Name: Onderzoek naar bacterie-schimmelinteracties met behulp van schimmelsnelwegkolommen in diverse omgevingen en substraten (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-24T12:40:00.000+00:00
Duration: 5 min 22 s
Description: Leer bacterie-schimmelinteracties onderzoeken met schimmelsnelwegkolommen in diverse omgevingen. Deze methode verrijkt bacterie-schimmelparen voor milieumicrobiologisch onderzoek.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Or, D., Smets, B. F., Wraith, J. M., Dechesne, A., Friedman, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physical+constraints+affecting+bacterial+habitats+and+activity+in+unsaturated+porous+media+-+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Water+Resour%22%5BJournal%5D)">Physical constraints affecting bacterial habitats and activity in unsaturated porous media - A review.</a> Adv Water Resour. 30 (6), 1505-1527 (2007).</li>
<li>Kohlmeier, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Taking+the+fungal+highway%3A+Mobilization+of+pollutant-degrading+bacteria+by+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Taking the fungal highway: Mobilization of pollutant-degrading bacteria by fungi.</a> Environ Sci Technol. 39 (12), 4640-4646 (2005).</li>
<li>Simon, A., Hervé, V., Al-Dourobi, A., Verrecchia, E., Junier, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+in+situ+inventory+of+fungi+and+their+associated+migrating+bacteria+in+forest+soils+using+fungal+highway+columns%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Ecol%22%5BJournal%5D)">An in situ inventory of fungi and their associated migrating bacteria in forest soils using fungal highway columns.</a> FEMS Microbiol Ecol. 93 (1), 217(2017).</li>
<li>Wick, L. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+fungal+hyphae+on+the+access+of+bacteria+to+phenanthrene+in+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Effect of fungal hyphae on the access of bacteria to phenanthrene in soil.</a> Environ Sci Technol. 41 (2), 500-505 (2007).</li>
<li>Bravo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+oxalotrophic+bacteria+able+to+disperse+on+fungal+mycelium%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Isolation of oxalotrophic bacteria able to disperse on fungal mycelium.</a> FEMS Microbiol Lett. 348 (2), 157-166 (2013).</li>
<li>Furuno, S., Remer, R., Chatzinotas, A., Harms, H., Wick, L. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+mycelia+as+paths+for+the+isolation+of+contaminant-degrading+bacteria+from+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Use of mycelia as paths for the isolation of contaminant-degrading bacteria from soil.</a> Microb Biotechnol. 5 (1), 142-148 (2012).</li>
<li>Buffi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fungal+drops%3A+A+novel+approach+for+macro-+and+microscopic+analyses+of+fungal+mycelial+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Microlife%22%5BJournal%5D)">Fungal drops: A novel approach for macro- and microscopic analyses of fungal mycelial growth.</a> Microlife. 4, 042(2023).</li>
<li>Kuhn, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+construction+of+3D+printed+devices+to+investigate+active+and+passive+bacterial+dispersal+on+hydrated+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biol%22%5BJournal%5D)">Design and construction of 3D printed devices to investigate active and passive bacterial dispersal on hydrated surfaces.</a> BMC Biol. 20 (1), 203(2022).</li>
<li>Junier, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Democratization+of+fungal+highway+columns+as+a+tool+to+investigate+bacteria+associated+with+soil+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Democratization of fungal highway columns as a tool to investigate bacteria associated with soil fungi.</a> FEMS Microbiol Ecol. 97 (2), 003(2021).</li>
<li>Reasoner, D. J., Geldreich, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+medium+for+the+enumeration+and+subculture+of+bacteria+from+potable+water%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A new medium for the enumeration and subculture of bacteria from potable water.</a> Appl Environ Microbiol. 49 (1), 1-7 (1985).</li>
<li>Bolyen, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reproducible%2C+interactive%2C+scalable%2C+and+extensible+microbiome+data+science+using+QIIME+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science using QIIME 2.</a> Nat Biotechnol. 37 (8), 852-857 (2019).</li>
