Name: Snelle rastervoorbereiding voor tijd-opgeloste cryo-elektronenmicroscopie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-11-06T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 5 s
Description: Leer snelle rasterpreparatie voor tijd-opgeloste cryo-elektronenmicroscopie met een aangepast microfluidisch systeem. Dit protocol vangt kortstondige eiwittoestanden in milliseconden en ondersteunt hoge-resolutie structurele studies.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

We willen Molly S.C. Gravett bedanken voor de nuttige discussies en het absl-facilitair personeel voor hulp bij het verzamelen van cryo-EM-gegevens. David P. Klebl is een promovendus op het Wellcome Trust 4-jarige PhD-programma in The Astbury Centre, gefinancierd door de Universiteit van Leeds. De FEI Titan Krios microscopen werden gefinancierd door de Universiteit van Leeds (UoL ABSL award) en Wellcome Trust (108466/Z/15/Z). Dit werk werd gefinancierd door een BBSRC-subsidie aan Stephen P. Muench (BB / P026397 / 1) en ondersteund door onderzoeksbeurzen aan Howard D. White van de American Heart Association (AMR21-236078) en Howard D. White en Vitold Galkin van de Amerikaanse National Institutes of Health (171261).

1. Het systeem voorbereiden
OPMERKING: In het volgende protocol wordt beschreven hoe u rasters van één monster voorbereidt. Gewoonlijk worden voor elk monster of elke toestand minimaal 2 replicatieroosters voorbereid. Voor hogere duiksnelheden (minder dan ~ 20 ms tijdsvertraging), zijn 3 of 4 replicatieroosters meestal voorbereid om rekening te houden met een verminderd aantal dunne ijsgebieden.
<ol><li>Verdun het eiwitmonster tot de doelconcentratie in de gewenste buffer. Doorgaans werken eindconcentraties ≥ 2 mg / ml goed voor roostervoorbereiding met de TED. Merk op dat het monster tot stap 10 op ijs kan worden bewaard, vanaf stap 10 zal het monster veel tijd doorbrengen bij kamertemperatuur omdat het ongeveer 20 minuten duurt om 3-4 roosters te bereiden.</li>
	<li>Schakel de TED in. Schakel vervolgens de besturings-pc in en start de besturingssoftware.</li>
	<li>Initialiseer alle spuitpompen door op de initialiseren-knop (onderste zwarte knop) op elke spuitpomp te drukken.</li>
	<li>Schakel de voeding van de potentiometer in, stel deze in op 9 V en start de oscilloscoopbesturingssoftware.</li>
	<li>Zorg ervoor dat de regelklep van de N2-cilinder gesloten is. Open de cilinderklep. Open vervolgens langzaam de regelklep en stel de uitlaatdruk in op de gewenste waarde voor de sproeigasdruk (meestal 1-2 bar). Gebruik voor de PDMS-nozzles die hier worden gebruikt geen drukken hoger dan ~ 2,5 bar om schade aan het mondstuk te voorkomen. Het continu stromende gas voorkomt dat vloeistof druppelt en zich ophoopt aan de punt van het mondstuk, wat kan leiden tot onherleidbaar spuiten.</li>
	<li>Zorg ervoor dat alle spuitpompkleppen in de 'belastingsstand' staan. Dit kan door alle kleppen in de besturingssoftware in de 'dispense'-positie te zetten en vervolgens weer terug te zetten naar 'load'. Laat alle kleppen overschakelen naar 'belasting'. Zet alle spuiten op nul.</li>
	<li>Verwijder in dit stadium alle luchtbellen in het systeem. Om dit te doen, moeten de spuiten mogelijk worden losgeschroefd, bubbels handmatig worden verwijderd en de spuiten opnieuw worden gemonteerd wanneer ze geen bubbels meer bevatten.</li>
	<li>De vloeistofbehandelingscomponenten worden meestal opgeslagen in H2O. Voordat u de monsteroplossing laadt, moet u het vloeistofsysteem in evenwicht met buffer in evenwicht trekken door de slang te wassen met een teveel aan buffer. Gebruik een geschikt maximaal vloeistofdebiet om overdruk op de sproeikop te voorkomen. Vloeistofdebieten > 10 μL/s kunnen schade veroorzaken aan de hier beschreven PDMS-nozzles.</li>
	<li>Plaats een buis van 1,5 ml met ≥ buffer van 200 μL op spuit 1 (de bovenkant moet worden doorboord om aan de slang te worden bevestigd).<ol>
<li>Zorg ervoor dat klep 1 in de 'belastingsstand' staat. Schakel indien nodig de besturingssoftware in.</li>
		<li>Aspirateer de gewenste hoeveelheid (meestal 50-100 μL) buffer met spuit 1, via de besturingssoftware.</li>
		<li>Schakel klep 1 naar de 'dispense'-positie, via de besturingssoftware.</li>
		<li>Spuit alle vloeistof in spuit 1 af via de besturingssoftware.</li>
		<li>Terugslagklep naar 'laden', zet de positie van de spuit in op '0' in het programma en druk op initialiseren op spuit 1 om het systeem voor te bereiden op de volgende cyclus. OPMERKING: Stappen 1.9.1 - 1.9.5 worden meestal drie keer herhaald om ervoor te zorgen dat de slang grondig wordt gewassen.</li>
	</ol></li>
	<li>Laad pincetten met een EM-rooster (geen vereiste voor een specifiek type) door de stortarmklem los te maken, het pincet in de klem te plaatsen en de klem aan te spannen.</li>
	<li>Beweeg de stortarm handmatig zodat rooster en mondstuk zich op dezelfde hoogte bevinden (de positie 'monstertoepassing'). Als mondstuk en rooster zijn uitgelijnd, zal vloeistof zich ophopen op het rooster na het spuiten gedurende een langere periode. Pas indien nodig de positie van het mondstuk aan.</li>
	<li>Pas de positie van de vloeibare ethaanbeker aan door de stortarm met gemonteerd pincet handmatig naar de eindpositie te bewegen (reikend in de ethaanbeker). Wanneer correct ingesteld, zal een rooster dat door het pincet wordt vastgehouden ongeveer het midden van de vloeibare ethaanbeker bereiken.</li>
	<li>Controleer of het 'run script' de gewenste flowrates, volumes en timings gebruikt. Zie het gedeelte 'De reeks uitgevoerden' hierboven voor meer informatie.</li>
	<li>Zorg ervoor dat niets het pad van de zuiger belemmert. Aspirateer het volume buffer dat nodig is voor een enkele run in spuit 1. Dit gebeurt in de besturingssoftware, zie sectie 'De run-volgorde' voor typische instellingen en volumes. Zorg er dan voor dat klep 1 in de 'dispense' stand staat. Voer een testrun uit door in de besturingssoftware op Script uitvoeren te drukken. LET OP: Blijf uit de buurt van de TED totdat de reeks uitgevoerd is. Bewegende delen kunnen letsel veroorzaken!</li>
	<li>Wanneer de 'run-reeks' is voltooid, stelt u de druk op de stortarm in op de gewenste waarde (meestal 1-2 bar). Druk vervolgens op OK in de besturingssoftware om de druk van de stortarm te verwijderen. Als de "loopvolgorde" of de druk op de plunging-arm moet worden aangepast, kunnen deze instellingen in dit stadium worden gewijzigd en de stappen 1.13 - 1.15 worden herhaald.</li>
</ol>2. Snelle netvoorbereiding
<ol><li>Vul de vloeibare ethaan/stikstof container eerst met vloeibare stikstof. Wanneer het voldoende koud en vrij van vloeibare stikstof is, vult u de beker met vloeibaar ethaan. Vermijd stolling van het vloeibare ethaan. Deze stap is dezelfde als voor conventionele netvoorbereiding. OPMERKING: Om ethaanbesmetting tot een minimum te beperken, moet u ervoor zorgen dat stappen 2.2 - 2.13 zo snel mogelijk worden uitgevoerd LET OP: Vloeibaar ethaan is een cryogeen en ontvlambaar. Voorzichtigheid is het belangrijk bij het hanteren.</li>
