Name: Een methode om de Novo vorming van Chromatin domeinen te bestuderen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2019-08-23T14:30:00.000+00:00
Duration: 7 s
Description: Ontdek een methode om de dynamische vorming van PRC2-gemedieerde chromatindomeinen in muizenembryonale stamcellen te volgen met CRISPR/Cas9. Dit systeem kan worden gepauzeerd voor real-time analyse.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Wij danken drs. L. Vales, D. Ozata en H. MOU voor de revisie van het manuscript. Het D.R. lab wordt ondersteund door het Howard Hughes Medical Institute en de National Institutes of Health (R01CA199652 en R01NS100897).

Generatie van induceerbare cytochromen Rescue mescs
1. celcultuur
<ol><li>Gebruik feeder-Free C57BL/6 Mouse embryonale stamcellen (mESCs) met een stabiel geïntegreerd CreERT2 transgene, dat kan translokaliseren naar de Nucleus bij toediening van 4-Hydroxytamoxifen (4-OHT)13.</li>
	<li>Groei mescs in conventionele ESC-medium14,15, aangevuld met 1000 U/ml LIF, 1 μm ERK-remmer PD0325901 en 3 μm GSK3 remmer CHIR99021. Gebruik voor conventioneel ESC-medium de afdek DMEM met 15% foetaal runderserum (FBS), 2 mM L-glutamine, 1X penicilin/streptomycine en 0,1 mM 2-mercaptoethanol.</li>
	<li>Gebruik platen gecoat met 0,1% gelatine oplossing voor het kweken van mESCs.</li>
</ol>2. generatie van van klonen eed knock-out (ko) mescs
<ol><li>Ontwerpgids RNAs (gRNAs) om Exon 10 en Exon 11 van de endogene kopie van EED in mESCs te verwijderen met behulp van de CRISPR design tool in Benchling16. EED-KO-gRNA-1 richt zich op de Intron onmiddellijk stroomopwaarts van Exon 10 en EED-KO-gRNA-2 richt zich op de Intron onmiddellijk stroomafwaarts van Exon 11. De gelijktijdige toepassing van deze Grna's verwijdert zowel Exon 10 als Exon 11 door niet-homologeuze eindverbindingen (NHEJ).</li>
	<li>Kloon gRNAs in pSpCas9 (BB)-2A-GFP (PX458) met behulp van instructies in ran et al., 201317.</li>
	<li>In een 6-well plaat formaat, transfect 2 x 105 mescs met 1 mg van elke eed-ko-grna-1 en eed-ko-grna-2 (Zie tabel van de materialen) met behulp van transfectie reagens door het volgen van de instructies van de fabrikant. Verander de media 24 h na transfectie.</li>
	<li>Twee dagen na de transfectie isoleren GFP-positieve cellen met behulp van fluorescentie-geactiveerde celsortering (FACS). Verwacht dat de transfectie-efficiëntie ongeveer 10-30% varieert. Sorteer rond 5 x 105 cellen om voldoende GFP positieve cellen voor het beplating vast te leggen.</li>
	<li>Plaat de geïsoleerde GFP positieve mESCs in 15 cm platen voorgecoat met 0,1% gelatine (10-20 X103 cellen per plaat) voor het plukken van de kolonie.</li>
	<li>Laat de cellen in het ESC-medium ongeveer een week groeien tot enkele kolonies zichtbaar zijn. Verander de media elke 2 dagen.</li>
	<li>Kies minimaal 48 kolonies met een micro pipetpunt van 20 μL. Schrait over de kolonie terwijl hij naar de pipetpunt aspireren. Breek de kolonie niet in enkele cellen. Breng de kolonie over in een accutase-bevattende (20 mL) 96 goed bord.</li>
	<li>Inbroed de kolonies gedurende 10 minuten bij 37 °C totdat alle cellen zijn losgekoppeld.</li>
	<li>Voeg met behulp van multichannel pipetten 200 mL ESC-media toe aan elke put.</li>
	<li>Meng goed en plaat de cellen in twee afzonderlijke 96 goed platen met behulp van meerkanaals pipet.</li>
	<li>Gebruik een van de 96-goed-platen voor genotypering en houd de andere groeit tot het genotypering is gesloten. Gebruik DNA-extractieoplossing om DNA uit de 96 goed te halen door de instructies van de fabrikant te volgen.</li>
	<li>Gebruik genotypering primers Gnt_EED-ko-up en Gnt_EED-KO_down, die de verwijderde site beslaan en de genotypering PCR met Taq DNA polymerase uitvoeren volgens de instructies van de fabrikant. Opmerking: andere soorten DNA-polymerasen kunnen ook worden gebruikt voor genotypering, maar Taq DNA polymerase biedt gemak omdat de PCR-reactie direct op een gel kan worden geladen wanneer de gekleurde reactiebuffer wordt gebruikt.<ol>
<li>Observeer een DNA-product met een lager molecuulgewicht in cellen met een homozygoot deletie ten opzichte van het wild type (WT)-geval. Opmerking: om PRC2 null-cellen te genereren, is homozygoot verwijdering van exonen sequentie 10 en 11 noodzakelijk om EED te destabiliseren en te degraderen, een essentiële subeenheid van kern PRC213. De CRISPR-doelmatigheid is ongeveer 10%.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Valideer de verwijdering van EED Exon 10 en 11 en het verlies van EED-eiwitten door Sanger-sequencing en Western blotting, respectievelijk.</li>