<li>Callahan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DADA2%3A+High-resolution+sample+inference+from+Illumina+amplicon+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data.</a> Nat Methods. 13 (7), 581-583 (2016).</li>
<li>Vázquez-Baeza, Y., Pirrung, M., Gonzalez, A., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EMPeror%3A+A+tool+for+visualizing+high-throughput+microbial+community+data%5BTitle%5D)+AND+%22Gigascience%22%5BJournal%5D)">EMPeror: A tool for visualizing high-throughput microbial community data.</a> Gigascience. 2 (1), 16(2013).</li>
<li>Li, P. -E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+the+democratization+of+the+genomics+revolution+with+a+fully+integrated+web-based+bioinformatics+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Enabling the democratization of the genomics revolution with a fully integrated web-based bioinformatics platform.</a> Nucleic Acids Res. 45 (1), 67-80 (2017).</li>
<li>Eloe-Fadrosh, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+National+Microbiome+Data+Collaborative+Data+Portal%3A+An+integrated+multi-omics+microbiome+data+resource%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The National Microbiome Data Collaborative Data Portal: An integrated multi-omics microbiome data resource.</a> Nucleic Acids Res. 50 (1), D828-D836 (2022).</li>
<li>Kans, J. Entrez Direct: E-utilities on the Unix Command Line. Entrez Programming Utilities Help. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/</a> (2024).</li>
<li>Palmara, G., Frascella, F., Roppolo, I., Chiappone, A., Chiadò, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+3D+printing%3A+Approaches+and+bioapplications%5BTitle%5D)+AND+%22Biosens+Bioelectron%22%5BJournal%5D)">Functional 3D printing: Approaches and bioapplications.</a> Biosens Bioelectron. 175, 112849(2021).</li>
<li>Guttridge, C., Shannon, A., O'Sullivan, A., O'Sullivan, K. J., O'Sullivan, L. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biocompatible+3D+printing+resins+for+medical+applications%3A+A+review+of+marketed+intended+use%2C+biocompatibility+certification%2C+and+post-processing+guidance%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+3D+Print+Med%22%5BJournal%5D)">Biocompatible 3D printing resins for medical applications: A review of marketed intended use, biocompatibility certification, and post-processing guidance.</a> Ann 3D Print Med. 5, 100044(2022).</li>
<li>Yao, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+accuracy+and+precision+of+various+types+of+photo-curing+printing+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Phys+Conf+Ser%22%5BJournal%5D)">Comparison of accuracy and precision of various types of photo-curing printing technology.</a> J Phys Conf Ser. 1549 (3), 032151(2020).</li>
<li>Basu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+bacterial+and+fungal+growth+media%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformation%22%5BJournal%5D)">Evolution of bacterial and fungal growth media.</a> Bioinformation. 11 (4), 182-184 (2015).</li>
<li>Liu, Y. -X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+amplicon+and+metagenomic+analysis+of+microbiome+data%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data.</a> Protein Cell. 12 (5), 315-330 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>50 mL tubes</td><td>Greiner BIO-ONE</td><td>5622-7261</td><td>50 mL tubes voor het uitvoeren van kolomexperimenten in het lab</td></tr><tr><td>90 mm Petri schotels</td><td>Thermo Scientific Nunc</td><td>08-757-099</td><td>Petri schotels voor het bereiden van agar en voor microbieel groei</td></tr><tr><td>Asiga Freeform Pico Plus 39 digital light processing (DLP) 3D printer</td><td>Asiga Germany</td><td>Freeform Pico Plus 39</td><td>3D printer gebruikt om batches van de kolommen te genereren; andere 3D printers kunnen worden gebruikt</td></tr><tr><td>Autoclaaf</td><td>Fisher Scientific</td><td>LS40F20</td><td>Op staand tafelblad te plaatsen autoclaaf om de kolomcomponenten te steriliseren</td></tr><tr><td>Beker</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB100600</td><td>600 mL beker voor verschillende toepassingen gedurende het protocol</td></tr><tr><td>Dental LT Clear Resin V2</td><td>Formlabs</td><td>RS-F2-DLCL-02</td><td>Alternatieve hars voor 3D-printen die werd getest</td></tr><tr><td>Dental Surgical Guide Resin</td><td>Formlabs</td><td>RS-F2-SGAM-01</td><td>Werd gebruikt om de in het manuscript besproken kolommen te genereren; Andere fotogevoelige harsen kunnen in plaats van dit materiaal worden gebruikt</td></tr><tr><td>DNA Low Bind 1.5 mL tubes</td><td>Eppendorf</td><td>13-698-791</td><td>Buisjes