	<li>Bereid cryo-EM-roosters voor gloeiende ontlading voor. We gebruiken meestal holey carbon roosters en glow-discharge voor 90 s, bij 0,1 mbar luchtdruk en 10 mA. Meestal worden niet meer dan 4 roosters tegelijk ontladen. De roosters worden binnen 30 minuten na gloed-ontlading gebruikt.</li>
	<li>Evenwicht tussen de slang en het monster (volg stappen 1.9.1 - 1.9.5, met behulp van het monster in plaats van de buffer). Als het beschikbare monstervolume laag is, mag de slang in evenwicht worden gebracht met slechts 1 dood volume.</li>
	<li>Spuit de hoeveelheid monster die nodig is voor een enkele run in spuit 1 in de besturingssoftware (zie rubriek 'De run-sequentie' voor meer informatie). Schakel vervolgens klep 1 naar de 'dispense' stand.</li>
	<li>Controleer of de relatieve vochtigheid de gewenste waarde heeft bereikt (we bereiden meestal roosters voor bij 60% relatieve vochtigheid of hoger). Zodra ≥ luchtvochtigheid van 60% is bereikt, opent u de vochtigheidskamer slechts gedurende een minimale tijd om een hoge luchtvochtigheid te behouden.</li>
	<li>Plaats het pincet, met een gloeiend rooster, in de pneumatische zuiger en bevestig ze. Verplaats de zuiger naar de startpositie (bovenaan).</li>
	<li>Zorg ervoor dat de schuifregelaar van de potentiometer zich in de startpositie bevindt, klaar voor de meting, door deze handmatig te bewegen om contact te maken met de zuiger. Stel de trigger in op de oscilloscoop in de oscilloscoopsoftware.</li>
	<li>Plaats de vloeibare ethaan/stikstof container.</li>
	<li>Druk op Script uitvoeren in de besturingssoftware. Wanneer u hierom wordt gevraagd, klikt u op OK in de besturingssoftware om het uitvoeren te starten. LET OP: Blijf uit de buurt van de TED totdat de reeks uitgevoerd is. Bewegende delen kunnen letsel veroorzaken!</li>
	<li>Zodra de 'run-reeks' is voltooid, laat u de druk op de pneumatische zuiger los door in de besturingssoftware op OK te klikken.</li>
	<li>Open vochtkamer, maak de verbinding tussen de plunging arm en pincet met één hand los terwijl u het pincet met de andere vastmaakt. Wanneer het pincet vrij is, beweegt u de inknuiterende arm omhoog terwijl u het rooster in het vloeibare ethaan houdt. Breng vervolgens het rooster over naar zijn opslagruimte in de omringende vloeistof N2. Na het invriezen moet het rooster te allen tijde op vloeibare N2-temperatuur worden gehouden.</li>
	<li>Sla de oscilloscoopmeting op. Stel de positie van de potentiometerschuifregelaar en zuiger daarna handmatig opnieuw in.</li>
	<li>Herhaal stap 2.4-2.12 om replicatierasters voor te bereiden</li>
	<li>Breng de rasters over naar langdurige opslag totdat het raster wordt geknipt en gegevens worden verzameld.</li>
	<li>Was het systeem met buffer, volgens stap 1.9.1 - 1.9.5. Was vervolgens het systeem met H2O, volgens stappen 1.9.1 - 1.9.5.</li>
	<li>Schakel de belangrijkste stikstofgasregelaar uit en schakel de stroom uit.</li>
	<li>Plaats de ethaan/stikstofcontainer in een zuurkast om deze te laten opwarmen en laat het vloeibare ethaan en N2 verdampen.</li>
</ol>3. Tijd-opgeloste cryo-EM
OPMERKING: Wanneer tijd-opgeloste experimenten worden uitgevoerd met de TED, zijn er aanvullende aspecten waarmee rekening moet worden gehouden, hoewel de basisopstelling en variabelen hetzelfde blijven. Hierbij wordt aangenomen dat twee oplossingen in een verhouding van 1:1 (v/v) worden gemengd om het uiteindelijke mengsel te produceren dat op het net wordt afgezet. Volg het protocol beschreven in '1. Snelle netvoorbereiding met de TED', met de volgende wijzigingen:
<ol><li>Gebruik hogere voorraadconcentraties voor mengexperimenten dan voor eenvoudige spuitexperimenten. Mengen in een verhouding van 1:1 (v/v) resulteert in een verdunning van 2x van elk bestanddeel.</li>
	<li>Gebruik voor een snel mengexperiment alle drie de spuiten in plaats van slechts één.<ol>
<li>Bevestig slangen aan spuitpompen 2-3.</li>
		<li>Bevestig slangen van spuitpompen 2-3 aan de sproeikop.</li>
		<li>Balanceer alle drie de spuiten in buffer en monster afzonderlijk. Doorgaans wordt spuit 1 gevuld met monster A en spuiten 2-3 met monster B(figuur 3).</li>
	</ol>
</li>
	<li>Wijzig de reeks uitgevoerde acties. Een voorbeeld voor een run-sequentie waarbij alle 3 spuiten worden gebruikt voor een snel mengexperiment wordt gegeven in figuur 6. Zie ook het gedeelte 'De reeks uitgevoerden' voor meer informatie.</li>
	<li>Verschillende tijdvertragingen kunnen op twee manieren worden bereikt:<ol>
<li>Wijzig de snelheid van de zuiger. Door de snelheid van de zuiger aan te passen, kan de tijdsvertraging in een relatief smal bereik worden gewijzigd. Bij een spuit/ethaanafstand van 2 cm kan de zuiger bijvoorbeeld met 1 m/s of 2 m/s worden bewogen om een tijdsvertraging van respectievelijk 20 ms of 10 ms te geven. Dit gebeurt zoals beschreven in stap 1.15.</li>
		<li>Verander de spuit-/ethaanpositie door de (verticale) positie van de sproeikop aan te passen. Als het mondstuk bijvoorbeeld op een afstand van 5 cm van het ethaanoppervlak is geplaatst, geeft een duiksnelheid van 1 m/s een tijdsvertraging van 50 ms. Het bereiken van aanzienlijk langere tijdvertragingen vereist verdere aanpassingen aan de opstelling. OPMERKING: Vanwege de laminaire stroming in het stroomfocusgebied van het mondstuk, verwachten we geen significante menging in dit deel van het mondstuk. In plaats daarvan verwachten we dat vermenging plaatsvindt tijdens het genereren van sprays, in druppels op weg naar het net en tijdens druppelverspreiding op het rooster. De vluchttijd voor sproeidruppels om het raster te bereiken wordt geschat ≤ 1 ms (voor een druppelsnelheid van ≥ 10 m /s en een nozzle-grid afstand van 1 cm). Zo wordt alleen de tijd tussen druppellanding en vitrificatie beschouwd als de 'tijdsvertraging'.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol><li>Murphy, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rotary+substates+of+mitochondrial+ATP+synthase+reveal+the+basis+of+flexible+F1-Fo+coupling%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Rotary substates of mitochondrial ATP synthase reveal the basis of flexible F1-Fo coupling.</a> Science. 364, (2019).</li>
<li>Benton, D. J., Gamblin, S. J., Rosenthal, P. B., Skehel, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+transitions+in+influenza+haemagglutinin+at+membrane+fusion+pH%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Structural transitions in influenza haemagglutinin at membrane fusion pH.</a> Nature. , 1-4 (2020).</li>
<li>Dance, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+motion+on+ice%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Molecular motion on ice.</a> Nature Methods. , 1-5 (2020).</li>
<li>D'Imprima, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+denaturation+at+the+air-water+interface+and+how+to+prevent+it%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">Protein denaturation at the air-water interface and how to prevent it.</a> Elife. 8, 42747(2019).</li>
