Name: Bioprospectie van extremofiele micro-organismen om milieuvervuiling aan te pakken (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2021-12-30T16:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 20 s
Description: Ontdek een gestroomlijnde methode voor het isoleren van zwaremetaalresistente microben uit geothermische bronnen. Dit protocol ondersteunt bioremediatie en milieumonitoring met basis microbiologische technieken.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Dit werk werd ondersteund door ERA-NET Cofund MarTERA: "FLAshMoB: Functional Amyloid Chimera for Marine Biosensing", PRIN 2017-PANACEA CUP:E69E19000530001 en door GoodbyWaste: ObtainGOOD products-exploit BY-products-reduce WASTE, MIUR 2017-JTNK78.006, Italië. Wij danken Dr. Monica Piochi en Dr. Angela Mormone (Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia, Sezione di Napoli Osservatorio Vesuviano, Italië) voor de identificatie en karakterisering van geothermische site.

1. Bemonstering van micro-organismen uit geothermische locaties
<ol><li>Kies de plaats voor bemonstering met behulp van als criterium plaatsen met de gewenste temperatuur en pH. Meet de fysieke parameters via een digitale thermokoppelsonde en plaats deze in de geselecteerde zwembaden of modder.</li>
	<li>Verzamel 20 g bodemmonsters (in dit geval van modder op de hydrothermale site van Pisciarelli Solfatara) en pak ze op met een gesteriliseerde lepel. Neem ten minste twee monsters voor elke gekozen locatie.</li>
	<li>Doe de monsters in steriele polypropyleenbuizen van 50 ml en sluit onmiddellijk.</li>
	<li>Meet de pH en temperatuur met een digitale thermokoppelsonde door deze rechtstreeks in de bemonsteringslocatie in te brengen. Spoel de sonde na gebruik zorgvuldig af met gedeïoniseerd water.</li>
</ol>2. Isolatie van zware metaalbestendige micro-organismen
OPMERKING: Voer stap 2.1-2.7 uit onder een steriele biologische kap.
<ol><li>Ent 2 g van elk verzameld monster in 50 ml vers bereid Luria-Bertani medium (LB), waarbij de pH is aangepast tot 4 of 7 door toevoeging van HCl of NaOH.</li>
	<li>Incubeer de monsters bij dezelfde temperatuur als de bemonsteringsplaats en bij ±5 °C (55 °C en 60 °C voor Pisciarelli-monsters) in een temperatuurgestuurde baanschudder gedurende 24 uur met een schudsnelheid van 180 tpm.</li>
	<li>Plaat 200 μL van de gekweekte monsters op LB agar (pH 4 of pH 7) en incubeer in statische toestand gedurende 48 uur bij 55 °C of 60 °C.</li>
	<li>Isoleer enkele kolonies en herhaal streepbeplatingscycli (stappen 2.3 en 2.4) ten minste drie keer.</li>
	<li>Om -80 °C bevroren celvoorraden te bereiden, kweekt u de culturen 's nachts (ON) en voegt u aan de gekweekte cellen 20% glycerol toe (in een eindvolume van 1 ml); gebruik een mengsel van aceton en droogijs voor snel invriezen.</li>
	<li>Om een entmateriaal uit een glycerolvoorraad te bereiden, ent u 50 μL in 50 ml LB (pH 4 of pH 6) en incubeert u bij 55 °C of 60 °C in de orbitale shaker bij 180 tpm AAN.</li>
	<li>Om een groeiprofiel te verkrijgen, verdunt u een voorcultuur (verkregen uit stap 2.6) tot 0,1 OD600 nm in 10 ml LB (pH 4 of pH 6), laat u de cellen groeien bij 55 °C of 60 °C gedurende 16 uur in de orbitale shaker en meet u de OD600 nm met intervallen van 30 minuten.</li>
	<li>Construeer een groeicurve uit de gegevens verkregen in stap 2.7 met tijd (min) op X-as en OD600 nm op Y-as.</li>
	<li>Realiseer dezelfde groeicurve die wordt beschreven in stap 2,7 en 2,8, maar varieer de pH (± 1 eenheid) van het kweekmedium (bijv. pH 3 en 5 voor monsters die zijn gekweekt bij pH 4) om de optimale pH voor laboratoriumomstandigheden te bepalen.</li>
</ol>3. Identificatie van microbiële isolaten
<ol><li>Bereiding van genomisch DNA<ol>
<li>Ent het isolaat dat uit de glycerolvoorraad is gestreept in 50 ml LB-medium (pH 4 of pH 6) en groei in een orbitale shaker bij 55 °C of 60 °C bij 180 tpm AAN.</li>