	<li>Bevestig de depletie van EED en H3K27me2/me3 van chromatine in EED KO-cellen door middel van ChIP-SEQ met antilichamen tegen H3K27me2/me3 en EED. Gebruik het protocol gegeven in Oksuz et al., 201715 voor chip-SEQ-experimenten.</li>
</ol>3. Engineering van de eed Knockout-mescs naar de haven van CRE-ERT2 gebaseerde induceerbare cytochromen eed-expressie
<ol><li>Ontwerp gRNA (EED-gRNA-inducible) om een snede te introduceren binnen het intron na Exon 9 van EED met behulp van de CRISPR design tool in Benchling16 (Zie tabel met materialen).</li>
	<li>Kloon gRNAs in pSpCas9 (BB)-2A-GFP (PX458) met behulp van instructies in ran et al., 201317.</li>
	<li>Ontwerp een donor sjabloon-DNA dat bestaat uit de EED cDNA-sequentie na Exon 9 en een C-Terminal Flag-HA-tag stroomopwaarts van een T2A-GFP-sequentie, allemaal in omgekeerde richting met betrekking tot de endogene gensequentie.<ol>
<li>Flank van de cassette met een Splice-acceptor en een polyadenylatie sequentie genest tussen heterologeuze omgekeerde loxP-sites (lox66 en lox71)18.</li>
		<li>Neem ten minste 500 BP van homologie armen van elk uiteinde. Splits de donor sjabloon in 2 segmenten van gBlocks genfragmenten (Zie gBlock-1, gBlock-2-WT "https://benchling.com/s/seq-l2LLlWNEnLrfGXcbdCxI" en gBlock-2-Cage-mutant "https://benchling.com/s/seq-n8eiZCB2XAkOuzzpv6qM") en Assembleer ze in PCR Blunt vector met behulp van Gibson klonen volgens de instructies van de fabrikant. Opmerking: gblock-2 bevat een aromatisch residu (Y365) in de kooi van EED dat belangrijk is voor interactie met H3K27me312. gBlock-2-WT bevat wild type residu, terwijl gblock-2-Cage-Mutant de kooi-Mutant van EED (Y365A) bevat, die niet in staat is om te binden aan H3K27me3. Induceerbare cytochromen WT eed Rescue wordt aangeduid als i-WT-r en induceerbare cytochromen Cage-Mutant eed Rescue wordt aangeduid als i-MT-r voor gemak.</li>
	</ol>
</li>
	<li>In een 6-well plaat formaat, transfect 2 x 105 mescs met 1 mg van de grna (eed-grna-inducible) en 1 mg van de donor templates (i-WT-r of i-MT-r) met behulp van transfectie reagens en isoleren GFP positieve cellen met behulp van FACS.</li>
	<li>Volg de stappen 2.3-2.11 om individuele kolonies te isoleren die klaar zijn voor genotypering voor succesvolle targeting.</li>
	<li>Gebruik genotypering primers Inducible_Genotype-FW-1 en Inducible_Genotype-Rev-1, die de ingevoegde cassette beslaan en de genotypering uitvoeren met behulp van Taq DNA polymerase. Opmerking: de targetingefficiëntie voor CRISPR is ongeveer 10%.<ol>
<li>Bevestig de juiste integratie van de cassette door PCR met behulp van Inducible_Genotype-FW-2 en Inducible_Genotype-Rev-2 primers, die zich buiten de homologie armen bevinden. Opmerking: homozygoot integratie van de cassette is noodzakelijk om een efficiënte redding van EED te realiseren. Merk op dat cellen met homozygoot-integratie een enkel groot DNA-product zullen produceren in vergelijking met WT EED, dat een kort product zal produceren.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Bevestig de integratie van de cassette door Sanger-sequencing.</li>
	<li>Bevestig het omdraaien van de cassette en de expressie van EED en andere PRC2 kerncomponenten (bijv. EZH2 en SUZ12) bij 4-OHT administratie door Western blotting.</li>
	<li>Bevestig de expressie van T2A-GFP en percentage van flip door flow Cytometry. Merk op dat de uitdrukking van GFP indicatief is voor het omdraaien van de cassette en de uitdrukking van EED.</li>
</ol>4. volgende nucleatie en verspreiding van PRC2 activiteit op chromatine
<ol><li>Bevestig dat i-WT-r en i-MT-r-mESCs geen leky-expressie van GFP hebben door Flowcytometrie. In het geval van lekkend expressie van GFP, Isoleer GFP-negatieve cellen door FACS voordat het experiment begint.</li>
	<li>Breid de i-WT-r en i-MT-r-mESCs uit in 5 15 cm platen (5x 106 cellen per plaat).</li>
