Name: In vitro biochemische assays met behulp van biotine etiketten om eiwit-nucleïnezuur interacties te bestuderen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-07-17T14:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 14 s
Description: Leer biotine-gelabelde biochemische assays voor het bestuderen van eiwit-nucleïnezuur interacties. Deze robuuste methode is efficiënt, betaalbaar en reproduceerbaar over lange tijd zonder speciale apparatuur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Wij danken P. Jeremy Wang (University of Pennsylvania) voor nuttige bewerkingen en discussies. We danken ook Sigrid Eckardt voor taal bewerking. K. Z. werd ondersteund door National key R & D programma van China (2016YFA0500902, 2018YFC1003500) en National Natural Science Foundation of China (31771653). L. Y. werd gesteund door de National Natural Science Foundation of China (81471502, 31871503) en het innovatieve en ondernemende programma van de provincie Jiangsu. J. N. werd gesteund door het Zhejiang Medical Science and Technology project (2019KY499). M. L. werd gesteund door subsidies van de National Natural Science Foundation of China (31771588) en het 1000 Youth talent plan.

1. eiwit preparaat
<ol><li>MEIOB en MOV10 expressie constructies<ol><li>Genereren van cDNA Expression constructies codering muis MEIOB-A, C, en E (afbeelding 1A) en MOV10.<ol>
<li>Stel de polymerase-kettingreactie (PCR)-Reacties voor elk fragment in. Meng 1 μL muis-cDNA (van C57BL/6-muis testis), 1 μL dNTP, 2 μL van 10 μM voorwaartse primer, 2 μL van 10 μM omgekeerde primer, 1 μL van DNA-polymerase, 25 μL van 2x PCR-buffer en 18 μL dubbel gedistilleerd H2o (DDH2o) in een eind volume van 50 μL. Opmerking: de primers voor de amplificatie van Meiob -en Mov10 -genfragmenten staan vermeld in tabel 1.
</li>
			<li>PCR-reacties uitvoeren met behulp van de volgende Programma's: 95 °C gedurende 5 minuten, 35 cycli verwarming bij 95 °C gedurende 15 sec., gloeien bij 64 °C gedurende 15 sec., uitbreiding bij 72 °C gedurende 20 sec. (2 min voor verlenging van de volledige lengte MOV10) en eind verlenging bij 68 °C gedurende 7 minuten. Opmerking: gebruik de primer pair MEIOB-E (F1) en MEIOB-E-Mut (R1) en meiob-E-Mut (F2) en MEIOB-e (R2) om twee segmenten te versterken die de Mutante sequentie binnen een overlappende sequentie op respectievelijk de 3 ' en 5 ' uiteinden bevatten om een mutant PCR template te genereren.</li>
		</ol></li>
		<li>Analyseer het versterkte PCR-DNA door middel van gel elektroforese, snijd de band van de benodigde maat uit de gel snel onder een UV-lamp en plaats ze in een centrifugebuis. Opmerking: de verwachte productgrootten die zichtbaar zijn op de agarose-gel voor MEIOB-A is 536 BP, MEIOB-C is 296 BP, MEIOB-E zijn 312 BP en 229 BP, en MOV10 is 3015 BP.</li>
		<li>Reinig het PCR-DNA met een gel-extractie Kit volgens het Protocol van de fabrikant.<ol>
<li>Voeg een gelijk volume oplossende buffer toe aan de centrifugebuis van stap 1.1.2 en smelt gel in een waterbad van 50-55 °C gedurende 5-10 min, zodat de gelstukken volledig smelten. Centrifugeer kort om druppels van de wand van de buis te verzamelen. Opmerking: de massa/volume concentratie van de gel en de oplossende buffer is 1 mg/μL.</li>
			<li>Plaats de adsorptie kolom in de opvang buis, breng de oplossing met het opgeloste-gelfragment over naar de adsorptie kolom en Centrifugeer gedurende 2 minuten bij 12.000 x g .</li>
			<li>Gooi het filtraat aan de onderzijde van de opvang buizen weg. Voeg 600 μL van de reinigings buffer toe aan de kolom, centrifugeer bij 12.000 x g gedurende 1 minuut en gooi het filtraat weg.</li>
			<li>Herhaal stap 1.1.3.3 eenmaal.</li>
			<li>Plaats de kolom terug in het opvang buisje en Centrifugeer gedurende 2 minuten bij 12.000 x g om alle resterende wasbuffer te verwijderen.</li>
			<li>Plaats de adsorptie kolom in een gesteriliseerde centrifugebuis van 1,5 mL, voeg 50 μL ddH2O toe aan het midden van de adsorptie kolom en Centrifugeer gedurende 1 min bij 12.000 x g . meet de DNA-concentratie van het eluaat met behulp van spectrofotometer.</li>
		</ol></li>
		<li>Beperking van de vertering van plasmiden<ol>
<li>Digest pGEX-4T-1 vector met BamHI en NotI. Meng hiervoor 4 μg pGEX-4T-1 vector, 5 μL van 10x Digest buffer, 1 μL BamHI en 1 μL NotI en ddH2O tot een laatste reactievolume van 50 μL. Inincuberen bij 37 °C gedurende 2 uur.</li>
			<li>Digest pRK5 vector met BamHI en XhoI door het mengen van 4 μg pRK5 vector, 5 μL van 10x Digest buffer, 1 μL BamHI, en 1 μL XhoI en ddH2O tot een laatste reactievolume van 50 μL. Inincuberen bij 37 °C gedurende 2 uur.</li>
		</ol></li>
		<li>Analyseer het vector-DNA door gel elektroforese, snijd de gewenste maat band snel uit de gel met een scalpel onder een UV-lamp en plaats deze in een centrifugebuis.</li>
		<li>Reinig het vector-DNA met een gel-extractie Kit als 1.1.3 volgens de instructies van de fabrikant. Let op: de lengte van gelineariseerde plasmiden: pGEX-4T-1, 4,4 KB; pRK5, 4,7 KB.</li>
		<li>Stel een standaard recombinant ligatie reactie samen door 0,03 pmol van gelineariseerde vector, 0,06 pmol van het cDNA-fragment, 2 μl ligase en 4 μl 5x ligase-buffer en DDH2O te combineren in een laatste reactievolume van 10 μL. Opmerking: kloon MEIOB-A, C en E in een pGEX-4T-1 vector en MOV10 in een pRK5 vector.</li>
		<li>Inbroed het mengsel gedurende 30 minuten bij 37 °C en koel vervolgens de reactie onmiddellijk af gedurende 5 minuten op ijs. Transformeer MEIOB recombinant plasmiden in BL21 bacteriën en MOV10 recombinante plasmiden in DH5α bacteriën. Opmerking: Controleer alle recombinant constructies door Sanger-sequencing.</li>
		<li>Bereid glycerolvoorraden van bacteriële culturen met geverifieerde recombinant plasmiden door een gelijk volume van 50% glycerol toe te voegen aan vloeibare culturen en op-80 °C te bewaren. Let op: voor elk volgende experiment, streak uit bacteriën uit glycerol voorraden op een verse agar plaat en gebruik een enkele kolonie voor de uitbreiding zoals beschreven in stap 1,2.</li>
	</ol></li>