		<li>Oogst de ON-cultuur door centrifugeren gedurende 10 minuten bij 5000 x g. Gooi het supernatant weg.</li>
		<li>Bereid 10 ml bacterielysisbuffer samengesteld uit: 20 mM Tris-HCl pH 8,0, 2 mM EDTA, 1,2% Triton X-100 en lysozym (20 mg / ml) onmiddellijk voor gebruik.</li>
		<li>Resuspend de pellet in 180 μL bacterielysisbuffer. Incubeer gedurende 30 min bij 37 °C.</li>
		<li>Volg de richtlijnen die worden aangegeven door een genomische DNA-zuiveringskit (tabel met materialen) om genomisch DNA te extraheren.</li>
		<li>Kwantificeer het geëxtraheerde genomische DNA en de zuiverheid ervan door UV-Vis-meting. Bepaal voor zuiverheid verhoudingen-OD 260/280 nm en OD 260/230 nm.</li>
		<li>Beoordeel de integriteit van het genomische DNA door 200 ng van elk monster op een 0,8% agarosegel te laden en de grootteverdeling te vergelijken met een moleculaire marker met een hoog gewicht.</li>
		<li>Opdracht aan een externe dienst voor de voorbereiding, sequencing en vergelijkende analyse van de sequentie verkregen (1000 bp) met die in de nucleotidedatabase van het Amerikaanse National Center for Biotechnology Information (NCBI)33.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Om gegevens van 16S rRNA-sequencing te bevestigen, voert u ook geautomatiseerde ribotyping uit op het verteerde chromosomale DNA (externe service, Tabel met materialen).</li>
	<li>In het geval dat de soortidentificatie niet alleen met ribotypinggegevens kan worden bepaald, laat u een MALDI-TOF MS-analyse uitvoeren voor vetzuuridentificatie.</li>
	<li>Om een fylogenetische analyse van het geïdentificeerde geslacht uit te voeren, analyseert u de 16S rRNA-sequentie van het isolaat met BLASTn34. Sequenties met identiteiten van 99% tot 97% moeten worden gebruikt om een meervoudige sequentie-uitlijning te bouwen met behulp van CLUSTAL Omega35. Maak een boom die de buren verbindt met de standaardoptie ClustalW2 (Simple Phylogeny).</li>
</ol>4. Gevoeligheid voor zware metalen en antibiotica
<ol><li>Ent het isolaat uit een glycerolvoorraad (zie stap 2.5) en kweek het in 200 ml LB onder de optimale pH- en temperatuuromstandigheden die eerder zijn bepaald.</li>
	<li>Verdun elke voorteelt met 0,1 OD600 nm in 5 ml LB-medium (bij de juiste pH) met toenemende concentraties zware metalen. De concentraties variëren van 0,01-120 mM voor zware metalen [As (V), As (III), Cd (II), Co (III), Cr (VI), Cu (II), Hg (II), Ni (II), V (V)] of 0,5-1 mg / ml voor de antibiotica [Ampicilline, Bacitracine, Chlooramfenicol, Ciprofloxacine, Erytromycine, Kanamycine, Streptomycine, Tetracycline en Vancomycine].</li>
	<li>Voer zware metaal- en antibioticabehandelingen afzonderlijk uit. Gebruik een polypropyleenbuis van 50 ml en laat de cellen groeien in een temperatuurgecontroleerde orbitale shaker met een schudsnelheid van 180 tpm bij 55 °C of 60 °C gedurende 16 uur voor elke aandoening / behandeling.</li>
	<li>Bereken de minimale remmende concentratie (MIC) voor antibiotica of zware metalen door de concentratiewaarden te identificeren in de buizen waar microbiële groei niet optreedt, d.w.z. de waarden te bepalen die de celgroei na 16 uur volledig remmen.</li>
	<li>Controleer of de concentratie remmend en niet dodelijk is voor de cellen door 200 μL van de gekweekte cultuur te platen tegen de waarde die wordt beschouwd als MIC op LB-agarplaten (bij de juiste pH en temperatuur) en de aanwezigheid van kolonies na ON-incubatie te verifiëren. OPMERKING: Aangezien de cultuur op LB-agarplaat slechts enkele weken levensvatbaar is bij 4 °C, werden glycerolvoorraden bereid en opgeslagen bij -80 °C om de isolaten langer te bewaren. Voor MIC-bepaling werden ten minste drie onafhankelijke replicaties met behulp van onafhankelijke culturen uitgevoerd. De standaarddeviatie werd berekend tussen drievoudige experimenten.</li>
</ol>

De auteurs verklaren dat ze geen belangenconflicten hebben.