<li>Noble, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reducing+effects+of+particle+adsorption+to+the+air-water+interface+in+cryo-EM%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Reducing effects of particle adsorption to the air-water interface in cryo-EM.</a> Nature Methods. 15, 793-795 (2018).</li>
<li>Klebl, D. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Need+for+speed%3A+Examining+protein+behaviour+during+cryoEM+grid+preparation+at+different+timescales%5BTitle%5D)+AND+%22BioRxiv%22%5BJournal%5D)">Need for speed: Examining protein behaviour during cryoEM grid preparation at different timescales.</a> BioRxiv. , (2020).</li>
<li>Ravelli, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cryo-EM+structures+from+sub-nl+volumes+using+pin-printing+and+jet+vitrification%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Cryo-EM structures from sub-nl volumes using pin-printing and jet vitrification.</a> Nature Communications. 11, 1-9 (2020).</li>
<li>Arnold, S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Blotting-free+and+lossless+cryo-electron+microscopy+grid+preparation+from+nanoliter-sized+protein+samples+and+single-cell+extracts%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Blotting-free and lossless cryo-electron microscopy grid preparation from nanoliter-sized protein samples and single-cell extracts.</a> Journal of Structural Biology. 197, 220-226 (2017).</li>
<li>Razinkov, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+method+for+vitrifying+samples+for+cryoEM%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">A new method for vitrifying samples for cryoEM.</a> Journal of Structural Biology. 195, 190-198 (2016).</li>
<li>Feng, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+fast+and+effective+microfluidic+spraying-plunging+method+for+high-resolution+single-particle+cryo-EM%5BTitle%5D)+AND+%22Structure%22%5BJournal%5D)">A fast and effective microfluidic spraying-plunging method for high-resolution single-particle cryo-EM.</a> Structure. 25, 663-670 (2017).</li>
<li>Ashtiani, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Delivery+of+femtolitre+droplets+using+surface+acoustic+wave+based+atomisation+for+cryo-EM+grid+preparation%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Delivery of femtolitre droplets using surface acoustic wave based atomisation for cryo-EM grid preparation.</a> Journal of Structural Biology. 203, 94-101 (2018).</li>
<li>Rubinstein, J. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shake-it-off%3A+a+simple+ultrasonic+cryo-EM+specimen-preparation+device%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallographica+Section+D%3A+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Shake-it-off: a simple ultrasonic cryo-EM specimen-preparation device.</a> Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. 75, (2019).</li>
<li>Mäeots, M. -E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modular+microfluidics+enables+kinetic+insight+from+time-resolved+cryo-EM%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Communications%22%5BJournal%5D)">Modular microfluidics enables kinetic insight from time-resolved cryo-EM.</a> Nature Communications. 11, 1-14 (2020).</li>
<li>Kontziampasis, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+cryo-EM+grid+preparation+device+for+time-resolved+structural+studies%5BTitle%5D)+AND+%22IUCrJ%22%5BJournal%5D)">A cryo-EM grid preparation device for time-resolved structural studies.</a> IUCrJ. 6, (2019).</li>
<li>Klebl, D. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sample+deposition+onto+cryo-EM+grids%3A+from+sprays+to+jets+and+back%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallographica+Section+D%3A+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Sample deposition onto cryo-EM grids: from sprays to jets and back.</a> Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. 76, (2020).</li>
<li>White, H., Thirumurugan, K., Walker, M., Trinick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+second+generation+apparatus+for+time-resolved+electron+cryo-microscopy+using+stepper+motors+and+electrospray%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">A second generation apparatus for time-resolved electron cryo-microscopy using stepper motors and electrospray.</a> Journal of Structural Biology. 144, 246-252 (2003).</li>
<li>Kaledhonkar, S., Fu, Z., White, H., Frank, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKaledhonkar%2C+S+%22Protein+Complex+Assembly%22">Protein Complex Assembly</a>. , Springer. 59-71 (2018).</li>
<li>Trebbin, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microfluidic+liquid+jet+system+with+compatibility+for+atmospheric+and+high-vacuum+conditions%5BTitle%5D)+AND+%22Lab+on+a+Chip%22%5BJournal%5D)">Microfluidic liquid jet system with compatibility for atmospheric and high-vacuum conditions.</a> Lab on a Chip. 14, 1733-1745 (2014).</li>
<li>Klebl, D. P., Sobott, F., White, H. D., Muench, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((On-grid+and+in-flow+mixing+for+time-resolved+Cryo-EM%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Crystallographica+Section+D%3A+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">On-grid and in-flow mixing for time-resolved Cryo-EM.</a> Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. , (2021).</li>
<li>He, S., Scheres, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Helical+reconstruction+in+RELION%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Helical reconstruction in RELION.</a> Journal of Structural Biology. 198, 163-176 (2017).</li>
<li>Millar, N. C., Geeves, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+limiting+rate+of+the+ATP-mediated+dissociation+of+actin+from+rabbit+skeletal+muscle+myosin+subfragment+1%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Letters%22%5BJournal%5D)">The limiting rate of the ATP-mediated dissociation of actin from rabbit skeletal muscle myosin subfragment 1.</a> FEBS Letters. 160, 141-148 (1983).</li>
<li>Kasas, S., Dumas, G., Dietler, G., Catsicas, S., Adrian, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Vitrification+of+cryoelectron+microscopy+specimens+revealed+by+high-speed+photographic+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Microscopy%22%5BJournal%5D)">Vitrification of cryoelectron microscopy specimens revealed by high-speed photographic imaging.</a> Journal of Microscopy. 211, 48-53 (2003).</li>
<li>Glaeser, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Defocus-dependent+Thon-ring+fading%5BTitle%5D)+AND+%22bioRxiv%22%5BJournal%5D)">Defocus-dependent Thon-ring fading.</a> bioRxiv. , (2020).</li>
<li>Bagshaw, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+beginner%27s+guide+to+flow+kinetics%5BTitle%5D)+AND+%22The+Biochemist%22%5BJournal%5D)">A beginner's guide to flow kinetics.</a> The Biochemist. 42, (2020).</li>
</ol>

