Name: Geautomatiseerde Kwantificering van synaptische Fluorescentie in C. elegans (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-08-10T12:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 22 s
Description: Leer fluorescerende synaptische signalen kwantificeren in C. elegans met driedimensionale beeldvorming en geautomatiseerde analyse. Deze methode minimaliseert variabiliteit en versnelt onderzoek naar synaptische biologie.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

De auteurs willen graag A. Benham bedanken voor de ondersteuning van de ontwikkeling van het protocol. Dit werk werd gefinancierd door NIH-subsidie ​​NS06747 aan BAB

1. Voorbereiding van Worms for Imaging Dit segment van het protocol is gebaseerd op gepubliceerde C. elegans kweektechnieken 1,2, en wordt in figuur 1. <ol><li> Grow wormen op hoge pepton NGM agar platen (10 cm) gezaaid met NA22 E. coli-bacteriën tot bijna uitgehongerd. Als immunokleuringen, zal een bord betrouwbaar produceren genoeg wormen voor 1 persoon vlek, rekening houdend met verliezen langs de weg, en de strenge criteria die worden gebruikt om wormen voor de beeldvorming (zie deel 2) te selecteren. </li><li> Harvest wormen door het gieten van een paar ml van DDH 2 0 op plaat, wervelende kort en gieten vloeistof in een 15 ml conische buis (herhaal indien nodig het grootste deel van de wormen over te dragen aan de buis). Pellet in klinische centrifuge 3 min., 1000x g. Was de pellet 1-3x met DDH 2 O tot supernatans duidelijk is om de resterende bacteriën te verwijderen. Gebruik polypropyleen transferpipetten naar supernatanten te verwijderen, zoals wormen zich aan glas(Van deze stap verder is het essentieel om de tijd tussen de stappen om de verliezen in ei levensvatbaarheid te vermijden minimaliseren). </li><li> Na de laatste wasbeurt, Resuspendeer worm pellet in 5 ml alkalische hypochloriet oplossing voor wormen en loslaten eieren lyseren. Rock zacht, en te onderzoeken buizen onder een stereomicroscoop ongeveer een keer per minuut. Als ongeveer 50% van de wormen worden gelyseerd (ze zullen gebogen en gebroken open), te beëindigen lysis door het invullen van de buis aan de bovenkant met ei Buffer, meermaals te keren, en pelleteren gedurende 3 minuten, 1000x g. Lysis mag niet meer dan 5 minuten. </li><li> Verwijder de bovenstaande vloeistof met transfer pipet, en was pellet 3x met Egg Buffer. </li><li> Om eieren te scheiden van puin, zweven ze op een kussen van 30% sucrose in DDH 2 O: na de laatste wasbeurt van stap 1.4, zorgvuldig supernatant en resuspendeer pellet te verwijderen in 5 ml DDH 2 0. Voeg 5 ml steriel 60% sucrose in DDH 2 O, en meng goed. Spin in klinische centrifuge 6 min, 1000x g. Eieren verzamelen in de meniscus (ze zullen have een bewolkte verschijning), terwijl het puin zal pellet. </li><li> Een plastic transferpipet, opzuigen eieren in een minimaal volume en overbrengen unseeded NGM agarplaten. Alle eieren vast te houden aan kant van de buis kan worden gespoeld voorzichtig naar beneden en overgedragen ook. Een 10 cm ongeplaatste plaat per geanalyseerd stam voldoende is. </li><li> Incubeer de unseeded platen met de eieren nacht (~ 16 uur) bij 20 ° C. Ontlucht de plaat gedurende de eerste paar uur om het te drogen door het verlaten van het deksel een klein beetje boven een paar uur, maar zorg ervoor dat &#39;s nachts te dekken. </li><li> Na het uitkomen, overdracht van de L1 larven om een ​​15 ml conische buis in S Basale (voeg een paar ml S