Warmwaterbronnen bevatten een onaangeboorde diversiteit aan microbiomen met even uiteenlopende metabolische capaciteiten12. De ontwikkeling van strategieën voor de isolatie van micro-organismen die zware metalen efficiënt kunnen omzetten in minder toxische verbindingen10 vertegenwoordigt een onderzoeksgebied van groeiende interesse wereldwijd. Dit artikel heeft tot doel een gestroomlijnde aanpak te beschrijven voor de screening en isolatie van microben met het vermogen om g...

De extreme omgevingen op onze planeet zijn uitstekende bronnen van micro-organismen die in staat zijn om zware omstandigheden te verdragen (d.w.z. temperatuur, pH, zoutgehalte, druk en zware metalen)1,2, zijnde IJsland, Italië, de VS, Nieuw-Zeeland, Japan, Centraal-Afrika en India, de best erkende en bestudeerde vulkanische gebieden 3,4,5,6,7,8,9 . Thermofielen zijn geëvolueerd in ruwe omgevingen in een temperatuurbereik van 45 °C tot 80 °C 10,11,12. Thermofiele micro-organismen, die behoren tot de archaeale of bacteriële koninkrijken, zijn een reservoir voor de studie van biodiversiteit, fylogenese en de productie van exclusieve biomoleculen voor industriële toepassingen 13,14,15,16. In de afgelopen decennia heeft de voortdurende industriële vraag op de wereldmarkt de exploitatie van extremofielen en thermozymen voor hun gediversifieerde toepassingen op verschillende biotechnologische gebieden aangemoedigd 17,18,19.
Warmwaterbronnen, waar organismen in consortia leven, zijn rijke bronnen van biodiversiteit en vormen daarmee een aantrekkelijke habitat om microbiële ecologie tebestuderen 20,21. Bovendien worden deze vulkanische metaalrijke gebieden vaak gekoloniseerd door micro-organismen die tolerantiesystemen hebben ontwikkeld om te overleven en zich aan te passen aan de aanwezigheid van zware metalen22,23 en daarom actief betrokken zijn bij hun biogeochemische cycli. Tegenwoordig worden zware metalen beschouwd als prioritaire verontreinigende stoffen voor mens en milieu. De zware metaalbestendige micro-organismen zijn in staat om metalen op te lossen en neer te slaan door ze te transformeren en hun ecosystemen te hervormen24,25. Het begrip van de moleculaire mechanismen van resistentie tegen zware metalen is een hot topic voor de urgentie om nieuwe groene benaderingen te ontwikkelen 26,27,28. In deze context vormt de ontdekking van nieuwe tolerante bacteriën het startpunt voor het ontwikkelen van nieuwe strategieën voor bioremediatie in het milieu24,29. Ter begeleiding van de inspanningen om hydrothermale omgevingen te verkennen door middel van microbiologische procedures en de kennis te vergroten over de rol van het gen of de genen die ten grondslag liggen aan de tolerantie voor zware metalen, werd een microbiële screening uitgevoerd in het warmwaterbrongebied van Campi Flegrei in Italië. Deze zware metaalrijke omgeving vertoont een krachtige hydrothermale activiteit, fumarole en kokende zwembaden, variabel in pH en temperatuur in afhankelijkheid van seizoensgebondenheid, regenval en ondergrondse geologische bewegingen30. In dit perspectief beschrijven we een eenvoudig aan te brengen en effectieve manier om bacteriën te isoleren die resistent zijn tegen zware metalen, bijvoorbeeld Geobacillus stearothermophilus GF1631 (genoemd als isolaat 1) en Alicyclobacillus mali FL1832 (genoemd als isolaat 2) uit Pisciarelli gebied van Campi Flegrei.

