Name: High Throughput MicroRNA Profiling: Geoptimaliseerd Multiplex qRT-PCR op nanoliter Schaalverdeling op de Fluidigm Dynamic ArrayTM IFCS (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-08-03T12:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 27 s
Description: Leer een geoptimaliseerde multiplex qRT-PCR-methode voor high-throughput microRNA-profiling met minimale hoeveelheid startmateriaal. Deze techniek combineert microfluidica met een extra zuiveringsstap voor nauwkeurige resultaten.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

We willen de Blelloch lab bedanken voor commentaar op de tekst. Dit werk werd ondersteund door fondsen aan RB van de NIH (K08 NS48118 en R01 NS057221), California Institute of Regeneratieve Geneeskunde (CIRM) (Seed Grant RS1-00161, New Faculty Award RN2-00.906) en de Pew Charitable Trust en FM uit de Wissenschaftlich Urologische Gesellschaft eV.

<ol><li>Mitchell, P. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circulating+microRNAs+as+stable+blood-based+markers+for+cancer+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Circulating microRNAs as stable blood-based markers for cancer detection.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105, 10513-10518 (2008).</li>
<li>Tang, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((220-plex+microRNA+expression+profile+of+a+single+cell%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">220-plex microRNA expression profile of a single cell.</a> Nat Protoc. 1, 1154-1159 (2006).</li>
<li>Gertsenstein, M., Vintersten, K., Behringer, R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGertsenstein%2C+M+%22Manipulating+the+Mouse+Embryo%3A+A+Laboratory+Manual%22">Manipulating the Mouse Embryo: A Laboratory Manual</a>. 3, Cold Spring Harbor Laboratory Press. 644-645 (2003).</li>
<li>Suh, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroRNA+function+is+globally+suppressed+in+mouse+oocytes+and+early+embryos%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Biol%22%5BJournal%5D)">MicroRNA function is globally suppressed in mouse oocytes and early embryos.</a> Curr Biol. 20, 271-277 (2010).</li>
<li>Babiarz, J. E., Ruby, J. G., Wang, Y., Bartel, D. P., Blelloch, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mouse+ES+cells+express+endogenous+shRNAs%2C+siRNAs%2C+and+other+Microprocessor-independent%2C+Dicer-dependent+small+RNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">Mouse ES cells express endogenous shRNAs, siRNAs, and other Microprocessor-independent, Dicer-dependent small RNAs.</a> Genes Dev. 22, 2773-2785 (2008).</li>
<li>Babiarz, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Small+RNAs%3A+their+biogenesis%2C+regulation+and+function+in+embryonic+stem+cells%5BTitle%5D)+AND+%22StemBook%22%5BJournal%5D)">Small RNAs: their biogenesis, regulation and function in embryonic stem cells.</a> StemBook. , (2009).</li>
<li>Friedman, R. C., Farh, K. K., Burge, C. B., Bartel, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Most+mammalian+mRNAs+are+conserved+targets+of+microRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs.</a> Genome Res. 19, 92-105 (2008).</li>
<li>Wang, Y., Medvid, R., Melton, C., Jaenisch, R., Blelloch, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DGCR8+is+essential+for+microRNA+biogenesis+and+silencing+of+embryonic+stem+cell+self-renewal%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">DGCR8 is essential for microRNA biogenesis and silencing of embryonic stem cell self-renewal.</a> Nat Genet. 39, 380-385 (2007).</li>
<li>Kanellopoulou, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dicer-deficient+mouse+embryonic+stem+cells+are+defective+in+differentiation+and+centromeric+silencing%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">Dicer-deficient mouse embryonic stem cells are defective in differentiation and centromeric silencing.</a> Genes Dev. 19, 489-501 (2005).</li>
<li>Thomson, J. M., Parker, J., Perou, C. M., Hammond, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+custom+microarray+platform+for+analysis+of+microRNA+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">A custom microarray platform for analysis of microRNA gene expression.</a> Nat Methods. 1, 47-53 (2004).</li>
<li>Moltzahn, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microfluidic+based+multiplex+qRT-PCR+identifies+diagnostic+and+prognostic+microRNA+signatures+in+sera+of+prostate+cancer+patients%5BTitle%5D)+AND+%22Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Microfluidic based multiplex qRT-PCR identifies diagnostic and prognostic microRNA signatures in sera of prostate cancer patients.</a> Cancer Res. 71, 550-560 (2011).</li>
<li>Mestdagh, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+and+universal+method+for+microRNA+RT-qPCR+data+normalization%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">A novel and universal method for microRNA RT-qPCR data normalization.</a> Genome Biol. 10, R64-R64 (2009).</li>
</ol>

