Name: IntelliSleepScorer, een softwarepakket met een grafische gebruikersinterface voor muizen Geautomatiseerde Sleep Stage Scoring (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-08T13:20:00.000+00:00
Duration: 4 min 54 s
Description: Ontdek IntelliSleepScorer, een gebruiksvriendelijke software met grafische interface voor geautomatiseerde slaapfasescoring bij muizen. Dit programma behaalt 95,2% nauwkeurigheid en biedt handmatige correctiemogelijkheden.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>Geautomatiseerde tool voor het scoren van slaapfasen voor knaagdieren met behulp van LightGBM

<ol><li>Wang, L. A., Kern, R., Yu, E., Choi, S., Pan, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intellisleepscorer%2C+a+software+package+with+a+graphic+user+interface+for+automated+sleep+stage+scoring+in+mice+based+on+a+light+gradient+boosting+machine+algorithm%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Intellisleepscorer, a software package with a graphic user interface for automated sleep stage scoring in mice based on a light gradient boosting machine algorithm.</a> Sci Rep. 13 (1), 4275(2023).</li>
<li>Astori, S., Wimmer, R. D., Luthi, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Manipulating+sleep+spindles--expanding+views+on+sleep%2C+memory%2C+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Manipulating sleep spindles--expanding views on sleep, memory, and disease.</a> Trends Neurosci. 36 (12), 738-748 (2013).</li>
<li>Fraigne, J. J., Torontali, Z. A., Snow, M. B., Peever, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rem+sleep+at+its+core-circuits%2C+neurotransmitters%2C+and+pathophysiology%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Neurol%22%5BJournal%5D)">Rem sleep at its core-circuits, neurotransmitters, and pathophysiology.</a> Front Neurol. 6, 123(2015).</li>
<li>Huber, R., Deboer, T., Tobler, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+sleep+deprivation+on+sleep+and+sleep+eeg+in+three+mouse+strains%3A+Empirical+data+and+simulations%5BTitle%5D)+AND+%22Brain+Res%22%5BJournal%5D)">Effects of sleep deprivation on sleep and sleep eeg in three mouse strains: Empirical data and simulations.</a> Brain Res. 857 (1-2), 8-19 (2000).</li>
<li>Brown, R. E., Basheer, R., Mckenna, J. T., Strecker, R. E., Mccarley, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+sleep+and+wakefulness%5BTitle%5D)+AND+%22Physiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Control of sleep and wakefulness.</a> Physiol Rev. 92 (3), 1087-1187 (2012).</li>
<li>Lacroix, M. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+sleep+scoring+in+mice+reveals+human-like+stages%5BTitle%5D)+AND+%22BioRxiv%22%5BJournal%5D)">Improved sleep scoring in mice reveals human-like stages.</a> BioRxiv. 489005, (2018).</li>
<li>Rayan, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sleep+scoring+in+rodents%3A+Criteria%2C+automatic+approaches+and+outstanding+issues%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+J+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Sleep scoring in rodents: Criteria, automatic approaches and outstanding issues.</a> Eur J Neurosci. 59 (4), 526-553 (2024).</li>
<li>Yamabe, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mc-sleepnet%3A+Large-scale+sleep+stage+scoring+in+mice+by+deep+neural+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Mc-sleepnet: Large-scale sleep stage scoring in mice by deep neural networks.</a> Sci Rep. 9 (1), 15793(2019).</li>
<li>Katsuki, F., Spratt, T. J., Brown, R. E., Basheer, R., Uygun, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sleep-deep-learner+is+taught+sleep-wake+scoring+by+the+end-user+to+complete+each+record+in+their+style%5BTitle%5D)+AND+%22Sleep+Adv%22%5BJournal%5D)">Sleep-deep-learner is taught sleep-wake scoring by the end-user to complete each record in their style.</a> Sleep Adv. 5 (1), zpae022(2024).</li>
<li>Allocca, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Validation+of+%27somnivore%27%2C+a+machine+learning+algorithm+for+automated+scoring+and+analysis+of+polysomnography+data%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Neurosci%22%5BJournal%5D)">Validation of 'somnivore', a machine learning algorithm for automated scoring and analysis of polysomnography data.</a> Front Neurosci. 13, 207(2019).</li>
<li>Jha, P. K., Valekunja, U. K., Reddy, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slumbernet%3A+Deep+learning+classification+of+sleep+stages+using+residual+neural+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Slumbernet: Deep learning classification of sleep stages using residual neural networks.</a> Sci Rep. 14 (1), 4797(2024).</li>
<li>Barger, Z., Frye, C. G., Liu, D., Dan, Y., Bouchard, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Robust%2C+automated+sleep+scoring+by+a+compact+neural+network+with+distributional+shift+correction%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Robust, automated sleep scoring by a compact neural network with distributional shift correction.</a> PLoS One. 14 (12), e0224642(2019).</li>