<table><tbody><tr><td>Ampicillin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A9393</td><td></td></tr><tr><td>Aura Mini</td><td>bio air s.c.r.l.</td><td></td><td>Biologische kap</td></tr><tr><td>Bacitracin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>B0125</td><td></td></tr><tr><td>Cadmium chloride</td><td>Sigma Aldrich</td><td>202908</td><td></td></tr><tr><td>Chloramphenicol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>C0378</td><td></td></tr><tr><td>Ciprofloxacin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>17850</td><td></td></tr><tr><td>Cobalt chloride</td><td>Sigma Aldrich</td><td>C8661</td><td></td></tr><tr><td>Copper chloride</td><td>Sigma Aldrich</td><td>224332</td><td></td></tr><tr><td>Erythromycin</td><td>Sigma Aldrich</td><td>E5389</td><td></td></tr><tr><td>Externe service</td><td>DSMZ</td><td></td><td>Leibniz Institute DSMZ-Duitse Collectie van Micro-organismen en Celculturen GmbH</td></tr><tr><td>Genoom DNA-zuiveringskit</td><td>Thermo Scientific</td><td>#K0721</td><td></td></tr><tr><td>Kanamycin sulfaat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>60615</td><td></td></tr><tr><td>MaxQTM 4000 Benchtop Orbital Shaker</td><td>Thermo Scientific</td><td>SHKE4000</td><td></td></tr><tr><td>Kwikchloride</td><td>Sigma Aldrich</td><td>215465</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop 1000 Spectrofotometer</td><td>Thermo Scientific</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Nikkelchloride</td><td>Sigma Aldrich</td><td>654507</td><td></td></tr><tr><td>Orion Star A221 Draagbare pH-meter</td><td>Thermo Scientific</td><td>STARA2218</td><td></td></tr><tr><td>Natrium (meta) arseniet</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S7400</td><td></td></tr><tr><td>Natrium arsenaat dibasisch heptahydraat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A6756</td><td></td></tr><tr><td>Natriumchloride</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S5886</td><td></td></tr><tr><td>Streptomycine</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S6501</td><td></td></tr><tr><td>Tetracycline</td><td>Sigma Aldrich</td><td>87128</td><td></td></tr><tr><td>Tryptone BioChemica</td><td>Applichem Panreac</td><td>A1553</td><td></td></tr><tr><td>Vancomycine</td><td>Sigma Aldrich</td><td>PHR1732</td><td></td></tr><tr><td>Gistextract voor moleculaire biologie</td><td>Applichem Panreac</td><td>&nbsp;A3732</td><td></td></tr></tbody></table>

bioprospectie van extremofiele micro-organismen om milieuvervuiling aan te pakken

Bioprospecting of Extremophilic Microorganisms to Address Environmental Pollution

Geothermische bronnen zijn rijk aan verschillende metaalionen vanwege de interactie tussen gesteente en water die plaatsvindt in de diepe watervoerende laag. Bovendien, als gevolg van seizoensgebonden variatie in pH en temperatuur, wordt fluctuatie in elementsamenstelling periodiek waargenomen in deze extreme omgevingen, waardoor de microbiële gemeenschappen in het milieu worden beïnvloed. Extremofiele micro-organismen die gedijen in vulkanische thermische ventilatieopeningen hebben resistentiemechanismen ontwikkeld om verschillende metaalionen in het milieu te verwerken, waardoor ze deelnemen aan complexe biogeochemische cycli van metalen. Bovendien hebben extremofielen en hun producten een uitgebreide voet aan de grond gekregen in de markt, en dit geldt vooral voor hun enzymen. In deze context is hun karakterisering functioneel voor de ontwikkeling van biosystemen en bioprocessen voor milieumonitoring en bioremediatie. Tot op heden vormen de isolatie en teelt onder laboratoriumomstandigheden van extremofiele micro-organismen nog steeds een knelpunt voor het volledig benutten van hun biotechnologisch potentieel. Dit werk beschrijft een gestroomlijnd protocol voor de isolatie van thermofiele micro-organismen uit warmwaterbronnen, evenals hun genotypische en fenotypische identificatie door middel van de volgende stappen: (1) Bemonstering van micro-organismen van geothermische sites ("Pisciarelli", een vulkanisch gebied van Campi Flegrei in Napels, Italië); (2) Isolatie van zware metaalbestendige micro-organismen; (3) Identificatie van microbiële isolaten; (4) Fenotypische karakterisering van de isolaten. De methodologieën die in dit werk worden beschreven, kunnen in het algemeen ook worden toegepast voor de isolatie van micro-organismen uit andere extreme omgevingen.