Alan Mir is een medewerker van Fluidigm Corporation. Anders hebben we geen financiële belangen openbaar te maken.

miRNAs zijn kort (18-24 nucleotiden), niet-coderende RNA&#39;s, die genexpressie reguleren post-transcriptie door zowel destabiliserende messenger RNA (mRNA) en het remmen van de vertaling. 6 Het feit dat ten minste een derde van de menselijke genen bevatten geconserveerd miRNA binding-sites in hun 3&#39;UTR en de duidelijke interacties van miRNAs met de genen voor pluripotentie, proliferatie en apoptose suggereert een belangrijke bijdrage in cel beslissingen over het lot, weefsel homeostase en ziekten zoals kanker. 6,7 daarom nauwkeurig microRNA expressie profielen van brede rente. Voor het testen van de gepubliceerde multiplex-PCR qRT miRNA expressie profilering protocol 2 gebruikten we kleine RNA tekort Mesc als negatieve controles. DGCR8 - / - cellen een tekort van alle canonieke microRNA&#39;s, terwijl de Dicer - / -. Cellen missen zowel canoniek en niet-canoncial micoRNAs 8,9 Het vergelijken van het niveau in wild-type MES-to DGCR8 - / - cellen, hebben we ontdekt een gebrek aan nauwkeurigheid als verschillende uitgedrukt 10 microRNA&#39;s werden niet gedetecteerd in het wild-type cellen 11. Sommigen toonden lagere expressie niveaus ten opzichte van de knockout cellen (figuur 3a). Onze hypothese was dat het gebrek aan nauwkeurigheid kan worden veroorzaakt door de massale primer overdracht van de twee opeenvolgende multiplex stappen (RT en Pre-PCR), voordat singleplex RT-kwantificering. Echter, multiplex voorversterking nodig is om de signaalsterkte te verbeteren, met name bij concentratie van het RNA is beperkt. Door het zuiveren van weg te pre-PCR-producten van de primers op grootte selecteren voor de inheemse polyacrylamidegels (figuur 2), konden we een aanzienlijke verbetering in nauwkeurigheid aan te tonen door het detecteren meer microRNA&#39;s en een verlies van vals-positieve signalen in zowel Dgcr8 - / - en Dicer - / - achtergronden (figuren 3a en 3b) Naast de gewijzigde qRT-PCR benadering toegestaan ​​voor de juiste indeling van zeldzame Dgcr8 onafhankelijke / Dicer afhankelijk van kleine RNA&#39;s (figuur 3b) 11. Daarom is een extra stap te veel primers te zuiveren uit de buurt van pre-PCR-product is duidelijk voordeel, vooral bij gebruik van grote multiplex primer sets per monster. Het optimale aantal voorversterking cycli wordt bepaald door de input RNA-concentraties. Het saldo aan niet onder-of overamplify moeten worden geleid door de bijzonderheden van de specifieke experiment. Met meer dan duizend bekende microRNA&#39;s, gebruik van standaard 384-well platen is mogelijk niet optimaal voor uitgebreide microRNA profileren, vooral bij het vergelijken van meerdere monsters. De Fluidigm Dynamic Array IFC mogelijk maakt, met een significante afname van het pipetteren stappen en benodigde chemie, testen tot en met 96 individuele monsters tegen 96 verschillende microRNA&#39;s in een enkel experiment (9216 reacties) op nanoliter schaal (6,7 nL). Bij elke rit moet de analyse-software biedt versterking curven, kleurgecodeerde heat maps en fietsen drempelwaarden (Ct). De gelijktijdige grootschalige profilering vermindert de experimentele afwijkingen en maakt het mogelijk voor de gemiddelde waarde van expressie normalisatie, die uit-voert andere normalisatie strategieën die gebruik maken van kleine RNA-controles te maken. 12 In vergelijking met commercieel verkrijgbare 384 goed platforms met vooraf toegewezen TaqMan probes, de combinatie van een high-throughput profilering platform met custom-made primer sets biedt een hoge experimentele flexibiliteit. De geoptimaliseerde multiplex-PCR qRT aanpak in combinatie met het Dynamic Array platform met succes konden we 48 prostaatkanker patiënt sera gelijktijdig screenen op veranderingen in de niveaus van 384 miRNA (figuur 4) en om gegevens te normaliseren zonder de piek in de controles (dat wil zeggen synthetische microRNA&#39;s). 11 Ondanks de toename van de stappen van monsters voorbereiding tot profilering resultaten, de beschreven aanpak is een tijd-en kosten-effectieve high throughput methode om grote sample sets profiel van miRNA expressie niveaus, zelfs met beperkte uitgangsmateriaal.