De protocollen in dit werk kunnen worden gebruikt voor snelle netvoorbereiding door direct spuiten en TrEM-experimenten. Snelle rastervoorbereiding kan worden gebruikt om deeltjesinteracties met de luchtwaterinterface te verminderen5. De belangrijkste beperkingen zijn de beschikbare monsterconcentratie en ijsdikte op het rooster. Binnen deze grenzen en mits de monsterkwaliteit goed is, produceert het protocol roosters die geschikt zijn voor hoge resolutie cryo-EM.
<stro...

Achtergrond Recente ontwikkelingen in cryo-elektronenmicroscopie (cryo-EM) hebben structurele studies van steeds complexere systemen met hoge resolutie mogelijk gemaakt. Op enkele uitzonderingen na zijn dergelijke studies beperkt tot biologische macromoleculen bij evenwicht1 of relatief langzame reacties2. Veel processen in vivo vinden plaats op een snellere tijdschaal (milliseconden) en er is een toenemende belangstelling voor time-resolved cryo-EM (TrEM) op deze tijdschalen3. Conventionele cryo-EM-monstervoorbereiding door de blotting-methode is echter te traag voor milliseconde TrEM.
De blotting-methode heeft andere beperkingen dan een slechte tijdresolutie. Eiwitten en eiwitcomplexen kunnen last hebben van denaturatie of voorkeursoriëntatie op roosters4. Het is aangetoond dat het verminderen van de blootstellingstijd aan de lucht-waterinterface tijdens de monstervoorbereiding de voorkeursoriëntatie en eiwitdenaturatievermindert 5,6. Een snelle netvoorbereiding maakt dus niet alleen milliseconde TrEM mogelijk, maar kan ook de netkwaliteit verbeteren.
Momenteel zijn er drie verschillende benaderingen voor geautomatiseerde netvoorbereiding. De eerste benadering maakt gebruik van een pin of capillair dat een kleine hoeveelheid monster bevat. Na het vaststellen van contact tussen de vloeistof en het rasteroppervlak, wordt het monster 'geschreven' op het raster7,8. Het aanvraagproces van het monster is relatief traag en duurt enkele seconden. Een alternatieve aanpak maakt gebruik van gecontroleerde druppelgeneratie door een piëzo-dispenser en zelfafvoerende roosters9. Dit maakt een snellere afgifte mogelijk om de tijden te bevriezen, maar wordt nog steeds beperkt door druppel- en afvoersnelheid (momenteel 54 ms bereiken). De snelste aanpak tot nu toe is de directe spuitbenadering, waarbij het monster wordt verneveld in een sproeikop en de kleine (~ 10 - 20 μm) en snelle (> 5 m/s) druppeltjes zich verspreiden bij contact met het cryo-EM-rooster. De monsterspray kan op verschillende manieren worden gegenereerd, zoals luchtstraalverstuivers, akoestische oppervlaktegolven of ultrasone luchtbevochtigers10,11,12,13. In onze ervaring is de ijsdikte met de directe spuitbenadering groter, maar direct spuiten maakt het mogelijk om de sproeitijden < 10 ms te bevriezen.
Dit protocol beschrijft stap voor stap hoe een time-resolved EM-apparaat (TED) uitgerust met een microfluïdische sproeikop kan worden gebruikt om roosters voor te bereiden op een snelle tijdschaal14,15. Het apparaat is gebruikt om roosters voor te bereiden met een minimale vertragingstijd van 6 ms tussen het aanbrengen van het monster en het invriezen en om snel twee monsters te mengen en in te vriezen. Het ontwerp van de TED is gebaseerd op een eerdere versie16 en is vergelijkbaar met andere op spray gebaseerde tijd-opgeloste cryo-EM-apparaten17.
Eerst worden de vier belangrijkste onderdelen van de TED-opstelling beschreven. De kern van de TED is de vloeistofbehandelingseenheid, die verantwoordelijk is voor monsteraspiratie en -afgifte. Een pneumatische plunjer verplaatst het rooster door de spray naar het vloeibare ethaan. Generatie van de spray wordt bereikt met microfluïdische sproeikoppen en het invriezen gebeurt in een vloeibare ethaancontainer, die kort worden beschreven. Ten slotte worden de extra functies om de rasteromgeving te regelen, met name de luchtvochtigheid, benadrukt. Dit wordt gevolgd door gedetailleerde protocollen voor de werking van het apparaat en voor het uitvoeren van TrEM-experimenten. Representatieve resultaten worden gegeven voor een snelle rastervoorbereiding en een eenvoudig TrEM-experiment.
Experimentele installatie
De vloeistofbehandelingseenheid Het vloeistofbehandelingssysteem van de TED wordt gevormd door drie spuitaangedreven pompen ('pompen 1 - 3'), elk uitgerust met een roterende klep(figuur 1). Een voeding voorziet pompen 1 - 3 van 24 V DC. Communicatie met de besturingssoftware (geschreven in Visual Basic en C++) verloopt via een RS232-interface naar pomp 1. Commando's worden verdeeld via de seriële I/O-uitbreidingspoorten van pomp 1 tot pompen 2-3. Pompen 1-3 zijn uitgerust met glazen spuiten ('spuiten 1-3', we gebruiken hier spuiten met een dood volume van 250 μL/nul dood volume). Elke klep heeft twee standen, 'load' en 'dispense'. De 'load'-positie wordt gebruikt om monster in de spuit te zuigen. Een kort stuk (~ 3 - 4 cm) van 1/16" O.D., 0.01′′ I.D. FEP-buizen is via ETFE/ETFE flensloze fittingen verbonden met de 'load'-positie van kleppen 1-3. Dit korte stukje buis reikt tot in het monsterreservoir (meestal een plastic buis van 1,5 ml of 0,5 ml). De 'dispense'-positie leidt naar de sproeikop. Verbinding tussen de 'dispense' uitlaat en de sproeikop wordt gemaakt door PE-buizen (~ 20-30 cm lengte, 0,043" O.D., 0,015" I.D.), met een kort stuk mouwbuis (~ 0,5 cm) en ETFE/ETFE flensloze fittingen.
De pneumatische plunjer De TED gebruikt een pneumatische plunjer om het rooster te versnellen en door de monsterspray in de vloeibare ethaancontainer te verplaatsen. Onderdrukpincet houdt het rooster vast, geschroefd in een zelfgebouwde houder die is gemonteerd op een dubbele stang pneumatische cilinder(figuur 2A).
Druk wordt geleverd door een grote stikstofgasfles (maat W), uitgerust met een meertrapsregelaar (0 - 10 bar, 'hoofddruk'). Flexibele versterkte PVC-buizen (12 mm O.D.) verbinden de regelaar met een 12-poorts spruitstuk waar stikstof onder druk wordt afgeleverd bij het mondstuk en de pneumatische plunjer. De gasstroom door het mondstuk is constant, direct geregeld bij de stikstofcilinder (hoofddruk). De aansluiting op het mondstuk is gemaakt met PU-buizen (4 mm O.D., 2,5 mm I.D.), een kort stuk PE-buis (~ 8 cm lengte, 0,043" O.D., 0,015" I.D.) en geschikte connectoren. De druk op de pneumatische plunjer wordt geregeld door een magneetventiel. PU-buizen (4 mm O.D., 2,5 mm I.D.) verbinden de magneetklep met een regelaar en de pneumatische plunjer, om een verminderde duikdruk (≤ hoofddruk) mogelijk te maken. Het magneetventiel is computergestuurd. Een schematisch overzicht van de opstelling wordt gegeven in figuur 2B.
Merk op dat bij deze opstelling de duikdruk altijd gelijk is aan of kleiner is dan de sproeigasdruk (hoofddruk). De opstelling kan echter eenvoudig worden gewijzigd door een tweede regelaar stroomopwaarts van de sproeikop op te nemen om hogere duiksnelheden bij lage sproeigasdruk mogelijk te maken. Hoge drukken (>> 2 bar) kunnen de PDMS-sproeikop beschadigen.
LET OP: Dit is een druksysteem en de 'hoofddruk' moet altijd < 7 bar zijn.
Drukken tussen 0,5 en 2 bar worden meestal gebruikt voor de pneumatische plunjer en vertonen een ongeveer lineaire relatie tussen druk en snelheid (op de verticale positie van de spray). Duiksnelheden worden gemeten met een oscilloscoop, verbonden in lijn met een schuifpotentiometer (10 kΩ) en parallel met een weerstand van 2 kΩ(figuur 2C). Een voeding voorziet de potentiometer van 9 V DC. Terwijl de geschatte duiksnelheid voorafgaand aan het experiment wordt ingesteld door de duikdruk in te stellen, geeft de potentiometer een nauwkeurige uitlezing van de snelheid na het experiment.
Sproeikoppen en vloeibare ethaan container De fabricage en werking van gasdynamische virtuele nozzles voor monsterafgifte op basis van sproeien is elders in detail beschreven15. Zoals hierboven beschreven, zijn de 'dispense' uitgangen van kleppen 1-3 verbonden met de vloeistofinlaten van het mondstuk(figuur 3A). Het sproeigas onder druk is aangesloten op de gasinlaat van het mondstuk. De inlaten in de PDMS-sproeikoppen zijn zodanig dat 0,043" O.D. PE-buizen direct kunnen worden gebruikt zonder dat fittingen nodig zijn. Ons nozzle-ontwerp bevat een 'jet-in-jet'-geometrie voor het mengen van twee monsters, vergelijkbaar met het apparaat beschreven in ref.18. Een schema van het ontwerp wordt weergegeven in figuur 3B,een microscopisch beeld van een mondstuk wordt weergegeven in figuur 3C. De lay-out van het microfluïdische apparaat vereist het gebruik van drie spuiten om twee monsters te mengen. De sproeikop wordt meestal op 1-1,5 cm afstand van het rooster geplaatst (tijdens het aanbrengen van het monster).
We gebruiken vloeibaar ethaan als cryogeen, in een vloeibare ethaan/stikstof container zoals gebruikt voor de standaard blotting methode. Verticale positionering van de vloeibare ethaanbeker wordt bereikt met een laboratoriumhefplatform.
Controle van de spuit- en roosteromgeving De plunjer en sproeikop bevinden zich in een op maat gemaakte PMMA (acrylglas) doos met een dubbele deur(figuur 4A). Een hoge relatieve vochtigheid in de doos wordt bereikt door een luchtbevochtigingssysteem aan de achterkant van de TED(figuur 4B). Lucht wordt geleverd door een pomp en gevoerd in een eerste 10 "bus (meestal gebruikt voor waterzuivering onder de gootsteen). De bus is gevuld met een laag (~ 5-10 cm) waterniveau en herbergt ook een luchtbevochtiger. De netvoeding naar de luchtbevochtiger wordt geregeld door een digitale vochtigheids-/temperatuurregelaar en een vochtigheids-/temperatuursensor in de acrylglasdoos. De regelaar is ingesteld om de pomp uit te schakelen wanneer de relatieve vochtigheid ≥ 90% bereikt. Bevochtigde lucht uit de eerste bus wordt door een diffuser gepompt, ondergedompeld in water in een tweede 10 "-bus en komt vervolgens in de acrylglasdoos.
LET OP: Omdat het monster in de sproeikop is verneveld, zijn gevaarlijke biologische of chemische monsters niet geschikt als monsters.
De loopvolgorde Met de knop Script uitvoeren in de besturingssoftware wordt de reeks uitgevoerd. Deze reeks opdrachten kan vooraf worden gedefinieerd in een scriptbestand en worden gewijzigd via de software. De belangrijkste variabelen worden hier uitgelegd:
Spuitsnelheid: De spuitsnelheid bepaalt het vloeistofdebiet dat door de spuitpomp wordt gebruikt. Het debiet kan als volgt worden berekend: De hier gebruikte spuitpompmotoren hebben een vaste stapgrootte. Het volledige bereik van de pomp is verdeeld in 48.000 stappen. De tweede belangrijke factor is het spuitvolume. We gebruiken meestal spuiten van 250 μL. De spuitsnelheid in de besturingssoftware wordt ingesteld op aantal stappen per seconde. Een spuitsnelheid van 1000 stappen/seconde komt overeen met:
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/62199/62199eq01.jpg">
Spuitvolume: Het spuitvolume bepaalt het totale te spuiten volume. Het bepaalt dus ook de duur van de spray. Het spuitvolume in de besturingssoftware is ingesteld als een aantal stappen. Een spuitvolume van 2000 stappen, bij een spuitsnelheid van 1000 stappen/seconde, leidt tot een spuitduur van 2 s en een totaal volume van 10,4 μL.
Pre-spray tijd: Deze variabele definieert de tijd tussen het starten van de spray en het duiken. Het is belangrijk om de vertragingstijd zodanig te kiezen dat de spray voldoende tijd heeft om te stabiliseren voordat het rooster wordt gezonken. Meestal wordt de spray 1,5 - 4 s gegeven om te stabiliseren voordat het rooster wordt ondergedompeld. De spray wordt gehandhaafd totdat het rooster is doorgetrokken. Meestal wordt de vloeistofstroom (en dus de spray) 0,5 tot 1 s gestopt nadat het rooster is ondergedompeld. Met een spuitsnelheid van 1000 stappen/s en een spuitvolume van 2000 stappen is een typische voorspuittijd bijvoorbeeld 1,5 s.
Een voorbeeldige reeks opdrachten wordt weergegeven in figuur 5A, de rasterpositie in de loop van de tijd wordt geïllustreerd in figuur 5B.