	<li>MEIOB-eiwitextracten van bacteriën<ol>
<li>Kies een kolonie van elke BL21 stam die met het lege of recombinant pGEX-4T-1 plasmide wordt geverifieerd door sequencing en inoculeren in 3 mL LB bevattende 100 μg/mL ampiciline. Groei 's nachts bij 37 °C met schudden bij 220 rpm.</li>
		<li>Inoculeren 300 mL LB bevattende 100 μg/mL ampicileen uit 3 mL nacht cultuur (vanaf stap 1.2.1). Kweek de culturen met schudden bij 37 °C gedurende 2 uur tot OD600 bereikt 0,5-1,0.</li>
		<li>Induceren van de eiwit expressie door het toevoegen van Isopropyl Beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) tot een eindconcentratie van 0,2 mM. Inbroed de culturen voor een extra 3 h met schudden bij 180 rpm en 18 °C.</li>
		<li>Centrifugeer de bacteriecultuur bij 3.500 x g en 4 °c gedurende 20 minuten.</li>
		<li>Rebreng de pellet in 20 mL ijskoude Dulbecco's fosfaatgebufferde zoutoplossing (DPBS) buffer. Sonicate de bacteriële suspensie op ijs gedurende 25 cycli in korte 10 s-uitbarstingen (uitgangsvermogen 20%) gevolgd door 2-3 s rusten op ijs.</li>
		<li>Centrifugeer het lysaat bij 12.000 x g en 4 °c gedurende 15 min. Breng alle supernatant over naar een frisse buis.</li>
		<li>Pre-wash kralen.<ol>
<li>Voeg 300 μL glutathion-sepharose-kralen toe aan een nieuwe tube van 15 mL en was de kralen met 10 mL ijskoude PBS-buffer.</li>
			<li>Centrifugeer bij 750 x g en 4 °c gedurende 1 minuut om de kralen te pellet en gooi de wasoplossing weg.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Voeg het lysaat toe aan de gewassen kralen en inincuberen bij 4 °c gedurende 2 uur. Centrifugeer bij 750 x g en 4 °c gedurende 1 minuut om de kralen te pellet. Spoel de parels in 10 mL ijskoude PBS 8x.</li>
		<li>Elute de kralen met 1 ml van de elutie buffer (10 mm glutathion in 50 mm tris-HCl bij pH 8,0) 6x, inbroed bij 4 °c gedurende 10 minuten voorafgaand aan elke elutie-stap. Centrifugeer bij 750 x g en 4 °C gedurende 1 minuut om de kralen te pellet. Verzamel en pool de 6 fracties.</li>
		<li>Breng de geelerede eiwitten over in een centrifugale filter en concentreer u door centrifugeren op 7.500 x g om een eindvolume van 100-200 μL te verkrijgen.</li>
	</ol></li>
	<li>MOV10 eiwitextracten uit HEK293T cellen<ol>
<li>De MOV10 eiwitten transitief uitdrukken in gekweekte HEK293T cellen.<ol>
<li>Bereid MOV10-pRK5 plasmide in een concentratie > 500 ng/μL.</li>
			<li>Zaad HEK293T cellen in 15 cm gerechten. Wanneer de celdichtheid ~ 70%-90% bereikt, vervangt u het celkweekmedium door vers Dulbecco's gemodificeerde Eagle medium (DMEM) met 10% foetaal runderserum (FBS) en 1% penicileen-streptomycine.</li>
			<li>Voor één transfectie, Verdun 60 μg MOV10-pRK5 plasmide DNA in 3 ml van het verlaagde serum medium, voeg vervolgens 120 μL van het transfectie Enhancer-reagens toe en meng goed.</li>
			<li>Verdun in een aparte buis 90 μL van het transfectiereagens met 3 mL verlaagd serum medium (zonder penicillaire-streptomycine) en meng goed.</li>
			<li>Voeg het verdunde DNA toe aan elke buis van het verdunde transfectie reagens. Incuberen bij kamertemperatuur gedurende 15 minuten.</li>
			<li>Voeg het transfectie mengsel toe aan de celkweek en kweekcellen voor ~ 36-48 h.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Na 36-48 h, verzamel cellen van elke plaat in een buis van 50 mL. Centrifugeer bij 500 x g gedurende 5 minuten bij 4 °c. Was elke pellet met 10 mL ijskoude PBS, en verzamel cellen door centrifugeren bij 500 x g gedurende 5 minuten bij 4 °c.</li>
		<li>Rebreng de pellet in 3 mL cel lysisbuffer met volledige ehylenediaminetetraazijnzuur (EDTA)-vrije cocktail van proteaseremmers. Inbroed voor 30 min op ijs. Centrifugeer het lysaat bij 20.000 x g en 4 °c gedurende 20 minuten.</li>
		<li>Voeg 100 μL van de anti-vlag magnetische kralen per schotel van cellen in een buis van 1,5 mL.</li>
		<li>Was de magnetische parels 2x met K150 buffer (50 mM HEPES bij pH 7,5, 150 mM KoAc, 1 mM DTT, 0,1% NP-40).<ol>
<li>Respendeer de magnetische kralen in 1 mL ijskoude K150 buffer.</li>
			<li>Inbroed de magnetische kralen voor 2 min bij 4 ° c met zachte rotatie en pellet de magnetische kralen met behulp van een magneet. Verwijder het supernatant en gooi het weg.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Voeg de magnetische kralen toe aan de cel lysaat supernatant uit stap 1.3.3 en inincuberen bij 4 °c gedurende 2 uur.</li>
		<li>Was de eiwit gebonden magnetische kralen 3x met K150 buffer, dan 2x met K150 met 250 mM NaCl, dan 3x met K150 buffer als 1.3.5.</li>
		<li>Breng de parels in 300 μL van de elutie buffer (100 mM NaCl, 20 mM tris-HCl bij pH 7,5, 5 mM MgCl2, 10% glycerol), voeg de vlag peptide toe aan een eindconcentratie van 0,5 μg/μL en inbroed met parels op een Rotator bij 4 °c gedurende 1 uur. , dan pellet de magnetische kralen met behulp van een magneet.</li>
		<li>Verzamel het supernatant dat de eluteerde MOV10 eiwitten bevat, bepaal de concentratie en bewaar bij-80 °C voor toekomstig gebruik.</li>
	</ol></li>
</ol>2. preparaat van nucleïnezuur
<ol><li>Koop DNA en RNA oligonucleotiden (oligos) met of zonder Biotine etiketten uit een geschikte bron. Verdun elke oligo in RNase-vrij ddH2O tot 20 μM en houd deze bij-80 °c voor toekomstig gebruik. Opmerking: de oligo-sequenties van DNA/RNA-substraten die in deze studie worden gebruikt, staan vermeld in tabel 2.</li>
	<li>Bereid het volgende mengsel voor het dubbel-streng RNA (dsRNA) gloeien reactie voor MOV10 Helicase activity assay: Meng 60 mM N-2-hydroxyethylpiperazine-N-ethaan-sulfonzuur (HEPES) bij pH 7,5, 6 mM KCl, 0,2 mM MgCl2 en RNase-gratis DDH2 O in een laatste reactievolume van 20 μL.</li>
	<li>Anneal RNA oligos te vormen RNA duplex door het verwarmen van een mengsel van de Biotine-gelabelde bovenste streng (2 μM, uiteindelijke concentratie) en een 1,5-fold van zijn niet-gelabelde complementaire bodem streng in de gloei buffer (stap 2,2) bij 95 °C gedurende 5 minuten, en dan langzaam te koelen naar kamer temperatuur (RT).</li>
</ol>3. biochemische assays in vitro
