Name: Infinium Assay voor grootschalige SNP genotypering Toepassingen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-11-19T14:10:00.000+00:00
Duration: 13 min 33 s
Description: Leer grootschalige SNP-genotypering met Illumina's Infinium-assay voor ziekteassociatiestudies. Dit protocol omvat DNA-amplificatie, hybridisatie op bead chips en scanning voor betrouwbare resultaten.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

De financiering voor dit werk is verstrekt door NIH P20 GM103456, NIH RC2 AR058959 en NIH R56 AI063274

<ol><li>Shi, M. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+large-scale+pharmacogenetic+studies+by+high-throughput+mutation+detection+and+genotyping+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Enabling large-scale pharmacogenetic studies by high-throughput mutation detection and genotyping technologies.</a> Clin. Chem. 47 (2), 164-172 (2001).</li>
<li>Livak, K. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNP+genotyping+by+the+5%27-nuclease+reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction.</a> Methods Mol. Biol. 212, 129-148 (2003).</li>
<li>Seeb, J. E., Pascal, C. E., Ramakrishnan, R., Seeb, L. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SNP+genotyping+by+the+5%27-nuclease+reaction%3A+advances+in+high+throughput+genotyping+with+non-model+organisms%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">SNP genotyping by the 5'-nuclease reaction: advances in high throughput genotyping with non-model organisms.</a> Methods in Mol. Biol. 578, 277-292 (2009).</li>
<li>Bayés, M., Gut, I. G. Overview of Genotyping. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBay%C3%A9s%2C+M+%22Molecular+Analysis+and+Genome+Discovery%22">Molecular Analysis and Genome Discovery</a>. ed, , 2nd, John Wiley & Sons, Ltd. Chichester, UK. 1-23 (2011).</li>
<li>Lee, Y., Seifert, S. N., Fornadel, C. M., Norris, D. E., Lanzaro, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-Nucleotide+Polymorphisms+for+High-Throughput+Genotyping+of+Anopheles+arabiensis+in+East+and+Southern+Africa%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Entomol%22%5BJournal%5D)">Single-Nucleotide Polymorphisms for High-Throughput Genotyping of Anopheles arabiensis in East and Southern Africa.</a> J. Med. Entomol. 49 (2), 307-315 (2012).</li>
<li>Liu, Z. SNP Genotyping Platforms. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLiu%2C+Z+%22Next+generation+sequencing+and+whole+genome+selection+in+aquaculture%22">Next generation sequencing and whole genome selection in aquaculture</a>. , Wiley-Blackwell. 123-132 (2011).</li>
<li>Shen, R., Fan, J. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+SNP+genotyping+on+universal+bead+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Mutat.+Res.%2FFundam+and+Mol.+Mech.+of+Mutagenesis%22%5BJournal%5D)">High-throughput SNP genotyping on universal bead arrays.</a> Mutat. Res./Fundam and Mol. Mech. of Mutagenesis. 573 (1), 70-82 (2005).</li>
<li>Ragoussis, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genotyping+technologies+for+all%5BTitle%5D)+AND+%22Drug+Discov.+Today%3A+Technol%22%5BJournal%5D)">Genotyping technologies for all.</a> Drug Discov. Today: Technol. 3 (2), 115-122 (2006).</li>
<li>Wu, C. C., Shete, S., Jo, E. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Whole-Genome+Detection+of+Disease-Associated+Deletions+or+Excess+Homozygosity+in+a+Case-Control+Study+of+Rheumatoid+Arthritis%5BTitle%5D)+AND+%22Hum.+Mol.+Genet%22%5BJournal%5D)">Whole-Genome Detection of Disease-Associated Deletions or Excess Homozygosity in a Case-Control Study of Rheumatoid Arthritis.</a> Hum. Mol. Genet. , (2012).</li>
<li>Green, E. K., Hamshere, M., Forty, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Replication+of+bipolar+disorder+susceptibility+alleles+and+identification+of+two+novel+genome-wide+significant+associations+in+a+new+bipolar+disorder+case-control+sample%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Psychiatry%22%5BJournal%5D)">Replication of bipolar disorder susceptibility alleles and identification of two novel genome-wide significant associations in a new bipolar disorder case-control sample.</a> Mol. Psychiatry. , (2012).</li>
<li>Shete, S., Hosking, F. J., Robertson, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+association+study+identifies+five+susceptibility+loci+for+glioma%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Genet%22%5BJournal%5D)">Genome-wide association study identifies five susceptibility loci for glioma.</a> Nat. Genet. 41 (8), 899-904 (2009).</li>
<li>Inc Illumina. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Infinium+HD+Ultra+User+Guide+11328087+RevB-1%22">Infinium HD Ultra User Guide 11328087 RevB-1</a>. , 15-101 (2009).</li>
<li>Turner, S., Armstrong, L. orenL., Yuki Bradford,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quality+Control+Procedures+for+Genome+Wide+Association+Studies%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Protoc+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Quality Control Procedures for Genome Wide Association Studies.</a> Curr Protoc Hum Genet. , 1-19 (2011).</li>
</ol>

De auteurs van dit artikel hebben geen concurrerende financiële belangen openbaar te maken.