<table><tbody><tr><td>Tijdsafhankelijk apparaat</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>acrylglasdoos</td><td>USA scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>digitale vocht/temperatuurregelaar</td><td>THE20 digitale vocht/temperatuurregelaar</td><td></td><td></td></tr><tr><td>pneumatische cilinder met dubbele stang</td><td>pneumatische cilinder met dubbele stang TN 10x70</td><td></td><td></td></tr><tr><td>FEP-slang</td><td>Upchurch Scientific 1/16&rdquo; O.D., 0.01'' I.D. FEP-slang</td><td></td><td></td></tr><tr><td>flensloze fittingen</td><td>Upchurch Scientific ETFE/ETFE flensloze fittingen</td><td></td><td></td></tr><tr><td>buigzame versterkte PVC-buis</td><td>12 mm OD. buigzame versterkte PVC-buis</td><td></td><td></td></tr><tr><td>glasinjectiespuiten</td><td>Kloehn 250 &micro;L met nul dood volume</td><td></td><td></td></tr><tr><td>bevochtigingspomp</td><td>Interpret Aqua Air AP3</td><td></td><td></td></tr><tr><td>container voor vloeibaar ethaan</td><td>van Thermo/FEI VitrobotTM Mark IV</td><td></td><td></td></tr><tr><td>veeltrapsregelaar</td><td>GASARC klasse 3 veeltrapsregelaar</td><td></td><td></td></tr><tr><td>pincetten voor negatieve druk</td><td>Dumont N5 Inox B pincetten voor negatieve druk</td><td></td><td></td></tr><tr><td>oscilloscoop</td><td>Hantek 6022BE oscilloscoop</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PE-buis</td><td>Scientific Commodities Inc. 0.043&rdquo; O.D., 0.015&rdquo; I.D. PE-buis</td><td></td><td></td></tr><tr><td>voeding</td><td>Mean Well GSM160A24-R7B</td><td></td><td></td></tr><tr><td>voeding</td><td>Wanptek KPS305D voeding</td><td></td><td></td></tr><tr><td>PU-buis</td><td>SMC TU0425 4 mm O.D., 2,5 mm I.D. PU-buis</td><td></td><td></td></tr><tr><td>regelaar</td><td>Norgren R72G-2GK-RMN</td><td></td><td></td></tr><tr><td>schuifpotentiometer</td><td>PS100 schuifpotentiometer</td><td></td><td></td></tr><tr><td>magneetsolenoïde</td><td>SMC NVJ314M magneetsolenoide</td><td></td><td></td></tr><tr><td>injectiespuitpompen</td><td>Kloehn V6 48K model</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Reagentia &amp; Materialen</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>apoferritine van paardenmilt</td><td>Sigma-Aldrich, A3660</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ATP</td><td>Sigma-Aldrich, A2383</td><td></td><td></td></tr><tr><td>cryo-EM roosters</td><td>Quantifoil 300 mesh Cu, R 1.2/1.3</td><td></td><td></td></tr><tr><td>EGTA</td><td>Sigma Aldrich E3889</td><td></td><td></td></tr><tr><td>F-actine</td><td>Verstrekt door H.D. White (voor bereidingsprocedure, zie ref. 1)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>glow-ontlader</td><td>Cressington 208 koolstofcoater met een glow-ontlader</td><td></td><td></td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Sigma-Aldrich, H7006</td><td></td><td></td></tr><tr><td>KAc</td><td>Sigma-Aldrich, P1190</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MgCl2</td><td>Sigma-Aldrich, M8266</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MOPS</td><td>Sigma-Aldrich, M1254</td><td></td><td></td></tr><tr><td>NaCl</td><td>Sigma-Aldrich, S9888</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Skeletmuskelmyosine S1</td><td>Verstrekt door H.D. White (voor bereidingsprocedure, zie ref. 2)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ref 1</td><td>Spudich, J. A. & Watt, S. De regulatie van skeletspiercontractie bij konijnen I. Biochemische studies van de interactie van het tropomyosine-troponinecomplex met actine en de proteolytische fragmenten van myosine. Journal of biological chemistry 246, 4866-4871 (1971).</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ref 2</td><td>White, H. & Taylor, E. Energetische en mechanismen van actomyosine-adenosinetrifosfaat. Biochemistry 15, 5818-5826 (1976).</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