	<li>Induceren van de expressie van WT of kooi-Mutant EED door toediening van 0,5 mM 4-OHT voor 0 h, 12 h, 24 h, 36 h en 8 dagen (1 15 cm plaat per aandoening). Wijzig de media na 12 uur voor behandelingen die langer zijn dan 12 uur. Isoleer de cellen die met succes zijn samengevoegd met behulp van GFP. Pas de tijd van de behandelingen zodanig aan dat alle voorwaarden in één keer worden verzameld.</li>
	<li>Voer ChIP-SEQ uit voor H3K27me2, H3K27me3 om hun temporele depositie te onderzoeken naar chromatine als reactie op re-expressie van WT of Cage-Mutant EED. Gebruik het ChIP-SEQ-protocol, inclusief bibliotheek voorbereiding, gedetailleerd in Oksuz et al., 201715.</li>
	<li>Gebruik een Spike-in-besturingselement in elk monster om kwantitatieve vergelijking tussen verschillende tijdspunten19mogelijk te maken.<ol>
<li>Gebruik voor Spike-in-controle chromatine van Drosophila melanogaster (in een verhouding van 1:50 tot het MESC-afgeleide chromatine) evenals Drosophila specifiek H2Av antilichaam (1 μL H2Av antilichaam per 4 μg Drosophila chromatine volgens instructies van de fabrikant) in elk monster.</li>
		<li>Bereid de chromatine van Drosophila op een manier die vergelijkbaar is met die van mescs met behulp van het protocol gedetailleerd in Oksuz et al., 201715.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Kaart de sequentie leest voor ChIP-SEQ aan mm10 genoom met bowtie 2 met standaard parameters20.</li>
	<li>Normaliseer de muis ChIP-SEQ leest naar Spike-in Drosophila Lees graven21. Bereken de Spike-in normalisatie factor met behulp van de volgende formule: 1 x 106/Unique Drosophila Lees aantallen. Verwacht te krijgen rond 1 x 106Drosophila lezen tellingen en 20 x 106 muis lezen tellingen per experiment.<ol>
<li>Neem het Drosophila chromatine niet op bij het sequentiëren van de invoer monsters.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Gebruik het genomecov -gereedschap van bedtools om het BAM-bestand om te zetten in bedgraph22. Converteer vervolgens de bedgraph naar daar-bestand met behulp van de tool bedgraphtobigwig van USCS23,24. Zie het volgende script: gen = "pad naar mm10 genoom" Chr = "pad naar mm10 chromosoom grootten" inp_bam = "pad naar invoer BAM-bestand" vermenigvuldigen = "Bereken de Spike-in normalisatie factor" bedtools genomecov-BG-schaal $multiply-ibam $inp _bam-g $gen > output. bedGraph Sorteer-K1, 1-K2, 2n uitgang. bedGraph > output_sorted. bedGraph bedGraphToBigWig output_sorted. bedGraph $chr output.bw
</li>
	<li>Visualiseer de chip-SEQ Lees dichtheden door het uploaden van de daar bestanden op de USCS genoom browser24.</li>
</ol>5. monitoring van opkomst en groei van de H3K27me3 Foci in de mESCs-kernen
<ol><li>Plaat 1x 104 mescs in 8-well kamer glaasjes voorgecoat met 0,1% gelatine.</li>
	<li>Begin volgende dag met het uitvoeren van opeenvolgende 4-OHT (0,5 mM) inducties om de cellen te verzamelen die EED uitdrukken voor aangegeven tijdpunten (0 uur, 12 uur, 24 uur en 36 h). Verander de media na 12 uur voor behandelingen langer dan 12 uur.</li>
	<li>Bevestig de mESCs met 4% Paraformaldehyde in fosfaat-gebufferde zoutoplossing (PBS) bij kamertemperatuur (RT) gedurende 10 minuten.</li>
	<li>Permeabiliseer de cellen met PBS/0.25% Triton X-100 bij RT gedurende 30 minuten.</li>
	<li>Blokkeer de cellen met PBS/5% Donkey serum/0,1% Triton X-100 (blokkerende buffer) bij RT gedurende 30 minuten.</li>
	<li>Verdun H3K27me3 primair antilichaam 1:500 in de blokkerende buffer en voeg toe aan de cellen.</li>
	<li>Incuberen de cellen met primair antilichaam 's nachts bij 4 °C.</li>
	<li>Voer de volgende dag 3 wast uit met PBS/0.1% Triton X-100.</li>
	<li>Verdun secundair antilichaam (Alexa Fluor 595) 1:1000 in de blokkerende buffer en voeg toe aan cellen.<ol>
<li>Voer alle incubaties in het donker uit in de volgende stappen, aangezien secundaire antilichamen die zijn geconjugeerd met Alexa Fluor lichtgevoelig zijn.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Inincuberen van het secundaire antilichaam voor 2 uur bij RT.</li>
	<li>Voer 3 wast uit met PBS/0.1% Triton X-100.</li>
	<li>Verdun DAPI (1 mg/mL) 1:4000 met PBS/0.1% Triton X-100 en voeg ze toe aan de cellen.</li>
	<li>Inincuberen de cellen met DAPI gedurende 10 min bij RT.</li>
	<li>Monteer de cellen met Aqua mount.</li>
	<li>Beeld de cellen met confocale microscopie bij 63X vergroting.</li>
	<li>Proces en pseudo-kleur de afbeeldingen met behulp van een distributie van ImageJ, Fiji25.</li>
</ol>

