft de noodzakelijke stappen voor kolonisatie van muizen met pks+ Escherichia coli onder niet-inflammatoire omstandigheden, evenals niet-invasieve methoden voor validatie van kolonisatie en beoordeling van de pks+ E. coli-expansie in ontlasting.

Samenvatting

pks+ Escherichia coli wordt steeds vaker betrokken bij de ontwikkeling van colorectale kanker (CRC), vooral bij een snel groeiende groep jongere patiënten met vroeg beginnende CRC. pks+ E. coli-stammen produceren het genotoxine colibactine, dat bekend staat om het veroorzaken van dubbelstrengs DNA-breuken en mutaties in celproliferatie- en differentiatieroutes die geassocieerd zijn met CRC. Dit artikel beschrijft een methode voor pks+ E. coli-kolonisatie bij muizen onder niet-inflammatoire omstandigheden, van de bereiding van een bacteriële inoculum tot de validatie van de kolonisatie. Na nachtelijke incubatie wordt pks+ E. coli-stam E. coli NC101 toegediend aan antibiotica-geconditioneerde muizen via orale gavage. Kolonisatie wordt beoordeeld in de ontlasting door het aantal lactose-fermenterende gramnegatieve kolonievormende eenheden (CFU's) te kwantificeren en door kwantitatieve PCR-amplificatie. Met dit protocol werd aangetoond dat, na de succesvolle kolonisatie van C57BL/6-muizen met E. coli NC101, suppletie met de voedingsvezel inuline de groei van pks+ E. coli bevorderde, wat zich weerspiegelt in een verhoogd herstel van CFU's, een hogere abundantie van de Enterobacteriaceae-familie en verhoogde niveaus van de clbP Gene. Samenvattend maakt dit model het mogelijk om preventieve en therapeutische behandelingen te bestuderen die gericht zijn op een belangrijke pathobiont die betrokken is bij de ontwikkeling van CRC.

Inleiding

Het is bekend dat de darmmicrobiota een belangrijke rol speelt in de gezondheid en ziekte van de gastheer, met darmmicrobiële dysbiose, oftewel een overgroei van bepaalde potentieel pathogene bacteriën (pathobionten), die worden herkend als kenmerkend voor verschillende ziektevormen, waaronder hart- en vaatziekten, inflammatoire darmziekten (IBD) en kanker1. pks+ Escherichia coli is een pathobiont die verrijkt is met colonweefselmonsters van patiënten met IBD2 en colorectale kanker (CRC)3 in vergelijking met gezonde personen. De pro-tumorigene activiteit van pks+ E. coli is gekoppeld aan de expressie van het polyketidesynthase (pks) gencluster en de productie van het genotoxine colibactine4. Colibactine transloceert naar de kern van colon-epitheelcellen, wat leidt tot de vorming van dubbelstrengs DNA-breuken5 en mutaties in belangrijke CRC-geassocieerde routes6. Kolonisatie van pks+ E. coli is aangetoond dat deze bijdraagt aan tumorinitiatie7 en tumorprogressie3 in preklinische modellen van colitis-geassocieerde CRC (CAC). Recentelijk is colibactine-geïnduceerde mutagenese geassocieerd met vroeg-aanvang CRC 8,9. De incidentie van vroeg beginnende CRC, die voorkomt bij mensen jonger dan 50 jaar, is de afgelopen decennia toegenomen, met de mogelijkheid om de huidige algemene daling van CRC-percentages9 te keren.

