Een abonnement op JoVE is vereist om deze inhoud te bekijken. Log in of start vandaag met uw gratis proefperiode.
Onderzoeksartikel
* These authors contributed equally
Dit protocol schetst een geïntegreerde bio-informatische en machine learning-workflow om leeftijdsgelaagde pyroptose-biomarkers bij acuut respiratoire noodsyndroom (ARDS) te identificeren, gekoppeld aan een in vivo methodologie waarbij een door LPS geïnduceerd rattenmodel experimenteel wordt gevalideerd door de voorlopige effectiviteit van spectrum energiewater en ver-infrarode straling.
Acuut respiratoir noodsyndroom (ARDS) is een levensbedreigende inflammatoire longaandoening met hoge morbiditeit en mortaliteit, waarbij pyroptose is uitgegroeid tot een cruciaal pathogeenmechanisme. Aangezien leeftijdsgebonden immuun- en moleculaire verschillen pyroptose en therapeutische respons kunnen beïnvloeden, was deze studie gericht op het identificeren van leeftijdsspecifieke pyroptose-geassocieerde biomarkers en het therapeutisch potentieel van spectrum energy water (SEW) gecombineerd met ver-infrarode straling (FIR) te evalueren. De uitgebreide workflow van het protocol omvat transcriptomische datasetverwerking, leeftijdsstratificatie, machine learning en immuno-infiltratieanalyse om leeftijdsspecifieke hubgenen te identificeren. Deze computationele fase wordt gevolgd door in vivo experimentele validatie met behulp van een door LPS geïnduceerd ARDS-ratmodel, waarbij histologische beoordeling, ELISA en Western blotting worden gebruikt om de SEW+FIR-interventie rigoureus te evalueren en hubgenexpressie te verifiëren. Zestien pyroptose-geassocieerde genen werden geïdentificeerd, waarvan AXL en GSDME voornamelijk geassocieerd waren met de ernst van ARDS bij oudere patiënten, terwijl SPP1 relevanter was bij jongere personen. Er werden duidelijke immuunsignaturen waargenomen, met M2-macrofagen verrijking en immunosuppressie bij oudere patiënten, in tegenstelling tot pro-inflammatoire activatie bij jongere patiënten. Functionele analyses brachten deze genen in verband met metabole, inflammatoire en immuunregulerende routes. In vivo verlichtte SEW+FIR-behandeling longschade, onderdrukte de productie van inflammatoire cytokines (IL-1β, IL-18, IL-6, TNF-α) en moduleerde de expressie van AXL, GSDME en SPP1. Gezamenlijk onderstrepen deze bevindingen leeftijdsafhankelijke verschillen in pyroptose-gerelateerde mechanismen in ARD en identificeren ze AXL, GSDME en SPP1 als voorlopige biomarkerkandidaten die verdere klinische validatie verdienen. In het huidige muisexperimentele model toonde SEW+FIR beschermende effecten door systemische ontsteking te verlichten en pyroptose-gerelateerde signalering te moduleren, wat fundamentele in vivo ondersteuning biedt voor het potentieel als niet-farmacologische aanvullende strategie.
Acuut longletsel (ALI)/acuut respiratoire distresssyndroom (ARDS) is een ernstige respiratoire aandoening die wordt gekenmerkt door een acuut begin van ernstige hypoxemie en niet-cardiogene longoedeem, voornamelijk als gevolg van diffuse alveolaire schade1. Het kan worden veroorzaakt door een reeks long- en extrapulmonale insulcaties. Pulmonale oorzaken zijn onder andere infectieuze longontsteking, aspiratie van maaginhoud en ernstig thoracaal trauma, terwijl extrapulmonale triggers ontstaan door systemische ontstekingsreacties secundair aan niet-pulmonale insulten, zoals sepsis, pancreatitis, niet-thoracaal trauma, ernstige brandwonden, massale transfusie en reperfusieschade na longtransplantatie of trombectomie 1,2. Ondanks vooruitgang in ondersteunende zorg blijft ARDS een grote klinische uitdaging in de intensive care geneeskunde, met hoge morbiditeits- en sterftecijfers wereldwijd3. Daarom is het begrijpen van de pathogenese van ALI/ARDS cruciaal voor het ontwikkelen van effectieve behandelingen.