<li>Miladinovic, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spindle%3A+End-to-end+learning+from+eeg%2Femg+to+extrapolate+animal+sleep+scoring+across+experimental+settings%2C+labs+and+species%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Spindle: End-to-end learning from eeg/emg to extrapolate animal sleep scoring across experimental settings, labs and species.</a> PLoS Comput Biol. 15 (4), e1006968(2019).</li>
<li>Brodersen, P. J. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Somnotate%3A+A+probabilistic+sleep+stage+classifier+for+studying+vigilance+state+transitions%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Somnotate: A probabilistic sleep stage classifier for studying vigilance state transitions.</a> PLoS Comput Biol. 20 (1), e1011793(2024).</li>
<li>Akada, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+deep+learning+algorithm+for+sleep+stage+scoring+in+mice+based+on+a+multimodal+network+with+fine-tuning+technique%5BTitle%5D)+AND+%22Neurosci+Res%22%5BJournal%5D)">A deep learning algorithm for sleep stage scoring in mice based on a multimodal network with fine-tuning technique.</a> Neurosci Res. 173, 99-105 (2021).</li>
<li>Rytkonen, K. M., Zitting, J., Porkka-Heiskanen, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+sleep+scoring+in+rats+and+mice+using+the+naive+Bayes+classifier%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci+Methods%22%5BJournal%5D)">Automated sleep scoring in rats and mice using the naive Bayes classifier.</a> J Neurosci Methods. 202 (1), 60-64 (2011).</li>
<li>Kam, K., Rapoport, D. M., Parekh, A., Ayappa, I., Varga, A. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wavesleepnet%3A+An+interpretable+deep+convolutional+neural+network+for+the+continuous+classification+of+mouse+sleep+and+wake%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci+Methods%22%5BJournal%5D)">Wavesleepnet: An interpretable deep convolutional neural network for the continuous classification of mouse sleep and wake.</a> J Neurosci Methods. 360, 109224(2021).</li>
<li>Crisler, S., Morrissey, M. J., Anch, A. M., Barnett, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sleep-stage+scoring+in+the+rat+using+a+support+vector+machine%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci+Methods%22%5BJournal%5D)">Sleep-stage scoring in the rat using a support vector machine.</a> J Neurosci Methods. 168 (2), 524-534 (2008).</li>
<li>Ke, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Lightgbm%3A+A+highly+efficient+gradient+boosting+decision+tree%5BTitle%5D)+AND+%22Neural+Information+Processing+Systems%22%5BJournal%5D)">Lightgbm: A highly efficient gradient boosting decision tree.</a> Neural Information Processing Systems. , (2017).</li>
<li>A unified approach to interpreting model predictions. Lundberg, S. M., Lee, S. I. In Proceedings of the 31st International Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS'17), , Curran Associates Inc. Red Hook, NY. 4768-4777 (2017).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Canonical Unbuntu 18.04</td><td>Canonical</td><td>https://releases.ubuntu.com/18.04/</td><td>Ondersteunend besturingssysteem voor de software IntelliSleep Scorer: Windows, Mac of Linux</td></tr><tr><td>Intel Core i7-8550U CPU @ 1.80 GHz 1.99 GHz; RAM: 24 GB&nbsp;</td><td>Intel Corp</td><td>https://www.intel.com/content/www/us/en/products/details/processors/core-ultra.html</td><td>Hardware vereiste voor de software: Beide Inte Core die hier zijn vermeld, zijn gebruikt om de gegevens te verwerken. Het duurt ongeveer 10 minuten om 12 uur opname te verwerken die met 1000 Hz is bemonsterd voor beide hardwares. Elk vergelijkbaar of superieur hardware zou vergelijkbare of betere prestaties opleveren.&nbsp;&nbsp;</td></tr><tr><td>Intel Core i7-10610U CPU @1.80 GHz 2.30 GHz; RAM: 16 GB</td><td>Intel Corp</td><td>https://www.intel.com/content/www/us/en/products/details/processors/core-ultra.html</td><td>Hardware vereiste voor de software: Beide Inte Core die hier zijn vermeld, zijn gebruikt om de gegevens te verwerken. Het duurt ongeveer 10 minuten om 12 uur opname te verwerken die met 1000 Hz is bemonsterd voor beide hardwares. Elk vergelijkbaar of superieur hardware zou vergelijkbare of betere prestaties opleveren.&nbsp;&nbsp;</td></tr><tr><td>LightGBM</td><td>Microsoft</td><td>https://lightgbm.readthedocs.io/en/latest/index.html</td><td>Machine learning-gebaseerd algoritme dat werd gebruikt om de software te trainen.&nbsp;</td></tr><tr><td>MacBook Pro</td><td>Apple</td><td>https://www.apple.com/in/macbook-pro/</td><td>Ondersteunend besturingssysteem voor de software IntelliSleep Scorer: Windows, Mac of Linux</td></tr><tr><td>Windows</td><td>Microsoft</td><td>https://www.microsoft.com/en-in/windows/?r=1</td><td>Ondersteunend besturingssysteem voor de software IntelliSleep Scorer: Windows, Mac of Linux</td></tr></tbody></table>

