Deze studie betrof alleen gevestigde commerciële cellijnen en omvatte geen menselijke deelnemers, klinische monsters of dierproeven. Daarom waren institutionele ethische goedkeuring en geïnformeerde toestemming niet vereist. Alle experimenten werden uitgevoerd volgens de veiligheidsrichtlijnen van institutionele laboratoriums. Gevaarlijke reagentia werden behandeld in speciale dampkappen, waarbij de juiste persoonlijke beschermingsmiddelen (PBM) werden gebruikt. Chemisch en biologisch afval werd afgevoerd volgens de institutionele regelgeving. De chemicaliën, kits en reagentia die in het protocol worden gebruikt, staan vermeld in de Materiaaltabel.
1. Celkweek
RAW264.7 muismacrofagen, HeLa menselijke baarmoederhalscarcinoomcellen en HEK293T menselijke embryonale niercellen werden aangekocht bij de Cell Bank van de Chinese Academie van Wetenschappen (Shanghai, China). Alle cellen werden bewaard in Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM), dat 10% foetaal rundereserum (FBS) en 1% penicilline-streptomycine bevatte. De kweekomgeving was ingesteld op 37 °C met 5% CO₂ en verzadigde luchtvochtigheid.
2. Cellevensvatbaarheidstest
De cellevensvatbaarheid werd beoordeeld via een Cell Counting Kit-8 (CCK-8) assay. RAW264,7-cellen (2,5 × 10cellen van 4 cellen/put) werden verplat in 96-wellplaten en 's nachts gekweekt bij 37 °C. Cellen werden vervolgens behandeld met wisselende concentraties XTT gedurende 24 uur, met of zonder LPS (0,5 μg/mL). De LPS-concentratie en behandelingsduur werden in voorlopige experimenten geoptimaliseerd om matige ontstekingsreacties op te wekken zonder significante cytotoxiciteit te veroorzaken. Vervolgens werd 10 μL CCK-8 reagens aan elke put toegevoegd, en de plaat werd 2 uur lang op 37 °C gehouden. De absorptie werd gemeten op 540 nm met behulp van een microplaatlezer.
3. Bepaling van NO- en PGE₂-niveaus in celkweekmedium
RAW264,7-cellen werden geplateerd in platen met 24 putplaten met een dichtheid van 2,5 × 105-cellen per put en 's nachts gekweekt bij 37 °C. Cellen werden voorbehandeld met XTT gedurende 2 uur voorafgaand aan LPS-stimulatie of TNF-α (15 ng/mL) gedurende nog eens 24 uur. De 2 uur pre-behandelingsperiode werd gekozen om voldoende interactie tussen XTT en cellulaire doelen te waarborgen voorafgaand aan inflammatoire uitdaging. De niveaus van stikstofoxide (NO) en prostaglandine E₂ (PGE₂) in het kweekmedium werden gekwantificeerd volgens de protocollen van de fabrikant.
4. Kwantitatieve real-time polymerasekettingreactie (qRT-PCR)
RAW264,7-cellen (2 × 106 cellen) werden 's nachts in 6-wellplaten geplaatst en voorbehandeld met verschillende doses XTT gedurende 2 uur voordat de LPS-uitdaging (0,5 μg/mL) gedurende 24 uur werd toegediend. Totaal RNA werd geïsoleerd met behulp van TRIzol-reagens volgens de instructies van de fabrikant. RNA-concentratie en zuiverheid werden geëvalueerd met een spectrofotometer, en monsters met A260/A280-verhoudingen >1,8 werden gebruikt voor downstream-analyses.
Totaal RNA (2 μg) werd reverse-getranscribeerd naar cDNA in een eindreactievolume van 20 μL met behulp van een cDNA-synthesekit. Kwantitatieve real-time PCR werd uitgevoerd met behulp van SYBR Green-chemie op een realtime PCR-detectiesysteem. De primerreeksen waren als volgt:
iNOS voorspringer: 5′-GGA TCT TCC CAG GCA ACC A-3′
iNOS achteruit: 5′-AAT CCA CAA CTC GCT CCA AGA TT-3′
COX2 VOORSPRINGER: 5′-CAA CAC CTG AGC GGT TAC-3′
COX2 achteruit: 5′-GTT CCA GGA GGA TGG AGT-3′
IL-1β voor: 5′-GCC TTG GGC CTC AAA GGA AAG AAT C-3′
IL-1β achteruit: 5′-GGA AGA CAC AGA TTC CAT GGT GAA G-3′
IL-6 aanvaller: 5′-TGG AGT CAC AGA AGG AGT AGT GGC TAA G-3′
IL-6 achteruit: 5′-TCT GAC CAC AGT GAG GAA TGT CCA C-3′
TNF-α voor: 5′-CAC CAC GCT CTT CTG TCT-3′
TNF-α achteruit: 5′-GGC TAC AGG CTT GTC ACT C-3′
GAPDH voorschouw: 5′-TGC ACC ACC AAC TGC TTA GC-3′
GAPDH achteruit: 5′-GGC ATG GAC TGT GGT CAT GAG-3′
De PCR-amplificatieprocedure werd uitgevoerd als: initiële denaturatie bij 95 °C gedurende 5 minuten, gevolgd door 39 cycli van 95 °C gedurende 15 seconden en 60 °C gedurende 30 seconden. Relatieve genexpressieniveaus werden berekend met de 2−ΔΔCt-methode met GAPDH als interne controle.