De rol van pks+ E. coli in de ontwikkeling van CRC, evenals in andere door microbiota gemedieerde aspecten van de gezondheid van de gastheer, wordt nog steeds verduidelijkt. Daarnaast is aangetoond dat verschillende factoren de expressie van PKS-genen beïnvloeden, waaronder ontsteking10, luminale ijzerconcentraties11 en dieetfactoren12,13, wat de deur opent voor microbiotagerichte interventies. Hier wordt een methode beschreven voor pks+ E. coli darmkolonisatie via orale gavage bij muizen met een muisstam van pks+ E. coli-stam NC101 (E. coli NC101). Andere modellen hebben de effecten van E. coli NC101 op ontsteking en carcinogenese beoordeeld bij kiemvrije (GF) muizen die monogekoloniseerd zijn door orale gavage en rectaal uitstrijken3, in genetisch vatbare (IL-10-//-) modellen van colitis 3,14, en in chemisch geïnduceerde modellen van colonontsteking en verstoring van darmbarrières15. Echter, kosteneffectieve kolonisatie met pks+ E. coli kan ook worden verkregen onder niet-inflammatoire omstandigheden bij specifiek-pathogene-vrije (SPF) muizen die vooraf met antibiotica zijn behandeld, om een niche te creëren voor kolonisatie en uitbreiding 14,16,17. Verschillende methoden voor de detectie en kwantificatie van pks+ E. coli in muizenuitwerpselen worden ook gepresenteerd, waaronder kwantitatieve PCR (qPCR) amplificatie van het clbP-gen, qPCR-beoordeling van de abundantie van de familie Enterobacteriaceae, en het terugvinden van kolonievormende eenheden (CFU's) op MacConkey agarmedia specifiek voor gramnegatieve lactose-fermenterende bacteriën. Deze methoden kunnen door elkaar worden gebruikt of samen om de aanwezigheid van pks+ E. coli en de productie van colibactine te bevestigen voor validatiedoeleinden of om verschillen in pks+ E. coli-uitbreiding te beoordelen als reactie op microbiota-gerichte interventies.

Hier wordt dit protocol gebruikt om het effect van de voedingsvezelinuline op pks+ E. coli-kolonisatie en -uitbreiding door qPCR en herstel van CFU's te beoordelen. Inuline is een prebioticum waarvan is aangetoond dat het de groei van gunstige Bifidobacterium- en Lactobacillus-soorten in de darmen bevordert, evenals de productie van kortketenvetzuren, die een belangrijke rol spelen in de homeostase van de darmen18. Er is echter ook aangetoond dat inuline de groei van de productie van pks+ E. coli en colibactine bevordert, wat leidt tot verhoogde tumorigenese in een door DSS behandeld adenomateuze polyposis coli (Apc)Min/+ CRC-model. Dit experiment evalueert de expansie van pks+ E. coli als reactie op dieetinuline in een muismodel zonder ontsteking of een verstoorde darmbarrière.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Protocol

Alle procedures werden uitgevoerd volgens de richtlijnen van de Canadian Council of Animal Care, na goedkeuring door het Institutional Animal Care Committee van het Centre de recherche du Centre hospitalier de l'Université de Montréal (CRCHUM). Zeven weken oude muizen werden uit een commerciële bron gehaald en een week geacclimatiseerd voorafgaand aan de start van het experiment. Een schematische weergave van deze methode wordt weergegeven in Figuur 1. De details van de dieren, reagentia en apparatuur die in deze studie zijn gebruikt, staan vermeld in de Materiaallijst.

figure-protocol-1
Figuur 1: Schema van pks+ E.coli voorbereiding en kolonisatie. Dag (D)-4: Vier dagen voor de gavage, begin muizen met antibiotica. D-1: 24 uur voor de gavage, verwijder antibiotica. Bereid pks+ E. coli-cultuur voor voor de overnachting. D0: Maak het pks+ E. coli bacteriële inoculum klaar. Dien de pks+ E. coli of een voertuigcontrole (zoutoplossing) zo snel mogelijk toe aan muizen via orale gavage na de bereiding van het inoculum. D7+ Verzamel uitwerpselen van muizen voor de detectie en kwantificering van pks+ E. coli-kolonisatie . Klik hier om een grotere versie van deze figuur te bekijken.

1. Antibioticabehandeling

  1. Verdun ampicilline, colistine en streptomycine in steriel drinkwater tot een eindconcentratie van 1 mg/mL voor ampicilline, 1 mg/mL voor colistine en 5 mg/mL voor streptomycine.
  2. Laat ad libitum toegang tot antibiotica in drinkwater gedurende 3 dagen.
  3. Verwijder antibiotica en herstel de toegang tot steriel water voor een uitspoelperiode van 24 uur vóór de behandeling met E. coli NC101 inoculum.
    OPMERKING: Antibioticaoplossing moet vers worden bereid voor elk experiment. De adequate inname van de antibioticaoplossing moet worden gecontroleerd. Indien nodig kan er een zoetstof aan het water worden toegevoegd.

