Name: Grote Volume (20L +) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 5 min 58 s
Description: Leer een filtratiemethode voor grootvolume zeewater om microbiële biomassa te verzamelen voor mariene biodiversiteitsstudies. Deze techniek isoleert deeltjes van 0,22μm tot 2,7μm voor ecologisch onderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

We willen graag de Canadese Stichting voor Innovatie, de British Columbia Kennis Ontwikkelingsfonds en de National Sciences and Engineering Research Council (NSERC) van Canada te bedanken voor de ondersteuning van lopende studies op een laag zuurstofgehalte regio&#39;s van kust-en open water van de oceaan. DAW werd ondersteund door beurzen uit NSERC, Killam en de TULA basis gefinancierd Centrum voor Microbiële diversiteit en evolutie.

<ol><li> Opzetten van filtratie apparatuur <ol><li> Voor het instellen van het filtreerapparaat, gebruik een pincet in een klasse GF / D-filter te plaatsen in het voorfilter wooneenheid. Losjes vast de behuizing met de hand. Als een vuistregel, niet te strak of het apparaat zal lekken zodra de pompen begint. </li><li> Vervang de mandfles dop met de geautoclaveerde dop en de bijgevoegde slang door zorgvuldig het inbrengen van de interne slang in de mandfles, zonder aan te raken. Gebruik indien nodig een pincet om de slang te begeleiden in de mandfles. </li><li> Passeren van de externe slang door de peristaltische pomp. </li><li> Bevestig voorfilter woningen aan het einde van zowel de externe buizen (dat wil zeggen twee eenheden per mandfles). Draai de verbinding met een tang. </li></ol></li><li> Filtratie van zeewater <ol><li> Om te beginnen filteren het zeewater, zet de pomp aan en zet de stroomsnelheid op 1. Kijken om ervoor te zorgen dat het water wordt gepompt in de juiste richting. </li><li> Laat 500 ml water vrij stromen door het voorfilter unit en in een bekerglas van 1 liter. </li><li> Schakel de pomp, en sluit een Sterivex filter om de mannelijke luer fitting aan het vrije uiteinde van de voorfilter setup. Draai de voorfilter behuizing precies met de hand. </li><li> Kijk uit voor de voorfilter behuizing en aan de verbinding tussen de voorfilter behuizing en de slang die leidt naar de mandfles. Als er lekken optreden, schakelt u de pomp uit en los te maken en dus draai het voorfilter behuizing. Schakel de pomp weer aan. </li><li> Verzamel het filtraat in 4 L kolven. Zodra ze zijn vol, leeg de kolven in een schone mandfles. Zorg ervoor dat het volume doorgegeven door elk filter noot. Verzamelde filtraat kan verder worden verwerkt, zoals filtratie op virussen. </li><li> Ga verder filteren tot er geen water meer in de jerrycans. De gebruikelijke filtratie tijden variëren tussen 4-5 uur / 20 L mandfles, maar dit is afhankelijk drastisch af van de hoeveelheid biomassa in het water. </li><li> Zodra filtratie is voltooid, schakelt de pomp uit en ontkoppel de Sterivex filters. </li></ol></li><li> Opslag van filters <ol><li> Voor het opslaan van de filters, eerst te verdrijven resterende water met een 30-60 ml spuit. </li><li> Met behulp van een pipet, voeg 1.8ml lysis buffer om het filter, het houden van ~ 200 ul van de ruimte in het filter voor de latere toevoeging van de reagentia. </li><li> Sluit de onderkant en bovenkant van de Sterivex filter met een klein stukje Parafilm, en label de filters met de datum en monster identificatie. </li><li> Bewaar de filters in een pre-gelabeld 50 ml falcon buis bij -80 ° C </li><li> Haal de filters uit de wooneenheid en plaats ze in gelabelde 50 ml Falcon buizen met 2 ml lysis buffer. Bewaar deze bij -80 ° C. </li></ol></li><li> Schoonmaken <ol><li> Voor de eindschoonmaak, plaats de slang, dat was in de mandfles in een kolf met 0,1 M HCl </li><li> Direct de slang die naar de 4L fles te leiden naar de oorspronkelijke mandfles. </li><li> Schakel de pomp en draaien op 3, het verzamelen van de stroom door lopen in de originele mandfles. </li><li> Spoel ten slotte de buis met geautoclaveerd water. </li></ol></li></ol> Vertegenwoordiger Resultaten: Het uiteindelijke resultaat bestaat uit twee Sterivix filters elk microbiële biomassa van circa 10 L zeewater in de orde van grootte van 0.22μm en 2.7μm. Dit wordt opgeslagen in lysis buffer en klaar voor DNA-extractie. Daarnaast is deze procedure verzamelt en concentreert zich biomassa groter dan 2,7 micrometer, op de GF / D voorfilters. Dit is ook opgeslagen in lysis buffer en klaar voor DNA-extractie. Als er extra verwerking maatregelen worden genomen, kan de 0,22 uM doorstroming worden geconcentreerd naar de virale fractie te verzamelen ook.