high throughput microrna profiling: geoptimaliseerd multiplex qrt-pcr op nanoliter schaalverdeling op de fluidigm dynamic arraytm ifcs

High Throughput MicroRNA Profiling: Optimized Multiplex qRT-PCR at Nanoliter Scale on the Fluidigm Dynamic ArrayTM IFCs

De brede betrokkenheid van miRNAs in kritieke processen ten grondslag liggen aan de ontwikkeling, weefsel homoeostasis en ziekten heeft geleid tot een stijgende belangstelling onder de onderzoeks-en farmaceutische gemeenschappen. Voor het bestuderen van miRNAs, is het essentieel dat de kwantificering van microRNA niveaus is nauwkeurig en robuust. Door het vergelijken van wild-type tot kleine RNA-deficiënte muis embryonale stamcellen (Mesc), hebben we onthulde een gebrek aan nauwkeurigheid en robuustheid in de voorgaande gepubliceerd multiplex qRT-PCR technieken. We beschrijven hier een geoptimaliseerde methode, met inbegrip zuiveren weg overmatig primers van de vorige multiplex stappen voordat singleplex real-time detectie, die drastisch verhoogt de nauwkeurigheid en robuustheid van de techniek. Verder leggen we uit hoe het uitvoeren van de techniek op een microfluïdische chip op nanoliter volumes aanzienlijk vermindert reagens kosten en maakt het mogelijk de tijd effectief high throughput miRNA expressie profilering.

Hier beschrijven we een geoptimaliseerde multiplex reverse transcriptase kwantitatieve PCR (qRT-PCR)-protocol in combinatie met een microfluïdisch platform als een kost en tijd efficiënte high-throughput screening tool voor microRNA (miRNA) expressie niveaus, in het bijzonder bij het werken met beperkte hoeveelheden van het monster.

High Throughput MicroRNA Profiling: Geoptimaliseerd Multiplex qRT-PCR op nanoliter Schaalverdeling op de Fluidigm Dynamic ArrayTM IFCS

De brede betrokkenheid van miRNA's bij kritieke processen die ten grondslag liggen aan ontwikkeling, weefselhomeostase en ziekte heeft geleid tot een groeiende belangstelling onder de ...