2. Bereiding van E. coli NC101 inoculum (tot n = 12 muizen)

OPMERKING: Stappen 2.1-2.8 moeten worden uitgevoerd met behulp van een aseptische techniek.

  1. Bereid Lysogeny Bouillon (LB) voor en autoclave.
  2. Streep E. coli NC101 van glycerolmateriaal op een LB agarplaat met behulp van een steriele inoculatielus. Broed 's nachts uit bij 37 °C.
  3. Inoculeer 5 ml steriele LB-bouillon in een kweekbuis met een enkele kolonie van de LB-agarplaat met behulp van een inoculatielus. Incubeer 's nachts bij 37 °C in een bench-incubatieshaker bij 150 rpm.
  4. Centrifugeer de kweekbuis op 1500 x g gedurende 5 minuten op kamertemperatuur.
  5. Verwijder en gooi het supernatant weg, waarbij de bacteriële pellet wordt vermeden, die als een gebroken witte afzetting aan de basis van de buis zal verschijnen.
  6. Susseer de bacteriële pellet opnieuw in 5 mL 0,9% steriel zoutoplossing.
  7. Was door stappen 4 tot 6 te herhalen.
  8. Meet de optische dichtheid bij 600 nm (OD600) met een celdichtheidsmeter en stel de OD600 aan op 0,625 (~1 x 108 CFU's/muis) met steriele zoutoplossing.
    OPMERKING: Om te voorkomen dat de bouillon in stap 3 bacteriële besmetting ontstaat, incubeer je een aparte tube met 2-3 ml steriele LB-bouillon een nacht. De bouillon moet na een nachtelijke incubatie helder blijven, wat aangeeft dat er geen bacteriële besmetting is. Als de start-OD600 kleiner is dan 0,625, herhaal dan stappen 4 tot 6, waarbij je een kleiner volume gebruikt om de pellet opnieuw te suspenderen. Om een nauwkeurige dosering van E. coli NC101 te garanderen, moeten seriële verdunningen van de gavagevloeistof worden opgemaakt en 's nachts worden gekweekt. Het aantal CFU's per verdunning kan worden gebruikt om de initiële CFU-hoeveelheid in de bacteriële suspensie te schatten.

