Name: Klein volume (1-3L) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: Leer een klein-volume filtratieprotocol voor zeewater om microbiële biomassa te verzamelen. Deze methode helpt onderzoekers om de diversiteit van mariene micro-organismen te bestuderen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

We willen graag de Canadese Stichting voor Innovatie, de British Columbia Kennis Ontwikkelingsfonds en de National Sciences and Engineering Research Council (NSERC) van Canada te bedanken voor de ondersteuning van lopende studies op een laag zuurstofgehalte regio&#39;s van kust-en open water van de oceaan. DAW werd ondersteund door beurzen uit NSERC, Killam en de TULA basis gefinancierd Centrum voor Microbiële diversiteit en evolutie.

<ol><li> Opzetten van filtratie apparatuur <ol><li> Voor de filtering in de eerste veeg eventuele condens uit de volle flessen en wegen </li><li> Plaats een autoclaaf bak aan de ene kant van de pomp, en het afval fles aan de andere kant. </li><li> Plaats dan een volledige steekproef fles in de autoclaaf bin, maar nog niet Verwijder de dop van de fles. </li><li> Steek de slang door de peristaltische pomp, zodat het luer-uiteinde van de slang is in de kolf. </li><li> Met behulp van een pincet, verwijder de katoen uit een steriele 25 ml pipet, en bevestig de pipet naar het andere uiteinde van de slang. </li></ol></li><li> Filtratie van zeewater <ol><li> Om te beginnen filteren zeewater, opent de fles en steek de pipet. Zet de pomp aan en zet de stroomsnelheid op 1. Kijken om ervoor te zorgen dat het water wordt gepompt in de juiste richting. </li><li> Laat ~ 100 ml water om door de hele buis. </li><li> Zet de pomp en sluit een Sterivex filter om de mannelijke luer fitting aan het vrije uiteinde van de slang. </li><li> Ga verder filteren tot er geen water meer in de flessen. </li></ol></li><li> Opslag van filters <ol><li> Voor het opslaan van de filters, eerst te verdrijven resterende water met een 30-60 ml spuit. </li><li> Sluit de onderkant van de Sterivex filter met Parafilm. Met behulp van een pipet, voeg 1.8ml lysis buffer om het filter, het houden van ~ 200 ul van de ruimte in het filter voor de latere toevoeging van de reagentia. </li><li> Dan, seal de top van de Sterivex filter met een klein stukje Parafilm, en label de filters met de datum en monster identificatie. </li><li> Bewaar de filters in gelabelde 50 ml Falcon buizen op -80 ° C </li></ol></li><li> Schoon te maken <ol><li> Plaats de 25 ml pipet in een kolf met 0,1% HCl, en schakel de pomp. </li><li> Na de HCl wassen, spoelen van de buis met geautoclaveerd water. Tot slot, meten en registreren van de massa van de nu lege 1L flessen om de hoeveelheid water die door het filter te berekenen. </li></ol></li></ol> Representatieve resultaten: per stuk 1 L water steekproef levert een Sterivix filter, die biomassa groter is dan 0,22 micrometer bevat. Dit wordt opgeslagen in lysis buffer voor latere DNA-extractie en analyse. Het uiteindelijke resultaat bestaat uit een Sterivix filter per fles van 1 liter opgeslagen in lysis buffer en klaar voor DNA-extractie. Het filter bevat biomassa groter dan 0,22 micrometer. Filters kunnen worden opgeslagen bij -80 ° C voorafgaand aan eDNA extractie.

De auteurs hebben niets te melden.

Het is noodzakelijk om te vegen van banken en pompen met een vochtige handdoek na gebruik aan een slepende sporen van zout water die anders zouden aantasten apparatuur te verwijderen. Hoewel de procedure is eenvoudig, kan de benodigde tijd uitgebreid worden afhankelijk van de concentratie van biomassa of afval in het monster wordt gefilterd.