snelle rastervoorbereiding voor tijd-opgeloste cryo-elektronenmicroscopie

Fast Grid Preparation for Time-Resolved Cryo-Electron Microscopy

Het gebied van cryo-elektronenmicroscopie (cryo-EM) ontwikkelt zich snel met nieuwe hardware en verwerkingsalgoritmen, waardoor structuren met een hogere resolutie en informatie over meer uitdagende systemen worden geproduceerd. Monstervoorbereiding voor cryo-EM ondergaat een vergelijkbare revolutie met nieuwe benaderingen die worden ontwikkeld om de traditionele blotting-systemen te vervangen. Deze omvatten het gebruik van piëzo-elektrische dispensers, pinprinten en direct spuiten. Als gevolg van deze ontwikkelingen gaat de snelheid van de netvoorbereiding van seconden naar milliseconden, wat nieuwe kansen biedt, vooral op het gebied van tijd-opgeloste cryo-EM, waar eiwitten en substraten snel kunnen worden gemengd voordat ze bevriezen, waardoor kortlevende tussentoestanden worden opgevangen. Hier beschrijven we in detail een standaardprotocol voor het maken van rasters op ons interne tijd-opgeloste EM-apparaat, zowel voor standaard snelle netvoorbereiding als voor tijd-opgeloste experimenten. Het protocol vereist een monster van minimaal ongeveer 50 μL bij concentraties van ≥ 2 mg / ml voor de voorbereiding van 4 roosters. De vertraging tussen het aanbrengen van het monster en het invriezen kan zo laag zijn als 10 ms. Een beperking is een verhoogde ijsdikte bij hogere snelheden en in vergelijking met de blotting-methode. We hopen dat dit protocol anderen zal helpen bij het ontwerpen van hun eigen apparaten voor het maken van rasters en degenen die geïnteresseerd zijn in het ontwerpen van tijd-opgeloste experimenten.

Snelle netvoorbereiding met de TED Als testmonster voor snelle rastervoorbereiding hebben we apoferritine uit paardenpleet gebruikt bij 20 μM in 30 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7,5. Een reconstructie met een resolutie van 3,5 Å werd verkregen uit 690 micrografieën zoals beschreven in ref.15 (Figuur 7A). Het onscherptebereik is zo gekozen dat deeltjes gemakkelijk kunnen worden geïdentificeerd in de onbewerkte afbeeldingen (figuur 7...

Hier bieden we een gedetailleerd protocol voor het gebruik van een apparaat voor het maken van snel rasters voor zowel snelle rasters als voor snel mengen en invriezen om tijd-opgeloste experimenten uit te voeren.