Grootschalige genotypering toepassingen zijn gebruikt om beter inzicht in de genetische mechanisme achter vele menselijke ziekten. De ontdekking van een belangrijke variant via een genoom-brede associatie analyse kan een kandidaat regio vlag voor verdere studie. Daarnaast genotype data is een goed hulpmiddel voor de kwaliteitscontrole op sequencing projecten. Om sample throughput te maximaliseren, kunnen meerdere monster platen worden versterkt en opgeslagen in hun gefragmenteerde, geresuspendeerde staten. Acht plaatjes worden geamplificeerd in een enkele dag combineert de eerste 24 uur van het protocol voor meerdere partijen en bieden genoeg materiaal voor ~ 2-8 dagen chip-processing. Als versterkte platen van tevoren worden opgeslagen, en als er nieuwe monsters worden gehybridiseerd met chips onmiddellijk na het scannen begint op de vorige run, kan de verwerking continu draaien zonder de noodzaak om te pauzeren voor extra monster voorbereiding. Daarom zal al monsters drie dagen om de volledige ondergaantest kunnen gegevens dagelijks gegenereerd. Assuming24 chips worden dagelijks verwerkt, een 5 daagse werkweek zorgt voor meer dan 1000 DNA-monsters te worden uitgevoerd op een 12-sample kraal chip. Als een trede of een reagens is mislukt echter meerdere batches mogelijk gevaar lopen voor de slechte prestaties voordat een correctie kan worden toegepast. Fouten kunnen onopgemerkt totdat de arrays worden gescand of geanalyseerd, daarom, als throughput gemaximaliseerd, honderden monsters in verschillende stadia van het protocol zou al hebben dezelfde gebrekkige behandeling bij ontdekking ontvangen. Als verloren reagentia en de gegevens niet kunnen worden hersteld, moet de gebruiker deze risico&#39;s af te wegen tegen de noodzaak van een versnelde workflow. De GenomeStudio analyse software is de eerste kans om het succes van het genotyperingsproces werkelijk meten. Als de Norm-R vs Norm-Theta intensiteit percelen goed zijn geclusterd, moet de gemiddelde call rate (percentage van de totale SNPs succes getypt) van de monsters te benaderen 99%, hoewel deze waarde varieert slightly afhankelijk van het type array. De gegevens van een monster met een oproep lager tarief dan 85-90% is niet betrouwbaar en moet worden weggegooid. Voor kwaliteitscontrole doeleinden, moeten de resultaten worden vergeleken met een eerder bekende mogelijke genotypen wanneer. Als de gegevens bestaan, opzettelijke monster duplicatie is een nuttig hulpmiddel bij de controle van plaat of matrix plaatsingen. Deze dubbele paren moeten op aparte chips, borden, batches, of projecten worden geplaatst; hun genotypen gecontroleerd op generatie. Terwijl specifieke QC beperkingen variëren naar gelang de voorkeur van de onderzoeker, zijn gemeenschappelijke SNP beperkingen op basis van steekproefsgewijze oproep succes, Hardy-Weinberg evenwicht, of onvolledigheid tussen patiënten en controles, terwijl gemeenschappelijke steekproef beperkingen zijn gebaseerd op de beltarieven, Mendeliaanse inconsistenties of kruisverwijzingen X-chromosoom heterozygositeit klinische sekse gegevens [13]. Als zich een probleem voordoet, de Controls Dashboard, gevonden in de analyse suite, kan worden aan de ingediendebedrijf om oorzaak te bepalen. Deze controles kunnen vaak een beperking van de vraag naar de meest waarschijnlijke stap of reagens mislukking. Als een SNP&#39;s van belang zijn te vinden via een Infinium genotypering experiment, moeten hun intensiteit plots dubbel gecontroleerd in GenomeStudio voor clustering fouten voordat verder onderzoek wordt uitgevoerd zijn. Een mislukte Infinium genotypering experiment is waarschijnlijk te wijten aan menselijke fout bij het verwerken of slechte kwaliteit ingang DNA. Monster kwantificering moeten accuraat en nauwkeurig zijn. Voor het beste resultaat, elke reagentia toegevoegd aan een monster of chip moet worden afgegeven bij de door het protocol ingestelde volume. Pipetten moeten behoren te worden geijkt. Reagentia moeten niet worden uitgevoerd na verloop en mag niet worden ingevroren eenmaal ontdooid, behalve de RA1 reagens. Om eventuele vlekken en uitbreiding fouten te minimaliseren, dient de formamide / EDTA mengsel vers bereid elke maand. Alle -20 ° C reagentia moeten worden opgeslagen in uitsluitend handmatige ontdooiing vriezers. Alle labware gebruikt in de staining, uitbreiding, en wassen delen van het protocol moet grondig worden gespoeld met water en een mild reinigingsmiddel onmiddellijk na onbruik. Het bevochtigen reservoirs in de hyb kamer moet worden geschrobd met een reageerbuis borstel en een mild schoonmaakmiddel. De glasplaatjes moet worden gewassen met 10% bleekmiddel, zoals geïnstrueerd door hun gebruikershandleidingen, een keer per week.