<table><tbody><tr><td>Peristaltische pomp</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tygon LFL-slangen</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>Slangklemmen</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221; pijpadapters</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>Polypropyleen prefilterbehuizing</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>Metalen luer-koppeling (slangzijde naar mannelijke luer lock)</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>2&amp;#8220; Magneten</td><td></td><td></td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>3-poorts carboy-doppen</td><td></td><td></td><td>Voor filtratieapparaat</td></tr><tr><td>GV 0.22 &amp;mu;m STERIVIX-filters</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>47 mm diameter 2.7 &amp;mu;m GF/D-filters</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Lysisbuffer</td><td></td><td></td><td>0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3)</td></tr><tr><td>0.1 % HCl</td><td></td><td></td><td>Voor spoeling na filtratie</td></tr><tr><td>Geautoclaveerd water</td><td></td><td></td><td>Voor spoeling na filtratie</td></tr></tbody></table>

klein volume (1-3l) filtratie van coastal zeewater monsters

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

De workflow begint met het verzamelen van de kust mariene wateren voor de downstream microbiële gemeenschap, nutriënten-en trace gas analyses. Voor de demonstratie van vandaag en monsters werden verzameld vanaf het dek van de HMS John Strickland die actief zijn in Saanich Inlet. Deze video documenten klein volume (~ 1 L) filtratie van microbiële biomassa uit de waterkolom. Het protocol is een uitbreiding van het grote volume bemonsteringsprotocol eerder beschreven, met een groot verschil: hier is er geen pre-filtratie stap, zodat alle grootteklassen van biomassa worden verzameld beneden de 0,22 urn filter cut-off. Monsters op deze manier zijn ideaal voor het nucleïnezuur analyse. De set-up, filtratie en clean-up stappen ieder voor zich ongeveer 20-30 minuten. Als u twee peristaltische pompen tegelijk, maximaal 8 monsters kunnen worden gefilterd op hetzelfde moment. Om te voorkomen dat biofilmvorming tussen de monsterneming reizen, moeten alle filtratie-apparatuur worden gespoeld met verdund HCl en gedeïoniseerd water en geautoclaveerd onmiddellijk na gebruik.

Deze video documenten klein volume (~ 1 L) filtratie van microbiële biomassa uit de waterkolom.

Klein volume (1-3L) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters

De workflow begint met het verzamelen van kustwateren voor daaropvolgende analyses van de microbiële gemeenschap, nutriënten en sporengassen. Voor vandaag...

Hallo, ik ben David Walsh van het laboratorium van Steven Hallam van de afdeling Microbiologie en Immunologie aan de University of British Columbia. Vandaag laten we u een procedure zien voor het filteren van kleine volumes zeewater voor microbiële biomassa. Wij gebruiken deze procedure in ons laboratorium om de microbiële diversiteit in het mariene milieu te bestuderen.Laten we beginnen. Veeg vóór het filteren eerst eventuele condensatie van de volle flessen af en weeg deze. Plaats een autoclaafbak aan één zijde van de pomp en de afvalkolf in een autoclaafbak aan de andere zijde.Plaats vervolgens een volle monsterfles in de autoclaafbak. Verwijder echter nog niet de dop van de fles. Leid de slang door de peristaltische pomp zodat het lokmiddeluiteinde van de slang zich in het bekerglas bevindt.Verwijder met een pincet het watje uit een steriele pipet van 25 milliliter en bevestig de pipet aan het andere uiteinde van de slang. Om te beginnen met het filteren van zeewater, opent u de fles en steekt u de pipet erin. Zet de pomp aan en stel de stroomsnelheid in; controleer of het water in de juiste richting wordt gepompt.Laat ongeveer 100 milliliters water door de gehele slang stromen

small-volume-1-3l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Deze video documenten methoden voor het verzamelen van kust-zee watermonsters en de behandeling daarvan voor verschillende downstream-toepassingen, waaronder biomassa-concentratie, nucleïnezuur zuivering, cel overvloed, nutriënten-en trace gas analyses.

Zeewater Bemonstering en Collection

Deze video documenten groot volume (≥ 20 L) filtratie van microbiële biomassa, variërend van 0.22μm en 2.7μm in diameter, uit het water kolom.

Grote Volume (20L +) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters

Hier presenteren we een uitgebreid protocol om de beschikbaarheid van organische en anorganische voedingsstoffen en de abundantie en structuur van microbiële en virale gemeenschappen in afgelegen mariene omgevingen te beoordelen.