3. Orale gavage van E. coli NC101

  1. Beweeg het bacteriële inoculum voorzichtig om een gelijke verdeling van bacteriën te garanderen.
  2. Plaats de gave-naald op een 1 ml spuit en vul met 0,2 ml bacteriële inoculum, waarbij eventuele luchtbellen worden verwijderd.
  3. Haal de muis uit de kooi en pak de huid voorzichtig maar stevig vast door de huid van net achter de oren tot aan de schouderbladen vast te pakken, met het duimkussen en de zijkant van de wijsvinger. Zet de staart vast met de middel- of ringvinger van dezelfde hand.
  4. Houd de muis rechtop en steek de gave-naald aan de zijkant van de mond. Gleed met het uiteinde van de gavagenaald langs het gehemelte en in de slokdarm en maag, duw zachtjes de kop van de muis naar achteren om de nek te rekken. Als er weerstand wordt gevoeld, verwijder dan de gave-naald. Zet de muis indien nodig opnieuw vast voordat je het opnieuw probeert.
  5. Injecteer langzaam het bacteriële inoculum (0,2 mL) en haal de naald terug, volgens dezelfde hoek als bij het inbrengen.
  6. Zet de muis terug in de kooi en ga verder met de overgebleven muizen.
    OPMERKING: Het bacteriële inoculum moet zo snel mogelijk na de voorbereiding worden toegediend. Controlemuizen moeten 0,2 mL 0,9% steriele zoutoplossing (veerkracht) krijgen. De juiste lengte, gauge en baldiameter van de gavagenaald moeten worden bepaald op basis van het gemiddelde lichaamsgewicht van de muizen in elk experiment. Controleer het ademhalingspatroon en de activiteit van de muis na 5 minuten en voordat hij de dierenfaciliteit verlaat. Als er zware ademhaling of ademhalingsproblemen worden waargenomen, euthanaceer de muis volgens een goedgekeurd protocol. Orale gavage mag alleen worden uitgevoerd door getraind onderzoekspersoneel. Onjuiste uitvoering van orale gavege kan leiden tot ernstige complicaties of overlijden door slokdarmperforatie of injectie van de gavagevloeistof in de longen. Wanneer uitgevoerd door ervaren onderzoeksmedewerkers, wordt bij deze procedure geen sterfte verwacht. Muizen die voor dit experiment worden gebruikt, moeten onder SPF-omstandigheden worden gehuisvest. Om besmetting tussen kooien te voorkomen, moeten individueel geventileerde kooien worden gebruikt en muizen worden gemanipuleerd in een biologische veiligheidskast. Voordat elke kooi wordt geopend, moeten de handen en de buitenkant van het deksel worden afgeveegd met een geschikt desinfectiemiddel (bijvoorbeeld versnelde waterstofperoxide). De PBM-vereisten voor het manipuleren van muizen die in dit protocol worden gebruikt, omvatten een schort (wegwerpbaar of herbruikbaar) en handschoenen. Extra PBM kan vereist zijn door de gastdierfaciliteit. Alle manipulaties waarbij controlemuizen betrokken zijn, moeten eerst worden uitgevoerd.

4. Verzameling van ontlastingsmonsters

  1. Verzamel een fecale pellet van elke muis in een 1,5 mL microcentrifugebuis door de muis te schoppen zoals beschreven in stap 3.3. De muis moet onmiddellijk ontlasten. Plaats de muis in een schoone, lege kooi en wacht tot 30 minuten tot er overloopt.
  2. Vries het monster in een snap-frees door de buis in vloeibare stikstof te plaatsen. Bewaar het monster bij -80 °C tot nader onderzoek.
    OPMERKING: Detectie van clbA of kwantificering van clbP in ontlasting met realtime PCR moet vóór de start van het experiment worden uitgevoerd om te verifiëren dat muizen niet gekoloniseerd zijn met pks+ E. coli. Om kolonisatie langer dan een week te behouden, kan recikerend bacteriën gavage zonder voorafgaand toedienen van antibiotica (stappen 2.1-3.6) noodzakelijk zijn, afhankelijk van de experimentele omstandigheden. Kwantificering van E. coli NC101 in ontlasting door middel van CFU-herstel of real-time PCR moet minstens wekelijks worden uitgevoerd gedurende de duur van het experiment bij het eerste implementeren van dit protocol om de doseringsfrequentie te optimaliseren.

5. DNA-extractie van fecale bacteriën

  1. Haal bacterieel DNA uit verzamelde ontlastingsmonsters met behulp van een DNA-extractiekit volgens de instructies van de fabrikant.
  2. Meet de DNA-concentratie met een spectrofotometer en stel de DNA-concentratie aan op 5 ng/μL.

6. Bevestiging van kolonisatie door detectie van clbA - en E. coli 16S-genen

  1. Voer gelijktijdige amplificatie uit van de clbA- en E. coli 16S-ribosomale RNA (rRNA) genen (Aanvullende Tabel 1) door PCR met behulp van een geschikte mastermix en instrument voor PCR volgens de instructies van de fabrikant.
  2. Visualiseer clbA - en E. coli 16S-genen in E. coli NC101-gekoloniseerde muizen door agarosegelelektroforese zoals eerder beschreven19. Niet-gekoloniseerde muizen zouden de clbA-band moeten missen.

7. Kwantificering van E. coli NC101 door CFU-terugwinning

OPMERKING: Voer stappen 7.1-7.7 uit met behulp van de aseptische techniek.