Het typen van single nucleotide polymorfismen (SNP&#39;s) is een belangrijke methode voor het identificeren risico varianten geassocieerd met de ziekte. Historisch gezien is de reikwijdte van de genotypering experimenten beperkt door de beschikbare technologie. Gel elektroforese gebaseerde genotyperingsmethoden zijn beperkt in monster-en SNP-throughput [1]. Het ontwikkelen van deze testen kunnen vaak arbeidsintensief zijn, een beroep op de make-up en de structuur van de regio rond de variant voor de optimalisatie [1]. TaqMan genotypering assays ontwikkeld door Life Technologies, kan een groot aantal monsters snel en met minimale technicus betrokkenheid werking [2], maar SNP multiplexen beperkingen blijft het totale aantal genotypen beperken tot ruim onder de een miljoen per dag [3,4 ]. Sequenom Iplex platform kan ook draaien vele monsters in een keer, maar, aangezien minder dan honderd SNPs samen kunnen worden multiplexed, throughput is relatief lage algemene [5]. Beckman Coulter&#39;s SNP stroom technologietheoretisch produceren meer dan 3.000.000 genotypen per dag, maar dit technologische grenzen project bereik slechts maximaal achtenveertig SNPs per reactie [4,6]. Terwijl de GoldenGate assay bijna tweehonderd DNA-monsters per dag kan verwerken op honderden of duizenden SNPs per monster, de prijs per genotype is niet concurrerend met geavanceerde, ultra-high-throughput technieken bij het ​​typen meer dan drieduizend SNPs tegelijk [4,7 ]. Om enkele miljoenen genotypes per dag verwerken, de schaal die nodig is voor grote genoom-brede associatie studies, array-hybridisatietesten zijn geworden van de meest kosteneffectieve optie op de markt. Affymetrix&#39;s lijn van hybridisatie arrays en Illumina&#39;s lijn van Infinium-gebaseerde arrays staan ​​mogelijk honderden samples op honderdduizenden of miljoenen SNPs worden ingetypt in parallel [4,8]. Deze SNP&#39;s kunnen worden verspreid over het hele genoom, gelokaliseerd in de regio&#39;s van belang, zoals exOMES, of aangepast aan de voorkeur van de gebruiker. Deze arrays hebben het voordeel niet alleen in staat om nauwkeurig genotype een miljoen SNPs per monster tegelijk, maar ook copy number variation meten mogelijk onthulling chromosomale abnormaliteiten. Infinium uitgelijnd OMNI BeadChip arrays hebben momenteel de mogelijkheid om elke dag genotype tot bijna vijf miljoen markers per monster, met inbegrip van een half miljoen aangepaste loci, op tot bijna honderd monsters. Aangezien de meeste ziekten hebben een genetische component, kunnen deze grootschalige experimenten cruciaal bij het vinden genen geassocieerd met ziekte. High-throughput genotypering zorgt voor een efficiënte genotype generatie steekproef zet groot genoeg is om overtuigend te sporen genetische associatie bij lagere minor allel frequenties. Hele genoom genotypering projecten kan worden gebruikt om gebieden te lokaliseren met statistisch significante case-control allel frequentie of aantal kopieën verschillen [9,10,11]. Volgens de National Human Genome Research Institute, genoom-brede associatie studies hebben geleid tot 1.490 afzonderlijke publicaties tussen 25 november 2008 en 25 januari 2013, als gevolg van de ontdekking van 8283 SNPs met een p-waarde van minder dan 1 x 10 -5 (zie http:// www.genome.gov/gwastudies/). Deze studies, die aandoeningen, variërend van hoogte naar teelbalkanker, profiteerde van de brede benadering wordt geboden door een genoom-brede analyse onderzocht. In gevallen zoals deze, kunnen hele regio&#39;s van belang aandacht ontsnapten was de reikwijdte van het typen te beperkend geweest. Aldus voor grootschalige associatietesten, een genoom-brede genotypering techniek is de techniek van keuze. Verschillende versies van de Infinium test bestaat, elk bestemd voor gebruik met bepaalde typen arrays. De InfiniumUltra assay, besproken in de diepte beneden, is geschikt voor vele 12 - of 24-monsterarray chips. Deze vaak genotype meer dan honderdduizend SNPs per DNA-monster en de focus op targeted regio&#39;s, zoals op exome of aangepaste panelen. Andere assay versies kunnen worden tot andere soorten chips, zoals de hele genoom genotypering arrays. Echter, zoals alle Infinium assays delen een gemeenschappelijke basis en vooral verschillen alleen door het reagens namen, het reagens volumes, of de exacte kleuring reagens procedure, technieken geperfectioneerd aan een test versie kan vaak worden universeel toegepast. Andere arrays, zoals methylatie arrays, kan een nagenoeg identieke protocol, ook. Zorg moet worden genomen om alleen de versie van de test voor het soort chip gebruikt. Sommige soorten, zoals degenen meten van genexpressie niveau, zou het gebruik van een nonInfinium protocol nodig. De monsters moeten worden verwerkt in batches. Bijvoorbeeld, de InfiniumUltra test prehybridisatie reageerbuizen bevatten voldoende volume 96 monsters uitgevoerd en de buizen niet worden ingevroren. Derhalve moeten monsters worden uitgevoerd in partijen van 96 monsters tegelijk. De monsters worden versterkt op de sparrent dag. Na ongeveer 1 uur van benchwork moeten de monsters in een convectieoven gedurende 20-24 uur verwarmd. De volgende dag, ongeveer 4 uur worden besteed fragmenteren, neerslaan, en resuspenderen van de monsters, waarna de monsters kunnen ofwel worden ingevroren voor toekomstig gebruik of gehybridiseerd met de chip. Laden chips duurt bijna 2 uur, waarna de monsters worden &#39;s nachts gehybridiseerd gedurende 16-24 uur. Op de derde dag, de kleuring en uitbreiding stap duurt ongeveer 4 uur. Een verdere uur wordt besteed wassen, coaten en drogen van de chips. Tenslotte worden de arrays gescand, waarbij rekening kan 15-60 min / chip, afhankelijk van het gebruikte type. Standaard laboratorium veiligheid en netheid voorzorgsmaatregelen toe te passen. Hoewel de amplificatie niet op PCR gebaseerde, afzonderlijke werkstations voor pre-en postamplification procedures nodig zijn om kans op besmetting te minimaliseren. Het identificatienummer van elk-kit geleverd reagens in gebruik moet aangemeld zijn een tracking vel. Reagegen moet worden vlak voor gebruik een paar keer voorafgaand aan de uitgifte ontdooid en omgekeerd. Het DNA worden ingetypt moeten hoogwaardige genomische DNA (260/280 absorptie verhouding van 1,6-2,0, 260/230 absorptie ratio onder 3.0), geïsoleerd door middel van standaard methoden en gekwantificeerd met een fluorometer zijn. Afbraak van DNA vaak een bijdragende factor in lage kwaliteit testresultaten. Doorgaans wordt 200 ng DNA nodig, maar dit bedrag kan variëren voor bepaalde soorten chip. Een Tecan-liquid handling robot kan vele stappen van het protocol te automatiseren en het minimaliseren van menselijke fouten als een factor.