Pyroptose, een ontstekingsvorm van geprogrammeerde celdood die uitgebreid is gekarakteriseerd in de context van tumorsuppressie en oncologische therapieën4, wordt nu erkend als een cruciale speler in de ARDS-pathofysiologie5. In tegenstelling tot apoptose wordt pyroptose gemedieerd door activatie van inflammasoom en daaropvolgende splijting van gasdermine D (GSDMD), wat leidt tot membraanporievorming, cellyse en de afgifte van pro-inflammatoire cytokines zoals interleukine-1β (IL-1β) en interleukine-18 (IL-18)6. Bij ARDS draagt overmatige activatie van pyroptose in alveolaire macrofagen, epitheelcellen en endotheelcellen bij aan een overdreven ontstekingsreactie, verstoring van de alveolaire-capillaire barrière, longoedeem en progressie van hypoxemie7. Groeiend bewijs suggereert dat het richten op belangrijke regulatoren in het pyroptosepad een nieuwe strategie kan zijn om ontstekingen te verminderen en klinische uitkomsten in ARDS 8,9 te verbeteren. Er blijft echter een cruciale kenniskloof bestaan over de impact van veroudering—een belangrijke factor van ARDS-vatbaarheid en prognose—op het pyroptotische landschap. Huidige studies behandelen ARDS vaak als een monolithische aandoening, waarbij de mogelijkheid van leeftijdsspecifieke moleculaire factoren die gepersonaliseerde therapeutische responsen kunnen bepalen, over het hoofd zien.
In de afgelopen jaren heeft de toepassing van nieuwe biofysische interventies en geavanceerde functionele materialen—zoals SEW en ver-infraroodstraling (FIR)-emitters — aan populariteit gewonnen als niet-farmacologische strategieën om immuunresponsen te moduleren en ontstekingen te onderdrukken10,11. Van deze therapieën is gerapporteerd dat ze de proliferatie van leukocyten en fagocytaire activiteit verbeteren, weefseloedeem verminderen en door endotoxine veroorzaakte microcirculatiestoornissen verminderen—waaronder leukocytenadhesie, erytrocytenaggregatie, bloedplaatjesactivatie en endotheelletsel 12,13,14. Bij lipopolysaccharide (LPS)-geïnduceerde ARDS-ratten verminderde de gecombineerde SEW- en FIR-behandeling significant de niveaus van IL-1β en IL-18—de kenmerkende downstream effectoren van de pyroptotische cascade—in zowel het serum als het bronchoalveolaire spoelvloeistof (BALF). Dit bewijs suggereert sterk dat de beschermende effecten van SEW+FIR mogelijk worden gemedieerd door het onderdrukken van door inflammasome veroorzaakte celdood. Bovendien werd vastgesteld dat SEW, wanneer het zelfstandig of als oplosmiddel werd toegepast, de expressieniveaus van interleukine-8 (IL-8) en tumornecrose factor-α (TNF-α) verlaagde, terwijl de expressieniveaus van interleukine-4 (IL-4) en interleukine-10 (IL-10) in het bloedserum werden verhoogd en histopathologische longschade werd verzacht 15,16,17,18.
Voortbouwend op deze observaties stelden we de hypothese op dat de therapeutische effectiviteit van gecombineerde SEW en FIR (SEW+FIR) in ARDS gebaseerd is op het vermogen om leeftijdsspecifieke pyroptotische routes te moduleren, waardoor de long-immuunhomeostase op een gerichte manier wordt hersteld. Momenteel is de ruggenop van het beheer van ARDS gebaseerd op mechanische ventilatie en beperkte farmacologische middelen zoals corticosteroïden, die vaak risico's met zich meebrengen op door beademingsapparatuur veroorzaakte longschade of systemische immunosuppressie19. In vergelijking met deze conventionele therapieën biedt SEW+FIR een niet-invasief, niet-farmacologisch alternatief dat vroege ontstekingscascades veilig kan verzachten zonder secundaire orgaantoxiciteit. In de praktijk is dit protocol het meest geschikt als vroege aanvullende interventie voor milde tot matige ARDS. De belangrijkste beperking is dat de effectiviteit bij ernstige, late fibrotische ARDS nog niet bewezen is, en dat essentiële levensondersteunende maatregelen in een intensive care-omgeving niet kunnen worden vervangen. Om onze hypothese te testen, hebben we een geïntegreerde pijplijn ontwikkeld die age-gelaagde transcriptomische profilering en machine learning verbindt met vivovalidatie. Deze benadering identificeert niet alleen AXL, GSDME en SPP1 als nieuwe, leeftijdsspecifieke therapeutische doelen, maar levert ook het eerste mechanistische bewijs voor het klinische potentieel van SEW+FIR als precisie-niet-farmacologische interventie voor ARDS.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Alle dierproevenprocedures werden strikt uitgevoerd volgens de richtlijnen die zijn goedgekeurd door de Onderzoekscommissie voor Dierenwelzijn en Ethiek van het Dongzhimen Ziekenhuis, Beijing University of Chinese Medicine (Goedkeuring nr. 19-54), vóór de start van het onderzoek.