Het algemene doel van deze procedure is om micro-RNA-expressie efficiënt, goedkoop en met een minimale hoeveelheid startmateriaal te profileren door multiplex kwantitatieve R-T-P-C-R te combineren met een microfluïdisch platform. Dit begint met het concentreren van geëxtraheerd RNA, gevolgd door multiplex reverse transcriptie en multiplex pre-amplificatie. De volgende stap is het zuiveren om overtollige primers te verwijderen.Ten slotte wordt de singleplex micro RNA-expressie geprofileerd met behulp van een microfluidisch platform. Het resultaat is nauwkeurige en zeer reproduceerbare micro RNA-expressieniveaus over de monsters van belang. Het belangrijkste voordeel van deze techniek ten opzichte van bestaande methoden is dat de extra zuiveringsstap na pre-EMP amplificatie de nauwkeurigheid en reproduceerbaarheid van de multiplex Q-R-T-P-C-R methode verbetert.Begin met RNA dat uit serum is geëxtraheerd. Bij het gebruik van een RNA-zuiveringskit of een op fenol-chloroform gebaseerde RNA-methode vanuit gehomogeniseerd weefsel zoals triol, moeten alle extracties worden gevolgd door een wasstap en dient alle opslag plaats te vinden bij -80 °C. Concentreer de RNA-oplossing.Als u begint met een beperkte hoeveelheid monster, zoals eerst uit serum, plaatst u dan een MicroCon-monsterreservoir in een vial en pipetteert u de RNA-oplossing in het reservoir, waarbij u er zeer goed op moet letten dat u met de pipetpunt het membraan niet aanraakt. Plaats vervolgens de vial en het filter in de centrifuge met de markering richting de rotor en laat de centrifugatie ongeveer drie uur lopen. Na drie uur is het RNA volledig op het membraan geconcentreerd om het RNA te elueren.Voeg de gewenste hoeveelheid RNAse-vrij water toe aan het membraan, keer het reservoir om en plaats het in een nieuw vial. Centrifugeer vervolgens gedurende drie minuten bij 4 °C met maximaal 3000 ×g. Bewaar het geconcentreerde RNA bij -80 °C tot gebruik. Na het uitvoeren van een RT-reactie op het RNA met xpl reverse stem-loop primers, gevolgd door 12 tot 18 PCR-cycli, worden de microRNA's vertegenwoordigd door cDNA-strengen.Dit wordt het pre-PCR-product genoemd, met betrekking tot de komende qPCR. Het pre-PCR-product moet worden gezuiverd op een 10% polyacrylamidegel, samen met een DNA-ladder van 10 basenparen; vul elke baan met 5,5 µL van zes x oranje G gecombineerd met 27,5 µL van het pre-PCR-product.Laat de gel lopen bij 150 volt gedurende 55 tot 60 minuten. Romo fenolblauw loopt op deze gel in het gebied van 20 basenparen. Nadat de gel is gelopen, wordt deze 25 minuten gekleurd met CyberGOLD, beschermd tegen licht en op een schudplaat vanaf de gekleurde gel.Snijd de pre-PCR-productband van 60 tot 80 basenparen uit en breng het gelblok over naar gelabelde buisjes. Als de productconcentratie laag is, is deze mogelijk niet zichtbaar, maar bevindt deze zich nog steeds in de gel. Verbrijzel de gelband vervolgens middels tube-in-tube centrifugatie en voeg 300 µL TEN-buffer toe.Incubeer het buffer-gelmengsel gedurende vier uur bij 37 °C onder agitatie. Breng het vloeistof na vier uur over naar een nieuwe buis en voeg nog 300 µL TEN-buffer toe. Incubeer dit mengsel overnacht bij 4 °C onder agitatie.Overdraag de volgende dag de inhoud van de buis opnieuw en voer een ethanolprecipitatie van het pre-PCR-product uit. Wanneer een chip uit de verpakking wordt gehaald, moet deze binnen 24 uur worden geprimed en vervolgens binnen 60 minuten na het primen worden geladen. Begin met het primen van de array door 150 microliters control-lijn-vloeistof in elk van de accumulatoren op de chip te injecteren.Zorg ervoor dat er geen vloeistof op de chip of de inlaatpunten morst, anders wordt de chip onbruikbaar. Plaats de chip vervolgens in de geïntegreerde fluïdische schakeling of IFC-controller en voer het priming-script van de controller uit. Begin met het voorbereiden van de monsters zodra het programma start.Begin met het bereiden van de pres-samplemix. Meng een combinatie van tack man, universal master mix en ladingsreagentia. Combineer vervolgens, gebruikmakend van het 96-well laadformaat, 2,25 µL van elk monster met 2,75 µL pres-samplemix om de geladen vloeistof te verzamelen. Vortex kortstondig en centrifugeer de plaat snel bij 4 °C.De monsterplaat is nu gereed. Gebruik nu een nieuwe 96-wells plaat om 13 x concentraties van het assay-mengsel voor te bereiden. Dit gebeurt door per well één universele primer, een forward primer en een genspecifieke TaqMan-probe te mengen.De 1X concentraties zijn 1 µM voor de universele en forward primer en 0,2 µM voor de TaqMan-probe. Voeg vervolgens voldoende Tween toe voor een eindconcentratie van 0,25% Tween in een eindvolume per well van 5 µL. Meng goed terwijl luchtbellen worden vermeden en centrifugeer de plaat kort om de vloeistof te verzamelen.Dit is de assayplaat. Begin de 96.96 Q-R-T-P-C-R door de chip te laden. Laad eerst de monsters en vervolgens de assays met een eindvolume van 5 µL per inlaat in de IFC.Voer vervolgens het load mix-script uit om de monsters en assays in de chip te laden. Wanneer het script is voltooid, pelt u de beschermfolie van de geladen chip en verwijdert u eventuele stofdeeltjes of vuil van het chipoppervlak met behulp van plakband. Stel nu het amplificatieprogramma van het biosysteem in.Plaats de chip in het systeem en start het programma. De resultaten kunnen worden geanalyseerd met fluid dime-software om amplificatiecurven, heatmaps van de gehele chip en CT-waarden voor elke put te verkrijgen, gebruikmakend van pre-PCR-producten van wild-type DG CR eight en de ER-null-mutant, gezuiverd door groottescheiding op native polyacrylamidegels.RNA werd klaargemaakt in vergelijking met eerdere protocollen. Meer microRNA's en een afname van fout-positieve signalen treden op in zowel DGCR eight null als ER null achtergronden dankzij de zuiveringsstap. Daarnaast maakt de aangepaste QR TPCR R benadering een juiste categorisering mogelijk van zeldzame D gcr eight onafhankelijke dicer afhankelijke kleine RNA's.Hier werden 48 cera van patiënten en controles gescreend op expressieveranderingen van 384 verschillende microRNA's. De gegevens werden voor elk monster genormaliseerd door de overeenkomstige mediaan af te trekken en zonder gebruik van een spike in de controles. Na het bekijken van deze video zou u een goed inzicht hebben in hoe multiplex Q-R-T-P-C-R op een flu line-platform kan worden gebruikt om gelijktijdig honderden micronasen in veel monsters te profileren, zelfs wanneer er wordt gestart met zeer beperkte input-RNA.