5. Western-blotting
Na behandeling werden RAW264.7-cellen gehomogeniseerd in een RIPA-buffer met protease- en fosfataseremmers. Deze remmers werden direct voor gebruik vers bereid om eiwitafbraak en defosforylering te voorkomen. De totale eiwitspiegels werden gekwantificeerd met behulp van een BCA-assaykit. Gelijke hoeveelheden eiwit werden gescheiden door 10% natriumdodecylsulfaat-polyacrylamide gelelektroforese en overgedragen op nitrocellulosemembranen. Na overdracht werden membranen geïncubeerd met 5% magere melk bereid in TBST met Tween-20 (TBST) voor blokkering, en vervolgens 's nachts getest met primaire antilichamen (1:1.000 verdunning) bij 4 °C. Vervolgens werden membranen onderzocht met mierikswortelperoxidase-geconjugeerde secundaire antilichamen (1:5.000 verdunning) gedurende 1 uur bij kamertemperatuur. Eiwitbanden werden gedetecteerd met een chemiluminescentiedetectiesysteem en bandintensiteiten werden geanalyseerd via densitometrische kwantificering.
6. Immunofluorescentietest
HeLa-cellen werden in 6-wellplaten geplant en voorbehandeld met XTT (8 μM) gedurende 4 uur voorafgaand aan TNF-α stimulatie (15 ng/mL) gedurende 30 minuten. Deze pre-incubatieperiode van 4 uur werd gekozen om de doelaanval vóór de activatie van NF-κB te maximaliseren. Cellen werden 15 minuten gefixeerd met 4% paraformaldehyde en permeabiliseerd met 0,25% Triton X-100 gedurende 15 minuten bij kamertemperatuur. Na blokkering met 2% rundserumalbumine (BSA) en 10% geitenserum verdund in fosfaatgeboterde zoutoplossing (PBS), werden cellen 's nachts geïncubeerd met een anti-p65 primair antilichaam (1:250 verdunning) bij 4 °C, gevolgd door een sondering met een TRITC-geconjugeerd secundair antilichaam (1:1.000 verdunning) gedurende 1 uur bij kamertemperatuur. De kernen werden 5 minuten in het donker tegengekleurd met DAPI (0,5 μg/mL). Fluorescentiebeelden werden vastgelegd met een fluorescentiemicroscoop. HeLa-cellen werden geselecteerd omdat hun grote cytoplasma-kernverhouding de visualisatie van p65-kerntranslocatie mogelijk maakt.
7. Cytoplasmatische en nucleaire fractionering
HeLa-cellen werden 4 uur pre-geïncubeerd met XTT en vervolgens 30 minuten gestimuleerd met TNF-α (15 ng/mL). Cellen werden verzameld, gespoeld met koud PBS en verwerkt voor cytoplasmatische en nucleaire eiwitextractie met behulp van een commerciële nucleaire en cytoplasmatische eiwitextractiekit volgens de instructies van de fabrikant. Alle procedures werden op ijs uitgevoerd om de eiwitintegriteit te behouden.
8. Cellulaire thermische verschuivingstest (CETSA)
CETSA werd uitgevoerd zoals eerder beschreven14. Ongeveer 1 × 10 à7 HeLa-cellen werden verzameld en opnieuw gesuspendeerd in 500 μL koude PBS-bevattende proteaseremmers, waarna ze via drie vries-dooicycli in vloeibare stikstof werden gelyseerd. Cellysaten werden gecentrifugeerd op 20.000 × g gedurende 15 minuten bij 4 °C. De resulterende supernatanten werden gelijkmatig verdeeld in twee groepen en behandeld met XTT (100 μM) of DMSO gedurende 1 uur bij kamertemperatuur. XTT (100 μM) werd toegepast om de detectiegevoeligheid in CETSA-experimenten te verbeteren. Monsters werden vervolgens in zeven buizen verdeeld en 3 minuten op de aangegeven temperatuur verwarmd, gevolgd door incubatie bij kamertemperatuur voor nog eens 3 minuten. Oplosbare eiwitfracties werden verzameld voor immunoblottinganalyse.
9. Moleculaire koppeling
Moleculaire dockinganalyse werd uitgevoerd zoals eerder beschreven14. Kristalstructuren van IKKβ (PDB-ID's: 3BRT en 4KIK) werden opgehaald uit de Protein Data Bank (PDB). Eiwitstructuren werden voorbewerkt met PyMOL (versie 2.3.4) om watermoleculen, oorspronkelijke liganden en onzuiverheden te verwijderen, gevolgd door toevoeging van waterstofatomen. Gasteiger-ladingen werden berekend en actieve pockets werden geïdentificeerd met AutoDock Tools (versie 1.5.6). Eiwitstructuren werden vervolgens opgeslagen in PDBQT-formaat.
De XTT-structuur werd gegenereerd in Chem3D (versie 15.1) en geoptimaliseerd via energieminimalisatie. Semi-flexibel koppelen werd uitgevoerd met AutoDock Vina (versie 1.1.2). Rasterboxen werden gebouwd om de actieve pockets volledig te bedekken, terwijl alle andere parameters op standaardinstellingen bleven. Dockinghoudingen met de laagste bindingsenergieën en meest stabiele conformaties werden geselecteerd voor analyse. Bindingsenergieën onder −5 kcal/mol werden volgens gepubliceerde criteria als indicatief voor een sterke bindingsaffiniteit beschouwd. PyMOL werd verder gebruikt om bindingsmodi te visualiseren en waterstofbruggen, hydrofobe interacties, van der Waals-interacties en potentiële bindingsplaatsen te beoordelen.
10. Statistische analyse
Alle statistische analyses werden uitgevoerd met behulp van de GraphPad Prism 5.0-software. De gegevens worden gepresenteerd als het gemiddelde ± standaardfout van het gemiddelde (SEM) uit drie onafhankelijke experimenten. De statistische significantie werd beoordeeld met behulp van eenrichtingsvariantieanalyse (ANOVA), gevolgd door Dunnetts post hoc-test. Een waarde van p < 0,05 werd als statistisch significant beschouwd.