Gegevensbron en gegevensverwerking
Twee genexpressiedatasets (GSE89953 en GSE116560) werden opgehaald uit de Gene Expression Omnibus (GEO) database20. De dataset GSE89953, die transcriptomische transcriptomische gegevens van hele alveolaire macrofagen bevat van ARDS-patiënten uit verschillende leeftijdsgroepen, werd gebruikt voor differentiële expressie en netwerkanalyse. De GSE116560 dataset, die klinische informatie bevat zoals de status van mechanische ventilatie, werd gebruikt voor machine learning en prognostische modellering. Daarnaast werden 608 genen die geassocieerd zijn met pyroptose geëxtraheerd uit een uitgebreide menselijke genannotatiedatabase, waarbij een correlatiescore hoger dan 1 als screeningscriterium werd gebruikt. Genexpressiegegevens werden genormaliseerd met het limmapakket in R. Klinisch proefnummer: niet van toepassing.
Identificatie van DEG's
De patiënten in de GSE89953 dataset werden gestratificeerd in twee leeftijdsgroepen: lage leeftijd (<45 jaar) en hoge leeftijd (≥45 jaar). Deze cutoff werd geselecteerd op basis van epidemiologisch bewijs dat suggereert dat de mediane leeftijd van het begin van ARDS ongeveer 45 jaaren 21 jaar is. Om de robuustheid van deze drempel te waarborgen, werden gevoeligheidsanalyses uitgevoerd met alternatieve leeftijdsgrenswaarden (50 en 55 jaar). Deze analyses toonden consistente patronen aan in hubgenidentificatie en moduleclustering, waarmee de 45-jaarsgrens statistisch werd gevalideerd voor latere analyses in de downstream. De dataset werd genormaliseerd met behulp van het limma-pakket in R. Differentieel tot expressie gebrachte genen (DEGs) tussen leeftijdsgroepen werden geïdentificeerd met lineaire modellering en empirische Bayes-moderatie. Genen met een aangepaste P-waarde < 0,05 en |log₂ vouwverandering| ≥ 0,5 werden als statistisch significante DIG's beschouwd. Vulkaangrafieken en heatmaps werden gegenereerd om DEG's te visualiseren met behulp van het ggplot2-pakket in R.
Pyroptose-geassocieerde genidentificatie en verrijkingsanalyse
Pyroptose-gerelateerde genen werden opgehaald uit de genannotatiedatabase met het trefwoord "pyroptose." De kruising van DEG's en pyroptose-geassocieerde genen werd gedefinieerd als differentieel tot expressie gebrachte pyroptose-gerelateerde genen (DEPG's). Gene Ontology (GO) en Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) routeverrijkingsanalyses van DEPG's werden uitgevoerd met het clusterProfiler-pakket in R22. De categorieën Biologisch Proces (BP), Cellulaire Component (CC) en Moleculaire Functie (MF) werden geannoteerd, en Z-score ≥ 1 en aangepaste P-waarden < 0,05 werden als significant beschouwd.