Bemonsteringslocatie Dit protocol illustreert een methode voor de isolatie van zware metaalresistente bacteriën uit een warmwaterbron. In deze studie werd het Pisciarelli-gebied, een zuur-sulfidische geothermische omgeving, gebruikt als bemonsteringslocatie (figuur 1)." Dit ecosysteem wordt gekenmerkt door de stroom van agressieve zwavelhoudende vloeistoffen afkomstig van vulkanische activiteiten. Het is aangetoond dat de microbiële gemeenschappen in zuur...

De isolatie van zware metaalresistente microben uit geothermische bronnen is een hot topic voor de ontwikkeling van bioremediatie en milieumonitoring biosystemen. Deze studie biedt een methodologische benadering voor het isoleren en identificeren van zware metaaltolerante bacteriën uit warmwaterbronnen.

Bioprospectie van extremofiele micro-organismen om milieuvervuiling aan te pakken

Geothermal springs are rich in various metal ions due to the interaction between rock and water that takes place in the deep aquifer. Moreover, due to ...

Het protocol beschrijft een gestroomlijnde aanpak voor het screenen en isoleren van zware metaalresistente microben uit geothermische bronnen. Deze aanpak vertegenwoordigt een onderzoeksgebied van groeiende interesse wereldwijd voor toepassing op het gebied van biosensing en bioremediatie. De daarin beschreven methode kan eenvoudig worden gewijzigd om microben te isoleren uit verschillende omgevingsbronnen zoals water, voedsel, bodem of sediment.De minimale remmende concentratie om resistente microben te identificeren is een snelle strategie om de nieuwe soorten of stammen te karakteriseren. Dit protocol is eenvoudig uit te voeren en vereist alleen handmatige vaardigheid en ervaring met de basis microbiologische technieken. Ent om te beginnen twee gram verzameld monster in 50 microlieten vers bereid Luria-Bertani-medium met een pH van vier of zeven.Incubeer dit monster bij de temperatuur van de bemonsteringsplaats plus of min vijf graden Celsius. Plaats 200 microliter van het monster op Luria-Bertani agar met een pH van vier of zeven en houd het gedurende 48 uur in een statische toestand bij 55 of 60 graden Celsius. Isoleer na de incubatie enkele kolonies en herhaal deze streepbeplatingscyclus minstens drie keer.Om een milliliter bevroren celvoorraad te bereiden, voegt u 20% glycerol toe aan 's nachts gekweekte cellen. Gebruik een mengsel van aceton en droogijs voor snel invriezen. Om een entmateriaal uit een glycerolvoorraad te bereiden, ent u 50 microliter in 50 milliliter Luria-Bertani.Om een groeiprofiel te verkrijgen, verdunt u deze voorcultuur in 10 microliter Luria-Bertani. Om de optische dichtheid aan te passen aan 0,1 voegt u 600 nanometer toe. Laat deze cellen 16 uur groeien bij 55 of 60 graden Celsius in de orbitale shaker.Meet de optische dichtheid op 600 nanometer met intervallen van 30 minuten. Curve van deze gegevens met tijd op de X-as en optische dichtheid op 600 nanometer op de Y-as. Plot vergelijkbare groeicurven met variërende pH van het kweekmedium, om de optimale pH voor laboratoriumomstandigheden te bepalen, ent het isolaat gestreept uit de glycerolvoorraad in 50 microliter Luria-Bertani-medium en incubeer 's nachts.Centrifugeer deze 's nachts gekweekte cultuur gedurende 10 minuten op 5.000 keer G en gooi het supernatant weg en oogst het kweekpalet. Bereid 10 milliliter bacterielysisbuffer bestaande uit 20 millimolar Tris-HCL, twee millimolar EDTA, 1,2% Triton X-100 en 20 milligram per milliliter lysosoom onmiddellijk voor gebruik. Suspensie van de pellet opnieuw in 180 microliter bacterielysebuffer.Genomische DNA-extractie zoals geïnstrueerd in de zuiveringskit en meet genomisch DNA en de zuiverheid ervan door UV-Vis. Om de zuiverheid te beoordelen, bepaalt u de optische dichtheidsverhoudingen van 260 tot 280 en 260 tot 230. Beoordeel de integriteit van het genomische DNA door 200 nanogram van elk monster op een 0,8% agarosegel te laden en de grootteverdeling te vergelijken met een lengte, gewicht moleculaire marker.Kweek het isolaat uit glycerolvoorraad in 200 milliliter Luria-Bertani optimale pH- en temperatuuromstandigheden. Verdun elke voorcultuur in vijf milliliter Luria-Bertani-medium in 50 milliliter polypropyleenbuizen met toenemende concentraties zware metalen en antibiotica om een optische dichtheid van 0,1 bij 600 nanometer te verkrijgen. Laat de cellen 16 uur groeien op een orbitale shaker met 180 omwentelingen per minuut bij 55 of 60 graden Celsius.Bereken de minimale remmende concentratie voor antibiotica of zware metalen door de concentratiewaarden te identificeren in de buizen waar geen microbiële groei optreedt. Controleer of de concentratie remmend en niet dodelijk is voor de cellen door 200 microliter van de gekweekte cultuur in minimale remmende concentraties op Luria-Bertani-agarplaten te platen en de aanwezigheid van kolonies na nachtelijke incubatie te verifiëren. Dit protocol werd gebruikt om bacteriële monsters uit het Piscarelli-gebied te testen, een zure zwavelhoudende geothermische omgeving Fenotypische karakterisering van de geïsoleerde micro-organismen toonde aan dat isolaat een hogere tolerantie heeft voor arsenaat en vanadaat en resistent is tegen cadmium.Vergelijkende gegevens suggereren dat isolaat één een sterke weerstand heeft tegen pentavalent arseen, terwijl isolaat twee resistentie heeft tegen driewaardig arseen. Antibioticaresistentietests toonden aan dat isolaat zeer gevoelig is voor alle geteste antibiotica, zelfs wanneer lage concentraties werden gebruikt. Daarentegen is isolaat twee resistent tegen alle geteste antibiotica, behalve chlooramfenicol en tetracycline.Het micro-organisme heeft waarschijnlijk antibioticaresistentie verworven als gevolg van willekeurige mutaties of horizontale genoverdracht die een selectief voordeel vertegenwoordigen in extreme omgevingsomstandigheden. Deze studie toont het nut aan van dergelijke methoden om milieu-micro-organismen te selecteren die de verontreinigende stoffen kunnen inactiveren en omzetten in onschadelijke producten.