  1. Weeg een lege microcentrifugebuis van 1,5 mL.
  2. Voeg ongeveer 20 mg ontlasting toe aan de 1,5 mL microcentrifugebuis en registreer het gewicht van de buis met het toegevoegde monster.
  3. Voeg 200 μL 0,9% steriel zoutoplossing toe aan elke buis.
  4. Wacht 10-15 minuten tot de ontlasting bij kamertemperatuur is verzacht en laat elke buis 5 minuten vortexen op maximale snelheid om een homogene suspensie te krijgen. Kleine deeltjes onverteerd voedsel zullen zichtbaar zijn.
  5. Breng 100 μL van elke suspensatie over in een MacConkey-agarplaat en verdeel het homogenaat gelijkmatig met behulp van een L-vormige spreider.
  6. Breng de platen een nacht uit bij 37 °C.
  7. Tel het aantal roze kolonies en normaliseer dit op basis van het gewicht van elke fecale pellet en het volume dat is geplateerd.
    OPMERKING: MacConkey-agar selecteert op gramnegatieve bacteriën. Daarnaast vormen bacteriën die lactose kunnen fermenteren (zoals E. coli) roze kolonies, terwijl die geen kleurloze of gele kolonies kunnen vormen. Alleen roze kolonies mogen worden meegeteld voor de doeleinden van dit protocol. Als het kolonienummer te hoog is om te tellen, kunnen seriële verdunningen van het initiële homogenaat worden uitgevoerd met 0,9% steriel zoutoplossing. Houd rekening met de verdunningsfactor bij het berekenen van het aantal kolonies per monster.
    Pelletgewicht = gewicht van microcentrifugebuis met het pelletmonster - gewicht van de lege microcentrifugebuis.

8. Kwantificering van het clbP-gen

  1. Voer amplificatie uit van de clbP - en universele 16S rRNA-genen (Aanvullende Tabel 1) door kwantitatieve PCR met behulp van een geschikte mastermix en instrument voor realtime PCR volgens de instructies van de fabrikant.

9. Kwantificering van Enterobacteriaceae

  1. Voer amplificatie uit van de Enterobacteriaceae- en universele 16S RNA-genen (aanvullend) door kwantitatieve PCR met behulp van een geschikte mastermix en instrument voor realtime PCR.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Resultaten

De amplificatie en visualisatie van de clbA - en E. coli-16S-genen in ontlasting aan het eindpunt door PCR en gelelektroforese toonde aan dat, hoewel beide genen zichtbaar waren bij E. coli NC101-gekoloniseerde muizen, alleen het E. coli 16S-gen zichtbaar was bij controlemuizen, wat bevestigde dat E. coli NC101 niet aanwezig was (Figuur 2B).

Zoals verwacht vertoonden15...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Discussie

De pro-kankerverwekkende effecten van colibactineproducerende pks+ E. coli zijn recentelijk in verband gebracht met zowel de toename van vroeg beginnende CRC9 als de invoering van een "Westerse" dieet12, factoren die de CRC-trends de komende decennia zullen blijven vormgeven. De meeste modellen van pks+ E. coli-kolonisatie worden getoond in de context van colitis-geassocieerde kanker, die geen karakterisering van pks+ ...

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Openbaarmakingen

De auteurs hoeven geen belangenconflicten aan te geven.

Dankbetuigingen

Dit werk werd gefinancierd door een subsidie van de Canadian Institutes of Health Research [CIHR, subsidie CSV-198232]. Wij danken de dierenfaciliteit van de CRCHUM. Figuren werden gemaakt met BioRender.com.