basale tot bord, werveling, giet in de buis). Pellet klinische centrifuge (3 min, 1000x g), suspendeer in een minimaal volume Basal S, en de overdracht van 10 cm NGM agarplaten gezaaid NA22 bacteriën. Gebruik hier 2 platen voor elk origineel plaat uit stap 1.1. Incubeer tot wormen te bereiken gewenste leeftijd. </li><li> Controleer de culturen een of twee keer per dag. Als ze in gevaar zijn of honger, over te dragen aan verse NA22 platen. Voor de wild-type N2 wormen, wordt hongersnood voorafgegaan door de vorming van een lijn of golf van wormen die beweegt over de plaat als dieren migreren en masse van eet-leeg zones. Zodra deze vormen de voeding volledig uitgeput binnen enkele uren. </li><li> Wormen zijn nu klaar voor immunokleuring of live beeldvorming. Bevestiging en vlekken wormen in suspensie is optimaal, omdat een groot aantal intacte wormen kunnen gemakkelijk worden afgebeeld. Kleuringen op basis van de Finney en Ruvkun protocol 3-6 te verkiezen zijn boven bevriezen-crack te hanteren vanwege grote aantallen wormen zijn nodig voor de beeldvorming. </li></ol> 2. Confocale Imaging <ol><li> Monteer wormen op dia&#39;s voor confocale beeldvorming. Pas de dichtheid van wormen tot een paar honderd per microliter. Een pad 2% agarose in S-basale omgeven door een dunne ring vaseline om verdamping tijdens de beeldvorming (toegevoerd via een 3 ml injectiespuit voorzien van een cut-off 25 gauge naald). Pipetteer eenenkele microliter van de worm vering op een dekglas (gebruik verdoving, imaging levende wormen), en laat de agarose pad op het dekglas, het verspreiden van de wormen gelijkmatig over het pad. </li><li> Selecteer wormen voor de beeldvorming. Kies wormen waar synapsen van belang gericht zijn naar de objectieflens met radiale verplaatsing van niet meer dan ± 45 ° (met 0 ° betekent gericht rechtstreeks naar het doel). Snel uit te voeren deze beoordeling (een paar seconden) om te voorkomen fotobleken. De omvang van de oorspronkelijke culturen is geoptimaliseerd om te zorgen voor voldoende wormen zullen deze geometrische criteria voldoen. </li><li> Vul het confocale beelden van het monster. Relatief vlakke monsters kan worden omvat binnen ongeveer 14 0,4 ​​pm dikke secties de beste resultaten. Hoge snelheid, lage resolutie beelden (512 x 512 pixels) zijn voldoende voor een snelle accurate het verzamelen van gegevens. Vermijd het verzadigen van de detector met hoge signaalsterkte, omdat dit zal leiden tot onderschatting van de fluorescentiesignalen. </li></ol> 3. Automatische Identificatie en analyse van individuele Synaptic Clusters <ol><li> Open multi-TIF-uitgang van de bestanden van de confocale microscoop met behulp van Volocity 4.0 (of hoger) software (PerkinElmer). </li><li> Crop weg gedeelten van het beeld die geen van de structuur van belang (Afbeelding -&gt; Uitgebreide Focus -&gt; Selecteer gebied van belang met behulp van &#39;Freehand ROI&#39; tool -&gt; Acties -&gt; Crop to Selection; figuur 2A). Let op, Extended Focus produceert een z-plane projectie op het scherm om uw analyse te helpen, maar heeft geen invloed op de onderliggende gegevens, hetzelfde geldt voor de helderheid en het contrast aanpassen, indien nodig). </li><li> Meet de lengte van het gebied geanalyseerd met behulp van het gereedschap Lijn. De lengte van de lijn wordt berekend en aan de data tabel (Figuur 2B). </li><li> Identificeer objecten met behulp van de &#39;objecten van Intensity&#39; filter (Afmetingen modus). Geef een drempel, zodat