intellisleepscorer, een softwarepakket met een grafische gebruikersinterface voor muizen geautomatiseerde sleep stage scoring

IntelliSleepScorer, a Software Package with a Graphic User Interface for Mice Automated Sleep Stage Scoring

IntelliSleepScorer, een softwarepakket met een grafische gebruikersinterface voor muizen Geautomatiseerde Sleep Stage Scoring

Sleep stage scoring in rodents is the process of identifying the three stages: nonrapid eye movement sleep (NREM), rapid eye movement sleep (REM), and ...

intellisleepscorer-software-package-with-graphic-user-interface-for

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Neurowetenschap

This video demonstrates a protocol for implanting an electroencephalogram (EEG) and electromyogram (EMG) electrode assembly in an anesthetized mouse. The process involves securing the mouse on a stereotaxic frame, making a midline incision in the skull, drilling holes for the electrodes, and fixing the electrode unit for signal recording. After recovery, the mouse's sleep-wake behavior is analyzed using the recorded signals.

Analyzing Sleep Behavior in Mice through Electroencephalogram and Electromyogram Recordings

Volledig geautomatiseerd systeem voor het meten fysiologisch zinvolle eigenschappen van de mechanismen bemiddelende ruimtelijk lokaliseren, temporele lokalisatie, duur, snelheid en waarschijnlijkheid schatting risicobeoordeling, impulsiviteit, en de nauwkeurigheid en precisie van het geheugen, om de effecten van genetische en farmacologische manipulaties op beoordelen fundamentele mechanismen van cognitie bij muizen.