<table><tbody><tr><td>Verbruiksartikelen of apparatuur</td><td>Fabrikant</td><td>Artikelnummer</td><td>Minimaal vereist voor 96 monsters</td></tr><tr><td>0,8 ml Deep Well Plate</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0765</td><td>1</td></tr><tr><td>Plate Mats</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0674</td><td>2</td></tr><tr><td>Reagent Basin</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-681-502</td><td>9</td></tr><tr><td>Heat-seal Sheets</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0559</td><td>1</td></tr><tr><td>Flow-through Spacer</td><td>Fisher Scientific</td><td>NC9563984</td><td>6</td></tr><tr><td>Pipette tips - 200 &mu;l</td><td>Rainin</td><td>GP-L200F</td><td>192</td></tr><tr><td>Pipette tips - 10 &mu;l</td><td>Rainin</td><td>GP-L10F</td><td>16</td></tr><tr><td>Pipette tips - 1.000 &mu;l</td><td>Rainin</td><td>GP-L1000F</td><td>16</td></tr><tr><td>DNA Suspension Buffer</td><td>Teknova</td><td>T0220</td><td>0,5 ml</td></tr><tr><td>0,1 N NaOH</td><td>Fisher Scientific</td><td>AC12419-0010</td><td>0,5 ml</td></tr><tr><td>Isopropanol (HPLC grade)</td><td>Fisher Scientific</td><td>A451</td><td>15 ml</td></tr><tr><td>Ethanol (200-proof)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>459836</td><td>330 ml</td></tr><tr><td>Formamide (100%)</td><td>Thomas Scientific</td><td>C001K38</td><td>15 ml</td></tr><tr><td>EDTA (0,5 M)</td><td>Amresco</td><td>E177</td><td>0,2 ml</td></tr><tr><td>10 &mu;l 8-kanaals Pipette</td><td>Rainin</td><td>L8-10XLS</td><td>1</td></tr><tr><td>200 &mu;l 8-kanaals Pipette</td><td>Rainin</td><td>L8-200XLS</td><td>2</td></tr><tr><td>1.000 &mu;l Enkelkanaals Pipette</td><td>Rainin</td><td>L-1000XLS</td><td>1</td></tr><tr><td>Microplate Shaker</td><td>VWR</td><td>13500-890</td><td>1</td></tr><tr><td>Gekoelde Microplate Centrifuge</td><td>VWR</td><td>BK369434</td><td>1</td></tr><tr><td>Hybridisatieoven</td><td>Illumina</td><td>SE-901-1001</td><td>1</td></tr><tr><td>Hybex Microsample Incubator</td><td>SciGene</td><td>1057-30-0</td><td>1</td></tr><tr><td>Hybex MIDI Heat Block Insert</td><td>Illumina</td><td>BD-60-601</td><td>1</td></tr><tr><td>Heat Sealer</td><td>Thermo Scientific</td><td>AB-0384</td><td>1</td></tr><tr><td>Hyb Chamber met inzet en mat</td><td>Illumina</td><td>BD-60-402</td><td>2</td></tr><tr><td>Chirurgische schaar</td><td>Fisher Scientific</td><td>13-804-20</td><td>1</td></tr><tr><td>Flow Through Assembly Parts</td><td>Illumina</td><td>WG-10-202</td><td>8</td></tr><tr><td>Wasrek en -schaal</td><td>Illumina</td><td>BD-60-450</td><td>1</td></tr><tr><td>Genepaint Chamber Rack</td><td>Tecan</td><td>760-800</td><td>1</td></tr><tr><td>Temperatuursonde</td><td>Illumina</td><td>A1-99-109</td><td>1</td></tr><tr><td>Kleurrek en -schaal</td><td>Illumina</td><td>WG-10-207</td><td>1</td></tr><tr><td>Zelfsluitende pincet</td><td>Ted Pella, Inc</td><td>5374-NM</td><td>1</td></tr><tr><td>Vacuum Manifold</td><td>Ted Pella, Inc</td><td>2240</td><td>1</td></tr><tr><td>iScan of HiScan</td><td>Illumina</td><td>-</td><td>1</td></tr></tbody></table>

infinium assay voor grootschalige snp genotypering toepassingen

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Genotypering varianten in het menselijk genoom blijkt een efficiënte methode om genetische associaties identificeren fenotypes zijn. De verdeling van de varianten in families of populaties kan identificatie van het genetische factoren van ziekten vergemakkelijken. Panel Illumina van genotypering BeadChips kunnen onderzoekers duizenden of miljoenen single nucleotide polymorfismen (SNP&#39;s) genotype of andere genomische varianten, zoals het aantal kopieën, over een groot aantal DNA-monsters te analyseren. Deze SNPs kunnen worden verspreid over het genoom of gerichte in specifieke regio om mogelijke ontdekking maximaliseren. De Infinium test is geoptimaliseerd voor hoge kwaliteit, nauwkeurige resultaten snel opleveren. Bij juiste instelling kan een enkele technicus verwerken van enkele honderden tot meer dan duizend DNA monsters per week, afhankelijk van het type array. Deze test helpt gebruikers bij elke stap, vanaf genomisch DNA en eindigend met het scannen van de matrix. Met behulp van fatsoen Reagegen worden monsters versterkt, gefragmenteerd, neergeslagen, opnieuw gesuspendeerd, gehybridiseerd met de chip, verlengd met een enkele base, gekleurd, en gescand op ofwel een iScan of Hi Scan hoge-resolutie optische imaging systeem. Een overnight stap is nodig om het DNA te amplificeren. Het DNA wordt gedenatureerd en isotherm geamplificeerd door geheel-genoom amplificatie, daarom is er geen PCR vereist. Monsters worden gehybridiseerd met de arrays in een tweede stap nachts. Op de derde dag, de monsters zijn klaar om te worden gescand en geanalyseerd. Geamplificeerde DNA kan worden opgeslagen in grote hoeveelheden, waardoor korrelarrays elke dag van de week te verwerken, daarbij maximaal debiet.