high-throughput-microrna-profiling-optimized-multiplex-qrt-pcr-at

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Bio-engineering

We zullen aantonen de opzet en analyse van pre-microRNA 96-wells-arrays voor QPCR het gebruik van een robot als door de hand met een Thermo Scientific Matrix multichannel pipet.

Profilering van de Pre-micro-RNA&#39;s en microRNA&#39;s met behulp van kwantitatieve real-time PCR (qPCR) arrays

De aanwezigheid van stabiele microRNA (miRNA) in exosomes heeft immense belangstelling gegenereerd als een nieuwe wijze van intercellulaire communicatie, voor hun potentiële nut als biomarkers en als een route voor therapeutische interventie. Hier laten we zien exosome zuivering van het bloed en de cultuur media, gevolgd door kwantitatieve PCR om miRNA's worden vervoerd identificeren.

Zuivering en microRNA Profilering van Exosomes Afgeleid van Blood en cultuur Media

We beschrijven een protocol van real time PCR om microRNA profileren in de cerebrospinale vloeistof (CSF). Met uitzondering van RNA-extractie protocollen kan de procedure worden uitgebreid tot RNA geëxtraheerd uit andere lichaamsvloeistoffen, gekweekte cellen of weefselmonsters.

Cerebrospinale vloeistof MicroRNA Profiling Met behulp van kwantitatieve real time PCR

Moleculaire signalering via zowel oestrogeen en microRNA's zijn cruciaal in de ontwikkeling en de groei van borstkanker. Oestrogeen activeert de oestrogeenreceptoren die transcriptiefactoren. Veel transcriptiefactoren kan de expressie van microRNA's te reguleren, en oestrogeen-gereguleerde microRNA kunnen worden geprofileerd met behulp van verschillende grootschalige technieken.