synaptische clusters zijngemarkeerd en niet-synaptische achtergrond niet (Figuur 2C). Opname van een onafhankelijke synaptische marker gelabeld met een andere kleur kan ondubbelzinnig helpen bij het identificeren synapsen. Typische synapsen variëren van enkele tot een paar honderd voxels. Stel de drempel een keer met een controle monster, en gebruik het voor alle volgende monsters. Thresholding elk monster apart is onaanvaardbaar omdat het introduceert de mogelijkheid van experimentator bias. Objecten worden geselecteerd en automatisch in tabelvorm (Figuur 2D). </li><li> Schik en exporteren van de gegevens. Verwijder voorwerpen van 2 of minder voxels, aangezien deze gewoonlijk achtergrond spikkels. Deze kunnen worden verwijderd door verdere filtering of tijdens latere analyse. Om hun verwijdering stroomafwaarts, re-sorteren het bestand te vergemakkelijken door &#39;object size&#39;, zodat ze zullen alle groepen samen. Exporteer de gegevens in CSV-formaat, die kan worden geopend door Microsoft Excel of andere spreadsheet programma&#39;s. Elk beeld produceert een output file. </li><li> Als Volocity zachtsoftware niet beschikbaar is, alternatieve methoden voor Z-plane projecties van confocale gegevens te analyseren kan worden gebruikt (bijvoorbeeld ref. 7, of handmatige analyse met behulp van ImageJ), maar 3-dimensionale informatie verloren gaat (zie Overleg). </li></ol> 4. Representatieve resultaten De gepresenteerde kwantificering methode moet in staat zijn om onderscheid te maken tussen cluster populaties van verschillende helderheid en verschillende volumes. Representatieve beelden en overeenkomstige kwantitatieve gegevens weergegeven in figuur 3 tonen voorbeelden van differentiatie op basis van deze parameters. Als algemene regel de resultaten moeten voldoen aan wat er is duidelijk voor het oog. In het geval van UNC-49 GABA-receptor immunokleuring de ventrale zenuw snoer van C. elegans, alle dieren meestal bleek zeer vergelijkbaar in grootte en volwassenheid, en de totale synaptische fluorescentie waarden voor een groep van vijf wormen (genormaliseerd voor de lengte van de zenuw snoer geanalyseerd) toonde Standard Error<html> waarden van ongeveer 10% van de gemiddelde 4. Genetische mutatie en andere experimentele behandelingen (bijvoorbeeld blootstelling aan het geneesmiddel) kunnen veranderen, niet alleen het volume en de intensiteit van waarden en frequentieverdelingen van synaptische clusters, maar mogelijk de ontwikkeling tijdsverloop en synchronie van de wormen, wat leidt tot een hogere variabiliteit. Echter, de kwantitatieve resultaten moet altijd een afspiegeling wat er kan worden gewaardeerd visueel en zo niet, inspectie van de beelden en de objecten geïdentificeerd door Volocity moet uitwijzen waar de fout is opgetreden en stel corrigerende maatregelen zoals het opnieuw drempelwaarden of verwijdering van artefactual objecten. <img alt="Figuur 1" src="/files/ftp_upload/4090/4090fig1.jpg" /> Figuur 1. Voorbereiding van de synchrone C. elegans culturen. synchrone culturen worden verkregen van deze procedure, omdat C. elegans ontwikkeling arrestaties en de L1 larvale stadium in de afwezigheid van voedsel, en wordt hervat wanneer voedsel wordt geïntroduceerd. <html> ove_content &quot;&gt; <img alt="Figuur 2" src="/files/ftp_upload/4090/4090fig2.jpg" /> Figuur 2. Kwantificering van synaptische puncta. <ol class="ualpha"><li> Vreemde regio&#39;s van het beeld worden bijgesneden om bestandsgrootte te verminderen en de specificiteit te verhogen. Linker paneel toont beeld te beginnen, middenpaneel geselecteerd regio laat zien, rechter paneel toont afbeelding na snijden. Rood signaal is UNC-49 GABA-receptor immunofluorescentie, groen signaal is synaptobrevin-GFP (een presynaptische marker), uitgedrukt in presynaptische GABA neuronen 4. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/4090/4090fig2alarge.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere afbeelding te bekijken</a> . </li><li> Er wordt een lijn getrokken van de lengte van de zenuw koord segment te analyseren, en de lengte wordt automatisch opgeslagen in de tabel met resultaten. Deze informatie is nodig om synaptische gegevens als gevolg van de lengte van analyseerbare zenuw koord, die verscheidene malen kan variëren als wormen gefragmenteerd raken tijdens de vlekken te normaliseren.www.jove.com/files/ftp_upload/4090/4090fig2blarge.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; Klik hier voor een grotere afbeelding weer te geven. </li><li> Een drempel wordt toegepast op individuele synaptische clusters te identificeren. Linker paneel toont beeld voor drempelwaarden, voorbeelden van verschillende drempelwaarden niveaus worden in afzonderlijke panelen (groen signaal weggelaten). Elke geïdentificeerde object wordt afgebeeld op het beeld als een gekleurde regio. Let op de correspondentie tussen de visueel duidelijk synaptische clusters in het meest linkse paneel en de gekleurde gebieden op de meest rechtse paneel. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/4090/4090fig2clarge.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere afbeelding te bekijken</a> . </li><li> Elke geïdentificeerde object wordt afzonderlijk vermeld in de tabel met resultaten. Individuele objecten kunnen worden geselecteerd en worden gemarkeerd op de afbeelding voor een inspectie, indien gewenst. Merk op dat tabel bevat informatie voor de rode (&#39;rhodamine&#39;) en groene (&#39;EGFP &quot;) kanalen, het groene kanaal informatie is potentieel misleidend, omdat voorwerpen warengeïdentificeerd op basis strikt op rode fluorescentie. Deze analyse kan ook worden uitgevoerd op een enkele afbeeldingen in kleur. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/4090/4090fig2dlarge.jpg" target="_blank">Klik hier om een grotere afbeelding te bekijken</a> . </li></ol><img alt="Figuur 3" src="/files/ftp_upload/4090/4090fig3.jpg" /> Figuur 3. Representatieve resultaten. Vertegenwoordiger microfoto van wild-type C. elegans gekleurd voor UNC-49 GABA-receptoren voor (A) en na (B) behandeling met muscimol, een GABA-receptor agonist die receptoren veroorzaakt gedownreguleerd worden na lange blootstelling. Panelen tonen bijgesneden beelden voor (links) en na (rechts) drempelwaarden en het verwijderen van kleine achtergrond vlekjes. (C) Standplaatsen van kwantitatieve synaptische parameters voor de modellen in de (A) en (B): totale fluorescentie genormaliseerd naar zenuw kabel lengte (links) en cumulatieve kans histogrammen van individuele synapsen fluorescentie inhoud (midden) en synaps volume (right), waaruit blijkt statistisch significante vermindering van de synaptische inhoud en omvang veroorzaakt door agonist blootstelling (n = 60 synapsen voor onbehandelde, n = 115 synapsen voor muscimol behandelde, p &lt;0,001, Kolmogorov-Smirnov-test <a href="http://www.physics.csbsju.edu/stats/KS-test.html" target="_blank">http://www.physics.csbsju .edu / stats / KS-test.html</a> ).