Een goed-bewerkte kraal chip moeten helder en duidelijk rood en groen laser-licht intensiteiten weergegeven tijdens het scannen. In figuur 6, de iScan scansoftware toont deze een standaard genomische DNA-monster met succes gehybridiseerd met een aangepaste-panel SNP genotypering array. De gemerkte nucleotiden die tijdens de uitbreiding en kleuring stappen bevestigd fluoresceren onder de lampen van de twee lasers. Aangezien deze nucleotiden selectief de kraal van oligonucleotideketen gehybridiseerd met het gefragmenteerde DNA streng verlengen en de oligonucleotide ketens ontworpen te beëindigen op de plaats van de variant, kan de kleur en intensiteit van het verkregen signaal worden gebruikt om de op de allelen te bepalen SNP-plaats. Een user-generated staalkaart, die monster-ID&#39;s en klinische gegevens overeenkomen om chipID en positie, en een reeks specifieke SNP manifest, rechtstreeks van het bedrijf, zijn beide nodig om de sca importerennner output bestanden in de GenomeStudio analyse software. Voorbeeld monster bladen zijn te vinden op de website van de vennootschap. Zodra het GenomeStudio project gebouwd kan genotypen worden verkregen uit de resulterende intensiteit clusters automatisch gegenereerd door de software. Hoewel meerdere weergave opties bestaan, de standaardweergave, Norm-R (een genormaliseerde intensiteit waarde) vs Norm-Theta (een allele intensiteit ratio), is vaak de makkelijkste complot om drie verschillende clusters onderscheiden. De meeste SNPs moet een, twee of drie clusters vertonen, afhankelijk van de minor allel frequentie. De drie clusters vertegenwoordigen monsters demonstreren AA, AB of BB allelen (zie figuur 7). Deze clusters kunnen worden toegewezen genotypen hetzij door rechtstreeks importeren van een standaard template clustering positie van het bedrijf, door &quot;Cluster Alle SNPs&quot; uit de werkbalk Analyse van de software te selecteren, of door te klikken en te slepen met de gekleurde cirkels op de intensiteit percelen handmatig edi<html> t noemt. De kleur van het monster op de intensiteit perceel (rood, paars, of blauw) geeft aan de oproep (AA, AB, of BB, respectievelijk), zwarte geeft geen gesprek. Door te bladeren door de in het deelvenster volledige gegevens van de software vermeld SNPs, kan de clustering voor elke SNP worden bekeken of teruggeroepen. Zodra de clusters bevredigende gesprekken worden toegewezen, het volledige deelvenster Gegevens van de software geeft de genotypes voor elk individueel monster bij elke afzonderlijke SNP. De Kolom Kiezer optie boven de tafel kan dataformaten schakelen. Gegevens kunnen via de werkbalk Analyse of direct van de volledige gegevens tabel worden geëxporteerd voor een diepgaande analyse. <img alt="Figuur 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig1.jpg" width="600px" /> Figuur 1. Overzicht - Infinium Testprotocol.683/50683fig1highres.jpg &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; Klik hier voor grotere afbeelding. <img alt="Figuur 2" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig2.jpg" width="600px" /> Figuur 2. Compleet Hyb Kamer basis en mat, plus deksel. [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig2highres.jpg" target="_blank">Klik hier voor grotere afbeelding</a> . <img alt="Figuur 3" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig3.jpg" width="600px" /> Figuur 3 Het laden van een BeadChip -.. Breng het monster op de inlaatpoorten [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig3highres.jpg" target="_blank">Klik hier voor vergroting</a><html> afbeelding. <img alt="Figuur 4" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig4.jpg" width="600px" /> Figuur 4 verwijderen BeadChip Coverseal -.. Pak de afdichting op de hoek en voorzichtig afpellen diagonaal [12] <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig4highres.jpg" target="_blank">Klik hier voor grotere afbeelding</a> . <img alt="Figuur 5" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig5.jpg" width="600px" /> Figuur 5. Compleet BeadChip Flow-through Assembly - De BeadChip is gescheiden van een glasplaatje met een spacer en gebonden met klemmetjes.&gt; Klik hier voor grotere afbeelding. <img alt="Figuur 6" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig6.jpg" width="600px" /> Figuur 6. Succesvolle BeadChip Scan - A) De BeadChip wordt gescand met zowel een rode en groene laser, de scanning software geeft beide tegelijk. Secties passeren intensiteit QC zal groen markeren op de BeadChip scherm naar links. Secties falende intensiteit QC zal rood markeren op de BeadChip display. B) Zodra het scannen is voltooid, zal de software overlay de rode en groene displays. Een ingezoomde afbeelding wordt getoond. De kleur en intensiteit van elke individuele kraal geeft het allel aanwezig. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig6highres.jpg" target="_blank">Klik hier voor grotere afbeelding</a> . <p class="jove_content" fo:keep-together.within-page = &quot;altijd&quot;&gt; <img alt="Figuur 7" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50683/50683fig7.jpg" width="500px" /> Figuur 7. SNP NORM-R vs NORM-THETA Cluster Profielen - A) Een geldig SNP met drie verschillende clusters die AA, AB en BB genotypen, gekleurd rood, paars en blauw B) A SNP nodig bewerken.. De middelste cluster, die moet worden homozygote AB, is links niet-genoemd. De BB cluster wordt ten onrechte genoemd AB. C) Een slecht presterende SNP. Geen genotypen kan worden verkregen bij deze intensiteit plot, omdat er geen duidelijke clusters bestaan. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50683/50683fig7highres.jpg" target="_blank">Klik hier voor grotere afbeelding</a> .

Een protocol wordt beschreven dat Illumina Infinium assays gebruikt om grootschalige genotypering uitgevoerd. Deze testen betrouwbaar kan genotype miljoenen SNPs over honderden individuele DNA-monsters in drie dagen. Eenmaal gegenereerd, kunnen deze genotypes worden gebruikt om te controleren associaties met verschillende ziekten of fenotypes.