De auteurs hebben niets te melden.

Het is noodzakelijk om te vegen van banken en pompen met een vochtige handdoek na gebruik aan een slepende sporen van zout water die anders zouden aantasten apparatuur te verwijderen. Hoewel de procedure is eenvoudig, kan de benodigde tijd uitgebreid worden afhankelijk van de concentratie van biomassa of afval in het monster wordt gefilterd.

<table><tbody><tr><td>Peristaltische pomp</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFL-slangen</td><td></td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>Slangklemmen</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; pijpadapters</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>Polypropyleen voorfilterbehuizing</td><td></td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>Metalen luer-koppeling (Slanguiteinde naar mannelijke luer lock)</td><td></td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; Magneten</td><td></td><td></td><td>Voor filtratieapparaat</td><td></td></tr><tr><td>3-poorts carboy-doppen</td><td></td><td></td><td></td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX-filters</td><td></td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>47 mm diameter 2.7 &amp;mu;m GF/D-filters</td><td></td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Lysisbuffer</td><td> Reagens</td><td></td><td></td><td>0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td>Reagens</td><td></td><td></td><td>Voor spoelen na filtratie</td></tr><tr><td>Geautoclaveerd water</td><td>Reagens</td><td></td><td></td><td>Voor spoelen na filtratie</td></tr></tbody></table>

grote volume (20l +) filtratie van coastal zeewater monsters

Large Volume (20L+) Filtration of Coastal Seawater Samples

De workflow begint met het verzamelen van de kust mariene wateren voor de downstream microbiële gemeenschap, nutriënten-en trace gas analyses. Voor deze methode werden monsters verzameld vanaf het dek van de HMS John Strickland die actief zijn in Saanich Inlet. Deze video documenten groot volume (≥ 20 L) filtratie van microbiële biomassa, variërend van 0.22μm en 2.7μm in diameter, uit het water kolom. Twee 20L monsters kunnen gelijktijdig worden gefilterd met een enkele pomp unit uitgerust met vier draaibare koppen. Filtratie is gedaan in het veld op lange reizen, of direct bij terugkeer voor dagtochten. Het is belangrijk om op te nemen van de hoeveelheid water die door elke sterivex filter unit. Om te voorkomen dat biofilmvorming tussen de monsterneming reizen, moeten alle filtratie-apparatuur worden gespoeld met verdund HCl en gedeïoniseerd water en geautoclaveerd onmiddellijk na gebruik. Deze procedure duurt ongeveer 5 uur, plus een extra uur voor het opruimen.

Deze video documenten groot volume (≥ 20 L) filtratie van microbiële biomassa, variërend van 0.22μm en 2.7μm in diameter, uit het water kolom.

Grote Volume (20L +) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters

De workflow begint met het verzamelen van kustzeewater voor downstream analyses van de microbiële gemeenschap, nutriënten en sporengassen. Voor deze methode...

Hoi, ik ben David Walsh uit het laboratorium van Steven Hallam van de afdeling Microbiologie en Immunologie aan de Universiteit van British Columbia. Vandaag laten we u een procedure zien voor het filteren van grote volumes zeewater voor microbiële biomassa. We gebruiken deze procedure in ons laboratorium om de microbiële diversiteit in de mariene omgeving te bestuderen.Laten we beginnen. Plaats bij het opstellen van de filtratieopstelling met een pincet een GFD-filter in de behuizing van het voorfilter. Draai de behuizing handmatig losjes aan.Houd als algemene regel aan dat u de dop niet te strak aandraait, anders zal de unit lekken. Zodra het pompen begint, vervangt u de dop van de carboy door de autoclaafdop en bevestigt u de slang door de interne slang voorzichtig in de car in te voeren zonder deze aan te raken. Gebruik indien nodig een pincet om de slang in de car te geleiden.Draai vervolgens de dop vast en leid de externe slang door de peristaltische pomp. Bevestig aan het uiteinde van beide externe slangen behuizingen voor het voorfilter. Draai de verbinding met een tang vast om te beginnen met het filteren van het zeewater.Zet de pomp aan en stel de stroomsnelheid in; contr

large-volume-20l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Deze video documenten methoden voor het verzamelen van kust-zee watermonsters en de behandeling daarvan voor verschillende downstream-toepassingen, waaronder biomassa-concentratie, nucleïnezuur zuivering, cel overvloed, nutriënten-en trace gas analyses.