die worden gebruikt voor verschillende bereidingen, inclusief extracties van nucleïnezuur</td></tr><tr><td>DNA/RNA shield preservative</td><td>Zymo Research</td><td>R1100-50</td><td>Conserveermiddel dat wordt gebruikt voorafgaand aan extracties van nucleïnezuur</td></tr><tr><td>EDGE Bioinformatica</td><td>Open source; Ontwikkeld door het Los Alamos National Laboratory (LANL)</td><td>n/a</td><td>Bioinformaticaplatform voor het verwerken van amplicongegevens</td></tr><tr><td>FastDNA spin kit voor grond</td><td>MP Biomedicals LLC</td><td>116560200-CF</td><td>DNA-extractieoptie voor grond</td></tr><tr><td>Pincet</td><td>Fisher Scientific</td><td>10-300</td><td>Pincet dat gesteriliseerd kan worden</td></tr><tr><td>Formlabs BioMed Clear Resin</td><td>Formlabs</td><td>RS-F2-BMCL-01</td><td>Alternatieve hars voor 3D-printen die werd getest</td></tr><tr><td>Formlabs Form 3B+ stereolithography (SLA) 3D printer</td><td>Formlabs</td><td>Form 3B+</td><td>Alternatieve 3D printer</td></tr><tr><td>Formlabs IBT Resin</td><td>Formlabs</td><td>RS-F2-IBCL-01</td><td>Alternatieve hars voor 3D-printen die werd getest</td></tr><tr><td>Inoculating Loops</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-363-598</td><td>Wordt gebruikt om microben te isoleren/over te dragen</td></tr><tr><td>Malt Extract Agar (MEA)</td><td>Criterion</td><td>89405-654</td><td>Een mediatype dat in kolommen wordt gebruikt</td></tr><tr><td>MiSeq sequencer + MiSeq sequencing kit</td><td>Illumina</td><td>SY-410-1003</td><td>Kan andere sequencers gebruiken</td></tr><tr><td>Mortar &amp; Pestel</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB961K; FB961A</td><td>Kan elk gewoon mortel &amp; pestel gebruiken dat tussen gebruiken kan worden gesteriliseerd</td></tr><tr><td>NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit voor Illumina</td><td>New England Biolabs</td><td>E7805S</td><td>Bibliotheekvoorbereidingskit voor metagenomisch sequencing</td></tr><tr><td>Nextera XT DNA Library Preparation Kit (24 samples)</td><td>Illumina</td><td>FC-131-1024</td><td>Bibliotheekvoorbereidingskit voor amplicon sequencing</td></tr><tr><td>NMDC EDGE</td><td>Open source: Ontwikkeld door de National Microbiome Data Collaborative (NMDC)</td><td>n/a</td><td>Bioinformaticaplatform voor het verwerken van metagenomische gegevens</td></tr><tr><td>Nylon gaas</td><td>Sefar</td><td>03-25/19</td><td>Het gaas dat als onderdeel van de kolomconstructie wordt gebruikt</td></tr><tr><td>Pipetpunten</td><td>Rainin</td><td>30807966</td><td>Kan voor de protocolstappen veel verschillende gesteriliseerde pipetpunten gebruiken</td></tr><tr><td>Potato Dextrose Agar</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-14200-28</td><td>Een mediatype dat in kolommen wordt gebruikt</td></tr><tr><td>QIIME2</td><td>Open source</td><td>n/a</td><td>Software voor het verwerken van amplicongegevens</td></tr><tr><td>Qubit dsDNA HS assay kit</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q32851</td><td>Wordt gebruikt om DNA na extracties te kwantificeren</td></tr><tr><td>Qubit Fluorometer</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Q33238</td><td>Wordt gebruikt om DNA na extracties te kwantificeren</td></tr><tr><td>Quick-DNA Fungal/Bacterial Miniprep Kit</td><td>Zymo Research</td><td>D6005</td><td>DNA-extractieoptie die werkt met zowel bacteriën als schimmels</td></tr><tr><td>R2A agar</td><td>BD Difco</td><td>218263</td><td>Een mediatype dat in kolommen wordt gebruikt (bacteriemedia)</td></tr><tr><td>Rack voor 50 mL tubes</td><td>Fisher Scientific</td><td>03-448-11</td><td>Rack om 50 mL tubes rechtop te houden</td></tr><tr><td>Schaar</td><td>Fisher Scientific</td><td>12-000-155</td><td>Fijne precisieschaar die kan worden gesteriliseerd</td></tr><tr><td>Natriumcarboxymethylcellulose medium</td><td>Aldrich</td><td>419273-100G</td><td>Een mediatype dat in kolommen wordt gebruikt</td></tr><tr><td>SolidWorks CAD software</td><td>SolidWorks</td><td>n/a</td><td>Software die wordt gebruikt om de kolommen te ontwerpen</td></tr><tr><td>Trowel scoop</td><td>Fisher Scientific</td><td>S41701</td><td>Om een kuiltje in het substraat te maken voordat de kolom wordt toegevoegd</td></tr><tr><td>UltraPure DNase/RNase-Free Gedistilleerd Water</td><td>Invitrogen: ThermoFisher Scientific</td><td>10977015</td><td>Water voor de waterbad van de ultrasonicator</td></tr><tr><td>Ultrasonicator</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB-11201</td><td>Ultrasonicator voor het reinigen van de kolommen</td></tr></tbody></table>

