Neurotrope virussen blijven een aanhoudende wereldwijde gezondheidsuitdaging, en de mechanismen waarmee ze de menselijke hersenen beschadigen zijn nog niet volledig begrepen. Diermodellen worden vaak beperkt door mensspecifieke aspecten van de CNS-biologie, terwijl tweedimensionale (2D) celculturen de complexe driedimensionale (3D) cellulaire interacties die optreden tijdens virale herseninfecties niet kunnen reproduceren. In het afgelopen decennium zijn hersenorganoïden afkomstig van menselijke stamcellen fysiologisch relevante modellen geworden die deze beperkingen aanpakken. Deze 3D-culturen assembleren zichzelf tot structuren met neuronen, astrocyten en voorlopercellen, gerangschikt in patronen die lijken op vroege hersenontwikkeling. Deze review onderzoekt de toepassing van hersenorganoïden bij de studie van infecties veroorzaakt door het Zika-virus (ZIKV), het ernstige acute respiratoire syndroom coronavirus 2 (SARS-CoV-2), herpes simplex-virus (HSV) en humaan immunodeficiëntievirus type 1 (HIV-1). Studies werden gescreend van PubMed en geselecteerd op basis van hun relevantie voor organoïde-gebaseerde CNS-infectiemodellering, antivirale medicatiescreening, CNS-gerichte medicijnafgifte en neuro-ontsteking. Organoïde-gebaseerde antivirale screening heeft veelbelovende verbindingen geïdentificeerd uit bibliotheken met meer dan 1.000 kandidaten. Geneesmiddelafgiftestrategieën worden ook besproken, met bijzondere nadruk op nanodeeltjes, polymeer-gebaseerde dragers en extracellulaire vesikels (EV's) die in organoïde- en sferoidmodellen worden geëvalueerd op hun vermogen om de bloed-hersenbarrière (BBB) te passeren en therapeutische lading naar neurale cellen te brengen. De rollen van schade-geassocieerde en pathogen-geassocieerde moleculaire patronen (DAMPs en PAMPs) bij neuro-inflammatie, complementontwijking en chronische schade na infectie, waaronder long COVID, worden ook onderzocht. Huidige beperkingen, waaronder het ontbreken van functionele vaaten, onvolledige BBB-componenten en reproduceerbaarheidsuitdagingen, worden besproken. Ondanks deze beperkingen overbruggen CNS-organoïden de kloof tussen fundamenteel onderzoek en klinische toepassing, en bevorderen ze de ontwikkeling van effectieve therapieën voor virale herseninfecties.