<ol><li>Christensen, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+primary+culture+system+for+functional+analysis+of+C.+elegans+neurons+and+muscle+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">A primary culture system for functional analysis of C. elegans neurons and muscle cells.</a> Neuron. 33, 503-514 (2002).</li>
<li>Lewis, J. A., Fleming, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Basic+culture+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Basic culture methods.</a> Methods Cell Biol. 48, 3-29 (1995).</li>
<li>Bettinger, J. C., Lee, K., Rougvie, A. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stage-specific+accumulation+of+the+terminal+differentiation+factor+LIN-29+during+Caenorhabditis+elegans+development%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Stage-specific accumulation of the terminal differentiation factor LIN-29 during Caenorhabditis elegans development.</a> Development. 122, 2517-2527 (1996).</li>
<li>Davis, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulated+lysosomal+trafficking+as+a+mechanism+for+regulating+GABAA+receptor+abundance+at+synapses+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Regulated lysosomal trafficking as a mechanism for regulating GABAA receptor abundance at synapses in Caenorhabditis elegans.</a> Mol. Cell Neurosci. 44, 307-317 (2010).</li>
<li>Finney, M., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+unc-86+gene+product+couples+cell+lineage+and+cell+identity+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The unc-86 gene product couples cell lineage and cell identity in C. elegans.</a> Cell. 63, 895-905 (1990).</li>
<li>Rowland, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Presynaptic+terminals+independently+regulate+synaptic+clustering+and+autophagy+of+GABAA+receptors+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Presynaptic terminals independently regulate synaptic clustering and autophagy of GABAA receptors in Caenorhabditis elegans.</a> J. Neurosci. 26, 1711-1720 (2006).</li>
<li>Burbea, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ubiquitin+and+AP180+regulate+the+abundance+of+GLR-1+glutamate+receptors+at+postsynaptic+elements+in+C.+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">Ubiquitin and AP180 regulate the abundance of GLR-1 glutamate receptors at postsynaptic elements in C. elegans.</a> Neuron. 35, 107-120 (2002).</li>
<li>Miesenbock, G., De Angelis, D. A., Rothman, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualizing+secretion+and+synaptic+transmission+with+pH-sensitive+green+fluorescent+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Visualizing secretion and synaptic transmission with pH-sensitive green fluorescent proteins.</a> Nature. 394, 192-195 (1998).</li>
<li>Oda, S., Tomioka, M., Iino, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Neuronal+plasticity+regulated+by+the+insulin-like+signaling+pathway+underlies+salt+chemotaxis+learning+in+Caenorhabditis+elegans%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Neurophysiol%22%5BJournal%5D)">Neuronal plasticity regulated by the insulin-like signaling pathway underlies salt chemotaxis learning in Caenorhabditis elegans.</a> J. Neurophysiol. 106, 301-308 (2011).</li>
<li>Sankaranarayanan, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+pHluorins+for+optical+measurements+of+presynaptic+activity%5BTitle%5D)+AND+%22Biophys.+J%22%5BJournal%5D)">The use of pHluorins for optical measurements of presynaptic activity.</a> Biophys. J. 79, 2199-2208 (2000).</li>
<li>McDonald, N. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Generation+and+functional+characterization+of+fluorescent%2C+N-terminally+tagged+CB1+receptor+chimeras+for+live-cell+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Generation and functional characterization of fluorescent, N-terminally tagged CB1 receptor chimeras for live-cell imaging.</a> Mol. Cell Neurosci. 35, 237-248 (2007).</li>
<li>Shakiryanova, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synaptic+neuropeptide+release+induced+by+octopamine+without+Ca2%2B+entry+into+the+nerve+terminal%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">Synaptic neuropeptide release induced by octopamine without Ca2+ entry into the nerve terminal.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108, 4477-4481 (2011).</li>
</ol>