<ol><li>Bonev, B., Cavalli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Organization+and+function+of+the+3D+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Reviews+Genetics%22%5BJournal%5D)">Organization and function of the 3D genome.</a> Nature Reviews Genetics. 17 (11), 661-678 (2016).</li>
<li>Dixon, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Topological+domains+in+mammalian+genomes+identified+by+analysis+of+chromatin+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions.</a> Nature. 485 (7398), 376-380 (2012).</li>
<li>Pope, B. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Topologically+associating+domains+are+stable+units+of+replication-timing+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Topologically associating domains are stable units of replication-timing regulation.</a> Nature. 515 (7527), 402-405 (2014).</li>
<li>Carelli, F. N., Sharma, G., Broad Ahringer, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+Domains%3A+An+Important+Facet+of+Genome+Regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Bioessays%22%5BJournal%5D)">Chromatin Domains: An Important Facet of Genome Regulation.</a> Bioessays. 39 (12), (2017).</li>
<li>Margueron, R., Reinberg, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Polycomb+complex+PRC2+and+its+mark+in+life%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The Polycomb complex PRC2 and its mark in life.</a> Nature. 469 (7330), 343-349 (2011).</li>
<li>Holoch, D., Margueron, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+Regulating+PRC2+Recruitment+and+Enzymatic+Activity%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Biochemical+Sciences%22%5BJournal%5D)">Mechanisms Regulating PRC2 Recruitment and Enzymatic Activity.</a> Trends in Biochemical Sciences. 42 (7), 531-542 (2017).</li>
<li>Cao, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+histone+H3+lysine+27+methylation+in+polycomb-group+silencing%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Role of histone H3 lysine 27 methylation in polycomb-group silencing.</a> Science. 298 (5595), 1039-1043 (2002).</li>
<li>Kuzmichev, A., Nishioka, K., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Reinberg, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+methyltransferase+activity+associated+with+a+human+multiprotein+complex+containing+the+enhancer+of+zeste+protein%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+and+Development%22%5BJournal%5D)">Histone methyltransferase activity associated with a human multiprotein complex containing the enhancer of zeste protein.</a> Genes and Development. 16 (22), 2893-2905 (2002).</li>
<li>Czermin, B., Melfi, R., McCabe, D., Seitz, V., Imhof, A., Pirrotta, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drosophila+enhancer+of+Zeste%2FESC+complexes+have+a+histone+H3+methyltransferase+activity+that+marks+chromosomal+Polycomb+sites%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Drosophila enhancer of Zeste/ESC complexes have a histone H3 methyltransferase activity that marks chromosomal Polycomb sites.</a> Cell. 111 (2), 185-196 (2002).</li>
<li>Müller, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+methyltransferase+activity+of+a+Drosophila+Polycomb+group+repressor+complex%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Histone methyltransferase activity of a Drosophila Polycomb group repressor complex.</a> Cell. 111 (2), 197-208 (2002).</li>
<li>Ferrari, K. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Polycomb-Dependent+H3K27me1+and+H3K27me2+Regulate+Active+Transcription+and+Enhancer+Fidelity%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Polycomb-Dependent H3K27me1 and H3K27me2 Regulate Active Transcription and Enhancer Fidelity.</a> Molecular Cell. 53 (1), 49-62 (2014).</li>
<li>Margueron, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Role+of+the+polycomb+protein+EED+in+the+propagation+of+repressive+histone+marks%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Role of the polycomb protein EED in the propagation of repressive histone marks.</a> Nature. 461 (7265), 762-767 (2009).</li>
<li>Oksuz, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Capturing+the+Onset+of+PRC2-Mediated+Repressive+Domain+Formation%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+cell%22%5BJournal%5D)">Capturing the Onset of PRC2-Mediated Repressive Domain Formation.</a> Molecular cell. 70 (6), 1149-1162 (2018).</li>
<li>Tee, W. W., Shen, S. S., Oksuz, O., Narendra, V., Reinberg, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Erk1%2F2+activity+promotes+chromatin+features+and+RNAPII+phosphorylation+at+developmental+promoters+in+mouse+ESCs%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Erk1/2 activity promotes chromatin features and RNAPII phosphorylation at developmental promoters in mouse ESCs.</a> Cell. 156 (4), 678-690 (2014).</li>
<li>Oksuz, O., Tee, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+chromatin+modifications+in+response+to+ERK+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Probing chromatin modifications in response to ERK signaling.</a> Methods in Molecular Biology. 1487, 289-301 (2017).</li>
<li>Benchling Inc. Benchling for Academics. Benchling. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://benchling.com">https://benchling.com</a> (2018).</li>
<li>Ran, F. A., Hsu, P. D., Wright, J., Agarwala, V., Scott, D. A., Zhang, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome+engineering+using+the+CRISPR-Cas9+system%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system.</a> Nature Protocols. 8 (11), 2281-2308 (2013).</li>
<li>Zhang, Z., Lutz, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cre+recombinase-mediated+inversion+using+lox66+and+lox71%3A+method+to+introduce+conditional+point+mutations+into+the+CREB-binding+protein%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+acids+research%22%5BJournal%5D)">Cre recombinase-mediated inversion using lox66 and lox71: method to introduce conditional point mutations into the CREB-binding protein.</a> Nucleic acids research. 30 (17), 90(2002).</li>
<li>Orlando, D. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+ChIP-Seq+normalization+reveals+global+modulation+of+the+epigenome%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+reports%22%5BJournal%5D)">Quantitative ChIP-Seq normalization reveals global modulation of the epigenome.</a> Cell reports. 9 (3), 1163-1170 (2014).</li>
<li>Langmead, B., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fast+gapped-read+alignment+with+Bowtie+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Fast gapped-read alignment with Bowtie 2.</a> Nature Methods. 9 (4), 357-359 (2012).</li>
<li>Descostes, N. ChIPSeqSpike: ChIP-Seq data scaling according to spike-in control. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aDescostes%2C+N+%22R+package+version+1.2.1%22">R package version 1.2.1</a>. , (2019).</li>
<li>Quinlan, A. R., Hall, I. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BEDTools%3A+a+flexible+suite+of+utilities+for+comparing+genomic+features%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.</a> Bioinformatics. 26 (6), 841-842 (2010).</li>
<li>Kent, W. J., Zweig, A. S., Barber, G., Hinrichs, A. S., Karolchik, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((BigWig+and+BigBed%3A+enabling+browsing+of+large+distributed+datasets%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">BigWig and BigBed: enabling browsing of large distributed datasets.</a> Bioinformatics. 26 (17), 2204-2207 (2010).</li>
<li>UCSC Genome Browser Home. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://genome.ucsc.edu">https://genome.ucsc.edu</a> (2019).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Nishimura, K., Fukagawa, T., Takisawa, H., Kakimoto, T., Kanemaki, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+auxin-based+degron+system+for+the+rapid+depletion+of+proteins+in+nonplant+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">An auxin-based degron system for the rapid depletion of proteins in nonplant cells.</a> Nature Methods. 6 (12), 917-922 (2009).</li>
<li>Banaszynski, L. A., Chen, L., Maynard-Smith, L. A., Ooi, A. G. L., Wandless, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Rapid%2C+Reversible%2C+and+Tunable+Method+to+Regulate+Protein+Function+in+Living+Cells+Using+Synthetic+Small+Molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">A Rapid, Reversible, and Tunable Method to Regulate Protein Function in Living Cells Using Synthetic Small Molecules.</a> Cell. 126 (5), 995-1004 (2006).</li>
<li>Højfeldt, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+H3K27+methylation+can+be+established+de+novo+by+SUZ12-directed+PRC2%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Structural+%26+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Accurate H3K27 methylation can be established de novo by SUZ12-directed PRC2.</a> Nature Structural & Molecular Biology. 25 (3), 225-232 (2018).</li>
</ol>