Profilering van oestrogeen-gereguleerde MicroRNA in borstkankercellen

Circulerende microRNAs zijn onlangs naar voren gekomen als veelbelovend en nieuwe biomarkers voor verschillende vormen van kanker en andere ziekten. Het doel van dit artikel is om drie verschillende probes gebaseerde real-time PCR-platforms en methoden die beschikbaar zijn om te kwantificeren en te bepalen de overvloed aan circulerende microRNAs zijn te bespreken.

Probe-gebaseerde real-time PCR Benaderingen voor kwantitatieve meting van microRNAs

We beschrijven het gebruik van een multiplexe hoogdoorvoerige genexpressieplatform die genexpressie kwantificeert door middel van barcodes en het tellen van moleculen in biologische substraten zonder de noodzaak voor amplificatie. We gebruikten het platform om microRNA (miRNA) expressie in vol bloed te kwantificeren bij personen met en zonder prikdarm syndroom.

Verstoringen van circulerende miRNAs in het prikkelbare darm syndroom gedetecteerd met een multiplexverzending High-throughput genexpressie Platform

High-throughput testen van DNA en RNA gebaseerde pathogenen op nanoschaal PCR wordt omschreven met een syndromale honden en paarden luchtwegen PCR panel.

High-throughput detectie van respiratoire pathogene in dierlijke specimens door nanoschaal PCR

Dit protocol beschrijft hoe de expressie van een groot scala van genen op het klonale niveau te beoordelen. Single-cell RT-qPCR levert zeer betrouwbare resultaten met een sterke gevoeligheid voor honderden monsters en genen.

Eencellige genexpressie met behulp van Multiplex RT-qPCR heterogeniteit van Rare lymfoïde populaties karakteriseren

We beschrijven een methode om enkele zoogdiercellen te sorteren en om de expressie van maximaal 96 doelgenen van belang in elke cel te kwantificeren. Deze methode omvat het gebruik van interne qPCR-standaarden om de schatting van absolute transcripttellingen mogelijk te maken.

Eencellige Gene Expression Profiling Met behulp van FACS en qPCR met interne standaarden

Hier, wordt een kwantitatief real-time op de kettingreactie-gebaseerd protocol van de polymerase voorgesteld voor de bepaling van de inheemse micro-RNA inhoud (absoluut/verwant) van lipoprotein deeltjes. Bovendien is een methode voor het verhogen van het micro-RNA-niveau, evenals een methode voor het bepalen van de cellulaire opnamesnelheid van lipoprotein deeltjes, aangetoond.

Verrijking van native lipoprotein deeltjes met microRNA en daaropvolgende bepaling van hun absolute/relatieve microRNA inhoud en hun cellulaire overdrachtssnelheid

In dit artikel wordt een protocol met hoge doorvoer beschreven voor een snelle en betrouwbare bepaling van de genexpressieniveaus in enkele of bulk C. elegansmonsters. Dit protocol vereist geen RNA-isolatie en produceert cDNA rechtstreeks uit monsters. Het kan worden gebruikt samen met high-throughput multiplexed nanofluidic real-time qPCR platforms.

Kwantitatieve RT-PCR met hoge doorvoer in enkele en bulk C. elegans-monsters met behulp van nanofluïdische technologie

Leer een geoptimaliseerde multiplex qRT-PCR-methode voor high-throughput microRNA-profiling met minimale hoeveelheid startmateriaal. Deze techniek combineert microfluidica met een extra zuiveringsstap voor nauwkeurige resultaten.

High Throughput MicroRNA Profiling: Geoptimaliseerd Multiplex qRT-PCR op nanoliter Schaalverdeling op de Fluidigm Dynamic ArrayTM IFCS (Video) | JoVE Journal

High Throughput MicroRNA Profiling: Geoptimaliseerd Multiplex qRT-PCR op nanoliter Schaalverdeling op de Fluidigm Dynamic ArrayTM IFCS

Meer video's verkennen