onderzoek naar bacterie-schimmelinteracties met behulp van schimmelsnelwegkolommen in diverse omgevingen en substraten

Investigating Bacterial-Fungal Interactions using Fungal Highway Columns in Diverse Environments and Substrates

Onderzoek naar bacterie-schimmelinteracties met behulp van schimmelsnelwegkolommen in diverse omgevingen en substraten

Bacterial-fungal interactions (BFIs) play an integral role in shaping microbial community composition, biogeochemical functions, spatial dynamics, and ...

investigating-bacterial-fungal-interactions-using-fungal-highway

Research

JoVE Journal

Biology

Biologie

Source: Schlafer, S, and Frost Kristensen, M. Monitoring Extracellular pH in Cross-Kingdom Biofilms using Confocal Microscopy. J. Vis. Exp. (2020)This video demonstrates the cultivation of Streptococcus mutans and Candida albicans cross-kingdom biofilms under oral-like conditions to model bacterial–fungal interactions, enabling the study of microbial synergy, glucan-mediated adhesion, and acidogenic virulence in oral pathogenesis.

Establishing Bacterial–Fungal Cross-Kingdom Biofilms for Studying Oral Pathogenesis

Source: Miquel Guennoc, C., et al. New Method for Qualitative Multi-scale Analysis of Bacterial Biofilms on Filamentous Fungal Colonies Using Confocal and Electron Microscopy. J. Vis. Exp. (2017)This video demonstrates the preparation of a fungal culture on treated cellophane membranes to support colony formation and radial growth. It then shows the cultivation and preparation of soil bacterial cells for interaction assays. Finally, it illustrates how bacterial cells adhere to the fungal colony...

Establishing a Fungal-Bacterial Co-culture for Biofilm Formation

This video describes a method to grow and qualitatively analyze bacterial biofilms on fungal hyphae using microscopy. Bacterial biofilms frequently form on fungal surfaces and involve numerous bacterial-fungal interaction processes, such as metabolic cooperation, competition, or predation.

