Name: Analyse van DNA-eiwitinteracties met op streptavidine gebaseerde biolaaginterferometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-17T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: Leer DNA-eiwitinteracties analyseren met biolaaginterferometrie voor bindingskinetiekonderzoek. Deze methode toont de affiniteit van replication protein A voor enkelstrengs DNA in real-time.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Kwantitatieve analyse van RPA-ssDNA-bindingskinetiek met behulp van labelvrije methoden

```html
<table><tbody><tr><td>0,5 mL Micro Centrifuge Tubes</td><td>Globe Scientific</td><td>111554A</td><td></td></tr><tr><td>96 Well Standard Black Microplate</td><td>Dot Scientific</td><td>4ti-0223</td><td></td></tr><tr><td>Biotinyleren poly dT Oligonucleotide</td><td>IDT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Bovine Serum Albumine (BSA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2153-10G</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothreitol (DTT)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSD11000-10</td><td></td></tr><tr><td>Ethyleendiaminetetraazijnzuur (EDTA)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSE57020-500</td><td></td></tr><tr><td>Zoutzuur</td><td>Fisher Scientific</td><td>A144-500</td><td></td></tr><tr><td>Kimtec Science Kimwipes</td><td>Kimtech</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Octet N1 Software</td><td>Sartorius</td><td>1.4.0.13</td><td></td></tr><tr><td>Octet SA Biosensor</td><td>Sartorius</td><td>18-5019</td><td></td></tr><tr><td>PBS pH 7,2 (10x)</td><td>Gibco</td><td>1666711</td><td></td></tr><tr><td>Personal Assay Octet N1 System</td><td>Sartorius</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fosforzuur</td><td>Ward's Science</td><td>470302-024</td><td></td></tr><tr><td>Natriumchloride (NaCl)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSS23020-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tris Base</td><td>Dot Scientific</td><td>DST60040-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tween20</td><td>Bio-Rad</td><td>170-6531</td><td></td></tr></tbody></table>
```

analyse van dna-eiwitinteracties met op streptavidine gebaseerde biolaaginterferometrie

Analyzing DNA-Protein Interactions with Streptavidin-Based Biolayer Interferometry

Analyse van DNA-eiwitinteracties met op streptavidine gebaseerde biolaaginterferometrie

Protein-DNA interactions underpin essential cellular processes. Understanding these interactions is critical for elucidating the molecular mechanisms of ...

analyzing-dna-protein-interactions-with-streptavidin-based-biolayer

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

In this video, we demonstrate biolayer interferometry (BLI) technology to detect the intermolecular interactions between ligands and target analytes in real-time. BLI measures changes in the interference pattern of white light reflected off a layer of immobilized ligands on a biosensor surface as they interact with analytes in solution.

Biolayer Interferometry Technology to Detect Interactions between Ligand and Analyte

De protocollen beschrijven hier kinetische analyses van eiwit-eiwit interacties met Bio-layer interferometrie. F type ATP synthase, dat betrokken is bij de cellulaire energiemetabolisme, kan worden geremd door de ε subeenheid in bacteriën. We hebben Bio-layer interferometrie aangepast aan interacties van de katalytische complex studeren met remmende C-terminale domein ε's.

Bio-layer interferometrie voor het meten van kinetiek van eiwit-eiwit interacties en Allosteric Ligand Effects

Hier beschrijven we de instrumenten en werkwijzen voor het detecteren enkele fluorescentie-gemerkt eiwitmoleculen interactie met een enkel DNA-molecuul opgehangen tussen twee optisch gevangen microsferen.

De combinatie van Single-molecule Manipulatie en Imaging voor de Studie van eiwit-DNA interacties

Hier presenteren we een protocol voor het controleren van de montage en demontage van de toxine van de bloedzweer met behulp van biolayer interferometrie (BLI). Na montage/demontage op de biosensor oppervlak, de grote eiwitcomplexen worden vrijgegeven uit het oppervlak voor visualisatie en identificatie van onderdelen van de complexen met behulp van elektronenmicroscopie en massaspectrometrie, respectievelijk.

Analyseren van de dynamische eiwitcomplexen op gemonteerd en vrijgelaten uit Biolayer interferometrie Biosensor met behulp van spectrometrie van de massa en elektronenmicroscopie

Interacties van transcriptiefactoren (TFs) met de RNA-polymerase worden meestal bestudeerd met behulp van keuze assays. We passen een Biolayer interferometrie (BLI) technologie toe om de interactie van GrgA met de chlamydiale RNA-polymerase te karakteriseren. Vergeleken met keuze assays, bli detecteert real-time associatie en dissociatie, biedt een hogere gevoeligheid, en is zeer kwantitatief.

Toepassing van Biolayer interferometrie (BLI) voor het bestuderen van eiwit-eiwit interacties in transcriptie

Conformationele flexibiliteit speelt een cruciale rol in de eiwit-functie. Hierin beschrijven we het gebruik van tijdsopgeloste electrospray ionisatie massaspectrometrie gekoppeld met waterstof deuterium ruil voor het sonderen van de snelle structurele veranderingen die functie rijden besteld en ontvouwen eiwitten.

Tijdsgeresolveerde elektrosprayionisatie waterstof-deuterium Exchange Massaspectrometrie voor het bestuderen van Protein Structure en Dynamics

Dit protocol beschrijft de scheiding van functionele mitochondriale elektronen transportketen complexen (Cx) IV en supercomplexen daarvan door gebruik te maken van natieve elektroforese om informatie over hun montage en structuur te onthullen. De inheemse gel kan onderworpen worden aan immunoblotting, in-gel assays, en zuivering door elektroelutie om individuele complexen verder te karakteriseren.

Analyse van supercomplexen van de Mitochondrial Electron Transport Chain met Native Electrophoresis, In-gel Assays, en Electroelution

Presenteren we een protocol voor snelle karakterisering van biomoleculaire vouwen en inbinden interacties met thermolabile liganden met behulp van differentiële scanning calorimetrie.

Biomoleculaire DSC profielen met Thermolabile liganden te karakteriseren snel vouwen en inbinden van interacties te meten

Het protocol hier beschrijft de interacties van gezuiverde hEAG1 ion kanaal eiwit met de kleine molecuul lipide ligand phosphatidylinositol 4, 5-difosfaat (PIP2). De meting toont aan dat BLI zou een mogelijke methode voor nieuwe kleine-molecuul ion kanaal ligand screening.

Vastleggen van de kinetiek van de interactie van een ionkanaal eiwit met kleine moleculen door de Bio-laag interferometrie Assay

Plaats-geleide mutagenese is een techniek die wordt gebruikt om specifieke mutaties in deoxyribonucleic acid (DNA). Dit protocol beschrijft hoe het te doen plaats-geleide mutagenese met een 2-step en 3-staps polymerase-kettingreactie (PCR) gebaseerde benadering, die is van toepassing op elk fragment van DNA van belang.

Plaats-geleide mutagenese voor In Vitro en In Vivo experimenten wordt geïllustreerd met RNA interacties in Escherichia Coli

Leer DNA-eiwitinteracties analyseren met biolaaginterferometrie voor bindingskinetiekonderzoek. Deze methode toont de affiniteit van replication protein A voor enkelstrengs DNA in real-time.

Analyse van DNA-eiwitinteracties met op streptavidine gebaseerde biolaaginterferometrie

Meer video's verkennen