Het ontrafelen van de Unseen Spelers in de Oceaan - A Field Guide to Water chemie en Mariene Microbiologie

Dit manuscript beschrijft een geautomatiseerde aanpak voor gelgrootteselectie voor het zuiveren van DNA-fragmenten voor next-generation sequencing. De Ranger-technologie biedt volledige automatisering van het gehele proces van agarose gel laden, elektroforetische analyse en herstel van gerichte DNA-fragmenten, waardoor high-throughput en hoge kwaliteit next-generation sequencing bibliotheken mogelijk zijn.

Geautomatiseerde Gel Size Selectie om de kwaliteit van next-generation sequencing bibliotheken Bereid uit Environmental watermonsters Verbeteren

We introduceren de VacuSIP, een eenvoudige, niet-invasieve en betrouwbare methode voor schoon en nauwkeurig puntsampling van water. Het systeem werd ontwikkeld en geëvalueerd voor de gelijktijdige verzameling van het water dat wordt ingeademd en uitgeademd door benthische suspensie-voeders in situ, om de verwijdering en uitscheiding van deeltjes en opgeloste verbindingen schoon op te meten.

VacuSIP, een verbeterde INEX Methode voor het<em&gt; In Situ</em&gt; Meten van Particulate en opgeloste componenten verwerkt door Active Suspension Voeders

We beschrijven een protocol voor het filtreren van watermonsters met een filtercartridge en het extraheren van omgevings-DNA (eDNA) zonder dat het behuizing hoef te worden geopend om de filter te verwijderen. Dit protocol is ontwikkeld voor metabarcoding van eDNA van vissen, maar is ook toepasbaar op eDNA van andere organismen.

Het gebruik van een filter cartridge voor filtratie van watermonsters en Winning van Environmental DNA

Plankton en zwevende deeltjes een belangrijke rol spelen in de biogeochemische cycli in de Oceaan. Hier bieden we een Ultra-Clean, lage stress-methode voor het verzamelen van verschillende maten van deeltjes en plankton op zee met de mogelijkheid van het verwerken van grote hoeveelheden zeewater.

Een Ultra-Clean gelaagde apparaat voor het verzamelen van grootte gefractioneerde mariene Plankton en zwevende deeltjes

Meeste microplastic onderzoek tot op heden heeft plaatsgevonden in mariene systemen waar gesuspendeerde vaste niveaus relatief laag zijn. Focus verschuift nu naar zoetwatersystemen, die over een hoge sediment ladingen en zwevend puin beschikken kunnen. Dit protocol adressen verzamelen en analyseren van microplastic monsters van aquatische milieus waarin hoge gesuspendeerde vaste lasten.

Bemonstering, sorteren en karakteriseren van Microplastics in aquatische milieus met hoge zwevende sedimenten ladingen en grote zwevend puin

Dit protocol is voor de bepaling van lipiden in zeewater en biologische specimens. Lipiden in filtraten worden geëxtraheerd met chloroform of mengsels van chloroform en methanol in het geval van vaste stoffen. Lipideklassen worden gemeten door staaf dunnelaagchromatografie met vlamionisatiedetectie en hun som geeft het totale lipidengehalte.

Bepaling van totale lipide- en lipideklassen in mariene monsters

Hier presenteren we een nieuw protocol om marien eDNA op te halen door het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten en andere commerciële schepen.

Het drijvende laboratorium: standaard operationele procedure voor het verzamelen en filteren van zeewatermonsters van operationele veerboten voor milieu-DNA-analyse

Hier beschrijven we methoden voor bemonstering uit de eufotische zones van mariene en zoetwaterecosystemen om cyanofagen (en hun gastheren) te isoleren en post-bemonsteringsprocessen die afzonderlijke genotypen verrijken en de dynamiek van virus-gastheerinteractie karakteriseren.

Milieubemonstering van fotosynthetische microben en hun virussen: van veld tot laboratorium

Leer een klein-volume filtratieprotocol voor zeewater om microbiële biomassa te verzamelen. Deze methode helpt onderzoekers om de diversiteit van mariene micro-organismen te bestuderen.

Klein volume (1-3L) Filtratie van Coastal Zeewater Monsters

Meer video's verkennen