Zeewater Bemonstering en Collection

Deze video documenten klein volume (~ 1 L) filtratie van microbiële biomassa uit de waterkolom.

Klein volume (1-3L) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters

Hier presenteren we een uitgebreid protocol om de beschikbaarheid van organische en anorganische voedingsstoffen en de abundantie en structuur van microbiële en virale gemeenschappen in afgelegen mariene omgevingen te beoordelen.

Het ontrafelen van de Unseen Spelers in de Oceaan - A Field Guide to Water chemie en Mariene Microbiologie

Dit manuscript beschrijft een geautomatiseerde aanpak voor gelgrootteselectie voor het zuiveren van DNA-fragmenten voor next-generation sequencing. De Ranger-technologie biedt volledige automatisering van het gehele proces van agarose gel laden, elektroforetische analyse en herstel van gerichte DNA-fragmenten, waardoor high-throughput en hoge kwaliteit next-generation sequencing bibliotheken mogelijk zijn.

Geautomatiseerde Gel Size Selectie om de kwaliteit van next-generation sequencing bibliotheken Bereid uit Environmental watermonsters Verbeteren

We introduceren de VacuSIP, een eenvoudige, niet-invasieve en betrouwbare methode voor schoon en nauwkeurig puntsampling van water. Het systeem werd ontwikkeld en geëvalueerd voor de gelijktijdige verzameling van het water dat wordt ingeademd en uitgeademd door benthische suspensie-voeders in situ, om de verwijdering en uitscheiding van deeltjes en opgeloste verbindingen schoon op te meten.

VacuSIP, een verbeterde INEX Methode voor het<em&gt; In Situ</em&gt; Meten van Particulate en opgeloste componenten verwerkt door Active Suspension Voeders

We beschrijven een protocol voor het filtreren van watermonsters met een filtercartridge en het extraheren van omgevings-DNA (eDNA) zonder dat het behuizing hoef te worden geopend om de filter te verwijderen. Dit protocol is ontwikkeld voor metabarcoding van eDNA van vissen, maar is ook toepasbaar op eDNA van andere organismen.

Het gebruik van een filter cartridge voor filtratie van watermonsters en Winning van Environmental DNA

Plankton en zwevende deeltjes een belangrijke rol spelen in de biogeochemische cycli in de Oceaan. Hier bieden we een Ultra-Clean, lage stress-methode voor het verzamelen van verschillende maten van deeltjes en plankton op zee met de mogelijkheid van het verwerken van grote hoeveelheden zeewater.

Een Ultra-Clean gelaagde apparaat voor het verzamelen van grootte gefractioneerde mariene Plankton en zwevende deeltjes

Dit protocol is voor de bepaling van lipiden in zeewater en biologische specimens. Lipiden in filtraten worden geëxtraheerd met chloroform of mengsels van chloroform en methanol in het geval van vaste stoffen. Lipideklassen worden gemeten door staaf dunnelaagchromatografie met vlamionisatiedetectie en hun som geeft het totale lipidengehalte.

Bepaling van totale lipide- en lipideklassen in mariene monsters

Hier presenteren we een nieuw protocol om marien eDNA op te halen door het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten en andere commerciële schepen.

Het drijvende laboratorium: standaard operationele procedure voor het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten voor milieu-DNA-analyse

Hier beschrijven we methoden voor bemonstering uit de eufotische zones van mariene en zoetwaterecosystemen om cyanofagen (en hun gastheren) te isoleren en post-bemonsteringsprocessen die afzonderlijke genotypen verrijken en de dynamiek van virus-gastheerinteractie karakteriseren.

Milieubemonstering van fotosynthetische microben en hun virussen: van veld tot laboratorium

Dit protocol beschrijft een gestandaardiseerde workflow voor het verzamelen van ececa DNA (eDNA)-monsters van walvisobservatievaartuigen. De haalbaarheid voor onderzoekers en getrainde burgerwetenschappers wordt vooropgesteld, terwijl omgevingsomstandigheden, filtratietijd, troebelheid en logistiek aan boord de praktische grenzen van de toepassing bepalen.

Milieu-DNA-monsters van walviskijkvaartuigen voor walvisachtige monitoring

Leer een filtratiemethode voor grootvolume zeewater om microbiële biomassa te verzamelen voor mariene biodiversiteitsstudies. Deze techniek isoleert deeltjes van 0,22μm tot 2,7μm voor ecologisch onderzoek.

Grote Volume (20L +) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters

Meer video's verkennen