D.R. is mede-oprichter van Constellation Pharmaceuticals en Fulcrum Therapeutics. Auteurs verklaren dat zij geen concurrerende belangen hebben.

Een krachtige benadering van het begrijpen van de mechanistische details tijdens de vorming van een gegeven chromatine domein, is om eerst het domein te verstoren en vervolgens de wederopbouw in de vooruitgang in cellen volgen. Het proces kan op elk gewenst moment tijdens de reconstructie worden onderbroken om de gebeurtenissen in uitvoering gedetailleerd te analyseren. Eerdere studies over chromatine domeinen waren niet in staat om dergelijke gebeurtenissen op te lossen zoals ze werden uitgevoerd onder steady-state omst...

Eukaryotische genomen zijn sterk georganiseerd en veranderingen in de chromatine toegankelijkheid regelt direct Gene transcriptie1. Het genoom bevat verschillende soorten chromatine domeinen, die correleren met transcriptionele activiteit en replicatie timing2,3. Deze chromatine domeinen variëren in grootte van een paar kilo bases (KB) tot meer dan 100 kB en worden gekenmerkt door een verrijking in verschillende Histon-modificaties4. De centrale vragen zijn: hoe worden deze domeinen gevormd en hoe worden ze gepropageerd?
Een van de meest goed gekenmerkte chromatine domeinen wordt bevorderd door de activiteit van de Polycomb repressieve complex 2 (PRC2). PRC2 is een multi-subunit complex bestaande uit een subset van de Polycomb groep (PCG) van eiwitten5,6, en katalyseert de mono-, di-en trimethylation van lysine 27 van Histon H3 (H3K27me1/ME2/me3)7,8, 9,10. H3K27me2/me3 worden geassocieerd met een repressief chromatine staat, maar de functie van H3K27me1 is onduidelijk6,11. Een van de kerncomponenten van PRC2, embryonale Ectoderm ontwikkeling (eed), bindt zich aan het eindproduct van PRC2 katalyse, H3K27me3, door zijn aromatische kooi en deze functie resulteert in de allosterische stimulatie van PRC212,13. De PRC2 enzymatische activiteit is cruciaal voor het behoud van de cellulaire identiteit tijdens de ontwikkeling, omdat de ongepaste expressie van bepaalde ontwikkelings genen die gecontra-indiceerd zijn voor een specifieke afstamming, schadelijk zou zijn op6,5 . Daarom is het ontraveling van de mechanismen waarmee PRC2 de vorming van repressieve chromatine-domeinen in zoogdieren bevordert, van fundamenteel belang om de cellulaire identiteit te begrijpen.
Alle uit het verleden experimentele systemen die zijn ontworpen om de chromatine-domein vorming te onderzoeken, waaronder PRC2-gemedieerde chromatine-domeinen, werden uitgevoerd onder steady-state omstandigheden, die niet in staat zijn om de ontvouwende gebeurtenissen van chromatine-domein vorming bij te houden in Cellen. Hier presenteren we een gedetailleerd protocol om een induceerbaar cellulair systeem te genereren dat de initiële werving en verspreiding van chromatine-domeinen bewaakt. Concreet richten we ons op het volgen van de vorming van PRC2 gemedieerde repressief chromatine domeinen die H3K27me2/3 vormen. Dit systeem dat de mechanistische Details van chromatine domein vorming kan vastleggen, kan worden aangepast om andere chromatine domeinen op te nemen, zoals de breed bestudeerde domeinen bestaande uit H2AK119ub of H3K9me. In combinatie met Genomics-en beeldvormings technologieën heeft deze aanpak het potentieel om diverse, belangrijke vragen in de chromatide biologie succesvol aan te pakken.