Snelle rastervoorbereiding voor tijd-opgeloste cryo-elektronenmicroscopie

The field of cryo-electron microscopy (cryo-EM) is rapidly developing with new hardware and processing algorithms, producing higher resolution structures ...

Hallo, en welkom bij deze JoVE"video. We willen u kennis laten maken met de opstelling die we hier hebben voor het snel maken van rasters, een tijdsopoeende studie die we in Leeds aan het ontwikkelen zijn. Houd er rekening mee dat dit geen standaardsysteem is, maar we hopen dat door u een gedetailleerd overzicht te geven van alle dingen en de parameters die we doen, u in staat zult zijn om vergelijkbare systemen in uw eigen laboratoria te ontwikkelen.Een gedetailleerde beschrijving van het apparaat wordt gegeven in het Richmond-protocol. Hier gaan we een stapsgewijze handleiding geven voor snelle netvoorbereiding en tijd-opgeloste EM. In onze ervaring zou de eiwitconcentratie twee milligram per milliliter of hoger moeten zijn. Het protocol vereist een minimumvolume van ongeveer 50 microliter.Schakel het apparaat in. Schakel vervolgens de besturings-pc in en start de besturingssoftware. Initialiseer alle spuitpompen door op de initialiseerknop op elke spuitpomp te drukken.Schakel de voeding van de potentiometer in, stel deze in op negen volt en start de oscilloscoopbesturingssoftware. Stikstofgas onder druk is nodig om de spray te genereren. Open de stikstofcilinder en stel de druk in op 2 bar.Zorg ervoor dat alle spuitpompkleppen in de belastingspositie staan. Om dit te doen, schakelt u alle kleppen om in de besturingssoftware te dispense en vervolgens terug om te laden. Zet alle spuiten op nul.Alle luchtbellen in het systeem moeten in dit stadium worden verwijderd. Om dit te doen, moeten de spuiten mogelijk worden losgeschroefd, bubbels handmatig worden verwijderd en de spuiten opnieuw worden gemonteerd wanneer ze geen bubbels meer bevatten. Het vloeistofbehandelingssysteem wordt meestal opgeslagen in water.Voordat het monster wordt geladen, wordt het systeem in evenwicht met buffer. Dit gebeurt door de slang te wassen met een teveel aan buffer. Plaats een buis met ten minste 200 microliter buffer op spuit één.De bovenkant van de buis moet worden doorboord om deze te bevestigen. Aspirateer een geschikte hoeveelheid buffer, tussen de 50 en honderd microliter met spuit één met behulp van de besturingssoftware. Schakelklep één om af te geven.Spuit alle vloeistof in spuit één. Terugslagklep één naar de laadpositie en druk op de initialiseerknop op spuit één om het systeem voor te bereiden op de volgende wascyclus. Deze stappen worden meestal drie keer herhaald om een grondige wassing van de slang te garanderen.Vervolgens wordt de sproeikop geplaatst. Plaats een EM-rooster in de stortarm. Plaats het rooster voor de sproeikop.Dispense buffer met behulp van de besturingssoftware. Als mondstuk en rooster zijn uitgelijnd, moet vloeistof zich ophopen na het spuiten gedurende een langere periode. Pas indien nodig de positie van het mondstuk aan en controleer vervolgens opnieuw waar de vloeistof zich ophoopt op het rooster.Pas vervolgens de positie van de ethaanbeker aan. De punt van het pincet moet ongeveer tot het midden van de ethaanbeker reiken. Voer een testrun uit om er zeker van te zijn dat alle instellingen correct zijn.Sluit de vochtigheidskamer. Zorg ervoor dat het pad van de zuiger vrij is. Aspirateer het volume buffer dat nodig is voor een enkele run in spuit één.Schakelklep één om af te geven. Start de run door in de besturingssoftware op run'te drukken. Controleer of spuitpomp één beweegt, twee seconden in dit geval, en het rooster wordt na een passende vertraging, 1,5 seconden hier, gedompeld.Wanneer de run is voltooid, stelt u de druk op de plunjerarm in op de gewenste waarde. Druk op OK' in de besturingssoftware om de druk van de stortarm los te laten. Nu is de ethaanbeker koel en gevuld met vloeibaar ethaan.Gloeiend de roosters voor gebruik. Een typische gloei-ontlading is 90 seconden bij 10 milliamps in 0,1 millibar lucht. De slang wordt vervolgens in evenwicht met het monster.Als het beschikbare monstervolume laag is, mag de buis worden gekalibreerd met slechts één dood volume. Aspiraat monster. Meestal is het dode volume ongeveer 30 microliter.Schakelklep één om af te geven. Dispenseer het monster door middel van slangen en mondstuk. Aspirateer vervolgens de hoeveelheid monster die nodig is voor een enkele run.Schakelklep één om af te geven. Controleer of de relatieve vochtigheid de gewenste waarde heeft bereikt. We bereiden meestal roosters voor op 60% of hoger.Dit kan enkele minuten duren. Plaats het pincet met een gloeiend rooster in de stortarm. Plaats de potentiometerschuif in de startpositie, klaar voor snelheidsmeting.Stel de trigger voor de snelheidsmeting in de oscilloscoopsoftware in. Plaats de vloeibare ethaanbeker en dicht bij de vochtkamer. Zorg ervoor dat het pad van de zuiger vrij is.Start de run in de besturingssoftware. Wanneer de run is voltooid, drukt u op OK'in de besturingssoftware om de druk van de stortarm te verwijderen. Open de vochtigheidskamer, maak de verbinding tussen de plunging arm en pincet los.Beweeg de plunging arm omhoog terwijl je het rooster in vloeibaar ethaan houdt. Breng vervolgens de roosters over naar vloeibare stikstof en in opslag. Sla de oscilloscoopmeting op.Stel de positie van de potentiometerschuifregelaar en zuiger handmatig opnieuw in. Herhaal het protocol om replicatierasters voor te bereiden. Tijd-opgeloste experimenten worden op een vergelijkbare manier gedaan.Hogere voorraadconcentraties zijn nodig voor tijdsopoeende experimenten vanwege verdunning in de mengstap. Gebruik voor een tijdsgeo opgelost experiment alle drie de spuiten. Slangen worden bevestigd aan de spuitpompen en aan de sproeikop.De hier gebruikte microfluïdische sproeikop bevat ook een mengelement. Merk op dat langere buizen een groter dood volume geven en dat de evenwichtsstappen van het wassen meer buffer en monster vereisen. Alle spuiten met buffer en monster afzonderlijk in evenwicht houden.Doorgaans wordt spuit één gebruikt voor monster A' en spuiten twee en drie worden gebruikt voor monster B'Nadat de slang in evenwicht is gebracht, laadt u monster A in spuit één en monster B in spuiten twee en drie. Schakel vervolgens de kleppen één tot drie om af te geven. Start de run in de besturingssoftware.Houd er rekening mee dat een ander uitgevoerd script nodig is voor een experiment met een tijdsverholpen experiment. Verschillende tijdsvertragingen kunnen op twee manieren worden bereikt. Door de zuigersnelheid aan te passen, kan de tijdsvertraging van mengen tot invriezen worden gewijzigd.Een hogere duiksnelheid zal leiden tot een kortere tijdsvertraging. Als alternatief wordt de spuitethaanafstand gewijzigd door de verticale positie van de sproeikop aan te passen. Het vergroten van de afstand zal resulteren in een langere tijdsvertraging.In de elektronenmicroscoop bij lage vergroting ziet een typisch raster er als volgt uit. Gebieden met dun ijs, zoals aangegeven, zijn geschikt voor data-acquisitie. Bij hogere vergrotingen moeten deeltjes duidelijk zichtbaar zijn.Bij een testexemplaar zoals apoferritine is een relatief kleine dataset van een enkel raster voldoende voor een reconstructie met een resolutie van drie tot vier angstrom. Voor tijdsopoekende experimenten verzamelen we datasets van verschillende tijdspunten of rasters. Het is handig om de gegevens voor 3D-classificatie te combineren en vervolgens deeltjes terug te traceren naar hun tijdspunten.Op deze manier kunnen de gegevens structurele informatie en informatie over de reactiekinetiek opleveren. Tot slot hopen we dat je genoten hebt van de video. We hopen dat je met de gedetailleerde beschrijvingen in het JoVE-artikel samen met de video je eigen experimenten kunt uitvoeren via snelle rasters, waarvan is aangetoond dat het enkele van de problemen van mutatie verlicht of helpt bij interacties op de lucht-waterinterface, alles wat je nodig hebt voor het uitvoeren van je eigen tijd-opgeloste studies om te proberen enkele van die niet-evenwichtstoestanden te vangen.Happy grid making dus.

