De algemene workflow van deze studie wordt geïllustreerd in Figuur 1, waarin de opeenvolgende stappen van literatuurzoeken, bibliometrische analyse, identificatie van gedeelde genen, constructie van het eiwit-eiwitinteractienetwerk en padverrijkingsanalyse worden beschreven.
Strategie voor literatuurzoektocht
De literatuurzoektocht werd uitgevoerd op 22 juni 2025 in de Web of Science (WOS) Core Collection-database19. De zoekopdracht was beperkt tot de Science Citation Index Expanded (SCI-Expanded) en Social Sciences Citation Index (SSCI), die publicaties omvatten van 1 januari 2015 tot 31 december 2024. De specifieke zoektermen en het bijbehorende aantal resultaten worden weergegeven in Tabel 1. Na de eerste zoektocht werden documenttypes zoals samenvattingen, conferentiepapers, redactioneel materiaal, boekhoofdstukken en ingetrokken publicaties uitgesloten. Vervolgens werden alleen documenten in de Engelse taal en van de typen "Artikel" of "Review Artikel" bewaard voor verdere analyse.
Bibliometrische analyse
Bibliometrische analyse en visualisatie vereisen ondersteuning van specifieke softwaretools, waarvan details worden vermeld in de Materiaaloverzicht. Deze studie heeft als doel een kenniskaart te maken van het interdisciplinaire onderzoeksveld dat myositis en reumatoïde artritis overbrugt. De analytische reikwijdte omvat publicatietrendanalyses van het afgelopen decennium, patronen van internationale samenwerking en samenwerkingsnetwerken, academische invloed tussen instellingen/tijdschriften/auteurs, kerntrefwoorden die onderzoekshotspots weerspiegelen, en citatienetwerkanalyse.
Jaarlijkse publicatiecijfers werden eerst geëxporteerd uit de Web of Science-database en gebruikt om statistische grafieken te genereren die publicatietrends illustreren. De opgehaalde literatuurgegevens werden vervolgens geïmporteerd in VOSviewer-software voor analyse: binnen de module "Co-auteurschap" werden opties voor "Auteurs", "Organisaties" en "Landen" sequentieel geselecteerd om respectievelijk auteurs-samenwerkingsnetwerken, institutionele samenwerkingsnetwerken en landensamenwerkingsnetwerken te genereren; binnen de "Citation"-module werd de optie "Sources" gekozen om samenwerkingsnetwerken voor tijdschriften te creëren; binnen de module "Co-citation" werden "Cited Sources" en "Cited Authors" gekozen om samenwerkingsnetwerken voor geciteerde tijdschriften en samenwerkingsnetwerken voor geciteerde auteurs te verkrijgen. Om internationale samenwerkingsrelaties intuïtiever te visualiseren, werd het landen-samenwerkingsnetwerk verder esthetisch geoptimaliseerd met behulp van Scimago Graphica-software om de visuele helderheid en interpreteerbaarheid te verbeteren20.
Analyse van trefwoordhotspots en interdisciplinaire thematische termen werd uitgevoerd met behulp van CiteSpace-software21. Het Pathfinder-algoritme werd geselecteerd voor netwerk-snoeien, met een tijdsperiode vastgesteld van januari 2015 tot december 2024, verdeeld in maandelijkse tijdsblokken. Het knooppunttype werd geconfigureerd als "Keyword", wat resulteerde in een op trefwoorden gebaseerde clusterkaart van onderzoekshotspots, representatieve thematische termen voor elke cluster en de top 20 meest voorkomende hotspot-zoekwoorden. Citatienetwerkanalyse volgde een vergelijkbare procedurele workflow, waarbij alleen het nodetype werd aangepast naar "Cited Reference" om de bijbehorende analyse uit te voeren.
Identificatie van gedeelde genen
Op basis van bibliometrische analyse toonde het trefwoord "myositis" een significante prominente rol in het interdisciplinaire onderzoeksdomein van spierpathologie en reumatoïde artritis. Daarom selecteerde deze studie myositis en reumatoïde artritis als proefpersonen om overlappende genanalyses uit te voeren. De specifieke procedure was als volgt: Eerst werden doelgenen die geassocieerd zijn met myositis en reumatoïde artritis gehaald uit de GeneCards-database22. Om de volledigheid van de analyse te waarborgen, stelde deze studie geen relevantiescoredrempel vast en nam alle gerapporteerde genen die met de ziekten geassocieerd zijn op, waarmee twee overeenkomstige gensets werden geconstrueerd. Door deze twee sets te vergelijken, werden overlappende genen geïdentificeerd. Deze overlappende genen werden uiteindelijk gedefinieerd als "RA-Myositis-comorbiditeitsgerelateerde genen" en dienden als de kerndataset voor latere analyses.
Constructie van eiwit-eiwitinteractie (PPI) netwerkconstructie
Met behulp van de queryfunctie "Meerdere eiwitten" in de STRING-database hebben we de lijst "RA-myositis comorbidity-related gens" ingediend voor analyse23. Het organisme werd ingesteld op "Homo sapiens" met een minimaal vereiste interactiescore van ≥0,700 (medium vertrouwen). De resulterende eiwit-eiwitinteractienetwerkgegevens werden vervolgens geïmporteerd in Cytoscape voor visualisatie. Door knoopvorm- en -kleuren aan te passen via het STYLE-paneel, werd een duidelijk gevisualiseerd eiwit-eiwit interactienetwerkdiagram gegenereerd.
Analyse van padverrijking
De specifieke workflow voor padverrijkingsanalyse verliep als volgt. Eerst werd de Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) routeverrijkingsanalyse uitgevoerd op de gedeelde genset met behulp van het clusterProfiler-pakket in R-software24. De statistische significantie werd beoordeeld met de hypergeometrische test, en p-waarden werden aangepast voor meervoudig testen met behulp van de Benjamini-Hochberg-methode om het valse ontdekkingspercentage te beheersen. Paden met een aangepaste p-waarde < 0,05 werden als significant verrijkt beschouwd en werden behouden voor verdere analyse. Routes gerelateerd aan specifieke menselijke ziekten of algemene metabole processen werden vervolgens handmatig uitgesloten om de analyse te richten op kernsignaleringsmechanismen. De gefilterde routes en hun bijbehorende genen werden vervolgens geïmporteerd in Cytoscape-software om een interactienetwerk25 te construeren. Het algoritme "yFiles Organic Layout" werd toegepast om een duidelijke hiërarchische structuur te genereren. Visuele attributen werden verder geoptimaliseerd in het STYLE-paneel: de kleurintensiteit van de knoop werd in kaart gebracht naar verrijkingssignificantie, de grootte van de knoop werd gewogen op basis van het aantal kerngenen in elke route, en de randdikte werd gewogen door de Jaccard-gelijkencoëfficiënt tussen paden om de mate van genoverlap weer te geven. Uiteindelijk werd een KEGG-padinteractienetwerk verkregen voor een uitgebreide analyse.