Name: Denaturerende gradiënt Gel Elektroforese (DGGE) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-02-25T00:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: Leer DGGE voor bacteriële gemeenschapsprofilering in biofilms met 16S rRNA-sequentieanalyse. Deze methode documenteert dynamische veranderingen in microbiële populaties over tijd en ruimte.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

De auteurs hebben niets te melden.

denaturerende gradiënt gel elektroforese (dgge)

Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

Denaturerende gradiënt Gel Elektroforese (DGGE)

Hallo, mijn naam is Celeste Peterson en ik ben een fellow aan de Harvard University waar ik onderzoek doe naar microbiële biofilmgemeenschappen. Ik breng de bacteriële gemeenschappen in kaart door naar hun 16S rRNA-sequentie te kijken en te analyseren hoe deze sequentie in de loop van de tijd en in de ruimte verandert. Om dit te bereiken, maak ik gebruik van DGGE.Dit is geen normale acrylamidegel; deze moet op 60 °C worden gehouden tijdens de run en de buffer moet continu worden gepompt. Daarom gaan we de buffer ongeveer een uur opwarmen tot deze 60 °C is, waarna we de run kunnen starten. Nu ga ik deze plaat wassen met een verdunde uc-oplossing, terwijl ik controleer op onzuiverheden, en dan spoelen we het af.Alles wat daarmee te maken heeft kan regelmatigheden veroorzaken. Het is belangrijk om al het water weg te vegen. Daarom plaats ik, bij het samenstellen van de gel, die chip aan de buitenkant van de gel.De gel bevindt zich dus tussen deze twee glasplaten en de chip bevindt zich aan de buitenkant, zodat deze de gel ertussen niet beïnvloedt. Nu ga ik de gel in deze klemmen monteren, waarna ik ze samenknijp en vastdraai door naar rechts te draaien. Zoals bij elke gel is het belan

denaturing-gradient-gel-electrophoresis-dgge

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Denaturerende ureum polyacrylamidegelelektroforese wordt gebruikt voor het enkelstrengs DNA gescheiden of tot RNA tot een limiet van 500 nucleotiden. Ureum in combinatie met de hitte gedenatureerd monsters en ongestructureerde enkele strengen migreren binnen de gel matrix op basis van hun moleculair gewicht.

Denatureren Ureum polyacrylamide gel elektroforese (Urea PAGE)

Een basisprotocol voor het scheiden van DNA-fragmenten met agarose gel elektroforese beschreven.

Agarosegelelektroforese voor de scheiding van DNA fragmenten

This video demonstrates the two-dimensional semi-denaturing detergent agarose gel electrophoresis-based separation of amyloid fibers. The technique separates the polymorphic amyloid aggregates based on their heterogeneous size.

Two-Dimensional Semi-Denaturing Agarose Gel Electrophoresis: A Technique to Separate Polymorphic Amyloids Fibers Based on Size Heterogeneity

In this video, we demonstrate a two-dimensional gel electrophoresis method that separates individual proteins from a complex protein mixture obtained from tumor tissues of human nonfunctional pituitary adenoma (NFPA). The proteins are separated based on their electric charge in the first dimension and further separated based on molecular weights in the second dimension.

Two-Dimensional Polyacrylamide Gel Electrophoresis: A Separation Technique for Analysis of Proteins in Complex Protein Mixture Based on Charge and Molecular Weight

Snelle detectie en betrouwbare kwantificering van RNA-bewerkingsgebeurtenissen op genomische schaal blijven een uitdaging en vertrouwen momenteel op directe RNA-sequencingmethoden. Het hier beschreven protocol maakt gebruik van microtemperature gradient gel elektroforese (μTGGE) als een eenvoudige, snelle en draagbare methode om RNA-bewerking te detecteren.

Een nonsequencing-benadering voor de snelle detectie van RNA-bewerking

Deze video toont het protocol van een in vitro angiogenese test die recapituleert verschillende stadia van angiogenese. Time-lapse beelden van kiemen, lumen vorming, vertakking en anastomose - belangrijkste kenmerken van angiogenese - worden weergegeven.

Geoptimaliseerde fibrinegel Bead Assay voor de Studie van Angiogenese

Beschrijven we een protocol voor de microfabricage van de gradiënt-genererende microfluïdische apparaat dat kan genereren ruimtelijke en temporele gradiënten in goed gedefinieerde micro-omgeving. In deze benadering kan de gradiënt-genererende microfluïdische apparaat worden gebruikt om gerichte celmigratie, embryogenese, wondgenezing, en kanker metastase te bestuderen.

Een Gradient-genererende Microfluïdische Device for Cell Biology

SDD-AGE is een nuttige techniek voor de detectie en karakterisering van amyloid-achtige polymeren in de cellen. Hier laten we zien een aanpassing dat maakt deze techniek vatbaar is voor grootschalige toepassingen.

Screening op Amyloid Aggregation door semi-denaturerende Detergent-agarosegelelektroforese

We beschrijven een methode voor de extractie van een hoog moleculair gewicht genomische DNA van plankton biomassa geconcentreerd op 0,22 micrometer Sterivex filters, gevolgd door een cesium chloride dichtheidsgradiënt centrifugatie voor zuivering.

DNA-extractie van 0,22 uM Sterivex Filters en Cesium Chloride dichtheidsgradiënt centrifugatie

In deze video, beschrijven we de karakterisering van multiprotein complexen (MPL), door blauwe inheemse polyacrylamide gel elektroforese (BN-PAGE). In een eerste dimensie, worden gedialyseerd cellulaire lysaten gescheiden door BN-PAGE om individuele Mediterrane partnerlanden te identificeren. In een tweede dimensie SDS-PAGE, zijn mediterrane partnerlanden van belang verder onderverdeeld naar hun kiezers te analyseren door immunoblotting.

Blauwe Inheemse polyacrylamidegelelektroforese (BN-PAGE) voor de Analyse van multiprotein complexen van Cellular Lysaten

Leer DGGE voor bacteriële gemeenschapsprofilering in biofilms met 16S rRNA-sequentieanalyse. Deze methode documenteert dynamische veranderingen in microbiële populaties over tijd en ruimte.

Denaturerende gradiënt Gel Elektroforese (DGGE)

Meer video's verkennen