<ol><li>EMSA en enzymatische reacties<ol>
<li>Meng voor de meiob EMSA-test 50 mm tris HCl bij pH 7,5, 2 mm MgCl2, 50 mm NaCl, 10 mm EDTA, 2 mm dithiotreïtol (DTT), 0,01% NP-40, 0,8 mm (of andere relevante concentraties zoals weergegeven in Figuur 2 en Figuur 3) meiob-eiwit, en 10 nm biotin-gelabelde oligonucleotiden en ddH2O in een laatste reactievolume van 20 μL. Incuberen bij RT gedurende 30 minuten en voeg 5x stop buffer (125 mM EDTA, 50% glycerol) toe om de reactie te stoppen.</li>
		<li>Instellen van MEIOB Nuclease activiteit reacties zoals beschreven in stap 3.1.1 maar zonder toevoeging van 10 mM EDTA.</li>
		<li>Voor de MOV10 Helicase activity Assay, Meng 50 mM tris-HCl bij pH 7,5, 20 mM KoAc, 2 mM MgCl2, 0,01% NP-40, 1 mm DTT, 2 U/ΜL RNase-remmer, 10 nm Biotine-gelabeld RNA-substraat, 2 mm adenosinetrifosfaat (ATP), 100 nm RNA-val en 20 ng van MOV10 proteïne en DDH < C6 > 2O in een laatste reactievolume van 20 μL. Inbroed het reactiemengsel bij 37 °C gedurende 10 min, 30 min en 60 min. Voeg de 5x stop buffer toe om de reactie te stoppen. Opmerking: RNA-val, een Biotine-ongegelabelde oligo met sequentie, complementariteit met het gelabelde oligo, die voorkomt dat het ongewikkelde dsRNA weer gloeien.</li>
	</ol></li>
	<li>Polyacrylamidegels<ol>
<li>Was de gelplaten (16 cm x 16 cm) en 1,5 mm kammen. Monteer de elektroforese-eenheden van de gel.</li>
		<li>Om een 10% inheemse polyacrylamidegel te bereiden, meng u 14 mL ddH2O, 1,25 ml 10x tris-boorzuur-EDTA (TBE), 8,3 ml 30% acrylamide, 1,25 ml 50% glycerol, 187,5 μl 10% vers bereide ammonium persulfaat (APS) en 12,5 μl tetramethylethyleendiamine (TEMED).</li>
		<li>Om een 20% inheemse polyacrylamidegel te bereiden, meng u 5,5 mL ddH2O, 1,25 ml 10X tbe, 1,25 ml 50% glycerol, 16,7 ml 30% acrylamide, 187,5 μl 10% APS en 12,5 ΜL TEMED.</li>
		<li>Giet de acrylamide oplossing onmiddellijk in de gel en steek de kam in. Laat het mengsel ongeveer 30 min polymeriseren.</li>
	</ol></li>
	<li>Gel running<ol>
<li>Verwijder de kam, vul de tanks met de elektroforese Running buffer (0.5 x TBE).</li>
		<li>Spoel de monster putten uit met 0,5 x TBE buffer en voer de gel vervolgens voor 30 min op 100 V op ijs. Vervang de lopende buffer door verse 0,5 x TBE.</li>
		<li>Laad 20-25 μL monsters in elk goed.</li>
		<li>Gebruik een 10% inheemse acrylamidegel voor de EMSA-assay en een 20% inheemse acrylamidegel voor de enzymatische assays. Voer elektroforese uit op 100 V op het ijsbad tot de Broom fenol Blue marker is gemigreerd naar het onderste kwart van de gel.</li>
	</ol></li>
	<li>Demonteer de gelplaten, trim de gel door het verwijderen van laad putten en ongebruikte rijstroken. Plaats de gel in 0,5 x TBE-buffer.</li>
	<li>Snijd het filtreerpapier en het nylon membraan op de maat van de gel. Bevochtig het schone filtreerpapier en het nylon membraan.</li>
	<li>Monteer de stapel voor overdracht.<ol>
<li>Plaats het pre-natte membraan op het voornatte filtreerpapier.</li>
		<li>Plaats de gel op het membraan.</li>
		<li>Bedek de gel met een andere laag voornat filtreerpapier.</li>
		<li>Verwijder alle luchtbellen door een schone Pipet van het midden naar de rand te rollen.</li>
	</ol></li>
	<li>Breng de monsters van de gel naar het membraan in een semi-droog elektroforetisch apparaat bij 90 mA gedurende 20 minuten.</li>
	<li>Stop de overdracht en droog het membraan gedurende 1 minuut op een nieuw filtreerpapier.</li>
	<li>Cross link de monsters door het membraan te bestreren op 120 MJ/cm2 voor 45-60 s in een UV-licht als uitgerust met 254 nm lampen (Autocross link-functie). Lucht droog het membraan bij RT gedurende 30 minuten.</li>
	<li>Detectie van chemiluminescentie<ol>
<li>Protocol 1: gebruik een standaardvolume van commerciële chemiluminescerende nucleïnezuur detectiekit.<ol>
<li>Voeg 20 mL blokkerende buffer toe aan het membraan en inincuberen gedurende 15-30 min met zacht schudden op een Rotator bij 20-25 rpm.</li>
			<li>Bereid geconjugeerde/blokkerende bufferoplossing door toevoeging van 66,7 μL gestabiliseerde streptavidine-mierikswortelperoxidase conjugaat tot 20 mL blokkerende buffer.</li>
			<li>Verwijder voorzichtig de blokkerende buffer en vervang deze door conjugaat/blokkerende buffer. Incuberen gedurende 15 minuten op een Rotator bij 20-25 rpm.</li>
			<li>Was het membraan 4x met schudden bij 40-45 rpm gedurende 5 minuten per stuk.</li>
			<li>Voeg 30 mL substraat equilibratie buffer toe aan het membraan. Inbroed het membraan gedurende 5 minuten met schudden bij 20-25 rpm.</li>
			<li>Bereid substraat werkoplossing door 6 mL Luminol/Enhancer oplossing toe te voegen aan 6 mL stabiele peroxide oplossing. Vermijd licht.</li>
			<li>Bedek het gehele oppervlak van het membraan met substraat werkoplossing en inincuberen gedurende 5 minuten.</li>
			<li>Scan het membraan in een chemiluminescentie beeldvormings systeem voor 1-3 s.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Protocol 2: gebruik 2x verdunde commerciële chemiluminescerende nucleïnezuur detectiekit en volg de stappen 3.10.1.1-3.10.1.8.</li>
		<li>Protocol 3: gebruik zelfgemaakte reagentia6.<ol>
<li>Buffer voorbereiden: Meng 0,1 M Tris-HCl bij pH 7,5, 0,1 M NaCl, 2 mM MgCl2en 3% boviene serumalbumine breuk V. AP 7,5 buffer: Meng 0,1 m tris-HCl bij pH 7,5, 0,1 m NaCl en 2 mm MgCl2. AP 9,5 buffer: Meng 0,1 M Tris-HCl bij pH 9,5, 0,1 M NaCl en 50 mM MgCl2. TE buffer: Meng 10 mM tris-HCl bij pH 8,0, 1 mM EDTA bij pH 8,0.</li>
			<li>Week het membraan in blokkerende buffer bij 30 °C gedurende 1 uur.</li>
			<li>Voeg 8,5 μL streptavidine alkalische fosfatase toe aan 10 mL AP 7,5-buffer. Schud het membraan zachtjes in deze oplossing bij RT gedurende 10 min. Was vervolgens het membraan 2x in 15 mL AP 7,5 buffer gedurende 10 min.</li>
			<li>Was het membraan nog één keer in 20 mL AP 9,5 buffer gedurende 10 min. Voeg 20 mL TE buffer toe om de reactie te stoppen.</li>
			<li>Voeg 7,5 mL ontwikkelings oplossing op het membraan toe en scan het membraan in een chemiluminescentie beeldvormings systeem voor 1-3 s.</li>
		</ol>
</li>
	</ol></li>
</ol>

