17 juni 2009
Deze video documenten methoden voor het verzamelen van kust-zee watermonsters en de behandeling daarvan voor verschillende downstream-toepassingen, waaronder biomassa-concentratie, nucleïnezuur zuivering, cel overvloed, nutriënten-en trace gas analyses.
Hallo, ik ben Elena Kova van het Laboratorium van Stephen Hallam in het Departement Microbiologie en Immunologie aan de Universiteit van British Columbia. Vandaag laten we u een procedure zien voor het verzamelen van zeewater voor fysische, chemische en biologische analyse. We gebruiken deze procedure in ons laboratorium om oceanografische parameters van zeewater te bestuderen.
Dus laten we beginnen. Eerst worden het aantal metingen en de diepten in elke meting toegewezen, vervolgens worden de te bemonsteren diepten en het totale volume dat voor de huidige meting moet worden verzameld bepaald. Zorg ervoor dat de go flow en kin waterbemonsteringsapparaten in de open positie staan en dat alle kleppen en kraanhendels gesloten zijn.
Bevestig de CTD aan de basis van de lijn en laat het zakken in het water voor de diepste diepte in het profiel. Breng een bemonsteringsapparaat aan op de lijn direct na de CTD. Zorg ervoor dat de lijn goed past in de apparaatbeugel en dat de schroeven vastgedraaid zijn.
Bevestig een zwaar bericht aan elk apparaat behalve de diepste bemonsteringsdiepte voordat het in het water wordt geplaatst. Laat de lijn zakken en de afstand tussen de eerste opgegeven diepte en de volgende, en bevestig vervolgens een ander bemonsteringsapparaat. Merk op dat voor diepte-intervallen waar grote volumes watermonsters worden verzameld, in totaal twee x 12 liter flessen opeenvolgend worden geladen, ongeveer 0,75 meter uit elkaar.
Nadat alle apparaten op de lijn zijn, laat de lijn zakken naar de diepste diepte en laat twee minuten verstrijken. Stuur een bericht naar beneden en laat elk apparaat sluiten. Laat een paar minuten verstrijken voordat u de lijn terughaalt.
Om ervoor te zorgen dat alle apparaten gesloten zijn, haalt u de lijn op en ontlast u elk apparaat op het dek zodra het uit het water komt. Gebruik voor diepten die grote monstervolumes voor eiwit-DNA- of RNA-zuivering vereisen, twee bemonsteringsapparaten in tandem. Verzamel onmiddellijk RNA uit één fles en filter het op het schip.
Na het bemonsteren van chemicaliën en voedingsstoffen in de andere fles, laat het resterende water uitlekken in de auto om een eindvolume van 20 liter te verkrijgen. Voor monsters met laag volume, zet een liter water opzij voor filtratie in steriele Nalgene-flessen. Typisch worden laagvolume monsters van 16 diepte-intervallen verzameld als 16 x één liter monsters en zes x 20 liter monsters worden verzameld als monsters met hoog volume.
Bij het verzamelen van gasmonsters, neemt u altijd zuurstof en spoorgasmonsters. Bevestig eerst een dun stuk slang aan de kraan van het waterbemonsteringsapparaat. Plaats het andere uiteinde van de slang in de glos serumflessen.
Spoel de serumfles drie keer, maar bemonster water en vul hem tot het overloopt, zodat er geen luchtbellen aanwezig zijn. Voeg 50 microliter kwikchloride toe aan de serumfles. Wees voorzichtig om geen luchtbellen in het monster te brengen.
Versluit de serumfles met een rubberen stop C-krul met een aluminium dop en bewaar hem vervolgens op ijs om monsters te verzamelen voor nutriëntenmetingen, inclusief nitraat, fosfaat en silicaat. Spoel eerst een 60 cc-sering met monsterwater. Bevestig vervolgens een 0,2 micrometer acro disc-filter in de lijn.
Duwt ongeveer twee ml water door de spuit. Om de filter te zuiveren. Spoel een polyethyleen fles drie keer met ongeveer 10 ml gefilterd water.
Schud de fles tijdens het spoelen, voeg vervolgens gefilterd monsterwater toe aan de flessen tot ongeveer driekwart vol. Bewaar het monster op ijs. Leeg de verzamelbuiizen van distaal water om monsters te verzamelen voor ammoniakmetingen.
Spoel eerst de verzamelbuiizen, maar bemonster water volledig. Vul een 10 ml schaalglas met monsterwater en giet vijf ml monsterwater uit het schaalglas en leeg de rest uit het glas. Voeg vervolgens de vijf ml terug toe aan de lege cilinder.
Zodra monsters van alle diepten zijn verzameld, 7,5 ml ammoniumwerkreagens toe aan elke buis. Om monsters te verzamelen voor celtelling, vul een vooraf gelabelde 50 ML Falcon-buis bevattende 5,4 ml, 37% formaliteit tot de 50 ml-markering voor een uiteindelijke concentratie van 4%. Zorg ervoor dat de buis niet overloopt. Bewaar het monster op ijs om monsters te verzamelen.
Voor waterstofsulfidemetingen. Vul een vooraf gelabelde 50 ML Falcon-buis met drie ml, 20% zinkacetaat tot de bovenkant. Zorg ervoor dat de buis niet overloopt.
Bewaar het monster op ijs om kleine volumes te verzamelen. Voor biomassaconcentratie. Vul één liter Nalgene-flessen tot de bovenkant om grote volumes voor biomassaconcentratie te verzamelen.
Vul 20 liter kruiken tot de bovenkant. Het eindresultaat van zeewaterbemonstering resulteert in ongeveer 32 tot 48. Gasmonsters, 32 ammoniummonsters.
16 waterstofsulfidemonsters. 16 monsters voor celtelling. Zes 20 liter kruiken, 16 éénliterflessen en vier sterex.
Punten twee twee micrometerfilters met microbiële biomassa worden bewaard voor later. RNA-isolatie. We hebben zojuist aangetoond hoe u verschillende soorten watermonsters verzamelt voor biochemische analyse.
Dit vereist veel voorbereiding en planning. Dus budget twee dagen vóór de reis om de zaken op orde te krijgen en een dag daarna voor opruiming, laat zout water niet in contact komen met een peralt-pomp of in de aluminium zago-doos die wordt gebruikt om de veldapparatuur te vervoeren. Behandel de apparatuur met respect en het zal lang goed dienen.
Dat is het. Bedankt voor het kijken en veel succes met uw experimenten.
Bekijk het volledige transcript en krijg toegang tot duizenden wetenschappelijke video's
Deze video documenteert methoden voor het verzamelen van kustmariene watermonsters en het verwerken ervan voor verschillende downstream toepassingen, waaronder biomassaconcentratie, zuivering van nucleïnezuur, celovervloed, voedingsstof- en spoorgasanalyses.
Robust seawater sampling and collection protocols are foundational for generating high-quality datasets in marine biopharma discovery, enabling accurate assessment of environmental variables and biological materials. These methods underpin downstream analyses such as nucleic acid purification, cell abundance quantification, and nutrient profiling, which are critical for target validation and mechanistic de-risking in marine-derived drug discovery. Standardized collection ensures reproducibility and comparability across discovery programs, supporting portfolio-wide decision-making.
Seawater sampling and collection methods are positioned at the front end of the marine biopharma discovery continuum, providing foundational material for workflows spanning target validation, screening, and translational research.