Infinium Assay voor grootschalige SNP genotypering Toepassingen

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

Het algemene doel van deze procedure is het succesvol toepassen van de Infinium-assay voor het verwerken van een genotyping bead chip. Dit wordt bereikt door eerst het DNA te amplificeren, te fragmenteren en te isoleren. De tweede stap bestaat uit het hybridiseren van de gedenatureerde DNA-streng aan oligonucleotiden die bevestigd zijn aan beads op de array.Vervolgens wordt het aan de kraal gebonden oligonucleotide gekleurd en selectief met één base verlengd. De laatste stap is het scannen van de kraalchips om het gelabelde nucleotide te detecteren. Uiteindelijk worden de genotypingsresultaten gebruikt om de allelen te bepalen die aanwezig zijn op de betreffende locus.Een visuele demonstratie van deze methode is essentieel omdat veel van de stappen voor het kleuren en laden van de bijen-chips moeilijk aan te leren zijn. Veel van de handelingen komen niet voor bij andere genotyperingsmethoden en veel van de apparatuur hebben zeer vergelijkbare namen. Bereid het DNA één dag vóór de amplificatie voor door 200 nanogram DNA per well in een deep well 96 monsterplaat te dispenseren.Er moeten ten minste 96 monsters worden geplaatst om te garanderen dat er geen reagens wordt verspild. Label de plaat met een barcode-sticker die bij de kit is geleverd en centrifugeer deze om de volumes te normaliseren. Laat de monsters een nacht in een lade of zuurkast staan om de vloeistof te laten verdampen.Dek de plaat losjes af met een deksel of een papieren handdoek om de volgende ochtend stof buiten te houden. Controleer of de wells droog zijn; gebruik een reagensreservoir en een achtkanaals pipet van 10 µL om 4 µL DNA Resus-buffer in elke well te dispenseren om de monsters te rehydrateren. Als men er zorg voor draagt de vloeistof niet aan te raken, is het niet nodig om de pipetpuntjes tussen elke kolom te vervangen.Breng vervolgens met een achtkanalspipet en een schoon reagensreservoir 20 µL van reagens MA one aan in elke put van de plaat. Dek de plaat af met een herbruikbare afsluiting, centrifugeer kort en vortex één minuut lang bij 1600 RPM op een microplaatshaker en incubeer gedurende ten minste 30 minuten bij kamertemperatuur. De overige stappen voor de amplificatie worden niet in deze video getoond, maar het protocol kan worden teruggevonden in het bijbehorende manuscript.Nadat alle reagentia zijn toegevoegd, wordt de plaat gedurende 20 tot 24 uur geplaatst in een correct gekalibreerde oven die is ingesteld op 37 °C. Na de amplificatie worden de DNA-monsters gefragmenteerd en neergeslagen zoals beschreven in het manuscript, gevolgd door precipitatie in een hogesnelheidscentrifuge. Inspecteer de onderkant van de plaat zonder deze om te keren.Om te bevestigen dat de monsters zijn neergeslagen in een blauwe pellet, verwijdert u het deksel en verwijdert u snel de vloeistof door de plaat om te keren en deze krachtig op het aanrecht te tikken, dat bedekt is met papieren handdoekjes. Zodra de plaat is omgekeerd, dient u er zorg voor te dragen deze niet terug te draaien. Zolang er vloeistof overblijft, tikt u de plaat herhaaldelijk tegen het aanrecht tot alle vloeistof is verwijderd.Plaats de plaat omgekeerd op een reageerbuisrek om één uur bij kamertemperatuur droog te incuberen. Vervolgens wordt het DNA geresuspendeerd om de hybridisatieprocedure te starten. Plaats een 96-wellplaat met geresuspendeerd DNA gedurende 20 minuten op een hitteblok bij 95 °C.Om het DNA na 20 minuten te denatureren, haalt u de monsterplaat uit het warmteblok en incubeert u deze 30 minuten bij kamertemperatuur; terwijl de monsterplaat afkoelt, bereidt u de hive-kamer voor. Er is één kamer nodig voor elke vier verwerkte bijen-chips. Plaats een rubberen mat op de bovenkant van de basis van de hive-kamer, waarbij het dikkere gat wordt uitgelijnd met de voorkant van de basis.Het in de basis gegraveerde barcode-symbool moet nog steeds zichtbaar zijn. Gebruik een 1000 microliter pipette om 400 microliters PB twee reagens in elk van de acht in de basis uitgespaarde bevochtigingsreservoirs te brengen. Plaats het deksel van de hi-kamer op de basis en sluit beide uiteinden door twee klemmen op diagonaal tegenoverliggende zijden te plaatsen.Plaats eerst vier Hi chamber-inserts op de werkbank voor elke gebruikte hi chamber, vlak voor het einde van de 30 minuten durende afkoelperiode. Open de verpakkingen van de zilveren bead-chips.Verwijder de chips uit hun doorzichtige plastic hoesjes zonder de kralen aan te raken. Plaats elke bee-chip op een hi-kamerinsert. Richt de barcode van de chip uit met het barcode-symbool dat in het bovenoppervlak van de insert is geëtst.De volgende stap, het laden van de bee-chips, is mogelijk de meest kritische stap van het protocol. Om dit correct uit te voeren, is het noodzakelijk om vooraf te visualiseren hoe de overdracht van het monster van de DNA-plaat naar de bee-chip verloopt. Verwijder het deksel van de monsterplaat en gooi dit weg. Er kan een meerkanaalpipet worden gebruikt om de vloeistof op de chips te dispenseren, maar er moet vooraf worden nagedacht over het aspireren van enkel het aantal monsters dat veilig op de bee-chip kan worden geplaatst, aangezien het aantal rijen op een plaat niet altijd overeenkomt met het aantal rijen op een chip.Neem 15 µL monster van de monsterplaat en breng dit langzaam aan op de inlaat van de array. Er moet uiterste zorg worden betracht om het juiste monster op de juiste bead chip in de juiste positie te plaatsen, overeenkomstig de eerder geregistreerde volgorde van de bead chip.Open de hi-kamer en plaats de inzetten over de bevochtigingsreservoirs. De barcode van de chip moet over de in de basis van de hive-kamer geëtste barcode worden geplaatst. Plaats de afdekking van de hive-kamer terug en sluit alle vier de sluitingen door de sluitingen aan diagonaal tegenover elkaar gelegen zijden te sluiten.Incubeer eerst de hi-kamer in een oven van 48 °C gedurende 16 tot 24 uur. Na voltooiing van de hybridisatie worden de