<ol><li>Bai, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sox30+initiates+transcription+of+haploid+genes+during+late+meiosis+and+spermiogenesis+in+mouse+testes%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Sox30 initiates transcription of haploid genes during late meiosis and spermiogenesis in mouse testes.</a> Development. 145 (13), (2018).</li>
<li>Watanabe, T., Lin, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Posttranscriptional+regulation+of+gene+expression+by+Piwi+proteins+and+piRNAs%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Posttranscriptional regulation of gene expression by Piwi proteins and piRNAs.</a> Molecular Cell. 56 (1), 18-27 (2014).</li>
<li>Alonso, N., Guillen, R., Chambers, J. W., Leng, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+sensitive+high-throughput+screening+method+to+identify+compounds+targeting+protein-nucleic+acids+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">A rapid and sensitive high-throughput screening method to identify compounds targeting protein-nucleic acids interactions.</a> Nucleic Acids Research. 43 (8), 52(2015).</li>
<li>Hwang, H., Myong, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+induced+fluorescence+enhancement+%28PIFE%29+for+probing+protein-nucleic+acid+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Chemical+Society+Reviews%22%5BJournal%5D)">Protein induced fluorescence enhancement (PIFE) for probing protein-nucleic acid interactions.</a> Chemical Society Reviews. 43 (4), 1221-1229 (2014).</li>
<li>Gustafsdottir, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+analysis+of+DNA-protein+interactions+by+proximity+ligation%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">In vitro analysis of DNA-protein interactions by proximity ligation.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (9), 3067-3072 (2007).</li>
<li>Li, Y., Jiang, Z., Chen, H., Ma, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+modified+quantitative+EMSA+and+its+application+in+the+study+of+RNA--protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biochemical+and+Biophysical+Methods%22%5BJournal%5D)">A modified quantitative EMSA and its application in the study of RNA--protein interactions.</a> Journal of Biochemical and Biophysical Methods. 60 (2), 85-96 (2004).</li>
<li>Fahrer, J., Kranaster, R., Altmeyer, M., Marx, A., Burkle, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+analysis+of+the+binding+affinity+of+poly%28ADP-ribose%29+to+specific+binding+proteins+as+a+function+of+chain+length%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Quantitative analysis of the binding affinity of poly(ADP-ribose) to specific binding proteins as a function of chain length.</a> Nucleic Acids Research. 35 (21), 143(2007).</li>
<li>Hsieh, Y. W., Alqadah, A., Chuang, C. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+Optimized+Protocol+for+Electrophoretic+Mobility+Shift+Assay+Using+Infrared+Fluorescent+Dye-labeled+Oligonucleotides%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">An Optimized Protocol for Electrophoretic Mobility Shift Assay Using Infrared Fluorescent Dye-labeled Oligonucleotides.</a> Journal of Visualized Experiments. (117), (2016).</li>
<li>Yan, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Orphan+Nuclear+Receptor+Nur77+Inhibits+Cardiac+Hypertrophic+Response+to+Beta-Adrenergic+Stimulation%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+and+Cellular+Biology%22%5BJournal%5D)">Orphan Nuclear Receptor Nur77 Inhibits Cardiac Hypertrophic Response to Beta-Adrenergic Stimulation.</a> Molecular and Cellular Biology. 35 (19), 3312-3323 (2015).</li>
<li>Hellman, L. M., Fried, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrophoretic+mobility+shift+assay+%28EMSA%29+for+detecting+protein-nucleic+acid+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">Electrophoretic mobility shift assay (EMSA) for detecting protein-nucleic acid interactions.</a> Nature Protocols. 2 (8), 1849-1861 (2007).</li>
<li>Fillebeen, C., Wilkinson, N., Pantopoulos, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrophoretic+mobility+shift+assay+%28EMSA%29+for+the+study+of+RNA-protein+interactions%3A+the+IRE%2FIRP+example%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Visualized+Experiments%22%5BJournal%5D)">Electrophoretic mobility shift assay (EMSA) for the study of RNA-protein interactions: the IRE/IRP example.</a> Journal of Visualized Experiments. (94), (2014).</li>
<li>Nishida, K. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hierarchical+roles+of+mitochondrial+Papi+and+Zucchini+in+Bombyx+germline+piRNA+biogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Hierarchical roles of mitochondrial Papi and Zucchini in Bombyx germline piRNA biogenesis.</a> Nature. 555 (7695), 260-264 (2018).</li>
<li>Anders, C., Jinek, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+enzymology+of+Cas9%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Enzymology%22%5BJournal%5D)">In vitro enzymology of Cas9.</a> Methods in Enzymology. 546, 1-20 (2014).</li>
<li>Zhao, H., Zheng, J., Li, Q. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+novel+plant+in+vitro+assay+system+for+pre-mRNA+cleavage+during+3%27-end+formation%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Physiology%22%5BJournal%5D)">A novel plant in vitro assay system for pre-mRNA cleavage during 3'-end formation.</a> Plant Physiology. 157 (3), 1546-1554 (2011).</li>
<li>Vourekas, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+RNA+helicase+MOV10L1+binds+piRNA+precursors+to+initiate+piRNA+processing%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">The RNA helicase MOV10L1 binds piRNA precursors to initiate piRNA processing.</a> Genes & Development. 29 (6), 617-629 (2015).</li>
<li>Gregersen, L. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MOV10+Is+a+5%27+to+3%27+RNA+helicase+contributing+to+UPF1+mRNA+target+degradation+by+translocation+along+3%27+UTRs%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">MOV10 Is a 5' to 3' RNA helicase contributing to UPF1 mRNA target degradation by translocation along 3' UTRs.</a> Molecular Cell. 54 (4), (2014).</li>
<li>Talwar, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+DEAD-box+protein+DDX43+%28HAGE%29+is+a+dual+RNA-DNA+helicase+and+has+a+K-homology+domain+required+for+full+nucleic+acid+unwinding+activity%5BTitle%5D)+AND+%22The+Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">The DEAD-box protein DDX43 (HAGE) is a dual RNA-DNA helicase and has a K-homology domain required for full nucleic acid unwinding activity.</a> The Journal of Biological Chemistry. 292 (25), 10429-10443 (2017).</li>
<li>Nagy, N. M., Konya, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Study+of+fast+and+slow+consecutive+processes+by+heterogeneous+isotope+exchange+using+P-32+radiotracer%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Radioanalytical+And+Nuclear+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Study of fast and slow consecutive processes by heterogeneous isotope exchange using P-32 radiotracer.</a> Journal of Radioanalytical And Nuclear Chemistry. 318 (3), 2349-2353 (2018).</li>
<li>Wilson, D. L., Beharry, A. A., Srivastava, A., O'Connor, T. R., Kool, E. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fluorescence+Probes+for+ALKBH2+Allow+the+Measurement+of+DNA+Alkylation+Repair+and+Drug+Resistance+Responses%5BTitle%5D)+AND+%22Angewandte+Chemie%22%5BJournal%5D)">Fluorescence Probes for ALKBH2 Allow the Measurement of DNA Alkylation Repair and Drug Resistance Responses.</a> Angewandte Chemie. 57 (39), 12896-12900 (2018).</li>
<li>Wilchek, M., Bayer, E. A., Livnah, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Essentials+of+biorecognition%3A+the+%28strept%29avidin-biotin+system+as+a+model+for+protein-protein+and+protein-ligand+interaction%5BTitle%5D)+AND+%22Immunology+Letters%22%5BJournal%5D)">Essentials of biorecognition: the (strept)avidin-biotin system as a model for protein-protein and protein-ligand interaction.</a> Immunology Letters. 103 (1), 27-32 (2006).</li>
<li>Trippier, P. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+strategies+for+the+biotinylation+of+bioactive+small+molecules%5BTitle%5D)+AND+%22ChemMedChem%22%5BJournal%5D)">Synthetic strategies for the biotinylation of bioactive small molecules.</a> ChemMedChem. 8 (2), 190-203 (2013).</li>
<li>Rodgers, J. T., Patel, P., Hennes, J. L., Bolognia, S. L., Mascotti, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+biotin-labeled+nucleic+acids+for+protein+purification+and+agarose-based+chemiluminescent+electromobility+shift+assays%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Use of biotin-labeled nucleic acids for protein purification and agarose-based chemiluminescent electromobility shift assays.</a> Analytical Biochemistry. 277 (2), 254-259 (2000).</li>
<li>Panda, A. C., Martindale, J. L., Gorospe, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Affinity+Pulldown+of+Biotinylated+RNA+for+Detection+of+Protein-RNA+Complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-Protocol%22%5BJournal%5D)">Affinity Pulldown of Biotinylated RNA for Detection of Protein-RNA Complexes.</a> Bio-Protocol. 6 (24), (2016).</li>
<li>Bednarek, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mRNAs+biotinylated+within+the+5%27+cap+and+protected+against+decapping%3A+new+tools+to+capture+RNA+-+protein+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Philosophical+Transactions+Of+the+Royal+Society+B-Biological+Sciences%22%5BJournal%5D)">mRNAs biotinylated within the 5' cap and protected against decapping: new tools to capture RNA - protein complexes.</a> Philosophical Transactions Of the Royal Society B-Biological Sciences. 373 (1762), (2018).</li>
<li>Souquet, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MEIOB+Targets+Single-Strand+DNA+and+Is+Necessary+for+Meiotic+Recombination%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+Genetics%22%5BJournal%5D)">MEIOB Targets Single-Strand DNA and Is Necessary for Meiotic Recombination.</a> Plos Genetics. 9 (9), (2013).</li>
<li>Luo, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MEIOB+exhibits+single-stranded+DNA-binding+and+exonuclease+activities+and+is+essential+for+meiotic+recombination%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">MEIOB exhibits single-stranded DNA-binding and exonuclease activities and is essential for meiotic recombination.</a> Nature Communications. 4, 2788(2013).</li>
<li>Xu, Y., Greenberg, R. A., Schonbrunn, E., Wang, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Meiosis-specific+proteins+MEIOB+and+SPATA22+cooperatively+associate+with+the+single-stranded+DNA-binding+replication+protein+A+complex+and+DNA+double-strand+breaks%5BTitle%5D)+AND+%22Biology+of+Reproduction%22%5BJournal%5D)">Meiosis-specific proteins MEIOB and SPATA22 cooperatively associate with the single-stranded DNA-binding replication protein A complex and DNA double-strand breaks.</a> Biology of Reproduction. 96 (5), 1096-1104 (2017).</li>
</ol>