Analyse van gewogen genco-expressienetwerk (WGCNA)
Om genmodules te identificeren die geassocieerd zijn met pyroptose, werd WGCNA uitgevoerd met behulp van het WGCNA R-pakket. Een signed network werd gebouwd met een soft-threshold power (β) van 26 om schaalvrije topologie23 te garanderen. Modules werden geïdentificeerd via het dynamische tree-cut algoritme met een minimale modulegrootte van 30, een diepe splitsing van 2 en een merging threshold (snijhoogte) van 0,25. De correlatie tussen module-eigengenen en pyroptose-eigenschappen werd berekend. Genensetvariatieanalyse (GSVA) werd uitgevoerd op geselecteerde modules met behulp van hallmark gensets gedownload van MsigDB24,25.
Machine learning
De GSE116560 dataset werd verdeeld in groepen van hoge en lage leeftijd met 45 jaar als grenspunt, en beide groepen werden geanalyseerd met machine learning-algoritmen. Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO) regressieanalyse werd geïmplementeerd met het glmnet-pakket (versie 4.1-2) in R, waarbij de optimale strafparameter (λ) werd bepaald door 10-voudige kruisvalidatie (1-SE-criteria). Voor het Random Forest (RF) algoritme werden 500 bomen (ntree = 500) geconstrueerd, en het aantal kenmerken dat bij elke splitsing (mtry) werd bemonsterd werd gezet op de vierkantswortel van het totale aantal voorspellers om de stabiliteit van het model te waarborgen. Overlappende genen van beide methoden werden gedefinieerd als leeftijdsspecifieke signatuurgenen.
Constructie en evaluatie van diagnostische modellen
Er werd een diagnostisch voorspellingsmodel opgesteld op basis van de geïdentificeerde signatuurgenen. Logistische regressie werd gebruikt om het model te ontwikkelen, en er werd een nomogram gemaakt om de voorspellende kracht ervan te visualiseren. De prestaties van het model werden geëvalueerd met behulp van een receiver operating characteristic (ROC) curve, en het oppervlak onder de curve (AUC) werd berekend om de diagnostische nauwkeurigheid te beoordelen. Interne validatie werd uitgevoerd via bootstrap resampling. Verdere beoordeling van modelstabiliteit en klinische bruikbaarheid werd uitgevoerd met behulp van kalibratiegrafieken en beslissingscurveanalyse (DCA).
Immuuninfiltratieanalyse
De samenstelling van immuuncellen in groepen van hoge en lage leeftijd werd geschat met behulp van het CIBERSORT-algoritme op basis van de LM22-handtekeningmatrix. De relatieve verhoudingen van 22 immuunceltypen werden vergeleken tussen groepen. Differentiële expressie van hubgenen over immuuncelsubsets werd geanalyseerd met behulp van enkelsamplegegevens en weergegeven in heatmaps en histogrammen.
Analyse van genensetverrijking (GSEA)
GSEA werd afzonderlijk uitgevoerd op hubgenen uit de hoge- en laagleeftijdsgroepen. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) werd uitgevoerd met behulp van de Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) gensets. Genen werden gerangschikt op basis van de signaal-ruisverhouding (of vouwverandering) tussen groepen met hoge en lage expressie. Verrijkings- en genormaliseerde verrijkingsscores (NES) werden vervolgens berekend met behulp van 1.000 permutaties om significant verrijkte routes te identificeren. Routes met een valse ontdekkingsrate (FDR) van minder dan 0,25 en een nominale P-waarde van minder dan 0,05 waren significant verrijkt. Deze analyse werd vervolgens gebruikt om de biologische routes af te leiden die door elk hubgen gereguleerd kunnen worden.
Proefdieren
Achttien mannelijke SPF Sprague Dawley-ratten (6 tot 7 weken oud, 180 g ± 10 g) werden in deze studie gebruikt. Gedetailleerde leveranciersinformatie staat vermeld in de Materiaaltabel.