hi-kamers uit de oven gehaald en gedurende 25 minuten bij kamertemperatuur geïncubeerd om af te koelen. Wanneer de hi-kamers zijn afgekoeld, wordt één hi-kamer geopend. Verwijder de afdichtingsfolie van een bee-chip door de folie in één hoek vast te pakken en deze voorzichtig diagonaal af te pellen.Zodra de verzegeling is verwijderd, plaatst u de chip direct op een bee chip tray en dompelt u deze onder in PB one zonder de beads aan te raken. Herhaal dit totdat de tray gevuld is met bead chips. Zorg ervoor dat geen enkele chip uitdroogt.Schud de tray voorzichtig om eventuele bellen te verwijderen en laat de chips één minuut ondergedompeld blijven. Schud de tray opnieuw. Verplaats de tray met bee-chips naar een tweede wasbak gevuld met PB.One, schud voorzichtig en laat het één minuut inweken.Agiteer vervolgens opnieuw in het montagestation voor vloeistofdoorstroming. Plaats vier zwarte plastic steunen voor doorstroming in de groeven. Vul het station één voor één met PB tot de vloeistof bijna de hoogte van de acht montagebeugels bereikt.Verwijder de bead-chips uit het plateau en plaats ze in het assemblage-station op een plastic flow-through beugel; de barcode van de chip moet worden uitgelijnd boven het barcode-symbool dat in het assemblage-station is geëtst. Zodra er vier chips in het assemblage-station zijn geplaatst, plaatst u een doorzichtige plastic spacer bovenop elke bead-chip. De buitenranden van de spacer moeten de beugels binnen het assemblage-station omsluiten.Plaats de plastic assemblagebalk in het assemblagestation door deze over de groeven te passen. Plaats voorzichtig een glazen objectglas bovenop de plastic spacer door het achterste uiteinde van het objectglas tegen de assemblagebalk te duwen en het voorste gedeelte langzaam in de vloeistof te laten zakken. De groef aan de bovenzijde van het objectglas moet naar beneden gericht zijn, direct boven de barcode van de chip, waarbij een tussenruimte tussen de bee chip en het objectglas aan de barcodezijde overblijft.Controleer of er geen luchtbellen tussen de chip en het objectglas zitten en klik vervolgens twee metalen klemmen om het glas. Schuif één klem richting het uiteinde met de barcode en één richting de achterzijde. De randen van de plastic klemmen moeten de plastic doorstroomsteun onder de chip vastgrijpen.Deze figuur toont een volledig diagram van de flow-through assemblage. Zodra alle kraaltjes zich in hun flow-through assemblages bevinden, gebruikt u een chirurgische schaar om beide uiteinden van de afstandhouder zo dicht mogelijk bij het glasplaatje af te knippen. Zodra het kamerrek op 44 graden staat, begint u deze procedure door een bee chip flow-through assemblage op het kamerrek te plaatsen door de assemblage naar beneden te schuiven en de beugel aan de bovenkant vast te haken. De achterkant van de bee chip moet het kamerrek raken.De glazen objectglas moet naar buiten gericht zijn met de groef aan de bovenzijde om een reagensreservoir te vormen. Zodra alle bijen-chipassemblages op het kamerrek zijn geplaatst, gebruikt u een pipette van 200 microliter om 150 microliters RA one-reagens toe te voegen aan de flow-throughassemblages. Door de vloeistof in het glazen reservoir te dispenseren, zal het reagens vanzelf over het objectglas naar beneden stromen en aan de basis van de assemblage uittreden, waardoor toekomstige reagentia direct in het reservoir kunnen worden geplaatst.De resterende stappen voor het kleuren van een extensie worden niet getoond. Raadpleeg voor de voltooiing van het kleuren en de extensie het protocol in het bijbehorende manuscript. Demonteer de flow-through assemblage door een dunne metalen staaf tussen de klemmen en de beugel te plaatsen.Vervolgens het draaien. Zet het glazen dekglas apart en verwijder de bee-chip onmiddellijk; plaats een bee-chip in een verticale bee-chiphouder en dompel deze onder in PB 1. Herhaal dit voor elke flow-through-assemblage. Let er op dat elke bee-chip in dezelfde richting is geplaatst en minimaliseer de blootstelling aan lucht.Voltooi vervolgens deze procedure. Volgens het protocol in de begeleidende tekst moet een correct verwerkte bee-chip heldere en duidelijke rode en groene laserlichtintensiteiten vertonen bij het scannen, omdat de gelabelde nucleotiden die tijdens de extensie- en kleuringsstappen zijn gehecht, zullen fluoresceren onder het licht van de twee lasers. Hier wordt een standaard genomisch DNA-monster getoond dat succesvol is gehybridiseerd met custom panel SNP-genotyperingsarray-secties die de intensiteitspassing doorstaan.Bij een geslaagde kwaliteitscontrole (QC) licht het gedeelte links op het bee chip-display groen op. Bij een onvoldoende intensiteit licht de QC op het bee chip-display rood op.Zodra het scannen is voltooid, zullen de rode en groene weergaven over elkaar worden gelegd. Hier wordt een ingezoomde afbeelding getoond, aangezien deze nucleotiden selectief de oligonucleotideketen van de beads verlengen die gehybridiseerd is met het gefragmenteerde DNA-streng. Omdat de nucleotideketens zo zijn ontworpen dat ze eindigen op de plaats van de variant, kunnen de kleur en intensiteit van het resulterende signaal worden gebruikt om de aanwezige allelen op de SNP-plaats te bepalen.De uitvoerbestanden van de scanner worden geïmporteerd in de Genome Studio Analysis-software, die clusterprofielen genereert. Dit is een voorbeeld van een valide SNP met drie duidelijke clusters die respectievelijk de genotypes aa, A, B en B, B vertegenwoordigen, gekleurd in rood, paars en blauw. Deze intensiteitsplot toont de SNP waarbij bewerking van het zwarte middelste cluster nodig was, aangezien dit homozygoot zou moeten zijn.AB blijft onbenoemd. De BB-cluster wordt foutief aangeduid als ab. De laatste intensiteitsplot toont een slecht presterende SNP.Er kunnen geen genotypen worden afgeleid uit deze intensiteitsplot, aangezien er geen duidelijke clusters aanwezig zijn. Tijdens het uitvoeren van deze procedure is het belangrijk om de bijenchips snel te verwerken. Stel ze niet gedurende een langere periode bloot aan de lucht.