Er worden geen belangenconflicten gedeclareerd.

Onderzoek naar eiwit-nucleïnezuur interacties is van cruciaal belang voor ons begrip van moleculaire mechanismen onderliggende diverse biologische processen. Meiob is bijvoorbeeld een testis-specifiek eiwit dat essentieel is voor meiose en vruchtbaarheid bij zoogdieren25,26,27. MEIOB bevat een OB-domein dat bindt aan single-streng DNA en vertoont 3 ' tot 5 ' exonuclease activiteit26, die rechtstreeks betr...

Eiwit-nucleïnezuur interacties zijn betrokken bij vele essentiële cellulaire processen zoals DNA-herstel, replicatie, transcriptie, RNA-verwerking, en vertaling. Eiwit interacties met specifieke DNA-sequenties binnen de chromatine zijn nodig voor de strakke controle van genexpressie op het transcriptionele niveau1. Precieze posttranscriptionele regulering van talrijke Codeer-en niet-Codeer Rna's vereist uitgebreide en gecompliceerde interacties tussen elk eiwit en RNA2. Deze lagen van genexpressie regelgevingsmechanisme omvatten een cascade van dynamische intermoleculaire gebeurtenissen, die worden gecoördineerd door interacties van transcriptie/epigenetische factoren of RNA-bindende eiwitten met hun nucleïnezuur doelen, evenals eiwit-eiwit interacties. Om te ontleden of eiwitten in vivo direct of indirect geassocieerd zijn met nucleïnezuren en hoe dergelijke associaties zich voordoen en culmineren, worden in vitro biochemische assays uitgevoerd om de bindende affiniteit of enzymatische activiteit van eiwitten van belang te onderzoeken op ontworpen substraten van DNA en/of RNA.
Er zijn veel technieken ontwikkeld om nucleïnezuur-eiwitcomplexen op te sporen en te karakteriseren, waaronder de elektroforetisch mobiliteits verschuiving test (EMSA), ook wel gel retardatie assay of band Shift assay3,4,5 . EMSA is een veelzijdige en gevoelige biochemische methode die op grote schaal wordt gebruikt voor het bestuderen van de directe binding van eiwitten met nucleïnezuren. EMSA vertrouwt op gel elektrofortische verschuiving in banden, die routinematig worden gevisualiseerd met behulp van chemiluminescentie om Biotine-etiketten op te sporen6,7, de fluorescentie van de-etiketten8,9, of door autoradiografie van radioactieve 32P-etiketten10,11. Andere doeleinden van biochemische studies zijn de identificatie en karakterisering van de nucleïnezuur-verwerkingsactiviteit van eiwitten, zoals Nuclease-gebaseerde reacties om de splijting producten te beoordelen uit nucleïnezuur substraten12, 13 , 14 en DNA/RNA structuur-ontwikkeling assays om Helicase activiteiten te evalueren15,16,17.
In dergelijke enzymatische activiteit testen, de radioisotope-gelabelde of fluorophore-gelabelde nucleïnezuren worden vaak gebruikt als substraten vanwege hun hoge gevoeligheid. Analyse van radiografen van enzymatische reacties met betrekking tot 32P gelabelde radiotracers bleken gevoelig en reproduceerbaar18. Maar in een toenemend aantal laboratoria in de wereld, het gebruik van radio-isotopen is beperkt of zelfs verboden als gevolg van de gezondheidsrisico's die gepaard gaan met potentiële blootstelling. Naast bioveiligheid zorgen, andere nadelen zijn de vereiste noodzakelijke apparatuur om te werken met radio-isotopen, vereiste radioactiviteit licentie, korte halfwaardetijd van 32P (over 14 dagen), en geleidelijke verslechtering van de kwaliteit van de sonde als gevolg van Radiolyse. Er zijn dus alternatieve niet-isotopic methoden ontwikkeld (d.w.z. het labelen van de sonde met fluoroforen maakt detectie mogelijk door fluorescerende beeldvorming19). Een beeldvormings systeem met hoge resolutie is echter nodig bij het gebruik van fluorescently gelabelde sondes. Biotine, een veelgebruikt etiket, bindt gemakkelijk aan biologische macromoleculen zoals eiwitten en nucleïnezuren. Het biotin-streptavidin-systeem werkt efficiënt en verbetert de detectiegevoeligheid zonder de niet-specifieke achtergrond20,21te verhogen. Naast EMSA wordt Biotine veel gebruikt voor de eiwit zuivering en de pull-down van RNA, onder andere22,23,24.
Dit protocol gebruikt met succes Biotine gelabelde nucleïnezuren als substraten voor in vitro biochemische testen, waaronder EMSA, naast enzymatische reacties waarin Biotine niet vaak is gebruikt. De meiob ob domein is geconstrueerd en twee mutanten (truncation en Point mutatie) worden uitgedrukt als gst Fusion eiwitten25,26,27, evenals muis MOV10 recombinant Flag Fusion proteïne16. Dit verslag belicht de effectiviteit van dit gecombineerde protocol voor eiwit zuivering en biotine gelabelde assays voor diverse experimentele doeleinden.