Reagentia en instrumenten
Elektromagnetisch veldbehandelde watervoorbereidingsapparaten en ver-infrarood emissie-instrumenten werden gebruikt voor experimentele interventies om respectievelijk spectrum energiewater (SEW) en ver-infraroodstraling (FIR) te leveren. Lipopolysaccharide (LPS) werd gebruikt om ARDS te modelleren. Cytokineniveaus (IL-1β, IL-18, IL-6, TNF-α) werden gekwantificeerd met specifieke ELISA-kits. Eiwitexpressieniveaus (AXL, SPP1, Caspase-3, GSDME, GAPDH) werden beoordeeld met behulp van specifieke primaire antilichamen en overeenkomstige HRP-geconjugeerde secundaire antistoffen. Monsterverwerking en -analyse werden uitgevoerd met standaard laboratoriumapparatuur, waaronder een biomicroscoop, een microtoom, een hogesnelheidscentrifuge, een ultra-lage temperatuur vriezer en een microplaatlezer. Volledige details van alle reagentia, antilichamen en instrumenten, samen met hun respectievelijke fabrikanten, worden verstrekt in de Materiaaltabel.
Diergroepering en modellering
Achttien Sprague-Dawley-ratten werden willekeurig toegewezen aan de Control-, Model- en SEW+FIR-groepen, met zes ratten per groep. Elke groep werd dagelijks gewogen en gedocumenteerd. De SEW+FIR-groep kreeg dagelijks 20 minuten FIR-therapie (golflengte 4 μm–14 μm, bestralingsafstand van 20 cm van het dorsale oppervlak) gedurende 20 minuten in een temperatuurgecontroleerde omgeving (22 °C ± 2 °C), terwijl tegelijkertijd SEW werd ontvangen met een dosis van 1 mL/100 g/d via orale gavage7. Gedestilleerd water werd oraal toegediend aan de controle- en modelgroepen met een equivalente dosis van 1 mL/100 g/d. SEAL- en gedestilleerd water werden eenmaal dagelijks toegediend gedurende 7 dagen na verhitting in een warm bad van 60 °C. Op de zevende dag, 6 uur na voeding, werden de Model- en SEW+FIR-groepen geïnjecteerd met een LPS-oplossing in een dosis van 2 mg/kg per gewicht via de staartven, terwijl de controlegroep werd behandeld met 0,9% fysiologische zoutoplossing in een dosis van 2 mg/kg per gewicht. De modelleringstechniek werd beschouwd als een volwassen en stabiele methode om een systemische ontstekingsreactie op te wekken met een enkele LPS-injectie via de staartader. Longweefsel uit de longpathologie in de gemodelleerde groepen was consistent met ARDS-kenmerken25. Checkpoint: Succesvolle ARDS-inductie wordt aangegeven door zichtbare lusteloosheid, tachypneu en een gewichtsvermindering van ~10% binnen 16 uurna injectie.
Verzameling van rat-gerelateerde indicatoren
Zestien uur later werden alle drie groepen intraperitoneaal geïnjecteerd met 3% pentobarbital natrium in een dosis van 30 mg/kg lichaamsgewicht om anesthesie op te wekken. KRITIEK: De diepte van de anesthesie moet strikt worden bevestigd door het verlies van de terugtrekkingsreflex van het pedaal vóór elke procedurele ingreep. Bovendien werden strikte bioveiligheidsprotocollen gehandhaafd; alle met LPS besmette materialen, biologische vloeistoffen en dierlijke karkassen werden gestort in aangewezen biohazard-afvalcontainers voor correcte verbranding. Vijf milliliter bloed werden uit de abdominale aorta in steriele buizen verzameld, en het serum werd geïsoleerd door centrifugatie op 1.000 x g gedurende 20 minuten bij 4 °C. Het serum werd vervolgens opgeslagen bij −80 °C voor verdere analyse. Na een thoracotomie en ligatie van het rechter pulmonale hilum werd bronchoalveolaire spoelvloeistof (BALF) verkregen door de linkerlong drie keer door te spoelen met voorgekoelde fosfaatgebufferde zoutoplossing (PBS) via een endotracheale canule. De BALF werd vervolgens gecentrifugeerd op 1.000 x g gedurende 10 minuten bij 4 °C, en het supernatant werd opgeslagen bij −80 °C. De bovenkwab van de rechterlong werd verwijderd en gereinigd met koude fysiologische zoutoplossing om het bloed te verwijderen. Negen volumes fysiologische zoutoplossing werden toegevoegd ten opzichte van het weefselgewicht, en het monster werd gehakt in een ijsbad met een oogschaar. Een homogenaat van 10% longweefsel werd bereid met een homogenisator, gevolgd door centrifugatie bij 700 x g gedurende 15 minuten bij 4 °C. Het supernatant werd verzameld en opgeslagen bij −80 °C voor verdere biochemische analyse. Daarnaast werd een deel van het rechterlongweefsel van elke rat vastgezet in 4% paraformaldehyde voor histologisch onderzoek.