infinium-assay-for-large-scale-snp-genotyping-applications

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Gepoolde DNA-sequencing is een snelle en kosteneffectieve strategie voor zeldzame varianten geassocieerd met complexe fenotypes in grote cohorten op te sporen. Hier beschrijven we de computationele analyse van gecombineerde, next-generation sequencing van 32 kanker-gerelateerde genen met behulp van de SPLINTER softwarepakket. Deze methode is schaalbaar, en van toepassing op alle fenotype van belang.

Detectie van zogenaamde Rare Genomic Varianten uit gepoold Sequencing gebruiken SPLINTER

We beschrijven een nieuwe werkwijze voor het isoleren van genomisch DNA uit volbloed voor plasma / serologie. Na het plasma, wordt de verdichte bloed meestal weggegooid. Onze nieuwe methode is een aanzienlijke verbetering ten opzichte van bestaande methoden en maakt DNA en plasma verkrijgbaar vanaf een enkele collectie, zonder daarvoor extra bloed.

Een praktische en nieuwe methode om Genomic DNA Uittreksel uit Bloedafname Kits voor Plasma Protein Preservation

Muggen die malaria overdragen, hebben een aantal epidemiologisch belangrijke kenmerken die alleen kunnen worden gedetecteerd met behulp van moleculaire technieken. Door gebruik te maken van een MALDI-TOF-gebaseerde SNP-genotyperingsplatform, hebben we een test ontwikkeld voor het gelijktijdig detecteren van meerdere belangrijke eigenschappen (soorten, insecticideresistentie, parasietinfectie en gastheukeuze) van malariavectoren.

Een Multi-detectie test voor Malaria Zenden Muggen

Nodulair heterotopia van de Periventricular (PNH) is de meest voorkomende vorm van misvorming van corticale ontwikkeling (MCD) in volwassenheid maar haar genetische basis blijft onbekend in meest sporadische gevallen. Onlangs hebben we een strategie nieuwe kandidaat om genen te identificeren voor MCDs en direct bevestigen hun oorzakelijke rol in vivo.

Een nieuwe strategie combinatie matrix-CGH, geheel-exome Sequencing en In Utero Electroporation bij knaagdieren ter identificatie van de oorzakelijke genen voor hersenen misvormingen

Er wordt een geïntegreerd systeem beschreven voor gerichte next-generation sequencing van oncologische monsters. Dit cross-platform systeem is geoptimaliseerd voor tumorbiopsies van lage kwaliteit en lage hoeveelheid, past zich aan lage DNA-inputs aan, omvat goed gekarakteriseerde multi-variant controles en beschikt over een nieuwe variant caller die wordt geïnformeerd door kwantitatieve pre-analytische kwaliteitscontrolemaatregelen.

Integratie van Nat en droog Bench Processen Optimaliseert Gerichte next-generation sequencing van lage kwaliteit en lage hoeveelheid tumorbiopten

Gerichte volgende-generatie rangschikken is een tijd - en kostenbesparende aanpak die wordt steeds populairder in zowel ziekteonderzoek en klinische diagnostiek. Het protocol beschreven hier presenteert de complexe workflow vereist voor het rangschikken en het proces van de bioinformatica gebruikt ter identificatie van de genetische varianten die aan de ziekte bijdragen.

Next-generation Sequencing en Bioinformatics pijpleiding om te evalueren van genetische determinanten van constitutionele ziekte gericht

Identificatie van genetische varianten bij te dragen tot complexe ziekten bij de mens laat ons toe om nieuwe mechanismen te identificeren. Hier, aantonen wij een multiplex genotypering aanpak aan kandidaat-genen of gene traject analyse die maximaliseert de dekking tegen lage kosten en is vatbaar voor cohort gebaseerde studies.

Kandidaat-gen in klinische cohortstudies met Multiplexed genotypering en massaspectrometrie testen

Het protocol presenteert de algemene procedures in het laboratorium die vereist zijn bij pre-implantatie genetische tests voor aneuploïdie op een op halfgeleiders gebaseerd sequencingplatform van de volgende generatie. Hier presenteren we de gedetailleerde stappen van volledige genoomversterking, DNA-fragmentselectie, bibliotheekconstructie, sjabloonvoorbereiding en sequencing-werkstroom met representatieve resultaten.

Pre-implantatie genetische testen voor aneuploïdie op een halfgeleidergebaseerd next-generation sequencingplatform

We hebben een soortoverschrijdende vergelijkende oncogenomics-benadering ontwikkeld met behulp van genomische analyses en functionele genomische screenings om therapeutische doelen te identificeren en te vergelijken in tumoren die ontstaan in genetisch gemanipuleerde muismodellen en het overeenkomstige menselijke tumortype.

Genetische profilering en drop-outscreening op genoomschaal om therapeutische doelen te identificeren in muismodellen van kwaadaardige perifere zenuwschedetumoren

Grootschalige Schermen van Metagenomic Bibliotheken

Leer grootschalige SNP-genotypering met Illumina's Infinium-assay voor ziekteassociatiestudies. Dit protocol omvat DNA-amplificatie, hybridisatie op bead chips en scanning voor betrouwbare resultaten.

Infinium Assay voor grootschalige SNP genotypering Toepassingen

Meer video's verkennen