Geen belangenconflicten verklaard.

De hier gepresenteerde methode is ontwikkeld om kwantitatieve multi-parameter gegevens op te halen voor grote populaties van synapsen in C. elegans, terwijl het maximaliseren van consistentie binnen behandelingsgroepen. Drie functies dragen bij aan deze doelstellingen. Eerst wordt immunokleuring uitgevoerd op synchrone worm populaties om ervoor te zorgen dat alle dieren zijn even oud. Deze stap is essentieel, omdat ontwikkeling regulatie van expressie kunnen verduisteren effecten van de experimentele behandelin...

<table border="1"><tbody><tr><td> Naam van de software </td><td> Vennootschap </td><td></td><td> Opmerkingen (optioneel) </td></tr><tr><td> Volocity v4.0 of hoger </td><td> PerkinElmer / Improvision </td><td></td><td> Controleer uw lokale Imaging Core faciliteit voor toegang tot deze software. Demo-software is beschikbaar op de website van PerkinElmer. Deze methode vereist slechts de Kwantificering module van Volocity. </td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td> Tabel 2. Specifieke reagentia en materialen. </td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td><table border="1"><tbody><tr><td> Egg buffer </td><td> NaCl KCl CaCl2 MgCl2 HEPES (Pas de pH op 7,3) </td> &lt;td&gt; 118 mm 48 mm 2 mM 2 mM 24 mM </td></tr><tr><td> Alkalische hypochloriet (5 ml) </td><td> Verse bleekwater (gooi fles 30 dagen na opening) 10 N NaOH DDH 2 O </td><td> 1,0 ml 0,25 ml 3,75 ml </td></tr></tbody></table></td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td> Tabel 1. Solutions. </td></tr></tbody></table>

geautomatiseerde kwantificering van synaptische fluorescentie in<em&gt; c. elegans</em

Automated Quantification of Synaptic Fluorescence in C. elegans

Synapse kracht verwijst naar de amplitude van postsynaptische reacties op presynaptische neurotransmitters evenementen, en heeft een grote invloed op de totale neurale circuit functie. Synapse kracht is afhankelijk kritisch over de overvloed aan neurotransmitter receptoren geclusterd op synaptische sites op het postsynaptische membraan. Receptor niveaus in hun ontwikkeling vastgesteld, en kan worden veranderd door receptor handel tussen oppervlakte-gelokaliseerde, subsynaptic, en intracellulaire zwembaden, die belangrijke mechanismen van synaptische plasticiteit en neuromodulatie. Strenge methoden om synaptisch-gelokaliseerde neurotransmitter-receptor overvloed te kwantificeren zijn essentieel voor synaptische ontwikkeling en plasticiteit te bestuderen. Fluorescentie microscopie is een optimale aanpak omdat het behoudt ruimtelijke informatie, waarbij onderscheid wordt synaptische van niet-synaptische zwembaden, en onderscheid te maken tussen de receptor populaties gelokaliseerd in verschillende types van synapsen. De genetische model organisme Caenorhabditis, elegants is bijzonder goed geschikt voor deze studies te wijten aan de geringe omvang en de relatieve eenvoud van het zenuwstelsel, de transparantie, en de beschikbaarheid van krachtige genetische technieken, waardoor het onderzoek van inheemse synapsen in intacte dieren. Hier presenteren we een methode voor het kwantificeren van fluorescent gelabelde synaptische neurotransmitter receptoren in C. elegans. De belangrijkste functie is de automatische identificatie en analyse van individuele synapsen in drie dimensies in multi-plane confocale microscoop output-bestanden, rangschikken positie, volume, fluorescentie-intensiteit, en de totale fluorescentie voor elke synaps. Deze aanpak heeft twee belangrijke voordelen ten opzichte van handmatige analyse van de z-plane projecties van confocale gegevens. Ten eerste omdat elk gebied van de confocale dataset betrekking hebben, zijn geen gegevens verloren gaan door z-vlak projectie, meestal op basis van pixel intensiteit gemiddelden of maxima. Ten tweede, de identificatie van synapsen is geautomatiseerd, maar kan worden gecontroleerd door de experimenter als de data-analyse opbrengst, waardoor snelle en nauwkeurige extractie van gegevens uit een groot aantal synapsen. Honderden tot duizenden synapsen per monster kunnen gemakkelijk worden verkregen, het produceren van grote datasets te maximaliseren statistische power. Overwegingen voor het bereiden van C. elegans voor analyse, en het uitvoeren van confocale beelden van de variabiliteit tussen de dieren in de behandelingsgroepen een minimum te beperken worden ook besproken. Hoewel ontwikkeld C. analyseren elegans postsynaptische receptoren Deze methode is algemeen bruikbaar voor elk type synaptisch-gelokaliseerde eiwit of zelfs een fluorescentiesignaal die is gelokaliseerd op discrete clusters puncta of organellen. De procedure wordt uitgevoerd in drie stappen: 1) de voorbereiding van de monsters, 2) confocale beeldvorming, en 3) beeldanalyse. Trappen 1 en 2 zijn aan C. elegans, terwijl stap 3 is over het algemeen van toepassing op alle punctata fluorescentie-signaal in de confocale microscopie.