Observatie-indicatoren en detectiemethoden
De inferieure kwab van de rechterlong werd verwerkt met standaard inbedding, weefselsnijden, ontwaxen, HE-kleuring, kleurverwijdering, uitdroging en filmafsluiting na fixatie in 4% paraformaldehyde. Het longweefsel van elke groep vertoonde pathologische veranderingen die onder een lichtmicroscoop werden waargenomen.
Pathologische afwijkingen in de alveolaire architectuur en het septum, de mate van ontstekingscelinfiltratie, hyperemie en pulmonale capillairoedeem werden onder een lichtmicroscoop vastgesteld. De afdeling Pathologie van de Beijing University of Chinese Medicine hielp bij de observatie. De score voor histologisch longletsel werd berekend om longletsel als volgt te beoordelen: geen letsel = 0, letsel in minder dan 25% van het veld = 1, letsel in 25–50% van het veld = 2, letsel in 50–75% = 3, en letsel in meer dan 75% van het veld = 4. Tien velden werden willekeurig geselecteerd en beoordeeld door onderzoekers die blind waren voor de groepering.
ELISA werd uitgevoerd op het eerder verzamelde BALF-supernatant, longweefselhomogenaat en bloedserummonsters volgens de instructies van de fabrikant. Kort gesproken werden monsters geïncubeerd in voorgecoate putten bij 37 °C gedurende 90 minuten. Na vijf keer wassen met wash buffer werden biotinyleerde detectieantilichamen (1:100 verdunning) 60 minuten aangebracht bij 37 °C. Na een andere wasbeurt werd HRP-conjugaat toegevoegd en in het donker 30 minuten geïncubeerd bij 37 °C. Vervolgens werd de absorptie gemeten op 450 nm met een microplaatlezer om monsterconcentraties te berekenen.
Western blot-analyse werd uitgevoerd om de expressieniveaus van AXL, SPP1, caspase-1, GSDMD, caspase-3, GSDME en GAPDH te beoordelen in longweefsel en BALF-monsters opgeslagen bij −80°C. De eiwitten werden geoogst en gelyseerd volgens de instructies in de Protein Extraction Kit. Gelijke hoeveelheden eiwitextracten (40 μg) werden per lane geladen en opgelost door SDS-PAGE. De polypeptiden werden vervolgens gescheiden en overgebracht naar PVDF-membranen. De membranen werden 1 uur op kamertemperatuur geblokkeerd met 5% magere droge melk in TBST en vervolgens een nacht geïncubeerd bij 4 °C met de specifieke primaire antilichamen (verdund 1:1000). Na drie keer wassen met TBST gedurende 10 minuten, werden de membranen geïncubeerd met de overeenkomstige HRP-geconjugeerde secundaire antilichamen (verdund 1:5000) in blokkerende oplossing bij kamertemperatuur gedurende 1 uur. GAPDH werd gebruikt als intern referentie-eiwit. Eiwitbanden werden gevisualiseerd met een enhanced chemiluminescence (ECL) kit met een belichtingstijd van 1–5 minuten, en de resultaten werden geanalyseerd met beeldverwerkingssoftware. De relatieve expressieniveaus van de doeleiwitten werden berekend als de verhouding van het doeleiwit tot GAPDH.
Statistische analyse
Kwantitatieve indices werden uitgedrukt als gemiddelde ± standaarddeviatie, en statistische analyse werd uitgevoerd met behulp van statistische software. De Kruskal–Wallis-test of eenrichtings-ANOVA werd gebruikt om verschillen tussen verschillende groepen te vergelijken, afhankelijk van of de gegevens normaal verdeeld waren. Alle statistieken werden beoordeeld met behulp van een tweezijdige hypothesetest. Voor analyses met meerdere vergelijkingen, zoals differentiële genexpressie en profilering van immuuncelinfiltratie, werden P-waarden aangepast met behulp van de Benjamini-Hochberg false discovery rate (FDR)-methode. Een aangepaste P-waarde van 0,05 of lager werd als statistisch significant beschouwd. Grafische software werd gebruikt voor het in kaart brengen.