A Method for Sample Preparation to Visualize Biofilm Forming Bacteria on Fungal Hyphae

Bacteriën produceren uitgescheiden verbindingen die het potentieel heeft om de fysiologie van hun microbiële buren beïnvloeden. Hier beschrijven we een coculture scherm dat de opsporing van dergelijke chemisch gemedieerde interspecies interacties door het mengen bodemmicroben met fluorescerende transcriptionele reporter stammen van Bacillus subtilis op vaste media toelaat.

Met behulp Coculture te sporen Chemisch Mediated Interspecies Interacties

Dit protocol beschrijft een nieuwe methode te groeien en kwalitatief analyseren bacteriële biofilms op schimmeldraden door confocale en elektronenmicroscopie.

Een nieuwe methode voor Kwalitatieve Multi-schaal analyse van bacteriële biofilms op draadschimmelcel Koloniën met behulp van confocale en Electron Microscopy

De meeste planten binnen gemeenschappen waarschijnlijk zijn onderling verbonden door arbusculaire mycorrhiza (AM) schimmels, maar bemiddeling van plant interacties door hen voornamelijk door het kweken van planten met versus zonder mycorrhiza heeft onderzocht. Presenteren we een methode om te manipuleren gemeenschappelijk mycorrhiza netwerken onder bijzondere planten te onderzoeken van de gevolgen daarvan voor de plant interacties.

Onderzoek van Plant interacties via gemeenschappelijke mycorrhiza netwerken met behulp van gedraaide Cores

De co-cultuur interactie testen gepresenteerd in dit protocol zijn goedkoop, hoge doorvoer, en eenvoudig. Deze testen kunnen worden gebruikt om microbiële interacties in co-cultuur te observeren, interactie patronen te identificeren en het remmende potentieel van een microbiële stam van belang tegen menselijke en milieu pathogenen te karakteriseren.

Co-Culture-tests met hoge doorvoer voor het onderzoek naar microbiële interacties

Hier presenteren we een protocol voor het screenen van bodembiodiversiteit om te zoeken naar schimmelstammen die betrokken zijn bij de afbraak van recalcitrante materialen. Ten eerste worden schimmelstammen die kunnen groeien op humuszuren of lignocellulose geïsoleerd. Hun activiteit wordt vervolgens getest, zowel in enzymatische assays als op verontreinigende stoffen zoals koolwaterstoffen en kunststoffen.

Isolatie en screening van bodembiodiversiteit voor schimmels die betrokken zijn bij de afbraak van recalcitrante materialen

Dit protocol is bedoeld om gedetailleerde procedures te bieden voor het verzamelen, fixeren en onderhouden van mycoheterotrofe plantenmonsters, waarbij verschillende microscopietechnieken worden toegepast, zoals scanning- en transmissie-elektronenmicroscopie, licht-, confocale en fluorescentiemicroscopie om schimmelkolonisatie te bestuderen in plantenweefsels en zaden ontkiemd met mycorrhizaschimmels.

Microscopietechnieken voor het interpreteren van schimmelkolonisatie in mycoheterotrofe plantenweefsels en symbiotische kieming van zaden

Vanwege de ondoorzichtigheid van de bodem kunnen interacties tussen de samenstellende microben niet gemakkelijk worden gevisualiseerd met cellulaire resolutie. Hier worden twee microfluïdische hulpmiddelen gepresenteerd, die nieuwe mogelijkheden bieden voor het onderzoeken van schimmel-microbiële interacties. De apparaten zijn veelzijdig en eenvoudig te gebruiken, waardoor hoge spatiotemporale controle en beeldvorming met hoge resolutie op cellulair niveau mogelijk is.

Microfluïdische hulpmiddelen voor het onderzoeken van schimmel-microbiële interacties op cellulair niveau

Leer bacterie-schimmelinteracties onderzoeken met schimmelsnelwegkolommen in diverse omgevingen. Deze methode verrijkt bacterie-schimmelparen voor milieumicrobiologisch onderzoek.

Onderzoek naar bacterie-schimmelinteracties met behulp van schimmelsnelwegkolommen in diverse omgevingen en substraten

Meer video's verkennen