Alle netwerkfarmacologieactiviteiten werden uitgevoerd in overeenstemming met de Richtlijnen voor Netwerkfarmacologische Evaluatiemethoden. Alle experimentele procedures werden uitgevoerd in overeenstemming met de regelgeving van het laboratoriumbeheer van de Zhejiang Sci-Tech University.
Netwerkfarmacologie
Voorspelling van potentiële doelen van GAS: De canonieke SMILES of GAS (PubChem CID: 1150) werd gehaald uit de PubChem-database42. De SMILES-structuur werd geüpload naar de SwissTargetPrediction-database (http://www.swisstargetprediction.ch/)43. De soortparameter werd ingesteld op Homo sapiens. Voorspelde doelen met een kanswaarde > 0,1 werden behouden om vals-positieve voorspellingen te verminderen. Alle voorspelde eiwitdoelen werden gestandaardiseerd naar officiële gensymbolen met behulp van de UniProt-database43 (soorten beperkt tot Homo sapiens), en dubbele vermeldingen werden verwijderd.
AD-gerelateerde genen werden verzameld uit de GeneCards-database (https://www.genecards.org/)44,45 en de OIM-database (https://www.omim.org/)46, waarbij "Alzheimer's disease" als zoekterm werd gebruikt. In GeneCards werden genen met een Relevance Score > 10 geselecteerd. Doelen verkregen van GeneCards en OMIM werden samengevoegd, duplicaten verwijderd en gennamen werden gestandaardiseerd met UniProt.
De voorspelde GAS-doelen en AD-gerelateerde genen werden geïmporteerd in het online platform Venny 2.1 om overlappende doelen te verkrijgen. In totaal werden 52 kruisende genen (zie aanvullende tabel 1) geïdentificeerd als potentiële therapeutische doelwitten van GAS bij AD.
De 52 kruisende doelen werden geüpload naar de STRING-database (https://string-db.org/)47 voor PPI-analyse. De soort werd ingesteld op Homo sapiens, en de minimaal vereiste interactiescore werd ingesteld op 0,4 (medium vertrouwen). Losgekoppelde knooppunten waren verborgen. De resulterende interactiegegevens werden geëxporteerd en gevisualiseerd met Cytoscape-software (versie 3.9.1).
GO- en KEGG-verrijkingsanalyse: De 52 overlappende doelen werden geüpload naar de Metascape-database (https://metascape.org/)48 voor Gene Ontology (GO) en Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) verrijkingsanalyses. De soort werd ingesteld op Homo sapiens. De verrijkingscriteria werden gedefinieerd als p-waarde < 0,01, minimale overlap ≥ 3, en verrijkingsfactor > 1,5. KEGG-paden werden gerangschikt op p-waarde en de top 20 significant verrijkte routes werden geselecteerd voor visualisatie. Verrijkingsresultaten werden gevisualiseerd met behulp van een online bioinformaticaplatform.
Het eiwitstructuurbestand van GSK-3β is verkregen uit de RCSB PDB-database. Het structuurbestand van GAS in SDF-formaat werd gedownload uit de PubChem-database en vervolgens omgezet naar Mol2-formaat met behulp van de Open Babel GUI-software. De hierboven genoemde bestanden werden verwerkt met AutoDock-software om waterstofatomen toe te voegen, watermoleculen te verwijderen en ladingen toe te wijzen. De verwerkte bestanden werden vervolgens opgeslagen in het PDBQT-formaat. Na het detecteren en verwerken van torsiebindingen in de ligandmoleculen werden de bestanden vervolgens opgeslagen in PDBQT-formaat. De laagste bindingsenergie tussen de twee moleculen werd verkregen door moleculaire koppeling met AutoDock Vina-software. Vervolgens werden de koppelingsresultaten gevisualiseerd en geanalyseerd met behulp van PyMOL.
Bereiding van de voorraadoplossing
Het OA-poeder (25 μg) was volledig opgelost in 1200 μL 10% dimethylsulfoxide (DMSO), bereid met steriele fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS) om een 25 μM voorraadoplossing te genereren. De voorraadoplossing werd gealiquoteerd en opgeslagen bij -80 °C. Voor elk experiment werd OA vers verdund met complete Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) (zie Materiaaltabel) tot de gewenste werksconcentraties. GAS-poeder (20 mg) werd opgelost in 1,4 mL steriele PBS, gefilterd door een 0,22 μm membraan voor sterilisatie en bereid als een 50 mM voorraadoplossing, die werd opgeslagen bij -20 °C. Voorafgaand aan gebruik werd de voorraadoplossing verdund met volledige DMEM tot de aangegeven werksconcentraties.
Constructie van het AD-celmodel
Humane neuroblastoom SH-SY5Y-cellen werden verkregen en gebruikt in deze studie (zie Materiaaloverzicht). SH-SY5Y-cellen werden geïnduceerd met gradiëntconcentraties van OA (0, 10, 20, 40, 80, 160 nM) gedurende respectievelijk 12, 24 en 36 uur om het AD-celmodel te vestigen.