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
Identificatie van DEG's in GSE89953 verschillende leeftijdsgroepen en bijbehorende functionele verrijkingsanalyse
Ruwe expressiegegevens uit de GSE89953-dataset werden genormaliseerd met behulp van de normalizeBetweenArrays-functie in het limma-pakket (Figuur 1A), en boxplots voor en na normalisatie bevestigden verbeterde consistentie tussen de steekproeven. Differentiële expressieanalyse op basis van de genormaliseerde matrix identificee...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
De ophoping van ontstekingsschade en immuunontregeling is een kenmerk van het acute respiratoire distresssyndroom (ARDS), wat leidt tot ernstige longschade en hoge sterfte. Vanwege de complexe pathogenese en het gebrek aan effectieve therapieën is het identificeren van precieze therapeutische doelen cruciaal om de uitkomsten te verbeteren. Nieuw bewijs suggereert dat pyroptose, een vorm van geprogrammeerde celdood, een centrale rol speelt in de progressie van ARDS. Aangezien leeftijd een...
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
De auteurs hebben niets te onthullen.
De auteurs willen alle deelnemers bedanken. De auteurs bedanken AiMi Academic Services (www.aimieditor.com) voor de Engelstalige redactie- en beoordelingsdiensten. Dit onderzoek werd gefinancierd en ondersteund door het Horizontal Research Project van het Dongzhimen Ziekenhuis, Beijing University of Chinese Medicine (HX-DZM: nr.2017005/HX-DZM: No.2017019), het Research Project van de Beijing University of Chinese Medicine (2025-JYB-JBGS-034), en het Klinisch Onderzoeksprogramma van High-level Traditional Chinese Medicine Hospitals, gefinancierd door de centrale overheid (DZMG-MLZY-23004).
Toegang beperkt. Log in of start een proefperiode om deze inhoud te bekijken.
| Naam | Bedrijf | Catalogusnummer | Opmerkingen |
|---|---|---|---|
| Anti-AXL antilichaam | Abcam | ab215205 | |
| Anti-Caspase-3 antilichaam | Abcam | ab184787 | |
| Anti-GAPDH antilichaam | Abcam | ab8245 | |
| Anti-GSDME antilichaam | Abcam | ab215191 | |
| Anti-SPP1 antilichaam | Abcam | ab307994 | |
| Biomicroscoop | OLYMPUS, Japan | BH2 | |
| FIR-instrument | Guangdong JFC Group | JF-802 | |
| Geit Anti-Konijn IgG H&L (HRP) | Abcam | ab6721 | |
| GraphPad Prism 10.1.2 | GraphPad Software | - | |
| Hogesnelheidscentrifuge | Thermo, USA | Sorvall ST16R | |
| IL-18 ELISA-kit | Jiangsu Meibiao Biotechnology Co., Ltd. | MB-1735B | |
| IL-1β ELISA-kit | Jiangsu Meibiao Biotechnology Co., Ltd. | MB-1588B | |
| IL-6 ELISA-kit | Jiangsu Meibiao Biotechnology Co., Ltd. | MB-50054A | |
| ImageJ | NIH | - | |
| Lipopolysaccharide (LPS) | Sigma, USA | L6511 | |
| Mannelijke SPF Sprague Dawley-ratten (6-7 weken) | Beijing HFK Bioscience Co., Ltd., China | SCXK(Beijing)2019-008 (Licentie) | |
| Microplate reader (Varioskan Flash) | Thermo Scientific | Varioskan Flash | |
| Microtoom | LEICA | RM2235 | |
| R-software (limma, clusterProfiler, WGCNA, glmnet, randomForest) | R Foundation for Statistical Computing | - | |
| SEW-voorbereidingsinstrument | Guangdong JFC Group | JF-139 | |
| SPSS 26.0 | IBM | - | |
| Tabellebalans | Shanghai Cany Precision Instruments Co., Ltd. | HC·TP11·10 | |
| TNF-α ELISA-kit | Jiangsu Meibiao Biotechnology Co., Ltd. | MB-50051A | |
| Ultra-lage temperatuur vriezer | Thermo, USA | Forma 900 Serie |