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Materialen

Lijst van materialen gebruikt in dit artikel
NaamBedrijfCatalogusnummerOpmerkingen
0.9% steriele zoutoplossingBaxterJF7634
10% Inuline aangepaste voedingTekladTD.240286Representatieve resultaten
50 ppm FeS04 (Vezelvrij) aangepaste voedingTekladTD.120515Representatieve resultaten
8-12 weken oude vrouwelijke B6 muizenCharles River LaboratoriesC57BL/6Representatieve resultaten 
Ampicilline natriumzout Wisent Inc400-110 XG
Benchtop centrifugeFisher scientific75004381
Celdichtheid meterBiochrom80-2116-30
Kweekbuis, 13mLSarstedt62.515.006
EcNC101N/AN/AEen geschenk van Dr. Christian Jobin, Universiteit van North Carolina in Chapel Hill 
Intubatie naald, 38mm x 22 GHarvard Apparatus Canada34-024Niet langer beschikbaar - Een potentiële alternatief is beschikbaar bij Instech Labs (FTP-22-38) 
Incubeerende orbitale shakerVWR980153
Inoculating lusFisher scientific22-363-595
L-vormige verspreiderFisher scientific14-665-230
Lysogeny bouillon Wisent Inc800-060 LGVoeg 35g LB poeder toe aan 1L water. Autoclaveer voor gebruik.
Lysogeny bouillon agar Wisent Inc800-011 LGVoeg 35g LB poeder toe aan 1L water. Autoclaveer voor gebruik.
MacConkey agarBecton Dickinson211387Voeg 50g MacConkey poeder toe aan 1L water. Autoclaveer voor gebruik. 
Microbiële DNA extractie kitQiagen47016
Microbiologische incubatorFisher scientific150152633
Microcentrifuge buis, 1.5mL UltiDent Scientific73-M150-C
PCR Rotor -Gene stripbuizen UltiDent Scientific73-V100-RG
Petri schaalSarstedt82.1472.001
Real-time PCR SYBR Green Master MixThermoFisher A25742
Real-time PCR thermische cyclerCorbett ResearchRG-3000A
Schroefdop buis, 15mLSarstedt62.554.502
Natrium colistimethate Fresenius KabiC309306
Streptomycine sulfaat zoutMillipore SigmaS9137
Tuberculinezuiver slipbuis, 1mLBecton Dickinson309659
VortexFisher scientific12-812