bioprospecting-extremophilic-microorganisms-to-address-environmental

Research

JoVE Journal

Environment

Milieu

Microbiële eukaryoten zijn zowel een bron van fotosynthetisch afgeleide koolstof en top roofzuchtige soort in permanent met ijs bedekte Antarctische meren. Dit rapport beschrijft een verrijking cultuur benadering van het metabool veelzijdige microbiële eukaryoten isoleren van de Antarctische meer, Lake Bonney, en beoordeelt anorganische koolstof fixatie mogelijkheden met behulp van een radio-isotoop test voor ribulose-1 ,5-bisphophate carboxylase oxygenase (RuBisCO) activiteit.

Oprichting van Microbiële Eukaryote Enrichment Culturen van een chemisch Stratified Antarctic Lake en Beoordeling van Carbon Fixatie Potentiële

Source: Villela, H. D. M., et al. Prospecting Microbial Strains for Bioremediation and Probiotics Development for Metaorganism Research and Preservation. J. Vis. Exp. (2019).This video demonstrates the isolation of pollutant-degrading marine bacteria through serial dilution, colony selection, and growth in EE2-containing medium. By using EE2 as the sole carbon source, the protocol identifies bacterial strains capable of metabolizing this environmental pollutant.

Screening Marine Bacteria for the Isolation of Pollutant-Degrading Strains

Source: Villela, H. D. M., et al. Prospecting Microbial Strains for Bioremediation and Probiotics Development for Metaorganism Research and Preservation. J. Vis. Exp. (2019)This video demonstrates the selective isolation of oil-degrading marine bacteria by enriching seawater samples on oil-based media, enabling the recovery of pure strains with potential applications in crude oil bioremediation and environmental cleanup.