<table><tbody><tr><td>(Z)-4-Hydroxytamoxifen (5 mg)</td><td>Sigma</td><td>H7904-5MG</td><td>Voor inductie van EED-expressie</td></tr><tr><td>16% Paraformaldehyde waterige oplossing (10x10 ml)</td><td>Electron Microscopy Sciences</td><td>15710</td><td>Voor immunofluorescentie</td></tr><tr><td>2-mercaptoethanol</td><td>LifeTechnologies</td><td>21985-023</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>2% Gelatine-oplossing</td><td>Sigma</td><td>G1393-100ml</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>Accutase 500 ML</td><td>Innovative Cell Tech/FISHER</td><td>AT 104-500</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>Alexa Fluor 594 AffiniPure Donkey Anti-Rabbit IgG (H+L)</td><td>Jackson immunoresaerch</td><td>711-585-152</td><td>Voor immunofluorescentie</td></tr><tr><td>Aqua-Mount Montage Medium</td><td>FISHER/VWR</td><td>41799-008</td><td>Voor immunofluorescentie</td></tr><tr><td>CHAMBER SLD TC PRMA 8-CHM 16 PK</td><td>Fisher Sci</td><td>177445PK</td><td>Voor immunofluorescentie</td></tr><tr><td>DAPI (4'6-Diamidino-2-Phenylindole, Dihydrochloride) - 10 mg</td><td>Life Tech</td><td>D1306</td><td>Voor immunofluorescentie</td></tr><tr><td>ERK-remmer, PD0325901</td><td>Stemgent</td><td>04-0006</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>ESGRO Recombinant Mouse LIF-eiwit</td><td>Millipore/Fisher</td><td>ESG1107</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>FBS Stem Cell Qualified</td><td>Atlanta</td><td>S10250</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>Gibson Assembly Master Mix</td><td>NEB</td><td>E2611L</td><td>Voor Donor sjabloon kloning</td></tr><tr><td>GSK3-remmer, CHIR99021</td><td>Stemgent</td><td>04-0004</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>H3K27me2 (D18C8) konijn mAB</td><td>Cell Signaling</td><td>9728S</td><td>Antilichaam voor ChIP-seq</td></tr><tr><td>H3K27me3</td><td>Cell Signaling</td><td>9733S</td><td>Antilichaam voor ChIP-seq</td></tr><tr><td>Histone H2Av antilichaam (pAb)</td><td>Active motif</td><td>39715</td><td>Spike-in controle voor ChIP-seq</td></tr><tr><td>Knockout DMEM</td><td>Invitrogen</td><td>10829-018</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>L-glutamine</td><td>Sigma</td><td>G7513</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>Lipofectamine 2000</td><td>LifeTech</td><td>11668019</td><td>Voor transfectie</td></tr><tr><td>MangoTaq DNA Polymerase</td><td>Bioline</td><td>BIO-21079</td><td>Voor Genotyping PCR</td></tr><tr><td>Normaal ezelsserum (10 mL)</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>017-000-121</td><td>Voor immunofluorescentie</td></tr><tr><td>Penicilline-Streptomycine</td><td>Sigma/Roche</td><td>P0781</td><td>Voor mESCs cultuur</td></tr><tr><td>pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)</td><td>Addgene</td><td>48138</td><td>Voor gRNA kloning</td></tr><tr><td>QuickExtract DNA Extractie Oplossing</td><td>Lucigen</td><td>QE0905T</td><td>Voor Genotyping PCR</td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma</td><td>T8787-250ML</td><td></td></tr><tr><td>Zero Blunt PCR Cloning Kit</td><td>Thermo Fisher</td><td>K270020</td><td>Voor Donor sjabloon kloning</td></tr><tr><td>Primers/gBlocks</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>EED-KO-gRNA-1</td><td></td><td></td><td>Sequentie: ctctggctactgtcaactag. gRNAs paart om EED knock-out te maken in C57BL/6 ESCs voor i-WT-r en i-MT-r systemen.</td></tr><tr><td>EED-KO-gRNA-2</td><td></td><td></td><td>Sequentie: TAGGCTATGACGCAGCTCAG. gRNAs paart om EED knock-out te maken in C57BL/6 ESCs voor i-WT-r en i-MT-r systemen.</td></tr><tr><td>EED-gRNA-inducibel</td><td></td><td></td><td>Sequentie: atggcaccccgaaattagaa. gRNA en Donor om i-WT-r systeem te genereren in de EED-KO achtergrond.</td></tr><tr><td>i-WT-r Donor</td><td></td><td></td><td>https://benchling.com/s/seq-l2LLlWNEnLrfGXcbdCxI. gRNA en Donor om i-WT-r systeem te genereren in de EED-KO achtergrond.</td></tr><tr><td>EED-gRNA-inducibel</td><td></td><td></td><td>Sequentie: atggcaccccgaaattagaa. gRNA en Donor om i-WT-r systeem te genereren in de EED-KO achtergrond.</td></tr><tr><td>i-MT-r Donor</td><td></td><td></td><td>https://benchling.com/s/seq-n8eiZCB2XAkOuzzpv6qM. gRNA en Donor om i-MT-r systeem te genereren in de EED-KO achtergrond.</td></tr><tr><td>Genotypering Primers</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gnt-EED-KO-FW-1</td><td></td><td></td><td>Sequentie: ctgtaggctgccatctgtga. Het wilde type allel zal een product van 1,9 kb produceren. Het knock-out allel zal een product van 200 bp produceren.</td></tr><tr><td>Gnt-EED-KO-REV-1</td><td></td><td></td><td>Sequentie: agccagggctacacagagaa. Het wilde type allel zal een product van 1,9 kb produceren. Het knock-out allel zal een product van 200 bp produceren.</td></tr><tr><td>Inducible_Genotype-FW-1</td><td></td><td></td><td>Sequentie: tgcagtgaaacaaatttggaa. Wanneer de cassette is ingebracht, zullen de primers 1863 bp produceren. Het wilde type allel zal een product van ~200 bp produceren.</td></tr><tr><td>Inducible_Genotype-REV-1</td><td></td><td></td><td>Sequentie: gagaggggtggcactgtaaa. Wanneer de cassette is ingebracht, zullen de primers 1863 bp produceren. Het wilde type allel zal een product van ~200 bp produceren.</td></tr><tr><td>Inducible_Genotype-FW-2</td><td></td><td></td><td>Sequentie: ccccctctttctccttttct. Wanneer de cassette is ingebracht, zullen de primers 3200 bp produceren. Het wilde type allel zal een product van 1560 bp produceren.</td></tr><tr><td>Inducible_Genotype-REV-2</td><td></td><td></td><td>Sequentie: atgcctgggtgaatgaaaaa. Wanneer de cassette is ingebracht, zullen de primers 3200 bp produceren. Het wilde type allel zal een product van 1560 bp produceren.</td></tr></tbody></table>

een methode om de novo vorming van chromatin domeinen te bestuderen

A Method to Study de novo Formation of Chromatin Domains

De organisatie en structuur van chromatine domeinen zijn uniek voor individuele celkilometer standen. Hun misregulering zou kunnen leiden tot een verlies van cellulaire identiteit en/of ziekte. Ondanks enorme inspanningen is ons begrip van de vorming en voortplanting van chromatine domeinen nog steeds beperkt. Chromatin domeinen zijn bestudeerd onder steady-state omstandigheden, die niet bevorderlijk zijn voor het volgen van de eerste gebeurtenissen tijdens hun oprichting. Hier presenteren we een methode om chromatine-domeinen te reconstrueren en hun re-formatie als functie van de tijd te volgen. Hoewel, eerst toegepast op het geval van PRC2-gemedieerde repressief chromatine domein vorming, het kan gemakkelijk worden aangepast aan andere chromatine domeinen. De wijziging van en/of de combinatie van deze methode met Genomics en beeldvormings technologieën zal waardevolle hulpmiddelen bieden om de oprichting van chromatine domeinen in detail te bestuderen. Wij geloven dat deze methode zal een revolutie in ons begrip van hoe chromatine domeinen vormen en interactie met elkaar.

Een algemene regeling van het voorwaardelijke Reddingssysteem Figuur 1 toont het targetingschema om eed ko-cellen voorwaardelijk te redden met ofwel WT of Cage-Mutant (Y365A) eed dat wordt uitgedrukt uit de endogene eed Locus. Na het kloppen van EED, een kern subeenheid van PRC2 die essentieel is voor zijn stabiliteit en enzymatische activiteit, wordt een cassette in het intron na Exon 9 van EED geïntroduceerd (Figuur 1). De cassette bestaat ...