<table><tbody><tr><td>Equipment</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Centrifuge</td><td>Eppendorf, Germany</td><td>5242R</td><td></td></tr><tr><td>Chemiluminescent Imaging System</td><td>Tanon, China</td><td>5200</td><td></td></tr><tr><td>Digital sonifer</td><td>Branson, USA</td><td>BBV12081048A</td><td>450 Watts; 50/60 HZ</td></tr><tr><td>Semi-dry electrophoretic blotter</td><td>Hoefer, USA</td><td>TE77XP</td><td></td></tr><tr><td>Tube Revolver&nbsp;</td><td>Crystal, USA</td><td>3406051</td><td></td></tr><tr><td>UV-light cross-linker</td><td>UVP, USA</td><td>CL-1000</td><td></td></tr><tr><td>Materials</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Amicon Ultra-4 Centrifugal Filter&nbsp;</td><td>Milipore, USA</td><td>UFC801096</td><td>4 ml/10 K</td></tr><tr><td>Nylon membrane</td><td>Thermo Scientific, USA</td><td>TG263940A</td><td></td></tr><tr><td>TC-treated Culture Dish</td><td>Corning, USA</td><td>430167</td><td>100 mm&nbsp;</td></tr><tr><td>TC-treated Culture Dish</td><td>Corning, USA</td><td>430597</td><td>150 mm&nbsp;</td></tr><tr><td>Microtubes tubes</td><td>AXYGEN, USA</td><td>MCT-150-C</td><td>1.5 mL&nbsp;</td></tr><tr><td>Tubes</td><td>Corning, USA</td><td>430791</td><td>15 mL</td></tr><tr><td>Reagents&nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ampicillin</td><td>SunShine Bio, China</td><td>8h288h28</td><td></td></tr><tr><td>Anti-FLAG M2 magnetic beads</td><td>Sigma, USA</td><td>M8823</td><td></td></tr><tr><td>ATP</td><td>Thermo Scientific, USA</td><td>591136</td><td></td></tr><tr><td>BCIP/NBT Alkaline Phosphatase Color Development Kit</td><td>Beyotime, China</td><td>C3206</td><td></td></tr><tr><td>CelLyticTM M Cell Lysis Reagent&nbsp;</td><td>Sigma, USA</td><td>107M4071V</td><td></td></tr><tr><td>ClonExpress II one step cloning kit&nbsp;</td><td>Vazyme, China</td><td>C112</td><td></td></tr><tr><td>Chemiluminescent Nucleic Acid Detection Kit</td><td>Thermo Scientific, USA</td><td>T1269950</td><td></td></tr><tr><td>dNTP</td><td>Sigma-Aldrich, USA</td><td>DNTP100-1KT</td><td></td></tr><tr><td>DMEM</td><td>Gibco, USA</td><td>10569044</td><td></td></tr><tr><td>DPBS buffer</td><td>Gibco, USA</td><td>14190-136</td><td></td></tr><tr><td>EDTA</td><td>Invitrogen, USA</td><td>AM9260G</td><td>0.5 M</td></tr><tr><td>EDTA free protease inhibitor cocktail</td><td>Roche, USA</td><td>04693132001</td><td></td></tr><tr><td>EndoFree Maxi Plasmid Kit&nbsp;</td><td>Vazyme, China</td><td>&nbsp; DC202</td><td></td></tr><tr><td>FastPure Gel DNA Extraction Mini Kit</td><td>Vazyme, China</td><td>DC301-01</td><td></td></tr><tr><td>FBS</td><td>Gibco, USA</td><td>10437028</td><td></td></tr><tr><td>FLAG peptide</td><td>Sigma, USA</td><td>F4799</td><td></td></tr><tr><td>Glycerol</td><td>Sigma, USA</td><td>SHBK3676</td><td></td></tr><tr><td>GST Bulk Kit</td><td>GE Healthcare, USA</td><td>27-4570-01</td><td></td></tr><tr><td>HEPES buffer</td><td>Sigma, USA</td><td>SLBZ2837</td><td>1 M&nbsp;</td></tr><tr><td>IPTG</td><td>Thermo Scientific, USA</td><td>34060</td><td></td></tr><tr><td>KoAc</td><td>Sangon Biotech, China</td><td>127-08-02</td><td></td></tr><tr><td>Lipofectamin 3000 Transfection Reagent</td><td>Thermo Scientific, USA</td><td>L3000001</td><td></td></tr><tr><td>MgCl2</td><td>Invitrogen, USA</td><td>AM9530G</td><td>1 M</td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Invitrogen, USA</td><td>AM9759 &nbsp;</td><td>5 M&nbsp;</td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Amresco, USA</td><td>M158-500ML</td><td></td></tr><tr><td>Opti-MEM medium</td><td>Gibco, USA</td><td>31985062</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Gibco, USA</td><td>10010023</td><td>PH 7.4</td></tr><tr><td>RNase Inhibitor</td><td>Promega, USA</td><td>N251B</td><td></td></tr><tr><td>Streptavidin alkaline phosphatase</td><td>Promega, USA</td><td>V5591</td><td></td></tr><tr><td>TBE</td><td>Invitrogen, USA</td><td>15581044</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCI Buffer&nbsp;</td><td>Invitrogen, USA</td><td>15567027</td><td>1 M, PH 7.4</td></tr><tr><td>Tris-HCI Buffer&nbsp;</td><td>Invitrogen, USA</td><td>15568025</td><td>1 M, PH 8.0</td></tr><tr><td>Tween-20</td><td>Sangon Biotech, China</td><td>A600560</td><td></td></tr></tbody></table>

in vitro biochemische assays met behulp van biotine etiketten om eiwit-nucleïnezuur interacties te bestuderen

