Een monstervoorbereiding voor het vangen van eiwitten voor traanproteomics door middel van vloeistofchromatografie-tandem massaspectrometrie
December 1st, 2023
Dit protocol beschrijft een methode voor het verzamelen van traanmonsters met behulp van Schirmer-strips en een geïntegreerde kwantitatieve workflow voor het ontdekken van niet-invasieve traaneiwitbiomarkers. De workflow voor de voorbereiding van het suspensievangmonster maakt een snelle en robuuste traanmonstervoorbereiding en massaspectrometrische analyse mogelijk, wat resulteert in hogere peptideterugwinningsopbrengsten en eiwitidentificatie dan standaard procedures in de oplossing.
Ons onderzoek heeft tot doel het gebruik aan te tonen van een monstervoorbereiding voor het vangen van eiwitten, bekend als S-trap, voor onderzoek op basis van massaspectrometrie. Dit protocol maakt gebruik van een snelle, reproduceerbare en gestandaardiseerde monstervoorbereiding van menselijk traanvloeistofmonster dat is verzameld met behulp van translationeel onderzoek in de oogheelkunde. Menselijk traanvocht is een lichaamsvloeistof die kan worden verzameld voor niet-invasieve moleculaire tests in de oogheelkunde.
Er zijn veel gestandaardiseerde methoden voor het verzamelen van traanvocht en het voorbereiden van monsters, die van cruciaal belang zijn voor succesvol klinisch onderzoek naar ziekten en aandoeningen. Niet-gestandaardiseerde methoden zijn moeilijk te vergelijken en te interpreteren tussen methodologieën en beïnvloeden daarom de chemische resultaten. Dit protocol maakt het mogelijk om traanvloeistoffen te bemonsteren en op te slaan bij kamertemperatuur.
Dit helpt bij het gemakkelijker verzamelen en verzenden van monsters. Het biedt snelle en robuuste peptide-extracties voor massaspectrometeranalyse, wat het herstel en de identificatie van peptiden verbetert. Dit protocol heeft minimale monstervoorbereidingsstappen om fouten en onzekerheden te minimaliseren.
De snelle en superieure prestaties van eiwitidentificatie en -kwantificering door middel van massaspectrometrie zullen clinici en onderzoekers helpen bij de ontwikkeling van niet-invasieve moleculaire tests. Het optimaliseren van de monstervoorbereiding zal altijd een van de kritieke stappen zijn. Ongeacht de detectiemethode moet de klinische waarde van menselijk traanvocht nog volledig worden onderzocht.
Het voorstel voor de bereidingsmethode van het monster zou hopelijk de deur openen voor mogelijke klinische toepassing in de nabije toekomst.
Overzicht
Dit protocol beschrijft een methode voor het verzamelen van menselijke traanmonsters met behulp van Schirmer strips en een gestandaardiseerde workflow voor het identificeren van niet-invasieve traaneiwit biomarkers. De suspensie-opvang monstervoorbereiding verbetert de peptide herstel en eiwit identificatie door middel van massaspectrometrie.
Belangrijkste studiecomponenten
Wetenschapsgebied
- Oftalmologie
- Massaspectrometrie
- Biomarkerontdekking
Achtergrond
- Menselijke traanvloeistof is een waardevolle biovloeistof voor niet-invasieve moleculaire tests.
- Er ontbreken gestandaardiseerde methoden voor het verzamelen en voorbereiden van traanvloeistof.
- Niet-gestandaardiseerde methoden belemmeren de vergelijkbaarheid van klinisch onderzoek.
- Dit protocol maakt kamertemperatuuropslag van traanmonsters mogelijk.
Doel van het onderzoek
- Om een betrouwbare methode voor het verzamelen en analyseren van traanvloeistof te vestigen.
- Om peptide extractie en eiwit identificatie in massaspectrometrie te verbeteren.
- Om de ontwikkeling van niet-invasieve moleculaire tests in klinische omgevingen te vergemakkelijken.
Gebruikte methoden
- Verzameling van traanmonsters met behulp van Schirmer strips.
- Voorbereiding van monsters met behulp van suspensie-opvang (S-Trap) methodologie.
- Massaspectrometrische analyse voor eiwit identificatie.
- Gestandaardiseerde protocollen om fouten en onzekerheden te minimaliseren.
Belangrijkste resultaten
- In totaal werden 1.183 eiwitten geïdentificeerd met behulp van de S-Trap methode.
- 874 eiwitten werden geïdentificeerd met behulp van standaard in-solution procedures.
- Gene ontologie analyse toonde vergelijkbare proteomische functies tussen methoden.
- Verbeterde peptide herstel en identificatie werden bereikt met het nieuwe protocol.
Conclusies
- De S-Trap methode biedt een robuuste aanpak voor traanmonster analyse.
- Standaardisatie in traanvloeistof verzameling kan klinische resultaten verbeteren.
- Dit protocol kan leiden tot nieuwe toepassingen in de oftalmologie.