Deze methode is ontworpen om de vorming van PRC2-gemedieerde chromatine-domeinen in cellijnen te volgen, en de methode kan worden aangepast aan vele andere systemen.

Een methode om de Novo vorming van Chromatin domeinen te bestuderen

The organization and structure of chromatin domains are unique to individual cell lineages. Their misregulation might lead to a loss in cellular identity ...

We schetsen een systeem om de dynamische vorming van chromatinedomeinen te beoordelen. We gebruiken dit systeem om de rekrutering en verspreiding van PRC2-gemedieerde chromatinedomeinen in cellen te volgen. Het proces kan op elk gewenst moment worden onderbroken om de lopende gebeurtenissen te analyseren.Dit systeem kan worden gericht op dynamische veranderingen in een bepaald cellulair proces te controleren en is dus niet beperkt tot het bijhouden van chromatine domeinvorming. Begin met het ontwerpen van gids RNAs om exon 10 en 11 van een endogene kopie van embryonale ectoderm ontwikkeling, of EED, in de muis embryonale stamcellen met behulp van CRISPR Design Tool te verwijderen. Kloon de gids RNAs in de CRISPR / Cas9 plasmid volgens manuscript aanwijzingen.In een zes-put plaat formaat, transfect 200, 000 muis embryonale stamcellen, of mESCs, met een microgram van elke gids RNA met behulp van transfectie reagentia volgens de instructies van de fabrikant. Verander de media 24 uur na transfectie. Twee dagen na de transfectie isoleer je GFP-positieve cellen met FACS.Transfectie efficiëntie varieert van ongeveer 10 tot 30%, dus sorteren rond 500,000 cellen om voldoende GFP-positieve cellen voor beplating te vangen. Plaats de geïsoleerde GFP-positieve cellen in platen van 15 centimeter die voorgecoat zijn met 0,1% gelatine voor kolonieplukken. Laat de cellen in ESC-medium ongeveer een week groeien totdat enkele kolonies zichtbaar zijn, zodat u de media om de twee dagen verandert.Kies een minimum van 48 kolonies met behulp van een 20-microliter pipet tip te schrapen over de kolonie, terwijl piraterij. Zonder de kolonie in enkele cellen op te breken, breng je deze over naar een Accutase-bevattende 96-put plaat. Broed de kolonies op 37 graden Celsius gedurende 10 minuten om de cellen te scheiden.Voeg vervolgens 200 microliters ESC-media toe aan elke put met een multichannel pipet. Meng goed en plaat van de cellen in twee aparte 96-well platen. Gebruik een van de platen voor genotyperen, en houd de andere groeien totdat genotyperen is afgerond.Haal DNA uit de plaat met behulp van commerciële reagentia en volgens de aanwijzingen van de fabrikant. Gebruik genotypering primers die de verwijderde site om genotyping PCR uit te voeren met Taq DNA polymerase. Observeer een DNA-product van een lager moleculair gewicht in cellen met een homozygoot deletie ten opzichte van de wild-type cellen.Ontwerpgids RNA om een snede in de intron te introduceren na exon 9 van EED met behulp van een CRISPR Design Tool, en kloon het in de CRISPR / Cas9 plasmid volgens manuscript aanwijzingen. Ontwerp een donorsjabloon-DNA met de EED cDNA-sequentie na exon 9 en een C-terminal Flag-HA-tag stroomopwaarts van een T2A-GFP-sequentie, allemaal in omgekeerde richting met betrekking tot de endogene gensequentie. Flanker de cassette met een splice-acceptor en een polyadenylation sequentie genesteld tussen heterologe omgekeerde loxP sites, en omvatten ten minste 500 basisparen van homologie armen van elk uiteinde.Splits de donorsjabloon op in twee segmenten van gBlocks Gene Fragments en monteer ze in een PCR Blunt vector met gibson klonen volgens de instructies van de fabrikant. Transfect 200,000 mESCS met één microgram van het gidsRNA en één microgram van de donorsjablonen in een zesputig plaatformaat. Isoleer vervolgens GFP-positieve cellen met FACS.Isoleer individuele kolonies voor genotyping volgens manuscriptrichtingen. Gebruik stroomcytometrie om te bevestigen dat de mSE's geen lekkende expressie van GFP hebben en, als ze dat doen, GFP-negatieve cellen isoleren door FACS voordat u met het experiment begint. Breid de cellen uit in vijf platen van 15 centimeter en induceer expressie van wild-type of kooi-mutant EED door het toedienen van 5-micromolar 4-hydroxytamoxifen voor vijf verschillende tijdsduur, variërend van nul uur tot acht dagen.Verander de media na 12 uur voor behandelingen die langer duren dan dat. Isoleer de met succes gerecombineerde cellen door FACS met behulp van GFP en voer ChIP-seq uit voor H3K27me2 en H3K27me3 om hun tijdelijke afzetting voor chromatine te onderzoeken in reactie op re-expressie van wild-type of kooi-mutant EED. Om de induceerbare reddings- en induceerbare mutantreddingssystemen van het wilde type te valideren, werd westelijke vlek uitgevoerd op hele extracten na inductie van wild-type of kooimutatie EED met 4-hydroxytamoxifen behandeling.Flow cytometrieanalyse werd gebruikt om de efficiëntie van de T2A-GFP expressie in i-WT-r cellen voor en na de 4-hydroxytamoxixifen behandeling te bevestigen, die de succesvolle flip van de omgekeerde cassette aantoont. ChIP-seq van H3K27me3 werd uitgevoerd na heruitdrukking van wild-type of kooi-mutant EED. De opkomst van H3K27me3 wordt waargenomen op 12 uur na wild-type EED expressie op discrete nucleatie sites en vervolgens op 24 uur op regio's ver van de oorspronkelijke nucleatie sites.ChIP-seq werd ook gebruikt om de temporele depositie van H3K27me2 te volgen, die lijkt te voorafgaan aan H3K27me3-afzetting. De H3K27me3 foci en hun groei zijn ook gevisualiseerd met fluorescentie microscopie. Na 12 uur van wild-type EED expressie, is er bewijs van H3K27me3 foci vorming.Deze foci toename in aantal en grootte met 24 uur en uiteindelijk verspreid naar grote regio's van de kern met 36 uur. Het nauwkeurige ontwerp van DNA-constructies is erg belangrijk om het gewenste induceerbare reddingssysteem te genereren. Deze methode kan een tijdelijke en speciale controle van mutaties van eiwitten in muizen.Op deze manier kan men het effect van mutaties in een specifiek weefsel of in een specifiek ontwikkelingsstadium bepalen. We gebruiken dit systeem momenteel om de dynamische vestiging van een ander chromatinedomein, Polycomb repressief complex 1, te monitoren.