De overvloed aan neurotransmitter receptoren geclusterd bij synapsen grote invloed op synaptische sterkte. Deze methode kwantificeert fluorescent gelabelde neurotransmitter receptoren in drie dimensies met single-synaps resolutie in<em&gt; C. elegans</em&gt;, Waardoor honderden synapsen snel worden gekenmerkt binnen een monster zonder misvormingen die z-vlak projectie.

Geautomatiseerde Kwantificering van synaptische Fluorescentie in<em&gt; C. elegans</em

Synaptische sterkte verwijst naar de amplitude van postsynaptische responsen op presynaptische neurotransmitter-afgiftegebeurtenissen en heeft een grote impact op de algehele ...

Het doel van deze procedure is om de afmetingen en helderheid van punctvormige fluorescente signalen in gans efficiënt te kwantificeren. Hierdoor kunnen grote populaties objecten worden geanalyseerd. Synaptische eiwitten worden statistisch in beeld gebracht.In deze demonstratie is de eerste stap van de procedure het genereren van gesynchroniseerde culturen met een hoge dichtheid van de betreffende ELEGANS. Vervolgens worden confocale beelden van de gelabelde synapsen verkregen, waarbij de variabiliteit tussen de beelden tot een minimum wordt beperkt. Synaptische puncta worden automatisch geïdentificeerd en onderscheiden van de achtergrondfluorescentie.De laatste stap is het tabuleren en organiseren van de gegevens voor een efficiënte analyse in een later stadium. Uiteindelijk kunnen de resultaten nauwkeurig aantonen hoe experimentele condities de distributie van synaptische eiwitten of elk ander eiwit dat gelokaliseerd is in contrastrijke puncta beïnvloeden. Het belangrijkste voordeel van deze techniek ten opzichte van bestaande methoden, zoals de analyse van Zack-projecties, is dat alle gegevens behouden blijven, inclusief synapsvolumes, en dat automatische identificatie het snel

automated-quantification-of-synaptic-fluorescence-in-c-elegans

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Neurowetenschap

Deze video introduceert de concepten achter calciumbeeldvorming en bevat een voorbeeldprotocol voor time-lapse beeldvorming van wormen in gegoten agaroseputten.

Calcium imaging: een methode om neurale activiteit in levende C. elegans te visualiseren

Source: Pigazzini, M. L., et. al. Characterization of Amyloid Structures in Aging C. Elegans Using Fluorescence Lifetime Imaging. J. Vis. Exp. (2020).This video demonstrates the use of fluorescence lifetime imaging microscopy (FLIM) to assess polyQ protein aggregation in C. elegans neurons, comparing control and chaperone protein-deficient worms. Increased aggregation in chaperone-deficient worms promotes energy transfer between clustered fluorophores, reducing fluorescence lifetime.

Fluorescence Lifetime Imaging of PolyQ Protein Aggregation in Caenorhabditis elegans Neurons

Met zijn kleine transparante lichaam, goed gedocumenteerde neuroanatomie en een groot aantal vatbaar genetische technieken en...