In Vitro Biochemical Assays using Biotin Labels to Study Protein-Nucleic Acid Interactions

Eiwit-nucleïnezuur interacties spelen belangrijke rollen in biologische processen zoals transcriptie, recombinatie, en RNA metabolisme. Experimentele methoden om eiwit-nucleïnezuur interacties te bestuderen vereisen het gebruik van fluorescerende Tags, radioactieve isotopen of andere etiketten om specifieke doel moleculen te detecteren en te analyseren. Biotine, een niet-radioactieve nucleïnezuur label, wordt vaak gebruikt in elektroforetisch mobiliteits verschuiving assays (EMSA) maar is niet regelmatig toegepast om te controleren van de eiwit activiteit tijdens nucleïnezuur processen. Dit protocol illustreert het nut van biotine labeling tijdens in vitro enzymatische reacties, waaruit blijkt dat dit label goed werkt met een scala aan verschillende biochemische assays. Specifiek, in afstemming met eerdere bevindingen met behulp van radio-isotopen 32P-gelabelde substraten, wordt bevestigd via Biotine-gelabeld EMSA dat MEIOB (een eiwit dat specifiek bij de Meiotische recombinatie betrokken is) een DNA-bindend eiwit is, dat MOV10 (een RNA Helicase) lost biotin-gelabelde RNA-duplex structuren op, en dat MEIOB het Biotine-gelabelde enkel-streng DNA. Deze studie toont aan dat Biotine in staat is om 32P in verschillende biochemische assays in nucleïnezuur in vitro te vervangen.

De eiwitstructuur van MEIOB en de uitdrukkings constructies die in deze studie worden gebruikt, worden geïllustreerd in Figuur 1A. OB plooien in MEIOB zijn compacte vat-achtige structuren die kunnen herkennen en interactie met enkel-streng nucleïnezuren. Een van de OB-domeinen (AA 136-307, construct A) bindt één streng DNA (ssDNA), het afgeknotte eiwit (AA 136-178 truncations, construct C) en de punt Mutant vorm (R235A mutatie, construct E) van MEIOB hebben geen DNA-bindende...

Hier zijn de protocollen voor in vitro biochemische assays met behulp van biotine etiketten die algemeen toepasbaar voor het bestuderen van eiwit-nucleïnezuur interacties.

In vitro biochemische assays met behulp van biotine etiketten om eiwit-nucleïnezuur interacties te bestuderen

Protein-nucleic acid interactions play important roles in biological processes such as transcription, recombination, and RNA metabolism. Experimental ...

Dit protocol biedt een biotine-label platform voor de studie van eiwit-nucleïnezuur interacties die robuust, betrouwbaar, efficiënt en betaalbaar blijkt te zijn. Dezelfde partij van de biotine-gelabelde nucleïnezuren kan worden gebruikt over een lange periode van tijd, het behoud van reproduceerbaarheid van experimenten. Ten slotte kunnen alle hier beschreven tests met het biotinelabel binnen een dag worden uitgevoerd en vereisen ze geen speciale apparatuur.Het aantonen van de procedure zal Lina Yu, een postdoctoraal van ons laboratorium. Bereid MEIOB en MOV10 constructen, en zet ze in de juiste bacteriën. Om MEIOB te extraheren, pellet de cellen via centrifugatie en resuspend ze in 20 milliliter van ijskoude fosfaat gebufferde zoutoplossing dulbecco' s, of DPBS, buffer.Sonicate de bacteriële suspensie op ijs. Dan, centrifuge het lysaat op 12,000 keer g en vier graden Celsius gedurende 15 minuten, en breng de supernatant naar een verse buis. Voorwassen glutathione-Sepharose kralen, en uitbroed ze met het lysaat op vier graden Celsius gedurende twee uur.Centrifugeren het mengsel op 750 keer g en vier graden Celsius gedurende een minuut om de kralen pellet. Spoel de kralen acht keer af met 10 milliliter ijskoude PBS. Voeg vervolgens een milliliter elutiebuffer toe, broed de kralen gedurende 10 minuten op vier graden Celsius en ontwijk de kralen via centrifugatie.Herhaal de elutie zes keer, en pool samen de zes fracties. Breng de eluted eiwitten in een centrifugaalfilter, en concentraat door centrifugatie op 7, 500 keer g voor een eindvolume van 100 tot 200 microliters. Om MOV10 te extraheren, druk het eiwit uit in HEK293T cellen en pellet de cellen volgens de handschriftrichtingen.Resuspend de pellet in drie milliliter cellyse buffer met volledige EDTA-vrije proteaseremmer cocktail, en incubate gedurende 30 minuten op ijs. Dan, centrifuge het lysaat op vier graden Celsius. Bereid anti-FLAG magnetische kralen door ze twee keer te wassen met K150 buffer.Na de was, resuspend de kralen in een milliliter van ijskoude K150 buffer en uitbroeden ze gedurende twee minuten op vier graden Celsius met zachte rotatie. Verzamel de kralen op een magneet, en verwijder de supernatant. Voeg de kralen toe aan de cel lysate, en uitbroeden op vier graden Celsius gedurende twee uur.Was de kralen met K150 buffer volgens het manuscript richtingen, en resuspend de kralen in 300 microliters van FLAG elution buffer. Plaats de kralen op een magneet, verzamel de supernatant met de MOV10 eiwitten en bepaal de eiwitconcentratie. Bereid de RNA oligonucleotiden door het verdunnen van elke oligo tot 20 micromolar en annealing hen om RNA duplexen vormen volgens het manuscript richtingen.Voor de MEIOB elektroforetische mobiliteitsverschuivingstest, of EMSA, meng de reagentia volgens de handschriftrichtingen. Voeg water toe voor een eindreactievolume van 20 microliters. Broed de reactie 30 minuten bij kamertemperatuur in en voeg vervolgens 5x stopbuffer toe.Meng voor de MOV10 helicase-activiteitstest de reagentia volgens de handschriftrichtingen en voeg water toe voor een eindreactievolume van 20 microliters. Broed de reactie op 37 graden Celsius gedurende 10 minuten, 30 minuten en 60 minuten, en voeg vervolgens 5x stopbuffer toe om de reactie te stoppen. Bereid vervolgens een 20% native polyacrylamide gel voor en laad 20 tot 25 microliter van elk monster in elke put.Voer de gel op 100 volt op een ijsbad totdat de bromofenol blauwe marker is gemigreerd naar het onderste kwart van de gel. Acrylamide is schadelijk en giftig. Het is belangrijk om ermee om te gaan met de juiste persoonlijke beschermingsmiddelen.Demontage de gelplaten en trim de gel door het verwijderen van laadputten en ongebruikte rijstroken. Plaats de gel in een 0,5x TBE-buffer. Snijd filterpapier en nylon membraan ter grootte van de gel, maak het papier en membraan voor en monteer de stapel voor overdracht.Breng de monsters van de gel naar het membraan in een semi-droog elektroforentisch apparaat bij 90 milliamperes gedurende 20 minuten. Kruis vervolgens de monsters door het membraan vervolgens 45 tot 60 seconden te bestralen met 120 millijoule per centimeter in het kwadraat. Voor chemiluminescentie detectie, beginnen met het toevoegen van 20 milliliter van het blokkeren van buffer aan het membraan en uitbroeden gedurende 15 tot 30 minuten terwijl zachtjes schudden.Verwijder voorzichtig de blokkeringsbuffer en vervang deze door een conjugaat/blokkeringsbuffer. Het membraan gedurende 15 minuten opnieuw uitbroeden. Was het membraan vier keer tijdens het schudden gedurende vijf minuten per wasbeurt.Voeg vervolgens 30 milliliter substraatevenwicht buffer aan het membraan, en uitbroed het gedurende vijf minuten tijdens het schudden op 20 tot 25 rpm. Bedek het gehele oppervlak van het membraan met substraatwerkoplossing en broed gedurende vijf minuten uit. Scan na de incubatie het membraan in een chemiluminescent beeldvormingssysteem gedurende één tot drie seconden.Zuivering van de MEIOB eiwitten A, C en E kan worden geverifieerd met Coomassie blauwe vlekken en westerse vlek analyse. De rode pijlen geven de posities van de gezuiverde MEIOB eiwitten aan. Interacties van MEIOB en enkelstrengs DNA kunnen worden gevisualiseerd met behulp van EMSA.Concentratieafhankelijke binding en decolleté worden waargenomen. Zoals verwacht, alleen de wild-type MEIOB-A interageert met het DNA, terwijl de mutant MEIOB-E en MEIOB-C niet. Interacties van MEIOB en enkelstrengs RNA kunnen ook worden waargenomen.Wild-type MEIOB toont concentratieafhankelijke binding en exonuclease activiteit op single-stranded RNA. Echter, kwantitatieve vergelijking blijkt dat MEIOB bindt DNA met een hogere efficiëntie dan RNA. Zuivering van MOV10 werd gecontroleerd met Coomassie blauwe kleuring, en het eiwit helicase activiteit werd gemeten op een RNA duplex met een vijf-prime overhang.Naarmate de reactietijd toeneemt, ontspant MOV10 geleidelijk het dubbelstrengs RNA. Om de kosten van de test te verlagen, kan de chemiluminescentiedetectie worden uitgevoerd met een tweevoudige verdunning van de reagentia van de detectiekit of met zelfgemaakte reagentia. Het hier beschreven protocol gebruikte met succes biotine-gelabelde nucleïnezuren als substraten voor in vitro biochemische tests zoals EMSA en voor enzymatische reacties waarbij biotine niet vaak is gebruikt.