Referenties

  1. Hou, K., et al. Microbiota in health and diseases. Signal Transduct Target Ther. 7 (1), 135(2022).
  2. Martin, H. M., et al. Enhanced Escherichia coli adherence and invasion in Crohn's disease and colon cancer. Gastroenterology. 127 (1), 80-93 (2004).
  3. Arthur, J. C., et al. Intestinal Inflammation targets cancer-inducing activity of the microbiota. Science. 338 (6103), 120-123 (2012).
  4. Nougayrède, J. -P., et al. Escherichia coli Induces DNA double-strand breaks in eukaryotic cells. Science. 313 (5788), 848-851 (2006).
  5. Dziubańska-Kusibab, P. J., et al. Colibactin DNA-damage signature indicates mutational impact in colorectal cancer. Nat Med. 26 (7), 1063-1069 (2020).
  6. Iftekhar, A., et al. Genomic aberrations after short-term exposure to colibactin-producing E. coli transform primary colon epithelial cells. Nature Commun. 12 (1), 1003(2021).
  7. Yang, Y., Gharaibeh, R. Z., Newsome, R. C., Jobin, C. Amending microbiota by targeting intestinal inflammation with TNF blockade attenuates development of colorectal cancer. Nat Cancer. 1 (7), 723-734 (2020).
  8. Rosendahl Huber, A., et al. Improved detection of colibactin-induced mutations by genotoxic E. coli in organoids and colorectal cancer. Cancer Cell. 42 (3), 487-496.e6 (2024).
  9. Díaz-Gay, M., et al. Geographic and age variations in mutational processes in colorectal cancer. Nature. 643 (8070), 230-240 (2025).
  10. Arthur, J. C., et al. Microbial genomic analysis reveals the essential role of inflammation in bacteria-induced colorectal cancer. Nat Commun. 5 (1), 4724(2014).
  11. Tronnet, S., et al. High iron supply inhibits the synthesis of the genotoxin colibactin by pathogenic Escherichia coli through a non-canonical Fur/RyhB-mediated pathway. Pathog Dis. 75 (5), ftx066(2017).
  12. Arima, K., et al. Western-style diet, pks Island-carrying Escherichia coli, and colorectal cancer: Analyses from two large prospective cohort studies. Gastroenterology. 163 (4), 862-874 (2022).
  13. Oliero, M., et al. Oligosaccharides increase the genotoxic effect of colibactin produced by pks+ Escherichia coli strains. BMC Cancer. 21 (1), 172(2021).
  14. Thakur, B. K., et al. Dietary fibre counters the oncogenic potential of colibactin-producing Escherichia coli in colorectal cancer. Nat Microbiol. 10 (4), 855-870 (2025).
  15. Oliero, M., et al. Inulin impacts tumorigenesis promotion by colibactin-producing Escherichia coli in ApcMin/+ mice. Front Microbiol. 14, 067505(2023).
  16. Jans, M., et al. Colibactin-driven colon cancer requires adhesin-mediated epithelial binding. Nature. 635 (8038), 472-480 (2024).
  17. Devaux, A., et al. L-serine promotes pro-carcinogenic effects of colibactin-producing E. coli. Gut Microbes. 17 (1), 2515480(2025).
  18. Li, L. L., et al. Inulin with different degrees of polymerization protects against diet-induced endotoxemia and inflammation in association with gut microbiota regulation in mice. Sci Rep. 10 (1), 978(2020).
  19. Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. J Vis Exp. (62), e3923(2012).
  20. Oliero, M., et al. Putrescine supplementation limits the expansion of pks+ Escherichia coli and tumor development in the colon. Cancer Res Commun. 4 (7), 1777-1792 (2024).
  21. Jans, M., Vereecke, L. Physiological drivers of pks+ E. coli in colorectal cancer. Trends Microbiol. , (2025).
  22. Lavelle, A., et al. Baseline microbiota composition modulates antibiotic-mediated effects on the gut microbiota and host. Microbiome. 7 (1), 111(2019).
  23. Russell, A., et al. Reduced housing density improves statistical power of murine gut microbiota studies. Cell Rep. 39 (6), 110783(2022).
  24. Turner, P. V., Brabb, T., Pekow, C., Vasbinder, M. A. Administration of substances to laboratory animals: Routes of administration and factors to consider. J Am Assoc Lab Anim Sci. 50 (5), 600-613 (2011).
  25. Harnack, C., et al. Short-term mucosal disruption enables colibactin-producing E. coli to cause long-term perturbation of colonic homeostasis. Gut Microbes. 15 (1), 2233689(2023).
  26. Gurbatri, C. R., et al. Engineering tumor-colonizing E. coli Nissle 1917 for detection and treatment of colorectal neoplasia. Nat Commun. 15 (1), 646(2024).
  27. Yang, S., et al. Surface expression of antitoxin on engineered bacteria neutralizes genotoxic colibactin in the gut. Nat Microbiol. 11 (1), 53-66 (2026).
  28. Tronnet, S., et al. The Genotoxin colibactin shapes gut microbiota in mice. mSphere. 5 (4), (2020).
  29. Condamine, B., et al. Strain phylogroup and environmental constraints shape Escherichia coli dynamics and diversity over a 20-year human gut time series. ISME J. 19 (1), (2024).
  30. Cougnoux, A., et al. Bacterial genotoxin colibactin promotes colon tumour growth by inducing a senescence-associated secretory phenotype. Gut. 63 (12), 1932(2014).
  31. Oliero, M., et al. Prevalence of pks + bacteria and enterotoxigenic Bacteroides fragilis in patients with colorectal cancer. Gut Pathog. 14 (1), 51(2022).
  32. Chen, J., et al. A commensal-encoded genotoxin drives restriction of Vibrio cholerae colonization and host gut microbiome remodeling. PNAS. 119 (11), e2121180119(2022).

Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.

Herprints en machtigingen

Tags

ColibactineproductieColorectaal carcinoomMuiskolonisatieOrale gavageInulinesuppletieKolonievormende eenhedenKwantitatieve PCREnterobacteriaceae abundantieFecale DNA extractie
Kolonisatie met Murine pks+ Escherichia coli onder niet-inflammatoire omstandigheden
Neem contact met ons op
Aanbevelen aan de bibliotheek

Privacy

Gebruiksvoorwaarden

Beleidsoverzicht

Copyright © 2026 MyJoVE Corporation. Alle rechten voorbehouden.