Cellevensvatbaarheidstest
Om de optimale concentratie en inductieduur van OA voor het opzetten van het AD-celmodel te bepalen, werden SH-SY5Y-cellen behandeld met gradiëntconcentraties van OA (0, 10, 20, 40, 80 en 160 nM) voor verschillende tijdsperioden (12, 24 en 36 uur), en werd de cellevensvatbaarheid geëvalueerd met behulp van CCK-8 assay49. SH-SY5Y-cellen werden in 96-wellplaten geplaatst met een dichtheid van 7,5 × 10 3-cellen per put in 100 μL volledige DMEM. Platen werden 24 uur geïncubeerd bij 37 °C in een bevochtigde broedmachine met 5% CO₂ om celhechting mogelijk te maken. Na 24 uur aanhechting werd 100 μL OA-werkoplossing aan elke put toegevoegd om uiteindelijke concentraties van 0, 10, 20, 40, 80 en 160 nM te bereiken in een totaal volume van 200 μL per put. De controlegroep (CON) ontving een gelijk volume volledige DMEM zonder OA, terwijl de OA-groep OA ontving bij de aangegeven concentraties. Cellen werden 12 uur, 24 uur of 36 uur geïncubeerd onder standaard kweekomstandigheden. Elke concentratie en tijdstip werd ingesteld met zes replicatieputten. Drie lege putten (alleen medium) werden opgenomen voor achtergrondcorrectie.
Bepaling van de cellulaire oxidatieve stressindex
De SH-SY5Y-cellen in de logaritmische groeifase werden in een 6-wellplaat gezaaid. Na celbehandeling werd het vorige medium uit de putten verwijderd. Vervolgens werden de putten drie keer gewassen met voorgekoelde PBS op 4 °C. Daarna werd een cellysebuffer toegevoegd en werden de cellen op ijs gelyseerd met de juiste methode zoals door de kit aangegeven. Het eiwitgehalte van de monsters werd gekwantificeerd met behulp van de BCA-eiwittestkit (zie Materiaaltabel). De activiteiten van T-AOC, SOD en MDA werden bepaald volgens de instructies die bij de respectievelijke assay kits werden geleverd (zie Materiaaltabel).
Celapoptosedetectie
Celapoptose werd geëvalueerd met een Annexin V-FITC/PI dubbelkleuringsset (zie Materiaaltabel) volgens de instructies van de fabrikant. Kort gezegd werden zowel zwevende als hechtende cellen verzameld. Adherente cellen werden verteerd met trypsine zonder EDTA om schade aan kunstmatige membraan te voorkomen en gecombineerd met zwevende cellen. Cellen werden twee keer gewassen met koud PBS en opnieuw gesuspendeerd in 500 μL van 1× Binding Buffer met een dichtheid van 0,5–1 × 106cellen .
Vervolgens werden 5 μL Annexine V-FITC en 5 μL propidiumjodide (PI) aan elk monster toegevoegd, zachtjes gemengd en 10–20 minuten op kamertemperatuur in het donker geïncubeerd. Monsters werden op ijs gelegd en binnen 1 uur geanalyseerd met een flowcytometer.
Voor flowcytometrische analyse werden ongekleurde controles en enkelkleurige controles (alleen Annexin V-FITC en alleen PI) gebruikt om compensatieparameters en kwadrantpoorten in te stellen. Forward and side scatter (FSC/SSC) gating werd voor het eerst toegepast om puin en celaggregaten uit te sluiten. Er werden minimaal 10.000 gebeurtenissen per monster verkregen. De gegevens werden geanalyseerd met behulp van FlowJo-software.
Realtime kwantitatieve PCR-analyse (RT-qPCR)
Volgens de instructies van de AG-reverse transcriptiekit werd het geëxtraheerde RNA onderworpen aan reverse transcriptie om complementair DNA (cDNA) te genereren, dat vervolgens 10 keer werd verdund met steriel water om als sjabloon te dienen. Het RT-qPCR reactiesysteem werd voorbereid volgens het protocol van de Green Master Mix (No Rox) kit, en de analyse werd uitgevoerd met een fluorescerend kwantitatieve PCR-instrument (zie Materiaaltabel). De verkregen Ct-waarden werden verwerkt en geanalyseerd, en de expressieniveaus van doelgenen werden berekend met de 2-ΔΔCt-methode, waarbij ΔCt het verschil tussen Ct-waarden in de behandelgroep en GAPDH vertegenwoordigt, en ΔΔCt het verschil tussen ΔCt-waarden in de behandelgroep en controlegroep. De lijst met primers is te vinden in Aanvullende Tabel 2.
Westelijke blottinganalyse
De cellysebuffer, samen met een proteaseremmer en een fosfataseremmer, werd gecombineerd in een verhouding van 100:1:1. De cellen werden gelyseerd om cellulaire eiwitten te extraheren. De eiwitconcentratie werd bepaald met behulp van de BCA-assaykit. Eiwitten (20–30 μg per baan) werden gescheiden op 10% SDS-PAGE gels bij 80 V voor de stapelgel en 120 V voor de oplossende gel. Eiwitten werden 90 minuten lang overgebracht naar PVDF-membranen (0,45 μm) bij 300 mA met behulp van natte transfer. Het membraan werd 2 uur lang geblokkeerd met 5% magere melk bij kamertemperatuur, gevolgd door nachtelijke incubatie met primaire antistoffen (zie Materiaaltabel) bij 4 °C. Na 1 uur te hebben geëcubeerd met het secundaire antilichaam op kamertemperatuur, werd het membraan vier keer gewassen met TBST gedurende 5 minuten. De banden werden gevisualiseerd met behulp van verbeterde chemiluminescentie (ECL) detectiereagentia (zie Materiaaltabel), en de detectie werd uitgevoerd met een gelbeeldvormingssysteem. De grijswaardenwaarden werden geanalyseerd met ImageJ-software voor data-inzichten.