Selective Enrichment and Isolation of Oil-Degrading Marine Bacteria from Seawater Samples

On-site microbiële verrijking of in situ -teelttechnieken kunnen het vergemakkelijken van het isolement van de microbiële taxa moeilijk-aan-cultuur, vooral uit laag-biomassa of geochemically extreme omgevingen. Hier beschrijven we een elektrochemische opstelling zonder gebruik te maken van een externe krachtbron te verrijken van microbiële stammen die kunnen extracellulaire elektronentransport (EET).

Zichzelf staande elektrochemische Set-up te verrijken Anode-respiring bacteriën ter plaatse

Dit protocol beschrijft microbiële experimenten onder verhoogde druk om in situ biomining processen te bestuderen. De experimentele aanpak maakt gebruik van een schommelende hogedruk reactor uitgerust met een goud-Titanium reactiecel met een microbiële cultuur in een zuur, ijzerrijk medium.

Met behulp van flexibele goud-Titanium reactie cellen om druk afhankelijke microbiële activiteit te simuleren in de context van suboppervlakte Biomining

Vervuiling beïnvloedt alle biomes. Mariene omgevingen zijn vooral getroffen, vooral koraalriffen, een van de meest gevoelige ecosystemen op aarde. Bioremediation is de capaciteit van organismen om verontreinigingen te degraderen. Hier beschrijven we methodologieën te isoleren en te testen microben presenteren bioremediatie vermogen en potentiële probiotische kenmerken voor koralen.

Prospectie van microbiële stammen voor bioremediatie en probiotica ontwikkeling voor Metaorganisme onderzoek en conservering

We presenteren het proces van het isoleren, verspreiden en karakteriseren van koolwaterstofafbrekende bacteriën uit aquatische habitats. Het protocol schetst bacteriële isolatie, identificatie door de 16S-rRNA-methode en het testen van hun koolwaterstofafbrekend potentieel. Dit artikel zou onderzoekers helpen bij het karakteriseren van microbiële biodiversiteit in milieumonsters, en specifiek screenen op microben met bioremediatiepotentieel.

Isolatie, vermeerdering en identificatie van bacteriële soorten met koolwaterstof metaboliserende eigenschappen uit aquatische habitats

De focus van dit artikel ligt op het beschrijven van best practices voor het maken van media voor veeleisende anaërobe micro-organismen die uit een omgeving zijn verkregen. Deze methoden helpen bij het beheren van anaërobe culturen en kunnen worden toegepast om de groei van ongrijpbare niet-gekweekte micro-organismen, de 'microbiële donkere materie', te ondersteunen.

Een set van in situ geïnformeerde gesimuleerde mediumformaten voor het kweken van milieuvriendelijke anaërobe micro-organismen

Hier presenteren we een experimenteel evolutieprotocol voor aanpassing bij thermofielen met behulp van goedkope, energiezuinige bench-top thermomixers als incubatoren. De techniek wordt gedemonstreerd door de karakterisering van temperatuuraanpassing in Sulfolobus acidocaldarius, een archaeon met een optimale groeitemperatuur van 75 °C.

Aanpassing aan de uitersten van het leven: experimentele evolutie met de extremofiele Archaeon Sulfolobus acidocaldarius

De iChip-techniek maakt gebruik van een goedkoop en eenvoudig in-situ isolatieapparaat dat de snelheid van de ontdekking van nieuwe micro-organismen uit de bodem verhoogt. Nieuwe micro-organismen kunnen worden gebruikt voor verder onderzoek met betrekking tot onder meer het bodemmicrobioom of de ontdekking van natuurlijke producten.

Isolatie van bodemmicro-organismen met behulp van iChip-technologie

Hier beschrijven we methoden voor bemonstering uit de eufotische zones van mariene en zoetwaterecosystemen om cyanofagen (en hun gastheren) te isoleren en post-bemonsteringsprocessen die afzonderlijke genotypen verrijken en de dynamiek van virus-gastheerinteractie karakteriseren.

Milieubemonstering van fotosynthetische microben en hun virussen: van veld tot laboratorium

Ontdek een gestroomlijnde methode voor het isoleren van zwaremetaalresistente microben uit geothermische bronnen. Dit protocol ondersteunt bioremediatie en milieumonitoring met basis microbiologische technieken.

Bioprospectie van extremofiele micro-organismen om milieuvervuiling aan te pakken

Meer video's verkennen