Geautomatiseerde, Kwantitatieve Cognitieve / Behavioral Screening van Muizen: Voor Genetica, Farmacologie, Animal Cognition and Undergraduate Instructie

De registratie van elektro-encefalogram (EEG) en elektromyogram (EMG) bij muizen die zich vrij kunnen bewegen, is een cruciale stap om gedrag en fysiologie te correleren met slaap en waakzaamheid. Het experimentele protocol dat hier wordt beschreven, biedt een kabelgebaseerd systeem voor het verkrijgen van EEG- en EMG-opnamen bij muizen.

Huisstijlen Opname Procedure voor het meten van de Slaap in Muizen

Hier presenteren we experimentele en analytische procedures om de temporale dynamiek van de neurale en hartvariabelen van niet-REM slaap in muizen te beschrijven, die de respons op slaapresponsen voor akoestische stimuli moduleren.

Quantum Infra-slow Dynamics of Spectral Power en Heart Rate in slaapmuizen

Beschrijven we een hoge-doorvoer-methode voor het meten van de slaap door middel van activiteiten gebaseerde home-kooi bewaking. Deze methode biedt voordelen ten opzichte van traditionele EEG gebaseerde methoden. Het kan is goed gevalideerd voor de bepaling van de totale slaap duur en een krachtig hulpmiddel voor de monitoring van de slaap in knaagdier modellen van ziekten bij de mens.

Noninvasive, High-throughput bepaling van de duur van de slaap in knaagdieren

Wijzigingen in de kynurenine traject (KP) neuroactive metabolieten zijn betrokken bij de psychiatrische ziekten. Onderzoek naar de functionele uitkomsten van een gewijzigde kynurenine traject metabolisme in vivo bij knaagdieren kan helpen nieuwe therapeutische benaderingen toelichten. Het huidige protocol combineert biochemische en gedragsmatige benaderingen voor het onderzoek naar de gevolgen van een acute kynurenine uitdaging bij ratten.

Een High-performance Liquid Chromatography-meting van Kynurenine en Kynurenic zuur: Biochemie voor cognitie en slaap in ratten

Hier presenteren we een protocol ter verbetering van de kwaliteit van de gegevens uit huis slaap testen door middel van een methode ter verbetering van de instructies door middel van een gestructureerde deelnemer bezoek. Dit protocol omvat de uitvoering van een stapsgewijze educatieve handleiding met foto's om de juiste plaatsing van de apparatuur.

Multimodale huis-slaap bewaking bij oudere volwassenen

Dit protocol biedt een open source, gecompileerd MATLAB-programma dat multitaper-spectrogrammen genereert voor elektroencephalografische gegevens.

Computergebaseerd Multitaper Spectrogram programma voor Elektroencephalografische gegevens

Hier presenteren we een protocol dat de relatie tussen cognitieve symptomen en slaapkwaliteit onderzoekt bij patiënten met een depressieve stoornis. De THINC-geïntegreerde tool en polysomnografie werden gebruikt om cognitieve symptomen en slaapkwaliteit te evalueren.

Verband tussen slaapkwaliteit en cognitieve symptomen bij patiënten met een depressieve stoornis

Beschrijven we een protocol voor de snelle en gevoelige kwantificering van de ernst van de ziekte in muismodellen van cerebellaire ataxie. De maatregelen omvatten achterste ledematen clasping, richel te testen, manier van lopen en kyphose. Dit protocol discrimineert effectief tussen de getroffen en niet-getroffen individuen, en detecteert de progressie van de getroffen personen in de tijd.

A Simple Composite Fenotype Scoring System voor het evalueren van muismodellen van cerebellaire ataxie

Ontdek IntelliSleepScorer, een gebruiksvriendelijke software met grafische interface voor geautomatiseerde slaapfasescoring bij muizen. Dit programma behaalt 95,2% nauwkeurigheid en biedt handmatige correctiemogelijkheden.

IntelliSleepScorer, een softwarepakket met een grafische gebruikersinterface voor muizen Geautomatiseerde Sleep Stage Scoring

Meer video's verkennen