in-vitro-biochemical-assays-using-biotin-labels-to-study-protein

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

Het testen van eiwit-eiwit interacties is onmisbaar voor dissectie van eiwitten functionaliteit. Hier introduceren we...

Eiwit Membraan Overlay Test: een protocol om interactie tussen oplosbare en onoplosbare eiwitten Test In vitro</em

This video demonstrates a technique that uses biotinylated cell-penetrating peptides to detect intracellular protein-protein interactions. The cell-penetrating peptides facilitate the conjugated peptide to enter a cell and specifically bind to its interacting proteins. The biotin, after binding to avidin, allows purification of the interacting proteins’ complex from a cell lysate.

Biotinylated Cell-Penetrating Peptide Probe to Detect Protein-Protein Interactions

In this video, we demonstrate the procedure to determine the helicase activity of a target protein to unwind the biotin-labeled dsRNA substrate. The activity of the enzyme was identified by analyzing the electrophoretic mobility shift, followed by a chemiluminescence assay using chemiluminescent enzyme-conjugated streptavidin.

Helicase Activity Measurement of a Target Protein Using Biotin-Labeled RNA Duplexes

We ontwikkelden een kwantitatieve DNA-bindende ELISA gebaseerde bepaling om transcriptiefactor interactie met DNA te meten. Hoge specificiteit voor de RUNX2 eiwit werd bereikt met een consensus DNA-herkenning oligonucleotide en specifieke monoklonale antilichaam. Colorimetrische detectie met een enzym-gekoppelde antilichaam substraat reactie werd gevolgd in real time.

Een Kwantitatieve Analyse naar Protein Studie: DNA interacties, Discover transcriptieregulatoren van genexpressie, en het identificeren van nieuwe anti-tumor Agents

De protocollen beschrijven hier kinetische analyses van eiwit-eiwit interacties met Bio-layer interferometrie. F type ATP synthase, dat betrokken is bij de cellulaire energiemetabolisme, kan worden geremd door de ε subeenheid in bacteriën. We hebben Bio-layer interferometrie aangepast aan interacties van de katalytische complex studeren met remmende C-terminale domein ε's.

Bio-layer interferometrie voor het meten van kinetiek van eiwit-eiwit interacties en Allosteric Ligand Effects

Twee biotinylatie-gebaseerde methoden, ontworpen voor het bepalen van de expressie van de celoppervlak en de endocytische snelheid van eiwitten uitgedrukt in het plasmamembraan, worden in dit rapport weergegeven.

Bepaling van de expressie van de celoppervlakte en de endocytische snelheid van eiwitten in primaire astrocytekulturen met behulp van biotinylering

Dit is een protocol bij het bestuderen van intracellulaire eiwit-eiwitinteractie gebaseerd op het systeem van de Biotine-avidin-pull-down met de nieuwigheid van het combineren van cel-penetrating sequenties. Het belangrijkste voordeel is dat de volgorde van de doelgroep is geïncubeerd met levende cellen in plaats van de cel lysates en daarom de interacties in het cellulaire kader zal optreden.

Biotinyleerd cel-penetrating Peptides te bestuderen van intracellulaire eiwit-eiwitinteractie

Hier presenteren we een geoptimaliseerde in vitro methode om eiwitinteractoren van specifieke RNA-sequenties te ontdekken, kwantificeren en valideren, met behulp van totaal eiwitextract uit menselijke cellen, streptavidineparels bedekt met gebiotinyleerd RNA en massaspectrometrie-analyse.

Een geoptimaliseerde kwantitatieve pull-down analyse van RNA-bindende eiwitten met behulp van kort gebiotinyleerd RNA

Dit artikel beschrijft een protocol voor het bestuderen van DNA-eiwitinteracties met behulp van een op streptavidine gebaseerd biolaaginterferometrie (BLI) systeem. Het schetst de essentiële stappen en overwegingen voor het gebruik van basis- of geavanceerde bindingskinetiek om de evenwichtsbindingsaffiniteit (KD) van de interactie te bepalen.

Analyse van DNA-eiwitinteracties met op streptavidine gebaseerde biolaaginterferometrie

Het protocol presenteert een methode voor in vivo covalente hechting van biotine aan eiwitten op basis van hun nabijheid tot een biotineligase die is gefuseerd met een interessant eiwit. Deze modificatie maakt een selectieve verrijking van de eiwitten mogelijk met behulp van streptavidinekorrels als dat nodig is in eiwitinteractiestudies.

In vivo Nabijheidsbiotinylering voor onderzoek naar eiwitinteractie in Paramecium tetraurelia

Leer biotine-gelabelde biochemische assays voor het bestuderen van eiwit-nucleïnezuur interacties. Deze robuuste methode is efficiënt, betaalbaar en reproduceerbaar over lange tijd zonder speciale apparatuur.

In vitro biochemische assays met behulp van biotine etiketten om eiwit-nucleïnezuur interacties te bestuderen

Meer video's verkennen