In vivo neuronale calcium Imaging in C. elegans

Hier laten we zien hoe het aantal en de ruimtelijke verdeling van synaptische actieve zones in Drosophila melanogaster fotoreceptoren te kwantificeren, gemarkeerd met een genetisch gecodeerde moleculaire marker, en hun modulatie na langdurige blootstelling aan licht.

Het analyseren van Synaptic Modulatie van<em&gt; Drosophila melanogaster</em&gt; Fotoreceptoren na blootstelling aan Langdurige Light

Hier presenteren we een kader hebben betrekking op breed scala dieet beperking genexpressie en levensduur. We beschrijven de protocollen voor breed scala dieet beperking en voor kwantitatieve beeldvorming van genexpressie onder dit paradigma. We schetsen verder computationele analyses te onthullen de functies van information processing van de genetische circuits onderliggende betrokken bij voedsel-sensing.

Kwantificering van informatie gecodeerd door Gene Expression niveaus tijdens levensduur modulatie onder breed-scala dieet beperking in C. elegans

Deze studie schetst kwantitatieve metingen van synaptische grootte en lokalisatie, spier morfologie, en mitochondriale vorm in C. elegans met behulp van vrij beschikbare beeldverwerkings hulpmiddelen. Deze aanpak maakt het mogelijk toekomstige studies in C. elegans te kwantificatief vergelijken de omvang van weefsel en organel structurele veranderingen als gevolg van genetische mutaties.

Kwantitatieve benaderingen voor de studie van cellulaire structuren en organelle morfologie in Caenorhabditis elegans

Herhaal-geassocieerde niet-ATG-afhankelijke translationele producten zijn opkomende pathogene kenmerken van verschillende herhaalde expansie-gebaseerde ziekten. Het doel van het beschreven protocol is om toxiciteit veroorzaakt door deze peptiden te evalueren met behulp van gedrags-en cellulaire testen in het modelsysteem C. elegans.

Meten RAN Peptide Toxiciteit in C. elegans

Dit protocol beschrijft benaderingen voor detectie en kwantificering van grote geaggregeerde en/of organelle extrusies (~4 μm) geproduceerd door C. elegans cellen in de vorm van membraangebonden exofofen. We beschrijven stammen, groeiomstandigheden, scorecriteria, timing en microscopie overwegingen die nodig zijn om dissectie van dit puin uitzetting mechanisme te vergemakkelijken.

Kwantitatieve benaderingen voor scoren in vivo Neuronal Aggregaat en Organelle Extrusie in Large Exopher Vesicles in C. elegans

Het volgende protocol beschrijft de ontwikkeling en optimalisatie van een high-throughput workflow voor het kweken van wormen, fluorescentie beeldvorming en geautomatiseerde beeldverwerking om polyglutamine aggregaten te kwantificeren als een beoordeling van veranderingen in proteostase.

Aggregaatkwantificering automatiseren bij Caenorhabditis elegans

Het artikel beschrijft de optimalisatie van de acquisitieparameters van fluorescentiemicroscopie om het axonale transport van endogene gelabelde ladingen met een resolutie van één neuron in een levende nematode te visualiseren.

Optimalisatie van visualisatie van axonaal transport van endogene lading door fluorescentiemicroscopie in levende Caenorhabditis elegans

Hier geven we instructies voor het effectief gebruik van SegElegans, een deep learning-systeem dat we hebben ontwikkeld voor de geautomatiseerde segmentatie van individuele wormen in breedveldmicroscopiebeelden, voor later gebruik in beeldanalysesoftware zoals ImageJ. We bieden manieren om het systeem zowel online als offline te gebruiken.

Geautomatiseerde analyse van C. elegans fluorescentiebeelden met behulp van SegElegans

Leer fluorescerende synaptische signalen kwantificeren in C. elegans met driedimensionale beeldvorming en geautomatiseerde analyse. Deze methode minimaliseert variabiliteit en versnelt onderzoek naar synaptische biologie.

Geautomatiseerde Kwantificering van synaptische Fluorescentie in

Meer video's verkennen