a-method-to-study-de-novo-formation-of-chromatin-domains

Research

JoVE Journal

Genetics

Genetica

This video describes the protocol for chromatin shearing using micrococcal nuclease enzymatic digestion. Chromatin shearing is an essential step in Chromatin immunoprecipitation or ChIp workflow, which helps investigate protein-DNA interaction in human chronic myeloid leukemia cells. In the feature protocol chromatin shearing is performed using sonication.

Chromatin Shearing: A Method to Generate Chromatin Fragments Using Enzymatic Digestion

De vraag hoe chromatine toezichthouders en chromatine staten van invloed op het genoom in vivo is de sleutel tot ons begrip van hoe vroeg lot van de cel beslissingen worden genomen in het zich ontwikkelende embryo. ChIP-Seq-de meest populaire benadering van chromatine functies onderzoeken op mondiaal niveau wordt hier geschetst voor Xenopus embryo.

Genoom-brede Snapshot van chromatine regelgevers en staten in<em&gt; Xenopus</em&gt; Embryo&#39;s van Chip-Seq

Sequentiële zout winning van chromatine gebonden eiwitten is een nuttig instrument voor het bepalen van de bindende eigenschappen van grote eiwitcomplexen. Deze methode kan worden gebruikt om te evalueren van de rol van individuele subeenheden of domeinen in de algehele affiniteit van een eiwit complex om te bulk chromatine.

Sequentiële zout extracties uit te voeren voor de analyse van Bulk chromatine bindende eigenschappen van chromatine complexen wijzigen

We presenteren een gemodificeerde inheemse chromatine immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) methodologie voor de generatie van reeks datasets geschikt voor een nucleosoom dichtheid ChIP-seq analytisch kader integreren toegankelijkheid micrococcal nuclease (MNase) met Histon wijziging metingen.

Generatie van inheemse chromatine Immunoprecipitation Sequencing bibliotheken nucleosoom dichtheid p.a.

De plasticiteit van nucleaire het platform wordt beheerd door dynamische Epigenetische mechanismen, met inbegrip van niet-coderende RNAs, DNA methylering, nucleosoom herpositionering evenals Histon samenstelling en wijziging. Hier beschrijven we een Formaldehyde-Assisted isolatie van regelgevende elementen (FAIRE)-protocol, waarmee de bepaling van de chromatine toegankelijkheid in een reproduceerbare, goedkope en eenvoudige wijze.

Formaldehyde-bijgewoonde isolatie van regelgevende elementen maatregel chromatine toegankelijkheid in zoogdiercellen

Dit protocol richt zich op chromatinepreparatie uit snap bevroren weefsels en is geschikt voor Crosslinking Chromatin Immunoprecipitation (X-ChIP) gevolgd door kwantitatieve PCR-analyse (X-ChIP-qPCR) of next generation sequencing-benaderingen (X-ChIP-seq).

Chromatine-extractie uit bevroren chimere leverweefsel voor chromatine-immunoprecipitatieanalyse

Dit protocol presenteert een techniek voor het in kaart brengen van replicatielocaties met hoge resolutie in structureel geconserveerd chromatine in situ die een combinatie van pre-embedding EdU-streptavidin-Nanogold-labeling en ChromEMT gebruikt.

Imaging Replicative Domains in Ultrastructurally Preserved Chromatin door Electron Tomography

Dit protocol beschrijft de Capture Hi-C-methode die wordt gebruikt om de 3D-organisatie van megagebaseerde gerichte genomische regio's met hoge resolutie te karakteriseren, inclusief grenzen van topologisch associërende domeinen (TAD's) en chromatine-interacties op lange afstand tussen regulerende en andere DNA-sequentie-elementen.

Ontcijferen van 3D-chromatineorganisatie met hoge resolutie via Capture Hi-C

Hier presenteren we een aanpassing van de chromosoomconformatie-capture (3C) -techniek in detail met de nadruk op betrokkenheid en leren van niet-gegradueerden.

Een A krijgen met de 3C's: chromosoomconformatie-opname voor studenten

We presenteren een driekleurig chromatine single molecule localization microscopy (SMLM) kleurings- en analyseprotocol dat reproduceerbare mapping van euchromatine, heterochromatine en RNAP II mogelijk maakt voor ruimtelijke analyse. Dit protocol maakt efficiënte meerkleurige etikettering mogelijk in dichte nucleaire omgevingen, inclusief chromatine-geassocieerde doelen, waardoor betrouwbare gelijktijdige detectie mogelijk is.

Een multilabel Single Molecule Localization Microscopieprotocol voor het Onderzoek van Chromatine in de dichte nucleaire omgeving

Ontdek een methode om de dynamische vorming van PRC2-gemedieerde chromatindomeinen in muizenembryonale stamcellen te volgen met CRISPR/Cas9. Dit systeem kan worden gepauzeerd voor real-time analyse.

Een methode om de Novo vorming van Chromatin domeinen te bestuderen

Meer video's verkennen