fast-grid-preparation-for-time-resolved-cryo-electron-microscopy

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

We presenteren een protocol over hoe om high-throughput cryo-electron tomography gebruiken om hoge resolutie in situ structuren van moleculaire machines te bepalen. Het protocol maakt grote hoeveelheden gegevens te verwerken, vermijdt gemeenschappelijke resource bottlenecks en vermindert stilstand, zodat de gebruiker zich concentreren op belangrijke biologische vragen.

Met behulp van Tomoauto: Een protocol voor High-throughput Automated Cryo-electron tomography

Een instrument en methoden voor de bereiding van de monster nanoliter middelgrote volumes voor transmissie-elektronenmicroscopie wordt gepresenteerd. Er zijn geen papier-bevlekken stappen vereist, dus het vermijden van de schadelijke gevolgen dat voor eiwitten hebben kan, aanzienlijk verminderen monster verlies en de analyse van eencellige lysate voor visuele proteomics inschakelen.

Verkleinde monstervoorbereiding voor transmissie-elektronenmicroscopie

Het hier gepresenteerde protocol beschrijft het gebruik van Spotiton, een nieuw robotsysteem, om twee interessante monsters af te leveren op een zelfafvoerend nanodraadrooster dat zich minimaal 90 ms mengt voorafgaand aan vitrificatie in vloeibaar cryogeen.

Cryo-Elektron Microscopische Rastervoorbereiding voor tijd-opgeloste studies met behulp van een nieuw robotsysteem, Spotiton

Structuurbepaling van macromoleculaire complexen met behulp van cryoEM is routine geworden voor bepaalde klassen van eiwitten en complexen. Hier wordt deze pijplijn samengevat (monstervoorbereiding, screening, gegevensverzameling en -verwerking) en worden lezers gericht op verdere gedetailleerde bronnen en variabelen die kunnen worden gewijzigd in het geval van meer uitdagende exemplaren.

Cryo-elektronenmicroscopie met enkele deeltjes: van monster tot structuur

Dit artikel biedt een gedetailleerd protocol voor het voorbereiden van monsterrasters bij temperaturen tot 70 °C, voorafgaand aan het invriezen van de duik voor cryo-EM-experimenten.

Voorbereiding van hoge temperatuur monsterroosters voor Cryo-EM

Hier presenteren we een pijplijn voor 3D-correlatieve gerichte ionenbundelfrezen op het begeleiden van de voorbereiding van cellulaire monsters voor cryo-elektronentomografie. De 3D-positie van fluorescerend gelabelde eiwitten van belang wordt eerst bepaald door cryo-fluorescentiemicroscopie en vervolgens gericht op frezen. Het protocol is geschikt voor zoogdieren, gisten en bacteriële cellen.

Monstervoorbereiding door 3D-correlatieve gefocuste ionenbundelfrezen voor cryo-elektronentomografie met hoge resolutie

Het doel van dit protocol is om celadhesie en -groei te richten op gerichte gebieden van rasters voor cryo-elektronenmicroscopie. Dit wordt bereikt door een aangroeiwerende laag aan te brengen die wordt opgeblazen in door de gebruiker gespecificeerde patronen, gevolgd door afzetting van extracellulaire matrixeiwitten in de patroongebieden voorafgaand aan het zaaien van cellen.

Micropatterning Transmissie ElektronenMicroscopie Grids naar Direct Cell Positioning binnen Whole-Cell Cryo-Electron Tomography Workflows

Cryo-EM-kaarten met hoge resolutie van macromoleculen kunnen ook worden bereikt met behulp van 200 kV TEM-microscopen. Dit protocol toont de best practices voor het instellen van nauwkeurige optische uitlijningen, data-acquisitieschema's en selectie van beeldvormingsgebieden die allemaal essentieel zijn voor het succesvol verzamelen van datasets met hoge resolutie met behulp van een 200 kV TEM.

Routinematige verzameling van cryo-EM-datasets met hoge resolutie met behulp van 200 KV transmissie-elektronenmicroscoop

Hier beschrijven we een protocol om endogene tubuline te extraheren uit zoogdiercellen, die specifieke microtubuli-modificerende enzymen kunnen missen of bevatten, om microtubuli te verkrijgen die zijn verrijkt voor een specifieke modificatie. Vervolgens beschrijven we hoe de geëxtraheerde microtubuli kunnen worden versierd met gezuiverde microtubule-bindende eiwitten om rasters voor cryo-elektronenmicroscopie voor te bereiden.

Het extraheren van gemodificeerde microtubuli uit zoogdiercellen om microtubuli-eiwitcomplexen te bestuderen door cryo-elektronenmicroscopie

Deze methode biedt een toegankelijk en flexibel protocol voor de voorbereiding van elektronenmicroscopieroosters (EM) voor in situ cellulaire cryotomografie en correlatieve licht- en elektronenmicroscopie (CLEM).

Monstervoorbereiding voor in situ cryotomografie van zoogdiercellen

Leer snelle rasterpreparatie voor tijd-opgeloste cryo-elektronenmicroscopie met een aangepast microfluidisch systeem. Dit protocol vangt kortstondige eiwittoestanden in milliseconden en ondersteunt hoge-resolutie structurele studies.

Snelle rastervoorbereiding voor tijd-opgeloste cryo-elektronenmicroscopie

Meer video's verkennen